[참조결정] 조심2015지1059 / 조심2018지2272
[주 문] 서울특별시장이 2022.11.2. 청구법인에게 ＜별지＞ 기재와 같이 한 취득세 등 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 2017.6.1. 서울주택도시공사로부터 OOO일반산업단지 소재 서울 강서구 OOO 토지(*2,045㎡)와 같은 동 OOO 토지(OOO㎡, 위 두 필지를 이하 “이 건 토지”라 한다)를 각각 분양받아 취득한 후, 2018.3.5. 강서구청장에게 이 건 토지의 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 지방세법제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하고, 산업단지 내 산업용 건축물 등의 신축을 위한 토지로 보아지방세특례제한법(이하 ‘지특법’이라 한다) 제78조 제4항(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)에 따른 감면(75%)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원(가산세 포함)을 기한 후 신고‧납부하였다.
- 나. 이후 청구법인은 2018.5.18. 이 건 토지 위에 건축공사를 착공하여 지하3층‧지상7층의 건축물(주용도: 교육연구시설, 연면적 OOO㎡, 이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 함께 “이 건 부동산”이라 한다)을 2019.11.26. 신축하고, 2020.1.22. 강서구청장에게 OOO원을 취득가액으로 하여,
(1) 이 건 건축물 중 연구시설부분 OOO㎡(면적비율 92.01%)에 대하여 OOO원을 과세표준으로 하여 지방세법제11조 제1항 제3호의 세율(1천분의 28) 및 쟁점감면규정을 적용하여 취득세 등 OOO원을 신고‧납부하였고,
(2) 이 건 건축물 중 연구시설부분을 제외한 나머지 면적 OOO㎡(면적비율 7.99%)에 대하여는 이를 과밀억제권역 내 본점용 부동산(이하 “쟁점본점용 건축물”이라 한다)으로 보아 OOO원을 과세표준으로 하여 지방세법제13조 제1항의 중과세율(6.8%)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고‧납부하였다.
- 다. 같은 날 청구법인은 이 건 건축물 중 본점용에 해당하는 부분의 부속토지(이하 “쟁점본점용 건축물의 부속토지”라 한다. 위 쟁점본점용 건축물과 합하여 “쟁점본점용 부동산”이라 한다) 대하여 그 과세표준 OOO원에 지방세법제13조 제1항의 중과세율(8%)를 적용하여 취득세 등 OOO원을 신고‧납부하였다.
- 라. 이후 처분청은 2022.6.2.～6.16. 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 ① 이 건 건축물 중 연구시설부분(부속토지를 포함한다. 이하 “쟁점연구소”라 한다)은 법인의 주요한 업무수행 등이 이루어지는 장소로서 본점용 부동산에 해당하고, ② 청구법인이 2021.3월부터 제3자에게 임대하여 사용하고 있는 이 건 건축물 3층 일부 OOO㎡(이하 “쟁점임대부분”이라 한다)는 지특법 제78조 제5항 제2호에 따라 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용한 경우에 해당한다고 보아 청구법인에게 추징금액 합계 OOO원을 과세예고 통지하였다.
- 마. 청구법인은 2022.8.3. 처분청에 과세전적부심사를 청구하였고, 처분청은 2022.10.18. 불채택결정을 한 후 2022.11.2. 청구법인에게 아래와 같이 부과 처분(이하 “쟁점부과처분”이라 한다)을 하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 2023.1.31. 심판청구를 제기하였다. ＜표1＞ 쟁점부과처분 내역 ◯◯◯
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점연구소는 본점용 부동산이 아니므로 취득세 중과대상이 아니다. (가) 쟁점연구소는 개념 본질상 본점용 부동산이 될 수 없다.
1. 본점은 영리법인의 주된 사무소를 의미하며 주된 사무소인지는 형식적인 본점 등기 여부를 기준으로 하는 것이 아니라 법인의 주된 기능을 실질적으로 수행하는지 여부에 따라 판단하여야 한다. 그리고 법인의 주된 기능을 수행하는 장소는 법인의 중추적인 의사결정 등이 행해지는 장소를 말한다.
2. 취득세 중과대상인 본점에 해당하기 위해서는 ①대표이사 등 임직원이 상주할 것, ②기획, 재무, 총무 등 법인의 전반적인 사업을 수행할 것, ③법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행할 것 등 법인 등기나 명칭 등의 형식이 아닌 실질을 기준으로 판단하여야 한다(조심2015지1059, 2017.3.16. 등).
3. 반면, 쟁점연구소는 그 명칭에서 알 수 있듯이 연구를 위한 부분으로서 법인의 중추적인 의사결정과는 무관하다. 쟁점연구소에는 대표이사 등을 포함하여 청구법인의 기획, 재무, 총무 등 전반적인 사업을 수행하는 임직원이 상주하고 있지 않고, 단지 연구개발에 한정된 업무만을 수행하는 직원들이 근무하고 있다. 이러한 점 때문에 기업부설연구소에 대해서는 취득세 중과 대상인 본점이 아니라고 본 조세심판원의 선례들이 이미 다수 존재한다. (나) 쟁점연구소에는 연구개발인력만이 근무하고 있다.
