지급유보된 관리운영대가의 지급이 허용되는 요건을 충족하지 못한 사업연도의 위탁관리용역에 대한 대가는 앞서 본 바와 같이 변경 관리운영대가 중 10% 유보분을 제외한 나머지 금액만이라 할 것이고, 청구법인은 실제로 경기철도로부터 부가가치세를 포함한 10% 유보분 전액을 지급받지 못하였으며, 동 유보분을 매출채권으로 계상하거나 매출채권으로 인정된 바도 없는바, 청구법인이 10% 유보분을 포함하여 발급한 세금계산서는 공급가액이 잘못 적힌 경우에 해당한다 할 것이므로 세금계산서가 발급되었다는 사유만으로 그 과다하게 기재된 공급가액까지 해당 과세기간에 귀속되는 공급가액으로 볼 수는 없어 보이는 점, 등에 비추어, 처분청에서 청구법인이 10% 유보분을 포함하여 세금계산서를 발급한 때에 용역의 공급시기가 도래하였다고 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨
[주 문] 분당세무서장이 2023.7.3. 청구법인에게 한 2017년 제2기부터 2022년 제2기까지 부가가치세 경정청구 거부처분은 변경 관리운영대가 중 지급이 유보된 금액(기존 관리운영대가의 10%)을 부가가치세 과세표준에서 제외하여 과세표준 및 세액을 경정한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 부가가치세법상 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 규정하고 있는 바, 10% 유보분은 AAA-주가 특정 실적요건을 충족한 때 대가를 지급하기로 약정하였으므로 동 요건을 충족하여 대가를 지급하는 때 세금계산서를 발행하는 것이 타당하다. (가) 부가가치세법 제16조 제2항 및 동법 시행령 제29조 제1항에 따르면 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 본다고 규정하고 있고, 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우에 대해서는 법에서 명확 하게 언급하고 있지 아니하지만, 대법원은 ① 통상적인 용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료된 때이고, ② 완성도기준지급조건부, 중간지급조건부, 기타 조건부로 용역을 공급 하는 경우는 대가의 각 부분을 받기로 한 때이며, ③ 이 외에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정된 때를 공급시기로 보는 바, 그 밖의 조건부 용역을 공급하는 경우란 역무의 제공이 완료되기 전에 그 대가를 완성도기준지급 등이 아닌 다른 기준에 따라 나누어 지급하기로 약정한 경우를 말한다고 판시(대법원 1999.5.14. 선고 98두3952 판결) 하고 있다. (나) 10% 유보분의 경우, AAA-주의 실제운영수입이 제2차 변경실시협약서상 추정운영수입의 80% 이상이 될 경우에 한하여 연도별 잔여 현금의 30%의 한도 내에서만 지급한다고 약정하였는바, 관리운영보수 지급조건은 ① 매월 일정액 지급 조건과 ② 특정 요건 충족 시 지급 조건으로 구성되어 있고, 따라서 10% 유보분은 대법원 판례에서 언급 하는 “완성도기준지급 등이 아닌 다른 기준에 따라 나누어 지급”받는 경우에 해당하는 것이다. (다) 처분청은 이 건 위탁관리용역이 ‘공급단위를 구획할 수 없는 계속적인 용역의 공급’으로서 부가가치세법제17조에 따라 공급시기가 확정된다는 의견이나, 이는 아래 에서 보는 바와 같이 부당하고 이 건 위탁관리용역은 공급단위를 구획할 수 있는 계속적 용역의 공급으로서 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 것이라 할 것이다.
1. 용역의 계속적 공급은 ‘구획할 수 있는 것’과 ‘구획할 수 없는 것’으로 구별되고, 공급단위를 구획할 수 있는 것이라 함은 여러 과세기간에 걸쳐 제공되는 용역의 내용이 균등한 경우로 일반적으로 그 대가가 기간에 비례하여 산정되는 것이라 할 것이나, 공급단위를 구획할 수 없는 것이라 함은 여러 과세기간에 걸쳐 제공되는 용역의 내용이 균등 하지 않고 과세기간별로 상이한 경우로 일반적으로 그 대가도 단순히 사용기간에 비례하여 산정되지 않는 것을 말한다 할 것이며, 대법원 판례에서도 “여러 과세기간에 걸쳐 제공된 묘지관리용역”을 공급단위를 구획할 수 없는 계속적 용역의 공급으로 볼 수 없다고 판시(대법원 2011.10.13. 선고 2008두21713 판결, 같은 뜻임)한 바 있다.
