이 건 토지 취득 후 감면 유예기간(3년) 내에 해당 목적으로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

[주 문] 경기도 안산시장(단원구청장)이 2022.8.1. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012.5.11.부터 2016.3.4.까지 9차례에 걸쳐 경기도 안산시 OOO토지 20,704.4㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 A로부터 연부로 취득하고, 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항(이하 “이 건 감면규정”이라 한다) 및 같은 법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제25조(이하 “부칙규정”이라 한다) 규정에 따라 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 감면 신청하여 취득세 등을 경감 받았다.
• 나. 이후, 처분청은 2022.8.1. 청구법인에 대한 경기도 지방세 합동조사 결과 청구법인이 이 건 토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것을 확인하고, 기 면제한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세등”이라 한다)을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.10.21. 심판청구를 제기하였다

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 반도체 등 제조를 위한 첨단장비 및 설비의 구성부품인 기타 비철금속 가공품 등을 제조하는 회사로 사업이 성장함에 따라 협소하고 낙후된 제조시설인 종전공장(2곳)에서 단일공장으로 운영하기 위하여 이 건 토지를 취득하였으나, 이 건 토지를 취득한 후 청구법인의 협력회사인 ㈜B(이하 “B”라 한다)가 이 건 토지와 인접한 해양매립 공장용지인 경기도 안산시 OOO를 분양받아 공장준공 후 2년이 경과된 시점부터 공장바닥이 지반침하로 인하여 안전성 문제가 발생했다는 정보를 입수하여 그 문제점을 모니터링하게 되었고, 이에 이 건 토지의 지반침하를 예방하기 위해서는 공장건축 전에 상당기간의 자연상태의 안정화로 더 단단한 부지로 안정화시키는 것이 필수적으로 필요하다는 ㈜C(이하 “ 이 건 건축사사무소”라 한다)의 의견에 따라 이 건 토지에 대하여 자연상태의 안정화 시간을 갖게 되었다. 청구법인은 이 건 토지의 취득일부터 1년 후의 2017.3월경 이 건 건축사무소와 건축설계 및 감리 계약을 체결하여 공장신축설계를 진행하였는데, 이때에도 이 건 토지를 정상적으로 사용하기 위해서는 지속적인 지반 안정화가 필요하다는 이 건 건축사사무소의 의견에 따라 약 1년의 시간을 두고 설계를 진행하였고, 감면 유예기간 내에 준공을 하기 위해 2018.3월 추가 지반조사를 실시하여 이 건 건축사사무소의 의견에 따라 한층 강화된 조밀한 파일타공이 필요한바 2018.4월 설계 도면을 완성한 후 건설사 선정을 위한 입찰을 진행하여 ㈜D(이하 “쟁점시공사”라 한다)으로 선정하였으며, 2018.6월 처분청에 건축허가를 받아 2018.7월 착공신고를 하여 공사를 진행하였으나, 2018.10월 청구법인의 인천광역시 남동공단 소재의 종전공장(이하 “종전공장”이라 한다)을 이 건 토지상의 공장(이하 “신축공장”이라 한다)으로 이전함에 따라 현재 근무 중인 공장의 고급인력을 상당수 유출을 우려하여 원활한 인력수급을 위해 이 건 토지상에 기숙사(복지동) 등의 필요성이 대두되어 당초 설계를 변경하여 공사기간이 증가되었다. 이에 청구법인은 처분청의 담당자에게 추징에 관해 문의한 결과 ‘유예기간 내에 공사를 착공하고 실질적인 공사의 끊임없이 지속하여 준공한다면 유예기간이 경과하여도 정당한 사유로 본다.’는 대법원의 판례, 행안부 유권해석 등이 있는 것으로 보여, 청구법인은 이러한 해석 사례에 비추어 정당한 사유에 해당된다고 보아 공장동과 복지동을 별도로 구분하지 아니하고 전체 한 단위로 준공검사를 하기로 하였다. 