1. 쟁점연구소에는 청구법인의 조직 중 R＆D부문, 임상부문 직원들이 상주하여 연구개발 업무만을 담당하고 있다. 그 밖에 경영지원부문, 관리본부, 인사지원본부, 법무실 등 청구법인의 본점 기능을 수행하는 부서들은 이 건 건축물의 6층 일반사무실에 위치하고 있다.
2. 청구법인의 조직도에도 쟁점연구소에 해당하는 임상부문 및 R＆D부문과 본점에 해당하는 경영지원부문이 명확하게 구분되어 있다. 이 점을 보더라도 쟁점연구소는 취득세 중과대상인 본점의 사업용 부동산에 해당할 수 없다. (다) 쟁점연구소는 다른 부분과 물리적‧기능적으로 구분되어 있다. 이 건 부동산은 공용시설로 사용하는 부분 외 ① 쟁점연구소(지1층 일부, 2～5층, 6층 일부)와 ② 본점(6층 일부)이 명확하게 구분되어 있다. 쟁점연구소와 본점은 각 근무하는 인원이 다르고, 특히 본점 직원들과 쟁점연구소 직원들의 상호 간의 교류 또는 출입이 굳이 필요하지 않으므로 (i) 그 출입증 등을 별도로 관리하고, (ii) 스크린도어를 설치하였으며, (iii) 쟁점연구소 앞에는 연구소라는 점을 현판으로 표시하는 등 쟁점연구소와 본점을 엄격하게 구분 사용하고 있다. 이에 대해서는 처분청도 인정한 사실이다. (라) 쟁점연구소는 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률(이하 “기초연구법”이라 한다) 상의 기업부설연구소이고, 청구법인은 동법을 준수하여 기업부설연구소를 운영하고 있다.
1. 기초연구법 제14조의4 제1호는 “기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발활동과 관련된 업무 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니할 것”이라고 정하고 있고, 같은 법 시행령 제17조 제1항 제1호는 “법 제14조의2제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서를 설립 또는 설치한 기업은 해당 기업부설연구소등에서 근무하는 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리 직원이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산‧판매‧영업 등의 기업 활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보할 것”이라고 정하고 있다.
2. 기업부설연구소는 위와 같은 규정을 반드시 준수하여야 하고, 청구법인의 경우에도 동일하다. 그 때문에 이 건 부동산 중 쟁점연구소는 청구법인의 조직 중 R＆D부문, 임상부문 직원들이 상주하여 연구 개발 업무만을 담당하고 있을 뿐 이와 다른 생산·판매·영업 등의 기업 활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니한다. (마) 처분청이 제시한 판례들은 청구법인에게 적용될 수 없다.
1. 서울고등법원 2022.6.7. 선고 2021누60825 판결을 살펴보면, ① AAA은 청구법인과 달리 재단법인이라는 점, ② AAA의 건물은 이 사건과 달리 기업부설연구소로 인정받은 바 없다는 점, ③ AAA의 본점과 연구소를 구분하는 사실관계의 입증 자체도 없었던 것으로 보이는 점, ④ 위 판례의 주된 쟁점 자체가 신뢰보호원칙 위반 여부였다는 점 등을 고려하면, 위 판례는 청구법인에게 적용될 수 없다.
2. 수원고등법원 2021.11.4. 선고 2019누11971 판결은 이 사건 부동산(사업장 내 버스승강장, 보안초소 등)이 애당초 기업부설연구소가 아니고 기업부설연구소에 속한 공용시설 역시 아님에도 불구하고, 이 사건 부동산을 기업부설연구소의 공용시설과 동일하다고 보아, 기업부설연구소의 전용면적비율만큼 지특법상 감면을 적용하거나 본점 중과세율이 아닌 일반세율을 적용하여야 한다고 주장한 사안이다. 따라서 위 판례는 이 사건 부동산을 “기업부설연구소가 본점용 부동산에 해당하는지 여부와 상관없이” 본점용 부동산으로 판단하였을 뿐이었는 바, 쟁점건축물 대부분을 기업부설연구소로 사용하기 위하여 취득한 청구법인에게 적용될 수 없다.