2. 이 건 위탁관리용역은 각 사업기간별로 균등한 내용의 계속적 용역이 제공되고 있고, 그 관리운영대가도 계약 사업연도(2016～2046년)의 기간별 관리운영대가가 최초 계약 당시에 이미 확정되어 있는바, 공급하는 업무가 기간별로 균등하여 그 기간별 공급 가액이 구분되는 경우로서 공급단위를 구획할 수 있는 계속적 용역에 해당하는 것이다. (라) 관련 유권해석 및 판례에서도 완성도기준지급조건부 건설용역대가 중 유보금은 약정된 요건을 충족한 시점이 용역의 공급시기라고 판단하고 있는바, 청구법인의 10% 유보금도 AAA-주의 실적요건이 충족되어야 청구할 수 있으므로 동 실적요건 충족시점을 용역의 공급시기로 봄이 타당하다. 1) 관련 유권해석(기획재정부 부가가치세제과-163, 2007.3.13.)에 따르면 완성도기준 지급조건부 건설용역 중 시운전비, 시험검사비에 대한 대가를 매 3개월마다 기성검사에 의해 확인되는 금액의 90%는 대가지급 청구 후에 지급하고 나머지 10%는 유보하여 조건부 인수증 및 최종인수증을 첨부하여 청구하면 지급하는 거래구조에서 동 유보금액에 대한 공급시기와 관련하여, 기획재정부는 사업자가 조건부인수증 또는 최종인수증을 첨부하여 그 대가지급을 청구하여 그 지급이 확정되는 때가 공급시기이며, 대가지급청구 후 14일 이내에 그 대가를 지급받지 못하는 경우에는 대가지급청구 후 14일이 되는 날이 되는 것 이라고 답변하였다. 즉, 특정 용역계약하에서 용역대금의 지급조건을 달리하여 일정금액을 유보한 후 그 조건이 만족한 시점에 대금을 청구하는 경우 동 대금을 청구한 시점이 공급시기가 되는 것이며, 하나의 용역이라고 하더라도 용역대금 지급조건을 달리하는 경우 공급시기를 조건에 따라 각각 판단하는 것이다. 따라서 청구법인의 관리운영대가의 경우에도 10% 유보분도 AAA-주의 실적요건이 충족되어야 대금을 청구할 수 있으므로 실적요건이 충족된 시점이 용역의 공급시기가 되는 것이다.
2. 관련 대법원 판례(대법원 2015.8.19. 선고 2015두1588 판결)에서도 중간지급 조건부 용역의 공급의 경우 원칙적으로 당사자 사이의 약정에 의하여 대가의 각 부분을 분할지급받기로 한 때에 용역의 공급시기와 익금의 귀속시기가 도래하고, 각 분할지급 시기가 도래하기 전에 당사자가 별도 약정으로 대가의 지급시기를 늦추기로 합의하였다면 그에 따라 용역의 공급시기와 익금의 귀속시기가 변경될 수 있다고 판시하고 있고, 부가가치세법 시행령 제29조 제1항 에 따라 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급 시기로 하는 용역의 경우 분할지급시기가 도래하기 전에 당사자간 별도 약정을 통해 대가의 지급시기를 늦춘다면, 변경된 시점을 용역의 공급시기로 볼 수 있는 것으로 해석할 수 있으며, 청구법인은 2017년 관리운영계약 변경합의를 통해서 10% 유보분을 향후 조건 충족 시 청구하기로 합의한바, 향후 지급조건을 충족한 시점이 용역의 공급시기가 되는 것이 타당하다. (3) 이 건 위탁관리용역이 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 것에 해당한다고 하더라도, 계약상 법적 청구권리의 확정 여부와 관련 없이 세금계산서를 발행 하기만 하면 그 공급시기가 도래하였다고 판단하는 것은 적절하지 않고, 청구법인이 10% 유보분에 대해 대금청구 및 대금수령을 한 적이 없는 이 사안에서 특례규정을 적용할 여지가 없다. (가) 처분청은 이 건 위탁관리용역이 부가가치세법 시행령 제29조 제1항 제1호 에 따른 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우가 아니라 같은 항 제4호에 따른 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 것에 해당한다고 보고, 같은 법 제17조 제4항 및 같은 법 시행령 제30조 제3호에 따르면 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 공급하는 경우 공급시기가 되기 전에 세금계산서 및 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급한 때를 용역의 공급시기로 보는 것이므로, 이 건 세금계산서는 공급시기 도래 전에 발급한 세금 계산서로 적법하다고 보고 있다. (나) 그러나 이 건 위탁관리용역이 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 것에 해당한다고 하더라도, 부가가치세법제17조 제4항의 취지를 합목적적으로 고려할 때 해당 규정을 회사의 거래상황과 무관하게 일률적으로 적용하는 것은 부당하다. 