조세심판원 심판청구 양도소득세

신규주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 대해 시행령에 위임한 감면액 산정방식이 모법의 위임범위를 벗어나 위법하다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2023-중-9869 선고일 2024.06.18

법령의 위헌여부 등에 사항은 조세심판 청구 대상으로 보기 어렵고 헌법재판소나 대법원이 해당 법령을 무효로 판단한 사실이 없으므로 청구주장을 받아들이기 어려움

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1988.7.8. 서울특별시 서초구 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 주택 재건축사업을 통해 재건축하여, 2004.12.14. 같은 동 1008-2 OOO(이하 “쟁점신축주택” 이라 한다)를 취득(사용승인)하였고, 취득일부터 5년이 경과한 2017.8.9. 쟁점신축주택을 양도한 후, 2017.9.20. 양도소득세 OOO원(농어촌특별세 OOO원 포함)을 신고ㆍ납부하면서 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 제1항에 따른 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용대상으로 하여 양도 소득세 감면을 신청하였으며, 이때 조특법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 일부 개정된 것) 제99조의3 제2항 제2호(이하 “쟁점규정”이라 한다)의 계산식(아래 <표1>)에 따라 감면대상 양도소득금액을 OOO원으로 산정하였는데, 분모 중 ‘양도당시의 기준시가’에서 차감하는 기준시가를 ‘종전주택 취득당시의 기준시가’로 적용하였다. <표1> 쟁점규정의 계산식(감면대상 양도소득금액) 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 (종전주택을 재개발ㆍ재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가)

