조세심판원 심판청구 법인세

① 법인지방소득세에 대한 환급을 구하는 경정청구의 적법성(2016, 2017사업연도분 가산세) ② 법인지방소득세 과세당국이 국세 중 가산세 인용부분에 해당하는 법인지방소득세(가산세)를 직권으로 감면하여야 한다는 부작위위법확인 내지 의무이행심판청구가 가능한지 여부(2015∼2017사업연도분 가산세) ③ 가산세 부과처분의 적법성(본안) 여부

사건번호 조심 2023지0518 선고일 2023-12-27 조세심판원

[요지]

① 청구법인은 환급청구를 구하지 않고 경정청구를 신청하였으나 위 경정청구는 지방세법 제103조의59 제3항에 따라 발생한 법인지방소득세 환급을 구하는 것으로서 그 명칭에도 불구하고 환급청구를 한 것으로 볼 수 있으므로, 결국 이 건 심판청구 중 2016・2017사업연도분 법인지방소득세에 심판청구는 위에서 본 바와 같이 적법하게 제기된 것으로 보인다. 다만 2015사업연도분은 처분청에 경정청구(환급신청)를 거치지 않고 심판청구가 제기된 것으로 나타나므로 환급청구권을 행사한 것으로 보더라도 적법하게 제기된 심판청구로 보기 어렵다고 판단됨.② 쟁점 처분청들이 청구법인에게 2015사업연도 내지 2017사업연도분 각 법인지방소득세의 직접 이행 또는 그 불이행에 대한 부작위 위법 확인을 구하는 청구는 부적법한 것으로 판단됨.③ 2015‧2016‧2017사업연도분 법인지방소득세 가산세에 대해 처분청에 환급청구(경정청구)를 하지 않고 직접 우리 원에 그 이행을 구하거나 부작위위법확인을 구하는 부분은 부적법한 심판청구에 해당하고, 환급청구(경정청구)를 거친 뒤 그 거부처분 취소를 구하는 부분(2016‧2017사업연도분 법인지방소득세 가산세)에 대한 심판청구는 인용되어야 함.

[참조결정] 조심2019지2300 / 조심2017중3023 / 조심2020서0625 / 조심2010지0825 / 조심2022전0079

[주 문]

1. 청구법인이

  • 가. 부산광역시 해운대구청장에게 한 2015사업연도 법인지방소득세 가산세 OOO원, 2016사업연도 법인지방소득세 가산세 OOO원, 2017사업연도 법인지방소득세 가산세 OOO원의 각 지급을 구하는 심판청구와
  • 나. 서울특별시 중구청장에게 한 2015사업연도 법인지방소득세 가산세 OOO원, 2016사업연도 법인지방소득세 가산세 OOO원의 2017사업연도 법인지방소득세 가산세 OOO원의 각 지급을 구하는 심판청구를 각 각하한다.

2. 가. 부산광역시 해운대구청장이 2022.6.7. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인지방소득세 가산세 OOO원, 2017사업연도 법인지방소득세 가산세 OOO원에 대한 경정청구(환급청구) 거부처분과