일반적으로 장기할부로 재화 또는 용역을 공급하거나 전력이나 그 밖에 공급단위를 구획할 수 없는 재화 또는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 날 이전에 대금을 청구하는 것이 일반적이므로 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급 시기로 보는 부가가치세법 시행령제29조 제1항 규정을 엄격하게 적용하게 되면 공급 시기 도래 전 대금 청구 시 세금계산서를 발급하지 못하게 되고 이에 따라 대금청구와 세금계산서 발급을 별도로 하게 되는 불편을 초래하게 된다. 이러한 문제점을 해결하기 위해 부가가치세법 제17조 제4항 에 특례규정을 두어 공급시기 도래 전에 세금계산서를 발급하면 그 발급한 때를 용역의 공급시기로 보도록 규정을 마련한 것으로서, 동 규정은 대금 청구시점과 세금계산서 발급시점을 일치시키기 위한 조문이다. (다) 청구법인이 AAA-주에 청구하는 관리운영대가 중 10% 유보분은 변경관리운영계약서에 명시된 바와 같이 AAA-주의 실제 운영수입이 추정운영수입의 80% 이상이 될 경우에 한하여 연도별 잔여현금의 30% 한도 내에서 지급하도록 규정하고 있다. 즉, 일반 관리운영대가와 동일하게 매월 청구를 할 수 있는 것이 아니라 동 조건을 만족한 시점에 대금을 청구할 수 있는 것으로서, 청구법인은 상기 요건을 충족하지 못하였기 때문에 10% 유보분을 청구할 수 있는 권한 자체가 없다. 즉, 채권회수가능성을 논하기 전에 법적으로 청구할 수 있는 권리가 확정되지도 않은 채권이므로 세금계산서를 발행하였다 하여 공급시기가 도래한 것으로 볼 수 없는 것이다. (라) 이처럼 청구법인은 대금청구목적으로 세금계산서를 발행한 것이 아니라 향후 AAA-주가 청구법인에 10% 유보분을 지급할 의무가 있음을 공식적으로 확인하기 위해 세금계산서를 발행한 것일 뿐, 실제 2017년부터 현재까지 10% 유보분을 단 한 번도 수령한 적이 없다. 따라서 부가가치세법 제17조 제4항 을 문리적으로만 해석하는 경우, 청구법인은 대금청구 및 수령도 하지 못한 상황에서 부가가치세 매출세액만 납부하는 결과를 초래하고, 대금청구를 전제한 선발행세금계산서의 입법취지를 몰각하는 것이다. (4) 2017년 이후 AAA-주의 사업실적을 분석·추정한 결과, AAA-주가 지급요건을 충족할 가능성이 매우 낮고, 대손세액 공제기한이 10년에 불과한 점 등을 고려하였을 때, 10% 유보금은 AAA-주가 지급요건을 충족하여 청구법인에 실제 지급하는 과세기간에 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고하는 것이 타당하다. (가) 10% 유보분은 AAA-주가 변경관리운영계약서상 실적기준을 충족한 경우 청구 법인에게 지급하도록 약정하고 있는데, 2017～2022년 AAA-주의 실제 운영수입과 제2차 변경실시협약서상 추정 운영수입을 비교해 보았을 때, 실제 운영수입이 추정 운영수입의 약 34～50% 수준에 불과하여 지급조건인 80%에는 크게 미치지 못하고, 과거 Refinancing 시점에서 사업성을 검토한 결과에 비추어도 AAA-주의 사업실적 고려 시 향후 10% 유보분 지급조건 달성은 어려울 것으로 판단하고 있다. (나) 부가가치세법제45조 및 같은 법 시행령 제87조 제2항에 따르면 사업자가 부가가치세가 과세되는 용역을 공급한 후 그 공급일로부터 10년이 지난날이 속하는 과세 기간에 대한 확정신고기한까지 채권 등이 대손되어 회수할 수 없는 경우 대손세액공제를 신청하도록 규정하고 있다. 하지만, 청구법인은 AAA-주와 동 사업을 2046년까지 수행 하기로 협의한바, 동 사업 종료시점까지 10% 유보분을 회수하지 못할 경우 약 20년분에 해당하는 대손세액공제도 신청할 수 없는 상황에 이르게 된다. (다) 처분청은 청구법인이 각 사업연도 말 내지 AAA-주의 결산시점에 유보금 회수가능 여부를 확인하여 수정세금계산서를 발행할 수 있었음에도 수정세금계산서를 발행하지 아니하였다고 보았으나, 관리운영대가의 유보 조건상 특정 요건을 충족하게 되는 경우 과거로부터 누적된 유보된 금액을 대상으로 지급 청구할 수 있으므로 각 연도 말 내지 결산시점을 기준으로 수정세금계산서를 발행할 사정변경이 있었다고 볼 수 없고, 수정세금계산서 발행 여부는 용역의 공급시기에 대한 판단과 무관한 사항이다. 오히려 청구법인 주장과 같이 유보조건이 충족되지 아니하여 용역의 공급시기가 도래 하지 아니하였으며, 거래 징수되지 아니한 매출세액의 과다납부분은 경정청구를 통하여 환급받아야 하는 것이다. (라) 따라서 10% 유보분은 AAA-주가 실제 지급조건을 충족하여 청구법인에 대가를 지급하는 때 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고하는 것이 타당하다.
