쟁점건설임대주택이 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2002.6.12. 설립되어 임대주택의 건설 및 분양을 주된 사업목적으로 운영하는 법인으로, OOO 소재 OOO 민간건설임대주택 총 145채를 신축하여 2020.7.3.부터 민간임대주택에 관한 특별법(이하 “임대주택법”이라 한다)에 따라 단기민간임대주택(의무임대기간 4년)으로 등록하여 임대하던 중, 2021년 3월부터 11월까지의 기간 중 총 122채(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)에 대하여 임대주택법 제43조 제4항 제3호에 따라 임차인의 동의를 얻어 주택임대사업등록을 말소하고 임차인에게 분양전환ㆍ양도한 후, 양도차익 OOO원을 과세표준으로 하여 법인세법(이하 “법인세법”이라 한다) 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 특례법인세율 20%를 적용하여 2021사업연도 법인세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 청구법인은 이후 단기민간건설임대주택 분양 전환시 임대주택법 제43조 제4항 제3호에 따라 임차인의 동의를 얻어 양도하는 경우 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세 대상에 해당하지 아니한다는 취지의 국세청장의 법규해석(서면-2022-법규법인-2988, 2022.10.10., 이하 “쟁점예규”라 한다)에 따라 2022.11.30. 처분청에게 쟁점임대주택을 토지 등 양도소득세에 대한 법인세 과세 대상에서 제외하여 2021사업연도 법인세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였고, 처분청은 임대주택법 제6조 제1항 제11호 및 법인세법 시행령제92조의2 제2항 제1호의14 등에 해당하지 않는다는 이유로 2023.1.13. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.2.7. 이의신청을 거쳐 2023.7.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구인은 임대주택 건설을 주업으로 하는 법인이고, 쟁점임대주택의 분양은 단기민간건설임대주택을 임대주택법 제43조 제4항 제3호에 따라 임차인의 동의를 얻어 양도하는 경우로서, 이에 대하여는 토지등 양도소득에 대한 법인세가 과세 되지 않는다(서면-2022-법규법인-2988(2022.10.10.)”는 취지의 쟁점예규에 따라 건설임대주택의 임대기간내 분양의 경우 임대주택 건설을 촉진하고자 하는 임대주택법의 제정 취지 및 분양건설 주택과의 형평에 맞추어 임대주택법에 따른 양도로 보아, 의무임대기간의 1/2 이상 임대한 경우로 한정하지 않고 토지등 양도소득에 대한 법인세가 과세되지 않는 것으로 해석ㆍ적용하여야 하는바, 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결 등 참조). 청구법인의 주장과 같이 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 규정을 적용함에 있어, 임대주택법 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택을 신축하여 같은 법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하기만 하면 토지등 양도소득에 대한 과세특례 규정이 적용되지 않는다고 해석한다면, 건설임대주택을 신축하여 매각하는 모든 경우가 위 특례 규정에 따른 법인세 과세대상에서 제외될 것이다. 또한 이렇게 해석을 하는 경우 건설임대주택 중 임대기간, 대지면적, 기준시가 등 일정한 요건을 갖춘 것에 한하여 토지등 양도소득에 대한 과세특례가 적용되는 주택에서 제외하고 있는 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호, 제1호의2, 제1호의4, 제1호의12 및 제1조의14 규정이 사실상 무의미해지는 결과가 된다(창원지방법원 2019.5.30. 선고 2018구합52127 판결 참조). 구 법인세법(2021.12.31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것)은 법인의 부동산 양도로 발생한 양도차익에 대하여 사업소득에 대한 법인세에 추가하여 특별부가세를 과세하였고, 이와 관련하여 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호의 규정과 같은 취지를 규정한 구 법인세법 시행령(1993.12.31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것) 제124조의3 제5항에 관한 대법원 1995.6.30. 선고 94누13091 판결의 내용을 보면, ‘위 법인세법 시행령은 원칙적으로 주택을 판매용으로 신축하여 양도하는 경우를 예정하고 있다고 해석될 뿐 아니라, 임대주택건설촉진법상의 임대주택과 일반 주택은 그 신축·분양에 있어 법적 취급이 다르므로, 설사 과세관청으로부터 분양제한기간 내에 분양허가를 받았다고 하더라도 이러한 분양을 법인세법상 특별부가세 감면규정을 적용할 수 없다’는 취지로 판시한 점 등에 비추어 볼 때, 관할 관청의 허가를 받았다 하더라도 의무 임대 기한 경과 전에 양도한 이상 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호를 적용할 수는 없다고 엄격하게 해석함이 타당하다. 또한 임대주택법 제43조 제1항에서 임대사업자는 임대 의무기간 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하고, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다고 규정하고 있으며, 같은 법 제43조 제4항 제3호에서 예외적으로 허가를 받아 말소할 수 있는 경우로서 같은 법 제6조 제1항 제11호에 따라 말소하는 경우에 대한 규정이 2020.8.18. 신설되었고, 이와 관련한 세제 보완의 측면으로 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호의14가 신설된 개정세법의 개정 취지를 볼 때, 임대등록이 자동말소 되었다면 의무 임대기간을 충족한 것으로 보아 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호를 적용할 수 있을 것이나, 그 외 임대주택법 제6조 제1항 제11호에 따라 임차인의 동의를 얻어 자진말소하는 경우에 해당된다면 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호의14의 규정을 적용하여 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대하고 해당 등록 말소 이후 1년 이내 양도하는 주택에 대해서 토지등 양도소득에 대한 법인세 추가 과세를 제외함이 타당한 것이므로, 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점건설임대주택이 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 소득세법 제88조제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 20(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 지방자치법 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 도시 및 주거환경정비법이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득

