쟁점창고는 법인지방소득세 안분대상 사업장에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2023지2005

[주 문] 경기도 화성시장이 2023.2.15. 청구법인에게 한 법인지방소득세의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2020사업연도 법인지방소득세 신고·납부 시지방세법제103조의19에 따라 산출한 과세표준에 같은 법 제103조의20 제1항의 세율을 적용하여 산출한 전체 법인지방소득세에지방세법 시행령제88조 제1항 등에 따라 처분청 관내 청구법인의 사업장 4,194.10㎡(경기도 화성시 OOO 토지 및 그 지상건축물, 이하 “쟁점창고”라 한다)를 안분대상 사업장으로 구분하여 아래 ＜표1＞과 같이 법인지방소득세를 신고·납부하였다. ＜표1＞ 청구법인의 법인지방소득세 신고·납부내역(쟁점창고분)

○○○

• 나. 서울특별시장은 2022.12.12. 쟁점창고가 인적 및 물적설비를 갖추지 아니하였다고 보아 법인지방소득세 안분대상 사업장에서 제외하여 재산정한 안분율(쟁점창고 안분율 0%)을 적용하여 법인지방소득세 OOO원(이하 “이 건 법인지방소득세”라 한다)을 청구법인에게 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 2022.12.14. 이 건 법인지방세소득세 부과처분에 따라 쟁점창고가 법인지방소득세 안분대상 사업장에 해당하지 아니한다는 취지로 기 납부한 법인지방소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.2.15. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.3.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1954.5.5. 부동산 임대 및 매매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 2020.7.1. 제지사업을 영위하는 한국제지 주식회사(법인등록번호 OOO, 이하 “합병 전 회사”라 한다)를 흡수합병하면서 합병 전 회사가 소유한 쟁점창고 등을 취득하였다. 그 후 청구법인은 2020.11.2. 합병 전 회사가 영위하던 제지사업 부문을 다시 물적분할하여 한국제지 주식회사(법인등록번호 OOO, 이하 “분할 후 회사”라 한다)를 설립하면서, 2019년부터 공실 상태인 쟁점창고는 분할대상 자산에서 제외하였다. 청구법인은 2020.7.1. 쟁점창고 취득 시부터 쟁점창고를 관리하는 별도 직원을 두지 않았고, 임대 등 다양한 시설활용방안을 구상하다가 2021년 9월경 타 용도로의 건축물 신축을 위하여 쟁점창고를 철거·멸실시켰다. 그럼에도 청구법인은법인세법상 사업용 부동산에 해당함을 이유로 2020.12.31. 현재 인적설비 등이 없는 쟁점창고를 법인지방소득세 안분대상 사업장으로 구분하여 처분청에게 2020사업년도 귀속 법인지방소득세를 신고·납부하였다. 그 후 서울특별시장은 쟁점창고에 인적 및 물적설비를 갖추지 않고 있어 법인지방소득세 안분대상 사업장에 해당하지 않음을 사유로 이 건 지방소득세를 부과하였다. 이와 같이 처분청과 서울특별시장이 서로 자신의 과세대상이라고 주장하고 있는바, 청구법인은 동일과세대상에 대하여 두 번의 법인지방소득세를 납부하였음에도 어느 한 곳의 지방자치단체도 환급을 하지 않고 있는 부당한 상황에 처해 있다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 심리일 현재 창고건물임대 및 보관, 창고 종목으로 사업자등록을 유지하고 있다. 창고업이라는 업종의 특성상 공실가능성이 크고, 임대업 위주의 영업방식으로 창고에 상주하는 직원이 없을 수 없으며, 청구법인은 쟁점창고를 제외한 처분청 관내 사업장 내에서 창고업을 계속 영위하고 있는 것으로 나타난다. 또한 큰 면적임(안분율 포함 면적 4,194.10㎡)에도 불구하고 쟁점창고가 물적설비가 아니라는 점에 대한 직접적인 증빙도 없다. 한편 청구법인이 쟁점창고를 사업용 부동산인 “유형자산”으로 회계분류하지 않고 사업용 부동산에 해당하지 않는 “투자자산”으로 회계분류하였음이 청구법인의 2020년 대차대조표에서 확인되나, 이러한 사실만으로 청구법인이 쟁점창고를 직접 사용하지 않았음을 방증하는 것이 아니다. 따라서 처분청이 쟁점창고를 법인지방소득세 안분대상 사업장에 해당한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점창고는 법인지방소득세 안분대상 사업장에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 지방세법 제85조(정의) ① 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

10. “사업장”이란 인적 설비 또는 물적 설비를 갖추고 사업 또는 사무가 이루어지는 장소를 말한다. 제89조(납세지 등) ① 지방소득세의 납세지는 다음 각 호와 같다.