(2) 쟁점연구소를 취득세 중과대상인 본점으로 보더라도 조세심판원 결정을 신뢰한 청구법인에게는 ‘정당한 사유’가 인정되므로 가산세까지 부과하는 것은 위법하다. (가) 지방세기본법 제57조 제1항은 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 대법원은 위 ‘정당한 사유’의 의미와 관련하여, “일종의 행정상 제재인 가산세는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다”는 입장을 취하고 있다(대법원 2016.10.27. 선고 2016두44711 판결 등). (나) 청구법인과 사실관계가 동일한 BBB산업단지 내 조세심판원 결정 선례(조심 2018지2272)가 2019.6.19. 결정되어 그 무렵 해당 결정문이 대외 공개되었고, 해당 선례를 확인한 청구법인은 2020.1.22. 해당 선례에 따라 쟁점연구소를 본점이 아닌 것으로 판단하여 취득세 등을 납부하였다. 따라서 납세자인 청구법인은 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는 것이 명백한바, 가산세까지 부담하는 것은 위법하다.
(3) 청구법인이 CCC 등 중소기업에게 입주계약을 체결하여 쟁점임대부분을 사용하게 한 것은 중소기업자에 대한 무상 임대에 해당하므로 지특법 제78조 제4항 2호에 따른 감면요건을 충족한다. (가) 지특법 제78조 제4항 제2호 가목은 산업용 건축물 등의 신축 또는 중축에 대해 취득세의 100분의 50을 경감하고, 이 경우 “공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다”고 규정하고 있다. (나) 위 규정과 관련하여 법원은 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하고자 하는 자가 부동산을 취득하더라도 스스로 이를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하고 제3자에게 임대할 목적이 있는 경우 그 임대가 중소기업자에 대한 임대라면 지방세 감면대상에 포함시키려는 취지라 판시한 바 있고(대전고등법원 2020.6.19. 선고 2019누11857), 행정안전부에서는 위 입법 취지를 고려할 때 위 규정의 ‘공장용 건축물’은 ‘산업용 건축물 등’과 달리 보기 어렵다고 해석한 바 있다(지방세특례제도과-116, 2021.1.11.). (다) 그리고 위와 같은 해석 논란을 해결하기 위하여 행정안전부에서 2021.12.28. 지특법 제78조 제4항 제2호 가목을 아래와 같이 개정하였다. ＜표2＞ 지특법 개정 전‧후 법령 비교 개정 전 개정 후
- 가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2022년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.
- 가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득(취득하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다)하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2022년 12월 31일까지 경감한다. (라) 쟁점임대부분을 임차한 CCC 등은 모두 중소기업임이 확인되고, 청구법인과 CCC 등 사이의 입주계약서의 계약 내용을 보면 입주 기업이 관리비만 부담하는 무상임대 계약이므로 청구법인이 쟁점임대부분을 다른 용도로 사용하였다고 볼 수 없음이 명백하다.
(4) 설령, 쟁점임대부분이 지특법 제78조 제4항 제2호 가목의 감면대상이 아니라 하더라도, 청구법인은 쟁점임대부분을 2년 이상 직접 사용한 이후에 CCC 등 중소기업에게 임대하였으므로 지특법 제78조 제5항 제2호의 추징사유에 해당하지 아니한다. (가) 대법원은 ‘직접 사용’의 기산점과 관련하여 산업용 건축물의 직접 사용한 기간의 산정은 특별한 사정이 없는 한 건축물의 사용승인을 받은 시점으로 보아야 한다고 판시한 바 있고(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결), 조세심판원 역시 다수의 결정례에서 사용승인 시점을 직접 사용 기간의 기산일로 보았다. (나) 청구법인은 2019.11.26. 이 건 건축물의 사용승인을 받았으므로, 그 때가 청구법인이 직접 사용 기간의 기산일이 되고, 2022.2.11. CCC 등과의 입주계약을 하였으므로, 동 입주계약 시점에 청구법인이 쟁점임대부분을 사용한 기간은 이미 2년을 도과한 것이 명백하다. 청구법인은 이 건 건축물 전체에 대하여 ①사용승인일인 2019.11.26.을 부과기간의 기산점으로 하여 교통유발부담금을 강서구청장에게 납부한 사실이 있는 점, ②매년 주민세 사업소분(재산분)을 강서구청장에게 납부한 사실이 있는 점 등 역시 위와 같은 사실을 방증하는 것이다.
(1) 쟁점연구소는 청구법인의 주요한 업무수행이 이루어지고 있는 본점용 부동산이고 따라서 취득세 중과대상에 해당한다. (가) 청구법인은 연구소 부분(임상부문, R＆D부문)과 경영지원 부문이 물리적·기능적으로 구분되어 있다는 등의 근거로 쟁점연구소는 본점에 해당하지 않고 경영지원 부문만 본점에 해당한다는 취지로 주장하나 이는 법인의 주된 기능을 실질적으로 수행하는지 여부에 따라 판단해야 한다는 청구법인의 주장과 모순된다.
1. 최근 법원 판례(서울고등법원 2020.5.22. 선고 2019누53893)를 살펴보면 “본점 사무소로 사용하는 부동산이라 함은 ① 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행 ② 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소를 말한다고 볼 수 있고, 반면 본점의 사무소와 함께 설치되었더라도 본점에서 이루어지는 주요한 업무수행, 의사결정, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점의 ‘사무소’에 해당한다고 보기 어렵다”고 판시하고 있다.