(1) 이 건 위탁관리용역은 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우(조심 2016부4284, 2017.3.29.)에 해당한다. (가) 청구법인은 이 건 위탁관리용역이 기타조건부 용역에 해당한다고 주장하나, ‘기타 조건부 용역’이란 그에 관한 특별한 규정이 없는 한 역무의 제공 등이 완료되기 전에 그 대가를 완성도기준, 중간지급조건부기준 등이 아닌 다른 기준에 따라 나누어 지급하기로 약정한 경우를 의미하는 것이고, ‘역무의 제공이 완료되는 때’란 거래사업자 사이의 계약에 따른 역무 제공의 범위와 계약조건 등을 고려하여 역무의 제공사실을 가장 확실하게 확인할 수 있는 시점, 즉 역무가 현실적으로 제공됨으로써 역무를 제공받는 자가 역무 제공의 산출물을 사용할 수 있는 상태에 놓이게 된 시점을 말하는 것인바(대법원 2015.6.11. 선고 2013두22291 판결, 같은 뜻임), 기타조건부 용역은 건설용역, 변호용역과 같이 역무의 제공 으로 인한 산출물 또는 완료시점이 명확하게 확인되는 성질의 용역을 제공하고 역무 제공이 완료되기 전 기타조건으로 대가를 지급받기로 하는 경우에 적용하는 것으로 해석할 수 있다. (나) 하지만 이 건 위탁관리용역은 용역이 개시되는 시점부터 역무를 제공받는 자가 산출물을 이용가능하고 특정시점에 역무 제공의 산출물을 사용할 수 있는 상태에 놓이게 되는 것이 아니므로 역무의 제공이 완료되는 때를 명료하게 구획할 수 없는바 이를 부가가치세법 시행령 제29조 제1항 제1호 에 의한 기타조건부 용역으로 보기는 어렵다. (다) 용역을 공급하고 대가 중 일부를 조건부로 지급받는다 하여 전체 용역의 성격이 달라지지 않는다. 청구법인은 변경계약서에서 일정 조건이 충족될 때까지 10% 유보분의 수령을 유보하기로 약정하였으므로 이 건 위탁관리용역이 기타 조건부 용역이라고 주장하나, 해당 조건은 역무제공의 완성 여부나 공급가액을 확정하는데 아무런 영향을 미치지 않는 조건 으로서, 용역의 공급 이후 대가의 정산 방법을 명시한 것에 불과하며, 일정 조건이 충족될 때까지 전체 대가 중 일부의 지급을 유보하기로 한 약정이 있다 하여 용역의 성격이 달라 지는 것은 아니다. 부가가치세법은 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있는 것 으로서, 부가가치세 과세표준으로 삼을 수 있는 요건이 충족되고 법적인 공급시기가 도래 하였는지 등 형식적 요건을 기준으로 용역의 공급시기를 확정하는 것이므로, 청구법인이 이 건 위탁관리용역을 계속하여 공급하고, 대가를 확정하여 공급시기 도래 전 세금계산서를 교부한 이상 부가가치세법제17조 제4항에 따른 용역의 공급시기가 도래하였다고 보아야 한다. (라) 청구법인은 대법원 판례(대법원 2011.10.13. 선고 2008두21713 판결)를 들어 용역의 계속적 공급을 ‘공급단위를 구획되는 것’과 ‘구획할 수 없는 것’으로 구분하고, 공급하는 업무가 기간별로 균등하여 그 기간별 공급가액이 구분되는 경우는 공급단위를 구획할 수 있는 계속적 용역의 공급에 해당한다고 주장하나, 해당 판례는 묘지관리용역에 대한 사용료를 선불로 일시에 지급받고 계속해서 용역을 공급한 경우 일정한 기간을 단위로 대가를 산정할 수 있다면 해당 용역의 공급시기를 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’가 아닌 ‘역무의 제공이 완료되는 때’로 보아야 한다는 내용이고, 2010.2.18. 개정 전 부가 가치 세법 시행령이 적용되는 사안으로, 판결 이후 부가가치세법 시행령 제22조 제5호 (현 부가가치세법 시행령 제29조 제2항 제3호)가 신설되어 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 용역을 제공하고 그 대가를 선불로 받는 경우는 예정신고기간 또는 과세 기간의 종료일을 공급시기로 보도록 하고 있는바, 이 건 위탁관리용역이 공급단위를 구획할 수 있는 용역의 계속적 공급이라는 청구법인의 주장은 해당 판례를 오역한 것으로 보인다. 오히려 다수의 예규․판례에서 부동산임대, 위탁관리용역, 경영관리, 기장대리 등 특정 기간동안 지속적으로 포괄적인 용역을 제공하는 것을 “공급단위를 구획할 수 없는 용역의 계속적 공급”으로 보고 있는바, 계약기간과 계약금액이 확정된 상태에서 용역을 계속하여 공급하였다면 공급단위를 구획할 수 없는 용역의 계속적 공급으로 보는 것이지 대가를 사용기간 등으로 안분하여 지급받았는지, 그 외 기타의 조건으로 지급받았는지는 해당 용역이 공급단위를 구획할 수 없는 용역인지 여부를 판단하는데 영향을 주지 않는다. <참고> 공급단위를 구획할 수 없는 계속적 용역의 공급 예시 [공급단위를 구획할 수 없는 계속적 용역의 공급 예시]
① 일반관리업무 일체를 위탁하는 업무위탁 합의서를 체결하여 일반관리업무 위탁용역을 계속적으로 공급(조심2016서4188, 2017.6.20.)
