조세심판원 심판청구

① 쟁점건축물을 취득할 당시 쟁점중과세배제특례규정에 의한 프로젝트 금융투자회사(PFV)의 요건을 모두 갖추고 있었으나, 그 후 요건을 상실한 경우 기 중과세 배제한 처분을 소급적으로 취소하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부 ② 프로젝트 금융투자회사(PFV)가 쟁점건축물을 취득한 날부터 2년 이내에 이를 임대한 경

사건번호 조심 2023지1659 선고일 2024-10-07 조세심판원

[요지]

① 쟁점중과세배제특례규정에 의한 프로젝트 금융투자회사(PFV)의 요건(법인세법제51조의2)은 쟁점건축물 취득 당시의 요건 충족 여부만을 고려하는 것이 타당하다 할 것이므로 청구법인이 쟁점건축물 취득 이후 프로젝트 금융투자회사(PFV)의 요건을 일부 상실하였다는 사유로 처분청이 쟁점중과세배제특례규정에 따라 기 중과 배제한 취득세 등을 소급적으로 취소하는 것은 잘못으로 판단됨.② 청구법인이 쟁점건축물을 취득한 날부터 2년 이내에 이를 임대하였다 하더라도 지방세법 제13조 제2항에서 규정하고 있는 취득세 중과세율을 적용할 수는 없다고 보는 것이 타당하다(조심 2022지1476, 2023.1.9., 행정안전부 지방세특례제도과-587, 2022.3.15., 같은 뜻임) 할 것이므로 처분청이 쟁점추징규정에 따라 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

[참조결정] 조심2022지1476 / 조심2022지1472 / 조심2020지1267 / 조심2023지0547 / 조심2023지0219

[주 문] 서울특별시장이 2022.11.3. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 가산세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 서울특별시 강남구 OOO 일대 복합상업용 건축물 신축 및 분양사업 등을 위해 2014.12.5. 설립된 법인으로서 2014.12.12. 강남세무서장에게 구 법인세법(2014.12.23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 프로젝트 금융투자회사(PFV)인 “명목회사 설립신고서”를 제출하였다.
  • 나. 청구법인은 위 개발사업을 위해 2014.12.17. 서울특별시 강남구 OOO 외 1필지의 토지 1,855.5㎡ 및 건축물 3,953.77㎡(이하 “기존부동산”이라 한다)를 매매를 원인으로 취득하여 그 지상의 기존 건축물을 철거하고, 2016.3.4. 신축공사에 착공하여 2018.9.12. 지하 6층, 지상 20층 규모의 업무시설ㆍ교육연구시설 및 근린생활시설용 건축물 23,239.04㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 원시취득한 후, 2018.10.10. 쟁점건축물의 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 구 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제180조의2 제1항 제3호(이하 “쟁점중과세배제특례규정”이라 한다)에 따른 “법인세법제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사(프로젝트 금융투자회사)가 취득하는 부동산”에 해당한다는 사유로 지방세법제13조 제2항에 따른 중과세율 적용을 배제하고 표준세율(1,000분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
  • 다. 그 후, 처분청은 2022.9.23.부터 2022.10.7.까지 청구법인에 대한 세무조사를 통해 청구법인이 2018.9.12. 쟁점건축물을 취득한 후 2년 이내에 프로젝트 금융투자회사(PFV)의 설립 및 운용요건을 상실하여 구 지방세특례제한법제178조 제1항 제2호(이하 “쟁점추징규정”이라 한다)의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2022.11.3. 쟁점건축물에 대하여 대도시 중과세율로 산출한 세액에 기납부세액을 차감한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 가산세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.1.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 처분청의 쟁점건축물에 대한 취득세 추징 처분은 ① 쟁점중과세배제특례규정이 그 중과배제를 적용하기 위한 요건으로 부동산 취득 시점 현재의 프로젝트 금융투자회사 설립요건 충족 여부만을 고려하는 점, ② 구 지방세특례제한법은 프로젝트 금융투자회사의 부동산 취득 이후 위 회사의 설립요건 미충족의 사유를 들어 중과 배제된 취득세를 추징하는 조항을 별도로 두지 않는 점 등에 비추어 관련 법령에 근거하지 않은 위법한 처분에 해당한다. (가) 취득세 중과배제를 적용받기 위해서 프로젝트 금융투자회사로서의 설립 요건 등이 요구되는 시기는 오로지 당해 부동산을 취득하는 때 이외에는 없다.

1. 쟁점중과세배제특례규정은 그 적용요건으로 당해 부동산 취득 당시 그 취득주체가 구 법인세법 제51조의2 제1항 제9호의 각 요건을 충족하는 회사일 것을 요구할 뿐, 중과세율 적용 배제 후에 계속하여 프로젝트 금융투자회사로서의 설립요건을 유지해야 할 의무를 부여하지 않고 있다.

2. 실제로, 쟁점중과세배제특례규정의 연혁을 살펴보면, 종래에 구 조세특례제한법(2014.12 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제120조에서 규정하던 내용을 구 지방세특례제한법으로 이관하면서 취득세 면제에 관한 부분을 삭제하고, 중과세율 적용배제만을 유지하는 형태로 재설계된 것이고, 이러한 개정의 목적은 지방세인 취득세에 관한 규정을 국세에 관한 내용을 다루는 조세특례제한법이 아닌 지방세특례제한법을 통해 다루는 것이 우리 법 체계에 부합한다는 이유이고, 이와 달리 위 개정이 ① 프로젝트 금융투자회사(PFV) 중과배제의 적용 요건을 강화한다거나 ② 종래에 중과 배제된 취득세를 사후적으로 추징할 수 있는 새로운 근거를 만들기 위함이라는 것을 암시하는 단서는 존재하지 아니한다.

3. 청구법인이 취득하는 부동산에 대해 취득세 중과배제를 적용받기 위한 전제는 프로젝트 금융투자회사의 설립요건을 보유한 채 쟁점건축물을 취득하는 것이라는 점을 쉽게 확인할 수 있고, 그렇다면, 쟁점건축물에 대한 취득세 중과배제와 관련하여 관련 법령에서 프로젝트 금융투자회사 설립요건 충족이 요구되는 유일한 시기는 청구법인이 쟁점건축물을 원시취득한 2018.9.12. 이외에는 없으므로 청구법인이 쟁점건축물을 취득한 이후 프로젝트 금융투자회사(PFV)의 설립요건을 갖추지 못한 점을 들어 중과배제 지위를 소급적으로 박탈하여야 한다는 처분청의 주장은 받아들이기 어렵다. (나) 프로젝트 금융투자회사(PFV)의 설립요건 미충족에 대한 사후적인 관리규정이 없다.

