청구인들은 쟁점주식을 합병법인에 **억원에 양도하기로 예정되어 있던 상황에서 쟁점주식의 명의개서가 임박하게 되자 합병법인에 쟁점토지만을 선매각하여 줄 것을 요청하였고 이후 합병법인이 부담해야 할 쟁점토지의 취득세 등을 쟁점법인이 부담하기로 하면서까지 쟁점토지만을 선매각하기로 약정 후 40여일만에 쟁점주식을 명의개서한 것으로 나타나는 점, 쟁점법인은 유동자금을 보유하고 있어 각종 경비 등 지출에 문제가 없었고, 쟁점토지 양도대금 명목으로 수령한 금액 중 일부가 퇴직 임직원의 급여 및 퇴직금 등으로 지급되었다 하더라도 쟁점법인의 증권계좌에 다른 명목의 입금액도 있는 것으로 확인되는바, 쟁점토지 양도대금이 쟁점법인의 채무 변제를 위하여 사용되었다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점토지 거래는 청구인들, 이 사건 법인 및 이 사건 합병법인의 필요와 이해관계에 따라 이루어진 것이고, 이 사건 법인은 쟁점토지의 거래당사자로서 매매대금을 수취하고 약정에 따라 취등록세를 부담하였는바, 청구인들을 쟁점토지 거래의 주체로 볼 수 없다. (가) 이 사건 법인은 쟁점주식의 이전 및 정산에 앞서 퇴직금 등 채무 변제를 위한 자금을 마련하기 위하여 쟁점토지를 매각하기로 결정한 후, 쟁점토지 매매계약을 체결하고 양도대금을 수취하였으며, 동시에 쟁점토지의 소유권 이전에 소요되는 비용 등을 모두 부담하였는바, 쟁점토지 매매거래의 당사자이다. (나) 청구인들은 2018.9.4. 이 사건 합병법인에게 쟁점주식을 양도하기로 계약을 체결하면서 주식양수도계약의 이행에 관하여 특약사항(이 사건 합병법인이 이 사건 법인이 보유한 토지를 확보하여 부동산 개발사업을 진행함에 있어 이 사건 법인의 다른 재산상 이해관계로 인해 쟁점주식 양도 이후 각종 분쟁이 발생하는 것을 방지하기 위해 청구인들에게 요청한 것임)으로 ① 이 사건 법인의 모든 채무가 쟁점주식의 이전 및 정산 후 이 사건 주주들에게 이전되어야 하고, ② 이 사건 합병법인은 쟁점주식 매매대금 잔금 중 OOO원의 지급을 주식양수도계약 제6조의 위반사항이 없음이 확인될 때까지 유보하기로 정하였는바, 위 특약사항의 준수를 위하여 청구인들은 주식양수도에 따른 잔금지급 등이 완료되기 이전에 이 사건 법인의 채무를 최대한 정리할 필요가 있었고, 만일 본건 주식양수도가 완료되기 전에 이 사건 법인의 채무를 정리하지 않을 경우 위 채무들은 특약사항에 따라 지분 보유비율대로 이 사건 주주들이 인수해야 하는 상황이었다. (다) 이 사건 법인은 오랜 기간 주력사업으로 영위하였던 화학제품 제조업 및 2016년 주업종이 된 부동산매매업 모두 사업 실적이 극히 부진하여 2000년대 초부터 약 15년 이상 실질적인 사업 수입이 발생하지 아니하였고, 이에 쟁점주식의 이전 및 정산 이전에 정리되어야 하는 임금이나 퇴직금 채무 등 합계 OOO원의 변제에 사용할 수 있는 자금이 현저하게 부족하였다. 청구인들을 포함하여 이 사건 주주들이 총 16명에 달하고, 주주 중 ggg이 법인의 현금성 자금을 사용하는데 강한 불만을 제기하고 있던 상황 등을 고려할 때 채무 이행 절차에 상당한 번거로움이 예상되었는바, 이 사건 법인은 부득이하게 보유하고 있던 토지들 중 변제되어야 하는 채무액에 가장 근접한 시세의 쟁점토지를 먼저 매도하고, 해당 매매대금으로 채무 등을 정산하려 한 것이다. (라) 이에 따라 이 사건 법인은 2019.9.3. 이사회 결의를 통해 쟁점토지를 이 사건 합병법인에 매각하기로 결정하였고, 이 사건 법인은 위 이사회 결의에 따라 2019.9.16. 이 사건 합병법인에게 쟁점토지를 매각하기로 하는 계약을 체결하였으며, 해당 계약을 통해 쟁점토지 거래에서 발생한 취득세 등 지방세는 매도인인 이 사건 법인이 부담하기로 약정하였다. (마) 처분청은 쟁점토지의 매각을 이 사건 법인이 아닌 이 사건 주주들이 결정하였고 취등록세를 포함한 모든 비용을 이 사건 주주들이 부담하였으므로 쟁점토지 거래의 실질적인 주체는 이 사건 주주들이라고 주장하나, 쟁점토지 거래의 계약 명의자는 이 사건 법인이고, 실제 쟁점 토지 매각에 따른 대가 역시 이 사건 법인에 귀속되어 임직원 퇴직금 등 회사 채무 변제에 사용되었으며, 취등록세 등 추가적인 비용 역시 이 사건 주주들이 아니라 이 사건 법인이 부담하였으므로, 처분청 주장은 사실이 아니다. (바) 이 사건 합병법인 역시 부동산 개발사업의 불확실성을 경감하는 차원에서 쟁점토지를 선매입한 것이다. 이 사건 합병법인이 쟁점주식을 양수하기로 한 것은 쟁점토지가 위치한 부산광역시 남구 대연동에서 공동주택을 신축·분양하는 부동산 개발사업을 추진하기 위함이었고, 이 사건 합병법인은 2018.9.4. 이 사건 주주들과 쟁점주식 양수도계약을 체결한 이후 2018.11.27. 쟁점토지를 포함한 부산광역시 남구 대연동 일대에 대연 삼정 그린코아 더 베스트 아파트를 건설하기 위한 사업계획을 신청하였다. 그러나 당초 예상했던 것보다 사업계획 승인이 지연되면서 사업 추진의 불확실성이 우려되는 상황이었고, 이 사건 합병법인이 청구인들로부터 사업추진을 위한 토지사용승낙서를 교부받은 2018.9.4. 이후 8개월이 경과한 날(2019.5.3.)까지 주택건설사업계획 승인을 받지 못하는 경우 청구인들은 주식양수도계약을 해제하고 수십억원에 이르는 계약금을 몰취할 수 있었다. 이러한 상황에서 이 사건 합병법인은 이 사건 법인이 주식양수도계약의 이행을 전제로 쟁점토지를 먼저 매각하는 것을 마다할 이유가 없었다. (사) 이와 같이 쟁점토지 거래는 ① 이 사건 합병법인과 체결한 주식양수도계약의 특약사항을 고려하여 이 사건 법인의 퇴직금 등 채무를 미리 정리함으로써 계약 위반으로 인한 이 사건 합병법인의 잔금 지급 거절이나 퇴직금 및 급여 지급 지연으로 인한 형사처벌 위험을 피하고자 했던 청구인들의 의사, ② 보유한 현금이 없어서 퇴직금 등 채무 변제를 위해서는 쟁점토지를 매각할 수밖에 없었던 이 사건 법인의 상황, ③ 사업부지 중 상당한 비중을 차지하는 쟁점토지를 매수함으로써 추진 중인 부동산 개발사업의 불확실성을 경감하기를 희망하였던 이 사건 합병법인의 이해관계가 일치하여 이루어진 결과일 뿐이고, 해당 거래에는 세금의 회피 등 어떠한 부정한 목적도 개재되어 있지 않았다.
