[요지]
① 지특법 제180조는 “동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다”고 규정하고 있으므로, 감면 규정에 해당하는 쟁점특례조항과 쟁점감면조항을 중복으로 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨. ② 지특법에 적용되는 행전안전부 예규(지방세특례제도과 249, 2020.2.6.)에 따르면 쟁점특례조항도 감면의 일종으로 보고 있으므로, 비과세관행이 성립하였다고 보기도 어렵다고 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점감면조항과 쟁점특례조항을 중복 적용하는 것은 중복감면에 해당하지 않는다. 쟁점특례조항은 부동산의 성격에 따라 표준세율 또는 중과세율을 적용하도록 선택하는 규정일 뿐 이미 정해진 중과세율을 표준세율로 경감하는 규정이 아니고 법 체계상 감면 항목에도 속하지 않으며 기획재정부에서는 “지방세법 중 중과세 대상이 조세특례제한법에 의하여 일반세율로 과세되는 경우에는 농어촌특별세 과세대상인 ‘감면’에 해당하지 않는다”고 해석하여 감면과 중과세 배제를 구분하였는바, 쟁점감면조항과 쟁점특례조항을 모두 적용하는 것은 중복감면으로 볼 수 없다.
(2) 지식산업센터를 신축하는 프로젝트금융투자회사는 구조세특례제한법 제120조 제4항에 따라 세액감면 및 중과세 배제를 모두 적용받아왔고, 청구법인은 이러한 과세실무와 기획재정부의 기존 해석을 신뢰하여 쟁점부동산 취득세 신고를 이행하였다. 그런데 위 규정이 쟁점특례조항인 지특법 제180조의2 제1항 제1호로 이관됨에 따라 기존 해석과 달리 쟁점감면조항과 쟁점특례조항이 중복감면에 해당한다는 행전안전부의 해석을 근거로 이 건 처분을 하였는바, 이는 소급과세금지원칙에 위배된다.
(1) 쟁점감면조항과 쟁점특례조항의 중복 적용은 중복감면에 해당한다. 지특법 제2조 제1항 제6호에서는 “지방세 특례”란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다고 규정하고 있는데, 이들은 모두 납세자가 납부하여야 하는 세액을 감소시키는 것으로 넓은 의미에서의 감면에 해당하고 지방세 감면과 중과세 배제는 납세자의 입장에서 사실상 이중혜택이므로 그 중 높은 것 하나만 적용하는 것이 중복감면 배제 규정의 입법 취지에 부합한다.
(2) 청구법인은 쟁점부동산을 신축한 2017년에 취득세 납세의무가 성립하였는바, 이는 프로젝트금융투자회사에 대한 중과세 배제 특례 규정이 조세특례제한법에서 지특법으로 이관되어 개정된 이후이다. 개정 전 종전 법령을 해석한 사례를 근거로 법 개정 이후에도 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것은 정당한 신뢰로 볼 수 없으므로, 이 사건 처분은 소급과세금지원칙에 위배된다고 볼 수 없다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점특례조항과 쟁점감면조항을 동시에 적용하여 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부
② 이 건 처분은 소급과세 금지원칙에 반한 것이라는 청구주장의 당부
(1) 청구법인은 2017.5.8. 처분청에 쟁점부동산 취득과 관련하여 쟁점감면조항과 쟁점특례조항을 중복으로 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였으나, 처분청은 2022.2.10. 쟁점감면조항과 쟁점특례조항을 중복으로 적용한 것은 중복감면에 해당한다고 보아 지특법 제180조에 따라 쟁점특례조항만 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 부과고지하였다.
(2) 기획재정부 조세지출예산과-190, 2007.3.27. 예규에 따르면,조세특례제한법제119조 제7항은 투자회사 등이 2006.12.31.까지 등기하는 경우 지방세법제138조 제1항의 중과세율을 적용하지 않는다고 규정을 두고 있었는데, 지방세법상 중과세 대상이 조세특례제한법에 의하여 일반세율로 과세되는 경우에는 농어촌특별법제2조 제1항에 따른 감면에 해당하지 않는다고 해석하여, 지방세 감면과 중과세 배제는 명백히 구분된다고 판단한바 있다.
