[요지] 청구법인은 2021.1.19. 쟁점부동산을 종교행위를 목적으로 취득한 후 쟁점부동산에 있던 노후된 건물을 멸실하고 새로운 건물을 신축하고자, 2022.5.20. 쟁점부동산에 있는 노후된 건물을 멸실한 것만으로 이를 다른 용도로 사용한 것으로 보기는 어려운 점, 청구법인이 쟁점부동산에 있던 노후된 건물을 멸실한 이유가 교회건물을 신축하여 종교용으로 사용하고자 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 유예기간에 다른 용도로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[주 문] 경상북도 포항시장이 2022.10.10. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
3. 심리 및 판단
(1) 지방세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(2) 지방세특례제한법 시행령(2021.1.1. 대통령령 제31344호로 개정된 것) 제123조(직접 사용의 범위) 법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물 및 주택을 건축 중인 경우를 포함한다.
(3) 지방세법(2020.12.29. 법률 제17769호로 개정된 것) 제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인과 대한예수교장로회 OOO교회가 2010.5.12. 체결한 매매계약서에 의하면, 매매계약 부동산은 토지 4,866.4㎡와 건물 2,507.55㎡로 나타난다. (나) 청구법인은 2021.1.19. 쟁점부동산을 OOO재단(실질소유자: 대한예수교장로회 OOO교회)으로부터 취득(증여)하고,지방세특례제한법제50조 제1항에 따라 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 면제받았다. (다) 청구법인은 2021.1.19. 쟁점부동산에 대한 취득세를 신고하면서, 쟁점부동산의 토지면적을 4,868.4㎡, 건물면적을 3,304.39㎡(1982.12.2. 소유권보존등기)로 기재하였다. (라) 청구법인의 2021.3.4.일자 정관변경 허가서에 의하면, 쟁점부동산의 건물 면적은 3,304.37㎡로 나타난다. (마) 청구법인은 2022.5.20. 쟁점부동산의 건물을 멸실한 것으로 건축물대장에 나타난다. (바) 처분청은 2022.7.1. 쟁점부동산에 출장하여 사실현황을 조사한 결과, 청구법인은 쟁점부동산의 건물을 멸실하였고 토지는 나대지 상태인 것으로 나타난다. (사) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득(2021.1.19.)하고 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 건물을 멸실하자 이를 다른 용도로 사용한 것으로 보아, 2022.10.10. 이 건 취득세 등을 부과ㆍ고지하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 쟁점부동산 중 건물을 멸실하자 이를 다른 용도로 사용한 것으로 보아야 한다는 의견이다. (가)지방세특례제한법제50조 제1항 제2호에서 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하나, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다. (나) 감면된 종교용 건축물 등에 대한 추징요건에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우로서, 이와 같이 직접 사용의 유예기간 동안 취득자가 그의 직접 목적이 아닌 부수적인 목적에 부동산을 사용하거나 전혀 사용을 하지 않고 있는 상태라 하여도 이 유예기간이 경과하기 전까지는 추징사유가 발생한 것으로 볼 수 없다(대법원 2006.1.27. 선고 2005두14035, 같은 뜻임) 할 것인바, 청구법인은 2021.1.19. 쟁점부동산을 종교행위를 목적으로 취득한 후 쟁점부동산에 있던 노후된 건물을 멸실하였고 새로운 건물을 신축하고자 2022.5.20. 쟁점부동산에 있는 노후된 건물을 멸실한 것만으로 이를 다른 용도로 사용한 것으로 보기는 어려운 점, 청구법인이 쟁점부동산에 있던 노후된 건물을 멸실한 이유가 교회건물을 신축하여 종교용으로 사용하고자 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 유예기간에 다른 용도로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.