  • 나. 서울특별시 중구청장이 2022.6.23. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인지방소득세 가산세 OOO원, 2017사업연도 법인지방소득세 가산세 OOO원에 대한 경정청구(환급청구) 거부처분은 이를 각 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 1998.4.9. 설립되어 통신산업, 전기 및 통신공사업, 유통가맹사업, 소프트웨어 개발, 제작 및 판매업, 통신판매중개업 등을 영위하는 사업자로서 2015∼2017년 사업연도분 법인지방소득세를 처분청들을 포함한 지방세 과세당국별로 그 안분율에 따라 법정신고기한 내에 신고‧납부하였다.
  • 나. 청구법인은 2010.11.1.을 합병기일로 하여 위성 DMB 방송사업을 영위하던 A㈜를 흡수합병하였는데, 서울지방국세청장은 2019.2.11.부터 2019.5.11.까지 청구법인에 대한 법인세 세무조사를 실시하였고, 남대문세무서장은 위 세무조사 결과에 따라 2019.10.23. 청구법인에 대해 2015∼2017사업연도 법인세 등을 경정‧고지하였으며 해당 내용을 지방세 과세당국인 처분청에 통보하였다. 이에 위 국세 과세당국의 결정을 반영하여 처분청 부산광역시 해운대구청장은 2019.11.21. 청구법인에게 2015사업연도 법인지방소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함), 2016사업연도 법인지방소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함), 2017사업연도 법인지방소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을, 처분청 서울특별시 중구청장은 2019.11.20. 청구법인에게 2015사업연도 법인지방소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함), 2016사업연도 법인지방소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함) 및 2017사업연도 법인지방소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 각 부과‧고지하였다[이하, 처분청의 위 각 법인지방소득세(가산세 포함) 부과처분을 “본 건 처분”이라 한다].
  • 다. 한편 청구법인은 2020.1.16. (법인지방소득세 부분을 제외하고) 위 법인세 부과처분에 대해서만 불복하여 조세심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2021.12.29. 법인세 부과처분 중 가산세 부분만 인용하는 일부인용결정을 하였다(조심 2020서625, 2021.12.29.).
  • 라. 청구법인은 2022.4.29. 각 처분청에 2015사업연도분을 제외한 2016, 2017 각 사업연도분의 법인지방소득세의 가산세(이하 “쟁점 가산세”라고 한다)를 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나 처분청 부산광역시 해운대구청장은 2022.6.7.에, 처분청 서울특별시 중구청장은 2022.6.23.에 각 이를 거부하였다.
  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2016 및 2017 각 사업연도분 법인지방소득세 가산세에 대해서는 경정청구 거부처분에 관한 이의신청을 거치고(제기일: 2022.9.1. 및 2022.7.29., 결정문 수령일: 2022.10.4. 및 2023.1.4.), 2015사업연도 법인지방소득세 가산세에 대해서는 경정청구와 이의신청을 모두 거치지 아니한 채, 처분청 부산광역시 해운대구청장에 대해서는 2022.12.28., 처분청 서울특별시 중구청장에 대해서는 2023.3.27., 2016, 2017 각 사업연도분 법인지방소득세 가산세에 대한 경정청구 거부의 취소를 구하는 심판청구와 2015사업연도 내지 2017사업연도분 법인지방소득세 가산세의 지급(이행)을 구하는 심판청구를 각 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점 가산세는 국세청의 조사결과에 따라 연동되어 부과된 것이고, 쟁점 선행결정에 따라 국세의 가산세가 감액되었다면 지방세인 법인지방소득세분 가산세도 감면되어야 한다. 쟁점 선행결정에서 조세심판원은 국세기본법제48조 제1항 제2호에서 정한 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 판단하였는바, 국세의 가산세에 관한 위 감면요건은 지방세기본법제57조 제1항의 가산세 감면요건과 동일하므로 처분청은 본 건 합병에 관한 법인지방소득세분 가산세도 감면하여야 한다. 이와 같이 본 건의 본안(가산세 부과처분의 적법성)과 관련하여서는 처분청도 구체적인 내용상의 반박을 못하고 있고, 조세심판원도 이미 쟁점 선행결정에서 법인세 가산세 처분의 위법성에 대하여 판단한 바 있으므로, 본 건은 본안판단 대상이고, 청구주장은 인용되어야 한다.

(2) 지방세법제103조의25 제2항에서 과세표준과 세액을 경정한 뒤 오류나 누락이 있는 경우 처분청이 이를 즉시 다시 경정한다고 규정하고 있고, 동조 제3항은 제2항에 따라 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 경정하는 경우에는 법인세법에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다고 규정하고 있다. 위 각 규정은 모두 강행규정으로 처분청은 위 규정에 따라 가산세를 감면하여야 할 의무가 있다. 참고로 조세심판원은 2019지2300, 2020.5.18. 결정에서 “권한 있는 기관에 의하여 소득세가 취소 또는 경정결정된 경우에는 그에 따라 소득세분 지방소득세 또한 취소 또는 감액결정되어야 할 것인바, 청구인들의 양도소득세 부과처분에 대한 심판청구에서 우리 원이 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것으로 일부인용하는 경정결정을 한 이상 이를 기준으로 소득세분 지방소득세도 경정하는 것이 타당”하다고 판단한 바 있다.