2. 또한, 서울고등법원 2022.6.7. 선고 2021누60825 판결은 “제품, 물질 등에 대한 시험연구 등의 조사·연구·개발 등을 목적으로 설립한 법인이 BBB산업단지에 속한 토지상에 신축한 산업용 건축물에 대하여 원고의 임원실, 각 사업본부의 소속 부서가 사용하는 사무실이 위치하여 대표이사를 포함한 임직원이 상주하면서 법인 전체의 사업수행에 필요한 중요한 관리행위 및 의사결정, 연구 및 실험 행위가 이루어지는 곳이므로 실제로 원고 본점의 사업용 시설로 사용되고 있는 점 등을 보면 지방세법 제13조 제1항 전단의 적용을 배제할만한 사정이 있다고 보기 어렵다”고 판시하여 “법인의 사업수행으로서 연구 및 실험 행위가 이루어지는 장소는 법인의 주요한 업무수행으로서 본점의 사무소에 해당한다.”는 견해를 밝히고 있다.
3. 뿐만 아니라 최근 기업부설연구소가 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산에 해당되는지가 쟁점이 된 유사한 사건(수원고등법원 2021.11.4. 선고 2019누11971 판결)에서 ‘이 사건 사업장은 공업지역 내 공장과 임대부동산 등을 제외하고는 나머지 전체가 유기적으로 결합되어 본점으로서 중추적인 의사결정을 수행하는 역할을 하는 것으로 보이는 점’ 등을 이유로 기업부설연구소가 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산 등의 범주에 포함된다고 판단하였다.
4. 청구법인의 조직은 연구개발부문과 관리부문으로 나뉘어 있는데, 인력구성 및 인건비의 경우 연구부문이 관리부문의 2배이고, 이 사건 건축물의 대부분(주차장 등 공용부분을 제외한 전용면적비율 88.62%)을 연구시설로 사용하고 있으며, 연구개발비용으로 매년 OOO원(2019년～2021년 기준) 지출하고 있고, 2019년～2021년 무형자산으로 인식한 개발비 OOO원을 제외한 연구개발비용이 OOO원으로 같은 기간 총 영업비용 OOO원의 53%이상을 차지하고 있다.
5. 위와 같은 사실을 고려할 때, 청구법인은 바이오의약품 등 신기술, 신소재, 신제품 등을 개발하여 국내외 기술이전하는 사업을 위한 연구개발업을 주된 사업으로 영위하고 있다 할 것이고, 이러한 연구개발 활동은 청구법인의 새로운 과학적, 기술적 지식이나 이해를 얻기 위해 수행하는 연구 활동으로서 신약 신물질 및 공정개발 연구활동이 선행되어야 그 연구 산출물을 토대로 신약개발 프로젝트 관련 주요 의사결정을 하고 종국에는 기술이전계약에 따른 기술매출이 이루어지게 되는 점에 비추어 볼 때 쟁점연구소는 하나의 의사결정에 따라 수많은 제품을 반복하여 생산·판매하기 위한 생산시설이라고 보기 어렵다.
6. 결론적으로, 청구법인은 바이오의약품 등 신기술, 신소재, 신제품 등을 개발하여 국내외 기술이전하는 사업을 위한 연구개발업을 주된 사업을 수행하고 있으므로, 쟁점연구소는 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 업무수행 이루어지는 장소로서 본점의 사무소에 해당한다 할 것이며, 쟁점연구소의 일부를 기업부설연구소로 인정받았다 하여 달리 볼 것은 아니라 할 것이다. (나) 청구법인이 쟁점연구소를 본점으로 볼 수 없다는 논거로 제시하고 있는 조세심판원의 선 결정들은 앞서 살펴본 최근 법원 판례에서 본점 사무소에 대한 기준을 명확히 제시하기 전에 이루어진 결정으로서, 최근 법원 판례의 태도가 아닌 조세심판원 결정의 내용만을 근거로 하는 청구법인의 주장은 부당하다. 아울러, 청구법인이 논거로 주장하는 조세심판원 결정과 이 사건은 구체적 사실관계가 다르므로 조세심판원 결정에서 판단 받은 사항이 이 사건에 그대로 적용될 수 없다. 청구법인이 주장하는 조세심판원 결정의 법리는 이 사건 사실관계와 구체적으로 부합하는지 여부, 청구인 법인의 세부상황, 최근 법원 판례의 태도 등이 종합적으로 검토되어야 한다.
