조세심판원 심판청구 취득세

① 이 건 부동산의 취득에 대하여 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 등록한 임대사업자가 취득한 부동산으로 보아 지방세법」제13조 제2항 등에 따른 취득세 중과세 제외 대상으로 볼 수 있는지 여부 ② 「지방세특례제한법」제180조의2 취득세 중과 배제 특례와 같은 법 제31조 임대주택 등에 대한 감면을 중복 감면

사건번호 조심 2023지0340 선고일 2024-01-31 조세심판원

[요지]

① 청구법인이 지방세특례제한법제31조의 임대주택 감면규정에서는 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 등록한 경우도 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자의 범위에 포함하도록 특례를 두고 있으나, 구 지방세법제13조 제2항 단서 등에서는 그러하지 아니하므로 이 건 부동산을 취득할 당시 임대사업자의 지위를 갖추지 아니한 청구법인의 경우는 구 지방세법제13조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제26조 제1항 제31호에 따른 대도시 중과 제외 업종에 해당한다고 보기 어려움.② 청구법인은 이 건 부동산을 취득하는 과정에서 구 지방세특례제한법제180조의2 제1항 제2호에 따라 취득세 감면을 신청하여 취득세 중과세율 적용이 배제된 표준세율(1천분의 40)을 적용받은 것으로 보임에도 추가적으로 구 지방세특례제한법제31조 제1항에 따른 취득세 면제를 주장하는 것은 지방세특례제한법제180조에 의한 중복감면에 해당한다 할 것이므로 구 지방세특례제한법제31조 제1항과 같은 법 제180조의2 제1항 제2호 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용하는 것이 타당하다고 판단됨.③ 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 착공 등을 하지 아니하였다고 하더라도 구 지방세법제13조 제2항에서 규정하고 있는 취득세 중과세율을 적용할 수는 없다고 보는 것이 타당하다(조심 2022지1476, 2023.1.9., 행정안전부 지방세특례제도과-587, 2022.3.15., 같은 뜻임) 할 것이므로 구 지방세특례제한법제180조의2 제1항 제2호에 의한 취득세 중과 배제 특례에 대하여 처분청이 같은 법 제178조 제1항의 일반적 추징규정을 적용하여 중과 배제 받은 취득세를 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.④ 청구법인은 구지방세특례제한법제180조의2 제1항 제2호에 의한 취득세 중과세 배제 특례와는 별개로 같은 법 제31조 제1항 제1호에 따른 임대주택 등에 대한 감면에 해당한다는 사유로 경정청구 및 심판청구(조심 2021지970, 2021.6.25.)를 제기하여 취득세 등을 감면(환급)받았으나, 유예기간 내 임대주택에 착공하지 아니함에 따라 구 지방세특례제한법제178조 제1항에 따른 추징사유가 발생하여 이 건 취득세 등의 일부를 구성하고 있다 할 것이므로 처분청이 같은 법 제2항에 따라 이자상당액을 가산한 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

[참조결정] 조심2022지1476 / 조심2021지5816 / 조심2021지0970 / 조심2023지0219 / 조심2015지0594 / 조심2023지0547