(3) 조세심판원은 행정청의 부작위로 인한 권익의 침해에 대해서는 불복청구기간에 제한을 두지 않고 있으므로 처분청의 부작위 상태로 인해 권익의 침해가 계속되는 한 불복청구기간에 제한이 없다고 판단하였다(조심 2017중3023, 2017.11.24.). 따라서 청구법인의 2015∼2017 사업연도 법인지방소득세분 가산세는 청구법인의 경정청구 유무와는 상관없이 지방세법 제103조의25 제2항에 따라 처분청의 감액경정의무는 현재까지 존속하고, 이는 부작위에 해당하며 부작위는 불복청구기한이 없으므로 처분청의 의무이행을 구하는 본 건 심판청구는 적법하다. 참고로 대법원 역시 신고납부방식과 부과과세방식이 혼용된 종합부동산세와 관련하여 신고‧납부한 경우와 마찬가지로 부과‧고지한 경우에도 경정청구를 허용한 바 있고(대법원 2018.6.15. 선고 2017두73068 판결), 본 건과 관련하여 이 사건 처분청들을 제외한 대전광역시 서구청장, 광주광역시 동구청장은 법인지방소득세분 가산세를 환급해 주었고 대구광역시 동구청장도 이의신청을 인용하여 가산세를 환급해 주었는바, 이와 같은 사정을 종합한다면 본 건 심판청구는 인용되어야 한다.

(4) 처분청이 인용하고 있는 대법원 2011.9.29. 선고 2011두13811 판결(심리불속행 기각)의 원심 서울고등법원 2011.5.19. 선고 2010누35168 판결은 ‘지방세의 부과‧징수가 위법 또는 부당한 것임을 확인한 때에는 그 처분을 취소하거나 변경하여야 한다는 것’에 관한 판단인데, 청구법인은 당초 처분청의 법인지방소득세 부과가 처음부터 위법하거나 부당하므로 “취소”해 달라는 것이 아니라 지방세법제103조의25 제2항에 따라 “감액경정”을 해달라는 것이므로 위 판결을 인용하는 처분청의 주장은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 지방세의 가산세 부과처분에 대해서는 이미 지방세기본법제89조에 따라 불복절차가 마련되어 있는데, 쟁점 당초 처분을 고지받은 2019.11.20. 및 2019.11.21. 각 이미 불복청구의 대상이 되는 처분이 있었음에도(조심 2010지825, 2011.2.28. 참고) 위 각 처분이 있음을 안 때로부터 90일이 도과한 2022.4.29. 각 경정청구를 하고 이의신청을 하였으므로 적법한 전심절차를 거치지 않은 본 건 심판청구 역시 부적법하여 각하되어야 한다. 청구법인은 2016, 2017사업연도분 법인지방소득세를 그 법정기한 내에 신고하여 그로부터 5년 이내에 신고분에 대하여는 통상적인 경정청구는 할 수 있으나, 쟁점 가산세는 부과처분에 의한 것이므로 증액경정에 대한 부과고지가 있었음을 안 날로부터 90일 이내에만 경정청구(지방세기본법 제50조 제1항) 또는 부과처분 취소청구를 할 수 있음은 명확하고 이론의 여지가 없다. 대법원 역시 심지어 지방세법전면 개정 이전, 법인세의 10%로 부과하여 과세하던 법인세할 주민세에 관해서도 법인세 부과처분에 대한 불복과는 별개로 과세표준이 되는 당해 법인세액의 결정이 위법하다는 이유로 그 취소를 구함과 동시에 별도로 그 위법을 이유로 법인세할 주민세의 부과처분의 취소를 구할 수 있다고 하였다(대법원 1996.9.24. 선고 95누15445 판결). 청구법인은 2022.4.29.에 각 처분청에 지방세(가산세)에 관한 경정청구를 하였으나, 지방세기본법에서 경정청구는 ‘최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 청구’하는 것으로 규정하고 있어 처분청이 수시분으로 부과한 쟁점 가산세는 경정청구의 대상에 해당하지 않으며, 비록 처분청이 경정청구 대상이 아님에도 그 경정청구에 대하여 거부하는 회신을 하였다고 하더라도 이를 가리켜 이의신청의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없는 것이다(대법원 2014.12.11. 선고 2012두27183 판결).