1. 구 지방세특례제한법은 청구법인과 같은 프로젝트 금융투자회사들이 취득한 부동산에 관해 표준세율에 따른 취득세를 신고한 경우, 취득 이후에도 프로젝트 금융투자회사의 설립요건을 보유해야 한다는 취지의 사후관리 규정을 두지 않고 있을 뿐만 아니라, 프로젝트 금융투자회사 설립요건 미충족을 이유로 하는 별도의 추징규정을 두고 있지도 않으므로 처분청의 이 건 처분은 관련 법령에 근거하지 않은 위법한 처분이다.

2. 주지하다시피, 처분청의 이 건 처분의 주요 근거는 청구법인이 쟁점건축물 취득 이후 프로젝트 금융투자회사의 요건을 상실하였다는 점이나, 쟁점중과세배제특례규정은 프로젝트 금융투자회사로 하여금 부동산 취득 이후에도 위 회사의 설립요건을 유지해야 할 의무를 부여하지 않을 뿐만 아니라, 프로젝트 금융투자회사의 요건 미충족으로 인한 취득세의 소급적인 추징을 정하고 있지 아니하다.

3. 같은 견지에서, 행정안전부의 관련 유권해석(지방세운영과-1667, 2012.5.30.)은 프로젝트 금융투자회사가 일단 부동산 취득을 하면서 관련 요건을 충족하여, 감면이나 중과배제 지위를 인정받았다면 사후적으로 그 요건의 상실을 이유로 취득세 추징을 논의하는 것은 부적절하다고 회신하고 있고, 더욱이, 대법원(2005.9.29. 선고 2003두9374 판결)은 감면대상 부동산이 해당 규정에 따라 사용되지 않는다는 이유로 과세관청이 기 감면된 세액을 추징하기 위해서는 같은 법령 등에 추징할 수 있다는 근거 규정이 있어야 할 것이므로 관계 법령 등에 감면규정만이 있고 추징규정이 별도로 없는 경우에는 관계 법령이 아닌 지방세법상의 규정만을 들어 그 감면된 세액을 추징할 수 없다고 설시한 바 있다.

4. 따라서, 이 건 처분은 프로젝트 금융투자회사의 부동산 취득에 관한 법령해석 범위를 넘어 청구법인에게 불이익한 내용을 고지하는 처분에 해당하므로 이러한 처분은 법령상 근거 없는 위법한 처분으로 봄이 타당하다.

(2) 이 건 처분의 근거인 쟁점추징규정은 지방세특례제한법이 그 본칙에서 명시적으로 감면사항으로 규정한 내용에 대해서만 적용 가능하므로 처분청 주장과 같이 취득세 중과배제를 통해 납세자가 사실상 경감 받은 효과를 포착하여 추징할 수 있는 근거가 될 수 없고, 구체적으로 이 건 처분은 ① 쟁점추징규정이 중과배제된 취득세를 추징할 근거가 될 수 없는 점, ② 청구법인이 쟁점건축물을 다른 용도로 사용한 것으로 판단할 수 없는 점 등에 비추어 위법한 처분에 해당한다. (가) 쟁점추징규정은 중과배제된 취득세를 추징할 근거로 기능할 수 없다.

1. 쟁점추징규정의 문언을 살펴보면, “부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고” 납세자가 각호의 경우와 같이 부동산을 사용해야 비로소 감면된 취득세를 추징할 수 있도록 정하고 있고, 청구법인의 쟁점건축물 취득에 관한 쟁점중과세배제특례규정은 쟁점추징규정에서 말하는 ‘이 법에서 특별히 규정한 경우’에 해당하므로 쟁점추징규정의 적용이 원천 배제되는 것이며, 실제로, 조세심판원(조심 2022지1472, 2023.1.9.) 역시 “구 지방세특례제한법제180조의2 제1항은 같은 법 제178조 제1항 소정의 ‘이 법에서 특별히 규정한 경우’에 해당한다.”라는 이유로 쟁점추징규정에 따라 중과배제된 취득세의 추징이 불가능하다는 점을 명백히 하고 있는바, 이 건 처분은 ‘이 법에서 특별히 규정한 경우’에 해당하는 취득세 중과배제 조항의 존재를 무시한 위법한 처분임이 명백하다.

2. 지방세특례제한법제2조 제6호에서는 세율의 경감 또는 세액감면, 세액공제, 과세표준공제를 각 구분하며, 무엇보다 지방세특례제한법에 따른 감면과 중과배제의 효력을 엄격히 구분하고 있고, 이에 청구법인이 쟁점건축물에 대한 취득세 신고 당시 적용했던 표준세율은 구 지방세특례제한법에서 정한 ‘지방세 특례’에 따른 결과이고, 이러한 지방세 특례는 구 지방세특례제한법 제2조 제6호에서 말하는 세율의 경감 또는 세액 감면, 세액 공제에 해당할 수 없음이 명백하며, 지방세 특례의 종류 중 하나인 중과배제가 여타의 세액감면 또는 세액 공제 등과 구분된다는 점은 2022.8.12. 입법 예고된 지방세특례제한법개정 내용을 살펴보더라도 명확하다 할 것인바, 그렇다면, 지방세 특례의 적용에 따른 중과세율 배제로 인해 실질적으로 납세자가 감액 받은 취득세를 쟁점 조항의 적용대상이 되는 ‘부동산에 대한 감면’으로 보아 이를 추징한 처분은 법령에 근거하지 않은 위법한 처분에 해당한다.

3. 쟁점추징규정의 적용으로 추징되는 취득세는 구 지방세특례제한법본칙에서 정한 감면요건을 직접 적용함에 따라 감면되었던 세액을 의미하는데, 쟁점중과세배제특례규정은 “지방세법제13조의 제2항 또는 같은 법 제3항을 적용하지 아니한다.”라고만 정하고 있을 뿐이므로, 해당 조항은 감면하는 세율이나 세액을 직접 규정한 다른 구 지방세특례제한법의 감면 조항과는 명백히 구별된다 할 것인바, 청구법인이 쟁점건축물 취득과 관련하여, 표준세율 적용을 통해 사실상 감액 받은 취득세는 중과배제 조항에 따라 ‘직접 감면’된 것이 아니라, 단지 지방세법상 중과세율 적용을 배제함에 따라 간접적으로 이루어진 것이므로 청구법인은 지방세특례제한법이 아닌 지방세법에 따라 계산된 취득세를 납부한 것으로 봄이 타당하다 할 것이므로 지방세특례제한법이 정하는 직접적 감면을 통해 감면되었다 볼 수 없는 중과배제 감면 취득세를 지방세특례제한법상 일반적 추징규정인 쟁점추징규정을 적용하여 추징하는 것은 법령에 근거하지 않은 위법한 처분이다. (나) 설령, 쟁점추징규정을 추징의 근거로 삼는다 하더라도 이 건 처분은 쟁점추징규정의 적용 요건에 부합하지 아니한다.