② 부동산 임대 및 건물관리 용역을 계속적으로 공급하는 경우 당해 용역(부가-916, 2013.10.8.)
③ 메시징서비스 전송용역을 계속적으로 공급하면서 매월 단위로 전송 성공한 메시지 건수 등 이용내역 확인 및 정산절차를 거쳐 서비스월의 이용대금을 고객사로부터 받는 경우(서면부가-6673, 2021.12.16.)
④ 공동주택 건립사업과 관련한 사업부지에 대한 소유권 확보, 각종 인허가 업무, 조합원 모집․관리, 시공관련 일체의 계약 등 포괄적이고 복합적인 용역을 공동주택 개발사업의 준공승인 또는 조합의 해산시점까지 계속적으로 공급하고 그 대가를 모집율에 따라 지급받기로 하는 계약(조심2019서2768, 2020.8.21.)
⑤ 사업자에게 용역을 제공함에 있어 매년 1년 단위로 용역계약을 체결하고 월간단위로 대가를 청구하여 대금정산(서면상담3팀-1053, 2004.6.2.)
⑥ 청구인이 제공한 기장대리용역은 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에 해당(심사부가1999-984, 2000.2.25.)
⑦ 1년 단위로 계약하고 전산장비 유지보수 및 관리하는 용역을 제공(부가가치세과-1858, 2008.7.7.) (2) 공급단위를 구획 할 수 없는 용역의 공급시기는 원칙적으로 대가의 각 부분을 받기로 한 때로 보는 것이나, 부가가치세법 제17조 재화 및 용역의 공급시기 특례규정에 따라 공급시기가 되기 전에 세금계산서를 발급하는 경우에는 그 발급한 때를 용역의 공급 시기로 보는 것으로서, 청구법인이 공급시기가 되기 전 세금계산서를 발급한 이상 부가가치 세법 제17조 제1항 제4호의 특례규정에 따라 세금계산서를 발급한 때 공급시기가 도래 하였다고 볼 수 있다. (가) 부가가치세법 제17조 에 따르면 일반적으로 공급시기 전 대가를 지급받고 세금계산서를 발행하는 경우 그 선발행 세금계산서를 발급하는 때를 공급시기로 보고 있으나 같은 법 시행령 제30조 각 호에 명시된 할부 등의 재화나 용역을 공급하는 경우는 대가 수령 여부를 불문하고 세금계산서를 발급한 때를 공급시기로 보고 있고, 대가 수령 여부를 불문하고 세금계산서를 발행한 경우 공급시기가 도래한 것으로 보는 경우는 크게
① 재화나 용역의 공급은 이루어졌으나 장기할부판매로서 대가를 1년 이상 장기간에 걸쳐 수령하여 실지로 거래징수를 하지 않았음에도 부가가치세를 사업자가 부담해야 하는 경우 (부가가치세법 시행령 제30조 제1호)와 ② 공급단위가 구획되지 않아 공급이 완료된 시점을 정확하게 판단할 수 없는 경우(부가가치세법 시행령 제30조 제2, 3호)로 나누어 볼 수 있다. (나) 이 건 위탁관리용역은 공급단위가 구획되지 않은 계속적 용역이고, 청구법인은 그 대가 중 10% 유보분을 지급받지 못하였음에도 10% 유보분을 포함한 전체 금액에 대한 세금계산서를 발행하였으며, 변경관리운영계약서에서도 지급유보에도 불구하고 필요한 경우 세금계산서를 교부한다고 명시되어 있는 점 등을 고려할 때 이 건 세금계산서는 부가가치세법 시행령제30조 제3호 특례규정에 따라 상호합의하에 대가를 지급받기 전 세금계산서를 교부한 것으로서 적법하게 발급된 것이라 할 것이다. (다) 참고로 청구법인이 계약서상 세금계산서를 발행하기로 한 시점(매월 15일)에는 조건 충족 여부를 알 수가 없어 10% 유보분을 포함하여 세금계산서를 발행하였다 하더라도 각 연도 말 내지는 AAA-주의 결산시점에는 유보금 회수가능 여부를 확인하고 부가가치 세법 제32조 제7항 및 같은 법 시행령 제70조 제6호에 따라 수정세금계산서를 발행하고 공급가액을 감액할 수 있었음에도 수정세금계산서를 발행하지 아니하였으며, 청구 법인과 AAA-주는 2017년 3월 변경관리운영계약서를 체결한 이후 현재까지 상당 기간 동안 지급유보금액을 각각 미회수매출채권 및 부채로 계상하고 관리해 왔음에도 상호 간 세금계산서 공급가액에 대한 이의를 제기하거나 계약내용을 변경한 사실도 확인되지 않는다. (3) 대가를 받기로 하고 타인에게 용역을 공급한 이상 그 대가를 실제로 받았는지 여부는 부가가치세 납세의무의 성립 여부를 결정하는 데 아무런 영향을 미칠 수 없고(대법원 1989.4.25. 선고 87누863 판결, 대법원 1995.11.28. 선고 94누11446판결 등 참조), 용역 대가를 받지 못하고 부가가치세를 신고한 대가는 대손사유 (법인세법 시행령 제19조 의 2) 에 해당할 경우에 한하여 대손세액공제(부가가치세법 제45조)를 신청할 수 있을 뿐이다. (4) 재정경제부 부가가치세제과-163(2007.3.13.) 유권해석은 유보금에 대한 세금계산서를 발행하기 전 공급시기를 질의한 사례로서 이미 세금계산서를 발행한 본 사건과 판단기준이 다른 것으로 보이며, 공급단위를 구획할 수 없는 용역의 공급에 대한 공급시기 특례규정은 중간지급조건부·완성도기준 지급조건부 용역과 달리 대가수령 여부를 따지지 않고 있으므로 대법원 2015.8.19. 선고 2015두1588 판결 또한 본 사건에 적용할 수 없다.
(1) 부가가치세법 제16조(용역의 공급시기) ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.
2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때
② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제17조(재화 및 용역의 공급시기의 특례) ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 “재화 또는 용역의 공급시기”라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급 하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일이 지난 후 대가를 받더라도 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
