조세심판원 심판청구

쟁점토지를 3년 이내에 해당 용도로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

사건번호 조심 2023지0179 선고일 2023-07-11 조세심판원

[요지] 취득 후 3년 내에 쟁점토지를 해당 용도로 사용하지 못한 것에 법령상 장애사유 외의 다른 특별한 사정이 없어 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 해당 용도로 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 없다고 보아 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2019.5.1. OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매를 원인으로 취득하고, 쟁점토지에 대하여지방세특례제한법제29조의2에 따라 창업중소기업 창업일로부터 4년 이내에 취득한 부동산으로 취득세의 75%를 감면받았다.
  • 나. 처분청은 2022.8.29. 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 3년 이내에 해당 사업에 사용하지 않았다고 보아 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과‧고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.11.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점토지를 취득하고 3년 이내에 해당 용도로 사용하지 못한 정당한 사유(처분청의 부당한 행정처분)가 있다. (가) 쟁점토지 일대는 2003.5.29. 온천공보호지정이 된 곳으로 당시 사업주인 주식회사 AAA(대표이사 BBB, 이하 “AAA”라 한다)가 사업을 추진하지 못하여 2014.5.15. 자진폐쇄신고를 하였고, 2014.9.30. 온천공보호구역지정이 해제되었으며, 처분청은 2015.8.24. AAA와 CCC(쟁점토지의 전소유자)에 온천공 원상복구 촉구를 하였으나 AAA는 원상복구를 하지 않고 수년 이상을 지속적으로 해당 온천수를 이용하여 물을 제조 생산하여 판매하였다. (나) 처분청은 AAA 대표이사 BBB과 CCC에게 온천공 원상복구명령과 폐공명령하였으나, AAA(대표이사 BBB)에게는 온천공에서 나오는 물을 이용하여 생수를 판매할 수 있도록 도와주는 등 지원을 한 반면, 청구법인에게는 청구법인의 ‘지하수개발 이용 허가신청’을 불허하고 ‘군민에게 제공하는 물 공급을 중단하고 수도설치를 철거하라’는 등 강압하였다. (다) AAA(대표이사 BBB)가 2018년까지 수 년 이상을 OOO 등의 제품(생수)을 판매하여 OOO원 이상의 매출을 올리는 등 처분청은 AAA에게 관대한 행정을 한 반면, OOO에서 OOO원의 투자를 받아 소규모 생수공장과 각종 질병을 치유할 수 있는 치유센터를 건립하여 OOO을 세계적인 관광명소를 만들겠다는 의지를 밝힌 청구법인에게 처분청은 온천공을 폐공하라는 명령만 하였다. (라) 또한 처분청(상하수도센터)이 농업용수 고갈문제가 있어 마을 이장 몇몇 사람이 반대를 하고 있고 동의서를 받아오면 온천공 등록신청을 허가해 주겠다는 취지로 답변하였고, 이에 청구법인은 반대하는 마을에 청구법인이 지하관정을 뚫어 농업용수로 이용하게 해주고 군민에게 평생 물을 무료로 공급하겠다는 제안까지 하였으며, 온천공 등록신청 등을 위하여 처분청에 수백번을 방문하거나 민원을 제기하였지만 처분청은 이를 외면하였다.

(2) 처분청이 쟁점토지에 대한 취득세를 감면한 후, 위와 같이 불공정하게 온천공의 등록신청 등을 허가하지 않아 쟁점토지를 목적사업에 사용하지 못하도록 하였으므로 쟁점토지에 대하여 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 정당한 사유란 취득 토지를 감면 목적에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지‧제한 등의 외부적인 사유로 인한 것이나 내부적으로 토지를 고유 업무에 사용하지 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 객관적인 사유로 인하여 부득이 고유 업무에 사용할 수 없는 경우(대법원 2004.4.28. 선고 2002두11752 판결 등)를 말하고, 구체적인 사안에서 정당한 사유를 판단할 때 법원은 장애사유의 인식 여부와 인식 가능성, 장애사유의 해소를 위한 진지한 노력 등을 주된 고려요소로 삼고 있는데, 취득 당시 장애를 인식하였는지 여부를 중요한 판단 기준으로 삼고 있다. (가) 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리 재단법인이라 할지라도 토지를 취득할 당시 1년 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라도 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황 하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 1년 이내에 당해 토지를 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 법령상의 장애사유는 지방세법상 취득세 중과를 면할 수 있는 정당한 사유가 될 수 없다(대법원 2012.12.13. 선고 2011두1948 판결 등). (나) 원고 교회가 교회 건물을 신축하기 위하여 매수한 부동산 전부의 취득시기가 당초 매매계약보다 지연된 것은 원고의 자금사정 때문으로 보이고, 부동산 중 1필지의 소유권이전등기를 지분으로 나누어 경료한 것 또한 원고의 사정으로 인한 것이며, 이 사건 부동산 사이에 있는 구(區) 소유 도로가 교회 건물의 신축에 필요한 토지로서 이를 용도폐지하고 원고의 소유 토지와 교환하는데 필수적인 행정절차와 시일이 걸리는 것을 부동산 취득시 알고 있었거나 알 수 있었던 점을 종합해 보면, 원고가 부동산 취득 후 3년 이내에 교회 건축사업에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다(대법원 2001.4.10. 선고 99두9780 판결).