2. 법인지방소득세: 사업연도 종료일 현재의 법인세법 제9조에 따른 납세지. 다만, 법인 또는 연결법인이 둘 이상의 지방자치단체에 사업장이 있는 경우에는 각각의 사업장 소재지를 납세지로 한다.

② 제1항 제2호 단서에 따라 둘 이상의 지방자치단체에 법인의 사업장이 있는 경우 또는 각 연결법인의 사업장이 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 법인지방소득세를 안분하여 그 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 각각 신고납부하여야 한다.

(2) 지방세법 시행령 제88조(법인지방소득세의 안분방법) ① 법 제89조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 기준”이란 다음의 계산식에 따라 산출한 비율(이하 이 장에서 “안분율” 이라 한다)을 말한다. [()+]]÷2

② 제1항에 따른 종업원 수와 건축물 연면적의 계산은 각 사업연도 종료일 현재 다음 각 호에서 정하는 기준에 따른다. 이 경우 사업장으로 직접 사용하는 건축물이 둘 이상의 지방자치단체에 걸쳐있는 경우에는 해당 지방자치단체별 건축물 연면적 비율에 따라 종업원 수와 건축물의 연면적을 계산하며, 구체적 안분방법에 관한 사항은 행정안전부령으로 정한다.

1. 종업원 수: 법 제74조 제8호에 따른 종업원의 수

2. 건축물 연면적: 사업장으로 직접 사용하는 건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)의 연면적. 다만, 구조적 특성상 연면적을 정하기 곤란한 기계장치 또는 시설물(수조ㆍ저유조ㆍ저장창고ㆍ저장조ㆍ송유관ㆍ송수관 및 송전철탑만 해당한다)의 경우에는 그 수평투영면적을 연면적으로 한다.

④ 같은 특별시ㆍ광역시 안의 둘 이상의 구에 사업장이 있는 법인은 해당 특별시ㆍ광역시에 납부할 법인지방소득세를 본점 또는 주사무소의 소재지(연결법인의 경우에는 모법인의 본점 또는 주사무소)를 관할하는 구청장에게 일괄하여 신고ㆍ납부하여야 한다. 다만, 특별시ㆍ광역시 안에 법인의 본점 또는 주사무소가 없는 경우에는 행정안전부령으로 정하는 주된 사업장의 소재지를 관할하는 구청장에게 신고ㆍ납부한다.

(3) 지방세법 시행규칙 제38조의5(법인지방소득세 안분 적용방법) 영 제88조 제2항에 따른 종업원 수와 건축물 연면적 기준은 별표 4의 법인지방소득세 안분계산 시 세부 적용기준을 적용하여 계산한다. [별표 4] 법인지방소득세 안분계산 시 세부 적용기준(제38조의5 관련)

2. 건축물 연면적 등 구분 적용례

• 가. 사업연도 종료일 현재 미사용중인 공실의 연면적 사용을 개시하지 않은 경우는 건축물 연면적에 포함하지 않음 사용하던 중 사업연도 종료일 현재 일시적 미사용 상태인 경우 건축물 연면적에 포함
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1995.1.3. 부동산 임대 및 매매업, 보관 및 창고업 등을 목적사업으로 하고, 서울특별시 강남구 OOO을 본점소재지로 하여 설립되었다. (나) 청구법인은 2020.7.1. 제지사업을 영위하는 합병 전 회사를 흡수합병하면서 합병 전 회사가 소유한 쟁점창고를 취득하였다. (다) 쟁점창고는 합병 전 회사가 창고로 사용하다가 2019년 이후사실상 비워두고 있는 상태(공실)로 포괄승계 받았고, 2020.7.1. 합병 이후 청구법인은 쟁점창고를 관리하는 직원을 두지 않고 쟁점창고의 활용방안(① 타인에게 임대, ② 물류창고 운영 ③ 건축물 멸실 후 타 용도로 건축물 신축)을 구상하다가 2021년 9월경 타 용도의 건축물 신축을 위하여 이를 철거·멸실시켰다. (라) OOO세무서장이 2021.4.6. 발급한 쟁점창고에 대한 사업자등록증을 보면 아래와 같다.