[주 문] 서울특별시 강서구청장이 2022.9.8. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)의 부과처분은 청구법인이 취득한 서울특별시 강서구 공항동 OOO토지 1,655㎡ 및 건축물 3,046.33㎡에 대하여 일반세율을 적용하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 서울특별시 강서구 공항동 OOO토지 1,655㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 일원에 OOO 역세권 청년주택(이하 “이 건 청년주택”이라 한다)의 신축을 위해 2019.12.13. 설립된 자본시장과 금융투자업에 관한 법률제9조 제18항 제3호에 따른 투자유한회사이자, 같은 법 제229조 제2호에 의한 부동산집합투자기구이다.
  • 나. 청구법인은 2020.1.17. 이 건 토지 및 그 지상 건축물 3,046.33㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 함께 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 구 지방세특례제한법(2020.8.12. 법률 제17474호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제180조의2 제1항 제2호의 취득세 중과세율 적용 배제 특례에 따라 구 지방세법(2020.8.12. 법률 제17473호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.
  • 다. 이후, 청구법인은 2020.3.16. 이 건 부동산의 취득에 대하여 구 지방세특례제한법제31조 제1항에 의한 면제 대상이라는 이유로 경정청구를 하여 처분청이 2020.5.13. 이를 거부하자 2020.7.20. 이의신청을 거쳐 2020.12.21. 조세심판원에 심판청구(조심 2021지970)를 하여 2021.6.25. 인용 결정을 받았다.
  • 라. 그 후, 처분청은 청구법인이 유예기간 내에 이 건 토지상의 임대주택 등의 건축공사에 착공하지 아니하자 구 지방세특례제한법제31조 제1항 단서 및 같은 법 제178조 제1항 제1호에 따른 감면된 취득세 등의 추징대상에 해당한다고 보아 2022.9.8. 구 지방세법제13조 제2항 본문에서 정한 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 신고ㆍ납부한 세액 등을 차감한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과ㆍ고지하였다.
  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2022.11.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2020.1.17. 구 지방세법제13조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제26조 제1항 제31호에 따라 공동주택 임대사업에 직접 사용하기 위하여 이 건 부동산을 취득하였고, 이 건 부동산의 취득일로부터 60일 이내인 2020.3.13. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자등록을 마쳤는바, 그 후, 청구법인은 2020.12.15. 처분청에 대해 이 건 건축물의 해체를 신청하고, 2021.1.14. 서울특별시장으로부터 공동주택의 신축허가를 받아 2021.2.1.부터 이 건 건축물의 지상 층을 철거하는 등 이 건 부동산을 업무의 목적에 맞게 직접 사용하였으며, 이에 위와 같은 사실관계와 더불어 구 지방세법제13조 제2항 단서에서 정한 취득세의 중과제외 대상이 되려면 대도시 중과제외업종에 직접 사용할 목적으로 취득하고 소정의 유예기간 내에 직접 사용하기만 하면 될 뿐, 반드시 취득 당시 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따라 등록한 임대사업자일 필요는 없다(감사원 심사결정 2020-1335, 2022.3.24., 같은 뜻임) 할 것이므로 청구법인은 구 지방세법제13조 제2항 단서에 의해 이 건 부동산 취득세 등에 대한 중과 제외의 지위를 보유하게 되었다 할 것임에도 취득세를 추징한 이 건 처분은 위법하다.

(2) 지방세 중과세율 적용 배제 특례 규정인 구지방세특례제한법제180조의2 제1항 제2호에서는 부동산집합투자기구가 집합투자재산으로 취득하는 부동산의 취득세 세율을 일반세율로 적용할 것만을 규정하고 있을 뿐, 집합투자기구의 부동산 사용 여부를 고려하여 특례가 적용된 취득세 등을 추징할 것을 정하지 않는바, 이에 ① 구 지방세특례제한법상 부동산집합투자기구의 부동산 취득에 대하여 지방세 특례만을 부여하는 규정만이 존재하고, 위 특례가 적용된 취득세에 대한 아무런 추징 규정이 없는 이상 법률의 근거 없이 행한 추징 처분은 위법하다(대법원 2005.9.29. 선고 2003두9374 판결, 같은 뜻임) 할 것이고,

② 행정안전부(지방세특례제도과–79, 2023.9.11.) 역시 중과배제 특례가 적용된 취득세는 구지방세특례제한법제178조 제1항 제1호에 따른 추징규정의 적용 대상이 아니라 하였으며,

③ 구지방세특례제한법제180조의2 제1항 제2호는 부동산투자회사가 취득하는 부동산에 대하여는 대도시 내 부동산 취득에 대한 취득세 중과세 규정뿐만 아니라 그 사후관리 규정도 적용하지 않겠다는 취지의 규정으로 이해되고, 이러한 조항의 내용은 구 지방세특례제한법제178조 제1항 제1호에서 말하는 “특별히 규정한 경우”에 해당한다 할 것이므로 지방세 중과세율 적용 배제 특례 규정인 구지방세특례제한법제180조의2 제1항 제2호가 적용된 이 건 부동산의 취득세 등에 대하여 구 지방세특례제한법제178조 제1항 제1호를 이용한 추징 처분은 잘못이다(조심 2023지219, 2023.4.4., 같은 뜻임).

