청구법인이 합병등기일(2020.3.5.)부터 3년 이내에「법인세법」제44조의3 제3항 제3호에 해당하는 사유가 발생한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[참조결정] 조심2022지1342

[주 문] OOO이 2023.1.10. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2020.3.3. OOO 토지 706,769㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 AAA 주식회사[청구법인 완전자회사(지분 100% 소유), 이하 “피합병법인”이라 한다]와 합병을 원인으로 하여 취득한 후, 2020.4.16. 쟁점부동산의 시가표준액을 과세표준으로 하고지방세특례제한법제57조의2 제1항(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)에 따라 기업합병으로 쟁점부동산을 취득하는 것으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 감면(100분의 50)받았다.
• 나. 처분청은법인세법제44조의3 제3항 제3호(이하 “쟁점사후관리규정”이라 한다)에 따라 청구법인이 합병등기일(2020.3.5.)부터 3년 이내인 2021사업연도 종료일 기준 청구법인에 종사하는 근로자 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 청구법인에 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락한 것으로 보아, 2023.1.10. 청구법인에게 기 감면한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.3.23. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 쟁점사후관리규정의 입법취지를 볼 때, 피합병법인의 주식발생총수를 소유한 청구법인과 피합병법인과의 합병(완전모‧자회사 간의 합병)은 적격합병에 해당하므로, 청구법인의 경우 쟁점부동산에 대한 취득세 추징사유가 발생하였다고 볼 수 없다. 완전모‧자회사 간의 합병의 경우 합병 전에도 이미 사실상 하나의 법인으로 보고 있어법인세법상 적격합병의 요건이 없고, 사후관리 의무 또한 없는 것이다. 법인세법 및 지방세관계법령에서도 적격합병의 경우에는 세율 등에 대한 특례규정을 두고 있는데, 사후관리 요건을 충족하지 못하는 경우라 하더라도 부득이한 사유가 있는 경우에는 추징대상에서 제외하고 있다. 조세심판원 선결정례(조심 2022지1342, 2023.10.25.)에서도 쟁점감면규정의 단서에 합병등기일부터 3년 이내에법인세법제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우 경감된 취득세를 추징하고, 쟁점사후관리규정에서 ‘내국법인이 발행주식총수를 소유하고 있는 다른 법인을 합병하는 경우를 제외’한 적격합병을 한 합병법인이 3년 이내의 범위에서 각 호에 해당하는 사유를 규정하고 있으므로, ‘발행주식총수를 소유하고 있는 다른 법인(피합병법인)을 합병’한 청구법인의 경우 쟁점사후관리규정의 각 호가 발생한 이유로 감면한 취득세를 추징하여야 할 합병법인으로 볼 수 없다고 결정하였다. 따라서 완전모‧자회사 간의 합병의 경우법인세법에서 사후관리 의무가 없고, 지방세관계법령에서도 법인세법의 단서 규정을 인정하고 있으므로 청구법인이 합병 이후 근로자 수 요건을 충족하지 못하였다고 하여 취득세 특례 규정을 배제한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법57조의2 제1항 각호 외의 부분에서는 적격합병과 적격간주 합병 모두를 취득세 경감 대상으로 하면서, 취득세 경감을 받은 후 합병등기일부터 3년 이내에법인세법제44조의3 제3항 각 호(1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우 3. 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우)의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우, 경감된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다. 위 규정에서는 경감된 취득세를 추징하는 합병의 유형에 대해 별도로 규정하고 있지 아니하므로 청구법인은 합병등기일(2020.3.5.)부터 3년 이내에 쟁점사후관리 요건을 충족하지 못하였으므로 이 건 취득세 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 합병등기일(2020.3.5.)부터 3년 이내에법인세법제44조의3 제3항 제3호에 해당하는 사유가 발생한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면) ①법인세법제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2024년 12월 31일까지 취득하는 경우에는지방세법제15조 제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 50(법인으로서 중소기업기본법에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병을 하는 경우에는 취득세의 100분의 60)을 경감하되, 해당 재산이지방세법제15조제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 법인세법제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다. 1.지방세법제13조 제1항에 따른 취득 재산에 대해서는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 “중과기준세율”이라 한다)의 100분의 300을 적용하여 산정한 금액 2.지방세법제13조 제5항에 따른 취득 재산에 대해서는 중과기준세율의 100분의 500을 적용하여 산정한 금액

(2) 법인세법 제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우 제44조의3(적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ③ 적격합병(제44조 제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한다)을 한 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

3. 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 “근로자”라 한다) 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 법인 등기사항일부증명서 및 합병계약서에 의하면, 청구법인은 2020.1.14. 피합병법인(청구법인 자회사, 지분 100% 소유)과 합병계약을 체결하였고, 2020.3.5. 피합병법인을 흡수합병하는 등기를 경료하였으며, 이에 대하여 처분청과 다툼은 없다. (나) 청구법인은 2020.3.3. 쟁점부동산을 피합병법인으로부터 합병을 원인으로 하여 취득한 후, 2020.4.16. 쟁점부동산의 시가표준액을 과세표준으로 하고지방세특례제한법제57조의2 제1항에 따라 기업합병으로 쟁점부동산을 취득하는 것으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 감면(100분의 50)받았다. (다) 청구법인과 피합병법인이 합병한 이후, 2021사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 근로자 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 청구법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합이 100분의 80 미만으로 하락하였다는 사실에 대하여 청구법인과 처분청의 다툼은 없다. ＜청구법인 및 피합병법인 근로자 현황＞ OOO (라) 처분청은 청구법인이 합병등기일(2020.3.5.)부터 3년 이내인 2021사업연도 종료일 기준 청구법인에 종사하는 근로자 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 청구법인에 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락한 것(법인세법제44조의3 제3항 제3호)으로 보아, 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과ㆍ고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은법인세법제44조 제3항에서 적격합병의 경우를 추징대상에서 배제한다는 별도의 명시 규정이 없으므로 추징대상에서 제외할 수 없다는 의견이나, 추징처분은 취득세를 감면받은 자가 당초 감면받은 취지에 합당한 사용을 하지 않은 것을 요건으로 한 처분으로서, 감면요건을 갖추지 못한 경우에 대한 본래의 취득세 부과처분과는 요건을 달리하는 별개의 처분이라 할 것(대구고등법원 2010.1.22. 선고 2009누1533 판결)이다. 쟁점감면규정의 단서에 합병등기일부터 3년 이내에법인세법제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우 경감된 취득세를 추징하나, 쟁점사후관리규정에서 내국법인이 발행주식총수를 소유하고 있는 다른 법인을 적격합병을 하는 경우 추징 사유에서 제외한다고 규정하고 있으므로 쟁점사후관리규정의 각 호가 발생하였다 하여 기 감면한 취득세를 추징할 수는 없다(조심 2022지1342, 2023.10.25.. 결정 참조) 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점감면규정의 단서를 이유로 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.