1. 설령 쟁점추징규정을 쟁점건축물에 대한 추징의 근거로 삼을 수 있다 하더라도 청구법인은 법인의 설립목적에 따라 쟁점건축물을 임대하였으므로 청구법인이 쟁점건축물을 다른 용도로 사용하였다는 이유로 이루어진 이 건 처분은 쟁점추징규정의 요건에 부합하지 않는 위법한 처분이다.

2. 청구법인은 쟁점건축물을 청구법인의 프로젝트 금융투자회사 요건 유지 여부와 무관하게 꾸준히 청구법인의 고유업무에 사용하여 왔고, 실제, 청구법인은 취득한 토지상에 쟁점건축물을 신축하여 이를 분양하는 사업을 목적으로 설립된 법인이나, 설립 당시 신축한 쟁점건축물이 적시에 분양되지 않을 수 있음을 고려하여 회사가 보유하는 자산의 관리·운용·임대 및 처분사업 역시도 청구법인의 설립 목적으로 삼았는바, 이에 청구법인의 고유업무에는 청구법인의 정관 및 법인등기부 등본에 목적사업으로 정해진 ① 쟁점건축물의 신축 및 분양, ② 쟁점건축물의 임대를 통한 관리 및 운용이 모두 포함된다 할 것이다.

(3) 따라서, 처분청의 이 건 처분은 ① 법령에 근거 없이 프로젝트 금융투자회사에 대해 소급적인 취득세 추징을 명한 처분임과 동시에 ② 구 지방세특례제한법의 일반추징 요건에도 부합하지 않는 처분에 해당하고, 더욱이 이 건 처분이 적법하기 위해서는 아래 표와 같은 2단의 가정이 필요하다 할 것임에도 이 건 처분은 납세자에 대한 추징요건을 과도하게 해석하거나 유추하여 해석한 결과에 해당하여 부당하다. < 처분청의 이 건 처분에 내재된 2단의 가정 >

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 설립 당시 프로젝트 금융투자회사(PFV)로서 각종 혜택을 받은 다음 얼마 되지 않아 프로젝트 금융투자회사(PFV)로서의 요건을 상실하고 일반 회사법인과 같이 운영되어 왔는바, 청구법인과 같이 이미 일반 회사 법인화된 명목상의 형식적 프로젝트 금융투자회사에 대해서는 기존에 제공했던 혜택을 배제시키는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 쟁점건축물 취득에 대하여 쟁점중과세배제특례규정에 따른 취득세 중과세를 배제하고 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다. (가) 2014.12.31. 지방세특례제한법의 개정이유는 “2014년 12월 31일로 일몰이 도래하는 지방세 감면사항들에 대하여 취약계층 등 저소득층 및 민생경제와 관련된 분야는 기존 수준으로 감면을 유지하고, 관광호텔에 대한 재산세 감면 등 감면의 목적을 달성한 경우에는 감면을 종료하는 등 지방세 감면제도를 재설계하며, 지방세 특례에 대한 기본계획을 지방재정부담심의위원회와 국무회의 심의를 거치도록 하는 등 지방세 특례의 사전ㆍ사후 관리를 강화하는 한편, 조세특례제한법에 규정되어 있는 기업구조조정, 창업중소기업 등에 대한 감면규정을 지방세특례제한법으로 이관하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완”하려는 것이고, 지방세특례제한법의 목적은 “지방세 감면 및 특례에 관한 사항과 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 지방세 정책을 효율적으로 수행함으로써 건전한 지방재정 운영 및 공평과세 실현에 이바지함”이라 할 것인바, 청구법인의 주장대로 ‘부동산 취득 당시’에만 위 요건을 충족하면 된다고 해석한다면, 청구법인과 유사한 회사들이 중과세 적용을 배제하고자 ‘부동산 취득 당시’에만 요건을 충족시켜놓고 중과세 적용 배제 혜택을 받은 다음 바로 불리한 요건을 해소하는 방법으로 악용할 수 있게 되는 것이고, 이는 지방세 특례의 사전·사후 관리를 강화하고 일부 미비점을 개선·보완하려는 개정이유 및 공평과세 실현을 위한 지방세특례제한법의 입법취지에 정면으로 반하는 것이다. 따라서, 쟁점중과세배제특례규정에서는 ‘부동산 취득 당시’에만 요건을 충족해야 한다고 명시하지 않은 점 등을 고려할 때 ‘부동산 취득 당시’에만 요건을 충족해야 한다고 해석하는 것은 해당조항의 개정이유 및 지방세특례제한법의 입법취지에 정면으로 반하며, 청구법인에게 유리한 방향으로 확장해석 혹은 유추해석을 한 것에 해당하므로 청구법인의 이러한 주장은 이유 없다. (나) 구법인세법제51조의2 제1항 제9호, 같은 법 시행령 제86조의2 제4항 내지 제5항 및 기업구조조정투자회사법제4조 제2항, 제12조, 제17조에 따라, 청구법인은 ① 회사의 자산을 설비투자 등 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정 사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것, ② 본점 외의 영업소를 설치하지 않고 직원과 상근 임원을 두지 아니할 것, ③ 한시적 설립회사로서 존립기간이 2년 이상일 것, ④ 상법이나 그 밖의 법률에 따른 주식회사로서 발기설립의 방법으로 설립할 것, ⑤ 발기인 중 1인 이상이 금융회사이면서 100분의 5 이상의 자본금을 출자할 것, ⑥ 감사는 공인회계사법에 의한 회계법인에 소속된 공인회계사일 것, ⑦ 자본금이 OOO 원 이상일 것, ⑧ 자산관리·운용 및 처분에 관한 업무를 당해 회사에 출자한 법인이나, 당해 회사에 출자한 자가 단독 또는 공동으로 설립한 법인에게 위탁할 것, ⑨ 금융회사 등에 자금관리업무를 위탁할 것, ⑩ 자금관리회사와 자산관리사무수탁회사가 동일인이 아닐 것 등의 요건을 모두 갖추어야 하나, 위 ⑤항의 요건 관련하여, 청구인 법인설립시 100분의 5에 해당하는 주식을 보유하고 있던 금융회사인 A 주식회사는 2019.12.9. 비금융회사인 B 주식회사로 양도하였고 이로써 청구법인은 위 요건을 충족하지 못하게 되었고, 위 ⑥항의 요건 관련하여, 선진회계법인 소속 공인회계사 A이 2017.3.31. 청구법인의 감사로 취임하여 2020.3.31. 임기가 만료되었고, 공인회계사가 아닌 B이 2020.12.5. 취임하였으므로 위 요건을 충족하지 못하게 되었으며, 위 ⑨항의 요건 관련하여, 자금관리수탁회사는 C에서 2015.12.17. D으로 1차례 변경이 있었고, C에서 운영한 청구법인의 자금관리 계좌 상 최종거래일(2015.12.17.)의 최종거래잔액은 “OOO원”으로 확인되었으며, 변경된 D의 자금관리 계좌의 최종거래일(2018.12.11.)의 최종거래잔액은 “OOO원”으로 확인되었고, 청구법인은 2018.9.12. 쟁점건축물을 취득한 후, 처분청의 세무조사 당시인 2018년 12월경 D 주식회사 명의의 예금계좌를 통한 자금관리가 이루어지지 않았음이 확인되었을 뿐만 아니라, 오히려, 청구법인은 2019.3.4. 청구법인 명의 계좌로 쟁점건축물의 임대차보증금 등을 입금 받으면서 직접 자금관리를 해 온 것으로 확인되는 반면, 이후 D 주식회사에게 자금관리보수를 지급한 내역도 확인되지 아니하여 금융회사 등에 자금관리업무를 위탁한 것이 아닌 것으로 확인되어 위 요건을 충족하지 못하게 되었다. 이상의 사실 등을 고려할 때, 청구법인은 구 법인세법 제51조의2 제1항 제9호의 회사에 해당되지 아니하고, 이에 쟁점중과세배제특례규정(구 지방세특례제한법제180조의2 제1항 제3호)의 요건을 충족하지 못하게 되었다 할 것이고, 이로 인해 처분청은 이 건 추징사유가 발생한 것으로 보는 것이 타당하다. (다) 쟁점추징규정과 관련하여 행정안전부(지방세특례제도과-1102, 2018.4.3.)는 “명목회사인 프로젝트 투자금융회사가 호텔을 신축하고 지방세특례제한법 제178조 제2호에서 규정한 ‘2년’이라는 기간은 일종의 유예기간으로서 위 기간 동안 그 취득 부동산을 직접 사용하지 않고 주식회사로 변경한 것은 매각 증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당되어 추징대상에 해당된다.”고 유권해석을 하였고, 청구법인은 2018.9.12. 쟁점건축물을 취득하여, 2018.10.10. 쟁점중과세배제특례규정에 따라 대도시 중과세율 적용을 배제한 취득세 등을 신고ㆍ 납부한 후, 위에서 살펴본 바와 같이 프로젝트 금융투자회사(PFV)로서의 요건을 상실하고 일반 회사법인과 같이 운영되어 온 것으로 나타나는바, 이는 모두 청구법인은 중과세율 적용 배제의 혜택을 얻고 쟁점건축물 취득일로부터 2년 미만의 기간 동안 순차적으로 이뤄진 것으로 현재 청구법인은 명목상 회사로서의 법인격은 실질적으로 상실하였고, 일반회사와 다르지 않는 운영을 하고 있으므로 청구법인에게 중과세 배제 혜택 규정이 적용되어 감면되었던 세액은 쟁점추징규정(구지방세특례제한법제178조 제1항 제2호)에 의하여 추징되어야 한다.

