조세심판원 심판청구 소득세

쟁점지방소득세(2011사업연도 지방소득세)에 대한 환급청구권 소멸시효기간이 경과하였는지 여부

사건번호 조심 2023지3495 선고일 2024-10-16 조세심판원

[요지] 쟁점지방소득세는 2014년 독립세로 전환되기 전에 납세의무가 성립되었으므로 법인세의 환급결정에 따라 이를 즉시 환급하는 것이 타당한 점, 청구법인의 2011사업연도 법인세가 2017.7.6. 감액 경정되어 쟁점지방소득세의 과세표준이 변경되었으므로 이 때 비로소 청구법인은 쟁점지방소득세에 대하여 환급청구가 가능하게 된 것으로 보아야 하는 점, 청구법인은 2017.7.6. 쟁점지방소득세에 대한 환급청구권이 발생하였고 이로부터 5년 이내인 2022.6.30. 처분청에게 쟁점지방소득세에 대해 환급을 청구하였으므로 이는 적법한 청구에 해당하고 2011사업연도 법인세가 감액 결정되었으므로 이에 상응하는 쟁점지방소득세를 환급하는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 환급청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

[참조결정] 조심2023지3653

[주 문] 부산광역시 영도구청장이 2022.9.20. 청구법인에게 한 2011사업연도 지방소득세(법인세분)의 환급청구를 거부한 처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2016년 6월 2011사업연도 법인세에 대하여 금융감독원으로부터 사실과 다른 회계처리(이하 “분식회계”라 한다)에 대한 시정명령을 받아, 2017.3.27. 2011사업연도 법인세에 대해 창원세무서에 경정청구를 제기하여, 2017.7.6. 2011사업연도 법인세 OOO원을 창원세무서로부터 환급결정을 받았고, 2022.6.30. 처분청 등 5곳 지방자치단체(이하 “처분청 등”이라 한다)에게 과다납부한 2011사업연도 지방소득세(법인세분) OOO원(이하 “쟁점지방소득세”라 한다)에 대하여 환급청구를 하였다.
  • 나. 처분청은 청구법인이 2012.4.27. 2011사업연도 지방소득세(법인세분)를 신고·납부를 하여 이에 대한 환급청구 제기기간은 2015년 4월까지임에도 청구법인이 2022.6.30. 환급청구를 제기하였으므로 이를 부적법한 청구에 해당하는 것으로 보아, 2022.9.20. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.11.24. 이의신청을 거쳐 2023.4.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 사실과 다른 회계처리로 환급금이 발생하는 경우법인세법에서는 2004.1.1.부터 즉시 환급하지 않고 5년간 세액공제 후 환급하던 규정을지방세법에서는 2017.1.1.부터 시행하였고, 2018.1.1.부터 국세와 동일하게 20%를 한도로 세액공제만 적용하는 것으로 개정하였다. [2017년 시행 지방세법령 적용요령(행정자치부, 2017.1.)]에서는 2017년에 개정된 제103조의25, 64, 65에 대해 “(개정) 지방소득세도 사실과 다른 회계처리로 인한 경정청구 시 그 환급금을 5년간 납부할 세액에서 공제한 후 잔액을 환급하도록 변경”, 지방세법 시행령제103조38, 39, 40에 대해 “(개정) 환급금을 일시 지급하지 않고 향후 5년간 납부할 금액에서 공제하고 5년 후에 환급할 금액이 남은 경우 일시 지급하도록 조정”이라고 설명하고 있다. <법인세와 지방소득세 환급규정 비교> 구분 2004년 이전 2004년〜 2013년 2014년〜 2016년 2017년 2018년 법인세 즉시환급 5년간 세액공제 후 잔액 환급 20%한도내 세액공제 지방소득세 즉시환급 5년간 세액공제 후 잔액 환급 20%한도 내 세액공제 2016년말 지방세법 개정 전까지 신고 내용의 오류 또는 누락이 있는 경우 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하도록 하여 분식회계로 인해 국세(법인세)에서 경정청구가 인용되면 지방소득세는 별도의 경정청구 절차없이 즉시 환급하였다. 2016년말 분식회계 환급 시 국세와 동일하게 5년간 세액공제 후 남은 잔액을 환급하는 것으로 개정되었고, 이 때 국세의 분식회계 환급에 대한 문구를 그대로 인용하면서 “경정청구” 절차를 포함하였다. 이는 2017년 1년 동안만 시행되던 지방소득세, 즉 독립세임을 전제로 개정된 것으로 2014년 이후 사업연도의 경우 분식회계 시 경정청구를 통해 환급을 청구하는 것이지 그 이전 사업연도의 경우 독립세가 아니므로 별도 경정청구 없이 환급하는 것이 타당하다. 