쟁점비용의 신성장·원천기술 연구개발비 해당 여부를 확인할 수 없다는 이유로 경정청구를 거부한 처분의 당부

[주 문] 분당세무서장이 2023.5.26. 청구법인에게 한 2017사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2001.12.28.부터 건강기능식품 제조업을 영위하고 있으며, 2017사업연도에 지출한 연구개발비 OOO원을 일반연구 및 인력개발비(인하 “일반 연구개발비”라 한다)로 보고 세액공제를 적용하여 법인세 OOO원을 신고･납부하였다.
• 나. 청구법인은 아래 <표1>과 같이, 당초 일반 연구개발비로 신고한 OOO원 중 OOO원과 추가로 확인한 OOO원을 합한 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 신성장동력연구개발비·원천기술연구개발비(인하 “신성장·원천기술 연구개발비”라 한다)로 재분류하여, 2023.3.31. 2017사업연도 법인세 OOO원의 환급을 경정청구하였으나, 처분청은 쟁점비용의 신성장·원천기술 연구개발비 해당 여부를 확인할 수 없다는 이유로 2023.5.26. 경정청구를 거부하였다. <표1> 경정청구 내역 (단위: 원, %)
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.8.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2017사업연도에 바이오 화장품 소재(원료) 개발 및 제조를 위하여 아래 <표2>의 연구개발 업무를 수행하였다. <표2> 연구개발 업무내역 (단위: 원)

(2) 쟁점비용을 투자한 연구개발의 대상은 조세특례제한법 시행령 별표7의 신성장·원천기술 요건을 충족한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 연구개발 대상이 신성장·원천기술 분야에 해당하는지 여부를 판단함에는 어려움이 있고, 정부는 이러한 불확실성을 경감해 줌으로써 투자유인을 제고하도록 사전심사제도를 두고 있다.

(2) 청구법인은 경정청구 당시까지 OOO에 심의를 신청하지 않았으므로, 쟁점비용이 신성장·원천기술 연구개발비에 해당하는지 여부를 확인할 수 없다. 다만, 경정청구 거부통지 후에 심의를 신청한 것으로 확인되므로, 그 결과가 있을 때까지 심판결정은 보류되어야 한다.

• 가. 쟁점 쟁점비용의 신성장·원천기술 연구개발비 해당 여부를 확인할 수 없다는 이유로 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제10조 (연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액 (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① 법 제10조 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제8조 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표7에 따른 신성장동력산업 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "신성장동력산업연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

2. 신성장동력산업연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비

② 법 제10조 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제8조제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 8에 따른 원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "원천기술연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

⑮ 다음 각 호의 사항을 심의하기 위하여 기획재정부장관 및 산업통상자원부장관이 공동으로 운영하는 연구개발세액공제기술심의위원회를 둔다.

1. 내국인의 연구개발 대상 기술이 신성장･원천기술 또는 국가전략기술에 해당되는지 여부에 관한 사항 [별표7] 신성장동력･원천기술 분야별 대상기술(제9조 제1항 관련) 구분 분야 신성장･원천기술

7. 바이오･ 헬스

• 다. 바이오 농수산･식품

2. 식품용 생리활성물질 분석 및 지표물질 규명기술

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 아래 <표3>과 같이, 당초 일반분야의 연구개발 인건비로 구분한 OOO원 중 OOO원을 신성장･원천기술 연구개발 분야의 인건비로 구분하는 등 총 OOO원(쟁점비용)을 신성장ㆍ원천기술 연구개발비로 재분류하여, 2023.3.31. 2017사업연도 법인세 OOO원의 환급을 경정청구하였으나, 처분청은 청구법인이 OOO의 심의를 거치지 않아, 연구개발 대상의 신성장･원천기술 해당 여부를 판단하기가 어렵다는 이유로, 2023.5.26. 경정청구를 거부하였다. <표3> 연구개발비 내역 (단위: 원)

(2) 청구법인은 2023.7.18. OOO에 신성장·원천기술 해당 여부에 대한 심의를 신청하였으며, 연구개발세액공제기술심의위원회(OOO전담 위원회)는 2024.7.17. 청구법인이 2017년에 수행한 4개 연구과제(위 <표2>)의 기술이 조세특례제한법 시행령 별표7 제7호 다목 2) 식품용 생리활성물질 분석 및 지표물질 규명 기술에 해당한다고 의결하고, 그 결과를 2024.7.29. 청구법인에게 통보하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점비용에 대하여 신성장･원천기술 연구개발비 세액공제를 적용받기 위해서는 사전에 OOO의 기술 검토를 거쳤어야 하나 경정청구일 현재 그와 같은 사실이 없어, 신성장·원천기술 연구개발비 해당 여부를 확인할 수 없다는 이유로 경정청구를 거부하였으나, 청구법인은 경정청구 이후 OOO에 심사를 신청하였으며, 쟁점비용의 연구개발 활동이 조세특례제한법 시행령 별표7의 신성장･원천기술에 해당하는 것으로 확인되었으므로 쟁점비용은 신성장·원천기술 연구개발비 세액공제 대상으로 봄이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.