(2) 법인세법 시행령 제92조의2【토지등양도소득에 대한 과세특례】② 법 제55조의2 제1항 제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. 다만, 제1호, 제1호의2, 제1호의4 및 제1호의12에 해당하는 임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날에 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날에 제1호, 제1호의2, 제1호의4 및 제1호의12에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다. 1의2. 해당 법인이 임대하는 민간임대주택에 관한 특별법제2조제2호에 따른 민간건설임대주택 또는 공공주택 특별법제2조제1호의2에 따른 공공건설임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제7호에 따른 임대사업자의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

• 가. 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(소득세법 시행령 제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것
• 나. 5년 이상 임대하는 것일 것
• 다. 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하거나 공공주택 특별법 제2조 제1호 가목에 따른 공공임대주택으로 건설 또는 매입되어 임대를 개시한 날의 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가의 합계액이 6억원 이하일 것 1의14. 제1호, 제1호의2, 제1호의4 및 제1호의12에 해당하는 임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조 제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 제1항 제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정한다)에는 해당 등록 말소 이후 1년 이내 양도하는 주택

④ 법 제55조의2 제4항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 말한다.

4. 주택을 신축하여 판매(민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택 또는 공공주택 특별법 제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택을 동법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 그 면적이 다음 각 목의 면적 중 넓은 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득

• 가. 주택의 연면적(지하층의 면적, 지상층의 주차용으로 사용되는 면적 및 주택건설기준 등에 관한 규정 제2조 제3호의 규정에 따른 주민공동시설의 면적을 제외한다)
• 나. 건물이 정착된 면적에 5배(국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조의 규정에 따른 도시지역 밖의 토지의 경우에는 10배)를 곱하여 산정한 면적

(3) 민간임대주택에 관한 특별법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[(괄호 생략)]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

2. "민간건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

• 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택
• 나. 주택법 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

6. "단기민간임대주택"이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. 제6조【임대사업자 등록의 말소】① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

5. 제43조 제2항 또는 제6항에 따라 민간임대주택을 양도한 경우

6. 제43조 제4항에 따라 민간임대주택을 양도한 경우

11. 제43조에도 불구하고 종전의 민간임대주택에 관한 특별법(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 제2조 제5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트(주택법 제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 또는 제2조 제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무기간 내 등록 말소를 신청(신청 당시 체결된 임대차계약이 있는 경우 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다)하는 경우 제43조【임대의무기간 및 양도 등】① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조 제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하 "임대의무기간"이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다.

③ 임대사업자가 임대의무기간이 지난 후 민간임대주택을 양도하려는 경우 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 이 경우 양도받는 자가 임대사업자로 등록하는 경우에는 제2항 후단을 적용한다.

④ 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 중에도 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 임대의무기간 내에도 계속 임대하지 아니하고 말소하거나, 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 허가를 받아 임대사업자가 아닌 자에게 민간임대주택을 양도할 수 있다.

