[요지]
① 이 건 2차 경정청구에 포함된 이 건 토지의 취득세 등에 대한 경정청구 주장은 이 건 1차 경정청구와 동일한 내용으로 사실상 중복된 경정청구에 해당된다 할 것이므로 이에 대한 거부통지를 받았다 하더라도 이는 본안심리대상에 해당되지 않는다고 판단됨, ② 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 분양할 당시 그 수분양자들이산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5, 같은 법 시행령 제6조 제1항 및 제36조의4의 규정에 의한 입주자격을 갖춘 개인 또는 업체에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 취득세 등을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨.
[참조결정] 조심2008서1330 / 국심2006서0378
[주 문] OOO시장이 2022.8.22. 청구법인에게 한 취득세 등 OOO원의 경정청구 거부처분 중
1. 청구법인이 2019.3.6. 취득한 OOO㎡의 취득세 등에 대한 심판청구는 이를 각하하고,
2. 청구법인이 2020.7.20. OOO토지에 신축한 지식산업센터용 건축물 OOO㎡의 취득세 등에 대한 심판청구는 그 수분양자들이산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5, 같은 법 시행령 제6조 및 제36조의4 규정에 의한 입주자격을 갖춘 개인 또는 업체에 해당되는지 여부를 재조사하여, 그에 해당하는 경우해당 건축물을지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제58조의2 제1항 제1호에 따른 취득세 감면 대상으로 보아 그 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 지식산업센터의 입주자격(입주대상 업종)을 갖춘 수분양자들에게 쟁점부동산(사업시설용 305개호)에 대한 분양계약을 체결하였을 뿐만 아니라 그 분양계약서에 지식산업센터에 입주 및 지정용도에 부적합한 업종으로 변경하여 입주하는 하거나 지식산업센터의 입주시설이 아닌 용도로 지식산업센터를 활용하는 행위를 하는 경우 그 계약을 취소 또는 해제할 수 있다는 특약 사항을 명시한 후 수분양자들로부터 이에 대한 자필확약서를 받는 등 쟁점부동산을 지식산업센터의 사업시설용으로 분양하기 위한 모든 절차를 이행하였으므로 쟁점부동산은 지식산업센터를 설립하는 자인 청구법인이 지식산업센터의 사업시설로 분양 또는 임대하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산으로지방세특례제한법제58조의2 제1항 제1호에 따른 취득세 감면(100분의 35) 대상이라 할 것이다.
(2) 설령, 쟁점부동산을 분양받은 수분양자들이 쟁점부동산을 지식산업센터의 사업시설용의 용도로 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하거나 임대하고 있다고 하더라도 분양자 겸 사업시행자인 청구법인에게 그 책임을 물어 쟁점부동산에 대한 취득세를 감면하지 않는 것은 부당 결부라 할 것이므로 처분청이 이 건 2차 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다.
(1) 납세의무자가 경정청구기간 내라고 하여 언제든지 과세관청에 동일한 경정청구를 다시 할 수 있다고 한다면, 결과적으로 경정청구거부처분에 대한 불복청구기간(처분일부터 90일)이 경정청구기간으로 연장되는 것과 같게 되어 불복청구기간을 단기의 불변기간으로 규정하고 있는 취지에 반하게 되는 것인바, 청구법인의 경우 이 건 토지에 대하여 2019.6.5. 이 건 1차 경정청구를 하고, 그에 대한 불복기간(90일)이 경과한 후 다시 1차 경정청구와 사실상 동일한 취지로 2022.6.10. 이 건 2차 경정청구를 하여 처분청으로부터 거부처분을 받았는바, 이 건 토지에 대한 심판청구는 부적법하다고 판단된다.
(2) 지식산업센터의 설립자가 분양계약 체결 당시 입주가 불가능한 업종을 영위하는 자와 분양계약을 체결한 경우 및 수분양자가 분양계약 체결 이후 임대업으로 변경하거나 직접 사용하지 않고 임대하는 경우에는 감면한 취득세를 추징하는 것이 타당하다 할 것(행정안전부 지방세특례제도과-789, 2020.4.8.)이고, 청구법인도 이에 따라 2019.6.5. 1차 경정청구를 하면서 이 건 토지 중 수분양자들이 실제로 사업시설로 사용(예정)하는 부분에 대하여만 취득세 등의 경정청구를 하였음을 알 수 있다.