(2) 쟁점추징규정(구지방세특례제한법제178조 제1항 제2호)이 중과세를 배제하였던 취득세의 추징의 근거가 되는 점에 관하여는 위 (1)에서 기재하였으나, 청구법인은 쟁점(2)에서 해당 부분에 대하여 추가로 주장하고 있으므로 이에 처분청의 입장을 상세히 설명하면 아래와 같다. (가) 청구법인은 쟁점추징규정(구지방세특례제한법제178조 제1항 제2호)에서 ‘이 법에서 특별히 규정한 경우’에 중과세 배제조항인 쟁점중과세배제특례규정(구 지방세특례제한법제180조의2 제1항 제3호)이 해당한다고 하여 쟁점추징규정이 원천 배제된다는 취지의 주장을 하고 있으나, 청구법인의 주장대로라면 쟁점중과세배제특례규정 뿐만 아니라, 지방세특례제한법의 모든 조항이 특별히 규정하고 있는 경우에 해당할 수 있고, 이를 제외하면 지방세특례제한법에서 규정한 모든 조항은 쟁점추징규정에 의해 추징될 수 없는 결과가 도출되며, 이는 지방세특례제한법의 법규해석을 자의적으로 해석한 결과로서, 쟁점추징규정의 ‘이 법에서 특별히 규정한 경우’의 문언상 취지를 고려할 때 ‘이 법에서 특별히 감면된 취득세에 추징에 관하여 규정한 경우’라고 해석되어야 합리적이라 할 것이다. 예를 들어, 지방소득세 추징에 대한 조항인 제175조에서 감면세액의 추징에 대하여 규정하고 있는데, 이 경우에는 구 지방세특례제한법 제178조의 ‘이 법에서 특별히 규정한 경우’에 해당하고, 감면세액을 추징할 경우 제178조가 아닌 175조가 적용되는 것이고, 즉, 제180조의2에서의 “같은 법 제13조 제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.”라는 규정은 감면내용을 규정한 것이지 추징내용을 특별히 규정한 것이 아니므로 일반적 추징규정인 쟁점추징규정(구지방세특례제한법제178조 제1항 제2호)이 적용되는 것이다. 추가적으로, 청구법인이 제시하고 있는 조세심판원의 선결정(조심 2022지1472, 2023.1.9.)은 해당 청구인이 프로젝트 금융투자회사 요건을 상실하지 아니한 반면, 청구법인은 이러한 요건을 상실하여 구체적 사실관계가 다르므로 위 사건의 판단이 이 건에 그대로 적용될 수는 없다. (나) 조세심판원(조심 2020지1267, 2021.3.29.)은 “지방세특례제한법 제2조 제1항 제6호에서 지방세 특례를 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함)로 각각 규정하고 있는바, 이들은 모두 납세자가 납부하여야 하는 세액을 감소시키는 것으로 넓은 의미에서 모두 감면에 해당된다고 볼 수 있다.”라고 판단하고 있으며, 이후 진행된 행정소송(서울행정법원 2022.2.11.자 2021구합68360, 서울고등법원 2022.10.27. 선고 2022누38375 판결 등)에서 해당 재판부는 이와 관련하여 구 지방세특례제한법 제2장은 ‘감면’이라는 표제 하에 세액감면 뿐만 아니라 중과세율 적용 배제에 관한 규정들(제31조의4 제1항, 제54조 제3항, 제58조제2항, 제60조 제3항 등), 특례세율 적용 또는 세율의 경감에 관한 규정들(제8조 제4항, 제34조 제4항, 제38조 제1항, 제52조 제2항, 제60조 제2항, 제64조, 제65조, 제67조 제항, 제68조 제3항, 제72조 제1항, 제91조 등)도 다수 규정하고 있고, 구 지방세특례제한법 제180조의2가 같은 법 ‘제2장 감면’ 항목이 아니라 ‘제4장 보칙’ 항목에 포함되어 있는 것은 사실이나, 위 규정의 내용은 ‘지방세 중과세율 적용 배제 특례’라는 제목 하에 일정 조건을 충족하는 회사의 부동산 취득에 대한 취득세 과세나 설립등기에 대한 등록면허세 과세에 중과세율의 적용을 배제하도록 한 것으로서, 제2장 감면’ 항목에 포함된 중과세율 적용 배제에 관한 규정들과 아무런 차이가 없으며, 나아가 구 지방세특례제한법 제180조의 문언 자체로 보더라도 중복감면 배제 규정 적용 대상을 ‘제2장 감면’ 항목에 포함된 규정만으로 제한한다고 볼 만한 아무런 근거를 찾아볼 수 없는 이상, 형식상 ‘제2장 감면’ 항목에 포함되지 않았다는 이유만으로 해당 규정이 감면 규정이 아니라거나, 이로써 중복 적용이 가능하다고 보기는 어렵다고 판시하고 있다. 또한, ‘감면’의 사전적 정의는 ‘매겨야 할 부담 따위를 덜어 주거나 면제함’을 의미하는 바, ‘중과배제’로 인해 청구인에게 부담되어야 할 취득세 중과가 덜어 지거나 면제되었으므로 ‘중과배제’와 ‘감면’은 서로 다른 의미가 아니라고 보는 것이 일반적인 상식에 부합하고, 단순히 ‘중과배제’와 ‘감면’의 단어 자체가 다르다고 하여, 추징조항을 적용할 수 없다는 청구법인의 주장은 상식적으로 받아들일 수 없다. 아울러, 2022.8.12. 입법 예고된 지방세특례제한법의 개정 내용은 중과배제와 감면의 의미가 다르다는 측면에서 개정이 된 것이 아니라 청구법인처럼 상식적으로 납득하기 어려운 주장을 하는 경우가 있기에 이러한 논란을 방지하고자 일부 개정된 것으로 보인다. (다) 프로젝트 금융투자회사(PFV)에 대한 대도시 중과세율 적용배제라는 취득세 감면을 받은 청구법인의 쟁점건축물 취득에 대하여, 그 취득일인 2018.9.12.로부터 2년 이내인 2019.4.4. 프로젝트 금융투자회사 요건 미충족이라는 감면 취득세 추징사유 발생을 사유가 발생하였고 이에 처분청이 대도시 중과세율로 산출한 세액에 기납부세액을 차감한 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다.

