[요지] 청구법인의 경우, 제품 연구를 담당하는 임원을 비롯하여 임원 대부분이 쟁점연구소가 아닌 본사에서 근무하고 있어서 쟁점연구소에서 청구법인의 경영과 관련한 의사결정이나 중요한 관리행위가 이루어지고 있다고 보기 어려움.
[요지] 청구법인의 경우, 제품 연구를 담당하는 임원을 비롯하여 임원 대부분이 쟁점연구소가 아닌 본사에서 근무하고 있어서 쟁점연구소에서 청구법인의 경영과 관련한 의사결정이나 중요한 관리행위가 이루어지고 있다고 보기 어려움.
[참조결정] 조심2014지0379 / 조심2018지0175
[주 문] 서울특별시 강서구청장이 2022.12.1. 청구법인에 한 취득세 등 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인의 등기사항일부증명서에는 본점이 OOO로, 목적은 의약품, 제약원료 및 공업용약품의 연구개발, 소분업과 제조판매업, 수입판매업 및 수출업 등으로 되어 있다. (나) 한국산업기술진흥협회장은 2022.2.17. 쟁점연구소를 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의 제1항 및 같은 법 시행령 제27조 제1항에 따른 연구인력 및 시설 등의 요건을 갖춘 기업부설연구소로 인정하였다. (다) 청구법인의 조직도(2022.12.31. 기준)에 따르면, 감사위원회를 제외한 모든 부서가 회장 직속으로 되어 있고, 그 내용은 아래와 같다. <청구법인 조직도> ㅇㅇㅇ <부서별 역할 및 부서장> ㅇㅇㅇ (라) 청구법인의 사업보고서(2021년도)에는 사업의 개요, 주요제품 등의 현황, 연구개발활동의 개요 등이 소개되어 있고, 그 주요 내용은 아래와 같다. <청구법인의 사업보고서> ㅇㅇㅇ (마) 청구법인이 제출한 사업장별 현황(2022.12.31. 기준)에 따르면, 청구법인의 본점(OOO)에는 394명이 근무하고 있고, 의약품 제조공장(OOO)에는 265명이 근무하고 있으며, 10곳의 영업사무소에는 총 185명이 근무하고 있고, 쟁점연구소에는 120명이 근무하고 있으며, 그 구체적인 내용은 아래와 같다. <청구법인의 사업장 현황> ㅇㅇㅇ (바) 청구법인이 제출한 2022년도 매출 현황에 따르면 서비스제공 및 로열티에 따른 매출액은 OOO원으로 총 매출액에서 5.56%를 차지하는 것으로 나타나고, 그 구체적인 현황은 아래와 같다. <청구법인의 매출 현황(2022년도)> ㅇㅇㅇ
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 판례(서울고등법원 2020.5.22. 선고 2019누53893 판결, 수원지방법원 2021.4.22. 선고 2019구합69743 판결)의 일부 사실관계를 근거로 지방세법제13조 제1항에 따른 본점 사업용 부동산의 범위를 ‘중요한 업무수행이 이루어지는 장소’로 보아야 한다는 의견이다. 그러나 지방세법령에서 ‘본점’을 별도로 정의하고 있지 아니한 이상, 그 의미를 통상적인 경우와 달리 볼 수는 없는바, 본점은 ‘영업의 본거지가 되는 점포’로서, 일반적으로 ‘법인의 장기적인 경영전략, 기본 정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리·처분, 핵심적인 소득창출 활동 등을 결정하고 관리하는 장소’를 의미한다(조심 2018지175, 2018.6.1., 대법원 2021.2.25. 선고 2017두237 판결, 같은 뜻임). 즉, 본점은 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 이루어지는 장소로 한정되는 것이고, 주요 영업장이나 핵심 제조시설 등은 법인의 중요한 업무가 수행되는 장소이기는 하지만 그 업무의 성격이 의사결정이나 관리와는 달라서 본점이라고 볼 수는 없다(대법원 2001.10.23. 선고 2000두222 판결, 같은 뜻임). 청구법인의 경우, 제품 연구를 담당하는 임원을 비롯하여 임원 대부분이 쟁점연구소가 아닌 본사(OOO)에서 근무하고 있어서 쟁점연구소에서 청구법인의 경영과 관련한 의사결정이나 중요한 관리행위가 이루어지고 있다고 보기 어렵고, 청구법인의 주업이 복제약의 제조·판매, 약품의 수입·판매라서 신약 개발을 주업으로 하는 제약회사의 연구소와 같은 수준의 역할을 쟁점연구소에 맡겼다고 보기도 어렵다. 또한 쟁점연구소의 구체적인 운영현황에 비추어 보더라도, 임상연구실, PV/CQ실, RA실, 의학부, MIR팀 등은 복제약의 성능개선, 인허가 관련 기술적 지원, 경영진이나 영업부서 등의 지시나 요청에 따른 자료 수집·실험, 의약·의학 분야의 기술적 조언과 전문자료 작성 등을 담당하고 있는 것으로 보이는데, 이러한 업무도 의사결정이나 관리행위에 해당한다고 보기 어렵다. 더욱이 처분청은 기술집약도가 높은 첨단산업에 있어서 연구개발이 중요하기 때문에 이러한 역할을 하는 연구소에 대해서 취득세를 중과세해야 한다는 의견인데, 이는 과밀억제권역 내에서 인구유입과 산업집중을 현저하게 유발시키는 본점의 신·증설을 억제하겠다는 중과세 규정의 취지와도 맞지 않다. 따라서 처분청이 쟁점부동산을 본점 사업용 부동산으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 지방세법(2019.12.31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것) 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당하며, 신탁법에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하는 부동산을 포함한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지·유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 "사원주거용 목적 부동산"이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.