(3) 임대주택 감면규정인 구 지방세특례제한법제31조 제1항 단서는 임대주택 감면에 대한 사후 감면요건을 “토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다”라고만 규정하고 있을 뿐, 임대주택 감면이 적용된 취득세에 대한 추징을 규정하고 있지 않다. 아울러, 구 지방세특례제한법제178조 제2항은 2020.1.15. 신설된 규정으로서 그 개정이유에서부터 법문에 이르기까지 납세자에 대한이자 상당액 부과처분이 구 지방세특례제한법에 따르는 추징 처분을 통해 이루어질 것을 정하고 있다. 그렇다면, 구 지방세특례제한법제31조 제1항 단서는 납세자가 당해 토지를 취득한 날부터 2년 이내에 공동주택을 착공하지 않는 경우 납세자에 대한 취득세 감면을 처음부터 감면대상에서 제외하는 사후감면규정이므로 위 요건을 지키지 못한 납세자에 대한 지방세 부과처분은 구 지방세법20조 제3항 및 같은 법 제21조 제1항 제1호에 의한 본래의 부과처분(즉, 처분청의 취득세 세액의 결정 또는 경정에 근거한 부과처분)에 해당한다(대법원 2010.6.24. 선고 2010두4094 판결, 같은 뜻임) 할 것이다.

(4) 위 (3)과 같이 임대주택 감면과 이 건 처분은 추징 처분이 아닌 구 지방세 관계 법령에 따른 본래의 부과처분이므로 이러한 부과처분에는 지방세특례제한법제178조 제2항의 이자 상당액 등이 포함될 수 없다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 지방세법제13조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제26조 제1항 제31호에 따른 취득세 중과 제외는 “민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따라 등록을 한 임대사업자”를 말하는 것인바, 청구법인은 이 건 토지를 2020.1.17. 취득한 후, 2020.3.13. 임대사업자 등록한 이상 위 규정에 의한 중과세 제외 요건을 충족한 것으로 보기 어렵다(조심 2015지594, 2015.6.26., 같은 뜻임) 할 것이다.

(2) 지방세특례제한법제2조 제1항 제6호에서는 “지방세 특례란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다”고 규정하여 지방세 특례가 중과세 배제를 포함한 넓은 의미의 감면의 개념으로 정의되고 있고, 같은 법 제4조 제2항 제2호에서는 “지방세법 제13조 및 제28조 제2항에 따른 중과세의 배제를 통한 지방세 감면”을 명시하여 감면에 중과배제가 포함된다는 사실을 명확히 하였다. 이와 관련하여 행정안전부(지방세특례제도과-249, 2020.2.6.)에서는 중과세율 적용의 배제는 납세자의 조세 부담을 덜어주는 것으로 감면의 범주로 볼 수 있다고 하였고, 조세심판원(조심 2021지5816, 2022.12.29.)에서는 지방세특례제한법제2조 제1항 제6호에서 정의하고 있는 지방세 특례는 모두 납세자가 납부하여야 하는 세액을 감소시키는 것으로 넓은 의미에서 모두 감면에 해당된다고 볼 수 있으며, 지방세 감면과 중과세 배제는 납세자의 입장에서 사실상의 이중혜택이므로 그 중 높은 것 하나만 적용하는 것이 중복감면의 입법취지에 부합한다고 결정한 바 있다. 즉, 관련 법률의 체계적, 문언적 해석 및 행정안전부의 유권해석, 조세심판원 결정 사례 등을 종합해 보면, 구 지방세특례제한법제178조 제1항 제1호에서 규정한 “감면”에는 중과세 배제가 포함된다고 볼 수 있고, 이는 구 지방세특례제한법제180조의2 제1항 제2호의 일반적 추징조항이라 볼 수 있으므로 청구법인이 구 지방세특례제한법제180조의2 제1항 제2호에 따라 취득세 중과세율 적용 배제 특례를 받았다 하더라도 구 지방세특례제한법제178조 제1항 제1호의 추징요건에 해당된다면 추징처분을 할 수 있다 할 것이다. 또한, 구 지방세특례제한법제180조의2 제1항 제2호에 “직접 사용”이라는 문구나 취득 목적 및 사용 용도가 적시되어 있지 않다 하더라도 취득세 감면의 취지에 비추어 사후관리가 필요한 경우로 보이므로 청구법인이 이 건 토지를 당초 감면 취지에 맞게 사용을 하지 않았다면 구지방세특례제한법제31조 제1항 단서 및 같은 법 제178조 제1항 제1호의 추징요건을 충족한다고 볼 수 있다.