(2) 쟁점토지 매매거래에는 거래의 당사자, 거래의 목적물, 쟁점토지의 소유권 및 대가의 귀속관계 어느 측면에서 보더라도 당사자들이 선택한 거래구조의 외관과 상이한 경제적 실질이 존재하지 않는다. 급여 및 퇴직금 채무는 이 사건 법인의 채무이므로 이 사건 법인이 보유자산인 쟁점토지를 매각하여 채무 변제 재원을 마련한 것 역시 당연하고, 특히 쟁점토지 매각대금은 이 사건 법인 임직원의 급여 및 퇴직금 채무변제에 사용되었을 뿐, 주주인 청구인들에게 귀속(배당)된 바 없으므로 처분청이 재구성한 거래구조는 그 전제부터 잘못되었다. (가) 처분청은 쟁점토지 거래에 따른 매각대금 OOO원이 이 사건 법인의 CCC 계좌에 보관되다가 2019.11.20. 이 사건 법인의 OOO은행 계좌로 이체된 다음 전액 bbb(이 사건 법인의 전 대표이사인 ccc의 배우자) 계좌로 이체되어 최종적으로 이 사건 법인의 주주들에게 귀속(배당)되었다고 보았으나, 쟁점토지 매각대금은 이 사건 법인의 임직원에 대한 급여 및 퇴직금 채무 변제에 전부 사용되었고, 이는 계좌거래내역을 통해 명백하게 확인된다.
1. 이 사건 법인은 쟁점토지 매각대금으로 수취한 OOO원을 2019.10.25.부터 2020.1.3.에 걸쳐 임직원 급여, 퇴직금 및 이에 따라 발생한 원천징수세액 납부에 모두 사용(총 OOO원, 임직원들의 급여 OOO원, 퇴직금 OOO원, 원천징수세액 OOO원)하였다.
2. 구체적으로, 이 사건 법인은 CCC 계좌에서 쟁점 토지 매각대금으로 ① 2019. 10. 25. 10월분 급여 OOO원을 지급하고, ② 2019. 11. 19. 11월분 급여 OOO원을 지급한 후, ③ 2019. 11. 20. 그 다음날 지급될 예정인 퇴직금 지급예정금액 OOO원을 남겨두고, 나머지 금액 OOO원을 OOO 계좌로 이체하였다. CCC 계좌에서 2019.11.20. OOO 계좌로 이체된 OOO원에는 ① 위 쟁점토지 매각대금 나머지 금액 OOO원과 ③ 쟁점 토지 매각대금 입금 이후 ㈜DDD(2019.11.4.)과 ㈜EEE(2019.11.8.)으부터 대여금을 상환받은 금액 OOO원이 혼재되어 있다. 이후 위 잔액 OOO원은 ① 2019.11.22. 급여 지급과 ② 2020.1.3. 퇴직금 지급 및 원천징수세액 납부에 전부 사용되었다.
3. 그럼에도 처분청은 쟁점토지 매각대금이 임직원들의 급여 및 퇴직금으로 지출된 내역을 의도적으로 누락하고, 마치 위 매각대금 22억원이 그대로 bbb 계좌로 이체되어 이 사건 주주들에게 배당된 것처럼 사실관계를 왜곡하고 있다. (나) 처분청은 ‘이 사건 법인의 쟁점토지 매매계약 체결일인 2019.10.8.부터 주식 양도일인 2019.11.18. 사이에 임직원에 대한 퇴직금이 지급된 사실이 없으므로 임직원들의 퇴직금을 정산하기 위해 쟁점토지를 매각하였다는 청구인들의 주장은 타당하지 않다’고 주장하나, 조만간 지급이 예정되어 있는 급여 및 퇴직금 등 합계 OOO원을 회사 자금으로 미리 마련해 둘 필요가 있었던 것이지 반드시 주식 양도일 전에 지급되어야 하는 것은 아니고, 퇴직금은 임직원의 현실적인 퇴직을 이유로 지급되는 것이므로 주식 양도(명의개서)에 따라 이 사건 법인의 경영권이 BBB에게 이전되기 전까지는 이 사건 법인의 기존 임직원이 퇴직할 수 없고, 따라서 퇴직금을 미리 지급할 이유도 없었던 것이다. 급여는 주식 양도일 이전부터 지급이 되었고, 퇴직금은 주식 양도일 직후 바로 임직원들의 퇴직 절차를 밟아 퇴직 시점에 맞게 2019.11.21.부터 지급하였다. (다) 주식양수도계약 이행 과정에서 이 사건 합병법인에 이 사건 법인의 법인 통장을 교부함에 따라 일시적으로 bbb 계좌를 법인 통장 대신 사용한 것인바, 이를 두고 쟁점토지 매각대금이 주주들에게 배당되었다고 볼 수도 없다.
