산업단지 조성사업에 의한 지목변경에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2020지1231 / 조심2020지0730

[주 문] OOO도 OOO시장이 2022.12.15. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2008.12.4. OOO도 OOO시 OOO읍 OOO리 OOO번지 일원의 OOO산업단지(이하 “이 건 산업단지”라 한다)의 사업시행자로 지정되었고, 2017.10.31.자 OOO산업단지 OOO공구 조성공사 준공인가에 따른 OOO도 OOO시 OOO읍 OOO리 OOO번지 외 OOO필지의 지목변경(전 → 공장용지, 총 면적 OOO㎡, 이하 “이 건 지목변경”이라 한다)에 대하여 시가표준액 증가분 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세특례제한법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정, 2017.7.26. 시행) 제78조 제1항의 산업단지 등에 대한 감면(취득세의 100분의 35 경감)을 적용하여 2017.12.19. 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 신고하고 2018.1.2. 납부하였다.
• 나. 이후 청구법인은 2022.10.21. 이 건 지목변경분 취득에 대하여 ① 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 지방세특례제한법 제78조 제1항(이하 “종전감면규정”이라 한다) 및 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 지방세특례제한법 부칙 제14조의 일반적 경과조치 규정(이하 “쟁점경과규정”이라 한다)을 적용하여 종전감면규정에 따라 2011년 11월 착공하여 2017년 10월 준공된 이 건 산업단지에 대하여 취득세 등이 면제되어야 하고(이하 “주위적 경정청구”라 한다), ② 처분청에 무상귀속되는 부분에 대하여는 지방세법 제9조 제2항에 따라 취득세가 비과세되어야 한다고 주장하면서(이하 “예비적 경정청구”라 한다) 기납부한 취득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다. ＜표1＞ 청구법인의 지목변경 관련 취득세 등 경정청구 내역 OOO
• 다. 처분청은 2022.12.15. ① 주위적 경정청구에 대하여는 2014.12.31. 이전에 취득세 납세의무가 성립되어야 취득세가 면제된다고 보아 거부처분을 하고, ② 예비적 경정청구는 인용하였다. ＜표2＞ 예비적 경정청구 인용에 따른 환급세액 OOO
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.1.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2017.12.19. 지목변경에 대한 취득세 등을 신고하고 2018.1.2. 납부할 당시 이 건 산업단지의 준공일인 2017.10.31. 시행중이던 지방세특례제한법 제78조 제1항에 따라 취득세 35%의 감면을 적용하였다. 그런데 산업단지조성사업 시행자에 대한 취득세 감면 규정은 1995년 지방세법 개정시 법 제276조에서 신설되어 줄곧 면제하는 것으로 규정하고 있다가, 2010.3.31. 지방세법 전면개정시 지방세특례제한법 제78조 제1항으로 이관되었으며, 그 후에도 계속하여 전액 면제하는 것으로 규정하고 있다가 2015.1.1. 이후부터 35% 감면하는 것으로 개정되었다. 즉, 산업단지개발사업시행자에 대한 취득세 면제규정은 1995년 신설되어 2014.12.31. 지방세특례제한법 개정시까지 약 20년간 유지되어 왔고, 동법 개정시 부칙 제14조에서 납세자의 신뢰보호를 위하여 “이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다”는 일반적 경과조치 규정을 두었다.

(2) 한편, 조세법령이 납세자에 불리하게 개정된 경우 경과조치 규정 해석과 관련하여 대법원에서는 “조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 예에 의한다’는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로, 여기서 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위해서는 개정 전 법령의 시행당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 것이라면 경과규정에 따라 종전의 규정이 적용된다”라고 판결하였고(대법원 2015.12.3. 선고 2015두36645 판결 등 다수), 조세심판원에서도 동 대법원 판결취지에 따라 같은 취지의 결정을 계속하여 오고 있다(조심 2020지730, 2021.7.5., 조심 2020지1231, 2021.9.30. 등 다수). 위 대법원 판례의 핵심요지는 “조세법령이 납세자에게 불리하게 개정된 경우, 법 개정이후에 납세의무가 성립되었다 하더라도 법 개정 전에 과세요건 충족과 관련한 중요한 원인행위가 발생하였다면 법 개정 전의 종전규정을 적용하여야 한다”는 것이며, 조세심판원에서도 이와 동일한 취지로 “① 조세법령의 개정 전에 과세요건과 관련된 직접적인 원인행위가 존재하고, ② 조세법령의 개정에 있어 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위한 경과규정을 두고 있으며, ③ 종전법령이 지속될 것이라는 신뢰에 납세의무자의 귀책사유가 없을 경우 납세자의 신뢰보호를 위하여 일반적 경과조치에 따라 개정 전의 종전법령을 적용하여야 한다”고 하여 일관되게 결정하여 오고 있다.

