조세심판원 심판청구

① 2017.12.29. 대통령령 제28525호로 개정된 지특법 시행령 부칙 제3조(일반적 경과조치)에 따라 쟁점부동산에 대하여 지특법 제45조 제1항에 따른 재산세 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 ② 신뢰보호의 원칙에 따라 쟁점부동산에 대하여 지특법 제45조 제1항에 따른 재산세 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심 2023지0535 선고일 2023-10-17 조세심판원

[요지]

① 이 영 시행 당시인 2018.1.1.을 기준으로 그 이전에 성립한 지방세에 대하여 종전의 규정을 적용한다는 의미라 할 것인데, 이 사건에서 문제되는 재산세의 경우 매년 과세기준일(6.1.)에 성립하는 지방세로써 청구법인이 취소를 구하고 있는 재산세의 경우 2018.6.1., 2019.6.1. 성립한다 할 것이므로, 이 사건에는 위 부칙 규정이 적용될 여지가 없다 할 것임. ② 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것임

[참조결정] 조심2020지3870

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 민법제32조에 따라 설립된 학술 연구 목적의 비영리법인이자 공공기관의 운영에 관한 법률(이하 “공공기관법”이라 한다)제4조에 따라 기획재정부장관이 고시한 공공기관으로서, 2015.12.23. OOO시 OOO구 OOO동 OOO-OOO 외 OOO필지 OOO㎡ 토지 및 위 지상 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득한 후, 지방세특례제한법(이하 “지특법”이라 한다) 제45조 제1항에 따라 2019년까지는 재산세와 지역자원시설세를, 2020년부터는 재산세를 면제 받았다.
  • 나. 지특법 제45조 제1항의 위임을 받은 같은 법 시행령 제22조 제1항은 아래 <표1>과 같이 개정되어 왔다. <표1> 지특법 시행령 제22조 제1항 개정 내용 개정일 대통령령 시행일 개정 내용 청구법인 2016.12.30. 제27711호 2018.1.1. “공공기관법 제4조에 따른 공공기관은 제외한다”는 내용의 단서 신설 감면 제외 2017.12.29. 제28525호 2018.1.1. “공공기관은 행안부장관이 정하여 고시하는 경우로 한정한다”는 내용으로 완화 감면 제외
  • 다. 처분청은 2022.7.10. 지특법 시행령 제22조 제1항 개정에 따라 청구법인이 2018∼2021년 재산세 납세의무 성립 당시 지특법 제45조 제1항에 따른 재산세 감면 대상에 해당하지 않음을 확인하고, 아래 <표2>와 같이 재산세 등 합계 OOO원을 부과·고지하였다. <표2> 재산세 등 부과고지 내역 OOO
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.8.3. 이의신청을 거쳐, 2023.1.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점부동산에 대한 재산세 감면은 일반적 경과조치 부칙 규정에 따라 계속 감면이 적용되어야 한다. 2017.12.29. 대통령령 제28525호로 개정된 지특법 시행령은 아래 <표3>과 같은 부칙을 두고 있었다. <표3> 2017.12.29. 대통령령 제28525호로 개정된 지특법 시행령 부칙 부칙 제1조(시행일) 이 영은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제24조 제1항부터 제3항까지의 개정규정은 2019년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제3조(일반적 경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 그런데, 대법원에서는 적용례(부칙 제2조)는 납세의무가 성립할 당시의 세법이 적용되어야 한다는 일반원칙에 서서 그 적용시기를 규정하고 있는 것으로 보면서 경과규정(부칙 제3조)은 법률불소급의 원칙에 대한 예외로서 납세의무자에게 불이익하게 세법이 개정된 경우에는 납세의무자의 기득권 내지는 신뢰보호를 위하여 예외적으로 납세의무자에게 유리한 종전의 법률을 적용한다는 특별규정으로 판시하였다. 따라서, 이 사건에서도 청구법인의 경우 부칙 제2조(일반적 적용례)가 아닌 부칙 제3조(일반적 경과조치) 규정에 따라 재산세 감면을 계속하여야 한다. 다만 지특법 시행령 제22조 개정 전 지특법 제45조(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 본문에 취득세와 재산세 면제기간을 2019.12.31.까지로 명시하고 있었으므로, 종전 규정에 따라 2019년까지의 재산세를 감면하는 것이 타당하다.