1. 이 사건 합병법인이 추진하던 주택건설사업에 대한 승인이 당초 계획보다 지체되던 중 2019.11.6. 최종 승인되어, 이 사건 합병법인은 금융기관으로부터 차입한 대출금을 인출할 수 있게 되었고, 이 사건 법인은 2019.11.18. 쟁점주식 양수도 대금을 지급받고 주식양수도계약 특약사항 제4조에 따라 이 사건 합병법인에 법인 명의 통장 등을 함께 교부하여야 할 상황이었으며, 그로 인해 더 이상 법인 통장을 사용할 수 없게 되었다. 이에 이 사건 법인은 2019.11.21. 및 2019.11.22. 양일에 걸쳐 쟁점토지 매각대금을 재원으로 직원 2명 및 당시 대표이사였던 청구인 aaa의 급여 및 퇴직금 도합 OOO원 상당을 지급하였고, ① 임직원 급여 및 퇴직금 지급을 위한 쟁점토지 매각대금 잔액과 ② 배당이 예정된 금융자산(약 OOO원)이 bbb의 계좌에 함께 예치되었으며, 이후 위 예치금 중 ① 쟁점토지 매각대금 잔액은 전 대표이사였던 ccc의 퇴직금 및 임직원들에게 지급된 급여 및 퇴직금에 대한 원천징수세액 납부에 전부 사용되고, ② 위 금융자산 약 OOO원 중 약 OOO원은 2020.1.28. 이 사건 주주들에게 배당금으로 지급되었고, 나머지 OOO원은 2020.2.7. 위 배당에 따른 원천징수세액으로 납부되었다.
2. 이와 같이 ① 쟁점토지 매각대금 중 일부와 ② 이 사건 법인의 기존 금융자산이 일시적으로 bbb 계좌에 함께 예치되어 있기는 하였으나, 이들 금원은 서로 구분되어 각기 다른 용도로 사용되었는바, 단순히 쟁점토지 매각대금 중 일부와 이 사건 법인의 기존 금융자산이 일시적으로 bbb 계좌에 함께 예치되어 있었다는 사유로 쟁점토지 매각대금이 주주들에게 배당되었다고 보는 것은 부당하다.
(3) 조세법률주의에 따라 부동산 과다보유법인 여부는 주식의 양도시점을 기준으로 판단되어야 하고, 명문의 규정이 없이 주식 양도시기 이전에 이루어진 법률행위의 효력을 부인하여 부동산 과다보유법인으로 의제할 수는 없다. (가) 양도소득세는 자산의 양도차익을 과세대상으로 하므로 그 과세요건은 양도시기를 기준으로 판정하여야 하고, 부동산 과다보유법인 여부도 양도소득세의 과세요건 중 하나이므로 이 역시 양도시기를 기준으로 판정하여야 한다(대법원 1999.11.9. 선고 98두14082 판결, 같은 뜻임). 쟁점주식 양수도거래의 경우, 주식 매매대금이 완납되기 이전에 쟁점주식의 명의개서가 이루어졌으므로 명의개서일인 2019.11.18. 소득세법상 주식의 양도시기이고, 해당 시점을 기준으로 이 사건 법인이 소득세법제94조 제1항 제4호 다목에 따른 이른바 ‘부동산 과다보유법인’에 해당하는지 여부를 판단하여야 한다. 이 사건 법인은 쟁점주식의 양도시기인 2019.11.18.을 기준으로 자산총액에서 부동산이 차지하는 비율이 50% 미만이므로 부동산 과다보유법인에 해당하지 않음이 명백하다. (나) 조세법률주의 원칙상 소득세법령이 명시적으로 규정한 경우 외에는 주식 양도 이전에 이루어진 법률행위의 효력을 부인하고 부동산 과다보유법인으로 의제하여 중과세 범위를 확장할 수 없다. 대법원도 부동산 과다보유법인이 대주주의 주식양도 거래에 앞서 특수관계에 있는 회사로부터 금원을 차용하여 부동산 과다보유법인에서 벗어나게 됨으로써 주식 양도에 대한 양도소득세가 중과될 수 없게 된 사안에서, 주식 양도시기 이후 개정된 소득세법 시행령(1991.12.31. 대통령령 제13540호로 일부개정된 것)에서 신설된 제44조의2 제3항 제2호에서 “양도일로부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간 중에 증가한 현금·금융자산 및 대여금의 합계액은 자산총액에 포함하지 아니한다”고 규정하고 있었으나, 주식 양도시점(1989.12.20.)에는 그와 같은 의제규정이 없었으므로 원칙적으로 차입금을 자산총액에 포함하여야 한다는 전제 하에 위 금원 차용행위를 실질과세원칙이나 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 부인할 수는 없다고 판시한 바 있다(대법원 1999.11.9. 선고 98두14082 판결 및 그 원심인 서울고등법원 1998.7.21. 선고 96구10791 판결). 이 건의 경우 소득세법령에 주식 양도시기 이전에 이루어진 부동산 매도의 효력을 부인하는 규정이 없으므로 쟁점토지 거래의 효력을 부인하고 이 사건 법인을 부동산 과다보유법인으로 의제하여 과세하는 것은 허용될 수 없다. (다) 부동산과다보유법인이 부동산의 소유권을 이전하는 방식은 ① 부동산 매각 방식, ② 법인 주식 양도 방식, ③ 양자의 혼합 방식(일부 부동산 매각 후 법인 주식 양도)이 모두 사법 및 세법상 자유롭게 허용되고, 과세관청이 이중에서 세금이 가장 많이 부과되는 거래 방식을 납세자에게 강요할 수는 없다. 특히 일부 부동산을 매각 후 법인 주식을 양도하는 방식은 부동산과다보유법인의 합법적인 절세 방안으로 언론 등을 통해서도 널리 알려져 있다. 이와 관련하여 기획재정부도 이러한 경우 주식 양도 전에 처분된 법인 소유 부동산은 부동산보유비율 산정에서 제외된다는 취지에서 ‘법인이 소유한 부동산을 처분하고 받은 대가를 금융자산으로 보유하고 있는 경우 금융자산의 가액은 자산총액에 포함된다’고 유권해석하였고[재정경제부 재산세제과-164(2007.2.7.)], 국세청은 양도소득세 집행기준 94-158-7에서 ‘부동산과다보유법인 여부는 주식 양도일 현재 해당 법인의 자산총액을 기준으로 판정한다’고 규정하고 있다. 이처럼 주식 양도 전에 법인 소유의 부동산을 일부 매각하여 부동산과다보유법인에서 벗어나는 것이 허용된다는 점에는 이견이 없다고 할 것인데, 이 사건의 경우 쟁점토지 매각 전에 변경 전 주식양수도계약이 존재하였다는 점에서만 차이가 있을 뿐, 부동산을 매각한 후 주식을 양도(명의개서)하였다는 점에 있어서는 본질적으로 동일하다. (라) 납세의무자는 경제활동을 할 때에 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들의 법률관계를 존중하여야 하며, 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과만으로 국세기본법상 실질과세원칙을 적용하여 과세대상으로 삼아서는 아니되는 것으로(대법원 2017.12.22. 선고 2017두57516 판결, 같은 뜻임), (i) 쟁점토지 거래의 외관(거래의 당사자 및 거래 목적물의 소유권자가 모두 이 사건 법인인 점), (ii) 쟁점토지 거래 대가는 이 사건 법인에 귀속된 점, (iii) 쟁점토지 거래 체결에 관한 당사자들의 필요가 분명하게 확인되는 점 및 (iv) 법인 보유 부동산의 처분에 관하여 다양한 방식을 모두 허용하고 있는 소득세법령을 종합적으로 고려할 때, 실질과세원칙에 관한 대법원 및 조세심판원의 확립된 입장에 반하여 쟁점토지 거래를 주식양수도 거래로 의제할 수는 없다.