(2) 청구법인에게 가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 존재하지 아니한다. 본점 사무소에 대한 법리를 명확히 밝힌 법원의 1심 판결(서울행정법원 2019.7.11 선고 2018구합64474 판결)이 청구법인이 이 건 건축물을 취득하기 전에 이루어진 점, 서울고등법원 2022.6.7. 선고 2021누60825 판결의 과세관청 처분이 2019.3.6. 있었던 사실에 비추어 볼 때 연구시설이 본점의 사무소에 해당하지 않는다는 법률해석 관행이 존재한다고 볼 수도 없는 점 등을 종합해 보면, 청구법인이 조세심판원의 결정을 신뢰한 데에 귀책이 없다고 볼 수 없으므로 가산세를 부과하지 아니하는 정당한 사유가 있다는 청구법인의 주장은 부당하다.
(3) 쟁점임대부분은 지특법 제78조 제4항 2호에 따른 감면요건을 충족하지 아니한다. (가) 지특법 시행령 제38조에서 “산업용 건축물등이란 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다”라고 하면서, 같은 영 제29조, 지특법 제58조 제3항에서 “산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령으로 정하는 건축물(이하 이 조에서 “산업용 건축물등”이라 한다)”라고 규정하고 있음에 비추어 볼 때 ‘산업용 건축물등’은 ①산업용 건축물과 ②연구시설 및 시험생산용 건축물을 의미하는 것이다. (나) 대전고등법원 2020.6.19. 선고 2019누11857에서도 ‘공장용 건축물’을 ‘산업용 건축물’과 달리 볼 수 없다고 하였을 뿐 ‘산업용 건축물 등’ 즉, 연구시설 및 시험생산용 건축물과 동일하다고 본 것은 아니다. 청구법인의 건축물은 연구시설용 건축물로서 산업용 건축물에는 해당되지 아니하고, 연구시설 및 시험생산용 건축물을 포함한 개념인 ‘산업용 건축물 등’에는 포함된다 할 것이다. 취득세 감면대상인 “산업용 건축물 등”의 감면 범위에 대하여 지특법 제78조 제4항 제2호 가목 전단 및 후단에서 각각 ‘산업용 건축물 등’과 ‘공장용 건축물’로 달리 규정하고 있고, 위 대법원 판례에서는 ‘공장용 건축물’은 ‘산업용 건축물’과 달리 볼 수 없다고 한 점을 고려할 때, 청구법인이 연구시설용 건축물을 임대한 이상 추징대상에 해당한다.
(4) 청구법인은 쟁점임대부분을 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하였으므로 이는 지특법 제78조 제5항 제2호의 추징사유에 해당한다. (가) 청구법인은 연구시설 및 사무실을 종전 본점소재지인 서울 관악구OOO에서 이 건 건축물로 이전할 때 쟁점임대부분이 있는 지상3층으로는 이전하지 않은 점, 기존 관악구 소재 연구시설 면적이 925㎡에 불과한 반면 변경신고서상 변경된 연구시설 면적은 5743.86㎡, 건축물대장상 연구시설 연면적은 25,970.35㎡로서 기존 연구시설면적의 25배를 초과하는 면적 전체를 이 사건 건축물 사용승인과 함께 청구법인이 직접 사용하기에는 무리가 있어 보인다. (나) 청구인은 2020.7.16.이 되어서야 OOO일반산업단지 관리기관인 서울주택도시공사에 이 사건 건축물에 대하여 사업개시예정일을 2020.7.20.으로 하여 사업개시신고를 하였다. 또한, 청구법인은 2020.3.25. 및 2020.4.29. 두 차례에 거쳐 3, 4층 연구소 공정개선공사에 따른 공사대금을 지급하였는데 이는 이 건 건축물 사용승인 후 사업개시(예정)일인 2020.7.20.까지 3층 임대부분에 대한 직접사용을 개시하지 못한 것으로 판단되는 부분이며, 2021.4월 경부터 2021.9월경까지 3층 OOO(연구시설 유휴공간에 대한 중소기업자 임대사업) 구축공사 기성고에 따른 공사대금을 지급하였는데 이는 임대를 위한 공사를 실시한 것으로 판단되는 부분이다. 따라서, 쟁점임대부분의 직접사용 기산일은 2020.7.20.로 보아야 하고 해당 부분에 대해 임대가 2021.12.15.～2022.2.21.에 걸쳐 개시되었으므로, 청구법인은 쟁점임대부분을 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하였다 할 것인바, 추징 사유가 발생하였다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점연구소는 본점용 부동산이 아니므로 취득세 중과대상이 아니라는 청구주장의 당부
② 쟁점연구소를 본점용 부동산으로 보더라도 정당한 사유가 있으므로 가산세를 부과하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
③ 쟁점임대부분은 공장용 건축물로서 중소기업자에 임대하였으므로 취득세 감면대상에 해당한다는 청구주장의 당부
④ 청구법인은 쟁점임대부분을 2년 이상 직접 사용한 이후에 임대하였으므로 추징대상에 해당하지 아니하다는 청구주장의 당부
(1) 지방세법(2019.12.31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것) 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당하며, 신탁법에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하는 부동산을 포함한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지‧유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.