(2) 청구법인은 처분청의 직권취소권과 청구법인의 불복신청권을 구별하지 못하고 있다. 지방세기본법상의 직권취소나 환급은 과세관청으로 하여금 부과징수가 위법 또는 부당한 것임을 확인한 때에 즉시 그 처분을 취소 또는 변경하여 스스로 바로잡게 함으로써 납세자의 신속한 권리구제를 도모하려는 것일 뿐, 납세자에게 경정청구권과 같은 권리를 인정하는 취지의 규정이 아니다(대법원 2011.9.29. 선고 2011두13811 판결(심리불속행) 및 그 원심인 서울고등법원 2011.5.19. 선고 2010누35168 판결). 지방세관계법 운영 예규 중 지방세기본법 50-1[경정 등의 청구기간] 역시, 지방세기본법또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우라 하더라도 지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 지방세기본법제90조, 제91조에 따른 이의신청, 심사청구 또는 심판청구 대상으로 한다고 규정하고 있다.

(3) 청구인이 법인지방소득에게 관한 불복기간을 도과하였다면, 단지 국세인 법인세 불복절차를 통해 법인세 가산세가 감면되었다는 이유만으로 독립세인 법인지방소득세의 가산세도 감면하여야 한다고 볼 수는 없고, 처분청의 부작위를 인정할 수 없고 의무이행을 구하는 것 역시 인용될 수 없다.

(4) 설령 본 건 심판청구가 적법한 청구라고 하더라도 본안은 기각되어야 한다. 2013년 사업연도 이전의 법인소득에 대한 지방소득세는 “법인세의 가산세가 포함된 법인세액”을 과세표준으로 하여 이에 대해 10%의 세율을 적용하여 산출세액을 계산하고 이를 법정신고기한까지 신고‧납부하지 않을 경우 법인세액을 기초로 한 산출세액에 지방소득세의 가산세를 가산한 금액을 부과하는 것으로 규정하고 있었으나, 2014.1.1. 개정된 지방세법의 적용 대상이 되는 2014사업연도 이후의 법인소득에 대한 지방소득세는 법인세법에 따라 계산한 법인세의 “과세표준”과 동일한 금액을 법인지방소득세의 과세표준으로 하여 별도의 세율을 적용하여 산출세액을 계산하고, 이를 신고‧납부하지 않을 경우 가산세를 가산한 금액으로 부과하도록 규정하고 있으므로 법인세의 가산세가 경정되더라도 법인지방소득세의 과세표준 및 산출세액에는 영향을 미칠 수 없다. 또한 법인세와 법인지방소득세는 과세표준은 동일하지만 부과주체가 다른 별개의 조세이므로 법인세의 가산세를 부과하지 않았다고 하여 당연히 법인지방소득세도 정당한 사유가 있는 것으로 보아 가산세를 부과하지 않아야 하는 것은 아니다(대법원 2000.10.27. 선고 2000다25590 판결).

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점

① 법인지방소득세에 대한 환급을 구하는 경정청구의 적법성(2016, 2017사업연도분 가산세)

② 법인지방소득세 과세당국이 국세 중 가산세 인용부분에 해당하는 법인지방소득세(가산세)를 직권으로 감면하여야 한다는 부작위위법확인 내지 의무이행심판청구가 가능한지 여부(2015∼2017사업연도분 가산세)