○○○ (마) 청구법인의 최근 3년간 손익계산서상 매출액 현황은 아래와 같다. ＜표2＞ 청구법인의 매출액 현황(2019년∼2021년)

○○○ (바) 청구법인의 2020년도말 대차대조표를 보면 쟁점창고를 사업용 부동산으로 보아 “유형자산”으로 분류하지 않고, “투자자산”으로 분류된 것으로 확인된다. (사) 청구법인은 2020사업연도 귀속 소득에 대한 법인지방소득세에 대하여 아래와 같이 각 지방자치단체 소재 사업장별로 안분한 후, 서울특별시 소재 사업장에 대해서는 본점 소재지인 서울특별시 강남구청장에게 아래와 같이 법인지방소득세를 신고·납부하였다. ＜표3＞ 청구법인의 법인지방소득세 신고·납부내역

○○○ (아) 서울특별시장은 청구법인에 대한 지방세 세무조사를 실시한결과, 2020사업연도 종료일(12.31.) 당시 처분청 관내에 소재한 쟁점창고를 인적·물적설비가 없는 사업장으로 보아 쟁점창고를 법인지방소득세 안분대상 사업장에서 제외하여 2020사업년도 귀속 법인지방소득세(정당세액)을 아래와 같이 산정한 후, 기 납부한 법인지방소득세 등을 차감한 이 건 법인지방소득세를 청구법인에게 2022.12.12. 부과·고지하였다. ＜표4＞ 서울특별시장의 법인지방소득세 부과·고지내역

○○○ (자) 청구법인은 이 건 법인지방소득세 부과처분과 관련하여 여주시장과 처분청에 기 신고·납부한 법인지방소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 이에 대하여 여주시장은 이를 수용하였으나, 처분청은 아래의 사유로 거부하였다.

○ 청구법인이 쟁점창고를 인수하여 소유만 하였을 뿐, 사용하지 않았다는 주장에 따라 쟁점창고에 출장 확인한바, 쟁점창고는 이미 멸실되고 그 자리에 새로운 건축물을 신축 중으로 당시 건축물의 용도를 확인할 수 없었고, 이에 따라 당시 건축물을 목적사업에 사용하지 않았다고 보기는 어렵다.

○ 또한, 공실이었다 하더라도 쟁점창고를 소유한 것 자체로 청구법인의 목적사업인 보관, 창고업에 사용된 것이어서 법인지방소득세 안분사업장에 해당한다. (차) 쟁점창고의 건축물대장을 보면 경기도 화성시 OOO 외 1 필지 27,571㎡ 지상에 창고용 건축물 6,225.3㎡로 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률제21조의2 제1항에 따라 바닥면적의 합계가 1,000㎡ 이상에 해당되어 물류창고업 등록대상으로 보이나, 처분청에 확인한 바에 따르면 쟁점창고에 대하여 청구법인은 2020사업년도 종료일(12.31.) 당시 쟁점창고를 사업장으로 하여 별도의 물류창고업등록을 하지 않았던 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가)지방세법제85조 제1항 제10호에서 “사업장”이란 인적 설비 또는 물적 설비를 갖추고 사업 또는 사무가 이루어지는 장소를 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제89조 제1항 및 제2항에서 법인지방소득세의 납세지는 사업연도 종료일 현재의법인세법제9조에 따른 납세지로 하고, 다만, 법인 또는 연결법인이 둘 이상의 지방자치단체에 사업장이 있는 경우에는 각각의 사업장 소재지를 납세지로 하여 법인지방소득세를 안분하여 그 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 각각 신고·납부하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제88조 제1항 및 제2항에서 그 안분기준은 법인의 총 종업원 수 및 총 건축물 연면적 중 관할 지방자치단체 내의 종업원 수 및 건축물 연면적이라고 규정하고 있다. (나) 처분청은 쟁점창고를 소유한 것 자체로 청구법인의 목적사업인 보관·창고업에 사용된 것이므로 동 건축물을 법인지방소득세 안분사업장으로 보아야 한다는 의견이나,지방세법 시행규칙제38조의5에서 사업연도 종료일 현재 미사용 중인 공실의 연면적에 대하여 사용을 개시하지 않은 경우는 법인지방소득세 안분대상 건축물 연면적에 포함하지 않는다고 규정하고 있는바, 청구법인은 2020.7.1. 합병 전 회사를 합병하여 공실 상태인 쟁점창고를 포괄승계 받은 후, 계속하여 물류창고 등의 사업장으로 사용하지 아니하다가 2021년 9월경 이를 철거·멸실한 것으로 나타나는 점, 청구법인의 2020사업년도 손익계산서상 사용료 수입이 나타나지 아니하고, 대차대조표에서도 사업용 자산인 유형자산이 아닌 투자자산으로 분류한 것으로 확인되는 점, 서울특별시장이 쟁점창고를 인적·물적설비가 없는 사업장으로 보아 청구법인에게 부과한 이 건 법인지방소득세 부과처분의 심판청구에 대하여, 우리 원은 동 부과처분에 잘못이 없다고 판단한 점(조심 2023지2005, 2024.3.28., 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 쟁점창고를 법인지방소득세 안분대상 사업장에 해당한다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다..