(2) 지방세법 시행령(2016.11.29. 대통령령 제27619호로 개정된 것) 제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조제1항에서 "대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산"이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.
(3) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 대상 지역
- 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
- 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
- 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지
2. 경감 내용
- 가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(건축법 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.
- 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선(건축법 제2조제1항 제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2019년 12월 31일까지 경감한다.
- 다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)‧증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(4) 지방세특례제한법 시행령(2020.1.15. 대통령령 제30355호로 개정되기 전의 것) 제29조(산업용 건축물 등의 범위) ① 법 제58조제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.
1. 도시가스사업법 제2조제5호에 따른 가스공급시설용 건축물
2. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따른 연구개발시설 및 시험생산시설용 건축물
3. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조에 따른 공장‧지식산업‧문화산업‧정보통신산업‧자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육‧연구‧정보처리‧유통시설용 건축물
4. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제30조제2항에 따른 관리기관이 산업단지의 관리, 입주기업체 지원 및 근로자의 후생복지를 위하여 설치하는 건축물(수익사업용으로 사용되는 부분은 제외한다)
5. 집단에너지사업법 제2조제6호에 따른 공급시설용 건축물
6. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제6조 제5항 제1호부터 제5호까지, 제7호 및 제8호에 해당하는 산업용 건축물
② 법 제58조제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 공장용 부동산”이란 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호에 따른 공장을 말한다. 제38조(산업용 건축물 등의 범위) 법 제78조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 산업용 건축물등"이란 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다. 다만, 제29조 제3호에 해당하는 공장용 건축물은 행정안전부령으로 정하는 업종 및 면적기준 등을 갖추어야 한다.
(5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률(2016.3.22. 법률 제14079호로 개정된 것) 제14조의3(기업부설연구소등의 인정취소) ① 과학기술정보통신부장관은 기업부설연구소등 또는 기업부설연구소등이 소속된 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있다. 다만, 제1호 또는 제2호에 해당하는 경우에는 그 인정을 취소하여야 한다.
7. 기업부설연구소등이 제14조의4에 따른 준수사항을 위반한 경우 제14조의4(기업부설연구소등의 준수사항) 기업부설연구소등은 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다.
1. 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발활동과 관련된 업무 외에 생산‧판매‧영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니할 것(다만, 창업일로부터 3년이 경과하지 아니한 중소기업기본법 제2조 제2항에 따른 소기업의 기업부설연구소등에 근무하는 자가 해당 소기업의 대표자를 겸하는 경우에는 제외한다)
2. 건축법에 따라 허가받지 아니한 건물 또는 가건물, 건축물의 용도가 주거용인 건물에는 기업부설연구소등을 설치하지 아니할 것
3. 그 밖에 기업부설연구소등의 건실한 운영을 위하여 대통령령으로 정하는 사항
(5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2022.8.2. 대통령령 제32833호로 개정된 것) 제17조(기업부설연구소 등의 준수사항) ① 법 제14조의4제3호에서 “대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 사항을 말한다.
1. 법 제14조의2제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)를 설립 또는 설치한 기업은 해당 기업부설연구소등에서 근무하는 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 이 조에서 “연구전담요원등”이라 한다)이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산‧판매‧영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보할 것
2. 기업부설연구소등은 하나의 주소지에 둘 것. 다만, 연구의 원활한 수행을 위하여 필요한 경우에는 다음 각 목의 요건을 갖추어 기업부설연구소등의 주소지를 주소재지와 부소재지로 구분하여 2개의 장소에 둘 수 있다.
- 가. 각 주소지에 독립된 연구시설을 갖추고 있을 것
- 나. 각 주소지에 기업부설연구소등의 연구전담요원 또는 연구보조원 1명 이상이 상시 근무할 것 2의2. 기업부설연구소등의 연구전담요원등은 소속된 기업부설연구소등의 연구시설에서 근무할 것. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 과학기술정보통신부장관에게 미리 알린 후 자택 등 해당 기업부설연구소등의 연구시설이 아닌 장소에서 근무할 수 있다.
- 가. 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률에 따른 감염병에 대응하기 위하여 필요한 경우
- 나. 연구전담요원등의 효율적인 연구개발 활동을 위하여 과학기술정보통신부장관이 필요하다고 인정하는 경우. 다만, 연구전담요원등이 병역법에 따른 전문연구요원인 경우는 제외한다.