청구법인은 건물별 공사기간을 구분 조정없이 공장동 건축공사와는 별도로 2018.12월부터 복지동을 추가공사를 진행하였고, 구조의 안전성 추가 확보를 위하여 구조강화와 건물의 위치를 변경하는 2차 설계변경허가를 받아 지속적으로 공사를 진행하였으므로, 공정표상으로 이 건 토지상의 공장동 대부분은 2019년 2월 중 공사가 완료되고 있었으며, 추가된 복지동의 증축공사를 진행함에 따라 2019년 5월 공장동 및 복지동의 전체공사를 사실상 종료하고 2019년 9월 사용승인을 득하였고, 종전공장을 이 건 토지로 이전하여 현재 사용 중에 있다. 요컨대 청구법인은 다수의 대법원 판례 등에 따라 이 건 토지상에 신축공장을 건설하기 위하여 꾸준히 일련의 건축과정을 진행하였으며, 처분청에서 2018년 10월 이 건 토지에 현지 출장한 당시 청구법인과 같이 지속적으로 공사를 하여 준공하는 경우 감면받은 취득세가 추징되지 않는다고 하였다. 청구법인은 처분청의 이러한 의견에 따라 공장동에 대한 부분 준공을 진행하지 아니하였던 것으로, 이렇듯 처분청에서 이 건 토지상의 공사진행 과정에서 감면 유예기간 내에 준공하지 아니한 정상적인 이유로 판단하여 감면을 인정하였음에도 감면 유예기간(3년)이 지난 후에 이 건 취득세를 부과한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 이 건 토지가 해양 매립지로 지반침하가 예상되어 이 건 건축사사무소에 자문을 받아 2016년 3월〜2017년 3월까지 처음 1년간은 자연 안정화 방법으로 착공하지 아니하였으며, 2017.3.15. 청구법인에게 이 건 토지의 여건으로는 신축공장의 지내력 확보가 아직 불투명하므로 최초 계획보다 보강된 파일공사를 통해 대지 지내력을 확보하여 건축하여야 한다는 의견을 회신하였고, 2018년 3월에도 이 건 건축사사무소는 비슷한 의견을 회신하였는데, 이 건 건축사사무소의 회신에 따르면 청구법인은 2017년 3월부터 이 건 토지상에 보강된 파일공사로 신축공장의 건축이 가능한 것으로 보이며, 청구법인이 설계변경 등의 사유가 발생하지 않았다면 신축공장기간이 약 7개월임을 감안할 때 2017.3월에 착공 하였다면 감면 유예기간 내에 직접 사용이 가능한 것으로 보이는 점, 청구법인은 종전공장에서 신축공장으로 이전 시 고급인력 등이 유출될 것을 우려하여 신축공장에 대한 기숙사 등을 증축하는 건축허가를 변경(1차)하였다고 주장하나, 당초 청구법인이 이 건 토지를 취득한 목적이 청구법인이 종전공장에서 신축공장으로 이전하여 단일공장을 운영하기 위함으로 이는 사전에 예정되어 있던 장애 사유이며, 이 건 토지를 취득할 때 이미 사실상의 장애 사유를 알고 있었고, 이 건 토지를 해당 목적으로 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용치 못한 정당한 사유가 될 수 없다(대법원 2002.4.26. 선고 2000두10038 판결 참조)고 할 것인 점, 처분청에서 2018.10.24. 이 건 토지에 현지 출장하여 청구법인과 면담한 것은 감면 추징사례 등 일반적인 상담행위에 불과하고, 이를 처분청의 공적인 견해표명으로 볼 수 없다고 할 것인 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청에서 청구법인이 이 건 토지 취득 후 감면 유예기간(3년) 내에 해당 목적으로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건 토지 취득 후 감면 유예기간(3년) 내에 해당 목적으로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 별률: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 2012.5.11. A와 이 건 토지 분양을 위하여 작성한 계약문서는 입주(계약)계약서, 추가약정서로 이루어져 있고, 이에 따르면 계약체결 이후 일체의 공법상의 부담은 청구법인이 부담하며(제9조) 매입한 용지가 연약지반인 경우 건축시 입주자가 별도의 지반조사 및 기초공사 등 필요한 조치를 하여 사용한다(제23조 제2항)는 등의 내용이 확인된다. (나) 청구법인은 이 건 토지를 연부로 취득한 후, 유예기간 이내에 산업용 건축물을 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다는 다음과 같은 증거자료를 제출하였다.