(3) 상기 대법원판결 및 조세심판원 결정에 비추어 청구법인의 경우를 살펴보면, ① 청구법인은 2014.12.31. 지방세특례제한법이 개정되기 훨씬 전인 2011년 11월 착공하였는바, 관련규정의 개정이 있기 오래전에 이미 과세요건과 관련된 직접적인 원인행위가 발생하였고, ② 2014.12.31. 법 개정시에는 부칙 제14조에서 “이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다”고 하여 일반적 경과조치 규정을 두었으며, ③ 관련규정은 1995년 감면규정이 신설된 이후 2014.12.31. 개정이 있기까지 약 20년간 면제규정을 두고 있다가 2014.12.31. 법률 제12955로 개정된 지방세특례제한법 제78조 제1항(이하 “개정감면규정”이라 한다)을 통하여 2015년부터 비로소 35% 감면으로 개정되었는바, 2011년 공사에 착공한 청구법인의 입장에서 보면 해당 면제규정을 신뢰하여 동 면제조항이 계속하여 유지될 것이라고 기대하는 것이 무리가 아니라고 보아야 할 것인 점을 종합하여 보면, 결국 청구법인의 이 건 산업단지 조성에 따른 지목변경 취득에 대하여는 쟁점경과규정에 따라 종전감면규정을 적용하여 취득세를 전액 면제하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 2014.12.31. 지방세특례제한법 개정 이후 과세대상 물건을 취득하였다 하더라도 취득의 원인이 되는 행위가 개정 이전에 있었고 해당 면제제도가 수년간 시행되어 왔으므로 납세자의 신뢰 보호를 위하여 개정 규정에도 불구하고 종전감면규정을 적용해야 한다고 주장하나, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시 유효하였던 종전감면규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 아니하는 한 설사 납세의무자가 종전감면규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없고(대법원 2013.9.12. 선고 2012두12662 판결), 이 면제제도가 처음부터 장기간 시행될 것으로 예고되지 아니하고 단기의 시한을 두고 시행되면서 단지 그 시한이 연장되어 왔던 것이라면 청구법인은 지방재정 여건, 사회적 환경의 변화, 정책적 필요 등에 따라 향후 어느 시점에 이 면제제도의 시행시기가 더 이상 연장되지 않을 수 있다는 점을 충분히 예상할 수 있었다고 할 것인바(인천지방법원 2021.11.8. 선고 2021구합53270 판결), ① 종전감면규정에서 장래 일정한 기간 동안 2014.12.31. 이전의 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우 취득세를 면제하겠다는 것을 명시적으로 규정하지 아니하였으므로 종전감면규정이 적용되어 취득세가 면제되기 위해서 2014.12.31 이전에 취득세 납세의무가 성립되었을 것이 전제되어야 하는 점, ② 이 면제제도의 시행 종기가 수차례 연장되어 수년간 시행되어 왔고 취득자가 이를 신뢰하였다 하더라도, 한시 법령의 형태로 규율한 종전감면규정이 2014.12.31 후에도 연장 시행될 것으로 믿은 것은 단순한 기대에 불과할 뿐 법적으로 보호하여야 할 정도에 이르렀다고 볼 수 없는 점, ③ 오랜 기간 면제제도가 시행되어 왔기 때문에 앞으로도 변함없이 시행될 것이라고 믿은 단순한 기대를 보호하게 된다면 입법자가 지방세특례제도의 시행 종기 즈음하여 변화된 정책적 환경과 형평과세의 원칙 등을 고려하여 특례의 존속 여부 및 적용범위 등을 다시 정할 수 있도록 이 사건 면제제도를 한시 법령의 형태로 규율한 입법 취지가 몰각될 우려가 있는 점 등에 비추어 2014.12.31 이전에 부동산 취득을 위한 원인행위가 있었다고 하더라도 종전감면규정이 아닌 개정된 규정에 따라 감면함이 타당하다. 따라서 처분청이 청구법인의 주위적 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 산업단지 조성사업에 의한 지목변경에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청이 제출한 청구법인의 등기사항일부증명서, 청구법인이 제출한 “OOO산업단지 지정 및 개발계획 고시(2008.12.4., OOO도지사)”에 의하면 청구법인은 2006.12.27. OOO도 OOO시 OOO읍 OOO길 OOO를 본점으로 하여 설립되었고, 2008.12.4. OOO도지사의 OOO산업단지 지정 및 개발계획 고시(OOO도 고시 제2008-603호)에 따라 이 건 산업단지의 사업시행자로 지정된 것으로 나타난다. (나) 청구법인이 2014.12.31. 이전에 이 건 산업단지의 지목변경공사를 착공하였다고 주장하면서 제출한 OOO의 착공계(2011.11.30.), OOO의 착공계(2013년)에 의하면 이 건 산업단지에 대한 OOO의 1공구 조성공사 착공일은 2011.11.30.로 나타나고, OOO의 1공구 조성공사 착공일은 2012.12.13.로 나타난다. (다) 청구법인이 제출한 OOO도지사의 준공인가필증(2017.10.31.), OOO산업단지 준공인가 공고(2017.11.2.)