(2) 청구법인은 쟁점토지 일대가 온천공보호구역 지정 해제 및 원상복구 조치로 인해 온천 개발 사업을 진행할 수 없음을 알고 있거나 알 수 있는 상태에서 쟁점토지를 취득(2019.4.25.)하였다. (가) 쟁점토지 일대는 2002.6.4. 온천이 발견되어 2003.5.9. OOO로부터 승인을 받아 OOO으로 지정되었으나, 온천공보호구역으로 승인‧지정된 이후 10년 동안 개발계획이 수립되지 않았다. (나) 이에 처분청은 2014.9.30. 온천법 제5조 제3항 제4호에 따라 온천보호구역으로부터 지정된 날로부터 1년 6개월 이내 사업을 시작하지 아니하여 ‘온천공보호구역 지정’을 해제OOO하였다. (다) 또한 OOO은 온천발견 신고 수리가 취소됨에 따라 온천법 제13조에 따른 원상회복 대상이 되었고, 처분청은 2015.8.24. 온천공 원상복구 촉구 조치를 내렸다.

(3) 청구법인은 샘물을 개발하기 위해서는 먹는물 관리법령에서 정한 필수적인 절차(허가 및 환경영향조사)를 거쳐야만 쟁점토지를 해당 사업에 직접 사용할 수 있다는 사실을 알고 있거나 알 수 있었던 상황이었다. (가) 청구법인은 지하수법령을 근거로 처분청에 지속적으로 기 개발된 온천공 활용계획으로 1일 취수량을 300톤으로 하여 “지하수 개발 이용행위 허가 신청”을 하였고, 지하수를 통해 샘물을 개발하려 하였으나, 샘물을 개발하기 위해서는 먹는물관리법에 따라 시‧도지사의 허가를 받아야 하고(제9조), 먹는 샘물 등의 제조업을 하려는 자와 그 밖에 1일 취수능력이 대통령령으로 정하는 기준(300톤)에 해당하는 규모의 샘물 등을 개발하려는 자는 주변환경에 미치는 영향과 주변환경으로부터 발생하는 해로운 영향을 예측 분석하여 이를 줄일 수 있는 방안에 관한 환경영향조사를 실시하여야(제13조) 하는데, 위와 같은 절차를 거치지 않은 청구법인에게 처분청은 위 ‘지하수 개발‧이용 행위 허가 신청’을 불허하였다. (나) 청구법인은 위와 같이 지하수 고갈 우려지역에서 개발가능 취수량을 초과하여 지하수개발 이용행위 허가 신청을 하고, 지역주민의 반대를 해결하지 못한 상태에서 무리하게 사업을 추진하였으므로 이러한 이유로 쟁점토지를 해당 사업에 직접 사용할 수 없게 되었다.

(4) 따라서 먹는 샘물 제조 및 가공업을 목적으로 2019.1.15. 설립된 청구법인은 창업일 당시 업종의 사업을 영위하기 위하여 2019.4.25. 쟁점토지를 취득하고 취득세 등을 감면받았지만, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 쟁점토지를 해당 사업에 직접 사용하지 않았다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 쟁점토지를 3년 이내에 해당 용도로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청은 2014.9.30. 쟁점토지 일대의 온천공보호구역 지정 해제 및 지형도면을 하였다. (나) 청구법인은 2019.1.5. 먹는 샘물 제조 및 가공업 등을 영위하기 위하여 설립된 법인으로 2019.5.1. 쟁점토지를 위 업종에 사용하기 위하여 취득하였다. (다) 청구법인은 처분청에 2019년 11월 ‘샘물 개발 허가신청서’를, 2021년 6월 ‘지하수개발‧이용 행위허가신청서’를, 2021년 12월 ‘지하수 개발‧이용 신고서’를 제출하였고, 청구법인 대표이사 DDD 외 7000명이 처분청에 진정민원을 접수하였으며, 처분청은 2020.12.9. 청구법인(대표 DDD)에게 진정민원에 대한 답변을 회신하였다. (라) 처분청OOO은 2020.12.1. 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 ‘기 개발된 관정(온천공)의 활용계획 관련 민원 회신’이라는 제목의 공문을 발송하였다. <표1> 기 개발된 관정(온천공)의 활용계획 관련 민원 회신(발췌) ◯◯◯ (마) 처분청의 위 공문을 수령한 청구법인은 2020.12.3. 처분청에 ‘원상복구 명령에 대한 진정 및 미등록 지하수 시설(기 개발된 관정)의 등록 요청’이라는 제목의 문서를 제출하였다. (바) 처분청이 2021.6.4. 청구법인에게 발송한 지하수개발 이용 행위허가신청 불허가 알림OOO에 따르면 청구법인이 쟁점토지에 신청한 지하수 개발‧이용 행위허가 신청에 대하여 처분청은 아래 <표2>와 같은 사유로 위 신청을 허가하지 않았다. <표2> 불허가 사유 ◯◯◯ (사) 청구법인은 처분청이 불공정하게 쟁점토지의 온천공 등록신청을 허가하지 않아 쟁점토지가 임의경매로 낙찰되는 등 청구법인이 파산하였다고 주장하면서 증거자료를 아래와 같이 제출하였다. ◯◯◯ (아) 쟁점토지는 2022.12.22. OOO의 임의경매로 청구법인에서 EEE으로 소유권이 이전되었다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 처분청의 부당한 행정처분으로 쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 쟁점토지를 해당 용도로 사용하지 못하였다고 주장한다. 그러나 청구법인은 쟁점토지 일대의 온천공보호구역 지정이 해제되어 온천법의 규정에 따라 원상회복 명령이 내려진 상황에서 쟁점토지를 취득한 점, 또한 청구법인은 ‘샘물개발’이나 ‘지하수개발’ 등의 사업을 영위하기 위해서 관련법령이 정하는 절차에 따라 처분청으로부터 허가를 받아야 하는 것을 알았거나 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 쟁점토지를 취득하였고, 취득 후 3년 내에 쟁점토지를 해당 용도로 사용하지 못한 것에 법령상 장애사유 외의 다른 특별한 사정이 없어 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 해당 용도로 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 없다고 보아 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련법령

