산업단지 내에 산업용 건축물을 신·증축하여 유예기간 이내에 중소기업자가 아닌 자에게 임대한 후 유예기간 이내에 직접 사용하였으므로 취득세 등 추징요건에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2022지0090

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2016.7.14. OOO토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 2014.12.4.(계약금)과 2015.3.25.(중도금) 등 3회에 걸쳐 연부 취득하고, 지방세특례제한법(이하 “지특법”이라 한다) 제78조 제4항의 규정에 따라 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축할 목적으로 감면 신청하여 취득세 OOO원을 감면받았고, 이후 이 건 토지에 2017.6.2. 건물 OOO㎡을 신축(이하 “신축건물”이라 한다)하고 2018.6.19. 건물 OOO㎡를 증축(이하 “증축건물”이라 한다)하여 취득세 OOO원을 감면받았다.
• 나. 처분청은 2022.8.3.∼2022.8.22. 기간동안 지방세 법인 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 신축건물 중 OOO㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 AAA 주식회사(이하 “AAA”이라 한다)에게 임대기간을 2017.6.15.～2018.8.31.로 하여 임대하고, 증축건물 중 OOO㎡를 주식회사 BBB에게 임대기간 2018.7.1.～2021.6.30.로 하여 임대한 사실을 확인한바, 청구법인이 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 대기업에 임대하여 다른 용도로 사용하였다고 보아 지특법 제78조 제5항 제2호에 따라 감면된 취득세 등을 추징하여 2022.11.4. 청구법인에게 취득세 등 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.1.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 지특법 제75조 제5항은 산업단지내 감면된 취득세의 추징 사유로 제1호에서 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 직접 사용(중소기업에 임대하는 경우 포함)하지 아니하는 경우’와 제2호에서 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각․증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’로 규정하고 있는바, 처분청은 청구법인이 쟁점건물의 취득일(2017.6.2.)부터 2년 내에 대기업인 AAA에 임대하였으므로 지특법 제75조 제5항 제2호에 따라 취득세 추징사유에 해당한다는 의견이나, 청구법인은 AAA과의 임대차계약을 2018.12.31. 종료시키고 쟁점건물의 취득일(2017.6.2.)로부터 유예기간인 3년(2020.6.1.)을 경과하지 않은 2019.1.1.부터 직접 사용(중소기업 임대)하고 있으므로 추징사유가 되지 않는다. 청구법인은 일반화물운송업, 화물주선업, 운송보관업 및 창고업 등을 주업으로 설립된 영세 중소기업으로서, 소규모 기업이 막대한 자금을 조달하여 토지를 취득하고 창고 등 물류시설을 건축하여 최대한 수익을 내야 하는 현실에서 임차인을 선별할만한 입장이 아니었다. 청구법인은 산업단지 내 토지에 산업용건물을 신축하여 청구법인이 취득한 목적대로 사업에 사용하면 취득세와 재산세를 감면해 준다는 사실만 알았지 해당 감면이 중소기업에 임대한 경우에만 허용되고 대기업에 임대한 경우에는 배제된다는 것을 알 수가 없었고, 임차하려는 업체의 중소기업 기준요건 충족 여부도 파악하기가 쉽지 않았다. 1차 공사 완료 후 빈 공간이 비어 있는 상황에서 AAA과 임대차계약이 이루어졌으며 AAA과의 임대차계약은 2018.12.31. 종료하였다. AAA에 임대한 건물의 취득일(사용승인일)인 2017.6.2.로부터 유예기간인 3년(2020.6.2.)을 경과하지 않은 2019.1.1.부터 직접 사용(중소기업임대 등)하고 있으므로 추징사유가 되지 않는다. 청구법인은 취득한 부동산을 지특법에서 규정한 요건을 충족시키기 위해 취득시부터 지금까지 노력하고 있고 국가와 지역경제 활성화 및 물류사업의 현대화를 위해 최선을 다하고 있다. 지특법 제78조 제5항은 정책목적을 위한 추징이라는 형식의 조건유보부 감면조항으로 사후적으로 추징요건이 발생할 때 감면사유가 처음부터 존재하지 않았다고 보아야 하나, 청구법인의 경우 사후적으로 추징사유가 발생하였다고 볼 수 없으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 이 건 토지 및 신축건물을 취득한 후 감면 유예기간인 3년이 경과하지 않은 시점에 중소기업자가 아닌 자와 임대차계약을 종료하였고, 유예기간 경과 후에는 해당 용도에 직접 사용하고 있으므로 취득세 등 추징요건에 해당하지 않는다고 주장하고 있으나, 지특법 제78조 제4항에서 사업시행자 외의 자가 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지 등에서 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서 취득세를 감면하되, 이 때 공장용 건축물을 건축하여 “중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다”라고 규정하고 있다. 또한 같은 조 제5항 제2호에서는 산업단지 등에서 산업용 부동산을 취득한 자가 “해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우”에는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있고, 여기서 다른 용도는 임대도 포함하며, 중소기업자가 아닌 자에게 임대하는 경우가 이에 해당한다고 할 것이다. 한편, 청구법인이 이 건 토지 및 신축건물을 취득하고 감면 신청한 후 발급된 감면 안내문에 감면사유 및 감면의무 위반 시 추징 요건이 기재되어 있는바, 청구법인이 조금만 주의를 기울여 살펴보았더라면 중소기업자가 아닌 기업에 임대하면 추징된다는 사실을 쉽게 알 수 있었던 점, 건물 임대차계약 시 중소기업 해당 여부를 선별하는 것도 중소벤처기업부가 관리하는 ‘중소기업현황정보시스템’에서 발급한 ‘중소기업 확인서’로 임대기업을 선정할 수 있는 점 등 중소기업자가 아닌 기업을 임대하여 감면요건을 충족하지 못한 것은 그 귀책사유가 청구법인에게 있다고 할 것이다. 청구법인이 AAA에게 임대한 쟁점건물은 그 사용승인일인 2017.6.2.을 최초 사용한 시점으로 보아 2019.6.2.이 직접 사용기간 2년이 끝나는 시점으로 볼 수 있는데, 최초 사용일로부터 불과 며칠이 지나지 않은 2017.6.15. AAA과 임대차계약을 한 것이므로 추징요건에 해당된다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점건물과 그 부속토지를 안분 계산하여 취득세 등을 추징한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 산업단지 내에 산업용 건축물을 신·증축하여 유예기간 이내에 중소기업자가 아닌 자에게 임대한 후 유예기간 이내에 직접 사용하였으므로 취득세 등 추징요건에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞에 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 의하면 다음과 같은 사정이 나타난다. (가) 청구법인은 2002.2.16. 일반화물운송업, 화물주선업, 물류컨설팅 및 물류관련 서비스업, 운송보관업 및 창고업 등을 주요 사업목적으로 설립되었고, 현재까지 해당 사업을 영위하고 있다. (나) 청구법인은 구지방세특례제한법제78조 제4항의 규정에 따라, 2016.7.14. 이 건 토지를 연부 취득한 후 취득세 OOO원을 감면받았고, 이후 2017.6.2.과 2018.6.19. 2회에 걸쳐 건축물을 신·증축하고 취득세 합계 OOO원을 감면받았다. (다) 청구법인은 이 건 토지에 2017년 6월부터 2019년 4월까지 3차에 걸쳐 건물을 신·증축한 후 37개 기업에 임대차 기간을 달리하여 임대하고 있는데, 중소기업기본법제2조에서 정하는 “중소기업자의 범위”에 해당하지 않은 기업에 대한 임대내역은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 대기업 임대 내역

