조세심판원 심판청구 법인세

쟁점토지에 대한 지목변경 취득세 과세표준을 법인장부 등의 가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심 2023지3534 선고일 2024-04-04 조세심판원

[요지] 청구법인이 제출한 쟁점토지에 대한 지목변경 공사비 대부분이 대통령령이 정하는 법인장부에 의하여 입증되었다고 하더라도 일부는 객관적인 자료가 아닌 개인사업자의 장부에 의한 것이므로지방세법제10조 제5항 제3호의 요건을 모두 충족하였다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2021.4.22.과 2021.4.23. OOO 외 9필지 토지 11,262㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 지목변경(임야→대지)을 한 후, 2022.3.22. 처분청에지방세법 시행령(2020.12.31., 대통령령 제31343호로 개정된 것, 이하 같다) 제17조에 따라 지목변경 전․후의 시가표준액 차액 OOO원을 과세표준으로 하고,지방세법(2020.12.29., 법률 제17769호로 개정된 것, 이하 같다) 제6조 제19호의 세율(1천분의 20)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 기한 후 신고․납부하였다.
  • 나. 청구법인은 쟁점토지에 대한 지목변경 과세표준을 법인장부 등에 의하여 아래와 같이 입증되는 가액 OOO원으로 하여야 한다고 주장하면서, 2022.5.20. 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2022.7.11. 이를 거부하였다. <쟁점토지에 대한 지목변경 비용>

○○○

  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.10.7. 이의신청을 거쳐 2023.3.21. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 청구법인은 쟁점토지의 수탁자로서 지목변경으로 인한 취득세 납세의무자가 되고 위탁자(aaa 외 2인)가 지목변경 공사비를 사실상 지급하지만 위탁자는 수탁자인 청구법인의 통제 하에 있고 실무적으로 위탁자가 작성한 회계장부를 기준으로 취득세가 부과되고 있다. 위탁자의 자급집행 내역은 수탁자의 사실상의 법인장부로 보아야할 것이므로 위탁자가 작성한 회계장부가 신탁회사인 청구법인의 법인장부에 해당될 것이다. 이 경우 개인사업자의 회계장부라 하여 취득세 과세표준의 근거인 법인장부에 해당하지 않는다는 것은 타당하지 않고, 쟁점조항인지방세법제10조 제6항은 2010.3.31. 개정하여 2011년 이후 적용되고 있는바, 이는 개인이 건축물을 건축 시 대부분의 공사를 법인과 거래하고 일부 공사(설계, 감리 등)를 개인사업자와 거래하여 법인보다 세부담이 높아지는 불합리함이 있어 이를 개선하고자 개인의 경우에도 전체 공사비 중 90%가 법인장부로 입증되는 경우 사실상 취득가격을 적용토록 개정된 것이다. 쟁점토지에 대한 지목변경은 시공사에 의해서 건축 취득과 동시에 이루어졌다는 점에서 건축의 경우에만 쟁점조항이 적용되고, 건축과 함께 이루어진 지목변경에는 이를 적용하지 아니한다는 것은 일관성이 없으며, 개인사업자 등과의 거래 금액이 전체 금액의 6.16%로 미미하고, 금융거래인 무통장 입금증과 세금계산서 등으로 거래됨이 입증되므로 지목변경 취득세 과세표준이 법인장부로 입증이 되는 것으로 보아야 함에도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
  • 나. 처분청 의견 신탁법에 의한 신탁으로 수탁자에게 소유권이 이전된 토지에 있어지방세법제105조 제5항에서 규정한 지목의 변경으로 인한 취득세의 납세의무자는 수탁자로 봄이 타당하고, 위탁자가 그 토지의 지목을 사실상 변경하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다(대법원 2010두2395 선고 2012.06.14. 판결 참조). 청구법인은 법인이 아닌 자에 해당하지 아니하고,지방세법제10조제6항에서는 건축물을 건축하거나 대수선하여 취득하는 경우를 한정하고 있으므로 쟁점토지의 지목변경 취득가격에 대하여 해당 조항을 적용하기는 어렵다. 구지방세법제111조 제5항 제3호에 의하여 사실상의 취득가격을 취득세의 과세표준으로 삼을 수 있는 취득은 대통령령이 정하는 판결문·법인장부에 의하여 그 취득가격의 전부가 입증되는 경우에 한한다고 해석함이 상당하다(대법원 2011.6.18. 선고 2008두18779 판결 참조). 쟁점토지의 위탁자는 개인사업자(천하명당)로 위탁자의 계정별원장 등은 법인장부에 해당하지 아니하고, 청구법인이 신고한 사실상의 취득가격 중 대부분이 대통령령이 정하는 법인장부에 의하여 입증되었다고 하더라도 일부에 대하여는 그와 같은 입증이 되지 아니하여 지방세법제10조 제5항 제3호의 요건을 충족하지 못하고 있으므로 처분청이 쟁점토지의 지목변경 취득가액을 지목변경 전ㆍ후 시가표준액의 차액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 쟁점토지에 대한 지목변경 취득세 과세표준을 법인장부 등의 가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제7조(납세의무자 등) ④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다. 제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조제1항 또는법인세법제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득 5.부동산 거래신고 등에 관한 법률제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