더욱이 2016년말 법인세법개정을 통해 분식회계 경정청구 시 향후 납부세액의 20% 한도 내 세액공제 방식으로 변경한 것을 2017년말 지방세법도 동일하게 개정하면서 제103조의25 제1항 제2호에서 경정청구 문구를 삭제하였다. 2014.1.1. 법률 제12153호로지방세법이 개정되면서 동 조항은 삭제되었으나, 같은 법 부칙 제2조 단서에서 지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 규정하고 있고, 제15조는 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있으므로 2011 사업연도 지방소득세는 종전 규정이 적용되어야 한다. 종전 규정에 따라 지방소득세는 부가세 방식으로 동 방식에서는 소득세나 법인세를 증액 또는 감액 경정하면 이에 맞추어 지방소득분도 경정하여야 하므로, 국세를 담당하는 세무서장이 법인세법의 규정에 의하여 법인세를 결정 또는 경정한 때에는 결정 또는 경정한 날로부터 1개월 이내에 납세지 관할 시장·군수에게 그 세액을 통보하도록 하였다(구 지방세법제179조의4). 법인세 부과처분이 취소되면, 구 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221 호로 전부 개정되기 전의 것) 제178조 제2항 또는 구 지방세법제97조 제2항, 제4항에 따라 소득할 주민세도 직권 취소되어 환급되었으므로 소득할 주민세 부과처분에 대하여 별도로 불복할 필요나 실익이 없었다. 이에 따라, 납세자는 국세인 법인세에 대한 감액 경정청구 이외에 별도로 지방소득세분에 대하여 감액 경정청구를 할 필요도 없었다. 즉, 2014년 이전까지 법인세액 자체가 지방소득세의 과세표준이었고, 이에 단순히 10%의 단일세율을 곱하였기 때문에 법인세액이 확정되면 지방소득세도 당연히 법인세에 따라 확정되는 것으로 법인세를 관할하는 국세 과세관청이 절차법적으로도 먼저 세액을 신고받거나 부과하고 또 징수 과정을 주도함이 자연스러운 귀결로 국세가 절차법적 주도권 또는 주도적 지위를 가지고 있어 지방세 과세관청은 단순히 이에 편승하여 국세 과세관청의 판단에 따르면 되고 독립하여 어떤 판단을 내릴 필요가 없었다. 이에 따라 쟁송에서도 굳이 국세와 지방세의 과세관청을 동시에 절차 안으로 끌어들이기 보다는 국세 과세관청만을 당사자로 삼는 것으로 충분하였고 또 그 편이 행정 자원의 낭비를 방지하는 것으로서 지방세 과세관청은 단순히 그 쟁송절차에서 최종적으로 내려지는 결론에 따라야 할 의무를 부담하였다. 따라서, 2017년 한해에 한해 분식회계 시 5년간 납부할 금액을 공제하고 남은 잔액을 일시 환급하도록 하면서 부칙에서 2017년 1월 1일 이후 경정청구 또는 결정하는 분부터 적용하는바, 경정청구 절차를 통해 환급을 진행하는 것은 독립세로 전환된 2014년 이후 사업연도이고, 2014년 이전 사업연도는 국세에서 환급 결정에 따라 지방소득세를 자동 환급 결정하는 것이 타당하다. 한편, 처분청의 부과제척기간이 경과하였던 것과 관련하여, 구, 지방세법에서는 법인세액이 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정되기 전까지 유효한 것으로 지방소득세 자체적으로 과세표준을 변경할 수 없기 때문에 과세권 등의 확보를 위해 권한 있는 기관에서 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정하는 경우 비로소 지방소득세의 과세표준이 결정되는 것으로 그 때부터 부과제척기간을 기산하는 것이 타당하다. 즉, 구지방세법의 경우 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 법인세법에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하는 것으로 지방소득세 부과처분의 근거가 되는 법인세 부과처분이 세무서장에 의하여 감액 경정된 이상 처분청은 독립세로 전환되기 전의 법인세분 지방소득세의 과세표준을 직권으로 감액 경정하여 바로 환급을 해 주는 것이 타당하며, 환급이 이루어 지지 않아 청구법인이 5년 내 환급청구권을 행사하여 2022년 6월에 환급 청구한 2011사업연도 지방소득세(법인세분)는 환급되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견 청구법인은 2017년 7월 국세청으로부터 2011사업연도 법인세에 대한 경정청구를 인용 받았을 뿐, 2011사업연도 지방소득세(법인세분)에 대한 구제절차나 소송에 의해 결정 또는 판결이 있거나 조세조약에 따른 상호합의가 있는 경우에 해당되지 않고, 지방세법제51조에서 규정하는 경정청구를 제기한 사실이 없으므로 부과제척기간이 연장되는 사유는 없다. 2016.12.27. 