(2) 처분청은 2022.8.3.～2022.8.22. 기간 동안 법인 세무조사를 실시하여 청구법인이 쟁점건물을 구지방세특례제한법제78조 제5항에 따라 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도(대기업 임대)로 사용한 것을 확인하고, 쟁점건물이 신축건물에서 차지하는 비율에 따라 건물 및 토지에 대한 기 감면한 취득세 등을 추징하여 2022.11.4. 청구법인에게 가산세를 포함한 취득세 등을 부과․고지하였고, 청구법인은 AAA 임대부분에 대한 추징에 대하여 불복하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점건물 신축일인 2017.6.2.로부터 2년 이내에 대기업에 임대하여 지특법 제78조 제5항 제2호의 추징사유가 있다하더라도 같은 항 제1호의 유예기간 3년 이내에 임대차를 종료하였으므로 추징사유가 없다고 주장하나, 지특법 제78조 제5항 제2호에서 추징요건으로 ‘직접 사용 기간이 2년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우’를 규정하고 있고, 본문에서는 제1호와 제2호 중 어느 하나에만 해당하면 추징사유로 규정하고 있으므로, 문언상 감면받은 부동산을 다른 용도로 사용하는 시점에 제2호에 따른 추징대상이 되는 것이고, 제1호의 유예기간 3년 종료일 현재를 기준으로 직접 사용 여부를 판단하는 것은 아니라고 할 것인 점(조심 2022지90, 2022.6.22. 같은 뜻임), 쟁점건물의 직접 사용일은 청구법인이 사용승인을 받은 2017.6.2.이라 할 것이고 청구법인이 그로부터 2년이 경과하기 전인 2017.6.15. 대기업인 AAA에 임대한 것은 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 쟁점건물을 다른 용도(대기업에 임대)로 사용한 것으로서 위 제2호에 따른 추징사유에 해당한다고 할 것이며 해당 규정에는 제1호와 다르게 ‘정당한 사유’가 없으므로 청구법인이 드는 경제적인 사정 등을 인정하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 데에는 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제3항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 일부개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. ＜개정 2011.12.31, 2013.1.1, 2014.1.1, 2014.12.31, 2015.12.29, 2016.12.27＞