(1) 청구인들은 쟁점주식 양도가 예정되어 있는 상황에서 주주의 주식양도가 아닌 법인의 토지양도라는 우회적인 거래형식을 선택한 후 배당을 통해 주식양도의 경우와 동일한 경제적 효과를 달성하면서 주식양도에 결부되어 있는 양도소득세 누진세율 적용을 배제하였는바, 이 사건 주주들의 쟁점주식 양도행위와 이 사건 법인의 쟁점토지 양도행위는 경제적 측면에서 실질적인 동일성이 있고, 그 형식에도 불구하고 실질과세원칙에 따라 법률적 측면에서도 동일성이 있다 할 것이므로 쟁점주식 거래는 국세기본법상 실질과세원칙에 따라 이 사건 주주들이 당초 2018.9.4. 작성된 주식양수도계약서에 따라 이 사건 합병법인에 쟁점주식을 OOO원(쟁점토지의 가액이 포함)에 양도한 거래로 보아야 한다. (가) 재산의 귀속 명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고, 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는 그 재산에 관한 소득은 재산을 실질적으로 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 한다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결, 같은 뜻임). 쟁점토지 거래는 아래에서 보는 바와 같이 그 거래구조의 외관과 상이한 쟁점주식 거래라는 경제적 실질이 존재하였고, 쟁점토지 매매대금 22억원도 쟁점주식 거래일 이후 배당의 형식을 거쳐 전부 청구인들에게 귀속되었으며, 청구인들은 이미 계약되어 주식양도가 예정되어 있는 상황에서 주주의 주식 양도가 아닌 법인의 토지양도라는 우회적인 거래형식을 선택한 후 배당을 통해 주식양도의 경우와 동일한 경제적 효과를 달성하면서 주식양도에 결부되고 있는 양도소득세 누진세율을 배제하였는바, 국세기본법제14조에 따른 실질과세원칙에 따라 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다. (나) 쟁점토지 거래에는 경제적 비합리성 및 조세회피 목적이 존재한다.
1. 이 사건 법인이 이 사건 합병법인에 쟁점토지를 양도하게 된 것은 이 사건 주주들과 이 사건 합병법인간 2019.10.1. 체결한 ‘주식양수도계약서에 대한 변경합의서(2차)’를 통하여 이 사건 법인 발행주식을 양수도할 때 쟁점토지만을 분리하여 양도하기로 약정하였기 때문이다. 위 합의서에 따르면 이 사건 주주들은 쟁점토지 거래의 당사자가 될 수 없음에도 주식발행법인인 이 사건 법인이 보유하고 있는 쟁점토지를 매각하기로 하는 계약을 체결한 것으로 확인된다. 또한 쟁점토지 거래와 관련된 모든 비용을 개인 주주들이 부담하기로 약정하였을 뿐 아니라, 쟁점토지 거래와 관련하여 발생하는 모든 손실·법적 책임을 이 사건 법인이 온전히 부담하기로 한다는 민감한 결정까지 이 사건 법인이 아닌 이 사건 주주들이 결정하였다. 또한 위 합의서에서는 이 사건 법인을 ‘발행회사’로, 주주 전원을 ‘양도인’으로, 이 사건 합병법인을 ‘양수인’으로 정의한 후, 양도인인 이 사건 주주들과 양수인인 이 사건 합병법인은 2019.10.1. ‘발행회사’와 ‘양수인’이 별도로 합의하여 정한 날에 쟁점토지를 매매하는 거래를 계약하기로 약정하였고, 쟁점토지 거래와 관련한 취등록세를 포함한 모든 제비용을 ‘양도인’ 즉 이 사건 주주 전원이 부담하기로 약정한 것으로 나타나며, 이러한 약정내용은 이후 실제로 이행되어 이 사건 합병법인이 부담하여야 할 취득세 및 취득 부대비용을 이 사건 법인이 부담하였다. 위와 같이 명의와 실질이 괴리된 2019.10.1.자 ‘주식양수도계약서에 대한 변경합의서(2차)’는 주주의 의사가 주식 발행법인의 의사를 지배·관리하고 있었던 상황을 단적으로 보여주는 자료로서, 결국 명의나 형식에 관계없이 쟁점토지 거래의 실질적인 주체는 이 사건 법인의 주주라는 것을 보여주고 있다.
2. 한편 청구인은 ‘주식양수도계약서에 대한 변경합의서(2차)’에서 쟁점토지 거래내용이 언급된 것은 이 사건 법인과 이 사건 합병법인간 이미 작성한 ‘부동산 매매계약서’의 쟁점토지 거래 계약 내용을 선언적으로 인용한 것에 불과하다고 주장하나, 위 부동산 매매계약서에는 지방세의 납부의무 및 납부책임에 대하여만 매도인인 이 사건 법인이 부담하기로 약정하고 있을 뿐, ‘쟁점토지 거래와 관련하여 발생하는 모든 손실·법적 책임’을 매도인이 부담한다거나 ‘취등록세를 포함한 모든 제비용’을 매도인이 부담한다는 등의 약정은 없으므로 이러한 민감한 약정내용은 ‘주식양수도계약서에 대한 변경합의서(2차)’를 통하여 합의된 내용임이 명백하고, 위 변경합의서 작성일(2019.10.1.) 이전에 이미 쟁점토지에 대한 ‘부동산 매매계약서’가 작성되어 있었다면 ‘주식양수도계약서에 대한 변경합의서(2차)’에서 ‘발행회사와 양수인은 별도로 합의하여 정한 날에 발행회사 소유 부동산 중 쟁점토지를 OOO원에 매수하기로 하는 매매계약을 체결하기로 한다’고 약정할 것이 아니라 2019.9.16. 작성된 쟁점토지 ‘부동산 매매계약서’를 언급하였을 것인바, 청구인측이 2019.9.16. 작성하였다고 제시한 쟁점토지 ‘부동산 매매계약서’는 2019.10.1. ‘주식양수도계약서에 대한 변경합의서(2차)’를 작성한 후 계약일을 소급하여 작성한 것으로 보는 것이 타당하다.