(3) 청구법인은 이 건 청년주택 신축을 위한 건축허가를 받기 위해 건설부지에 인접한 지하철의 운영주체와의 협의가 상당한 기간이 소요된다는 사실을 사전에 충분히 알았거나 알 수 있었다 할 것임에도 사전검토를 충분히 하지 못한 사정 등으로 건축허가까지의 시간이 소요되었고, 서울특별시의 허가 조건을 충족시키지 못하여 시공사와의 사업 약정이 해지되었다 할 것인바, 청구법인의 이러한 사유는 이 건 부동산을 취득하여 유예기간(2년) 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다.

(4) 2020.1.15. 개정된 구 지방세특례제한법제178조 제2항에서는 이 법에 따라 부동산에 대한 취득세 감면을 받은 자가 제1항 또는 그 밖에 이 법의 각 규정에서 정하는 추징 사유에 해당하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 납부하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제 제123조의2 제1항에서 법 제178조 제2항 본문에 따라 가산하여 납부해야 하는 이자상당액은 감면된 세액에 제1호의 기간(당초 감면받은 부동산에 대한 취득세 납부기한의 다음 날부터 추징사유가 발생한 날까지의 기간)과 제2호의 율(1일당 10만분의 25)을 곱하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있는바, 처분청이 당초 감면받은 부동산에 대한 취득세 납부기한의 다음날부터 추징사유가 발생한 날의 기간(2020.3.18.부터 2022.1.17.까지) 등을 감안하여 계산된 이자상당액 등을 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점

(1) 이 건 부동산의 취득에 대하여 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 등록한 임대사업자가 취득한 부동산으로 보아 지방세법」제13조 제2항 등에 따른 취득세 중과세 제외 대상으로 볼 수 있는지 여부

(2) 지방세특례제한법제180조의2 취득세 중과 배제 특례와 같은 법 제31조 임대주택 등에 대한 감면을 중복 감면으로 볼 것인지 여부

(3) 지방세특례제한법제180조의2 제1항 제2호에 의한 취득세 중과 배제 특례에 대하여 지방세특례제한법제178조에 따라 중과 배제 받은 취득세를 추징할 수 있는지 여부

(4) 지방세특례제한법제178조 제2항에 따라 이자상당액 등을 포함한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부

