주택재개발사업자인 청구법인이 체비지로 취득한 쟁점주택을 최소납부세제 적용대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2022지0131

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO 일대에서 주택재개발정비사업을 시행할 목적으로 설립된 법인으로, 2017.4.26. 사업시행인가를 받고, 2018.1.24. 관리처분계획인가를 받았으며, 2019.3.28. 착공신고를 하고 2022.3.15. 공동주택 199세대 및 부대복리시설(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하여 취득하였다.
• 나. 청구법인은 2022.4.14. 처분청에 이 건 건축물 중 공동주택 부분(이하 “쟁점주택”이라 한다)은 지방세특례제한법(이하 “지특법”이라 한다) 제74조 제3항 및 부칙 제17조에 따라 사업시행자가 취득하는 체비지에 해당하는 부동산으로 취득세 면제대상이나, 같은 법 제177조의2 규정에 따라 100분의 85에 해당하는 감면율을 적용하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 다. 청구법인은 2022.10.18. 쟁점주택 취득에 대하여 지특법 부칙 제17조 제1항(이하 “쟁점부칙규정”이라 한다)에 따라 2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전 지특법 제74조 제1항(이하 “종전감면규정”이라 한다)을 적용하여야 하고, 지특법 제177조의2 제1항에 따른 최소납부세액 적용 대상이 아니므로 기납부한 취득세 등 합계 OOO원을 환급해달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2022.12.7. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.12.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 쟁점주택 취득에는 최소납부세제 규정인 지특법 제177조의2 제1항이 적용되지 않는다고 봄이 타당하다. (가) 지특법 제74조 제3항에서 주택재개발사업의 시행자가 취득하는 체비지에 대하여는 취득세의 100분의 75를 감면한다고 규정하고 있으나, 쟁점부칙규정에서 “2020.1.1. 전에도시 및 주거환경정비법제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 사업의 시행으로 2020.1.1. 이후 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면에 대해서는 제74조 제1항 및 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 제74조 제1항에 따른다고 규정하여 해당 부동산(체비지)에 대하여는 취득세를 면제하고 있다. (나) 처분청은 쟁점주택을 2020.1.1. 이후 취득(사용승인)하였으므로 최소납부세제의 적용대상이라고 보았으나, 2020.1.1. 이전에도시 및 주거환경정비법제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 것은 동일함에도 2020.1.1. 이후 사용승인을 받은 공동주택과 2020.1.1. 이전에 사용승인을 받은 공동주택을 합리적인 이유 없이 차별하는 것은 조세형평에도 어긋나므로 2020.1.1. 이후 사용승인을 받은 쟁점주택에 대하여도 2020.1.1. 이전에 사용승인을 받은 공동주택과 같이 그 취득세 전액을 면제하여야 한다. (다) 종전 규정을 적용한다는 경과규정이 없음에도 불구하고 헌법상 조세 평등의 원칙에 따라 구법을 적용하여 최소납부세제의 적용을 배제해야 한다는 대법원의 판결(대법원 2019.4.11. 선고 2018두66685 판결)과 주택재개발사업에 따라 신축한 공동주택의 착공시기가 최소납부세제 시행 이전인 경우 일반적 경과규정에 따라 최소납부세제는 배제되어야 한다는 조세심판원 결정(조심 2022지131, 2022.7.18.) 등을 볼 때, 쟁점주택에 대하여는 최소납부세액을 부과하지 않는 것이 타당하다. (라) 뿐만 아니라, 최소납부세제를 규정한 지특법 제177조의2 규정이 계속하여 개정(배제 기간의 연장, 중단, 단축)됨에 따라 향후 쟁점주택에 대해 최소납부세제가 적용될 것이라고 예측할 수 없었는바, 이와 같은 청구법인의 사정을 고려할 때 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 쟁점주택 취득에는 지특법 규정 그대로 최소납부세제가 적용되어야 한다. (가) 지특법 제74조 제3항에서 주택재개발사업의 시행자가 해당 사업의 시행으로 취득하는 체비지에 대해서는 취득세의 100분 75를 경감한다고 규정하고 있으나, 쟁점부칙규정에서 2020.1.1. 이전에 사업시행계획인가를 받은 사업의 시행으로 2020.1.1. 이후 취득하는 부동산에 대해서는 종전의 법령에 따라 취득세를 면제한다고 규정하고 있으이므로 청구법인의 쟁점주택 취득에는 종전감면규정이 적용되나, 지특법 177조의2 제1항 제2호의 최소납부세제 적용 제외 대상에 같은 법 제74조 제3항을 두고 있지 않으므로 쟁점주택에 대하여는 당연히 최소납부세제도 동시에 적용되어야 한다. (나) 청구법인이 사례로 들고 있는 조세심판원 결정(조심 2022지131, 2022.7.18.)은 해당 공동주택의 원인행위(착공) 당시 시행 중인 지방세특례제한법령에 따라 최소납부세제를 적용하여야 한다는 것으로 쟁점부칙규정을 적용하여 취득세를 면제한 이 사건과는 그 사실관계가 다르다. (다) 또한, 지특법 제177조의2 규정은 2014.12.31. 지방재정 강화를 위해 지방세특례제한법령에 따라 취득세를 면제하는 경우 100분의 15에 해당하는 세액을 과세하는 것으로 그 취지가 수익자가 최소한의 비용을 지불하여 조세부담의 형평성을 증진하기 위함인 것으로 확인되는 바, 쟁점주택에 대하여 최소납부세제 적용을 배제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 주택재개발사업자인 청구법인이 체비지로 취득한 쟁점주택을 최소납부세제 적용대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 지특법 제74조 및 제177조의2 개정 관련 사항을 요약하면 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 지특법 개정 관련 사항 요약 시행일 조항 개정내용 2015.1.1. 제74조 제1항