3. 또한, 이 사건 주주들과 이 사건 합병법인은 2019.10.1. ‘주식양수도계약서에 대한 변경합의서(2차)’를 작성한 후 당초 2018.9.4. 작성하였던 ‘주식양수도게약서’의 내용을 변경[당초 주식 양도가액 OOO원(쟁점토지 포함) → 변경 주식 양도가액 OOO원(쟁점토지 제외)]하여 다시 작성하였다. 이 사건 주주들과 이 사건 합병법인은 두 차례에 걸쳐 ‘주식양수도계약서에 대한 변경합의서’를 작성하여 당초 ‘주식양수도계약서’의 변경내용을 적절히 반영하였으므로 당초 ‘주식양수도계약서’와 동일한 형태의 계약서를 새로이 작성할 필요가 없었음에도, 마치 처음부터 쟁점주식의 총 양도가액이 토지 금액을 제외한 OOO원이었던 것처럼 가장하여 계약서 작성일을 2018.9.4.로 소급기재한 주식양수도 계약서를 재작성하였는바, 이는 과세관청이 청구인들의 쟁점주식 양도 경과 및 이 사건 법인의 쟁점토지 양도행위를 쉽게 포착하지 못하도록 하기 위한 적극적 가장행위에 해당한다고 볼 수 있다.
4. 위와 같이 청구인들이 2019.10.1. ‘주식양수도계약서에 대한 변경합의서(2차)’를 작성한 후 쟁점토지 ‘부동산 매매계약서’ 및 당초 ‘주식양수도계약서’를 재작성하면서 계약일을 2019.10.1. 이전으로 소급하여 기재한 것으로 보이는 점, 청구인들이 당초 ‘주식양수도계약서’와 ‘주식양수도계약서에 대한 변경합의서(1차·2차)를 과세관청에 제출하지 아니하다가 이 건 세무조사 당시에 제출한 점 등에 비추어 조세회피를 위한 적극적 가장행위가 존재한다고 봄이 타당하다. (다) 이 사건 합병법인은 이 사건 법인의 사업장부지에 아파트(FFF)를 건설하기 위하여 쟁점주식 거래를 진행한 것으로서, 쟁점주식 거래를 통하여 궁극적으로 취득하려 한 물건은 쟁점토지를 포함한 이 사건 법인의 사업장 부지인바, 쟁점토지를 제외한 토지와 쟁점토지는 분리하여 양도할 수 없는 불가분성이 존재하는 점, 쟁점주식 전부를 양수하기로 한 이 사건 합병법인이 예정대로 주식을 인수할 경우 쟁점토지는 자연스럽게 이 사건 합병법인의 소유가 될 것임에도 이 사건 법인은 주식 양수도 불과 40일 전 쟁점토지만을 분리하여 이 사건 합병법인에 선매각한 점 등을 고려할 때 청구인들, 이 사건 법인 및 이 사건 합병법인은 청구인들의 조세회피를 위하여 상호 통정하여 쟁점주식 매매거래를 쟁점토지 매매거래로 가장한 것으로 볼 수 있다. 실제로 이 사건 합병법인은 ‘① 쟁점토지를 쟁점주식 양수에 앞서 취득할 하등의 이유가 없었고, 이 사건 법인 측에서 모든 세금, 비용, 책임을 부담할 뿐만 아니라 매매대금도 대여해준다고 하여 이 사건 법인의 요청대로 편의를 제공한 것에 불과하다. ② 이 사건 합병법인은 쟁점토지 매매요청 시점에 개발사업 PF대출 실행 전이어서 쟁점토지를 취득할 자금이 없었으나, 이 사건 법인이 매매대금을 대여해 줄 것이니 PF대출 실행 전이라도 쟁점토지 양도거래를 해 줄 것으로 요청함에 따라 이 사건 법인의 특수관계법인인 ㈜DDD으로부터 OOO원, 이 사건 법인으로부터 OOO원을 입금받아 해당 금액을 쟁점토지 매수대금으로 지급하였고, 2019.11.18. PF대출이 실행되어 ㈜DDD에게 OOO원을 상환하였다’는 취지로 진술하였다. 따라서 쟁점토지 거래의 실질은 이 사건 법인 사업장 부지로 구성된 부동산 주식인 쟁점주식 거래의 일부인 것이다. (라) 쟁점토지 거래 계약 약 1년 전인 2018년 11월경 쟁점토지의 감정가액은 OOO원에 달함에도 양도가액을 OOO원으로 책정한 것 역시 경제적 합리성이 결여된 행위이다. 이 사건 주주들과 이 사건 합병법인은 쟁점주식 양도 계약시 주식가치를 OOO원으로 평가하였고, ‘주식의 이전·정산 후 법인 토지를 제외한 잔류자산(현금, 예금, 현금성 자산 등)’을 이 사건 법인들에게 반환하고, 이 사건 법인의 모든 채무를 잔류자산의 이전과 동시에 이 사건 주주들에게 이전하기로 약정한 점을 고려할 때, 결국 이 사건 사업장 부지의 가치를 OOO원으로 평가한 것이다. 이는 감정평가 총액 OOO원 대비 18.5% 높은 수준으로 당사자간 합의된 금액이고, 쟁점토지의 감정평가액 OOO원에 상기 증가율을 대입하면 계약 당사자간 합의한 쟁점토지의 가치는 OOO원이다. 그럼에도 불구하고 이 사건 법인과 이 사건 합병법인이 쟁점토지 가액을 OOO원으로 44.3% 낮게 책정하고 나머지 토지들을 당초 OOO원에서 OOO원으로 10% 높게 평가하였고, 쟁점토지 거래와 관련하여 발생하는 취·등록세 등 제 비용을 모두 이 사건 법인이 부담하기로 한 것을 고려하면 쟁점토지의 거래에 경제적 합리성이 없고, 쟁점토지의 선매각은 이를 통한 법인 부동산 보유비율을 50% 이하로 낮추어 특정주식 요건은 회피하되, 취·등록세, 대출 이자비용 등 토지 양도로 인하여 발생하는 비용은 최소화하기 위한 우회거래라 할 것이다. (마) 이 사건 법인의 쟁점토지 거래를 경제적 합리성 측면에서 살펴보면, 청구인들은 막대한 이득(누진세율 회피로 인한 양도소득세 탈루)을 얻은 반면, 법인은 손실(취등록세 대납 및 법인세 발생)을 입었다. 이는 청구인이 소득세법상 혜택을 부당하게 받기 위하여 제3자인 법인을 통하여 쟁점토지 매각 거래를 거치는 방법으로 법인 부동산 보유비율을 낮춘 것으로, 청구인들은 이미 계약되어 주식 양도가 예정되어 있는 상황에서 주주의 주식양도가 아닌 법인의 토지양도라는 우회적인 거래형식을 선택한 후 배당을 통해 주식양도의 경우와 동일한 경제적 효과를 달성하면서 주식양도에 결부되어 있는 양도소득세 누진세율을 배제한 것이다. 따라서 이 사건 법인이 이 사건 합병법인에게 쟁점토지를 양도한 행위는 국세기본법상 실질과세원칙에 따라 이 사건 주주들이 이 사건 합병법인에게 특정주식인 쟁점주식을 양도한 행위로 보아야 하는 것이다.