(3) 이 건 지식산업센터의 분양계약서 등에서 청구법인(지식산업센터의 설립자)이 지식산업센터의 입주자격을 갖춘 자에게 사업 시설로 직접 사용할 것을 조건으로 분양하였다는 사실이 확인되나, 그 매매(분양)계약은 청구법인과 수분양자들 간의 사법상 계약에 불과한 것이어서 언제든 위배될 여지가 있고, 이 건 지식산업센터의 수 분양자들 중 상당수가 분양받은 지식산업센터를 사업시설로 직접 사용하지 않고 임대하거나 지식산업센터의 입주지정 업종이 아닌 업종에 사용하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 이 건 2차 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 이 건 2차 경정청구 거부처분 중 토지 부분에 대한 심판청구가 부적법한 청구에 해당되는지 여부
② 쟁점부동산을지방세특례제한법제58조의2 제1항 제1호에서 규정하고 있는 지식산업센터의 사업시설로 보아 취득세의 100분의 35를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청은 2018.8.28. 청구법인을 사업시행자로 하여 아래 ＜표1＞과 같이 이 건 지식산업센터의 설립을 승인하였다. ＜표1＞ 이 건 지식산업센터 설립 승인 현황 (단위: ㎡) (나) 청구법인은 2019.3.6. OOO로부터 이 건 토지를 취득한 후 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고지방세법제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다. (다) 청구법인은 2019.6.5. 이 건 토지 OOO㎡중 OOO㎡(69.33%)를 지식산업센터의 사업시설용으로 분양하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 그 취득세의 100분의 35를 감면하여야 한다는 취지로 이 건 1차 경정청구를 하였다. 처분청은 2019.6.27. 이 건 토지 중 OOO㎡(51.31%)만 지식산업센터의 사업시설용 토지로서 취득세 감면(100분의 35) 대상이라고 보아 청구법인에게 취득세 등 OOO원을 환급하였고, 나머지 부분에 대하여는 거부처분하였으며, 청구법인은 처분청의 거부처분에 대하여 불복청구기간 내에 심판청구 등을 제기하지 않았다. (라) 청구법인은 2020.7.20. 처분청으로부터 이 건 지식산업센터의 사용승인을 받았으며, 처분청은 2020.7.24. 청구법인이 신청한 이 건 지식산업센터의 설립 완료 신고서를 수리하였으며, 그 내용은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 이 건 지식산업센터 설립 완료 신고서 (단위: ㎡) (마) 청구법인은 2020.7.22. 이 건 지식산업센터의 건축물 OOO㎡중 OOO㎡(49.81%)를 사업시설로 하여 취득세 등의 감면신청을 하고 취득세 등 OOO원을 납부하였다. 그 후 청구법인은 2021.1.27. 이 건 지식센터 중 취득세가 감면되는 사업시설의 면적을 토지 OOO㎡과 건축물 OOO㎡(이 건 지식산업센터의 46.59%)로 결정하고, 토지 중 감면 제외분 OOO㎡에 대한 취득세 등 OOO원, 건축물 중 감면 제외분 OOO㎡에 대한 취득세 등 OOO원 합계 OOO원을 수정 신고·납부하였다. (바) 청구법인은 2022.6.10. 이 건 지식산업센터 중 사업시설인 쟁점부동산(토지 OOO㎡, 건축물 OOO㎡)을 지식산업센터의 입주자격을 갖춘 자에게 적법하게 분양하여 지식산업센터의 사업시행자로서 법적 책임과 의무를 다하였으므로 쟁점부동산 전부를지방세특례제한법제58조의2 제1항 제1호에 따른 취득세 감면대상으로 보아야 한다는 취지로 이 건 2차 경정청구를 하였으나 처분청은 2022.8.2. 이를 거부하였다. (사) 한편, 청구법인이 제출한 이 건 지식산업센터의 입주자 모집공고(이하 “이 건 모집공고”라 한다)를 보면, 이 건 지식산업센터의 입주자격 및 입주대상 업종을산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 및 같은 법 시행령 제36조의4의 규정에 의한 입주자격을 갖춘 업체로 한다고 규정하고 있고, 지식산업센터에 입주 및 지정용도에 부적합한 업종으로 변경하여 입주하는 행위와산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항에 따른 입주대상시설이 아닌 용도로 지식산업센터를 활용하거나 입주대상 시설이 아닌 용도로 활용하려는 자에게 지식산업센터의 전부 또는 일부를 양도하는 행위를 계약 취소의 사유로 규정하고 있는 것으로 나타난다. 또한, 이 건 모집공고에 규정된 입주자격과 계약 해제에 대한 사항은 이 건 지식산업센터의 분양계약서에도 거의 동일하게 명시되어 있고, 그 아래에는 위와 같은 사항을 인지하였다는 수분양자들의 서명과 날인이 기재되어 있다. (아) 처분청은 청구법인의 이 건 1·2차 경정청구에 대해 이 건 지식산업센터의 사용 현황 등을 확인하여 그 수분양자가 지식산업센터의 입주대상 업종에 직접 사용하는 경우에 한해 취득세 감면 대상으로 보아 경정청구를 인용하거나 거부한 것으로 보인다.