3. 같은 기업에 2개 이상의 기업부설연구소등을 설립하려면 전문연구분야(통계법제22조에 따라 통계청장이 고시하는 산업에 관한 표준분류에 따른 중분류를 말한다) 또는 그 주소지가 서로 다를 것
4. 과학기술정보통신부장관이 정하는 바에 따라 매년 기업부설연구소등의 연구개발활동 실적 등을 과학기술정보통신부장관에게 제출할 것
(1) 청구법인 현황은 아래와 같다. (가) 청구법인은 1996.11.21. 유전공학적 기법을 이용한 신기술·신소재·신제품 연구개발 및 제조‧판매, 그 연구개발에 따른 지식재산권 획득·이전, 천연물을 이용한 신약 및 식품의 연구개발 및 제조‧판매 등을 주된 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, ＜표3＞과 같은 조직을 갖추고 위 목적사업을 영위하고 있다. ＜표3＞ 청구법인 조직도 ◯◯◯ (나) 청구법인의 2020 사업연도의 사업보고서에는 ＜표4＞와 같은 내용이 기재되어 있다. ＜표4＞ 2020 사업연도의 사업보고서 (발췌) ◯◯◯ (다) 처분청이 제출한 청구법인 직원 수 및 연간 급여총액은 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 청구법인 부문별 직원 수 및 연간 급여총액 현황 ◯◯◯
(2) 이 건 건축물의 사무실 이전경과 및 사용 현황은 아래와 같다. (가) 청구법인은 2019.11.26. 이 건 건축물을 신축한 후, 2019.11.25.～27. 3일간 종전 관악구 소재 사무실OOO을 이 건 건축물 지1층, 1층, 2층, 5층, 6층으로 이전하였고, 등기사항전부증명서에 따르면 청구법인은 2019.12.4. 이 건 부동산을 본점 소재지로 하여 등기한 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 2019.12.13. (사)DDD협회에 쟁점연구소 일부인 이 건 건축물 1층 52.10㎡(위험물저장소), 2층 2,203.91㎡(천연물사업본부), 5층 2,473.49㎡(연구실험실), 6층 1,014.36㎡(연구사무공간) 총 5,743.86㎡에 대해 기업부설연구소 변경신청(기존 관악구 소재 기업부설연구소 면적 925㎡)을 하여 그 무렵 소재지변경 인정을 받았으며, 2020.10.6. 지하1층 1,466.76㎡(실험동물연구본부)에 대해 추가로 기업부설연구소 인정을 받았다. (다) 청구법인은 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따라 2020.7.16. OOO일반산업단지 관리기관인 서울주택도시공사에 이 건 건축물에 대한 사업개시신고(사업개시예정일: 2020.7.20.)를 하고 서울주택도시공사는 이 사건 건축물에 대한 현장점검을 실시하여 2020.7.17. 사업개시확인을 하였다. (라) 처분청 세무조사 당시(2022.6.3.) 이 건 건축물의 사용 현황 및 청구법인과 처분청의 이 건 부동산에 대한 감면여부 판단은 ＜표6＞와 같다.
1. 청구법인은 이 건 부동산을 쟁점연구소와 쟁점본점용 부동산으로 구분하여 ①쟁점연구소에 대해서는 일반세율과 산업단지 감면(75%) 적용, ②쟁점본점용 부동산에 대해서는 중과세율 적용 및 감면 제외, ③공용부분은 쟁점연구소와 쟁점본점용 부동산 면적비율로 안분하여 각각의 면적에 대해 ①, ②의 방식을 적용하여 산정한 취득세를 신고 납부하였다.
2. 이에 반해, 처분청은 ①체력단련장을 제외한 이 건 부동산 전체를 본점용 부동산으로 보아 중과세율을 적용, ②산업단지 감면(75%)의 경우 청구법인이 산업용 건축물로 사용하고 있는 부분(쟁점연구소)은 감면을 적용하고, 그 외 부분(쟁점본점용 부동산)은 감면 제외, ③공용부분은 쟁점연구소와 쟁점본점용 부동산 면적비율로 안분하여 쟁점연구소 부분만 산업단지 감면을 적용하였다. ＜표6＞ 이 건 건축물 사용 현황 및 감면여부 판단 ◯◯◯ (마) 청구법인은 쟁점연구소와 쟁점본점용 건축물의 공간분리 및 출입통제의 증빙자료로 ＜표7＞의 사진을 제출하였다. ＜표7＞ 쟁점연구소 층별 출입구 및 사무공간 사진 ◯◯◯
(3) 청구법인은 쟁점임대부분을 CCC(주), DDD(주), EEE(주)에게 임대하였고, 위 3개 법인은 모두 중소기업인 것으로 확인된다. 쟁점임대부분의 임대현황은 ＜표8＞과 같다. ＜표8＞ 쟁점임대부분의 임대현황 ◯◯◯
(4) 행정안전부는 2021.12.28. 지특법 제78조 제4항 제2호 가목을 위 ＜표2＞와 같이 개정하였는데, 개정취지를 ＜표9＞와 같이 밝히고 있다. ＜표9＞ 2022년 시행 지방세특례제한법 개정내용(적용요령)