에 의하면 청구법인은 2017.10.31. 이 건 산업단지 조성공사의 총 사업시행면적 OOO㎡ 중 1공구 OOO㎡에 대하여 준공인가를 받은 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 2017.10.31.자 OOO산업단지 1공구 조성공사 준공인가에 따른 이 건 지목변경에 대하여 시가표준액 증가분 OOO원을 과세표준으로 하고 산업단지 등에 대한 감면(취득세의 100분의 35 경감)을 적용하여 2017.12.19. 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 신고하고 2018.1.2. 납부하였다가, 종전감면규정에 따라 2011년 11월 착공하여 2017년 10월 준공된 이 건 산업단지에 대하여 취득세 등이 면제되어야 한다는 주장 등을 하면서 경정청구를 제기하였고, 처분청은 종전감면규정에 따른 취득세 등의 면제를 주장하는 경정청구 부분은 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 산업단지에 대한 취득세 감면 규정은 1995.1.1. OOO도세감면조례로 신설된 이후, 2011.1.1.지방세특례제한법제78조 제1항으로 이관된 이래 개정감면규정에 따라 감면율이 축소되기 전까지 법명만 변경되었을 뿐 그 내용은 20년간 동일하게 유지되어 온 점, 2014.12.31. 개정감면규정에 따라 산업단지 취득자에게 불리하게 개정되었는데, 쟁점경과규정에서 산업단지 취득자의 신뢰보호를 위하여 종전감면규정에 따라 감면하여야 할 취득세에 대하여는 종전의 규정에 따르도록 정하고 있고, 청구법인은 2014.12.31. 지방세특례제한법 개정으로 개정감면규정이 시행(2015.1.1.)되기 전인 2008.12.4. OOO도지사의 OOO산업단지 지정 및 개발계획 고시(OOO도 고시 제2008-603호)에 따라 이 건 산업단지의 사업시행자로 지정되었고, 2011.11.30. 이 건 산업단지 조성공사에 착공하여 2017.10.31. 조성공사를 완료(준공)하여 이 건 지목변경을 완료하였으므로 종전감면규정 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 지방세특례제한법이 개정되어 산업단지 부동산에 대한 취득세 감면율이 35%로 축소된 이후인 2017.7.19. 산업단지 조성사업에 의한 지목변경을 완료하였다 하더라도 쟁점경과규정의 일반적 경과조치에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정, 2017.7.26. 시행) 제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다. 제10조(과세표준) ③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

(2) 지방세법 시행령(2017.10.17. 대통령령 제28366호로 개정, 2017.10.19. 시행) 제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준) 법 제10조 제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조 제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.

1. 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 부동산 가격공시에 관한 법률에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 산정한 가액을 말한다)

2. 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조 제1항에 따른 시가표준액을 말한다) 제20조(취득의 시기 등) ⑩ 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.

(3) 지방세특례제한법(2011.5.19. 법률제10654호로 개정, 2011.5.19. 시행) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2012년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(4) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정, 2013.1.1. 시행) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(5) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정, 2015.1.1. 시행) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다. 부칙 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(6) 지방세특례제한법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정, 2017.7.26. 시행) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.