(3) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가)지방세기본법제50조 제1항에서 지방세관계법에 따라 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 최초신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다고 규정하면서 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때를 각 호의 하나로 규정하고 있고, 같은 법 제89조 제1항에서 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 납세의무자가 과세관청으로부터 경정청구에 대한 거부처분을 받은 경우 거부처분에 대한 불복절차를 이행하지 아니하고지방세기본법상 경정청구기간 내라고 하여 언제든지 과세관청에 동일한 경정청구를 다시 할 수 있다고 한다면 결과적으로 경정청구거부처분에 대한 불복청구기간(처분일로부터 90일)이 경정청구기간(법정신고기한으로부터 5년)으로 연장되는 것과 같게 되어지방세기본법이 불복청구기간을 단기의 불변기간으로 규정하고 있는 취지에 반하게 되는 점, 이미 경정청구거부처분에 대하여 불복을 한 납세의무자가 다시 동일한 취지의 경정청구를 할 수 있게 됨으로써 양 절차가 중복 진행되어 처분에 대한 불복제도와 경정청구제도의 기능이 중첩적으로 작용하여 상호 충돌될 소지가 있는 점, 경정청구기간 내라고 하더라도 납세의무자가 이미 과세관청에 자신이 신고한 과세표준과 세액에 대하여 경정청구를 하여 과세관청으로부터 그에 대한 경정청구거부처분을 이미 받은 경우에는 당초의 경정청구와 동일한 취지의 경정청구를 다시 할 수 없고, 경정청구거부처분에 대한 불복절차를 통하여 그 과세표준과 세액을 다투어야 한다고 하는 것이 처분에 대한 불복제도와 함께 경정청구제도를 규정하고 있는국세기본법에 대한 체계적 해석 및 법규의 합목적적 해석에 부합하는 점(국심 2006서378, 2006.9.1. 국세심판관합동회의 ; 조심 2008서1330, 2008.10.31. 같은 뜻임) 등에 비추어 청구법인은 이 건 토지에 대하여 2019.6.5. 이 건 1차 경정청구를 하여 일부 환급(인용) 결정을 받은 후, 그 거부처분을 받은 부분에 대하여는 별도의 불복청구를 하지 아니한 채 2022.1.27. 이 건 1차 경정청구와 동일한 취지로 이 건 2차 경정청구를 하였다가 2022.8.22. 처분청으로부터 거부처분을 받았는바, 이 건 2차 경정청구에 포함된 이 건 토지의 취득세 등에 대한 경정청구 주장은 이 건 1차 경정청구와 동일한 내용으로 사실상 중복된 경정청구에 해당된다 할 것이므로 이에 대한 거부통지를 받았다 하더라도 이는 본안심리대상에 해당되지 않는다고 판단된다.