(1) 지방세특례제한법 (2018.12.14. 법률 제16041호로 개정된 것) 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 중소기업창업 지원법 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 이 경우 제2호의 경우에는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 따라 벤처기업으로 최초로 확인받은 날(이하 이 조에서 “확인일”이라 한다)부터 4년간 경감한다.

④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다.

2. 제조업

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다만, 조세특례제한법 제31조제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 “중소기업간 통합”이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 “법인전환”이라 한다)을 하는 경우는 제외한다.

1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우

(2) 온천법 (2017.4.18. 법률 제14795호로 개정된 것) 제13조(원상회복 의무 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 토지를 원상회복하여야 한다.

③ 원상회복의 절차와 방법 등에 대하여는 지하수법 제15조를 준용한다.

(3) 지하수법 제15조(원상복구 등) ① 이 법 또는 다른 법률에 따른 허가ㆍ인가 등을 받거나 신고를 하고 지하수를 개발ㆍ이용하는 자(제13조에 따른 허가를 받고 같은 조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하는 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 시설 및 토지를 원상복구하여야 한다. 다만, 원상복구할 필요가 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 이 법 또는 다른 법률에 따른 허가ㆍ인가 등이 취소된 경우

2. 이 법 또는 다른 법률에 따른 허가ㆍ인가 등에 의한 개발ㆍ이용기간이 끝난 경우

3. 지하수의 개발ㆍ이용을 위하여 굴착한 장소에서 지하수가 채취되지 아니한 경우

4. 수질불량으로 지하수를 개발ㆍ이용할 수 없는 경우

5. 지하수의 개발ㆍ이용을 종료한 경우

6. 제8조의2에 따라 신고의 효력이 상실된 경우

7. 제9조의4에 따라 신고를 하고 토지를 굴착한 경우로서 같은 조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 종료한 경우

8. 그 밖에 원상복구가 필요한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(4) 먹는물관리법 제9조(샘물 또는 염지하수의 개발허가 등) ① 대통령령으로 정하는 규모 이상의 샘물 또는 염지하수(이하 “샘물등”이라 한다)를 개발하려는 자는 환경부령으로 정하는 바에 따라 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다. 제13조(환경영향조사) ① 제9조에 따라 샘물등의 개발허가를 받으려는 자 중 먹는샘물등의 제조업을 하려는 자와 그 밖에 1일 취수능력이 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 규모의 샘물등을 개발하려는 자는 샘물등의 개발로 주변 환경에 미치는 영향과 주변 환경으로부터 발생하는 해로운 영향을 예측ㆍ분석하여 이를 줄일 수 있는 방안에 관한 환경영향조사를 실시하여야 하며, 조사서를 작성하여 제9조에 따라 허가를 신청할 때에 시ㆍ도지사에게 제출하여야 한다.

(5) 먹는물관리법 시행령 (2018.1.16. 대통령령 제28584호로 일부개정된 것) 제3조(샘물 또는 염지하수의 개발허가 대상) ① 법 제9조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 규모 이상의 샘물 또는 염지하수(이하 "샘물등"이라 한다)를 개발하려는 자”란 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 법 제21조 제1항에 따라 먹는샘물 또는 먹는염지하수(이하 “먹는샘물등”이라 한다)의 제조업을 하려는 자[식품위생법 제7조제1항에 따라 식품의약품안전처장이 고시한 식품의 기준과 규격 중 음료류에 해당하는 식품(이하 “음료류”라 한다)을 제조하기 위하여 먹는샘물등의 제조설비를 사용하는 자를 포함한다]

2. 1일 취수능력 300톤 이상의 샘물등[원수(原水)의 일부를 음료류ㆍ주류 등의 원료로 사용하는 샘물등을 말한다. 이하 “기타샘물”이라 한다]을 개발하려는 자

원본 출처 (국세법령정보시스템)