③ 가산세 부과처분의 적법성(본안) 여부

  • 나. 관련법령: <별지> 참조
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 아래의 기초 사실관계가 확인된다. (가) 청구법인은 1998.4.9. 설립된 회사로서, 2010.11.1.을 합병기일로 하여 B를 흡수합병하였다. 청구법인은 본 건 합병시 적격합병으로 보아 피합병법인인 B의 순자산 장부가액을 시가와 동일한 것으로 보고 그대로 승계하는 것으로 회계처리하고 별도의 세무조정 없이 2010사업연도 법인세 및 법인지방소득세를 신고하였다. (나) 청구법인은 2012.8.31. B로부터 승계받은 사업을 폐지하여 적격합병 사후관리요건을 충족하지 못하게 되자 합병대가에서 B의 순자산 장부가액을 차감한 합병매수차손에 대해 2012사업연도 수입금액에 익금산입(유보)하고, 2012사업연도부터 2015사업연도까지 해당 금액을 분할하여 손금산입(△유보)하여 2012∼2015사업연도 법인세를 신고하였다. (다) 청구법인은 2016.6.경 법인세 과세당국인 남대문세무서장에 위 합병매수차손을 2012사업연도에 익금에 산입하였으나 같은 사업연도의 손금에도 산입하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였는데, 남대문세무서장은 이를 인용한 결과 2012사업연도 이월결손금을 증액시키고 이를 기납부한 2015사업연도 법인세에 반영하여 2015사업연도 법인세를 환급하였다. (라) 서울지방국세청장은 2019.2.11.부터 2019.5.11.까지 청구법인에 대한 법인세 세무조사를 실시한 뒤 위 합병매수차손이 법인세법 시행령제80조의3 제2항 소정의 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급함에 따라 발생한 것이 아니라고 보아 손금불산입하여야 한다는 내용의 과세자료를 남대문세무서장에 송부하였고, 남대문세무서장은 손금불산입에 따른 이월결손금 감액을 이유로 2015∼2017사업연도 법인세 등을 경정‧고지하였으며 지방세 과세당국인 처분청, 대전광역시 서구청장, 광주광역시 동구청장, 대구광역시 동구청장 등에 통보하였다. (마) 이에 처분청은 국세 과세당국의 결정을 반영하여 2019.11.20. 및 2019.11.21. 쟁점 당초 처분을 부과‧고지하였다. (바) 청구법인은 2020.1.16. 지방세에 관한 쟁점 당초 처분에 대해서는 불복하지 않고, 법인세에 부과처분에 관하여 우리 원에 심판청구를 제기하였는데, 우리 원은 2021.12.29. 가산세 부분을 취소하는 일부인용결정을 하였다(쟁점 선행결정). 쟁점 선행결정의 판단부분은 아래와 같다. OOO (사) 청구법인은 국세에 관한 위 일부인용결정이 있자, 2022.4.29. 처분청에 2015사업연도분을 제외한 2016, 2017사업연도 법인지방소득세의 가산세를 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청 부산광역시 해운대구청장은 2022.6.7.에, 처분청 서울특별시 중구청장은 2022.6.23.에 각 이를 거부하였다. (아) 청구법인은 본 건 심판청구에서, ① 경정청구를 제기한 2016, 2017사업연도 법인지방소득세에 대해서는 이의신청을 거쳐 본 건 경정청구 거부처분이 취소되어야 한다고 주장하고, 동시에 ② 지방세법제103조의25조 제2항이 근거규정이라며 처분청이 2015, 2016, 2017사업연도 법인지방소득세를 감액하여 세액을 환급할 의무를 이행하지 않고 있어 그 이행을 구한다고 주장하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 (가) 우선 쟁점②에 관하여 살펴본다. 청구법인은 지방세법제103조의25 제2항에서 “납세지 관할 지방자치단체의 장은 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정”하도록 정하고 있으므로 청구법인이 본 건 처분에 대한 경정청구기간을 도과하더라도 직접 그 의무이행을 구하거나 부작위위법을 구하는 심판청구를 할 수 있다고 주장한다. 그러나 위 규정은 처분청의 직권시정에 관한 규정으로 납세자에게 불복청구의 절차적 권한을 부여하는 규정이 아닐 뿐만 아니라, 조세심판에는 경정청구 또는 부과처분 취소기한을 도과한 경우에는 부작위위법확인심판 또는 행정심판법에 따른 의무이행심판이 허용되지 아니하므로 이 부분 청구주장은 받아들일 수 없다. 참고로 청구법인이 인용한 조심 2019지2300, 2020.5.18. 결정 및 조심 2017중3023, 2017.11.24. 