이 건 건축물의 과세표준에 쟁점비용을 중복으로 포함하여 이 건 취득세를 부과한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO도 OOO시장이 2022.7.15. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2017.12.21. OOO 소재 통합폐수처리장(연면적 OOO㎡, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 취득(증축)하고, 그 증축가액 OOO원을 취득세 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “당초 취득세”라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 지방세 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 이 건 건축물의 취득세 과세표준 및 세액을 신고하면서 도급공사비 등 OOO원(이하 “이 건 차인과표”라 한다)을 누락한 사실을 확인하고, 이 건 차인과표를 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세”라 한다)을 2022.7.15. 청구법인에게 부과‧고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.10.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 세무조사 당시 처분청으로부터 청구법인의 과거 5개년도 법인장부 전체를 제출할 것을 요청받고, 세무조사장 내 컴퓨터에 청구법인의 법인장부 전산프로그램 열람권한을 부여하였고, 모든 계정별 원장을 엑셀파일 형태의 전산출력물로 변환하여 제출하였다. 그러나, 방대한 양의 법인장부를 전산출력물로 변환하는 과정에서 동일한 전표번호의 기장내역이 중복으로 추출(이하 “중복전표”라 한다)되는 경우가 발생하였고 세무조사 기간 동안 발견된 중복전표에 대해서는 세무조사 담당자의 확인받고 이를 제외하였으나, 2018.7.24. 건설 도급공사비 명목으로 지급된 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)에 대한 중복전표가 조사기간 마지막 날 발견되어 소명과정을 거치지 못하고 세무조사가 종료됨에 따라 이 건 차인과표에 포함되었던 것뿐이다. 쟁점비용은 이 건 건축물을 증축하는 과정에서 OOO건설에게 지급한 건설도급공사비 중 일부이고, 도급공사비에 대한 기본계약서, 발주서, 기성확인완료서, 승인전표 등을 종합하여 볼 때 쟁점비용은 2018.7.24. 단 1회에 지출된 사실이 확인된다. 따라서, 쟁점비용은 세무조사 당시 제출된 법인장부의 전산출력물에 두 번 기재됨에 따른 오류에 해당하므로 이미 취득세 과세표준에 포함하여 신고한 쟁점비용을 다시 동일한 과세물건의 취득세 과세표준에 포함하여 이 건 취득세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점비용이 이 건 건축물의 취득가격에 중복으로 포함되었다고 주장하나, 지방세법제10조 제1항, 제2항 및 제5항 제3호 등의 규정에 의하면, 취득세의 과세표준은 일반적으로 시가표준액에 의하나 법인장부에 의하여 취득가액이 입증되는 경우에는 그 장부상 가액을 사실상의 취득가격으로 보아 이에 의하도록 하고 있는데, 이와 같이 법인의 경우에 개인과는 달리 장부상 가액에 의하도록 규정한 것은 법인은 객관화된 조직체로서 일반적으로 거래가액을 조작할 염려가 없어 그 장부상 가액의 신빙성이 인정된다는 이유에서인바, 특별히 그 취득가액을 조작하였다고 인정되지 아니하는 한 그 장부상의 가액은 실제의 취득가액을 나타내는 것이라 할 것(대법원 1992.5.8. 선고 91누9701 판결 참조)이다. 청구법인이 제출한 법인장부 전산출력물에 쟁점비용이 중복기장된 사실이 명확히 입증된다면 이 건 건축물의 과세표준에서 제외되는 것이 타당하다 할 것이나, 청구법인의 경우 세무조사 당시 온전한 법인장부를 제출하지 아니하여 객관적으로 증빙되는 자료로서 이 건 건축물의 취득가격이 확인되지 아니할 뿐만 아니라, 청구법인이 제출한 자료에서 확인되는 금액을 근거로 이 건 차인과표를 산정한 것이고 쟁점비용이 중복전표인지 여부에 대해 명확히 소명하지 아니하였던바, 처분청이 쟁점비용을 이 건 건축물의 취득가격에 포함하여 이 건 취득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 건축물의 과세표준에 쟁점비용을 중복으로 포함하여 이 건 취득세를 부과한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 참조