개정된지방세법106조의 64 및 106조의 65(이하 “개정특례”라 한다)에서는지방세기본법제51조에서 정한 바에 따라 경정청구하여 분식회계로 인한 법인지방소득세 경정이 이뤄진 경우에는 과다납부세액을 향후 5년간 납부할 법인지방소득세에서 차감하고 남은 세액은 환급받을 수 있도록 정하고 있고, 부칙 제7조에서는 개정특례는 이 법 시행 후 경정청구를 하거나 결정한 분을 환급하는 경우부터 적용한다고 정하고 있어, 2017년에 2011사업연도 법인세에 대하여 경정이 발생한 경우 그 지방소득세에 대해서도 개정특례가 적용될 여지가 있다. 부칙 제7조에서 지방세법에서 일반적으로 사용되는 경정 또는 결정이라는 용어를 대신하여 경정청구하거나 결정한 분을 환급하는 경우로 규정한 것은 오히려 경정청구가 개정특례 적용요건임을 명확히 한 것이므로 2017년도에 2011사업연도 법인세에 대하여 과다납부한 법인세를 환급할 수 있지만, 그 지방소득세에 대하여는 경정청구가 불가능하였으므로 개정특례를 적용하여 2011사업연도 지방소득세(법인세분)를 환급할 수는 없다. 2014.1.1. 지방세법 개정 전 지방소득세(법인세분)의 경우 구 지방세법제94조(소득분의 계산방법)에 의하면 납부해야할 법인세액의 총액에 지방세법에서 정한 세율을 적용하여 계산하므로, 지방소득세의 세액공제에 대해 관련 법에서 정하는 바가 없어도 법인세에서 적용받는 세액공제가 지방소득세에도 적용되는 효과가 생겼다. 법인세법에서 분식회계로 인한 경정시 환급을 보류하고 이후 납부할 법인세에서 세액공제하도록 정하였다면, 분식회계로 인해 법인세를 경정하여 경정액이 발생하여도 이를 환급하지 않는 한 지방소득세는 감액경정되지 않도록 해야 지방소득세에서 경정액 환급과 세액공제효과를 중복해서 받는 것을 방지할 수 있다. 따라서, 청구법인이 2012년 4월 신고ㆍ납부한 2011사업연도 지방소득세(법인세분)에 대한 부과제척기간은 2012년 5월 1일부터 5년간이므로, 2017년 7월 국세청으로부터 2011사업연도 법인세를 환급받고 처분청에 2011사업연도 지방소득세(법인세분)를 환급 문의한 시점에는 이미 부과제척기간은 경과되었으므로 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당한다.
  • 다. 처분청 의견에 대한 항변 본건 지방소득세(2011사업연도 귀속분) 납세의무 성립 당시(2011. 12.31.) 시행되고 있던, 구지방세법은 법인세분 지방소득세를 법인세에 대한 ‘부가세(sur-tax)’로 규정하고 있었고, 구지방세법에 따르면 법인세분 지방소득세는 법인세액을 과세표준으로 하고 있었으며(구 지방세법제85조 제4호), 구지방세법법인세법에 따라 신고한 법인세의 경정으로 인하여 법인세분 지방소득세의 세액이 달라진 경우에는 그 환급세액에 따라 법인세분 지방소득세의 세액을 환급하도록 규정하고 있으므로(구 지방세법제94조 제2항), 구 지방세법에 따라 청구법인은 2011사업연도 법인세분 지방소득세를 환급받을 수 있다. 지방소득세 과세표준이 되는 법인세가 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정되기 전까지 법인분 지방소득세는 유효한 것으로, 2017년 7월 6일에 청구법인의 2011사업연도 법인세가 감액 경정되어 지방소득세 과세표준이 변경되었는바, 이 때 비로소 청구법인은 법인분 지방소득세의 경정이 가능하였다. 즉, 지방소득세 과세표준이 되는 법인세가 권한 있는 기관에 의해 경정되기 전까지 청구법인은 법인분 지방소득세의 경정청구 자체가 불가능한데, 처분청은 지방세법상 경정청구기한이 경과되었다는 이유로 환급을 거부한 처분은 매우 부당하다. 따라서, 구지방세법의 경우 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는법인세법에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하는 것으로 지방소득세 부과처분의 근거가 되는 법인세 부과처분이 세무서장에 의하여 감액 경정된 이상 처분청은 독립세로 전환되기 전의 법인세분 지방소득세의 과세표준을 직권으로 감액 경정하여 바로 환급을 하여야 하나 이를 이행하지 아니하여, 청구법인은 환급금소멸시효 기간이 경과하지 않은 2022년 6월에 쟁점지방소득세에 대하여 환급을 적법하게 청구하였으므로 처분청은 청구법인에게 쟁점지방소득세를 환급하여야 한다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 쟁점지방소득세(2011사업연도 지방소득세)에 대한 환급청구권 소멸시효기간이 경과하였는지 여부