1. 거래 당사자 간의 계약서ㆍ약정서 등에 대금 청구시기(세금계산서 발급일을 말한다)와 지급시기를 따로 적고, 대금 청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내인 경우
2. 재화 또는 용역의 공급시기가 세금계산서 발급일이 속하는 과세기간 내(공급받는 자가 제59조 제2항에 따라 조기환급을 받은 경우에는 세금계산서 발급일부터 30일 이내)에 도래하는 경우
④ 사업자가 할부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급한 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. 제32조(세금계산서 등) ⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정 세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다. 제45조(대손세액의 공제특례) ① 사업자는 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 공급을 받은 자의 파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(이하 “대손세액” 이라 한다)을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다. 다만, 그 사업자가 대손되어 회수할 수 없는 금액(이하 “대손금액”이라 한다)의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 더한다. 대손세액 = 대손금액 × 110분의 10 (2013. 6. 7. 개정) (2) 부가가치세법 시행령 제28조(구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 재화의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 날 이후에 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 날을 그 재화의 공급시기로 본다.
1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부판매의 경우
2. 완성도기준지급조건부로 재화를 공급하는 경우
3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우
4. 전력이나 그 밖에 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우 제29조(할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.
1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우
2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우
3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우
4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우
② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때
2. 배분비용: 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용 중 기획재정부령으로 정하는 배분방법에 따라 계산한 국외원천소득 관련 비용 제30조(할부로 공급하는 경우 등의 세금계산서 등 발급에 의한 재화 또는 용역 공급 시기의 특례) 법 제17조 제4항에서 “대통령령으로 정하는 경우의 공급시기”란 다음 각 호의 공급시기를 말한다.
1. 장기할부판매로 재화를 공급하거나 장기할부조건부로 용역을 공급하는 경우의 공급시기
2. 제28조 제3항 제4호에 따라 전력이나 그 밖에 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우의 공급시기
3. 제29조 제1항 제4호에 따라 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급 하는 경우의 공급시기 제87조(대손세액 공제의 범위) ① 법 제45조 제1항 본문에서 “파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 소득세법 시행령 제55조 제2항 및 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 에 따라 대손금(貸損金)으로 인정되는 경우
2. 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 법원의 회생계획인가 결정에 따라 채무를 출자전환하는 경우. 이 경우 대손되어 회수할 수 없는 금액은 출자전환하는 시점의 출자 전환된 매출채권 장부가액과 출자전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 시가와의 차액으로 한다.
② 법 제45조에 따른 대손세액 공제의 범위는 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급한 후 그 공급일부터 10년이 지난 날이 속하는 과세기간에 대한 확정 신고 기한까지 제1항의 사유로 확정되는 대손세액(법 제57조에 따른 결정 또는 경정으로 증가된 과세표준에 대하여 부가가치세액을 납부한 경우 해당 대손세액을 포함한다)으로 한다.
