조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 이 건 부동산을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각하였다고 보아 감면분 취득세를 추징한 처분의 당부

사건번호 조심 2023지0319 선고일 2023-02-15 조세심판원

[요지] 청구법인은 이 건 부동산을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각하였는바, 그 감면분 취득세 등은 여전히 추징 대상에 해당하는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2019.10.24. OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하여 2020.3.18. 그 지상에 건축물 OOO㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다) 신축한 후, 이 건 부동산을지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 16041호로 개정된 것, 이하 같다) 제11조 제2항에서 규정하고 있는 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 50을 감면받았다.
  • 나. 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 2022.2.14. 이를 매각하였다고 보아 2022.10.6. 청구법인에게 이 건 부동산의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 세액에서 청구법인이 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.12.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 이 건 건축물을 신축한 후 1층을 우리밀 체험장으로, 2층을 농산물 가공 판매소(유치원생 등이 직접 만든 김치 등을 그들에게 판매)로 사용하고자 하였으나, 이 건 건축물을 신축한 후 바로 코로나19가 발생하여 이 건 건축물의 2층 부분만 당초 계획대로 사용하지 못하였을 뿐 1층은 우리밀 체험장으로 사용하였고 이에 대한 매출(OOO원)도 있으며, 지방세특례제한법령에 해당 부동산을 해당 용도로 전부 사용하여야만 취득세 감면 대상이라고 규정하고 있지 아니한바, 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 해당 용도로 직접 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등의 부과처분을 취소하여야 한다.

(2) 청구법인은 코로나19로 인한 경영상의 어려움에도 불구하고 OOO에 농산물 가공공장을 신축하여 그 생산품(농산물) 및 가공품을 이 건 부동산에 설치한 판매점에서 판매하는 등 이 건 부동산을 해당 용도로 직접 사용하고자 진지한 노력을 다하였으나, 이 건 부동산을 취득하면서 차입한 자금의 이자 등을 감당하지 못해 부득이 이 건 부동산을 해당 용도로 사용한지 3년이 되기 전에 이를 매각한 것으로 청구법인이 이 건 부동산을 매각한 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것임에도 처분청은 청구법인의 이러한 사정은 전혀 고려하지 아니하고 이 건 부동산을 3년 이상 해당 용도에 직접 사용하지 아니하고 2022.2.14. 매각하였다고 하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

(3) 청구법인은 농업회사법인으로지방세특례제한법제11조 제2항에 따른 취득세 및 재산세의 100분의 50 감면 대상에도 해당되지만 그 이전에 창업중소기업에 해당하므로 이 건 부동산에 대하여는 창업중소기업이 취득하는 사업용 재산으로 보아 취득세의 100분의 75를 감면하고, 그 재산세도 3년간 면제하여야 한다.

  • 나. 처분청 의견 (1)지방세특례제한법제11조 제3항 제2호에서 농업회사법인이 취득세를 감면받은 부동산을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항 제8호에서 직접 사용이란 부동산의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있으며, 청구법인은 이 건 부동산을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 이 건 부동산을 매각하였으므로 청구법인에게 이 건 부동산을 매각할 수밖에 없는 정당한 사유가 있는지 여부에 관계없이 이 건 부동산에 대하여 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 농업회사법인일 뿐만 아니라 창업중소기업에도 해당하므로 이 건 부동산의 취득세에 대하여 100분의 75를 감면하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 이 건 부동산에 대한 취득세를 감면받기 위하여 처분청에 제출한 “지방세 감면 신청서”에서 그 신청사유를 ‘농산물 직판장, 인터넷 판매, 농산물 건조 및 가공 등’이라고 기재한 사실이 확인되고 있음을 볼 때, 처분청이 이 건 부동산에 대하여지방세특례제한법제11조 제2항의 규정을 적용하여 취득세의 100분의 50을 감면한 것은 타당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 청구법인이 이 건 부동산을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각하였다고 보아 감면분 취득세를 추징한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 16041호로 개정된 것) 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제11조[농업법인에 대한 감면] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다. 2.농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제19조에 따른 농업 회사법인

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여 하거나 다른 용도로 사용하는 경우 제58조의3[창업중소기업 등에 대한 감면] ①중소기업창업 지원법 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.

1. 2020년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)

④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다.

2. 제조업

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다.(이하 생략)

2. 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2019.5.29. OOO를 본점소재지로 하고, 농축산물 생산, 유통, 가공, 판매 등을 목적사업을 하여 설립된 농업회사 법인으로 개업당시(2019.7.1.) OOO세무서장이 발급한 사업자등록증을 보면, 청구법인의 업태는 도·소매이고, 업종은 농산물인 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2019.10.24. 이 건 토지를 OOO원에 취득한 후 2020.3.18. 그 지상에 이 건 건축물 OOO㎡ 신축하고, 이 건 부동산을지방세특례제한법제11조 제2항에 따른 취득세 감면 대상으로 보아 취득세의 100분의 50을 감면받았다. (다) 청구법인은 이 건 부동산의 취득일부터 3년 이내인 2022.2.14. 이 건 부동산을 OOO원에 매각하였고, 청구법인의 손익계산서에 제조원가에 대한 내용이 없는 것으로 보아 제1기(2019.7.1.〜2020.6.30.) 매출액 OOO원은 상품매출인 것으로 보인다. (2)지방세특례제한법제11조 제2항 및 같은 조 제3항 제2호에서 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 감면하되, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 볼 때, 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후 해당 용도인 영농ㆍ유통ㆍ가공 등에 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 이를 매각한 사실은 다툼이 없는 점,지방세특례제한법제11조 제3항 제2호는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각하는 경우 감면한 취득세를 추징한다고 규정하고 있을 뿐 정당한 사유 등을 별도로 규정하고 있지 아니하므로 청구법인에게 이 건 부동산을 매각할 수밖에 없는 정당한 사유가 있는지 여부는 취득세 추징에 있어 고려의 대상이 아닌 점, 청구법인은 이 건 부동산이 창업중소기업의 취득세 감면대상에 해당된다고 주장하나, 청구법인은 창업중소기업의 취득세 감면 업종인 제조업이 아니라 도·소매업을 목적사업으로 하여 설립하였고, 매출액도 상품매출인 것으로 보이므로 청구법인을지방세특례제한법제58조의3에서 규정하고 있는 창업중소기업으로 보기는 어려운 점, 설령, 청구법인이 창업중소기업에 해당하여 이 건 부동산을 창업중소기업의 사업용 재산으로 본다고 하더라도 청구법인은 이 건 부동산을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각하였는바, 그 감면분 취득세 등은 여전히 추징 대상에 해당하는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제6항,국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)