(2) 청구인들은 이 사건 법인이 ‘회장·임직원 퇴직금과 인건비, 각종 경비 등 지출을 위하여 유동자금이 절대적으로 필요한 상태’였고, ‘회사자금 형편상 퇴직금 등을 지급할 자금 사정이 여의치 않아’ 부득이 토지를 양도하여 유동성을 확보한 것이라 주장하나, 이 사건 법인의 OOO은행 계좌 잔고내역을 살펴보면, 이 사건 법인은 2019.10.1.～2019.11.22. 쟁점토지 양도대금 명목으로 수령한 22억원 외에도 OOO원 이상의 풍부한 유동자금을 보유하고 있었으므로 각종 경비 등 지출을 위하여 유동자금이 긴급히 필요하였다면 해당 자금을 활용할 수 있었고, 이 사건 합병법인으로부터 토지 양도대금 명목으로 수령한 자금도 주주들의 주식 양도일까지 단순 보관만 하고 있다가 쟁점주식 양도일 이후 전액 bbb 계좌로 이체된 후 최종적으로 이 사건 주주들에게 귀속되었다.
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
(2) 소득세법 제55조(세율) ① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “종합소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득
1. 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 “부동산등”이라 한다)의 가액
2. 해당 법인이 보유한 다른 법인의 주식가액에 그 다른 법인의 부동산등 보유비율을 곱하여 산출한 가액. 이 경우 다른 법인의 범위 및 부동산등 보유비율의 계산방법 등은 대통령령으로 정한다.
② 제1항 제3호 및 제4호에 모두 해당되는 경우에는 제4호를 적용한다. 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.
1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
1. 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30
2. 1)에 해당하지 아니하는 주식등
1. 중소기업의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 10
2. 1)에 해당하지 아니하는 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 20 제105조(양도소득과세표준 예정신고) ① 제94조 제1항 각 호(같은 항 제3호 다목 및 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호ㆍ제4호 및 제6호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제10조 제1항 에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.
2. 제94조 제1항 제3호 가목 및 나목에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 반기(半期)의 말일부터 2개월
3. 제1호 및 제2호에도 불구하고 제88조 제1호 각 목 외의 부분 후단에 따른 부담부증여의 채무액에 해당하는 부분으로서 양도로 보는 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 3개월 제119조(비거주자의 국내원천소득) 비거주자의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.
9. 국내원천 부동산등양도소득: 국내에 있는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산ㆍ권리를 양도함으로써 발생하는 소득
1. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액
2. 내국법인이 보유한 다른 부동산 과다보유 법인의 주식가액에 그 다른 법인의 부동산 보유비율을 곱하여 산출한 가액. 이 경우 부동산 과다보유 법인의 판정 및 부동산 보유비율의 계산방법은 대통령령으로 정한다. (3) 소득세법 시행령 제158조(과점주주의 범위 등) ① 법 제94조 제1항 제4호 다목 1)ㆍ2) 외의 부분에서 “소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주”란 법인의 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50 이상인 경우 그 주주 1인 및 기타주주(이하 “과점주주”라 한다)를 말한다.
④ 법 제94조 제1항 제4호 다목ㆍ라목 및 제2항의 자산총액은 해당 법인의 장부가액(소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산으로서 해당 자산의 기준시가가 장부가액보다 큰 경우에는 기준시가)에 따른다. 이 경우 다음 각호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다.
1. 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목 및 사목에 따른 무형자산의 금액
2. 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간중에 차입금 또는 증자등에 의하여 증가한 현금ㆍ금융재산(상속세 및 증여세법 제22조 의 규정에 의한 금융재산을 말한다) 및 대여금의 합계액
(1) 청구인들 및 처분청이 제출한 증빙자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 이 사건 법인은 1962.5.18. 화학제품 제조를 주업으로 설립되어 2016.10.26. 주업종을 부동산 매매업으로 변경한 법인으로, 쟁점주식 양도일(2019.11.18.) 현재 이 사건 법인의 부동산 보유비율은 아래와 같다. <표1> 이 사건 법인 부동산 보유비율 ㅇㅇㅇ <표2> 이 사건 법인 보유 토지 평가액 ㅇㅇㅇ (나) 이 사건 주주들의 쟁점주식 양도 경과는 아래와 같다.
1. 이 사건 주주들은 2017.1.1. 청구인 ccc로부터 보유주식 81,488주를 증여받아 취득하였다.