1. 행정안전부(지방세특례제도과-1102, 2018.4.3.)는 이 건과 유사한 사건에서 “명목회사인 프로젝트 금융투자회사가 2015년 6월 호텔을 신축하고 지방세특례제한법 제178조 제2호에서 규정한 2년이라는 기간은 일종의 유예기간으로서 위 기간 동안 그 취득 부동산을 직접 사용하지 않고 주식회사로 변경한 것은 매각 증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당된다고 볼 수 있다. 따라서, 위 감면조항의 내용이나 체계에 비추어 볼 때 명목회사인 프로젝트 금융투자회사가 부동산을 취득하고 유예기간 내에 주식회사로 변경한 것은 명목회사인 프로젝트 금융투자회사가 법인격이 상실된 것으로 보아야 할 것이고, 지방세특례제한법제178조 제2호에서 규정한 유예기간 내에 그 취득 부동산을 직접 사용하지 않고 주식회사로 변경한 것은 매각 증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당되어 추징대상에 해당한다고 보는 것이 타당하다 할 것입니다.”라는 유권해석을 한 바 있고, 헌법재판소(2018.1.25.자 2015헌바277 전원합의체 결정)는 “구 지방세특례제한법 제14조 제3항에 의하여 취득세 등이 감면되기 위한 요건은 ‘고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’인데, 이러한 요건 자체가 소유주체로서 해당 부동산을 사용하는 경우에 한하여 세금을 감면하겠다는 의미로 해석되는 점, 구 지방세특례제한법 제94조에 규정된 ‘증여’는 무상에 의한 모든 이전행위를 의미한다고 할 것이므로 이와 병렬적으로 규정되어 있는 ‘매각’은 유상의 모든 이전행위를 의미하는 것으로 해석할 수 있는 점 등을 종합하여 보면, 심판대상조항 중 ‘직접 사용’과 ‘매각’의 의미내용이 불명확하다고 볼 수 없다. 따라서 심판대상조항은 명확성원칙에 위반되지 아니한다.”라고 결정한 바 있다.

2. 청구법인은 프로젝트 금융투자회사로서 쟁점건축물을 취득하여 쟁점중과세배제특례규정(구지방세특례제한법제180조의2 제1항 제3호)을 받아 취득세 등을 일부 감면 받았고 이후 프로젝트 금융투자회사 요건을 상실하여 프로젝트 금용투자회사로서의 법인격은 상실되었고 실질적으로 일반 회사로 변경되었다고 할 것이므로 프로젝트 금융투자회사인 청구법인이 당시 취득한 쟁점건축물은 법인격이 다른 일반회사에게 증여 혹은 매각된 것으로 볼 수 있으며, 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다.

3. 뿐만 아니라, 청구인의 쟁점건축물의 규모는 지하 6층, 지상 20층, 연면적 23,239.04㎡이며, 청구법인이 공유오피스 사업을 하는 OOO에게 임대차기간을 2019.3.1.부터 15년간, 임대차보증금을 OOO원, 월 임대료를 OOO원으로 정하여 임대하였다는 점을 고려하면 수도권 과밀을 유발하게 되는 점은 분명하고 오히려 이를 제한하기 위한 조치를 하는 것이 더 타당해 보이며, 특례를 주는 것은 매우 부당하다.

