[요지] 쟁점토지의 지하에 산업용 건축물(공장)과 연결된 배관이 매설되어 있는 등 쟁점토지는 통상의 나대지와 차이가 있고, 언제든지 공장의 부속토지로 사용할 수 있는 쟁점토지를 공장의 효율적인 운영과 전혀 관련이 없는 나대지라고 할 수도 없는 점(조심 2021지2777, 2022.7.26. 같은 뜻임)등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[요지] 쟁점토지의 지하에 산업용 건축물(공장)과 연결된 배관이 매설되어 있는 등 쟁점토지는 통상의 나대지와 차이가 있고, 언제든지 공장의 부속토지로 사용할 수 있는 쟁점토지를 공장의 효율적인 운영과 전혀 관련이 없는 나대지라고 할 수도 없는 점(조심 2021지2777, 2022.7.26. 같은 뜻임)등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[참조결정] 조심2021지2777 / 조심2019지3819
[주 문] OOO도 OOO시장이 2022.12.14. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 토지가 소재하는 OOO산업단지는산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역으로 해당 법령에서 유치지역 내 소재하는 토지를 분양받아 입주하는 경우, 해당 기업은 분양받은 토지에 기준공장건축면적(공장부지면적×기준공장면적률)을 충족하는 건축물을 신축하여 공장용으로 사용하면 ‘입주계약에 의한 용도로 사용’한 것으로 본다고 규정하고 있고, 산업통상자원부 고시(제2018- 162호, 2018.9.17.)를 보면, 청구법인의 업종(탭, 벨브 및 유사장치 제조업 분류번호 29133)별 기준공장면적률은 15%로서 이 건 토지의 기준공장건축면적은 OOO㎡(33,101.8㎡×15%)인데, 청구법인은 이 건 토지에 기준공장건축면적을 상회하는 공장용 건축물 OOO㎡(OOO개동 이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하였는바, 이는 해당 용도에 직접 사용하는 것으로 보는 것이 타당하다.
(2) 청구법인의 공장등록증명서를 보면, 쟁점토지를 포함한 이 건 토지(OOO㎡) 전부가 공장의 부속토지로 기재되어 있고, 쟁점토지에는 공장용 건축물과 연결된 각종 배관(위생 및 소화배관)이 매설되어 있으며, 항공사진으로도 이 건 토지에 여러 동의 건축물(공장, 연구실, 사무실 등)이 군데군데 나뉘어 소재하고 있음을 볼 때, 쟁점토지는 일반적인 나대지와는 구분되는 공장용지에 해당된다.
(3) 또한, 이 건 토지(OOO㎡)를 이루고 있는 쟁점토지 OOO㎡와 공장용 건축물 등이 소재하는 토지 OOO㎡(이하 “쟁점외 토지”라 한다)는 하나의 울타리 안에 있는 1구의 토지로서 청구법인은 이 건 토지를 구분하지 않고 전부 공장용지로 사용하고 있고 처분청도 이 건 토지를 공장입지기준면적 이내의 공장용지로 보아 분리과세대상으로 구분하여 2022년도까지 재산세 등을 부과하고 있는바, 이 건 토지는 전부 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하는 부동산에 해당된다.
(4) 설령, 쟁점토지의 현황이 사실상 나대지여서 청구법인이 해당 용도에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다고 하더라도 청구법인은 쟁점토지에 공장용 건축물을 신축(증축)하기 위하여 2018년 6월 경 건축사인 OOO과 설계용역계약을, OOO건축사사무소와 공사감리용역계약을 각각 체결하고, 2018.10.21.부터 2019.9.27.까지 쟁점토지의 일부(OOO㎡)에 파일박기 등의 기초 공사를 진행하였고, 그 후 2020.12.23. OOO건축사사무소와 건축물의 증축(OOO㎡)을 위한 설계감리용역계약을 체결하였으며, 2021.2.5. 쟁점토지에 건축물 신축을 위한 터파기 공사 등을 진행하였으나 쟁점토지에 대해 연약지반 개량공사를 먼저 하여야 한다는 주식회사 OOO과 주식회사 OOO의 의견에 따라 쟁점토지에 건축물을 신축하는 공사를 일시 중단하였다. 그 후 청구법인은 쟁점토지에 건축물의 신축공사를 진행하고자 하였으나, 연약지반개량 공사 및 코로나19로 인한 경기악화 등으로 건축공사가 연기되고 있는 상태로서 여기에는 해당 용도에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것인바, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
(5) 끝으로, 처분청은 청구법인이 쟁점토지 중 OOO㎡(건축물 기초공사 중인 토지 OOO㎡ 제외)를 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 않았다고 보아 2021.5.11. 청구법인에게 해당 토지(OOO㎡)에 대해 취득세 등 OOO원의 과세예고를 하였고, 이에 대해 청구법인이 소명하여 과세예고를 철회하였으며, 그 후 아무런 사정이 변경된 것이 없음에도 1년 6개월이 지나 다시 동일한 사항으로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 사실상의 재조사로서 부당하다.