  • 나. 관련 법령: <별지1> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 아래 <표2>와 같이 OOO 역세권 2030 청년주택 신축사업에 따라 공동주택 등을 신축할 목적으로 2019.12.13. 설립된 유한회사이다. <표2> 청구법인 현황(등기사항전부증명서 발췌) OOO (나) 청구법인과 A 주식회사는 2020.1.16. 이 건 토지상에 140세대 내외의 공동주택 및 근린생활시설 등 이 건 청년주택 신축 등을 위한 사업약정서를 체결하였다. (다) 청구법인은 2020.1.17. 이 건 부동산(토지 1,665㎡, 건축물 3,046.33㎡)을 취득한 후, 같은 날 그 취득가액을 과세표준으로 하고 구 지방세특례제한법 제180조의2 제1항 제2호(취득세 중과세율 적용 배제 특례)에 따라 표준세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (라) 청구법인은 2020.3.13. “서울특별시 강서구 공항동 OOO외 170”을 임대물건으로 하여 민간임대주택에 관한 특별법제5조 등에 따라 서울특별시 송파구청장에게 임대사업자등록을 하였다. (마) 청구법인은 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록)가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우에 해당하므로 이 건 토지 중 88.2%에 대하여 구 지방세특례제한법제31조 제1항 제1호에 따라 기 신고ㆍ납부한 취득세 등을 환급하여 달라는 취지로 2020.3.16. 경정청구를 하였으나, 처분청이 2020.5.13. 이를 거부하자 조세심판원에 심판청구를 하여 2021.6.25. 인용 결정을 받아 기 신고ㆍ납부한 취득세 등을 환급받은 것으로 나타난다. (바) 청구법인은 2021.1.29. 이 건 건축물(3,046.33㎡)에 대하여 처분청으로부터 건축물 해체 허가를 받고, 이 건 건축물 해체를 진행하여 B 건축사사무소로부터 해체감리완료보고서(용역기간: 2021.2.1.∼2021.4.23.)를 제출받은 사실이 건축물 해체 허가서 등에 의하여 확인된다. (사) 청구법인은 2021.1.14. 서울특별시장으로부터 아래 <표3>과 같이 이 건 토지에 이 건 청년주택 신축을 위한 건축허가(주택공급과-546)를 받은 것으로 나타난다. <표3> 건축(신축)허가 신청 및 처리내역 OOO (아) 청구법인과 C 주식회사는 2022.6.22. 이 건 청년주택 신축을 위한 도급계약을 체결하였다. (자) 처분청은 2022.6.1.과 2022.7.1. 이 건 토지에 대한 현지출장조사를 통해 이 건 토지가 건축공사에 착공하지 아니한 나대지 상태에 있는 사실을 확인한 사실이 출장결과보고서 및 현장사진 등에 의하여 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점(1)에 대하여 살피건대, 구 지방세법제13조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제26조 제1항 제31호에서는 “민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따라 등록을 한 임대사업자”가 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 중과세율이 아닌 제11조에 따른 표준세율을 적용한다고 규정하고 있고, 구 지방세법제13조 제3항 제1호 가목에서는 “정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우”에는 제2항 단서에도 불구하고 제2항 본문(중과세율)을 적용한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 2020.1.17. 이 건 부동산을 취득한 이후인 2020.3.13.에 이르러서야 임대사업자등록을 하였으므로 이 건 부동산은 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따라 등록을 한 임대사업자가 취득하는 부동산으로 보기는 어려운 점, 구 지방세특례제한법제31조의 임대주택 감면규정에서는 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 등록한 경우도 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자의 범위에 포함하도록 특례를 두고 있으나, 구 지방세법제13조 제2항 단서 등에서는 그러하지 아니하므로 이 건 부동산을 취득할 당시 임대사업자의 지위를 갖추지 아니한 청구법인의 경우는 구 지방세법제13조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제26조 제1항 제31호에 따른 대도시 중과 제외 업종에 해당한다고 보기 어려운 점, 설령, 청구법인의 이 건 부동산 취득이 위 규정에 따른 대도시 중과 제외 업종에 해당한다고 보더라도 청구법인은 이 건 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 임대사업에 직접 사용하지 아니하였으므로 구 지방세법제13조 제3항 제1호 가목에 따라 취득세 중과세율의 적용대상에 해당하는 점 등에 비추어 청구법인이 취득한 이 건 부동산은 구 지방세법제13조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제26조 제1항 제31호에 따른 취득세 중과세 제외 대상으로 보기는 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점(2)에 대하여 살피건대, 구 지방세특례제한법제2조 제1항 제6호에서는 "지방세 특례"란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제180조에서는 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제180조의2 제1항 제2호에서는 “자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제229조 제2호에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득하는 부동산”에 대하여는 지방세법제13조 제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제31조 제1항에서는 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우)가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우에 대해서는 취득세를 감면한다고 규정하고 있다. 