(4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가)지방세특례제한법제58조의2 제1항 제1호에서 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하여산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업시설용으로 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 35를 경감하되, 그 단서 및 나목에서 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에서는 지식산업센터에 입주할 수 있는 사업시설을 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업 등을 운영하기 위한 시설과벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업을 운영하기 위한 시설 등으로 규정하고 있다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 제출한 이 건 모집공고를 보면, 이 건 지식산업센터를산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 및 같은 법 시행령 제36조의4 규정에 의한 입주자격을 갖춘 업체에게 분양하고 그 수분양자들이 이를 입주대상 시설이 아닌 용도로 사용(임대 포함)하는 경우 그 계약을 취소(해제)할 수 있다고 기재되어 있으므로 이 건 모집공고에 이 건 지식산업센터를 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법령에 따른 입주자격을 갖춘 업체에게만 분양하는 것으로 기재되어 있으므로 청구법인이 이 건 모집공고에 따라 입주자격을 갖춘 개인 또는 업체에게 이 건 지식산업센터를 분양한 경우라면 그 후 수분양자들이 지식산업센터의 사업시설용으로 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하거나 임대하였다고 하여 이미 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 이 건 지식산업센터의 신축과 분양에 대한 청구법인의 책임과 한계를 넘어서는 것으로 볼 수 있다. (다) 다만, 이 건 부동산의 수분양자들 중에는 지식산업센터의 입주자격을 갖추지 않은 개인 또는 업체도 있는 것으로 보이므로 만일 청구법인이 쟁점부동산 중 그 일부를 지식산업센터에 입주할 수 없는 개인 또는 업체에게 분양한 것이라면 이는지방세특례제한법제58조의2 제1항 제1호에 따른 취득세 감면 대상에 해당되지 않는다고 보는 것이 타당하다 할 것이다(대법원 2018.4.10. 선고 2017두74085 판결 같은 뜻임). 따라서, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 분양할 당시 그 수분양자들이산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5, 같은 법 시행령 제6조 제1항 및 제36조의4의 규정에 의한 입주자격을 갖춘 개인 또는 업체에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 취득세 등을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 일부 이유 있으므로지방세기본법제96조 제6항,국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제1호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세기본법 제50조[경정 등의 청구] ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 제89조[청구대상] ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다.
(2) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정된 것) 제58조의2[지식산업센터 등에 대한 감면] ①산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2019년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.(각 목 생략)
② 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 2019년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5[지식산업센터에의 입주] ① 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설은 다음 각 호의 시설로 한다.
1. 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 운영하기 위한 시설 2.벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업을 운영하기 위한 시설
3. 그 밖에 입주업체의 생산 활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설
② 제1항 제1호에 따라 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설의 범위 및 규모는 대통령령으로 정한다.
(4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제6조[산업단지의 입주자격] ① 법 제2조 제18호 및 제19호에서 “대통령령으로 정하는 자격”이란 다음 각 호의 자격을 말한다.
1. 해당 산업단지의 관리기본계획에 따른 입주대상산업 및 시설 또는 입주기업체의 사업지원에 필요한 사업일 것
2. 해당 사업의 시행을 위하여 관련 법규에 따른 인가ㆍ허가 등을 받았거나 받을 수 있을 것
② 법 제2조 제18호에서 “지식산업”이란 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 산업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다.
1. 한국표준산업분류에 따른 연구개발업 2.고등교육법제25조 에 따른 연구소의 연구개발업
4. 건축기술, 엔지니어링 및 그 밖의 과학기술서비스업
5. 광고물 작성업
6. 영화, 비디오물 및 방송프로그램 제작업(이하 생략)
③ 법 제2조 제18호에서 “정보통신산업”이란 정보의 수집ㆍ가공ㆍ저장ㆍ검색ㆍ송신ㆍ수신 및 그 활용과 이에 관련되는 기기ㆍ기술ㆍ역무, 그 밖에 정보화를 촉진하기 위한 산업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다.
1. 컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업
2. 소프트웨어 개발 및 공급업
3. 자료처리, 호스팅(서버 대여, 운영 등의 서비스를 말한다) 및 관련 서비스업
4. 데이터베이스 및 온라인 정보제공업
5. 전기 통신업 제36조의4[지식산업센터에의 입주] ① 법 제28조의5 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사업”이란 다음 각 호의 사업을 말한다.
1. 제6조 제2항 및 같은 조 제3항에 따른 지식산업 및 정보통신산업
2. 그 밖에 특정 산업의 집단화와 지역경제의 발전을 위하여 다음 각 목의 구분에 따라 지식산업센터에의 입주가 필요하다고 인정하는 사업