[요지] 청구법인은 쟁점토지 취득일(2019.4.5.)부터 60일이 훨씬 경과한 2021.3.18. 처분청에 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 한 것으로 확인되어 위 조항에 따른 취득세 감면요건을 갖추지 못한 것으로 보이는 점,지방세특례제한법제31조 제1항은 부득이한 사유로 60일 이내에 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 하지 못한 경우 예외적으로 취득세 감면대상으로 인정한다는 등의 예외 규정을 두고 있지 아니한 점 등에 비추어 처분청에서 청구법인이 쟁점토지 취득일부터 60일 이내에 임대사업자 등록요건을 갖추지 아니하였다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 데에는 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[참조결정] 조심2021지2944 / 조심2021지0396 / 조심2017지0903
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 사실관계 등을 시간 순으로 정리하면 다음과 같다. 서울시는 2016.3.23.부터 청년실업율과 청년주거비 상승 대책으로 ‘역세권 2030청년주택 정책’을 발표하였고, 2016.7.14. 서울특별시 역세권 청년주택 공급 지원에 관한 조례(이하 “청년주택조례”라 한다)를 제정하였으며, 2016.8.22. ‘서울특별시 역세권 청년주택 건립 및 운영기준’을 마련한 후, 사업자를 구하고 있었다. 이에 청구법인은 2018년 12월 ㈜OOO(이하 “AAA”이라 한다)에 청년주택 도입과 관련된 컨설팅 용역을 의뢰하였고, 그 용역 결과를 토대로 쟁점토지에 청년주택 건설사업이 가능할 것으로 보아 2019.2.25. 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하고 2019.4.5. 소유권이전등기를 마쳤다. 그런데, 민간건설임대주택(공공지원 포함)의 경우 사업계획승인을 받거나 건축허가를 받은 자만이 임대사업자등록을 할 수 있는바, 당시 적용되던 구민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것, 이하 “민간임대주택법”이라 한다)에 따른 해당 절차는 다음과 같다. ＜표＞ 민간임대주택 지구 지정 및 지구계획 승인 단계 단계 절차 내용 지구 지정 단계 지구지정 제안 (제안자→지정권자)
• 지정권자: 국토교통부장관, 시·도지사
• 제안자(법 제23조): ① 국공유지를 제외한 토지면적의 1/2 소유(동의)한 임대사업자, ② 공공주택사업자(공공주택 특별법 제4조)
• 지정면적(법 제22조): 도시지역 5천,도시지역 인접 2만,기타 10만㎡이상 제안내용 수용여부 통지 (지정권자→제안자)
• 제안서 검토 후 수용 여부 통지 관계기관 협의 (지정권자)
• 중앙행정기관의 장 및 관할 지방자치단체의 장(법 제24조)
• 별도협의(협의기간 30일 이내): 전략환경영향평가 협의, 사전재해영향성검토 협의(5천㎡ 미만 제외) 주민 등의 의견 청취 (지정권자)
• 주민 및 관계 전문가 의견 청취(법 제25조)
• 전략환경영향평가 주민 등의 의견청취 동시진행 가능
• 도시·군기본계획의 변경이 필요한 경우 공청회, 지방의회 의견 청취 동시 실시하여 90일 이내에 변경 여부 결정(시·도지사) 중앙(시·도)도시계획위원회 심의 (지정권자) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제106조에 따른 중앙도시계획위원회 또는 같은촉진지구 지정 고시 (지정권자) 법 제113조에 따른 시ㆍ도도시계획위원회 촉진지구 지정 고시 (지정권자)
• 관보 고시 및 시행자 지정(법 제23조, 제26조)
① 국공유지를 제외한 토지면적의 1/2 이상 소유자인 임대사업자
② 공공주택사업자(공공주택 특별법 제4조)
• 지구지정 해제 및 고령자시(법 제27조) 2년 내 지구계획 승인 미신청 등(용도지역 등 환원) 지구 계획 승인 지구계획 승인 신청 (시행자→지정권자)
• 지구계획서 작성(법 제28조) 관계기관 협의 (지정권자)
• 인허가 등 의제사항에 대한 협의(30일 이내에 의견서 제출)
• 환경영향평가 및 사전재해영향성검토 협의 통합심의위원회 심의 (지정권자)
• 시행자 요청이 있는 경우(법 제32조)
• 도시계획, 교통, 산지, 재해, 학교, 경관 등 관련 계획 통합심의 지구계획 승인 및 고시 (지정권자)
• 인허가 의제
• 수도정비기본계획 승인(30일 이내),
• 하수도정비기본계획 승인(40일 이내) 토지 등의 수용 및 사용 (지정권자)