  • 나. 이후 청구인은 2023.5.31. 쟁점규정의 계산식 분모 중 ‘양도당시의 기준시가’에서 차감하는 기준시가를 ‘신축주택 취득당시의 기준시가’로 적용하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.7.31. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.8.24. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 (1) 조특법과 소득세법(이하 “소득세법”이라 한다)상 ‘신축주택’, ‘취득일’, ‘양도소득’의 정의가 다르다. (가) 소득세법 제88조 에서 주택이란 사용상 주거용으로 사용하는 건물로 정의하고 있고, 같은 법 제89조 제1항 제3호에서 주택과 이에 딸린 토지로 표현한바, 주택은 건물만을 의미하며 소득세법 시행령 제166조 제1항에서 기존건물과 부수토지를 제공하고 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도한 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 규정하고 있어 신축주택과 그 부수토지를 구분하고 있으므로 신축주택은 주택부수토지를 포함하지 않고 건물만을 의미하는 반면, 조특법 제99조의3 제1항에서 신축주택을 ‘신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다)’으로 정의하여 건물뿐만 아니라 그 부수토지도 신축주택에 포함하였다. (나) 소득세법 시행령 제162조 제1항 제9호 에서 ‘환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기를 환지 전의 토지 취득일’로 규정하고 있어 청구인과 같은 재건축 원조합원이 환지처분으로 취득한 주택부수토지의 취득시기는 환지전 토지 취득일이 되나, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 에서 ‘자기가 건설한 건축물의 취득시기를 사용검사필증교부일, 다만 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다’고 규정하고 있어 재건축 원조합원의 주택에 대한 취득시기는 ‘사용검사필증교부일등’인 반면, ① 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택 취득기간(2001.5.23.∼2023.6.30.) 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결 하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우(조특법 제99조의 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제99조의3 제3항 제2호)와 ② 사용승인 또는 사용검사가 신축주택 취득기간(2001.5.23.∼2023.6.30.) 내에 이루어진 경우에 조특법 제99조의3의 규정을 적용받을 수 있어 도시 및 주거환경정비법에 의한 조합원의 신축주택(건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함) 취득일은 사용승인일 또는 사용검사일이 되므로 조특법상에서는 종전주택의 개념이 있을 수 없다. (다) 소득세법상 신축주택은 건물만을 말하고 건물의 취득일은 사용승인일이므로 신축주택의 양도소득은 사용승인일(취득일)부터 양도일까지의 양도소득이 되는데, 이는 건물만의 양도소득이고 주택부수토지의 양도소득은 신축주택의 양도소득에 포함되지 않는 것인 반면, 조특법상 신축 주택의 양도소득은 건물과 토지(건물연면적 2배 이내)의 취득일부터 양도일까지의 양도소득으로 토지의 양도소득이 포함되므로 소득세법상 신축주택의 양도소득과 조특법상 신축주택의 양도 소득이 대응되지 않는다. (2) 소득세법상 용어로 조특법을 해석할 경우, 주택부수토지가 감면대상 양도소득에서 제외되고 배분산식의 구성요소가 일관성이 없는 문제가 발생하므로 쟁점규정의 계산식은 조특법에서 규정한 의미에 따라 해석되어야 하고, 조특법 제99조의3에서 위임받은 범위 내에서 규정되어야 하나 본법의 위임범위를 벗어나 위법하므로 과다 납부한 양도소득세를 환급하여야 한다. (가) 소득세법상 신축주택의 양도소득은 건물만의 양도소득으로 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 주택부수토지에 대한 양도소득은 조특법상 감면대상에 포함될 수 없고, 조특법상 신축주택은 토지를 포함하므로 취득일부터 5년 경과여부에 관계없이 주택부수토지에 대한 양도소득이 감면대상에 포함되게 된다. (나) 소득세법상 신축주택은 건물만을 의미하기 때문에 쟁점규정 계산식의 ‘양도당시 기준시가’, ‘취득당시 기준시가’, ‘5년이 되는 날의 기준시가’, ‘종전주택 기준시가’는 건물만의 기준시가가 대입되므로 배분대상 양도소득은 토지와 건물의 양도소득으로 구성되어 있음에도 건물의 기준 시가로 배분되어 구성요소가 일관성이 없고, 조특법상 신축주택은 취득기간 내에 취득하는 것으로 종전주택의 개념이 없어 쟁점규정의 계산식에 기준시가를 대입하는 경우에도 배분기준이 일관성이 없는 문제가 발생하게 된다. (다) 처분청은 주택부수토지와 마찬가지로 소득세법상 신축주택의 취득일을 종전주택의 취득일로 보는데, 이는 소득세법 신축주택 및 취득일과 다름에도 동일한 것으로 보고 해석하려고 하기 때문에 발생하는 문제이다. (라) 조특법 제99조의3 제4항은 ‘양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 위임’하여, 그 위임받은 범위 내에서 산정하여야 함에도 쟁점규정은 조특법상 신축주택과 소득세법상 신축주택을 동일한 것으로 오해하여 조특법상 신축 주택의 양도소득을 소득세법상 신축주택의 양도소득 중 일부로 보아 산식을 규정하였으므로 위임 범위를 벗어나 위법하다.
  • 나. 처분청 의견 (1) 헌법 제107조 제2항은 명령‧규칙이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우 에는 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정한바, 대법원이 쟁점규정을 무효로 판단한 사실이 없어 쟁점규정이 모법의 위임범위를 벗어나 위법하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. (2) 조특법 제99조의3 규정의 취지는 신축주택에 대한 것이므로, 주택재건축사업 또는 주택재개발 사업에 따라 신축주택을 취득한 자에 대한 감면은 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전까지 발생한 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 않는다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점신축주택의 감면대상 양도소득금액을 산정함에 있어 쟁점규정의 계산식이 위임범위를 벗어나 위법하다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 1988.7.8. 종전주택을 취득하여 보유하던 중 2000.12.6. 종전주택에 대한 재개발‧ 재건축 사업계획 승인을 거쳐 2004.12.4. 쟁점신축주택을 취득(사용승인)하였고, 취득일로부터 5년이 경과한 후인 2017.8.9. 쟁점신축주택을 양도한 후 양도소득세 감면 신청과 동시에 양도소득세 과세 표준 및 세액 신고를 하였다. (나) 청구인의 쟁점신축주택 양도소득세 당초 신고 및 경정청구 내역은 아래 <표2>과 같고, 당초 신고의 양도소득금액계산명세서는 아래 <표3>과 같다. <표2> 당초 신고 및 경정청구 내역 ㅇㅇㅇ <표3> 당초 신고 시 양도소득금액계산명세서 ㅇㅇㅇ (다) 청구인이 쟁점규정 계산식에 따라 감면 신청한 신축주택 감면대상 양도소득금액은 아래 <표4>와 같고, 쟁점규정의 계산식 분모에서 차감하는 기준시가를 ‘종전주택 취득 당시 기준시가’가 아닌 ‘신축주택 취득 당시 기준시가(OOO원)’를 적용하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 이를 거부하였다. <표4> 감면신청 양도소득금액 ㅇㅇㅇ (라) 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 조특법 시행령 제99조의3 제2항에서는 감면대상 양도소득금액 산정과 관련하여 제40조 제1항의 계산식을 준용하여 아래 <표5>의 계산식 1)을 적용하였으나, 위 시행령이 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되면서 같은 <표5>의 계산식 2)를 적용하게 되었고(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전까지 적용), 기획재정부장관이 2016.6.30. 발간한 『2015 간추린 개정세법』에 따르면 이는 “신축주택 취득시 양도세 감면대상 금액 계산방법을 명확화”하기 위한 것으로, 신축주택을 신규취득한 날부터 5년 후 양도하는 경우 에는 계산식 분모 중 양도당시 기준시가에서 차감하는 시가를 “신축주택 취득당시 기준시가”로, 신축주택을 재개발·재건축을 통하여 취득한 날부터 5년 후 양도하는 경우에는 계산식 분모 중 양도당시 기준시가에서 차감하는 시가를 “종전주택 취득당시 기준시가”로 하여야 한다는 취지로 기재되어 있다. <표5> 감면대상 양도소득금액 계산식

