청구법인이 제조업을 영위하였다고 보아「지방세특례제한법」제58조의3에 따른 창업중소기업 감면을 적용할 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2020지0762 / 조심2010지0341

[주 문] 경기도 화성시장이 2023.3.17. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2021.7.2. 재생원료 제조(감면업종) 및 도소매업(비감면업종)을 영위할 목적으로 설립되었고, 2022.12.21. 경기도 화성시 OOO 외 13필지 합계 4,895㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하고, 같은 날 그 취득가액(OOO원)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2023.1.19. 쟁점부동산이지방세특례제한법제58조의3 제1항 제1호에 따른 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득한 사업용 재산에 해당하므로, 기 납부한 취득세 중 100분의 75에 상당하는 금액이 감면되어야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.3.17. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.4.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 법인 설립 당시부터 재생원료 제조를 목적사업으로 창업하였고, 해당 업종을 영위하기 위하여 OOO 재생원료공급사, 해외 판로 개척 및 수출품 규격화, 사업장 매입, 사업설비 구비 등을 진행하여 왔다. 다만, 법인사업자 등록 시 업종을 제조업으로 등록하려면 제조업을 영위할 수 있는 사업장을 소유하고 있거나 임차한 사실을 증명하여야 하는데, 설립 당시에는 이러한 사업장 등이 없었기에 집 주소로 일단 등록한 후 처분청의 안내에 따라 토지 매입 계약서가 없는 상태에서 2022.7.2. 도매업으로 사업자등록증을 발급받았다. 이후 2022.7.12. 사업장 매매 계약이 체결됨으로써 청구법인은 제조업으로 업종 등록이 가능하게 되었고, 2022.7.14. 토지매매계약서와 사업계획서를 첨부하여 업종을 제조업으로 변경하였다. 처분청은 창업 당시 업종이 스크랩 도소매였고, 이후 다른 업종을 추가하는 것은 감면대상이 아니라는 의견이나, 청구법인은 법인 설립 이후 매입한 쟁점부동산 지상에 생산설비 설치를 하고자 금속분석기, 전기포크레인 등을 구매하였고, 자원순환시설 개발행위허가서를 발급받았으며, 개발행위허가에 따른 금속재생원료 생산시설 설치를 위해 환경육성자금과 시설자금을 신청하여 승인을 받고 사업 진행 중에 있는데, 이는 산업분류표상 원료재생업을 영위하기 위한 필수적인 설비이다. 또한, 대부분의 영세사업자는 오랜 준비기간이 소요되는 제조업을 영위할 때까지 현실적인 생계를 유지하기 위하여 도소매를 같이 하는 경우가 많을 수밖에 없는데, 도소매 매출이 먼저 발생하였다는 사실만으로 창업 당시 업종을 도소매라고 하는 것은 매우 부당하다. 재생원료 생산을 위한 스크랩 원료의 안정적 수급을 위해서는 구매영업활동이 최우선 업무임에도, 청구법인이 제조업을 준비하는 과정에서 도소매 매출이 먼저 발생하였다고 하여 창업 당시 업종이 도소매라고 단정하는 것은 잘못된 판단이다. 따라서 청구법인은 법인 설립 시부터 스크랩 도소매가 아닌 재생원료 제조업을 영위하고 있었다고 봄이 타당하고, 해당 업종은 산업분류표상 해체선별 및 원료재생업(3831)으로서,지방세특례제한법제58조의3에 따른 창업중소기업 감면이 적용되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제58조의3에서 취득세 등의 면제대상이 되는 “창업”이란 실질적으로 중소기업을 새로이 설립하여 사업을 개시하는 경우인바, 이와 달리 기존 사업을 승계하여 같은 종류의 사업을 운영하거나 사업을 확장하는 등 외형상의 명의만 변경한 것에 불과하여 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우에는 동법상 세액감면의 취지에 부합하는 창업에 해당한다고 보기 어렵고, 해당 중소기업이 최초로 개시하는 사업이 아니라면 창업에 해당되지 않는다는 의미로 해석된다. 법 취지상 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업창출의 효과가 있는 경우에만 취득세의 감면혜택을 주려는 데 있다고 봄이 상당하다 할 것이다(대법원 2022.3.17. 선고 2021두59090 판결). 사업자등록증에 따르면, 청구법인은 2021.7.12. 주업종을 도매 및 소매업 재생용 재료 수집 및 판매업에서 제조 금속재생원료로 정정 신고한 사실이 확인되는바, 최초로 개시하는 사업이 제조업이 아닌 것으로 나타난다. 또한 부가가치세 신고서상 제조업으로 인한 매출이 없어 제조업 관련 사업을 개시한 후 원시적인 사업창출 효과가 없으므로, 법 취지상 취득세의 감면혜택 대상으로 보기도 어렵다. 감면제도는 그 자체가 일반납세자와의 과세형평에 있어서 불공평한 제도로 특별히 공익적 목적이 있는 경우에 한하여 일정 조건을 붙여 감면하는 것으로 부여된 감면조건을 충족하지 못하거나 위배되는 경우는 그 감면효력이 상실된다 할 것인바(조심 2010지341, 2011.5.17.), 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 것은 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 제조업을 영위하였다고 보아지방세특례제한법제58조의3에 따른 창업중소기업 감면을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률 지방세특례제한법(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것) 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 2023년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 "창업일"이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.

④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다. 이 경우 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 업종은 통계법 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다.