  • 나. 관련 법률: <별지>기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2002.3.9. 선박제조업 등을 목적사업으로, 경상남도 창원시 OOO을 본점소재지로 하여 설립되었고, 청구법인은 2021.7.26. 법인명을 A 주식회사에서 B 주식회사로 변경한 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 2012.4.27. 등에 인적·물적 시설이 있는 처분청 등에게 2011사업연도 지방소득세(법인세분)를 아래와 같이 신고·납부한 것으로 확인된다. ㅇㅇㅇ (다) 금융감독원은 2014년경 청구법인에 대하여 분식회계 의혹에 감리를 착수하였고, 청구법인은 2016.6.17. 금융감독원으로부터 분식회계에 대한 시정명령을 받았다. (라) 청구법인은 2017.3.27. 2011사업연도 분식회계에 따른 재결산을 한 후, 2011사업연도 법인세에 대하여 창원세무서장에 경정청구를 제기하였다. (마) 창원세무서장은 2017.7.6. 청구법인의 경정청구를 인용하여 2011사업연도 법인세 OOO원에 대하여 아래와 같이 환급결정을 하였다. 제목 법인세 경정청구 처리결과 통지 귀 법인이 2017.7.30. 접수한 법인세 경정청구 관련, 아래와 같이 처리결과를 회신합니다. (단위: 백만원) 법인명 사업장 세목(사업연도) 청구세액 검토결과 A(주) 경남 창원시 OOO 법인세(2011년) OOO 인용 ※ 청구세액은 환급하지 않고, 그 경정일이 속하는 사업연도부터 각 사업연도 법인세액에서 과다 납부한 세액을 공제 창원세무서장 (바) 청구법인은 2017년 7월경 처분청에 유선으로 분식회계에 대한 환급청구 절차에 대해 질의하였고, 처분청은 2011사업연도 지방소득세는 환급청구 대상이 아니고, 2017년 1월 1일부터 즉시 환급되지 않고, 5년간 납부세액이 있으면 이를 공제 후 남은 잔액을 환급한다고 안내하였으며, 청구법인은 환급사실을 명확하게 하기 위해 법인세 환급청구시 제출했던 서류와 결정문을 처분청에 제출하였다고 주장하고 있다. (사) 청구법인은 2022.6.30. 처분청 등에게 과다납부한 2011사업연도 쟁점지방소득세에 대한 환급청구를 처분청 등 5곳 지방자치단체에 아래와 같이 하였고, 처분청 등은 2022.9.20. 등에 이를 거부하였다. ㅇㅇㅇ (아) 청구법인은 2023.4.4. 등에 우리 원에 2011사업연도 쟁점지방소득세에 대한 환급을 구하는 심판청구(조심 2023지3495, 조심2023지3653〜3656)를 제기하였고, 우리 원은 2024.5.7. 조심 2023지3653〜3656사건에 대하여 인용결정을 한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 처분청은 청구법인이 2012.4.27. 2011사업연도 지방소득세(법인세분)를 신고ㆍ납부를 하여 이에 대한 환급청구 제기기간은 2017년 4월까지임에도 청구법인이 2022.6.30. 환급청구를 제기하였으므로 이를 부적법한 청구에 해당한다는 의견이나, 지방소득세(법인세분)는법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하여 신고·납부 또는 부과·징수하는 지방세로서 지방소득세가 과세된 경우 그 과세표준이 되는 법인세액이 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정결정이 있기 전까지는 지방소득세 과세처분도 유효한 것이고,지방세법제94조 제2항에서 법인세의 결정ㆍ경정 또는 환급으로 인하여 세액이 달라진 경우에는 그 결정ㆍ경정 또는 환급세액에 따라 지방소득세의 세액을 환급하거나 추징하도록 규정하고 있는바, 쟁점지방소득세는 2014년 독립세로 전환되기 전의 사업년도 사건으로 국세(법인세)에서 경정청구가 인정되면 지방소득세는 별도의 경정청구 절차가 필요없었으므로 법인세의 환급결정에 따라 이를 즉시 환급하는 것이 타당한 점, 청구법인의 2011사업연도 법인세가 2017.7.6. 감액 경정되어 쟁점지방소득세의 과세표준이 변경되었으므로 이 때 비로소 청구법인은 쟁점지방소득세에 대하여 환급청구가 가능하게 된 것으로 보아야 하는 점, 청구법인은 2017.7.6. 쟁점지방소득세에 대한 환급청구권이 발생하였고 이로부터 5년 이내인 2022.6.30. 처분청에게 쟁점지방소득세에 대해 환급을 청구하였으므로 이는 적법한 청구에 해당하고 2011사업연도 법인세가 감액 결정되었으므로 이에 상응하는 쟁점지방소득세를 환급하는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 환급청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관계 법률