(2) 취득세를 감면받은 토지가 단일 필지의 공장용지로서 하나의 울타리로 둘러싸여 있으며 하나의 출입문을 가지고 있는 공장의 경계구역 안에 있는 토지로서 재산세 분리과세대상 또는 공장입지기준면적 이내라고 하더라도 취득세 감면 유예기간(3년)이 지난 이후인 당해 과세관청의 현장 조사일 당시까지 수풀이 우거져 있는 등 나대지 상태로 계속 방치되고 있다면, 이는 당해 공장용 건축물의 효용과 편익을 위해 직접 사용된다고 보기에는 무리가 있어 추징대상에 해당된다고 할 것이다(행정안전부 지방세특례제도과-626, 2021.3.12.).
(3) 청구법인이산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따라 이 건 토지에 공장인 이 건 건축물을 신축하였다는 사유만으로 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하였다고 볼 수는 없고, 쟁점토지에 이 건 건축물과 연결된 각종 배관이 매설되어 있다고 하더라도 달리 볼 것은 아니므로 처분청이 그 현황이 나대지인 쟁점토지를 해당 용도에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.
(4) 또한, 취득세를 감면받은 토지에 건축물 신축공사를 착공하였다고 하더라도 그 토지를 해당 용도에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없고, 건축 중인 건물의 연면적 중 건물 부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지 부분으로 제한하여 그 해당 목적에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보는 것(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결)인데, OOO가 2021.6.21. 청구법인에게 제시한 연약지반 개량의견서를 보면 연약지반 개량 공법 등으로 건축물의 착공이 가능한 것으로 나타나고, 코로나19로 인한 경기악화 등은 법령의 제한 등과 같은 외부적 사유에 해당하지 않음을 볼 때 청구법인은 쟁점토지를 정당한 사유 없이 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 않았다 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.
(5) 처분청은 2021.5.11. 청구법인에게 쟁점토지 중 OOO㎡에 대해 감면분 취득세 등 OOO원의 과세예고를 하였다가 청구법인이 제출한 착공신고서(2021.2.26.) 등 소명자료를 확인한 후 쟁점토지의 일부(OOO㎡)에 건축물 기초 공사를 하고 있는 것을 건축 중으로 보아 2021.7.5. 해당 과세예고를 철회하였는데, 그 후 약 1년 2개월이 경과한 2022.9.6.까지 건축공사가 중단되었고, 쟁점토지 OOO㎡ 중 OOO㎡를 제외한 나머지 OOO㎡(과세예고 면적)는 여전히 나대지 상태로 방치되어 있는바, 처분청이 쟁점토지에 대하여 면제한 취득세 등을 부과한 처분은 재조사와 관련이 없다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1996.12.30. OOO를 본점소재지로 하고, 방축열시스템용 밸브 제조, 공압식 엑츄레이터 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립하였다. (나) 청구법인은 2013.12.30. OOO공사와 이 건 토지의 매매(연부)계약(매매가격 OOO원)을 체결한 후, 2017.3.28. 이 건 토지 매매(연부)금액을 전부 지급하였고, 처분청은 이 건 토지를 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 면제하였다. (다) 청구법인은 2017.7.12. 이 건 건축물의 신축공사를 착공하여 2018.4.12. 사용승인을 받았으며, 처분청은 이 건 건축물을 산업단지 내에서 취득하는 산업용 건축물로 보아 취득세의 100분의 50을 감면하였다. (라) OOO공단은 2018.4.17. 청구법인에게 공장등록증(공장부지 OOO㎡, 제조시설 등 OOO㎡)을 교부하였고, 청구법인은 현재까지 이 건 건축물을 산업용 건축물로 직접 사용하고 있다. (마) 청구법인은 2018.7.9. 처분청으로부터 쟁점토지에 공장용 건축물 OOO㎡(8개동)를 신축하는 건축허가를 받아 2018.10.21.부터 2019.9.27. 까지 쟁점토지(OOO㎡)의 일부(OOO㎡)에 건축물 신축을 위한 지반 조성 공사 등을 진행하다가 건축물의 신축공사를 착공하지 않은 상태에서 공사를 중단한 후, 2020.7.8. 처분청에 건축물 착공 연기 신청을 하였다(착공기한: 변경 전 2020.7.8. / 변경 후 2021.7.8.). (바) 청구법인은 2020.12.23. 쟁점토지에 건축물(공장)을 신축하기 위하여 OOO건축사사무소와 설계·감리계약을 체결하고, 2021.1.29. 처분청에 건축물 착공 신고(연면적 OOO㎡)를 하였다. (사) 청구법인의 의뢰를 받아 쟁점토지의 지반을 조사한 주식회사 OOO는 2021.6.21. 쟁점토지에 건축물을 신축하기 위해서는 지반을 개량하여 지반의 안전성을 확보하여야 한다는 의견을 제시하면서 그 대안으로 샌드드래인 공법 등 4가지 공법을 제안하였다. (아) 처분청은 쟁점토지 OOO㎡ 중 건축물 신축을 위한 지반 조성 공사를 한 OOO㎡를 제외한 OOO㎡에 대해 정당한 사유 없이 유예기간이 경과할 때까지 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 않았다고 보아 2021.6.21. 