① 계산식 1): 2016.2.5. 이전 양도분 양도소득 금액 × 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가

• 취득당시의 기준시가

② 계산식 2): 2016.2.5. 이후 2017.2.7. 이전 양도분 소득세법제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득 금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 [다만, 종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가]

③ 계산식 3): 2017.2.7. 이후 양도분 소득세법제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득 금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 [종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가] (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점신축주택의 감면대상 양도소득금액을 산정함에 있어 쟁점규정의 계산식이 위임범위를 벗어나 위법하다고 주장하나, 조특법 제2조에서 용어를 정의하면서 제1항에서 규정된 용어 외에 해당 법에서 특별이 정하는 경우를 제외하고는 각 개별세법에서 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따르는 것이고, 조특법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제99조의3에서 ‘신축주택’ 및 ‘종전주택’을 정의하면서 “감면 대상 양도소득금액”을 소득세법 제95조 제1항 에 따라 계산하도록 규정하고 있으며, 소득세법 제95조 및 같은 법 제166조 제2항에서 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수 토지를 양도하는 경우의 양도차익은 신축주택 및 그 부수토지의 양도가액에서 기존 건물과 그 부수토지의 취득가액 등을 차감하는 방식으로 규정한바, 소득세법의 ‘주택’ 및 ‘양도소득’과 조특법 제99조의3에서 정한 ‘신축주택’, ‘종전주택’ 및 ‘양도소득’을 달리 해석하는 것으로 보기는 어려운 점, 조특법 제99조의3 및 쟁점규정은 신축주택에 대한 양도차익만을 감면하기 위해 규정된 것으로 보이고 쟁점신축주택은 조특법 제98조의3 제2항에 해당하는 신축주택으로 쟁점규정 계산식의 분모는 ‘양도 당시 기준시가’에서 ‘종전주택의 취득 당시 기준시가’를 차감하여야 할 것인 점, 헌법제107조 제2항에서 명령‧규칙이 헌법이나 법률에 위반되는지 여부에 관하여는 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정한바, 대법원이 쟁점규정에 대하여 위임범위를 벗어나 무효로 판단한 사실이 없으므로 쟁점규정은 일단 유효하다고 보아야 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점규정 계산식의 분모를 ‘양도 당시 기준시가에서 종전주택 취득 당시 기준시가를 차감’하여 산정하는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것 으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 헌법 제107조 ① 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다.

② 명령ㆍ규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.

③ 재판의 전심절차로서 행정심판을 할 수 있다. 행정심판의 절차는 법률로 정하되, 사법절차가 준용되어야 한다.