각 결정은 부과처분일로부터 90일 이내에 심판청구를 제기하거나 경정청구 기한 내에 경정청구를 제기한 건으로 이 사건과 사실관계를 달리 하고 또한 의무이행심판청구를 인정한 건도 아니어서 본 건에 적용되기 어렵다. 따라서 처분청들이 청구법인에게 2015사업연도 내지 2017사업연도분 각 법인지방소득세의 직접 이행 또는 그 불이행에 대한 부작위 위법 확인을 구하는 청구는 부적법한 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점①에 관해 살펴본다. 법률의 규정에 의하여 당연히 환급세액이 발생하거나 처분청의 감액경정 등에 의하여 환급세액이 발생하였음에도 그 지급을 거부하는 것은 행정청의 공법상의 행위로서 납세자의 구체적 권리의무에 직접적인 변동을 초래하는 행위로서 그 처분성을 인정하여 본안심리대상이 되는 것인 점(조심 2020인650, 2021.2.24., 조심 2022전79, 2022.7.22. 등 같은 뜻임), 지방세법 제103조의59 제2항 본문 및 제5호에서 국세기본법 등에 따라 법인세를 환급한 경우 환급한 날이 속하는 달의 다음 달 15일까지 지방자치단체의 장에게 통보하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서는 지방자치단체의 장은 제2항 제5호에 따른 통보를 받은 경우 해당 소득세 또는 법인세와 동일한 과세표준에 근거하여 산출한 지방소득세를 다시 계산하여 환급세액이 발생하는 경우 이를 환급하여야 한다고 규정하고 있는데, 본 건의 경우 우리 원 심판결정(조심 2020서625, 2021.12.29.)에서 청구법인의 법인세 경정처분에 대하여 가산세를 취소하는 일부인용결정을 한 이후 해당 세무서장은 위 조항에 따라 처분청에 법인세 환급사실을 통보한 점, 그렇다면 해당통보를 받은 처분청은 지방세법 제103조의59 제3항에 따라 발생한 법인지방소득세 환급금을 청구법인에게 지급하여야 하는 점, 이는 결국 법률규정에 의하여 환급세액이 발생한 경우에 해당하는 것으로 보이므로 청구법인의 경정청구는 법률규정에 따른 환급청구권을 행사한 것으로 보이고 이에 대한 처분청의 거부처분은 심판청구의 대상이 되는 처분으로 판단된다. 아울러, 청구법인은 환급청구를 구하지 않고 경정청구를 신청하였으나 위 경정청구는 지방세법 제103조의59 제3항에 따라 발생한 법인지방소득세 환급을 구하는 것으로서 그 명칭에도 불구하고 환급청구를 한 것으로 볼 수 있으므로, 결국 이 건 심판청구 중 2016・2017사업연도분 법인지방소득세에 심판청구는 위에서 본 바와 같이 적법하게 제기된 것으로 보인다. 다만 2015사업연도분은 처분청에 경정청구(환급신청)를 거치지 않고 심판청구가 제기된 것으로 나타나므로 환급청구권을 행사한 것으로 보더라도 적법하게 제기된 심판청구로 보기 어렵다고 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 관해 살펴본다. 앞서 본 바와 같이 지방세법 제103조의59 제3항은 관할 세무서장이 국세기본법 또는 법인세법에 따라 법인세를 환급하고 해당 내용을 처분청에 통보한 경우 처분청으로 하여금 법인지방소득세를 다시 계산하여 환급세액이 발생하는 경우 이를 환급하여야 한다고 규정하고 있고 2016‧2017사업연도분 법인세에 관하여 청구법인이 우리 원에 불복하여 가산세 부분의 청구인용 결정을 받은 이상 이는 법인지방소득세에도 그대로 인정될 수 있으므로 처분청은 그 결정내용과 관할 세무서장의 통보내용을 검토하여 쟁점 가산세 환급여부를 결정하여야 할 것으로 보이는 점, 또한 처분청이 쟁점 선행결정과 달리 법인지방소득세에 있어서는 정당한 사유가 인정될 수 없는 구체적 사정을 전혀 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 2016‧2017사업연도분 쟁점 가산세에 관한 청구법인의 경정청구(환급청구)를 거부한 처분은 위법한 것으로 판단된다. (라) 결국 본 건 심판청구 중, 2015‧2016‧2017사업연도분 법인지방소득세 가산세에 대해 처분청에 환급청구(경정청구)를 하지 않고 직접 우리 원에 그 이행을 구하거나 부작위위법확인을 구하는 부분은 부적법한 심판청구에 해당하고, 환급청구(경정청구)를 거친 뒤 그 거부처분 취소를 구하는 부분(2016‧2017사업연도분 법인지방소득세 가산세)에 대한 심판청구는 인용되어야 한다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법하거나 이유 있으므로,지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련법령