청구법인에게 면제한 취득세 등 OOO원의 과세예고를 하였다가 청구법인의 소명을 받아들여 2021.7.5. 해당 과세예고를 철회(OOO시 징수과-16207)하였으며, 그 내용은 아래와 같다. 과세예고 철회 통지서 지난, 2021.5.11. 귀 법인에게 OOO 토지에 대한 지방세(취득세 등) 과세예고[징수과-11543(2021.5.11.)를 통지하였으나, 귀 법인이 제출한 소명자료 검토한 결과 취득일로부터 감면유예기간인 3년 내 착공하여 순차적으로 건축 중인 사실이 인정되므로 기 통지하여 드린 지방세(취득세 등) 과세예고의 철회를 통보합니다. 단, 향후 현장을 재조사하여 공사 중단 등의 사유로 산업용 건축물의 부속토지로 사용되지 아니하고 있을 시 감면된 취득세의 추징 대상이 될 수 있사오니 빠른 시일 내에 산업용 건축물을 신축하여 실질적으로 사용하시기 바랍니다. (자) 처분청이 제출한 이 건 토지(쟁점토지 포함) 및 이 건 건축물의 항공사진을 보면, 쟁점토지를 둘러 이 건 건축물이 신축되어 있고, 쟁점토지의 경우 이 건 건축물의 부속토지와는 구분되어 있으며, 쟁점토지 대부분에는 잡초만 무성할 뿐 이를 생산시설 등으로 사용한 사실은 없는 것으로 보이고, 그 일부에 건축용 파일 등이 박혀 있는 것으로 보아 지반 조성공사를 한 사실은 알 수 있다. (2)지방세특례제한법제78조 제4항 제2호 가목 및 같은 법 부칙 제25조에서 산업단지에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세를 2019.12.31.까지 면제(2015.12.31.까지 분양계약을 체결한 경우에 한함)한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 이 건 토지는 하나의 토지로서 1구의 공장용지에 해당하고 청구법인이 쟁점토지를 분할하여 공장 외의 용도로 사용하거나 제3자에게 임대한 사실은 없는 점, 청구법인의 공장등록증명서에 쟁점토지를 포함한 이 건 토지 전체가 공장의 부속토지로 등록되어 있고, 청구법인은 이 건 토지 상에 공장용 건축물을 신축하여 정상적으로 사용하고 있는 점, 쟁점토지의 지하에 산업용 건축물(공장)과 연결된 배관이 매설되어 있는 등 쟁점토지는 통상의 나대지와 차이가 있고, 언제든지 공장의 부속토지로 사용할 수 있는 쟁점토지를 공장의 효율적인 운영과 전혀 관련이 없는 나대지라고 할 수도 없는 점(조심 2021지2777, 2022.7.26. 같은 뜻임)등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제7항,국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 지방세기본법 제80조[조사권의 남용 금지] ① 지방자치단체의 장은 적절하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
② 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 지방세 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 둘 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제88조 제5항 제2호 단서, 제96조 제1항 제3호 단서 또는 제100조에 따라 심판청구에 관하여 준용하는국세기본법제65조 제1항 제3호 단서에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 제84조의3 제3항에 따른 조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지의 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(2) 지방세기본법 시행령 제52조[재조사 금지의 예외] 법 제80조 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제102조부터 제109조까지의 규정에 따른 지방세에 관한 범칙사건을 조사(이하 “범칙사건조사”라 한다)하는 경우
2. 세무조사 중 서면조사만 하였으나 법 또는 지방세관계법에 따른 경정을 다시 할 필요가 있는 경우
3. 각종 과세정보의 처리를 위한 재조사나 지방세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우
(3) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제78조[산업단지 등에 대한 감면] ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 대상 지역 가.산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
2. 경감 내용
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
(4) 지방세특례제한법 부칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제25조[산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례] 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물 등을 건축[공장용 건축물(건축법제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.