(2) 조세특례제한법(2017.9.12. 법률 제14874호로 일부 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “내국인”이란 소득세법에 따른 거주자 및 법인세법에 따른 내국법인을 말한다.(이하생략)

② 제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조 제1항 제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따른다. 제3조(조세특례의 제한) ① 이 법, 국세기본법 및 조약과 다음 각 호의 법률에 따르지 아니 하고는 조세특례를 정할 수 없다.

1. 소득세법 제98조의3(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택

2. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자는 제외 한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축 주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결 하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 일부개정되기 전의 것) 제98조의3(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 소득세법 제120조에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서울특별시 밖의 지역(소득세법 제104조의2 에 따른 지정지역은 제외한다)에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 다음 각 호의 기간 중에 주택법 제54조 에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결 하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100(수도권 과 밀억제권역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

1. 거주자인 경우: 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간

2. 비거주자인 경우: 2009년 3월 16일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자는 제외 한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축 주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다.(단서 생략)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결 하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는도시 및 주거환경 정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다).(단서 생략)

2. (생 략)

②·③ (생 략)

④ 제1항에 따라 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정된 것) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 지역”이란 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조에 따라 택지개발지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 “감면대상 양도소득금액”이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

1. 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 소득세법 제95조 제1항 에 따라 계산한다. 다만, 재개발ㆍ재건축되기 이전의 주택(이하 이 조에서 “종전주택”이라 한다)을 재개발ㆍ재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택인 경우 감면대상 양도소득 금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 종전주택 취득 당시 기준시가

2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 (종전주택을 재개발ㆍ재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가) ※ 부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제14390호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (5) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부 개정된 것) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 지역”이란 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조에 따라 택지개발지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 “감면대상 양도소득금액”이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

1. 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 소득세법 제95조 제1항 에 따라 계산한다. 다만, 재개발ㆍ재건축되기 이전의 주택(이하 이 조에서 “종전주택”이라 한다)을 재개발ㆍ재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택인 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 종전주택 취득 당시 기준시가

2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 (다만, 종전주택을 재개발ㆍ 재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택 의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가) (6) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ① 법 제43조 제1항에 따른 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은소득세법제95조 제1항에 따른 양도소득금액 또는법인세법제55조의2 제1항에 따른 양도소득(이하 이 항에서 "양도소득 금액"이라 한다)으로서 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 취득일부터 5년이 되는 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준 시가를 적용한다. 양도소득 금액 × 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가

• 취득당시의 기준시가 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(7) 소득세법 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. “주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다. 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도 소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수 토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  • 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
  • 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제90조(양도소득세액의 감면) ② 제1항에도 불구하고 조세특례제한법에서 양도소득세의 감면을 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감하는 방식으로 규정하는 경우에는 제95조에 따른 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감한 후 양도소득과세표준을 계산하는 방식으로 양도소득세를 감면한다. 제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (8) 소득세법 시행령(2018.2.9. 대통령령 제28627호로 개정되기 전의 것) 제166조(양도차익의 산정 등) ①법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택 재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후양도차익”이라 한다) +[(기존건물과 그 부수토지의 평가액 – 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가전 양도차익”이라 한다)

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

  • 가. [양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비]
  • 나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존 건물과 그 부수토지의 취득가액 - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비)] × [(기존건물과 그 부수토지의 평가액

• 지급받은 청산금) ÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분 계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분 양도차익”)

2. 청산금을 지급받는 경우

제1항 제2호에 따른 가액

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다. 기존건물과 그 부수토지의 평가액 × 취득일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가 관리처분계획인가일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조 제1항 및 제2항 제1호의 규정에 의한 기준시가

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

1. 도시 및 주거환경정비법에 따른 관리처분계획에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 “양도일 또는 취득일전후”는 “관리처분계획인가일 전후”로 본다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 제1항 제1호의 관리처분계획인가전양도차익 및 제1항 제2호 나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간

2. 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

  • 가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간
  • 나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어상속세 및 증여세법 제62조제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

⑦ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축 사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리 처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익: 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) - 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 - 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조 제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조 제1항 제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익: 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 - 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익: 신축건물의 양도일 현재의 신축 건물과 그 부수토지의 기준시가 - 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 (신축주택의 양도일 현재 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) - 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)