4. 또한, 조세부담은 국민의 담세력에 따라 공평하게 배분되어야 하며, 조세법률관계에 있어서 국민은 평등하게 취급되어야 할 것이고, 쟁점중과세배제특례규정(구지방세특례제한법제180조의2 제1항 제3호)의 경우 조세평등의 예외적인 성격을 가지는 조항으로서 해당 조항을 적용할 때는 더욱 엄격하게 해석해야 할 것인바, 청구법인의 주장대로 ‘부동산 취득시’에만 프로젝트 금융투자회사의 요건을 갖추어도 특례를 받게 된다면 조세평등원칙에 정면으로 반하게 되는 결과를 도출하게 되고, 쟁점추징규정(구지방세특례제한법제178조 제1항 제2호)에 의하여 2년 미만인 상태에서 요건 상실시 당연히 추징하게 되는 것이 조세평등을 실현하는 방법인 점을 아울러 고려하여야 한다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점

(1) 쟁점건축물을 취득할 당시 쟁점중과세배제특례규정에 의한 프로젝트 금융투자회사(PFV)의 요건을 모두 갖추고 있었으나, 그 후 요건을 상실한 경우 기 중과세 배제한 처분을 소급적으로 취소하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

(2) 프로젝트 금융투자회사(PFV)가 쟁점건축물을 취득한 날부터 2년 이내에 이를 임대한 경우 쟁점추징규정을 적용하여 기 중과배제한 취득세를 부과한 처분의 당부

  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 “서울특별시 강남구 OOO 일대에 복합상업용 건물(오피스 및 상가)을 신축 및 분양하는 사업의 수행에 따른 건설 및 시행” 등의 사업을 영위하고 그 수익을 회사의 주주에게 배분함을 그 목적으로 하여 2014.12.5. 설립된 법인이다. <표1> 청구법인 정관 및 등기사항전부증명서(발췌) ㅇㅇㅇ (나) 청구법인은 구법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 프로젝트 금융투자회사라고 하며, 법인세법 시행령 제86조의2 제5항 제5호 등에 따라 2014.12.12. 강남세무서장에게 본점소재지, 자본금(OOO원), 발기인(C, D, E 주식회사, F 주식회사, G 주식회사)의 인적사항, 감사(E), 자산관리회사(G 주식회사) 및 자금관리사무수탁회사(C 주식회사) 등의 내용을 기재한 ‘명목회사 설립신고서’를 제출하였다. (다) 청구법인은 2014.12.17. 기존부동산을 매매를 원인으로 취득한 후, 2015.7.16. 처분청으로부터 아래 <표2>와 같이 건축허가(2015-주택과-신축허가-1)를 받고, 2016.3.4. 건축공사에 착공하여 2018.9.12. 쟁점건축물의 사용승인을 받은 사실이 건축허가서, 사용승인서 및 일반건축물대장(갑) 등에 의하여 확인된다. <표2> 쟁점건축물 건축허가 및 사용승인 내역 대지위치 서울특별시 강남구 OOO 건 축 주 H 주식회사 지역지구 일반상업지역 건축규모 지하6층 / 지상20층, 연면적: 23,239.04㎡ 용도 및 공종 근린생활시설 및 업무시설 / 신축 (라) 청구법인은 2018.9.12. 쟁점건축물의 신축 취득에 대하여 2018.10.10. 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 쟁점중과세배제특례규정에 따른 프로젝트 금융투자회사가 취득하는 부동산에 해당한다는 사유로 지방세법제13조 제2항에 따른 중과세율 적용을 배제하고 표준세율(1,000분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다. (마) 그 후, 처분청은 청구법인이 2018.12.5. 쟁점건축물의 취득가액에 토지 취득을 위한 차입금의 이자가 포함되었다며 경정청구를 한데 대하여 청구주장을 인정하여 그 취득가액을 OOO원으로 하고, 취득세 등을 OOO원으로 경정한 후 나머지 세액을 환급하였다. (바) 서울특별시장은 2022.9.23.부터 2022.10.7.까지 청구법인에 대한 세무조사를 통해 청구법인이 2018.9.12. 쟁점건축물을 취득한 후, 2년 이내에 프로젝트 금융투자회사로서의 설립 및 운영요건을 상실한 것으로 보아 2022.11.3. 쟁점추징규정(구지방세특례제한법제178조 제1항 제2호)에 따라 기 중과배제한 취득세 등 OOO원(가산세 포함)을 부과하였다. (사) 처분청이 정리하여 제출한 쟁점건축물 신축 등의 일련의 과정은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점건축물 신축 등 사업진행 경과(처분청 정리 자료) 일 자 주요내용 2014.12.5. 청구법인 프로젝트 금융투자회사 설립 2014.12.12. 청구법인 강남세무서장에게 ‘명목회사 설립신고서’ 제출 2014.12.17. 청구법인 기존 부동산 매매 취득 2018.9.12. 청구법인 쟁점건축물 신축 취득 2018.10.18. 쟁점건축물에 대한 취득세 등 신고·납부 2018.12.5. 쟁점건축물에 대한 취득세 경정청구 (인용) 2019.2.22. 청구인 쟁점건축물 임대차계약(↔J 유한회사) 2019.4.4. 청구법인 자금(임대차보증금) 직접 관리: 추징사유 발생 2019.12.9. 금융회사 주주 F 보유 주식 100분 5 전부 상실 2020.3.31. 청구법인 감사 A(공인회계사) 임기만료 2020.12.5. 청구법인 감사 B(비공인회계사) 취임 2022.9.23. 처분청 청구법인에 대한 세무조사 실시 2022.11.3. 처분청 이 건 취득세 등 부과ㆍ고지(추징) (아) 쟁점중과세배제특례규정에서는 법인세법제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 프로젝트 금융투자회사(PFV)가 취득하는 부동산을 지방세 중과세율 적용 배제 요건으로 하고 있는바, 청구법인이 2018.9.12. 쟁점건축물을 취득할 당시에 법인세법 제51조의2 제1항 제9호 각목 요건을 충족하다는 사실에 대하여는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없으나, 청구법인이 아래에서 보는 바와 같이 프로젝트 금융투자회사(PFV) 요건의 득실ㆍ변경이 이루어져 구법인세법제51조의2 제1항 제9호의 요건 중 ⑤ 발기인 중 1인 이상이 금융회사이면서 100분의 5 이상의 자본금을 출자할 것, ⑥ 감사는 공인회계사법에 의한 회계법인에 소속된 공인회계사일 것, ⑨ 금융회사 등에 자금관리업무를 위탁할 것 등의 요건을 충족하지 못하게 됨에 따라, 청구법인은 구 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 따른 프로젝트 금융투자회사(PFV)에 해당되지 아니하게 되었고, 이에 처분청은 쟁점중과세배제특례규정(구지방세특례제한법제180조의2 제1항 제3호)을 충족하지 못하게 되었다고 판단하였다.

1. 청구법인의 자금관리사무수탁회사는 2015.12.17. 기존 C 주식회사에서 D으로 변경되었다.

2. 청구법인의 감사는 2017.3.31. 선진회계법인 소속의 공인회계사 A이 취임하였으나, 2020.3.31. 임기가 만료됨에 따라 2020.12.5. 공인회계사가 아닌 B이 취임하여 2020.12.21. 변경 등기된 것으로 나타난다.