1. 청구법인이 2016.6.14. 작성한 내부보고 문건을 보면, 이 건 토지 인근에서 공장을 건립하여 사용중이던 B의 공장동 지반침하 사실을 입수한 후 이 건 토지상에 신축공장 건축공사 시 지반 안정화에 대한 면밀한 검토가 필요하고, 이 건 건축사사무소에 지반에 대한 검토를 의뢰할 계획이라고 기재되어 있고, 이 건 건축사사무소는 2016.7.22. 청구법인에게 이 건 토지가 해양매립지이므로 실질적인 지반침하가 매우 우려되는바, 상당기간(최소 1년 이상)의 자연안정화가 필요하다는 의견을 제시하면서, 인근 동일한 해양매립지에서 공장건설을 진행한 몇몇 회사의 경우 공장 준공 후 바닥의 지반침하 현상이 다수 확인되고 있는바, 지반 안정화가 적정히 이루어져야 하자발생을 사전에 예방할 수 있다고 회신하였다.

2. 청구법인은 2017.3.7. 이 건 토지에 이 건 건축사사무소와 건축물의 설계 및 공사감리 계약을 체결하였다.

3. 청구법인은 2017.3.15. 이 건 건축사사무소로부터 이 건 토지의 여건으로는 신축공장의 지내력 확보가 아직 불투명하므로 최초 계획보다 보강된 파일공사를 통해 대지 지내력을 확보하여 건축하여야 한다는 의견을 회신하였다.

4. ㈜E(이하 “E”이라 한다)은 2018년 3월 이 건 토지에 대한 지반조사를 수행하였으며, 이 건 건축사사무소는 2018.4.3. 청구법인에게 이 건 토지에 대하여 2년 가까이 자연안정화를 유도하였음에도 지내력 확보가 어려워 부득이 보강된 파일공사를 통해 지내력을 확보하여 건축물의 구조 안정화가 이루어질 수 있도록 할 수밖에 없음을 회신하였다.

5. 청구법인은 2018.4.19. 처분청(건축과)에게 이 건 토지상에 신축공장에 대한 건축허가를 신청하여, 처분청(건축과)은 2018.6.26. 이를 허가 하였고, 2018.7.12. 착공신고필증을 교부하였으며, 그 세부 내용은 다음과 같다. ＜표1＞ 착공신고필증 OOO

6. 청구법인은 2018.4.25. 이 건 토지상에 신축공장 건축공사와 관련하여 입찰설명회를 개최하였으며, 2018년 6월 쟁점시공사와 도급계약(착공년월일 2018.7.1., 사용승인예정일 2019.1.31.)을 체결하였다.

7. 청구법인은 2018.6.15. 종전공장에서 신축공장으로 이전에 따른 인력수급 대책의 일환으로 이 건 토지상에 기숙사(복지동)을 추가 신축하기로 하고, 2018.9.28. 처분청(건축과)에 건축허가 사항을 변경허가를 받았다. ＜표2＞ 건축허가사항변경 OOO

8. 청구법인은 당초 공장동 건축은 유예기간(2019.3.3.) 이내에 신축공사가 완료될 것으로 예상하였으나, ＜표2＞와 같이 복지동 등이 추가되어 유예기간 이내에 사용승인이 불가능하다고 보아 처분청에 이 건 토지 감면 추징 여부에 대하여 문의한 후 다음과 같은 보고서를 작성하였다. OOO