1. 광업

2. 제조업

3. 건설업

4. 정보통신업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종은 제외한다. (각 목 생략)

5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 전문, 과학 및 기술 서비스업(대통령령으로 정하는 엔지니어링사업을 포함한다)(각 목 생략)

6. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업시설 관리, 사업지원 및 임대서비스업(각 목 생략)

7. 창작 및 예술관련 서비스업(자영예술가는 제외한다)

8. 수도, 하수 및 폐기물 처리, 원료 재생업

9. 대통령령으로 정하는 물류산업 10.학원의 설립ㆍ운영 및 과외교습에 관한 법률에 따른 직업기술 분야를 교습하는 학원을 운영하는 사업 또는 국민 평생 직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업(직업능력개발훈련을 주된 사업으로 하는 경우로 한정한다) 11.관광진흥법에 따른 관광숙박업, 국제회의업, 유원시설업 또는 대통령령으로 정하는 관광객이용시설업 12.전시산업발전법에 따른 전시산업

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 등기사항일부증명서에 따르면, 청구법인은 2021.7.2. 경기도 화성시 OOO(청구법인 대표자의 자택과 동일한 주소)를 본점소재지로 하고, 재생원료 제조 및 도소매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다. (나) 사업자등록증명서에 따르면, 청구법인은 2021.7.2. 설립 당시 주업종을 재생용 재료 수집 및 판매업(업종코드: 514971)으로 하였다가, 2021.7.14. 금속합금 제조업(업종코드: 24212)으로 정정신고한 것으로 확인된다. (다) 부가가치세 신고서에 따르면, 청구법인의 업종코드별 매출현황은 다음과 같다. ＜표＞ 청구법인의 매출현황 (단위: 원) ◯◯◯ (라) 2021사업연도 재무상태표에 따르면, 청구법인은 금속 재생원료 제조업을 영위할 만한 물적 설비가 없는 것으로 나타난다. (마) 청구법인이 증빙으로 제출한 심리자료는 다음과 같다.

1. 청구법인은 2021년말 스크랩 압축기 등 재생원료 제조업에 사용할 설비의 매매계약을 체결하였다.

2. 청구법인은 2023.3.24. 처분청(OOO)에서 자원순환관련시설 부지조성을 위해 개발행위 허가를 받았고, 자원순환시설 토목공사를 위한 견적서 등을 받았다.

3. 청구법인은 2023.4.21. 미래환경산업육성융자 예비승인을 받았고, 그 지원분야는 환경산업분야 및 시설설치자금인 것으로 나타난다.

(2) 청구법인의 대표이사 AAA은 2024.5.28. 조세심판관 회의에 출석하여 “청구법인은 처음부터 제조업을 영위할 목적으로 설립되었고, 설립 당시 법인등기부에도 제조업 등이 목적사업으로 기재되어 있었으며, 청구법인은 2021년말 매매계약을 체결한 스크랩 압축기를 인도받아 이를 통해 2024년부터 제조업 매출이 실제 이루어지고 있다”는 취지로 진술하면서, 다음과 같은 심리자료를 제출하였다. (가) 2024년 제1기 매출 전자세금계산서 합계표 (단위: 건, 원) ◯◯◯ * 매출처: OOO (나) 수출신고필증[발행번호: OOO] ◯◯◯

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 본다. (가)지방세특례제한법제58조의3 제1항에서중소기업창업 지원법제2조 제2호에 따른 창업을 한 기업으로서 2023년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 “창업중소기업”이라 한다)이 창업일부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감하도록 규정하고 있고, 창업중소기업의 범위에 대해서는 같은 조 제4항 각 호에서 제조업 등으로 한정하고 있다. (나) 처분청은 창업 당시 청구법인의 사업자등록증상 주업종이 제조업이 아니라 판매업으로 기재되어 있었고, 2021년 제2기∼2022년 제1기 부가가치세 신고서상 제조업 매출도 확인되지 아니하므로, 청구법인을지방세특례제한법제58조의3의 창업중소기업 감면대상으로 볼 수 없다는 의견이다. 그러나 청구법인의 설립 당시 법인등기부등본에는 재생원료 제조업 및 도소매업 등을 목적사업으로 등재한 것으로 확인되고, 사업자등록증도 법인사업자 등록 시 사업장 부재에 따라 부득이하게 주업종을 재생용 재료 수집 및 판매업으로 등록하였다가 불과 10여일 후 금속합금 제조업으로 정정신고한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 법인 설립 초기에 쟁점부동산을 취득하는 동시에 스크랩 압축기 등 생산설비의 매매계약을 체결하였고, 이후 처분청으로부터 자원순환관련시설 부지조성을 위해 개발행위 허가 및 미래환경산업육성융자 예비승인 등을 순차적으로 받은 점에서 창업중소기업의 감면대상 업종인 제조업을 영위하기 위한 일련의 준비과정을 이행하였던 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인의 매출 전자세금계산서 합계표와 수출신고필증에 따르면, 청구법인은 2024년 제1기부터 쟁점부동산 지상에 설치된 생산설비를 통하여 재생원료 제조업을 실제 영위한 것으로 나타나는 점, 일반적으로 제조업을 영위하고자 할 경우 그 준비과정에 장기간이 소요되는 상황에서, 도·소매업과 관련된 매출실적이 먼저 발생하였다는 이유만으로 제조업을 영위하지 아니한 것으로 보아 취득세 감면 대상에서 제외하는 것은 창업중소기업 등에 대하여 조세 혜택을 부여하는지방세특례제한법제58조의3의 입법취지에 반하는 것으로 보이는 점(조심 2020지762, 2020.8.21. 등 다수, 같은 뜻임) 등에 비추어 쟁점부동산은지방세특례제한법제58조의3 제1항 제1호에서 규정하는 취득세 감면대상으로 봄이 타당하므로, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.