구 지방세특례제한법제180조의2 제1항 제2호에 따른 지방세 중과세율 적용 배제 특례 규정은 같은 법 제180조에서 그 중복적용을 배제하고 있는 ‘감면 규정’에 포함된다(대법원 2023.3.16. 선고 2022두66125 판결, 같은 뜻임) 할 것인바, 청구법인은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 부동산집합투자기구(구지방세특례제한법제180조의2 제1항 제2호)와 민간임대주택에 관한 특별법에 의하여 등록한 임대사업자(구 지방세특례제한법제31조 제1항)라는 이중적인 지위를 갖고 있고, 청구법인은 이 건 부동산을 취득하는 과정에서 구 지방세특례제한법제180조의2 제1항 제2호에 따라 취득세 감면을 신청하여 취득세 중과세율 적용이 배제된 표준세율(1천분의 40)을 적용받은 것으로 보임에도 추가적으로 구 지방세특례제한법제31조 제1항에 따른 취득세 면제를 주장하는 것은 지방세특례제한법제180조에 의한 중복감면에 해당한다 할 것이므로 구 지방세특례제한법제31조 제1항과 같은 법 제180조의2 제1항 제2호 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다. (다) 쟁점(3)에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 ‘해당용도’에 ‘직접 사용’하지 아니하였으므로 구 지방세특례제한법제178조의 일반적 추징규정에 따라 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 추징한 처분이 정당하다는 의견이다. 그러나, 구지방세특례제한법제180조의2 제1항 제2호에서는 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제229조 제2호에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득하는 부동산에 대하여 지방세법제13조 제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는바, 취득하는 부동산에 대하여는 대도시 내 부동산 취득에 대한 취득세 중과세 규정뿐만 아니라 그 사후관리 규정도 적용하지 않겠다고 보는 것이 타당한 점(조심 2023지547, 2023.4.6. 외, 같은 뜻임), 구 지방세특례제한법 제178조 제1항 본문에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 위 조항에 규정된 “특별히 규정한 경우”란 해당 감면조항에서 특별히 추징에 관한 사항을 규정한 경우 등을 의미하는바, 같은 법 제180조의2 제1항은 지방세법 제13조 제3항을 적용하지 아니하도록 하는 취득세 중과세 추징에 관한 사항을 규정하고 있어 특별히 규정한 경우에 해당하는 것으로 보이므로 이 건 부동산에 대하여는 일반적 추징 규정인 같은 법 제178조 제1항을 적용할 수는 없다고 보는 것이 타당한 점(조심 2023지219, 2023.4.4. 외, 같은 뜻임) 등에 비추어 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 착공 등을 하지 아니하였다고 하더라도 구 지방세법제13조 제2항에서 규정하고 있는 취득세 중과세율을 적용할 수는 없다고 보는 것이 타당하다(조심 2022지1476, 2023.1.9., 행정안전부 지방세특례제도과-587, 2022.3.15., 같은 뜻임) 할 것이므로 구 지방세특례제한법제180조의2 제1항 제2호에 의한 취득세 중과 배제 특례에 대하여 처분청이 같은 법 제178조 제1항의 일반적 추징규정을 적용하여 중과 배제 받은 취득세를 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (라) 마지막으로 쟁점(4)에 대하여 살피건대, 구 지방세특례제한법제178조 제2항에서는 이 법에 따라 부동산에 대한 취득세 감면을 받은 자가 제1항 또는 그 밖에 이 법의 각 규정에서 정하는 추징 사유에 해당하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 납부하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 구지방세특례제한법제180조의2 제1항 제2호에 의한 취득세 중과세 배제 특례와는 별개로 같은 법 제31조 제1항 제1호에 따른 임대주택 등에 대한 감면에 해당한다는 사유로 경정청구 및 심판청구(조심 2021지970, 2021.6.25.)를 제기하여 취득세 등을 감면(환급)받았으나, 유예기간 내 임대주택에 착공하지 아니함에 따라 구 지방세특례제한법제178조 제1항에 따른 추징사유가 발생하여 이 건 취득세 등의 일부를 구성하고 있다 할 것이므로 처분청이 같은 법 제2항에 따라 이자상당액을 가산한 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호․제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 관련 법령

