[요지] 청구법인이 쟁점토지의 취득일(2017.12.21.)로부터 3년 내에 쟁점토지①에서 매립시설 등의 설치를 위한 공사를 시행하지 아니하였다는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간 다툼이 없고, 처분청 담당공무원의 현지출장(2023.4.10.)시 청구법인은 쟁점토지②와 쟁점토지③을 토사물을 적치하거나 차량을 주차하는 용도로 사용하는 것으로 나타나는 점, 쟁점토지의 사면붕괴현상은 쟁점토지의 취득일로부터 약 3년이 경과한 2020.12.7.에 발생하였고, 금강유역환경청장은 2021.8.26. 청구법인의 귀책사유로 인해 공사가 지연되어 폐기물처리업 허가신청기한(2021.8.7.)까지 허가를 받지 못한 것으로 회신하는 등 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 유예기간 내에 건축물을 건축할 수 없었다고 인정할 만한 법률상ㆍ사실상의 외부적 장애 사유는 확인되지 않음.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 청구법인이 취득한 이 건 토지 중 매립시설 2단계 부지 49,902㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다) 및 장래증설부지 22,305㎡(이하 “쟁점토지②”라 한다), 유보부지 17,040㎡(이하 “쟁점토지③”이라 한다)를 합한 쟁점토지 89,247㎡를 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다는 의견이다. 먼저 쟁점토지①에 대하여 살펴보면, 청구법인은 이 건 토지를 소각시설과 매립시설로 구성된 단일 사업부지로, 하나의 필지로 이루어진 단위사업장으로 취득한 것이고, 쟁점토지①은 방치된 것이 아니라 매립시설부지에 매립시설용 건축물을 건축 중에 있으므로 해당 목적에 사용하고 있으며, 이후 중단 없이 계속적으로 개발을 진행 중에 있다. 그러나 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 해당 목적에 사용하였는지 여부를 판단함에 있어 도시계획시설 사업시행자 지정신청서상 청구법인이 매립시설 단계를 구분하여 기재한 것을 근거로 하여 이 건 토지를 매립시설 1단계와 2단계로 구분한 후 청구법인이 쟁점토지①을 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다. 또한 쟁점토지②의 경우, 청구법인이 2021년 3월 사업장 소재지에 폐기물 수집운반업(지정폐기물) 허가를 받아 이를 해당 시설장비인 수집 운반차량의 주차장 및 차고용지와 공사용 기자재 보관장소로 사용하고 있으며, 쟁점토지③는 공사 중에 있는 토사물 적치장, 공사용 저유조로 사용하고 있으므로 청구법인은 쟁점토지를 해당 사업에 직접 사용하고 있다고 보아야 한다.
(2) 청구법인은 2017년 12월 쟁점토지를 취득하고 2018년 5월부터 10월까지 처리공법의 변경 등으로 2차례 사업변경계획에 대한 승인을 받아 2019년 2월에 이르러서야 사업시행자 지정을 신청하였고, 같은 해 4월 사업시행자 지정 및 실시계획인가 의제 협의가 완료되었다. 이후 2019년 6월부터 12월까지 소각동과 관리동, 경비동 및 소각설비와 매립시설 등의 도급공사계약을 체결한 후 착공하였고, 2020년 12월 이를 완공하였으나, 2021년과 2022년 매립시설 1단계 공사부지의 지반 붕괴 사고 및 지하수 침투로 인한 추가공사로 2022년 8월 매립시설 1단계의 도급공사 계약기간을 연장하게 되었다. 이러한 점들을 종합하여 볼 때 청구법인의 매립시설 1단계 부지의 공사지연은 필연적으로 2단계 부지의 공사지연을 초래하였고, 청구법인은 쟁점토지를 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 고의로 방치한 사실이 없고 3년 이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다고 보아야 할 것이므로 이 건 취득세 등에 대한 부과처분은 부당하다.
