청구법인에게 기 감면한 취득세를 추징하면서 쟁점가산세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2017.3.29. 경기도 파주시 맥금동 OOO 외 2필지 토지 5,238㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득(매매)한 후, 같은 날 처분청에지방세특례제한법제38조 제1항에 따라 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면적용(50%)하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 2022.8.24. 청구법인이 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(무신고가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원 포함, 이하 무신고가산세를 “쟁점가산세”라 한다)을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 쟁점가산세 부과처분에 불복하여 2022.9.20. 이의신청을 거쳐 2023.1.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2017.2.10. 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하고, 2017.3.21. 처분청으로부터 의료시설(요양병원, 이하 “쟁점병원”이라 한다)에 대한 건축허가를 받은 후 2017.3.29. 소유권이전등기를 하면서 취득세 50%를 감면받아 신고·납부하였다. 이후 청구법인은 2016년 11월 측량설계, 감리, 배관공사계약 등에 대한 잔금을 입금하는 등 쟁점병원 신축을 위한 기반작업을 마쳤으나, 공사현장의 인근 주민들이 2017년 1월 먼지, 소음 등의 발생 이유로 처분청에 민원을 제기하여 공사가 일시 중단되게 되었다. 더욱이 시행사인 A㈜와 자금대여를 주선한 ㈜B가 쟁점병원 건축과 관련하여 사기행위를 자행하여 큰 피해를 입은 청구법인은 고소하였고, 이로 인하여 쟁점병원의 신축이 지연될 수밖에 없었다. 이러한 어려운 여건 속에서도 청구법인은 2017.6.12. 건축을 위한 가건물을 축조하고, 2017.10.26. 건축물 설계계약을 체결하고, 약 8개월 간의 설계 작업을 마친 후 2018년 7월경부터 새로운 시행사인 OOO㈜가 다시 건축을 진행함으로써 2019.6.18. 건축물(쟁점병원)을 완료하였다. 결국 청구법인은 이 건 토지의 매입부터 사용승인일까지 의료기관이라는 목적에 맞게 이를 직접 사용하기 위하여 지속적으로 노력을 기울였고, 건축을 위해 건축허가 전부터 관계 업체와 계약을 하며 계약금을 지불하였으며, 민원 해결과 사기로 인한 막대한 피해를 겪는 중에서도 의료기관을 최대한 빠르게 완공하였다고 보아야 한다. 또한 일반 건축물과 달리 의료기관은 설계상 많은 부분을 확인(중환자실구축, 의료산소설계 등)하여야 함에도, 대규모 건축물인 쟁점병원(건축면적: 4,837㎡)을 1년 내에 완공한다는 것은 사실상 불가능에 가깝다고 할 것이다. 따라서 상기의 외부적인 사유와 불가항력적인 사건으로 청구법인은 1년 이내 쟁점병원의 건축공사를 완료하지 못하였는바, 이는 정당한 사유에 해당된다고 보아야 한다. 그럼에도 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 감면한 취득세를 추징하면서 쟁점가산세까지 추징하였다. 결국 처분청의 행정지도나 사전안내가 없어 추징대상이 됨을 인지하지 못하여 추징세액을 신고할 수 없었음에도, 처분청에서 이를 무신고로 보아 쟁점가산세까지 부과한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 토지를 취득할 때 이미 유예기간 안에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애 사유를 알고 있었고, 취득 후 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고, 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용치 못한 정당한 사유가 될 수 없다(대법원 2002.4.26. 선고 2000두10038 판결). 청구법인의 경우 먼저 이 건 토지 취득일(2017.3.29.)로부터 1년이 경과한 2018.8.1. 처분청에 착공신고를 한 후 2019.5.27. 쟁점병원을 신축하여 사용승인을 받았으므로 추징사유가 발생한 것이 분명하다. 청구법인은 이 건 토지 취득 이전인 2017.1.23. 쟁점병원의 신축공사와 관련하여, 인근 주민들이 제기한 민원에 대하여 마을 통장(OOO)과 협약을 체결한 것으로 확인되는바, 이는 청구법인이 이 건 토지를 취득하기 전의 장애요인에 해당하고, 취득 당시 이러한 장애요인을 알 수 있었던 경우라 할 것이다. 청구법인이 쟁점병원 신축공사를 착공하기 전에 진행한 건축 설계감리계약, 개발행위 허가 및 건축허가 등은 이 건 토지를 해당 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 준비행위에 불과하고, 또한 일반 건축물과 달리 의료기관인 쟁점병원에는 설계상 많은 확인이 필요하다는 청구주장 또한 사전에 충분히 인지할 수 있었던 것으로 보인다. 청구법인이 주장하는 당초 시행사와 자금대여업체의 사기행위와 그 피해에 따른 형사사건의 진행, 이로 인한 청구법인의 착공연기 신청 역시 내부적 사정에 불과한 것으로 판단된다. 결국 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 데에는 행정관청이나 법령의 제한 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유가 있다고 보이지 않는다. 한편 청구법인은 이 건 토지 취득일로부터 1년 이내 해당 사업에 사용하지 않아 추징사유가 발생함에 따라 기 감면받은 취득세 등에 대한 납세의무가 성립하였고, 그 사유 발생일로부터 30일 이내에 신고·납부하였어야 하나, 이를 이행하지 아니하였다. 따라서 처분청에서 청구법인이 이 건 토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우로 보아, 기 감면한 취득세 등을 추징하면서 무신고가산세인 쟁점가산세를 부과한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인에게 기 감면한 취득세를 추징하면서 쟁점가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 일부개정된 것) 제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ①의료법제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 취득세의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50)를 경감[특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지지방세법제11조 제1항의 세율에서 1천분의 15(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는지방세법제11조 제1항의 세율에서 1천분의 10)를 경감하는 것을 말한다]하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50)를 경감한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세법 제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(괄호 생략)부터 60일[괄호 생략] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다. 제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에지방세기본법제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.