(5) 청구법인은 지방세법제13조 제1항의 본점이란 대표이사 등 임직원이 상주하면서 기획, 재무, 경영전략 등 법인의 전반적인 사업을 수행하고 있는 경우를 말한다고 주장하며, 기업부설연구소를 본점으로 보지 아니한 조세심판원 선 결정례와 행정안전부 유권해석(부동산세제과-1026, 2023.11.17.)을 제시하였고, 처분청은 본점에 해당하는 지는 기획, 재무, 경영전략 기능에 한정할 것이 아니라 그 기능이 법인의 주요한 의사결정 및 업무수행에 해당하는 지를 개별적‧구체적으로 판단하여야 한다는 의견을 제시하며 최근 법원의 판례를 제시하였다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살펴본다. 지방세법상 본점의 정의는 없으나 본점의 사무소란 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위 외에도 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행이 이루어지는 장소로 볼 수 있고, 반면 본점의 사무소와 함께 설치되었더라도 본점에서 이루어지는 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점의 사무소에 해당한다고 보기 어려운 바, 본점에 해당하는지 여부는 해당 법인이 영위하는 사업의 종목이나 특성 등을 고려하여 개별적‧구체적으로 판단해야 할 것이다(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결 참조). 처분청은 청구법인의 특성상 쟁점연구소의 연구기능은 주요한 업무행위에 해당하며 기획, 인사, 재무 등 관리행위와 유기적으로 결합되어 본점으로서 중추적인 의사결정의 역할을 한다는 의견이다. 그러나, 처분청은 유기적 결합의 근거로 청구법인이 유전공학적 기법을 이용한 신기술·신소재·신제품 연구개발 및 제조‧판매, 그 연구개발에 따른 지식재산권 획득·이전 등을 주된 목적사업으로 하여 설립되었다는 점과 2020 사업연도 사업보고서에 대표이사가 전반적인 경영관리와 동시에 연구총괄을 맡고 있는 것으로 기재되어 있다는 점을 제시할 뿐, 단편적으로 수긍할 수 있는 근거나 증빙자료를 제시하지 못하고 있다. 반면, 청구법인은 청구법인의 조직도 상에서 연구부문과 경영관리부문이 구분되어 있으며, 쟁점연구소에는 스크린도어와 출입관리시스템을 설치하여 경영관리부문의 사무실과 분리하여 경영관리부문 직원의 출입을 제한하고 쟁점연구소 소속 직원만이 이용하고 있다는 증빙을 제시하고 있다. 그리고, 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의3 제1항 제7호 및 제14조의4 제1호에 따르면 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 다른 업무를 겸하지 않도록 규정하면서 이를 위반하는 경우 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있도록 규정하고 있다. 이에 따르면 청구법인의 경우 2019.12.13. 이 사건 건축물로 이전하면서 기업부설연구소 변경신청을 통해 쟁점연구소의 일부를 기업부설연구소로 인정받은 이후 그 인정 면적이 증가하였으며 현재까지 기업부설연구소의 인정이 취소되지 않고 유지되고 있으므로 쟁점연구소의 직원들은 연구개발 활동을 전담하고 있다고 인정할 수 있다. 그러므로, 쟁점연구소가 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점용 부동산에 해당한다는 점을 쉽사리 인정하기는 어렵고, 관련 법령에 따라 연구개발 활동만을 전담하는 장소로 볼 수 있으므로 처분청이 쟁점연구소를 본점용 부동산으로 보아 지방세법 제13조 제1항의 중과세율을 적용하여 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (나) 쟁점②는 쟁점①이 인용됨에 따라 별도로 심리할 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다. (다) 쟁점③에 관하여 살피건대, 지방세특례제한법 제78조 제4항 제2호 가목에서 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세의 100분의 50을 경감하되, 공장용 건축물을 건축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 감면대상에 포함하고 있다. 이는 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하고자 하는 자가 스스로 이를 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하고 제3자에게 임대할 목적이 있는 경우 그 임대가 중소기업자에 대한 임대라고 한다면 예외적으로 지방세 감면대상에 포함시키려는 취지라고 보이고, 이러한 법 취지를 고려할 때 ‘공장용 건축물’은 ‘산업용 건축물등’과 달리 보기 어렵다(대법원 2012.11.29. 선고 2012두17179 판결, 대법원 2020.6.19. 선고 2020두43586 판결 참조) 할 것이다. 또한 행정안전부는 2021.12.28. 지방세특례제한법 제78조 제4항 제2호 가목을 개정하여 용어를 ‘산업용 건축물 등’으로 일원화하였는데, 그 개정 취지를 해당 규정을 명확화 하는 것으로 종전과 동일하게 운영하라고 밝히고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점임대부분을 지방세특례제한법 제78조 제4항 제2호 가목의 적용대상이 아니라고 보아 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (라) 쟁점④는 쟁점③이 인용됨에 따라 별도로 심리할 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.
4. 결론 이 건 심판청구는 조세심판관 합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.