(3) 행전안전부 지방세특례제도과 249, 2020.2.6. 예규에 의하면, 감면의 사전적 의미는 매겨야 할 부담 따위를 덜어주거나 면제한다는 것으로서 쟁점특례조항은 원칙적으로 법률에 의해 부담하여야 할 중과세율을 예외적으로 그 적용을 배제하도록 한 특례규정에 해당하여 납세자의 부담을 덜어주는 결과가 되므로 감면의 범주에 속한다고 해석하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특례조항은 감면규정으로 볼 수 없으므로, 쟁점감면조항과 중복으로 적용하여 취득세 등을 부과하여야 한다고 주장하나, 지특법 제2조 제1항 제6호에서 “지방세 특례”란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제 포함) 등을 말한다고 규정하고 있고, 지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제를 모두 “지방세 감면”으로 통칭하고 있으며, 제2장은 “감면”이라는 표제 하에 세액감면 뿐만 아니라 중과세율 적용 배제에 관한 규정들 등도 다수 규정하고 있는 등 중과세율 배제에 관한 규정은 ‘감면규정’에 해당한다고 할 것(서울행정법원 2022.2.11. 선고 2021구합68360 판결, 같은 뜻임)이다. 또한, 지특법 제180조는 “동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다”고 규정하고 있으므로, 감면 규정에 해당하는 쟁점특례조항과 쟁점감면조항을 중복으로 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 이 건 처분이 소급과세 금지원칙에 위반된다고 주장하나, 소급과세 금지원칙이란 조세법령의 시행 이전에 종결된 사실에 소급하여 신법을 적용하는 것을 금지한다는 것을 의미하므로(대법원 2001.9.14. 선고 2000두406 판결 등 다수, 같은 뜻임), 이 사건과 같이 프로젝트금융투자회사에 대한 중과세 배제 특례 규정이 조세특례제한법에서 지특법으로 이관되는 내용으로 법 개정이 이루어져 2015.1.1. 신법의 효력이 발생한 뒤인 2017.4.27. 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 경우에는 당연히 신법이 적용되는 것이므로 소급과세 금지원칙에 위반될 여지가 없다고 할 것이다. 설령 청구주장을 비과세관행이 성립하였다는 취지로 선해하더라도, 비과세관행이라 함은 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 의미하고, 그와 같은 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떠한 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하는바(대법원 2009.12.24. 선고 2008두15350 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 제시하고 있는 예규는 2015.1.1. 법 개정 전 조세특례제한법에 관한 예규(기획재정부 조세지출예산과-190, 2007.3.27.)에 불과하고, 법 개정 이후 이 사건에 적용되는 지특법에 관한 예규로 볼 수 없으며, 오히려 지특법에 적용되는 행전안전부 예규(지방세특례제도과 249, 2020.2.6.)에 따르면 쟁점특례조항도 감면의 일종으로 보고 있으므로, 비과세관행이 성립하였다고 보기도 어렵다 할 것이다. (다) 따라서, 처분청이 쟁점특례조항과 쟁점감면조항을 중복으로 적용할 수 없다고 보아 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률
(1) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
6. "지방세 특례"란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다. 제180조(중복 감면의 배제) 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다. 다만, 제73조, 제74조, 제92조 및 제92조의2의 규정과 다른 규정은 두 개의 감면규정(제73조, 제74조 및 제92조 간에 중복되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다)을 모두 적용할 수 있다. 제180조의2(지방세 중과세율 적용 배제 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산의 취득에 대해서는 지방세법에 따른 취득세를 과세할 때 2018년 12월 31일까지 같은 법 제13조 제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.
3. 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사
(2) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
(3) 지방세특례제한법 부칙(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제10조(지식산업센터에 대한 경감세율 특례) 제58조의2 제1항에 따라 지식산업센터를 설립하는 자가 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업시설용으로 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정규정에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 감면율을 적용한다.
(4) 지방세법(2018.12.31. 법률 제16194호로 개정되기 전의 것) 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 "사원주거용 목적 부동산"이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.
2. 대도시(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설함에 따라 부동산을 취득하는 경우
③ 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다.
(5) 법인세법(2014.1.1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것) 제51조의2(유동화전문회사 등에 대한 소득공제) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익(이하 이 조에서 “배당가능이익”이라 한다)의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액(이하 이 조에서 “배당금액”이라 한다)은 해당 배당을 결의한 잉여금 처분의 대상이 되는 사업연도의 소득금액에서 공제한다.
9. 제1호부터 제8호까지와 유사한 투자회사로서 다음 각 목의 요건을 갖춘 법인일 것
(6) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제13조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 지방세법 제13조 제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.
3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산