3. 청구법인의 자산관리회사는 2019.10.1. G 주식회사에서 B 주식회사로 변경되었다.

4. 청구법인의 발기인 중 금융기관에 해당하는 F은 2019.12.9. 그 소유주식의 전부를 비융금회사인 B 주식회사에 양도하였다. <표4> 청구법인 주주 및 지분율 변동 내역 주주명 법인설립시∼2018년 2019년∼2021년 비고 주식수 지분율 주식수 지분율 합 계 500,000 100% 500,000 100% 김 인 225,000 45% 225,000 45% D 200,000 40% 200,000 40% E(주) 20,000 4% 20,000 4% I(주) 25,000 5% 0 2019.12.9. B로 양도 G(주) 30,000 6% 0

2019. 5.24. B로 양도 B(주) 0 55,000 11%

5. 자산관리업무위탁계약서 및 청구법인의 자금관리 수탁회사인 C 주식회사와 D 주식회사가 운영한 자금관리 계좌 및 잔액현황은 아래 <표5>와 같다. <표5> 청구법인 자금관리수탁회사의 관리계좌 ㅇㅇㅇ

6. 청구법인은 2019.2.22. J 유한회사와 쟁점건축물에 대하여 2019.3.1.부터 15년간을 임대차기간으로 하고, 임대차보증금을 OOO원, 월 차임을 OOO원으로 하며, 임대차보증금, 임대료 등을 D 명의의 자금관리계좌가 아닌 청구법인 자신의 명의의 하나은행계좌로 직접 입금 받는 것을 내용으로 하여 임대차계약을 체결한 사실이 임대차계약서, 계정별원장(보통예금) 등에 의하여 확인된다.

7. 청구법인은 쟁점건축물에 대하여 당초 주된 영업활동 과정에서 판매할 목적으로 보유하고 있는 자산인 “재고자산”으로 인식하여 재무상태표 “완성건물”계정에 계상하였다가, J 유한회사에게 이를 임대하면서 판매목적보다는 영업활동에 사용할 목적으로 보유하는 자산인 “유형자산”으로 인식한 후, 2019.5.2. “완성건물”계정에서 “건물”계정으로 회계상 재분류까지 하였다. (자) 행정안전부장관은 서울특별시장의 질의에 대하여 “PFV는 직접 사용이 불가능하고, 수도권 과밀 유인이 없으며, 직접사용을 이유로 추징처분을 할 경우 PFV 중과배제특례가 사문화되는 점이 있다며 추징처분을 할 수 없다”는 취지의 유권해석(지방세특례제도과-587, 2022.3.15.)을 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제180조의2 제1항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산의 취득에 대해서는 지방세법에 따른 취득세를 과세할 때 2018년 12월 31일까지 같은 법 제13조 제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니한다고 규정하면서 그 제3호에서 “법인세법제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 취득하는 부동산”을 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1항에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우”, 제2호에서 “해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우”를 각각 규정하고 있다. (나) 먼저, 쟁점(1)에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점건축물의 취득에 대하여 쟁점중과세배제특례규정에 따라 취득세 중과세 제외를 받은 후, 프로젝트 금융투자회사(PFV)의 요건을 상실하였으므로 쟁점중과세배제특례규정에 따른 중과세 배제 혜택을 배제시키는 것이 타당하다고 주장하나, 지방세 특례 등에 대한 추징은 일단 특례의 요건에 해당하면 그 세액 등을 감면한 후에 당초의 감면취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로서 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 부과처분에 해당한다(대법원 2003.9.26. 선고, 2002두516 판결, 같은 뜻임) 할 것이므로 감면된 세액 등을 추징하기 위해서는 이에 대한 명문규정이 있어야만 하는 것인 점, 쟁점중과세배제특례규정은 프로젝트 금융투자회사(PFV)가 취득하는 부동산에 대하여 지방세법제13조 제2항의 중과세율을 적용하지 아니한다고 규정하고 있을 뿐, 프로젝트 금융투자회사(PFV)의 요건을 상실하였다 하여 기 중과 배제한 취득세 등을 추징한다는 별도의 사후관리 규정을 두고 있지 아니한 점, 쟁점중과세배제특례규정은 프로젝트 금융투자회사(PFV)가 취득하는 부동산에 대하여는 대도시 내 부동산에 대하여 대도시 내 취득세 중과세뿐만 아니라, 그 사후관리도 하지 않겠다는 규정이라고 보는 것이 타당하다(조심 2023지547, 2023.4.6. 외, 같은 뜻임) 할 것인 점 등에 비추어 쟁점중과세배제특례규정에 의한 프로젝트 금융투자회사(PFV)의 요건(법인세법제51조의2)은 쟁점건축물 취득 당시의 요건 충족 여부만을 고려하는 것이 타당하다 할 것이므로 청구법인이 쟁점건축물 취득 이후 프로젝트 금융투자회사(PFV)의 요건을 일부 상실하였다는 사유로 처분청이 쟁점중과세배제특례규정에 따라 기 중과 배제한 취득세 등을 소급적으로 취소하는 것은 잘못으로 판단된다. (다) 다음으로 쟁점(2)에 대하여 살피건대, 처분청은 프로젝트 금융투자회사(PFV)인 청구법인이 쟁점건축물을 취득한 날부터 2년 이내에 직접 사용하지 아니하고 이를 임대하였으므로 일반적 추징규정인 쟁점추징규정에 따라 기 중과배제한 취득세 등을 추징한 처분이 정당하다는 의견이다. 그러나, 쟁점추징규정인 지방세특례제한법제178조 제1항 본문에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 위 조항에 규정된 “특별히 규정한 경우”란 해당 감면조항에서 특별히 추징에 관한 사항을 규정한 경우 등을 의미하는바, 같은 법 제180조의2 제1항은 지방세법제13조 제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니한다는 취득세 중과세 추징에 관한 사항을 규정하고 있어 “특별히 규정한 경우”에 해당하는 것으로 보이므로 쟁점건축물에 대하여는 일반적 추징 규정인 쟁점추징규정을 적용할 수는 없다고 보는 것이 타당하다(조심 2023지219, 2023.4.4. 외, 같은 뜻임) 할 것이다. 따라서, 청구법인이 쟁점건축물을 취득한 날부터 2년 이내에 이를 임대하였다 하더라도 지방세법 제13조 제2항에서 규정하고 있는 취득세 중과세율을 적용할 수는 없다고 보는 것이 타당하다(조심 2022지1476, 2023.1.9., 행정안전부 지방세특례제도과-587, 2022.3.15., 같은 뜻임) 할 것이므로 처분청이 쟁점추징규정에 따라 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 (2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. "지방세 특례"란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다.