○ 2019.12.31.까지 취득세 면제 제177조의2(신설)

○ 제74조 최소납부세제 적용 제외 2016.1.1. 제74조 제1항

○ 2019.12.31.까지 취득세 면제 제177조의2 제1항 제2호

○ 제74조 최소납부세제 적용대상에 포함

• 다만, 74조 제1항·제2항은 2020.1.1.부터 적용하도록 함 (부칙 제5조 제3호) 2020.1.15. 제74조 제1항(개정) 제74조 제3항(신설)

○ 도시개발사업시행자가 취득하는 체비지를 제74조 제1항에서 같은 조 제3항으로 이관하고 취득세를 면제에서 75%감면으로 하향조정하며, 주택재개발사업시행자에 대한 감면을 삭제함

○ 다만, 2020.1.1. 이전에 정비사업계획을 인가받아 사업시행자가 체비지(공동주택)를 취득하는 경우 종전 규정(제74조 제1항)을 적용하여 취득세를 면제(부칙 제17조 제1항)

• 제74조 제1항에 대해 최소납부세제 시행 2022.1.1. 제177조의2 제1항 제2호 (개정)

○ 최소납부세제 제외 대상에 제74조 제1항을 신설

• 제74조 제1항의 조합원 등 환지처분 대상자에 대한 취득세 면제 시 최소납부세액을 부과하지 아니함

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2020.1.1. 이전에도시 및 주거환경정비법제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 것은 동일함에도 2020.1.1. 이후 사용승인을 받은 공동주택과 2020.1.1. 이전에 사용승인을 받은 공동주택을 합리적인 이유 없이 차별하는 것은 부당하므로, 청구법인의 경우에도 최소납부세제 적용을 배제하여야 한다고 주장한다. 그러나, 2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 지특법 제177조의2와 같은 법 부칙 제5조 제3호는 2020.1.1.부터 지특법 제74조에 따라 취득세 등을 면제받는 경우에는 면제규정에도 불구하고 최소납부세제(100분의 85 감면율의 적용)를 적용한다고 규정하고 있고, 쟁점부칙규정은 2020.1.1. 전에 도시 및 주거환경정비법제50조에 따라 사업시행계획 인가를 받은 자는 종전감면규정(지특법 제74조)에 따라 감면이 적용된다고 규정하고 있을 뿐 최소납부세제의 적용을 배제한다고 규정하고 있지 아니하므로, 2022.3.15. 쟁점주택을 취득한 청구법인은 종전감면규정에 따라 취득세를 면제 받음과 동시에 지특법 제177조의2에 따라 최소납부세액을 부담하여야 할 것인 점, 지특법 제74조 제1항에 대한 최소납부세제의 적용은 이미 2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 지특법에 따라 예정된 것으로 청구법인은 쟁점주택에 대하여 최소납부세제가 적용될 수 있다는 사실을 충분히 예측할 수 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 지특법 규정에 따라 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 적법한 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제74조[도시개발사업 등에 대한 감면] ①도시개발법에 따른 도시개발사업과도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업(재개발사업으로 한정한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다.

② 제1항 제2호의 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다. 제177조의2[지방세 감면 특례의 제한] ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호 및 제92조에 따른 감면

(2) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것) 제74조[도시개발사업 등에 대한 감면] ①도시개발법제2조 제1항 제2호에 따른 도시개발사업(이하 이 조에서 “도시개발사업”이라 한다)과도시 및 주거환경정비법제2조 제2호 나목에 따른 재개발사업(이하 이 조에서 “재개발사업”이라 한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)에 대해서는 취득세를 2022년 12월 31일까지 면제한다.

② 제1항 제2호의 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

③ 도시개발사업의 사업시행자가 해당 도시개발사업의 시행으로 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2022년 12월 31일까지 경감한다. 제177조의2[지방세 감면 특례의 제한] ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제74조 제1항, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호 및 제92조에 따른 감면

(3) 지방세특례제한법 부칙(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제5조[지방세 면제 특례의 제한에 관한 적용례] 제177조의2의 개정규정은 다음 각 호의 구분에 따른 시기부터 적용한다.

3. 제74조 제1항ㆍ제2항: 2020년 1월 1일

4. 제1호부터 제3호까지에서 규정한 면제 외의 면제: 2016년 1월 1일

(4) 지방세특례제한법 부칙(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제17조[도시개발사업 등에 대한 감면 및 추징에 관한 경과조치] ① 2020년 1월 1일 전에도시개발법제17조에 따른 실시계획 인가를 받거나도시 및 주거환경정비법제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 사업의 시행으로 2020년 1월 1일 이후 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면에 대해서는 제74조 제1항 및 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 제74조 제1항에 따른다.