2. 이 사건 주주들은 2018.9.4. 이 사건 합병법인과 쟁점주식의 거래가액을 OOO원으로 한 쟁점주식 양수도계약을 체결하였고, 이에 따르면 쟁점주식 양수도대금을 총 OOO원[계약금(OOO원): 계약체결일로부터 28일 이내, 중도금(OOO원): 계약체결일로부터 90일 이내, 잔금(OOO원): 이 사건 합병법인이 주택건설사업계획승인을 받는 날로부터 2개월이 되는 날]으로 하고, 특약사항으로 “주식의 이전, 정산 후 양도인의 토지를 제외한 잔류 자산(현금, 예금, 현금성 자산 등)에 대하여는 주식양도양수 완료 후에 양도인이 지정하는 지급방법으로 양수인은 양도인에게 별도로 지급한다. 단, 발행회사의 모든 채무는 잔류 자산의 이전과 동시에 양도인에게 이전되어야 한다”는 약정을 한 것으로 나타난다.
3. 이 사건 주주들과 이 사건 합병법인은 2018.2.3. 주식양수도계약서의 내용 중 중도금을 OOO원으로 증액하고 잔금을 OOO원으로 감액하는 등의 내용으로 ‘주식양도계약서에 대한 변경합의서(1차)’를 작성하였다.
4. 이 사건 주주들과 이 사건 합병법인은 2019.10.1. ‘주식양도계약서에 대한 변경 합의서(2차)’를 작성하여 쟁점주식 양수도계약서의 제3조 제4항 (2호)를 “위 (1호)에도 불구하고, 발행회사와 양수인은 별도로 합의하여 정한 날에 발행회사 소유 부동산 중 쟁점토지(부산 남구 OOO)을 금 OOO원에 매수하기로 하는 매매계약을 체결하고, 양수인은 변경전 계약 특약사항 제4조의 유보금 지급시 위 매매계약과 관련하여 발생하는 법인세 상당액(예상금액 OOO원)을 유보금에서 공제한 후 지급하기로 하며, 해당 공제금액은 구체적인 법인세액 확정시점에 추후 정산한다. 쟁점토지에 대한 매매계약과 관련하여 발생하는 취등록세를 포함한 모든 제비용을 양도인이 부담하기로 한다.”는 내용으로 변경한 것으로 나타난다.
5. 이 사건 주주들과 이 사건 합병법인은 위 ‘주식양도계약서에 대한 변경 합의서(2차)’ 내용을 반영하여 ‘주식양도계약서’를 작성하였고(작성일 불분명), 변경된 주식양수도계약서에는 쟁점주식의 양수도대금을 쟁점토지 거래가액(OOO원)을 제외한 OOO원으로 감액한 것으로 나타난다.
6. 양도거래 관련 금융거래 내역에 따르면 이 사건 합병법인 등은 2018.9.4.부터 2018.12.4.까지 쟁점주식의 거래대금 OOO원(법인세 상당액 OOO원을 공제한 실제 지급액 OOO원) 중 증거금, 계약금, 1차 중도금 합계 OOO원(35.14%)을 bbb 등의 계좌로 지급하고, 나머지 OOO원(62.43%)을 쟁점토지 양수일 이후인 2019.11.18. 및 2020.2.19.에 각 지급한 것으로 나타난다. (다) 이 사건 법인의 쟁점토지 양도 경과는 아래와 같다.
1. 이 사건 법인은 2018.9.4.(쟁점주식 양수도계약서 작성일) 이 사건 합병법인에게 사용목적을 ‘지구단위계획수립, 주택건설사업계획 승인신청’으로 하고, 사용자를 이 사건 합병법인으로 한 이 사건 법인 소유 토지(쟁점토지 포함)에 대한 토지사용승낙서를 교부하였다.
2. 이 사건 법인은 2019.9.3. 이사 2명 전원(대표이사 청구인 aaa, 이사 청구인 ccc) 참석 하에 이사회 회의를 개최하여 2019.9.16. 쟁점토지를 이 사건 합병법인에 양도하기로 하는 의안을 승인 가결(취득세 대납 등 안건 없음)하였다.
3. 이 사건 법인은 2019.9.16. 이 사건 합병법인에게 쟁점토지를 OOO원에 양도하기로 하는 부동산매매계약서(2019.9.16.자)를 작성하고, 2019.10.8. 쟁점토지에 대한 소유권을 이전해 주었으며, 이 사건 합병법인은 2019.10.8. 쟁점토지의 매매대금을 이 사건 법인에게 ㈜DDD으로부터의 대여금 OOO원 및 이 사건 법인으로부터의 대여금 OOO원(이 사건 법인으로부터 이체받은 금액으로, 청구인들은 ‘이 사건 법인 → ㈜DDD → 이 사건 합병법인’ 순으로 OOO원을 순차 대여하였으나, 편의상 이 사건 법인 계좌에서 이 사건 합병법인 계좌로 곧바로 송금된 금액이라는 주장임) 합계 OOO원으로 지급하였다.