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(건축법 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선(건축법 제2조제1항제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2019년 12월 31일까지 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑥ 제2항 및 제4항에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

(2) 중소기업기본법(법률 제14367호, 2016. 12. 2. 일부개정)[시행 2017. 1. 1.] 제2조(중소기업자의 범위) ①중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 “중소기업시책”이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

• 가. 업종별로 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것
• 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다.

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 중소기업기본법 시행령(대통령령 27106호호, 2016. 4. 26. 일부개정) 제3조(중소기업의 범위) ① 중소기업기본법(이하 “법”이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다. ＜개정 2014. 4. 14., 2015. 6. 30., 2016. 4. 5., 2016. 4. 26.＞ 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

• 가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 “평균매출액등”이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것
• 나. 자산총액이 5천억원 미만일 것

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

• 가. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단등(이하 이 호에서 “상호출자제한기업집단등”이라 한다)에 속하는 회사 또는 같은 법 제14조의3에 따라 상호출자제한기업집단등의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사
• 나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조제2항을 준용한다.

1. 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2. 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

• 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업
• 라. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제3조의2제2항제4호에 따라 동일인이 지배하는 기업집단의 범위에서 제외되어 상호출자제한기업집단등에 속하지 아니하게 된 회사로서 같은 영 제3조의 요건에 해당하게 된 날부터 3년이 경과한 회사 [별표 1] 주된 업종별 평균매출액등의 중소기업 규모 기준(제3조제1항제1호가목 관련) 해당 기업의 주된 업종 분류기호 규모 기준

1. 의복, 의복액세서리 및 모피제품 제조업 C14 평균매출액등 1,500억원 이하

2. 가죽, 가방 및 신발 제조업 C15

3. 펄프, 종이 및 종이제품 제조업 C17

4. 1차 금속 제조업 C24

5. 전기장비 제조업 C28

6. 가구 제조업 C32

7. 농업, 임업 및 어업 A 평균매출액등 1,000억원 이하

8. 광업 B

9. 식료품 제조업 C10

10. 담배 제조업 C12

11. 섬유제품 제조업(의복 제조업은 제외한다) C13

12. 목재 및 나무제품 제조업(가구 제조업은 제외한다) C16

13. 코크스, 연탄 및 석유정제품 제조업 C19

14. 화학물질 및 화학제품 제조업(의약품 제조업은 제외한다) C20

15. 고무제품 및 플라스틱제품 제조업 C22

16. 금속가공제품 제조업(기계 및 가구 제조업은 제외한다) C25

17. 전자부품, 컴퓨터, 영상, 음향 및 통신장비 제조업 C26

18. 그 밖의 기계 및 장비 제조업 C29

19. 자동차 및 트레일러 제조업 C30

20. 그 밖의 운송장비 제조업 C31

21. 전기, 가스, 증기 및 수도사업 D

22. 건설업 F

23. 도매 및 소매업 G

24. 음료 제조업 C11 평균매출액등 800억원 이하

25. 인쇄 및 기록매체 복제업 C18

26. 의료용 물질 및 의약품 제조업 C21

27. 비금속 광물제품 제조업 C23

28. 의료, 정밀, 광학기기 및 시계 제조업 C27

29. 그 밖의 제품 제조업 C33

30. 하수·폐기물 처리, 원료재생 및 환경복원업 E

31. 운수업 H

32. 출판, 영상, 방송통신 및 정보서비스업 J

33. 전문, 과학 및 기술 서비스업 M 평균매출액등 600억원 이하

34. 사업시설관리 및 사업지원 서비스업 N

35. 보건업 및 사회복지 서비스업 Q

36. 예술, 스포츠 및 여가 관련 서비스업 R

37. 수리(修理) 및 기타 개인 서비스업 S

38. 숙박 및 음식점업 I 평균매출액등 400억원 이하

39. 금융 및 보험업 K

40. 부동산업 및 임대업 L

41. 교육 서비스업 P 비고: 해당 기업의 주된 업종의 분류 및 분류기호는 통계법 제22조에 따라 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에 따른다.