1. 부도, 파산, 그 밖의 대통령령으로 정하는 경제적 사정 등으로 임대를 계속할 수 없는 경우

2. 공공지원임대주택을 20년 이상 임대하기 위한 경우로서 필요한 운영비용 등을 마련하기 위하여 제21조의2 제1항 제4호에 따라 20년 이상 공급하기로 한 주택 중 일부를 10년 임대 이후 매각하는 경우

3. 제6조 제1항 제11호에 따라 말소하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 증빙서류의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 국세청 대내포털시스템에 의하면 청구법인의 사업현황은 아래와 같다. ＜표1＞ 청구법인 사업 현황 OOO (나) 청구법인이 경정청구의 근거로 제시한 쟁점예규에 의하면 국세청장은 “임대주택법 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택을 같은 법 제43조 제4항 제3호의 규정에 따라 당해 민간건설임대주택의 임차인에게 양도하는 경우 법인세법 제55조의2 제4항 제3호 및 같은 법 시행령 제92의2 제4항 제4호에 따라 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에 해당하지 않는 것”이라고 회신한 것으로 나타난다. (다) 청구법인이 2021.2.25. OOO시장으로부터 발급받은 임대사업자등록증에 의하면 임대사업 최초 등록일은 2006.9.7.이고, 쟁점임대주택에 대해 주택구분은 건설, 주택종류는 단기민간임대주택, 주택등록일은 2020.4.21., 임대개시일은 2020.7.3.로 하여 임대사업자등록을 한 것으로 나타된다. (라) 쟁점임대주택 분양 현황자료에 의하면 청구법인은 2021.3.19.∼2021.11.29. 쟁점임대주택 122개호를 양도(분양)하였고, 분양매출은 합계 OOO원, 분양원가는 합계 OOO원, 분양이익은 OOO원으로 나타난다. (마) 청구법인이 국토교통부 주택토지실 주거복지정책관 민간임대정책과로부터 회신 받은 국민신문고 답변 내용은 아래와 같고, 쟁점임대주택은 4년 단기민간임대주택이 폐지됨에 따라 임차인의 동의를 얻어 자발적 말소를 한 경우에 해당되며, 청구법인은 이와 관련하여 임차인의 동의서와 임대사업자등록 말소신청서(2021.3.5. 접수), 경기도 평택시 안중출장소에서 2021.3.30. 회신한 임대사업자 등록 일부말소 신고 처리 공문 등을 제출하였다. (바) 처분청이 제출한 경정청구검토조서에 의하면 처분청은 청구법인이 임대주택법 제6조 제1항 제11호 및 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호의14 규정에 따른 요건 미충족을 사유로 경정청구를 거부한 것으로 나타난다. (사) 처분청은 2020년 9월 국세청에서 배포한 “부동산3법 등 주요개정 내용과 100문100답으로 풀어보는 주택세금” 발췌본을 제출한 바, 동 자료에는 2020.8.18. 임대주택법 개정으로 단기민간임대주택 및 아파트 장기민간임대주택 유형이 폐지됨에 따른 보완조치에 대해 “자진․자동 등록말소로 인해 임대기간요건을 충족하지 않고 임대주택을 양도하는 경우에도 다주택자 양도소득세 중과 배제 및 법인세 추가과세를 배제”하되, “자진등록말소의 경우 의무임대기간의 1/2 이상 임대한 경우만 보완조치를 적용”한다고 설명하고 있다. (아) 국세청장이 발간한 2021년 개정세법해설에서는 법인세법 시행령제92조의2 개정내용에 대하여 “의무임대기간의 1/2 이상 임대한 경우”에 신설된 추가세율 적용배제의 예외 규정을 적용하는 것으로 설명하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 건설임대주택에 대한 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세특례 적용 범위를 규정한 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호의2 및 제1호의14가 임대주택법 개정에 따른 보완조치로서 자진등록말소 이후 1년 내 양도하는 주택에 대하여 의무임대기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한하여 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에서 제외하는 것으로 규정하였으나, 청구법인은 의무임대기한의 2분의 1 이상(2년 이상)을 임대하지 아니하고 약 8개월∼1년 4개월을 임대한 후 쟁점임대주택을 분양전환한 점, 같은 조 제4항 제4호에서 임대주택법 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택을 신축하여 같은 법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 그 면적이 같은 호 각 목의 면적 중 넓은 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 토지등 양도소득에 대한 법인세가 과세되지 아니하는 것이나, 원칙적으로 임대주택법 상 의무임대기한이 경과하기 전에는 민간건설임대주택을 양도할 수 없는 것이므로, 동 규정은 의무임대기한이 모두 경과한 후 분양전환되는 민간건설임대주택의 경우에 적용되는 규정으로 봄이 타당한바, 청구법인이 의무임대기한이 경과하기 전에 쟁점임대주택을 양도한 이상, 이는 민간건설임대주택을 임대주택법에 따라 분양하는 경우에 해당한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 쟁점임대주택이 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에 해당하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.