조세심판원 심판청구 법인세

농업법인이 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기감면한 취득세를 추징한 처분의 당부

사건번호 조심 2023지2008 선고일 2023-08-18 조세심판원

[요지] 청구법인이 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 하겠다. 따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2021.2.22. OOO 임야 OOO㎡(이하 “이 건 토지①”이라 한다), 같은 리 OOO 임야 OOO㎡(이하 “이 건 토지②”라 한다) 합계 OOO㎡를 취득하고 이에 대한 취득세를 신고‧납부하면서, 이 건 토지① 중 OOO㎡, 이 건 토지② 중 OOO㎡ 합계 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가 지방세특례제한법 제11조 제1항에 따라 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 해당하는 것으로 하여 취득세의 100분의 75를 경감받았다.
  • 나. 이후 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 2022.12.29. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.3.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점토지 취득 전인 2019년 10월경 처분청으로부터 쟁점토지에 대한 개발행위가 가능하다는 말을 들었고 인근 군부대로부터도 개발이 일부 가능하다는 말을 들어 2021년 2월 쟁점토지를 취득하게 되었다. 청구법인은 쟁점토지에 대하여 사업계획서를 작성하여 사업을 진행하였고 사업계획서대로 개발행위를 하려고 하였으나 쟁점토지가 군사시설보호구역이어서 개발행위 전 반드시 군부대와 협의를 거쳐야 하였다. 이를 위하여 토목설계사무실과 용역계약을 하여 도면과 현황측량을 실시하였고 계획서를 담당부대에 접수하려고 하였는데 쟁점토지가 토지이용계획서상으로는 단순 군사시설보호구역이라고 되어 있지만 실제로는 군사시설보호구역 내에서도 작전지역이기 때문에 청구법인이 원하는 쪽으로 허가를 해줄 수 없다는 황당한 답변을 받았고, 면적도 넓어 1년 안에 군부대 협의 승인이 되지 않는다고 하였다. 그리고, 한번 불허가가 되면 1년에서 2년 정도는 접수를 할 수 없다고 하여 당시 접수를 하지 못하였다. 이후 청구법인은 여러 가지 방안을 모색하면서 군부대 담당자와 계속 협의를 하였고, 2021년 9월경에서야 방법을 찾아 수종갱신은 가능하다는 결과를 도출하여 벌목회사와 계약 후 업무를 진행하였다. 청구인이 제출한 자료에서 확인되듯이 많은 비용이 소요되었고 기간 내 어떻게든 개발행위를 하려고 하였으나 관공서 업무가 한두달 사이에 승인이 나는 것이 아니었기에 의도하지 않게 개발행위가 늦어진 것이다. 청구법인이 세무담당자와 상담을 한 결과 쟁점토지 매입시 사전에 관공서 확인을 한 후 매입하여야 불상사를 막을 수 있다고 하였으나, 그러기 위해서는 토지주들의 사용승낙이 필요한 상황인데 계약도 체결하지 아니하고 토지사용승낙을 해주는 매도자가 있을 리 없고, 관공서의 의무사항은 아니라고 하더라도 국민의 재산권 보호를 위하여 과세 전 계획대로 사용하도록 안내를 하여야 할 것임에도 사전 안내한 사실이 없다. 또한 쟁점토지 취득 후 사업계획서대로 기간내 이용을 못할 경우 감면받은 임야에 대해 연장할 수 있는 제도가 있으니 참고하라고 처분청이나 세무서 측에서 민원인에게 안내하였다면 청구법인은 연장신청을 즉시 하였을 것이고 지금처럼 불미스러운 일은 없었을 것이다. 청구법인이 산림 조성을 위하여 다방면으로 업무를 진행하는 등 실제로 사업을 진행하였음은 누가 보아도 알 수 있는 상황으로, 각고의 노력 끝에 청구법인은 2023.1.16. 입목벌채 허가와 산림조성 허가를 득하여 현재 공사 중에 있는데 단지 사업시행을 유예기간 내에 하지 못하였다는 이유 하나로 취득세 전액을 추징하는 것은 부당하다.
  • 나. 처분청 의견

(1) 지방세특례제한법 제11조 제1항은 농업법인이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 농지에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2023년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항 제1호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있다.

(2) 위 조항에 규정된 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지, 부동산의 취득목적에 비추어 해당 용도에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 해당 용도에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 납세자가 부동산을 해당 용도에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 등 다수, 같은 뜻임)이고, 해당 업무에 1년 이내에 직접 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애 사유가 있음을 알면서 부동산을 취득하였고 그 장애 사유로 인해 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못하였다면 이는 정당한 사유가 될 수 없다(대법원 2012.12.13. 선고 2011두1948 판결, 같은 뜻임).