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) AAA-주는 2009년 11월 사회기반시설에 대한 민간투자법에 의한 OOO 복선전철 민간투자사업의 설계, 건설, 유지관리 및 운영과 사업 시행을 위한 재원조달을 수행 하는 것을 목적으로 설립된 법인으로, 위 민간투자사업의 사업시행자로 선정된 후 2009년 12월 국토해양부와 OOO 연장OOO복선전철 민간투자사업 실시협약을 체결하여 사업시설의 준공과 동시에 사업시설의 소유권은 국토교통부로 귀속시키는 대신, 운영개시일로부터 30년간 무상으로 사업시설을 사용·수익하고 유지·관리하여 시설이용자로부터 운임을 징수할 수 있는 관리운영권을 취득하여 운영하고 있으며, 사업시설의 실제 발생수요가 본 협약에서 정한 본 시설의 예측수요와 차이가 있을 경우 이로 인한 책임과 위험은 사업 시행자(AAA-주)에게 있다고 약정하였다. (나) 청구법인은 2005.5.30. 사회기반시설에 대한 민간투자법에 따른 OOO 전철 민간투자사업의 시행과 관련한 자산위탁관리 및 시설위탁운영 등을 목적으로 설립된 법인 으로, 2016년 1월부터 AAA-주로부터 OOO 복선전철에 대한 관리운영업무를 위탁받아 수행하고 AAA-주로부터 관리운영대가를 수취하고 있다. (다) 청구법인과 AAA-주는 2016.1.22. 아래 <표4>와 같은 내용의 ‘OOO 연장OOO 복선전철 민간투자사업 관리운영계약서’를 작성하고 관리운영대가 및 관리운영에 관한 전반적인 사항에 대한 계약을 체결하여 청구법인이 AAA-주에 OOO 복선전철 관리·운영 용역(이 건 위탁관리용역)을 제공하고 관리운영대가를 지급받기로 하였다. <표4> 당초 관리운영계약서 주요 내용 ㅇㅇㅇ (라) 2016년 신분당선 운영결과 당초 국토교통부와 AAA-주 간 실시한 협약 대비 약 38.9%의 수송실적밖에 달성하지 못하였고, AAA-주가 기존 금융약정에 따라 2018년부터 개시예정이었던 원금상환이 불가능한 것은 물론, 수요예측 결과 2021년이면 디폴트가 예상되는 상황이 발생하였는바, 대주(OOO 등)와 출자자는 AAA-주에 대한 재금융 (Refinancing)을 통해 사업안정화를 추진하는 것이 더 합리적이라고 판단하여 금융조건을 변경하였고, 청구법인도 기존 관리운영대가를 감액하는 내용으로 재금융(Refinancing)에 참여하게 되었다. (마) 청구법인과 AAA-주는 2017.3.9. 아래 <표5>와 같은 내용으로 ‘OOO 연장OOO 복선전철 민간투자사업 변경관리운영계약서’(변경관리운영계약서)를 작성하여 계약내용을 변경하면서 별표1.의 관리운영대가를 감액하는 한편, 감액된 관리운영대가 중 10% 유보분(별표2. 기재)의 지급을 유보하고, 동 유보액은 AAA-주의 실제운영수입이 추정운영수입의 80% 이상이 될 경우에 한해 연도별 잔여현금의 30% 한도 내에서 지급하는 것으로 약정하였다. <표5> 변경관리운영계약서 주요 내용 및 변경사항 ㅇㅇㅇ (바) 청구법인은 연초 또는 관리운영대가의 변경이 있을 달을 기준으로 연간 총 관리 운영대가를 산정하여 12개월로 안분한 뒤 매월 15일경 전월분 관리운영대가를 AAA-주에 공문으로 청구(아래 <표6>의 유보금액 포함)하면서 세금계산서를 발행하고, 25일경 수금 (아래 <표6>의 유보금액 제외)하였다. <표6> 유보금액 산출내역 ㅇㅇㅇ (사) 변경 관리운영대가 중 10% 유보분은 AAA-주의 실제운영수입이 제2차 변경실시 협약서상 추정운영수입의 80% 이상이 될 경우에 한하여 연도별 잔여현금의 30%의 한도 내에서 지급하기로 되어 있으나 계약변경 이후 AAA-주는 아래 <표7>과 같이 지속적으로 지급요건을 충족하지 못하여 유보된 금액을 지급한 사실이 없다. <표7> 추정운영수입 기준 지급요건 충족 여부 ㅇㅇㅇ (아) 청구법인은 지급유보분에 대해서 관리운영대가 청구일을 기준으로 세금계산서를 발행하여 매출로 인식한 후 부가가치세 신고 등을 이행하고 부가가치세 대손세액공제는 청구하지 않았으며, 회계기준상 매출 및 매출채권 인식요건을 불충족하여 법인세 수익금액 (매출채권)으로 인식하지 아니하였다가 법인세 신고 시 세무조정으로 익금(매출)산입하여 신고하였다. (자) AAA-주의 감사보고서에는 2022년 말 기준 청구법인에 대한 미지급금이 OOO원 으로 설정되어 있고, 청구법인의 2022년 말 기준 AAA-주에 대한 매출채권이 OOO원으로 설정되어 있으며, 그 차액(OOO원)은 청구법인이 10% 유보분에 대하여 세금계산서만 발행하였을 뿐 회계기준상 매출 및 매출채권 인식요건을 불충족하여 매출채권으로 인식하지 아니한데 반하여 AAA-주가 해당 금액에 대하여 회계상 비용 및 미지급금으로 인식함에 따라 발생한 것으로 확인된다. (차) 청구법인은 10% 유보분에 대하여 2023년 2월, 이 건 부가가치세 경정청구와 더불어 법인세 경정청구를 진행하여 2023년 4월 및 8월에 2017～2022사업연도 법인세 약 OOO원을 환급받았다. <표8> 연도별 법인세 환급세액 ㅇㅇㅇ