4. 이 사건 법인은 이 사건 합병법인으로부터 2019.10.8. 지급받은 쟁점토지 매각대금 OOO원 및 기타 자금을 증권계좌에 보유하던 중 2019.10.25. 및 2019.11.19. 임원 ccc, 직원 ddd·eee 등 급여로 약 OOO원을, 2019.11.21. 같은 임직원 퇴직금으로 약 OOO원을 각 지급하고, 2019.11.20. 이 사건 법인의 OOO계좌에 OOO원을 이체하였으며, 이 사건 OOO계좌에 보유하던 급액과 합한 OOO원을 bbb의 OOO계좌에 이체하여 2020.1.3. 임원 ccc의 퇴직금 및 원천징수세액(OOO원) 주주에 대한 배당 및 원천징수세액(OOO원) 등으로 지출하였다. (라) 이 사건 합병법인의 대표이사 fff은 조사청의 세무조사 당시 쟁점주식 및 쟁점토지 취득 경위와 관련하여 ‘2018년 하반기 이 사건 합병법인은 부산광역시 OOO 일원에 공동주택 신축사업(개발사업)을 추진하기 위하여 동 개발사업 부지의 대부분을 소유하고 있는 이 사건 법인으로부터 주식 인수방식(주식 인수가액은 토지가액으로 산정)으로 토지를 매입하게 되었는데, 2019년 9월경 이 사건 법인 대표이사가 당초 주식양수도계약서에 포함된 쟁점토지를 주식 양수도 대상에서 제외하고 이 사건 법인에서 직접 매매하는 형태로 거래하여 줄 것을 요청함에 따라 쟁점토지만 먼저 취득하였고, 이 부동산 거래와 관련하여 발생하는 모든 세금, 비용, 책임 등은 이 사건 법인에서 전적으로 부담한다는 조건으로 계약 변경을 해주었으며, 그 가액도 이 사건 법인이 요청한 가액으로 책정한 것’이라는 취지로 진술하였다. (마) 쟁점주식 양도와 관련하여 청구인 ggg은 쟁점주식 매각대금을 이 사건 주주들 공동명의 계좌로 입금받아 공식 절차에 따라 정산하여야 하고, 중도금, 잔금 등 진행 과정을 주주들에게 소상히 밝혀야 한다는 등의 내용을 요청하였고, 쟁점토지 매각일(2019.10.8.) 이후인 2019.10.18. 통보서에도 “쟁점주식의 매각대금 OOO원과 계약금 및 중도금에 대한 경과이자를 포함한 주식매각 관련 배분대상금액은 최소 OOO원이다”고 하여 쟁점주식의 매각대금을 OOO원으로 인식하고 있었던 것으로 나타난다. (바) 이 사건 주주들은 2020.2.24. 쟁점주식 양도에 대한 양도소득세 신고시 양수도대금 변경내용이 반영된 위 ‘변경 주식양수도계약서’를 첨부하여 신고하면서 주식 양도일(2019.11.18.) 현재 이 사건 법인 자산 총액에서 부동산 등이 차지하는 비율이 48%이므로 쟁점주식이 소득세법제94조 제1항 제4호 다목에서 규정한 부동산 과다소유법인 발행 주식(특정주식)에 해당하지 않는다고 보아 2020.2.24. 일반주식 양도세율(20%)을 적용하였다. (사) 미래에셋대우는 이 사건 법인 소유 부동산(쟁점토지 포함)에 대한 감정평가를 ㈜GGG에 의뢰하였고, 당시 감정평가서에는 작성일을 2018.11.28., 기준시점을 2018.11.27.로 하고, 감정평가 목적을 “담보”로 하여 쟁점토지의 감정평가액을 OOO원으로 평가한 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 국세기본법제14조 제3항은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다”고 규정하고 있고, 이는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 국세기본법제14조 제3항을 적용하여 거래 등의 실질에 따라 과세하기 위해서는 납세의무자가 선택한 행위 또는 거래의 형식이나 과정이 처음부터 조세회피의 목적을 이루기 위한 수단에 불과하여 그 실질이 직접 거래를 하거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것과 동일하게 평가될 수 있어야 한다. 그리고 이는 당사자가 그와 같은 형식을 취한 목적, 제3자를 개입시키거나 단계별 과정을 거친 경위, 그와 같은 방식을 취한 데에 조세부담의 경감 외에 사업상의 필요 등 다른 합리적 이유가 있는지 여부, 각각의 행위 또는 거래 사이의 시간적 간격 및 그와 같은 형식을 취한 데 따른 손실과 위험부담의 가능성 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2022.8.25. 선고 2017두41313 판결, 2017.12.22. 선고 2017두57516 판결, 같은 뜻임). (나) 이 건의 경우, 청구인들은 이 사건 법인이 퇴직하는 임직원들의 급여 및 퇴직금을 지급하기 위하여 쟁점토지를 양도하였고 쟁점주식 양도일 현재 이 사건 법인이 부동산 과다보유법인에 해당하지 아니하므로, 쟁점주식의 양도를 특정주식의 양도로 보기 어렵다고 주장하나, 이 사건 주주들은 2018.9.4. 쟁점주식을 이 사건 합병법인에 OOO원(쟁점토지의 가액이 포함)에 양도하기로 예정되어 있던 상황에서 사업계획 승인 및 쟁점주식의 명의개서가 임박하게 되자 이 사건 합병법인에 쟁점토지만을 선매각하여 줄 것을 요청하였고, 2019.10.1. 이 사건 합병법인이 부담해야 할 쟁점토지의 취득세 등을 이 사건 법인이 부담하기로 하면서까지 이 사건 법인이 소유한 쟁점토지만을 선매각하기로 약정하며 쟁점주식 양도대금에서 쟁점토지의 가액(OOO원)만을 감액한 것으로 나타나며, 이에 따라 이 사건 법인이 부동산과다보유법인에 해당하지 않게 된 후 40여일만에 쟁점주식을 명의개서한 것으로 나타나는 점, 이 사건 합병법인은 당초부터 부산광역시 OOO 일원에서 공동주택 신축사업(개발사업)을 추진하기 위하여 이 사건 법인 소유의 토지 매입을 추진하면서 주식인수의 방식을 취하였는바, 쟁점토지 취득거래만을 토지 매매의 형식을 취하였다 하더라도 그 실질은 이 사건 법인 소유의 토지를 매입한다는 점에서 동일하고, 그 거래대금 역시 이 사건 법인의 증권계좌에 예치되어 있다가 이 사건 주주들이 쟁점주식 양도대금을 모두 수취한 후인 2019.11.22. bbb의 계좌로 이체되어 쟁점토지 양도대금과 합한 금액이 2020.1.3. 임원 ccc에 대한 퇴직금, 2020.1.28. 주주 배당 등을 위하여 지급된 것으로 확인되는 바, 쟁점주식 양도대금과 쟁점토지 매각대금이 혼재되어 함께 이 사건 법인의 채무변제, 주식 양도대금 정산 등을 위해 사용된 것으로 보이는 점, 2019.10.1. 현재 이 사건 법인은 OOO원 이상의 풍부한 유동자금을 보유하고 있어 각종 경비 등 지출에 문제가 없었고, 이 사건 합병법인으로부터 토지 양도대금 명목으로 수령한 금액(OOO원) 중 일부가 퇴직 임직원의 급여 및 퇴직금 등으로 지급되었다 하더라도 이 사건 법인의 증권계좌에 다른 명목의 입금액이 입금된 것으로 확인되는바, 이 사건 법인의 증권계좌에 입금된 금액 중 유독 쟁점토지 양도대금만이 이 사건 법인의 채무 변제를 위하여 사용되었다고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 청구인들이 쟁점주식을 양도하는 과정을 진행하던 중에 이 사건 법인으로 하여금 쟁점토지를 선매각하도록 한 데 특정주식 양도에 따른 누진세율을 회피할 목적 외에 다른 합리적인 이유를 찾을 수 없어 보이고, 따라서 처분청이 거래의 형식에도 불구하고 실질과세의 원칙에 따라 쟁점주식의 양도를 특정주식의 양도에 해당한다고 보아 누진세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 청구목록 ㅇㅇㅇ <별지2> 부과처분 내역 ㅇㅇㅇ
붙임과 같습니다.