⑥ 법인이 아닌 자가 건축물을 건축하거나 대수선하여 취득하는 경우로서 취득가격 중 100분의 90을 넘는 가격이 법인장부에 따라 입증되는 경우에는 제2항 단서, 제3항 및 제5항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 취득가격을 과세표준으로 한다.

⑧ 제1항부터 제7항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령 제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준) 법 제10조 제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조 제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.

1. 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로부동산 가격공시에 관한 법률에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 산정한 가액을 말한다)

2. 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조 제1항에 따른 시가표준액을 말한다) 제18조(취득가격의 범위 등) ③ 법 제10조 제5항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해ㆍ포기ㆍ인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)

2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조 제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.

⑤ 법 제10조 제6항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 취득가격”이란 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 말한다.

1. 제3항 제2호에 따른 법인장부로 증명된 금액

2. 제3항 제2호에 따른 법인장부로 증명되지 아니하는 금액 중소득세법제163조에 따른 계산서 또는부가가치세법제32조에 따른 세금계산서로 증명된 금액

3. 부동산을 취득하는 경우주택도시기금법제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 금융회사 등 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) aaa 외 2인(위탁자)은 2009.8.8. 쟁점토지를 취득(매매)한 후, 2021.3.29. 청구법인에게 신탁을 원인으로 하여 쟁점토지의 소유권을 이전하였다. (나) 청구법인은 2021.4.22.과 2021.4.23. 쟁점토지상에 건물(근린생활시설 4동, 총 면적 1,365.78㎡)을 신축하여 쟁점토지의 지목을 변경(임야→대지)하였다. (다) 청구법인은 2021.6.22. 쟁점토지의 소유권을 aaa 외 2인에게 이전하였다. (라) 청구법인은 2022.3.22. 쟁점토지에 대한 지목변경 취득세 과세표준을지방세법 시행령제17조에 따라 지목변경 전후의 시가표준액 차액 OOO원으로 하여 취득세 등을 기한 후 신고ㆍ납부하였다. (마) 청구법인은 쟁점토지에 대한 지목변경 과세표준을 법인장부 등에 의하여 아래와 같이 입증되는 가액 OOO원으로 하여야 한다고 주장하면서, 2022.5.20. 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2022.7.11. 이를 거부하였다. <쟁점토지에 대한 지목변경 비용>

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은지방세법제10조 제6항에 따라 쟁점토지의 지목변경 취득세 과세표준을 법인장부 등의 가액으로 하여야 한다고 주장하나, 취득세의 과세표준은 일반적으로 신고한 가액이나 시가표준액에 의하나, 법인장부에 의하여 취득가액이 입증되는 경우에는 그 장부상 가액을 사실상의 취득가액으로 보아 이에 의하도록 하고 있는데, 이와 같이 법인의 경우에 개인과는 달리 장부상 가액에 의하도록 규정한 것은 법인은 객관화된 조직체로서 일반적으로 거래가액을 조작할 염려가 없어 그 장부상 가액의 신빙성이 인정된다(대법원 1992.5.8. 선고 91누9701 판결 참조) 할 것인바, 쟁점토지에 대한 지목변경 공사비 대부분이 법인장부로 입증된다 하더라도 이는지방세법제10조 제6항에서 규정하는 법인이 아닌 자가 건축물을 건축하거나 대수선하여 취득하는 경우에 해당하지 아니하므로 이 규정을 적용하기 어려운 점, 청구법인이 제출한 쟁점토지에 대한 지목변경 공사비 대부분이 대통령령이 정하는 법인장부에 의하여 입증되었다고 하더라도 일부는 객관적인 자료가 아닌 개인사업자의 장부에 의한 것이므로지방세법제10조 제5항 제3호의 요건을 모두 충족하였다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제7항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)