9. 청구법인은 공장신축과 관련한 사진을 다음과 같이 제출하였다. OOO

10. 청구법인은 2019.9.11. 처분청(건축과)으로부터 이 건 토지상에 공장동, 복지동 등 전체 연면적 14,073.47㎡에 대한 사용승인을 받았다. (다) 처분청이 제출한 2018.10.24. 및 2019.2.18. 2차례에 걸친 현지확인서에 의하면, 2018.10.24. 복명서에 의하면, 공사가 진행 중이고 예정준공일은 2019.2월이나 계절(겨울)적 영향으로 2019.6월로 준공이 다소 연기될 가능성을 청구법인과 면담하였다는 내용이, 2019.2.18. 복명서에는 현재 공사가 진행중이며 추후 완공여부 및 사업계속 확인 후 추징여부를 결정한다는 내용이 각각 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 이 건 감면규정 및 부칙규정에 따라 지정된 산업단지등에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산 등에 대해서는 2017년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있고, 정당한 사유의 유무는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다. 처분청은 청구법인이 이 건 토지 취득 후 2년이 경과한 후에야 보강된 파일공사방식으로 공장동 건축물을 착공하였는데 청구법인이 애당초 보강된 파일방식으로 공장동 신축을 시작하였다면 유예기간 내에 직접 사용이 가능하였을 것이고, 복지동 설계변경으로 인한 공사기간 연장은 청구법인이 이 건 토지 취득 당시부터 존재했던 장애사유로서 정당한 사유가 될 수 없다는 의견이나, 지방세법제106조 제3항 사목 및 같은 법 시행령 제102조 제7항 제1호에서 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률에 따라 매립하거나 간척한 토지로서 공사준공인가일(공사준공인가일 전에 사용승낙이나 허가를 받은 경우에는 사용승낙일 또는 허가일을 말한다)부터 4년이 지나지 아니한 토지를 분리과세 대상이라는 규정을 두고 있는데, 이는 간척한 토지는 즉시 사용하기 쉽지 않아 토지의 원활한 사용 등을 위한 최소한의 안정화 기간을 고려한 규정인 점을 감안하여 볼 때 이 건 토지가 공유수면을 매립하여 조성한 토지라서 지반침하를 우려하여 청구법인이 자연안정화 기간을 위해 취한 조치를 두고 청구법인이 이 건 토지를 방치하였다고 보기는 어려운 점, 실제로 인근 공장에서 청구법인이 걱정한 지반침하로 인해 안전성 문제가 발생한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 반도체 제조를 위한 비철금속 가공품 등을 제조하는 업체로 중장비 하중으로 인한 지반변형을 고려할 수밖에 없는 점 등에 비추어 청구법인이 지내력을 확보하기 위해 자연안정화 기간이 필요하였다는 청구법인의 주장은 합리적이고 수긍이 간다. 이후 청구법인은 유예기간 이내인 2018년 7월경 이 건 토지에 보강된 파일공사방식으로 공장용 건축물 등의 건축공사에 착공한 후 지속적으로 공사를 실시하여 2019.9.11. 처분청으로부터 사용승인을 받아 공장용 건축물 등으로 사용하고 있는 것으로 보아 청구법인은 유예기간이 경과할 무렵 상당히 건축공사를 진행한 것으로 보이는 점, 청구법인은 복지동 등의 추가 건설로 인한 설계변경 등으로 공사기간이 늘어날 수밖에 없는 상황에서 유예기간을 초과할 경우 발생되는 문제에 대하여 미리 처분청에 문의하였는데 처분청은 건축공사를 지속적으로 실시하여 준공한다면 정당한 사유에 해당한다고 안내한 점 등에 비추어 청구법인은 유예기간 내에 이 건 토지를 직접 사용하기 위해 진지한 노력을 다 하였으나 시간이 부족하여 부득이하게 유예기간 내에 공장신축을 완료하지 못한 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 (법률 제12955호, 2014.12.31. 일부개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세특례제한법 (법률 제12955호, 2014.12.31. 일부개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 부칙 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.