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제85조(정의) 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. “법인세분”이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다. 제91조(신고납부) ① 법인세분의 납세의무자(연결집단의 경우에는 연결모법인을 말한다. 이하 같다)는 제89조에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)을 제87조 제2항 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 연결법인 또는 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체별로 안분계산하여 해당 사업연도 종료일부터 4개월(연결법인의 경우에는 해당 연결사업연도 종료일부터 5개월, 법인세법 또는 국세기본법에 따라 세액이 결정되거나 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1개월) 내에 관할 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. 다만, 경정 또는 수정신고로 인하여 사업연도별로 추가납부 또는 환급되는 총세액이 당초에 결정 또는 신고한 세액의 100분의 10에 미달할 때에는 귀속사업연도에도 불구하고 경정고지일 또는 수정신고일이 속하는 사업연도분 법인세분에 가감하여 신고하고 납부할 수 있으며, 이 경우에는 지방세기본법 제77조를 적용하지 아니한다.

⑤ 법인세분의 납세의무자가 제1항에 따라 신고를 하지 아니한 경우에도 법인세분 산출세액을 신고기한까지 납부하면 제1항에 따라 신고를 하고 납부한 것으로 본다. 이 경우 제3항 제1호에 따른 신고불성실가산세를 징수하지 아니한다. 제94조(소득분의 계산방법) ② 소득세법법인세법에 따라 신고한 소득세와 법인세의 결정ㆍ경정 또는 소득세법 제85조의2와 법인세법제72조에 따른 환급으로 인하여 세액이 달라진 경우에는 그 결정ㆍ경정 또는 환급세액에 따라 소득분의 세액을 환급하거나 추징한다.

(2) 지방세법 부칙(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 다만, 제8장 지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

(3) 지방세법(2016.12.27. 법률 제14474호로 개정된 것) 제103조의64(사실과 다른 회계처리로 인한 경정 특례) ① 내국법인이 제103조의25 제1항 제2호 나목에 따른 경정 결과 과다 납부한 세액이 발생한 경우에는 그 경정일이 속하는 사업연도의 개시일부터 5년 이내에 각 사업연도의 법인지방소득세액에서 과다 납부한 세액을 차례로 차감한다.