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2017.12.21. 통합폐수처리장 용도의 이 건 건축물을 증축하고, 도급공사비 등 신축가격 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 처분청에 신고‧납부하였다. (나) 처분청은 OOO도청과 2022.3.10.∼2022.5.20.의 기간 동안 합동세무조사를 실시한 결과, 이 건 건축물에 취득세 과세표준을 OOO원으로 확정하고 아래 ＜표1＞과 같이 도급공사비 등 차인과표 OOO원이 누락되었다고 보아 2022.7.15. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원을 부과‧고지하였다. ＜표1＞ 처분청이 산정한 이 건 건축물의 차인과표 내역 (단위: 원) OOO (다) 처분청은 청구법인이 제출한 법인장부 전산출력물에서 이 건 건축물에 대한 도급공사비를 아래 ＜표2＞와 같이 발췌하였고, 총 도급공사비 OOO원에서 기 신고한 도급공사비 OOO원과의 차액 OOO원에 과세비율 59.86%를 곱하여 산출한 OOO원에서 간접비 배부차액 등 OOO원을 차감하여 산출한 OOO원을 도급공사비의 신고누락액으로 산정하였다. ＜표2＞ 이 건 건축물의 도급공사비 내역 (단위: 원) OOO (라) 청구법인은 위 ＜표2＞의 내역 중 전표번호가 동일한 ‘구분번호 23‧24’는 중복전표에 해당하므로 쟁점비용 안분액을 이 건 건축물의 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하면서, 그 증빙으로 건설공사도급기본계약서‧발주서‧승인전표‧준공계‧하자보수이행확약서등을 제출하였다. 이 건 도급공사비의 상세내역은 아래 ＜표3＞과 같으며, 이 건 도급공사비 중 쟁점비용이 포함된 ‘통합폐수처리장 도급계약’은 청구법인과 OOO건설이 체결한 이 건 건축물의 건축공사 도급계약으로, 청구법인은 2016.7.19.∼2018.9.30.의 기간 동안 통합폐수처리장의 잔여공사를 포함한 도급공사를 완료한 OOO건설과 총 공사비를 OOO원(VAT 별도)으로 정산하고 지급한 사실이 청구법인이 제출한 건설공사도급기본계약서‧발주서‧공사원가계산서‧준공계‧하자보수이행각서 등을 통해 확인된다. ＜표3＞ 이 건 도급공사비 상세내역 (단위: 원) OOO (마) 청구법인은 세무조사 당시 처분청의 요청에 따라 청구법인의 법인장부를 열람할 수 있는 권한을 부여한 컴퓨터를 설치한 후 청구법인의 5개년도 모든 계정별 원장을 엑셀파일 형태로 변환하여 제공하였으며, 방대한 양의 전산자료를 추출하는 과정에서 중복되는 자료가 다수 발견되었고 세무조사 기간 동안 발견된 중복전표에 대해서는 소명절차를 거쳐 제외되었으나, 쟁점비용의 경우 세무조사기간 막바지에 발견되어 소명절차를 거치지 못한 것이라고 주장하고 있고, 처분청도 이에 대해 인정하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 처분청은 청구법인이 제출한 법인장부 전산출력물에서 확인되는 금액을 근거로 이 건 차인과표를 산정한 것이고, 쟁점비용이 중복전표에 해당하는지 여부에 대하여 청구법인이 명확히 소명하지 아니하였으므로 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 쟁점비용을 포함하여 이 건 취득세를 부과한 처분은 정당하다는 의견이나, 청구법인은 세무조사 당시 처분청에게 청구법인의 법인장부 전체를 열람할 수 있는 권한을 부여하였고 이와 별도로 과거 5개년도 전산장부를 엑셀파일 형태의 출력물로 제출하였는데, 방대한 양의 전산장부를 추출하는 과정에서 일부 중복전표가 발생하였고 세무조사 당시에도 중복전표인지 여부에 대한 확인이 필요한 경우 청구법인이 이를 소명하는 과정을 거쳐 과세표준에서 제외하는 과정이 있었음을 양측 모두 인정하고 있는 점, 청구법인이 제출한 통합폐수처리장 도급계약과 관련한 건설공사도급기본계약서‧공사원가계산서‧준공계‧하자보수이행각서 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 OOO건설에 발주한 통합폐수처리장 건설공사 도급공사비는 OOO원으로 확정된 것으로 나타나는 점, 처분청이 도급공사비 신고 누락액으로 삼은 쟁점비용은 2018.7.24. 지급한 도급공사비의 전표가 중복되어 추출된 것이고, 이는 제출된 법인장부의 신뢰성 여부가 아닌 단순 전산자료 추출오류에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 쟁점비용을 중복으로 포함하여 이 건 취득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법 제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조제1항 또는 법인세법 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령 제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료

③ 법 제10조제5항제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해ㆍ포기ㆍ인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)

2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.