(1) 지방세법 (2020.8.12. 법률 제17473호로 일부개정되기 전의 것) 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

  • 가. 농지: 1천분의 30
  • 나. 농지 외의 것: 1천분의 40 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(신탁법에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율)을 적용한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 “사원주거용 목적 부동산”이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(수도권정비계획법 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

③ 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다.

1. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 대도시 중과 제외 업종 중 대통령령으로 정하는 업종에 대하여는 직접 사용하여야 하는 기한 또는 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용이 금지되는 기간을 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 달리 정할 수 있다.

  • 가. 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우 제20조(신고 및 납부) ② 취득세 과세물건을 취득한 후에 그 과세물건이 제13조 제1항부터 제7항까지의 세율의 적용대상이 되었을 때에는 대통령령으로 정하는 날부터 60일 이내에 제13조 제1항부터 제7항까지의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다. 제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 지방세기본법 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.

1. 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우

(2) 지방세법 시행령 (2020.4.28. 대통령령 제30633호로 개정되기 전의 것) 제26조(대도시 법인 중과세의 예외) ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

31. 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따라 등록을 한 임대사업자 또는 공공주택 특별법 제4조에 따라 지정된 공공주택사업자가 경영하는 주택임대사업

(3) 지방세특례제한법 (2020.8.12. 법률 제17474호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “지방세 특례”란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제4조(조례에 따른 지방세 감면) ② 지방자치단체는 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지방세 감면을 할 수 없다. 다만, 국가 및 지방자치단체의 경제적 상황, 긴급한 재난관리 필요성, 세목의 종류 및 조세의 형평성 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에는 제1호에 해당하는 지방세 감면을 할 수 있다.

2. 지방세법 제13조 및 제28조 제2항에 따른 중과세의 배제를 통한 지방세 감면 제31조(임대주택 등에 대한 감면) ① 공공주택 특별법에 따른 공공주택사업자 및 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다. 이하 이 항에서 “임대사업자”라 한다)가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택과 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 “오피스텔”이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2021년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 이 법에 따라 부동산에 대한 취득세 감면을 받은 자가 제1항 또는 그 밖에 이 법의 각 규정에서 정하는 추징 사유에 해당하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은 지방세법 제20조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 이자상당액을 가산하지 아니한다. <신설 2020.1.15.> 제180조(중복 감면의 배제) 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다. 다만, 제73조, 제74조, 제92조 및 제92조의2의 규정과 다른 규정은 두 개의 감면규정(제73조, 제74조 및 제92조 간에 중복되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다)을 모두 적용할 수 있다. 제180조의2(지방세 중과세율 적용 배제 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산의 취득에 대해서는 지방세법에 따른 취득세를 과세할 때 2021년 12월 31일까지 같은 법 제13조제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.

2. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제229조 제2호에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득하는 부동산

(4) 지방세특례제한법 시행령 (2020.1.15. 대통령령 제30355호 일부 개정된 것) 제123조의2(감면된 취득세의 추징에 관한 이자상당액의 계산 등) ① 법 제178조 제2항 본문에 따라 가산하여 납부해야 하는 이자상당액은 감면된 세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 당초 감면받은 부동산에 대한 취득세 납부기한의 다음 날부터 추징사유가 발생한 날까지의 기간

2. 1일당 10만분의 25

② 법 제178조 제2항 단서에서 “파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 파산선고를 받은 경우

2. 천재지변이나 그 밖에 이에 준하는 불가피한 사유로 해당 부동산을 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용한 경우 [본조신설 2020. 1. 15.]

원본 출처 (국세법령정보시스템)