8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 제180조의2(지방세 중과세율 적용 배제 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산의 취득에 대해서는 지방세법에 따른 취득세를 과세할 때 2018년 12월 31일까지 같은 법 제13조 제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니한다. 3.법인세법제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 취득하는 부동산

(2) 지방세법 (2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 “사원주거용 목적 부동산”이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(수도권정비계획법 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

③ 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다.

2. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  • 가. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우
  • 나. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우

④ 제3항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 임대가 불가피하다고 인정되는 업종에 대하여는 직접 사용하는 것으로 본다.

(3) 법인세법 (2014.12.23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것) 제51조의2(유동화전문회사 등에 대한 소득공제) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 해당 사업연도의 소득금액에서 공제한다.

9. 제1호부터 제8호까지와 유사한 투자회사로서 다음 각 목의 요건을 갖춘 법인일 것

  • 가. 회사의 자산을 설비투자, 사회간접자본 시설투자, 자원개발, 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것
  • 나. 본점 외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근하는 임원을 두지 아니할 것
  • 다. 한시적으로 설립된 회사로서 존립기간이 2년 이상일 것
  • 라. 상법이나 그 밖의 법률의 규정에 따른 주식회사로서 발기설립의 방법으로 설립할 것
  • 마. 발기인이 기업구조조정투자회사법 제4조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하고 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것
  • 바. 이사가 기업구조조정투자회사법제12조 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니할 것
  • 사. 감사는 기업구조조정투자회사법제17조에 적합할 것. 이 경우 “기업구조조정투자회사”는 “회사”로 본다.
  • 아. 자본금 규모, 자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것

(4) 법인세법 시행령 (2014.12.30. 대통령령 제25945호로 개정되기 전의 것) 제86조의2(유동화전문회사 등에 대한 소득공제) ④법 제51조의2 제1항 제9호 마목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 발기인 중 1인 이상이 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

  • 가. 제61조 제2항 제1호부터 제13호까지 및 제24호의 어느 하나에 해당하는 금융회사 등
  • 나. 국민연금법에 의한 국민연금관리공단(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제2호의 규정에 의한 방식으로 민간투자사업을 시행하는 투자회사의 경우에 한한다)

2. 제1호가목 또는 나목에 해당하는 발기인이 100분의 5(제1호가목 또는 나목에 해당하는 발기인이 다수인 경우에는 이를 합산한다) 이상의 자본금을 출자할 것

⑤ 법 제51조의2 제1항 제9호아목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 자본금이 50억원 이상일 것. 다만, 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제2호의 규정에 의한 방식으로 민간투자사업을 시행하는 투자회사의 경우에는 10억원 이상일 것

2. 자산관리ㆍ운용 및 처분에 관한 업무를 다음 각목의 1에 해당하는 자(이하 이 조에서 “자산관리회사”라 한다)에게 위탁할 것

  • 가. 당해 회사에 출자한 법인
  • 나. 당해 회사에 출자한 자가 단독 또는 공동으로 설립한 법인

3. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 신탁업을 영위하는 금융회사 등(이하 이 조에서 “자금관리사무수탁회사”라 한다)에 자금관리업무를 위탁할 것

4. 주주가 제4항 각 호의 요건을 갖출 것. 이 경우 “발기인”을 “주주”로 본다.

5. 법인설립등기일부터 2월 이내에 다음 각목의 사항을 기재한 명목회사설립신고서에 기획재정부령이 정하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 신고할 것

  • 가. 정관의 목적사업
  • 나. 이사 및 감사의 성명ㆍ주민등록번호
  • 다. 자산관리회사의 명칭
  • 라. 자금관리사무수탁회사의 명칭

6. 자산관리회사와 자금관리사무수탁회사가 동일인이 아닐 것

(5) 기업구조조정투자회사법 제4조(발기인) ① 기업구조조정투자회사의 발기인은 3인 이상으로 하되, 채권금융기관이 2인 이상 포함되어야 한다.

② 다음 각호의 1에 해당하는 자는 발기인이 될 수 없다.

1. 미성년자ㆍ피성년후견인ㆍ피한정후견인

2. 파산선고를 받은 자로서 복권되지 아니한 자

3. 금고 이상의 실형의 선고를 받거나 이 법 기타 대통령령이 정하는 금융관련법령(이에 상당하는 외국의 법령을 포함한다. 이하 같다)에 의하여 벌금형 이상의 형을 선고받고 그 집행이 종료(집행이 종료된 것으로 보는 경우를 포함한다)되거나 면제된 후 5년이 경과되지 아니한 자

4. 금고 이상의 형의 집행유예의 선고를 받고 그 유예기간중에 있는 자

5. 이 법 기타 대통령령이 정하는 금융관련법령에 의하여 영업의 허가ㆍ인가 또는 등록 등이 취소된 법인 또는 회사의 임ㆍ직원이었던 자(그 허가 등의 취소사유의 발생에 관하여 직접 또는 이에 상응하는 책임이 있는 자로서 대통령령이 정하는 자에 한한다)로서 당해 법인 또는 회사에 대한 취소가 있은 날부터 5년이 경과되지 아니한 자

6. 이 법 기타 대통령령이 정하는 금융관련법령을 위반하여 해임되거나 면직된 후 5년이 경과되지 아니한 자 제12조(이사의 자격) 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이사가 될 수 없다.

1. 제4조 제2항 각호의 1에 해당하는 자

2. 자산관리회사의 발행주식총수의 100분의 1 이상의 주식을 소유하고 있는 자(이하 “주요주주”라 한다) 및 대통령령이 정하는 특수관계인

3. 자산관리회사로부터 계속적으로 보수를 지급받고 있는 자 제17조(감사의 자격) ① 감사는 공인회계사법에 의한 회계법인에 소속된 공인회계사이어야 한다.

② 다음 각호의 1에 해당하는 자는 감사가 될 수 없다.

1. 제4조 제2항 각호의 1에 해당하는 자

2. 당해 기업구조조정투자회사와 관련하여 공인회계사법 제21조의 규정에 의하여 감사가 제한되거나 동법 제33조의 규정에 의하여 직무가 제한되는 회계법인에 소속된 자

3. 직무정지기간중에 있는 자

4. 업무정지기간중인 회계법인에 소속된 자

5. 다음 각목의 1에 해당하는 자로부터 공인회계사업무외의 업무와 관련하여 계속적으로 보수를 받고 있는 자 및 그 배우자

  • 가. 당해 기업구조조정투자회사의 주요주주
  • 나. 당해 기업구조조정투자회사의 이사
  • 다. 당해 기업구조조정투자회사의 업무를 위탁받은 자산관리회사ㆍ자산보관회사 또는 일반사무수탁회사
원본 출처 (국세법령정보시스템)