1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 "휴면법인"이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(수도권정비계획법제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우
2. 대도시(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설함에 따라 부동산을 취득하는 경우
(2) 지방세법 시행령 제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.
(3) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호 일부개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 대상 지역
2. 경감 내용
(4) 서울특별시 시세 감면 조례(2018.12.31. 조례 제6944호로 전부개정되기 전의 것) 제14조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조제8항에 따른 "조례로 정하는 율"은 다음과 같다.
1. 법 제78조제4항제2호가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.
2. 법 제78조제4항제2호나목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 15로 한다.
(5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.
② 소속 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서에 대하여 제1항에 따른 인정을 받으려는 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 바에 따라 과학기술정보통신부장관에게 인정을 신청하여야 한다.
③ 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 "기업부설연구소등"이라 한다)가 소속된 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 사항을 변경하는 경우에는 과학기술정보통신부장관에게 신고하여야 한다.
④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 기업부설연구소등의 인정 및 변경신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 과학기술정보통신부령으로 정한다. 제14조의3(기업부설연구소등의 인정취소) ① 과학기술정보통신부장관은 기업부설연구소등 또는 기업부설연구소등이 소속된 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있다. 다만, 제1호 또는 제2호에 해당하는 경우에는 그 인정을 취소하여야 한다.
1. 거짓 또는 그 밖의 부정한 방법으로 인정을 받거나 변경신고를 한 경우
2. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 기업부설연구소등의 인정취소를 요청한 경우
3. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 폐업하거나 기업부설연구소등의 폐쇄 사실을 과학기술정보통신부장관이 확인한 경우
4. 제14조의2 제1항에 따른 인정기준에 미달되어 과학기술정보통신부장관이 그 보완을 명한 날부터 1개월이 지날 때까지 미달된 사항을 보완하지 아니한 경우
5. 제14조의2 제3항에 따른 변경신고를 변경사유가 발생한 날부터 1년 이내에 하지 아니한 경우
6. 기업부설연구소등의 연구개발활동이 없다고 과학기술정보통신부장관이 인정한 경우
7. 기업부설연구소등이 제14조의4에 따른 준수사항을 위반한 경우
8. 연구실 안전환경 조성에 관한 법률 제17조 등 다른 법률에 따라 기업부설연구소등의 연구개발활동이 제한된 경우
② 과학기술정보통신부장관은 제1항에 따라 기업부설연구소등의 인정을 취소하려는 경우에는 청문을 실시하여야 한다. 다만, 제1항 제2호 또는 제3호에 해당하는 경우에는 청문을 실시하지 아니할 수 있다.
③ 제1항 제1호에 따라 소속 기업부설연구소등의 인정이 취소된 기업은 취소된 날부터 1년이 지날 때까지 제14조의2 제2항에 따른 인정을 신청할 수 없다. 제14조의4(기업부설연구소등의 준수사항) 기업부설연구소등은 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다.
1. 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발활동과 관련된 업무 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니할 것(다만, 창업일로부터 3년이 경과하지 아니한 중소기업기본법 제2조 제2항에 따른 소기업의 기업부설연구소등에 근무하는 자가 해당 소기업의 대표자를 겸하는 경우에는 제외한다)
2. 건축법에 따라 허가받지 아니한 건물 또는 가건물, 건축물의 용도가 주거용인 건물에는 기업부설연구소등을 설치하지 아니할 것
3. 그 밖에 기업부설연구소등의 건실한 운영을 위하여 대통령령으로 정하는 사항
(6) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정기준) ① 법 제14조의2 제1항에서 "연구인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관"이란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구기관에서 근무하는 연구전담요원을 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기관을 말한다. 이 경우 과학기술정보통신부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 경우에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.
1. 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설 연구기관: 5명 이상. 다만, 중소기업기본법 시행령 제8조제1항에 따른 소기업자가 설립한 기업부설 연구기관은 3명 이상으로 하되, 해당 기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.
2. 국외에 있는 기업부설 연구기관: 5명 이상
3. 제1호에도 불구하고 과학기술정보통신부령으로 정하는 과학기술 분야 연구기관의 연구원 및 대학의 교원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조에 따른 벤처기업이 설립한 기업부설 연구기관: 2명 이상
4. 중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 제2조 제1호에 따른 중견기업으로서 직전 3개 사업연도의 평균매출액(사업연도가 1개인 경우에는 해당 사업연도의 매출액으로, 2개인 경우에는 2개 사업연도의 평균매출액으로 하고, 사업기간이 1년 미만인 사업연도의 매출액은 1년으로 환산하여 계산한다)이 5천억원 미만인 중견기업이 설립한 기업부설 연구기관: 7명 이상
5. 그 밖의 기업부설 연구기관: 10명 이상
② 법 제14조의2 제1항에서 "연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업의 연구개발부서"란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업의 연구개발부서를 말한다.
③ 제1항 및 제2항에서 규정한 사항 외에 기업부설 연구기관 및 기업의 연구개발부서가 확보하여야 하는 연구전담요원의 자격기준은 과학기술정보통신부령으로 정한다.