(3) 청구법인은 쟁점토지가 군사시설보호구역으로서 군부대 협의가 필요하였고 면적이 넓어 1년 안에 군부대 협의 승인이 되지 않은 것이라고 주장하나, 쟁점토지에서 영농활동을 하기 위하여 군부대와 협의가 필요한 사정은 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전부터 존재하는 법령상의 장애사유에 불과하고, 청구법인이 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유를 사업계획 수립 전 인지할 수 있었다고 할 것인 점, 설사 알지 못하였다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 알 수 있었던 상황인 점, 청구법인이 이러한 장애를 해소하기 위하여 노력을 하고 그 과정에서 상당한 시간이 소요되었다고 하여 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유로 삼기 어려운 점 등에 비추어 기감면한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 농업법인이 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기감면한 취득세를 추징한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지1> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 등기사항일부증명서(2023.4.17.)에 의하면 청구법인의 목적사업은 “비타민 나무 경작업”, “더덕, 도라지 잔대 경작업”, “농업경영, 농산물의 유통, 가공, 판매 농작업의 대행업”, “농산물의 구매, 비축사업”, “농기계 기타장비의 임대, 수리, 보관업”, “소규모관개시설의 수탁 및 관리업”, “농어촌관광 휴양사업”, “체험농업”, “관광농업”, “생수제조업”, “농업인의 귀농, 귀촌사업”, “위 각호에 관련된 부대사업일체”로 되어 있고, 회사성립일은 2020.12.17.이다. (나) 청구법인이 쟁점토지 취득에 따른 취득세 신고시 제출한 영농목적확인서(2021.2.21.)에는 청구법인이 쟁점토지 매입 후 쟁점토지에 비타민나무 및 더덕, 도라지, 잔대를 식재할 것을 확인한다는 내용이 기재되어 있다. (다) 청구법인이 제출한 쟁점토지 관련 사업계획서에 의하면 사업위치는 OOO 외 OOO필지 OOO㎡이고, 사업명은 “OOO 임야 조성 사업”이며, 주요사업 및 규모는 비타민나무 식재(OOO평), 귀농‧귀촌 전원마을(비타민나무 재배, 농가주택, OOO평), 더덕‧도라지‧잔대 식재(OOO평), 물생산공장(OOO평), 글램핑장 운영(OOO평), 임야 매매(OOO평)이고, 총사업비는 OOO원이며, 사업추진일정은 <별지2>와 같다. (라) 청구법인의 쟁점토지 취득 시점, 1년 경과 시점 및 청구법인이 쟁점토지 취득 후 시점에서 영농에 사용하기 위하여 추진하였다고 주장하는 사업 내역과 그 입증자료는 <별지3>과 같다. (마) 청구법인은 각고의 노력 끝에 2023.1.16. 입목벌채 허가와 산림조성 허가를 득하여 현재 공사를 진행하고 있다고 하면서 벌목 및 조림 사진을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법 제11조 제1항은 농업법인이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 농지에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2023년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항 제1호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있다. (나) 위 규정에서 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지‧제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 사유를 의미한다 할 것인데(대법원 2003.12.12. 선고 2003두9978 판결 참조), 부동산 취득 당시 1년 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 1년 이내에 당해 부동산을 그 사업 내지 고유 업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 부동산을 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것(대법원 1998.7.10. 선고 98두726 판결, 같은 뜻임)이다. (다) 청구법인은 쟁점토지를 유예기간 이내에 영농에 사용하지 못한 사유가 쟁점토지가 군사시설보호구역 내에 소재하여 군부대 협의를 거쳐야 했고, 이를 위하여 인허가용역대행계약도 체결하였으나 면적이 넓어 1년 내에 군부대 협의 승인이 되지 아니하였다고 주장하나, 이러한 사유는 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 이전에 예측할 수 없었던 특수한 사유에 해당되지 아니하고, 단순히 면적이 넓고 인‧허가상 특수성이 있다고 하여 쟁점토지 전부를 유예기간 이내에 취득 목적대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다고 보기는 어려운 점, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 이후에 비타민나무 납품계약 체결, 인‧허가 용역대행계약 체결, 임산물 공급‧매입계약 체결, 벌목 및 임목 계약 체결 등을 한 점은 인정되나, 이는 쟁점토지를 취득목적대로 사용하기 위한 준비작업에 불과하다고 할 것이고, 쟁점토지 취득 후 1년 10개월이 경과한 2023.1.16. 입목벌채허가를 받았다고 하더라도 이를 영농에 사용한 것으로 인정하기는 어려운 점, 그 외에 청구법인이 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 하겠다. 따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 관련 법령 ㅇ지방세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 일부개정, 2021.1.1. 시행) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는 4년 이내)에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2023년 12월 31일까지 경감한다.

1. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인

2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따른 농업회사법인

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2023년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우

④ 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 2020년 12월 31일까지 면제한다. <별지2> 사업계획서상 사업추진일정 구분 일정 사업계획 수립 ’20년 11월 〜 12월 개발 허가 현황 측량 및 기초조사/현황분석 ’20년 12월〜’21년 1월 토지매입 완료 / 단지토목 및 기본설계 ’21년 1월 단지내 기본설계 사전재해 영향성 검토 ’21년 2월 개발행위 허가 신청서 작성 ’21년 3월 〜 4월 개발행위 신청 ’21년 4월 〜 5월 관련실과 협의 ’21년 5월 〜 8월 개발행위 허가 고시 및 토목공사 ’21년 8월〜’22년 2월 1차 준공 ’22년 2월 2차분 설계 및 사전재해 환경성 검토/인허가

• 2차분 착공 및 준공 ’22년 3월 <별지3> 영농을 위한 추진사업 내역 및 입증자료(청구법인 제출) 일자 내용 입증자료 2021.2.22. 쟁점토지 취득 2021.5.7. 비타민나무 납품계약 체결 원료납품계약서 2021.6.15. 군사시설보호구역협의를 위한 인‧허가 용역대행계약 체결 인‧허가용역대행계약서 2021.9.3. 임산물 공급‧매입 계약 임산물 공급‧매입계약서 2021.10.23. 벌목 및 임목 계약 벌목 및 임목 계약서 2022.2.22. 쟁점토지 취득 후 1년 경과 2022.11.14. 산림경영계획 인가 산림경영계획 인가서(철원군) 2023.1.16. 자등리 산70 외 4필지에 대한 입목벌채 허가 벌채허가 신청에 따른 허가사항 알림(철원군)

원본 출처 (국세법령정보시스템)