(1) 지방세기본법(2023.3.14. 법률 제19229호로 개정되기 전의 것) 제49조(수정신고) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 지방자치단체의 장이 지방세관계법에 따라 그 지방세의 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하여 통지하기 전으로서 제38조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지는 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세관계법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액보다 적을 때 (2호 생략) 제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 (2호 생략) 제52조(가산세의 부과) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 지방세관계법의 해당 지방세의 세목으로 한다.

③ 제2항에도 불구하고 지방세를 감면하는 경우에 가산세는 감면대상에 포함시키지 아니한다. 제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다. 제89조(청구대상) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다. 제98조(다른 법률과의 관계) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 이의신청의 대상이 되는 처분에 관한 사항에 관하여는 행정심판법을 적용하지 아니한다. 다만, 이의신청에 대해서는 같은 법 제15조, 제16조, 제20조부터 제22조까지, 제29조, 제36조 제1항 및 제39조부터 제42조까지의 규정을 준용하며, 이 경우 “위원회”는 “지방세심의위원회”로 본다.

② 심판청구의 대상이 되는 처분에 관한 사항에 관하여는 국세기본법 제56조 제1항을 준용한다.

(2) 행정심판법 제5조(행정심판의 종류) 행정심판의 종류는 다음 각 호와 같다.

1. 취소심판: 행정청의 위법 또는 부당한 처분을 취소하거나 변경하는 행정심판

2. 무효등확인심판: 행정청의 처분의 효력 유무 또는 존재 여부를 확인하는 행정심판

3. 의무이행심판: 당사자의 신청에 대한 행정청의 위법 또는 부당한 거부처분이나 부작위에 대하여 일정한 처분을 하도록 하는 행정심판

(3) 지방세법 제103조의25(결정과 경정) ① 납세지 관할 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한다.

1. 내국법인이 제103조의23에 따른 신고를 하지 아니한 경우

2. 제103조의23에 따른 신고를 한 내국법인의 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

② 납세지 관할 지방자치단체의 장은 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. 제103조의59(지방소득세 관련 세액 등의 통보) ② 세무서장등은 법인세의 부과ㆍ징수 등에 관한 자료를 행정안전부령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 구분에 따른 기한까지 대통령령으로 정하는 지방자치단체의 장에게 통보하여야 한다.

1. 국세기본법 또는 법인세법에 따라 법인세 과세표준과 세액을 신고 또는 수정신고 받은 경우: 신고를 받은 날이 속하는 달의 다음 달 1일부터 2개월

2. 국세기본법 또는 법인세법에 따라 법인세 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 경우: 결정 또는 경정한 날이 속하는 달의 다음 달 15일 (3, 4호 생략)

5. 국세기본법 또는 법인세법에 따라 법인세를 환급한 경우: 환급한 날이 속하는 달의 다음 달 15일 (6호 생략)

③ 지방자치단체의 장은 제1항 제5호 또는 제2항 제5호에 따른 통보를 받은 경우 해당 소득세 또는 법인세와 동일한 과세표준에 근거하여 산출한 지방소득세를 다시 계산하여 환급세액이 발생하는 경우 이를 환급하여야 한다.

(4) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.(제1호, 3호 각 생략)

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 제56조(다른 법률과의 관계) ① 제55조에 규정된 처분에 대해서는 행정심판법의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 심사청구 또는 심판청구에 관하여는 행정심판법 제15조, 제16조, 제20조부터 제22조까지, 제29조, 제36조제1항, 제39조, 제40조, 제42조 및 제51조를 준용하며, 이 경우 “위원회”는 “국세심사위원회”, “조세심판관회의” 또는 “조세심판관합동회의”로 본다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)