• 촉진지구 면적의 2/3 이상 소유 및 토지 소유자 1/2 이상 동의 해당 절차를 이행하기 위하여 청구법인은 2019.7.9. 민간임대주택법 및 청년주택조례에 따라 쟁점토지에 대한 청년주택 건축 계획을 수립하고, 2019.12.18. AAA 등 설계회사와 건축설계용역을 체결하였으며, 2020.2.19. 서울시에 쟁점토지 역세권 청년주택사업 진행에 대한 사전 검토를 요청하였다. 이에 따라 서울시는 2020년 4월부터 2020년 8월까지 통합심의위원회를 개최하여, 청구법인과 사업계획에 대한 협의를 진행하였고, 주민 등의 의견청취 및 서울시와 처분청 등 여러 관련 부서 간에 협의가 수차례 진행되었다. 결국 서울시는 2020.12.3. 민간임대주택법 및 청년주택조례에 따라 쟁점토지를 공공지원민간임대주택(역세권 청년주택) 공급촉진지구로 지정하면서 지구계획을 승인한 후, 사업시행자를 청구법인으로 지정하였는바, 이로써 청구법인은 공공임대주택 59세대, 공공지원민간임대주택 240세대를 건설하는 내용의 주택건설계획 승인을 받았다. 이후 청구법인은 2021.2.2. 서울시와 ‘역세권 청년주택 건립 및 운영에 대한 협약’을 체결하였고, 2021.3.18. 처분청에 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 하였다. 청구법인은지방세특례제한법제31조 제1항 제1호에 따라 쟁점토지에 대한 취득세가 면제되어야 함에도 이 건 취득세 등을 신고·납부하였고, 2022.12.14. 그 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 이를 거부하였다.
(2) 이 건 경정청구 거부처분은 다음과 같은 이유로 위법·부당하다. (가) 청구법인이 쟁점토지 취득일부터 6개월 이내에 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 하는 것은 사실상 불가능하였다. 민간임대주택법령상 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 자로서, 주택을 건설하는 경우 사업계획승인을 받거나 건축허가를 받은 자만이 임대사업자 등록을 할 수 있고, 임대주택 건설 시 주택사업계획승인서 사본을 첨부하여야 하고, 임대사업자 등록신청서 양식에는 주택의 유형, 전용면적, 임차인여부 등 주택에 대한 구체적인 내용을 특정하여 기재하여 신청하도록 되어 있다. ＜그림1＞ 임대사업자 등록신청서 청구법인은 2019.4.5. 쟁점토지를 취득하였고, 2020.12.3. 주택사업계획을 승인받았으며, 2020.12.10. 건축허가를 받았으므로, 위 법령에 따른 임대사업자 등록을 하는 것은 사실상 불가능하였다. 그럼에도 청구법인은 쟁점토지 취득 후 곧바로 쟁점토지에 대해 임대사업자 등록을 하려고 문의하였으나, 당시 처분청은 나대지 상태에서는 임대사업자등록이 어렵고, 서울시의 인가를 받고 건축을 한 후에만 임대사업자 등록이 가능하다고 회신하였다. 청구법인이 쟁점토지 취득일로부터 60일 이내에 임대사업자등록을 하지 못한 것은 사실이다. 그러나 앞서 본 사실관계과 같이 청구법인은 쟁점토지 취득 이전부터 청년주택 사업을 위한 준비를 해왔고, 취득 이후에도 관련법령에 따라 청년주택 건립을 위한 사전검토를 요청하였고, 서울시 등 관계 부처와 사업 협의를 수차례 진행한 사실이 확인된다. 즉, 청구법인은 청년주택 사업 추진을 위하여 쟁점토지를 취득하였으나, 사업시행자로 지정되기 전까지 민간임대주택법상 규정된 복잡한 절차를 모두 거치다 보니 쟁점토지 취득일부터 임대사업자 등록까지 상당한 시일이 소요된 것이다. (나) 이 건의 경우 청구법인이 청년주택을 건설하기 위해 쟁점토지를 취득하였다는 사실이 공공기관의 공적 서류 등에 의하여 외부에 명확하게 드러나는 점에서 조세심판원 결정례와 동일하다. 조세심판원은 토지 취득 후 60일이 경과하여 임대목적물을 등록한 사안에서, “①지방세특례제한법제31조 제1항은 임대주택건설 활성화를 통한 서민의 주거안정 지원에 그 취지가 있으므로, 비록 건설임대사업자가 임대주택용 부지를 취득하면서 바로 임대목적물을 등록하지 않았다 하더라도 장래에 임대주택을 건설하기 위하여 그 부지를 취득하는 것이 ‘명확’한 경우라면 그 취득에 대하여 취득세를 감면하는 것이 입법취지에 부합하고, ② 해당 토지 취득 당시에는 임대목적물이 특정되지 않아 이를 취득한 날부터 60일 이내에 임대목적물을 등록하기란 사실상 불가능한 상태로 보이고, 공공지원민간임대주택에 대한 사업계획승인일을 전후하여 그 사업이 구체화된 시점에야 비로소 임대목적물이 ‘특정’되어 임대목적물을 등록할 수밖에 없었던 부득이한 사정이 있었던 것으로 보인다”고 결정한 바 있다(조심 2021지2944·2945·2970, 2022.10.14.) 