(1) 지방세특례제한법 제78조 제4항 제1호에서 지정된 산업단지에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항 제1호에서는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 재산세를 추징한다고 규정하고 있으며, 여기서 직접 사용의 의미는 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호에서 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 의미한다. 충청남도지사가 실시한 세무조사에서 청구법인은 쟁점토지①, 쟁점토지②, 쟁점토지③을 미사용 면적의 내역으로 제출하였고, 이를 통해 청구법인은 쟁점토지를 미사용하고 있음을 인정한 것으로 볼 수 있으며, 쟁점토지①은 매립시설 설치를 위한 공사가 시행되지 아니하였고, 청구법인은 쟁점토지②와 쟁점토지③에 대하여 폐기물 수입운반업 허가를 받아 해당 목적으로 사용하고 있다고 주장하나, 청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 3년이 경과한 2021년 3월에 폐기물 수입운반업 허가를 받았고, 이는 당초 감면 신청한 폐기물처리 및 매립시설 조성을 위한 목적으로 직접 사용하는 것으로 볼 수 없으며, 처분청의 현장 확인시 쟁점토지가 나대지 상태인 것으로 확인한 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점토지가 단일 사업부지인 하나의 사업장이라 하더라고 토지의 직접 사용 여부는 실제 이용현황에 따라 객관적으로 결정되어야 할 사항으로, 쟁점토지 전부가 해당 업무에 직접 사용되고 있다고 보기는 어렵다고 할 것이다.
(2) 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있고, 여기서 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유 업무에 사용하고자 정상적인 노력을 했음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력 여부, 행정관청의 귀책사유 여부 등을 참작하여 사안별로 구체적, 개별적으로 판단하여야 할 것이다. 청구법인은 사업허가가 지연되고, 매립시설 1단계의 공사 중 지반붕괴 및 지하수 침투 등으로 공사가 지연되어 매립시설 2단계 공사를 진행하지 못하였다고 주장하나, 이는 행정관청의 금지, 제한 등의 외부적 사유로 인한 것이 아니라 사업계획이나 의도에 따른 내부적인 사유로 보이는 점에 비추어 청구법인이 유예기간 내에 쟁점토지를 폐기물 처리시설로 조성하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 할 것이다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2017.12.12. A(주)이 OOOOOO (매도인)과 체결한 OOO산업단지 폐기물처리시설용지(이 건 토지)에 대한 매매계약을 A(주)로부터 양도승계하는 계약을 체결하였다.
1. A(주)는 2016.8.8. 금강유역환경청장으로부터 폐기물처리업 사업계획서 적합 통보를 받았다.
2. 청구법인은 2018.10.10. 이 건 토지에서 폐기물처리 최종처분업(매립전문)을 영위하는 사업자를 청구법인으로 변경하는 내용으로 하는 사업변경 계획에 대한 승인을 받은 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2017.12.21. 이 건 토지를 취득하고, 지방세특례제한법 제78조 제4항 및 충청남도 도세감면 조례제7조의2에 따른 취득세 감면(75%)을 신청하였다. (다) 청구법인은 2018.10.10. 금강유역환경청으로부터 사업변경 계획에 대한 승인을 받은 후, 2019.2. 처분청에 도시계획시설(폐기물처리 및 재활용시설) 사업시행자 지정신청을 하여 2019.4. 사업시행자 지정 및 실시계획인가 의제 협의되었고, 청구법인은 사업시행자 지정신청시 이 건 토지의 사업면적을 소각시설, 매립시설(1단계), 매립시설(2단계), 유보부지, 장래증설부지, 관리시설 및 도로로 구분 기재하였다. (라) 건축물대장에서 청구법인은 이 건 토지 지상 자원순환시설용 건축물(폐기물소각장)에 대하여 2019.4.15. 건축허가를 받아 2019.6.24. 착공한 후 2020.12.15. 사용승인받았고, 2021.7.8. 별동을 증축(연면적 10,247.57㎡⟶10,790.95㎡)한 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 2019.11.18. ㈜B, ㈜C와 이 건 토지 지상에 매립시설(1단계) 신축 도급공사에 대한 계약을 체결한 후 2019.11.27. 착공하였고, ㈜B이 제출한 공사기간 지연사유 실정보고서에서 2020.12.7. 사면붕괴현상이 발생한 것으로 나타난다. (바) 청구법인은 금강유역환경청장으로부터 2020.7.24. 폐기물중간처분업, 2021.3.2. 폐기물수집ㆍ운반업에 대한 허가를 받았고, 2021.3.3. 폐기물중간처분업(폐목재, 폐섬유 등 추가)에 대한 변경허가를 받은 것으로 나타난다.
1. 청구법인은 2021.8.23. 금강유역환경청장에 매립시설 공사 중 매립시설 내측 상부사면 침하발생에 따른 원인분석 및 추가 보강공사 등으로 인한 공사지연을 사유로 하여 폐기물처리(최종처분업)에 대한 허가신청기간 연장요청서를 제출하였다.