② 제1항을 적용할 때 내국법인이 해당 사실과 다른 회계처리와 관련하여 그 경정일이 속하는 사업연도 이전의 사업연도에지방세기본법제50조에 따른 수정신고를 하여 납부할 세액이 있는 경우에는 그 납부할 세액에서 제1항에 따른 과다 납부한 세액을 먼저 차감한다. 제103조의65(사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 환급 특례) ① 납세지 관할 지방자치단체장은 제103조의25 제1항 제2호 나목에 따른 경정을 할 때 제103조의64에 따라 5년 동안 차감한 후 남은 금액이 있으면 환급하여야 한다. <부칙> 제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 제7조(분식회계를 한 내국법인에 대한 과세표준과 세액의 경정 및 환급 특례에 관한 적용례) 제103조의64 및 제103조의65의 개정규정은 이 법 시행 후 경정청구를 하거나 결정한 분을 환급하는 경우부터 적용한다.

(4) 지방세법(2017.12.26. 법률 15292호로 개정된 것) 제103조의64(사실과 다른 회계처리로 인한 경정 특례) ① 내국법인이 법인세법제58조의3 제1항 각 호의 요건을 모두 충족하는 사실과 다른 회계처리를 하여 과세표준 및 세액을 과다하게 계상함으로써 경정을 받은 경우에는 과다 납부한 세액을 환급하지 아니하고 그 경정일이 속하는 사업연도부터 각 사업연도의 법인세액에서 과다 납부한 세액을 차감한다. 이 경우 각 사업연도별로 차감하는 금액은 과다 납부한 세액의 100분의 20(제2항을 적용한 경우에는 차감 후 남은 금액을 말한다)을 한도로 하고, 차감 후 남아 있는 과다 납부한 세액은 이후 사업연도에 이월하여 차감한다.

② 제1항을 적용할 때 내국법인이 해당 사실과 다른 회계처리와 관련하여 그 경정일이 속하는 사업연도 이전의 사업연도에지방세기본법제49조에 따른 수정신고를 하여 납부할 세액이 있는 경우에는 그 납부할 세액에서 제1항에 따른 과다 납부한 세액의 100분의 20을 먼저 차감한다. 제103조의25(결정과 경정) ① 납세지 관할 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한다.

2. 제103조의23에 따른 신고를 한 내국법인의 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

(5) 지방세기본법(2014.1.1. 법률 제12152호로 개정되기 전의 것) 제38조(부과의 제척기간) ① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환급 또는 경감받은 경우에는 10년

2. 납세자가 법정신고기한까지 소득세, 법인세 또는 지방소비세의 과세표준 신고서를 제출하지 아니하여 해당 지방소득세 소득분 또는 지방소비세를 부과할 수 없는 경우에는 7년

3. 그 밖의 경우에는 5년

② 다음 각 호의 경우에는 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의 또는 경정청구에 따라 경정결정(更正決定)이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제8장에 따른 이의신청ㆍ심사청구ㆍ심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우에 그 조치가 있음을 안 날부터 3년 이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약에 따른 상호합의의 신청이 있는 것으로서 그에 대한 상호합의가 있는 경우

3. 제51조 제2항에 따른 경정청구가 있는 경우

③ 제2항 제1호의 결정 또는 판결에서 명의대여 사실이 확인된 경우에는 제1항에도 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 이내에 명의대여자에 대한 부과처분을 취소하고 실제로 사업을 경영한 자에게 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

④ 제1항 각 호에 따른 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. 제51조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 3년(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청, 심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 환급세액(지방세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 따라 다른 것으로 확정되었을 때

2. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

3. 제1호 및 제2호와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 지방세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

③ 제1항 및 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 지방자치단체의 장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 것을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

④ 결정 또는 경정의 청구 및 통지절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제76조(지방세환급금의 충당과 환급) ① 지방자치단체의 장은 납세자가 납부한 지방자치단체의 징수금 중 과오납한 금액이 있거나 지방세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(지방세관계법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 오납액(誤納額), 초과납부액 또는 환급세액을 지방세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부, 이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다. 제79조(지방세환급금의 소멸시효) ① 납세자의 지방세환급금과 지방세환급가산금에 관한 권리는 이를 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니하면 시효로 인하여 소멸한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)