이렇게지방세특례제한법제31조 제1항의 입법취지와 임대주택용 부지를 취득할 당시 임대목적물이 특정되지 않아 임대목적물을 등록하기가 사실상 불가능하다는 점을 근거로 취득세 추징처분을 취소한 조세심판원 결정례는 다수 존재한다(조심 2021지396, 2022.5.23., 조심 2017지903, 2017.12.28.). (다) 서울시는 주택건설사업승인 후 임대사업자등록이 이루어져야 한다는 안내를 하고 있다. 서울시는 2021.11.10. 청구법인이 신청한 금융지원 사업신청 심의결과를 알리면서 협약은행의 대출업무 절차에 따라 대출을 신청할 것을 안내하였고, 2023.3.16. 시공사 교체에 따른 사업일정 지연으로 후속절차 이행을 위해 대출실행 기한을 연장한다는 안내를 하였다. 이에 따른 각 공문에 명시된 대출업무 절차에 의하면, 주택건설사업승인 후 임대사업자등록이 순차적으로 이루어진다는 사실을 확인할 수 있다. ＜그림2＞ 서울시의 청년주택 금융지원사업 안내(발췌) 이와 같이 서울시는 임대주택사업을 영위하기 위해서는, 임대주택사업을 계획하고 준비하여 부지를 취득한 후 그 부지 소유자를 사업시행자로 지정하는 내용의 사업계획승인을 받고 임대목적물이 특정된 후에야 임대사업자등록이 가능하다는 내용으로 안내하고 있다. 즉, 민간임대주택법령에 따라 임대할 목적으로 임대주택 부지를 취득하는 경우, 취득 후 6개월 이내에 임대사업자 등록은 사실상 불가능하다는 점을 서울시 스스로도 인정하고 그 절차를 변경하여 안내하고 있는 것이다.
3. 심리 및 판단
(1) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정된 것) 제31조(임대주택 등에 대한 감면) ①공공주택 특별법에 따른 공공주택사업자 및 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다. 이하 이 항에서 “임대사업자”라 한다)가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택과 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 “오피스텔”이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2021년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.
1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.
(2) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.6.9. 법률 제17452호로 개정되기 전의 것) 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.
④ 제1항부터 제3항까지에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(3) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령(2019.10.22. 대통령령 제30149호로 개정되기 전의 것) 제4조(임대사업자 등록 및 변경신고 등) ① 법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 다음 각 호와 같다. 이 경우 2인 이상이 공동으로 건설하거나 소유하는 주택의 경우에는 공동 명의로 등록하여야 한다.
1. 민간임대주택으로 등록할 주택을 소유한 자
2. 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자
(4) 민간임대주택에 관한 특별법 시행규칙(2019.3.20. 국토교통부령 제611호로 개정된 것) 제2조(임대사업자의 등록 등) ① 법 제5조 제1항 및 민간임대주택에 관한 특별법 시행령(이하 "영"이라 한다) 제4조 제3항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 별지 제1호 서식의 임대사업자 등록신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 자치구청장(이하 "시장·군수·구청장"이라 한다)에게 제출(정보통신망을 이용한 제출을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하여야 한다. 이 경우 재외국민등록법 제2조에 따른 재외국민(이하 "재외국민"이라 한다)이나 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제2조제4호의 외국인등(이하 "외국인"이라 한다)인 경우에는 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장·군수·구청장에게 제출하여야 한다.