(2) 설령 부칙 제3조 적용 대상이 아니라 하더라도, 신뢰보호의 원칙에 따라 청구법인에게는 기존 감면규정을 계속 적용하여야 한다. 대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결은 “비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도, 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않는 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무성립 당시 법령이 적용되어야 한다”고 판시하였다. 청구법인은 개정 이전의 지특법 시행령 제22조를 신뢰하였기 때문에 쟁점부동산을 취득하기에 이르렀는바, 신뢰보호의 원칙에 따라 쟁점부동산에 대하여 재산세 감면을 계속하여 적용하여야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 이 건 처분은 개정된 시행령에 따라 이루어진 것으로 적법한 처분이다. 부칙 제3조(일반적 경과조치) 규정은 구법에 따라 납세의무가 성립한 경우에 한하여 개정된 신법에도 불구하고 납세자에게 구법을 적용한다는 의미인바, 이 사건과 같이 과세기준일인 매년 6.1. 성립하는 재산세의 경우 개정된 신법의 적용을 받을 뿐이므로, 이 사건은 부칙 제3조(일반적 경과조치) 규정이 적용될 여지가 없다. 따라서 과세기준일 당시 시행중인 법령에 따라 이루어진 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시인 2015.12.23. 지특법 제45조는 일몰기간을 2015.12.31.로 규정하고 있었던 점, 쟁점부동산은 청구법인이 자신의 사업을 영위하는데 필수적인 자산인데 재산세 감면 여부 때문에 쟁점부동산을 취득하였다는 주장은 납득하기 어려운 점 등에 비추어 보면 청구법인은 쟁점부동산에 대하여 재산세가 계속 감면될 것이라는 신뢰가 형성되었다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점

① 2017.12.29. 대통령령 제28525호로 개정된 지특법 시행령 부칙 제3조(일반적 경과조치)에 따라 쟁점부동산에 대하여 지특법 제45조 제1항에 따른 재산세 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

② 신뢰보호의 원칙에 따라 쟁점부동산에 대하여 지특법 제45조 제1항에 따른 재산세 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산에 대한 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 쟁점부동산을 2015.12.23. 매매계약을 체결하고 2015.12.29. 등기를 경료한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산에 대하여 2017.12.29. 대통령령 제28525호로 개정된 지특법 시행령 부칙 제3조에 따라 재산세 감면을 적용하여야 한다고 주장한다. 그러나 위 부칙 제3조는 “이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있으므로, 이 영 시행 당시인 2018.1.1.을 기준으로 그 이전에 성립한 지방세에 대하여 종전의 규정을 적용한다는 의미라 할 것인데, 이 사건에서 문제되는 재산세의 경우 매년 과세기준일(6.1.)에 성립하는 지방세로써 청구법인이 취소를 구하고 있는 재산세의 경우 2018.6.1., 2019.6.1. 성립한다 할 것이므로, 이 사건에는 위 부칙 규정이 적용될 여지가 없다 할 것이다. 따라서 위 부칙이 이 건에 적용됨을 전제로 한 이 부분 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 재산세가 감면될 것을 염두하고 쟁점부동산을 취득하였기 때문에, 신뢰보호의 원칙에 따라 쟁점부동산에 대하여 재산세 감면을 적용하여야 한다고 주장한다. 그런데, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것이다(조심 2020지3870, 2021.12.14., 같은 뜻임). 더구나 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 당시인 2015.12.23.경 지특법 제45조 제1항은 재산세 감면의 일몰기한을 2015.12.31.까지라고 규정하고 있었던 점, 따라서 그 이후에도 재산세가 계속 감면이 이루어질 것이라는 청구법인의 신뢰는 단순한 기대에 불과할 뿐 마땅히 보호되어야 할 정도의 신뢰라고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 부분 주장도 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 관계법령에 근거하여 청구법인에게 재산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것) 제45조(학술단체 및 장학법인에 대한 감면) ① 대통령령으로 정하는 학술단체가 학술연구사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 학술연구사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2021년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 제45조의2에 따른 단체는 제외한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령(2017.12.29. 대통령령 제28525호로 개정된 것) 제22조(학술연구단체 등의 범위) 법 제45조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체"란 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체를 말한다. 다만, 공공기관의 운영에 관한 법률 제4조에 따른 공공기관은 행정안전부장관이 정하여 고시하는 경우로 한정한다.

(3) 지방세특례제한법 시행령 부칙 <제28525호, 2017.12.29.> 제1조(시행일) 이 영은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제24조제1항부터 제3항까지의 개정규정은 2019년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제3조(일반적 경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제45조(학술연구단체 및 장학단체에 대한 감면) ① 대통령령으로 정하는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세(학술연구단체ㆍ장학단체의 경우에만 해당한다)를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다.

(4) 지방세특례제한법(2016.12.30. 대통령령 제277711호로 개정되기 전의 것) 제22조(학술연구단체 등의 범위) 법 제45조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.

1. 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체

2. 행정자치부장관이 교육부장관 또는 미래창조과학부장관과 협의하여 고시하는 단체

(5) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제45조(학술연구단체 및 장학단체에 대한 감면) ① 대통령령으로 정하는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세(학술연구단체ㆍ장학단체의 경우에만 해당한다)를 각각 2019년 12월 31일까지 면제한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)