(3) 지방세기본법 제53조(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “납부세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다. 제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 2013.4.22. 경기도 파주시 OOO를 주사무소로 하여의료법제48조에 따라 의료법인 설립허가를 받았다. (나) 등기사항일부증명서(법인)에 따르면, 청구법인은 2013.4.26. 의료기관 설치 운영 및 보건의료에 관한 연구개발 등을 목적으로 하여 설립(등기)된 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 쟁점병원 신축공사와 관련하여, 2016.11.7. OOO공사와 쟁점병원에 대한 측량설계용역계약을, 2016년 11월경 A㈜과 건축설계·감리용역계약, 2017.10.26. OOO건축사무소와 설계계약을 각각 체결하였다. (라) 청구법인은 2017.1.23. 쟁점병원 공사장 인근인 경기도 파주시 OOO 통장(OOO)은 쟁점병원 공사 및 업무에 관한 협약을 다음과 같이 체결하였다(일부 발췌). (협약의 범위)

1. “갑(청구법인)”은 건물신축공사를 시행함에 있어 비산먼지 소음 공해 방출을 최소화하도록 공사업체 관리 감독을 철저히 한다.

2. 공사 차량은 허가된 도로사용을 원칙으로 한다.

3. 공사 중 파괴된 도로 및 하수관 또는 주변 환경을 원상태로 또는 그 이상의 환경으로 복구한다.

4. 마을주민을 위해 병원 내 시설 및 휴게실 이용 시 편의를 제공한다.

5. 마을주민의 병원 이용 시 병원비 할인 및 최대한의 서비스를 제공한다.

6. 병원 차량 및 방문 면회객 차량 통행을 허가된 도로로 사용하도록 유도하고 안내문을 설치한다.

7. “갑(청구법인)”은 병원 운영에 있어 마을 및 마을주민에 대해 축사 등 주변환경 불편이 대해 민원 제기를 최대한 자제한다.

8. “갑(청구법인)”은 마을 축제 및 행사시 금전적 물질적으로 협조한다.

9. “을(마을 통장)”은 이 모든 것에 대하여 “갑(청구법인)”과 “을(마을 통장)”은 뜻을 같이하고, 합의하는 즉시, “을(마을 통장)”이 제출한 시청민원 진정서는 이 시간 이후 “을”은 철회한다. (마) 청구법인은 2017.3.17. 해당 일부터 2019.3.16.까지 의료시설(요양병원) 부지조성을 목적으로 이 건 토지에 대한 개발행위허가(허가면적 4,820㎡)를 받았고(개발행위허가필증, 균형발전 제2017-104호), 2017.3.21. 쟁점병원에 대한 신축허가를 받았다(허가번호 2017-건축과-신축허가-148). (바) 청구법인은 2017.3.29. 이 건 토지를 취득(매매)한 후,지방세특례제한법제38조 제1항에 따라 의료업 사용용 부동산으로 감면적용(50%)하여 취득세 등을 신고·납부하였다. (사) 청구법인은 2017.9.11. ㈜B와 자문(컨설팅) 용역계약을 체결하였으나, 2018년 대표이사 OOO를 사기죄로 고소하였고, 2023년 1월경 해당 형사판결이 확정된 것으로 확인된다(서울중앙지방법원 2023.1.11. 선고 2018고단4625 판결). (아) 청구법인은 2018.3.19. 처분청에 “공사업체 선정 및 기타 내부사정”을 사유로 착공연기신청서를 제출하였다가, 2018.8.1. 다시 착공신고서(착공예정일 2018.8.1.)를 제출하였다. (자) 처분청은 2019.5.27. 쟁점병원에 관한 사용승인을 하였다[주용도 의료시설(요양병원), 연면적 합계 4,837.93㎡, 대지면적 4,820㎡]. (차) 처분청은 2022.6.9. 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, 청구법인이 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 기 감면한 취득세 등을 추징하면서 쟁점가산세까지 부과하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 처분청의 사전안내가 없어 추징대상이 됨을 알지 못하여 해당 세액을 신고할 수 없었음에도 처분청에서 이를 무신고로 보아 쟁점가산세까지 부과한 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인은 이 건 토지 취득일(2017.3.29.)부터 1년이 경과한 2019.5.27. 쟁점병원에 대한 사용승인을 받았으므로 취득세 추징대상에 해당하고, 이에 대한 납세의무가 있음에도지방세법제20조 제3항에 따른 신고를 하지 아니하여 무신고가산세 부과대상에 해당된다 할 것인 점, 취득세와 같은 신고납부방식의 조세는 원칙적으로 납세의무자가 그 과세표준과 세액을 산정하여 신고·납부하는 세목인바, 청구법인이 취득세 추징대상에 해당된다는 사실을 알지 못하였다거나 처분청으로부터 이와 관련된 납세안내를 받지 못하였다는 사실이지방세기본법제57조 제1항에서 규정하는 가산세 감면의 정당한 사유에 해당된다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청에서 기 감면한 취득세 등을 추징하면서 쟁점가산세까지 부과한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.