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 10% 유보분이 공급단위를 구획할 수 없는 용역의 계속적 공급에 대한 대가이므로 세금계산서를 발급한 때에 용역의 공급시기가 도래한다는 의견이나, 부가가치세법제16조 제2항 및 같은 법 시행령 제29조 제1항에서 ‘공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우(제4호)’ 등 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기를 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’로 보도록 규정 하고 있고, 청구법인이 제공하는 이 건 위탁관리용역은 2016년부터 30년간 OOO 복선전철 관련 사업시설의 운영 및 유지관리와 관련한 법인 사업관리, 안전감사, 열차운행 관리(관제실, CSO운영 등), 역무 및 영업, 건축·신호·차량·전산 등 유지·보수 등의 업무를 제공하는 것으로서, 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에 해당 한다 할 것이며, 당초 관리운영계약서 제8조 및 변경관리운영계약서 제2조 제2항, 제3항 등에 따르면 관리운영자(청구법인)는 관리운영기간 동안 변경관리운영계약서 별표1 기재 관리운영대가(변경 관리운영대가)를 월할한 금액을 매월 15일까지 청구하여 월 1회 사업 시행자(AAA-주)로부터 지급받고, 사업시행자는 청구된 변경 관리운영대가 중 변경관리 운영계약서 별표2 기재 연도별 유보금액(10% 유보분)만큼 관리운영대가의 지급을 유보하며, 지급이 유보된 관리운영대가는 ㈀ 사업시행자의 어느 연도 실제 운영수입(불변가 기준)이 해당 연도에 대한 제2차 변경실시협약상 추정 운영수입의 80% 이상이 되는 경우에 한하여 ㈁ 사업시행자의 해당 사업연도말 잔여 현금의 30%를 한도로, 누적하여 지급유보된 관리운영대가의 지급이 허용되는 것으로 약정한 것으로 나타나는바, 위 요건을 충족하지 못한 사업연도의 이 건 위탁관리용역에 대한 대가는 실제 AAA-주와 청구법인 간 당해 용역의 공급시기에 지급을 청구할 수 있고 지급의무가 발생한 금액, 즉 변경 관리운영대가 중 10% 유보분을 차감한 나머지 금액인 것으로 보이는 점, 부가가치세법제17조 제4항 및 같은 법 시행령 제30조에서 재화 및 용역의 공급시기의 특례로 ‘공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우(제3호)’ 등 사업자가 할부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 등으로서 공급시기가 되기 전에 세금계산서를 발급하는 경우에는 그 발급한 때를 그 재화 또는 용역의 공급시기로 보도록 규정하고 있으나, 지급유보된 관리운영대가의 지급이 허용되는 요건을 충족하지 못한 사업연도의 위탁관리용역에 대한 대가는 앞서 본 바와 같이 변경 관리운영대가 중 10% 유보분을 제외한 나머지 금액만이라 할 것이고, 청구법인은 실제로 AAA-주로부터 부가가치세를 포함한 10% 유보분 전액을 지급받지 못하였으며, 동 유보분을 매출채권으로 계상하거나 동 유보분이 매출채권으로 인정된 바도 없는바, 청구법인이 10% 유보분을 포함하여 발급한 세금계산서는 공급가액이 잘못 적힌 경우에 해당한다 할 것이므로 세금 계산서가 발급되었다는 사유만으로 그 과다하게 기재된 공급가액까지 해당 과세기간에 귀속되는 공급가액으로 볼 수는 없어 보이는 점, 처분청도 AAA-주가 변경관리운영계약서 제2조 제3항에서 정한 요건을 충족하여 청구 법인에게 실제 10% 유보분을 지급할 의무가 발생한 때 비로소 해당 금액이 청구법인의 수익이 된다는 전제하에 법인세 감액경정을 통해 해당 매출액을 해당 사업연도의 법인세 과세대상 수익에 해당하지 않는 것으로 판단한 점 등에 비추어, 처분청에서 청구법인이 10% 유보분을 포함하여 세금계산서를 발급한 때에 용역의 공급시기가 도래하였다고 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 부가가치세 과세표준 및 세액의 경정청구 금액 ㅇㅇㅇ
결정 내용은 붙임과 같습니다.