1. 영 제4조 제1항 제2호 가목의 경우: 주택사업계획승인서 사본
(5) 주택법(2018.12.18. 법률 제16006호로 개정된 것) 제15조(사업계획의 승인) ① 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하려는 자는 다음 각 호의 사업계획승인권자(이하 "사업계획승인권자"라 한다. 국가 및 한국토지주택공사가 시행하는 경우와 대통령령으로 정하는 경우에는 국토교통부장관을 말하며, 이하 이 조, 제16조부터 제19조까지 및 제21조에서 같다)에게 사업계획승인을 받아야 한다. 다만, 주택 외의 시설과 주택을 동일 건축물로 건축하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택건설사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만제곱미터 이상인 경우: 특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 "시·도지사"라 한다) 또는 지방자치법 제175조에 따라 서울특별시·광역시 및 특별자치시를 제외한 인구 50만 이상의 대도시(이하 "대도시"라 한다)의 시장
2. 주택건설사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만제곱미터 미만인 경우: 특별시장·광역시장·특별자치시장·특별자치도지사 또는 시장·군수
② 제1항에 따라 사업계획승인을 받으려는 자는 사업계획승인신청서에 주택과 그 부대시설 및 복리시설의 배치도, 대지조성공사 설계도서 등 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 사업계획승인권자에게 제출하여야 한다.
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2011.8.18. 서울특별시 성북구 OOO을 본점으로 하여 부동산 임대업 등을 목적사업으로 설립된 법인이다. (나) 청구법인은 2019.4.5. 60㎡ 이하 청년주택(공동주택)을 건설하기 위하여 쟁점토지를 취득하였다. (다) 서울특별시장은 2020.12.3. 쟁점토지를 공공지원민간임대주택(역세권 청년주택) 공급촉진지구로 지정하고, 지구계획 승인 및 지형 도면 고시를 하였으며, 청구법인을 사업시행자로 지정하였다. (라) 청구법인은 2020.12.10. 청년주택 건설공사에 대한 건축허가를 받은 후, 2021.3.18. 처분청에 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 하였다. (마) 이 건 청년주택 건설공사(2021.4.2. 착공)의 기성율은 2023년 4월 기준 8.3%이고, 2023.6.5.기준 OOO원의 공사비용이 투입되었으며, 준공예정일자는 2024.12.31.이다.
(2) 임대주택 등에 대한 취득세 감면을 규정하고 있는지방세특례제한법제31조 제1항의 개정내역은 다음과 같다. (가) 2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되기 전의지방세특례제한법제31조 제1항에서는 감면대상인 임대사업자를 “임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 임대사업자로 등록한 경우”로 규정하고 있었는데, 2016.12.27. 위 규정이 개정되면서 “임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우”로 명확히 하였으며, 다시 이를 2021.12.28. 법률 제18656호로 개정하여 “(건설임대주택용) 토지에 대해서는주택법제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우”로 규정하였다. (나) 위 2021.12.28.자 개정취지에 대하여 행정안전부는 “건설임대주택용 토지에 대한 취득세 감면요건을 ‘취득일로부터 60일 이내’에서 ‘사업계획승인일부터 60일 이내’로 임대등록하는 경우로 완화하였고, 다만, 과도한 착공지연 등을 방지하기 위해 임대등록시한은 토지를 취득한 날부터 1년 6개월을 초과하지 않도록 단서를 마련하였다”고 밝히고 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가)지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제31조 제1항 제1호에서공공주택 특별법에 따른 공공주택사업자 및 민간임대주택법에 따른 임대사업자가 임대할 목적으로 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제하되, 괄호규정에서 그 감면대상인 임대사업자를 “임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우”로 한정하고 있다. (나) 따라서지방세특례제한법제31조 제1항에 따른 취득세 감면을 적용받기 위해서는 적어도 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 민간임대주택법에 따른 임대사업자로 등록한 경우에 해당하여야 하는바, 청구법인은 쟁점토지 취득일(2019.4.5.)부터 60일이 훨씬 경과한 2021.3.18. 처분청에 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 한 것으로 확인되어 위 조항에 따른 취득세 감면요건을 갖추지 못한 것으로 보이는 점,지방세특례제한법제31조 제1항은 부득이한 사유로 60일 이내에 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 하지 못한 경우 예외적으로 취득세 감면대상으로 인정한다는 등의 예외 규정을 두고 있지 아니한 점 등에 비추어 처분청에서 청구법인이 쟁점토지 취득일부터 60일 이내에 임대사업자 등록요건을 갖추지 아니하였다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 데에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.