2. 금강유역환경청장은 2021.8.26. “청구법인의 귀책사유로 인해 공사가 지연되어 폐기물처리업 허가신청기한(2021.8.7.)까지 허가를 받지 못하였고, 이에 따른 금강유역환경청의 폐기물처리 사업계획서 직권취소처분(2021.8.9.)에도 불구하고, 폐기물관리법 제25조 제17항에 따라 적합통보 절차를 거치지 않고 허가를 신청하고자 할 경우에는 향후 지반붕괴 등 사고가 재발되지 않도록 사전에 철저한 안전성담보대책이 마련되어야 한다”는 내용으로 회신하였다.
3. 청구법인은 2021.10.7. 사단법인 OOO공학회와 “OOO산업단지 폐기물매립지 지반 붕괴원인 규명과 매립시설 안전성 담보대책 수립에 관한 연구”에 대한 용역계약을 체결하였다. (사) 처분청이 제출한 현지출장 결과보고서에서 “2022년 8월 충청남도 세무조사시와 사용현황이 같고, 2023.4.10. 출장일 현재 쟁점토지①은 공사되지 아니하였고, 쟁점토지②와 쟁점토지③에는 토사물 적치 및 차량이 주차되어 있다”고 기재되어 있다. (아) 처분청은 충청남도지사가 2022.8.1.부터 2022.8.4.까지 실시한 세무조사시 청구법인이 제출한 토지사용현황 관련 자료에서 쟁점토지가 미사용 면적으로 기재되어 있다고 답변하였다. ＜ 충청남도지사가 제출한 현장사진 ＞ *
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(2) 지방세특례제한법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정된 것) 제78조 제4항 제2호 가목에서 사업시행자 외의 자가 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 그 다목에서 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다고 규정하고 있으며, 충청남도 도세감면 조례(2017.6.30. 충청남도 조례 제4260호로 일부 개정된 것) 제7조의2에서 법 제78조 제8항에 따라 2019년 12월 31일까지 다음의 경감률을 추가로 경감한다고 규정하면서 그 제1호에서 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률을 100분의 25로 규정하고 있다. 또한 지방세특례제한법 제78조 제5항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하였고, 설령 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였더라도 이에 정당한 사유가 있다고 주장한다. 그러나 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하는 것으로, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바, 청구법인이 쟁점토지의 취득일(2017.12.21.)로부터 3년 내에 쟁점토지①에서 매립시설 등의 설치를 위한 공사를 시행하지 아니하였다는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간 다툼이 없고, 처분청 담당공무원의 현지출장(2023.4.10.)시 청구법인은 쟁점토지②와 쟁점토지③을 토사물을 적치하거나 차량을 주차하는 용도로 사용하는 것으로 나타나는 점, 쟁점토지의 사면붕괴현상은 쟁점토지의 취득일로부터 약 3년이 경과한 2020.12.7.에 발생하였고, 금강유역환경청장은 2021.8.26. 청구법인의 귀책사유로 인해 공사가 지연되어 폐기물처리업 허가신청기한(2021.8.7.)까지 허가를 받지 못한 것으로 회신하는 등 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 유예기간 내에 건축물을 건축할 수 없었다고 인정할 만한 법률상ㆍ사실상의 외부적 장애 사유는 확인되지 않는 점 등에 비추어 청구법인이 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 추징사유가 발생한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.
④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 대상 지역 가.산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지 나.산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역 다.산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지
2. 경감 내용
- 가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.
- 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선(건축법 제2조제1항 제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2019년 12월 31일까지 경감한다.
- 다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
⑦ 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.
⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.
(2) 지방세특례제한법 시행규칙(2017.7.26. 행정안전부령 제1호로 개정된 것) 제6조(산업단지 등 입주 공장의 범위) 법 제78조 제7항 및 영 제38조 단서에 따른 공장의 범위는 지방세법 시행규칙 별표2에서 규정하는 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 200제곱미터 이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치되는 종업원의 후생복지시설 등 각종 부대시설(수익사업용으로 사용되는 부분은 제외한다)을 포함한다.
(3) 충청남도 도세감면 조례(2017.6.30. 충청남도 조례 제4260호로 일부 개정된 것) 제7조의2(산업단지 등에 대한 추가 감면) 법 제78조 제8항에 따라 2019년 12월 31일까지 다음의 경감률을 추가로 경감한다.
1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률: 100분의 25
2. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률: 100분의 15