청구법인과 이 사건 양도인은 모두 부동산업을 주업으로 영위하면서 쟁점부동산을 이른바 사업의 포괄양수도 형식으로 거래하기로 하였고, 청구법인이 이 사건 양도인의 임차인을 그대로 승계한 것으로 나타나며, 청구법인은 동남교역이 쟁점부동산에서 퇴거한 후 이를 다른 임차인에게 임대하면서 계속하여 부동산업을 영위하고 있는 것으로 나타나는 점, 쟁점부동산에 대한 건물분 부가가치세를 신고 및 대리납부 신고기한 이후에 대리납부신고서를 제출하였으므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
[사건번호] 조심2023중8941 (2024.02.27) [세 목] 부가 [결정유형] 기각 --------------------------------------------------------------------------------- [제 목] 쟁점부동산의 공급이 재화의 공급에 해당하거나 부가가치세 대리납부가 정상적으로 이루어졌으므로 쟁점부동산의 건물분 부가가치세 상당액을 환급하여야 한다는 청구주장의 당부 [결정요지] 청구법인과 이 사건 양도인은 모두 부동산업을 주업으로 영위하면서 쟁점부동산을 이른바 사업의 포괄양수도 형식으로 거래하기로 하였고, 청구법인이 이 사건 양도인의 임차인을 그대로 승계한 것으로 나타나며, 청구법인은 동남교역이 쟁점부동산에서 퇴거한 후 이를 다른 임차인에게 임대하면서 계속하여 부동산업을 영위하고 있는 것으로 나타나는 점, 쟁점부동산에 대한 건물분 부가가치세를 신고 및 대리납부 신고기한 이후에 대리납부신고서를 제출하였으므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨 [관련법령] 부가가치세법 제52조 / 부가가치세법 제10조 [참조결정] [따른결정] --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 쟁점부동산을 양수할 당시 임차인이 임차기간을 충족하지 않고 퇴거하여 현재까지 쟁점부동산이 공실로 남아 있으므로 쟁점부동산이 포괄양수도 된 것이라고 할 수 없는바, 쟁점세금계산서의 매입세액은 공제되어야 한다. 청구법인은 이 사건 양도인과 2022.4.5. 쟁점부동산을 포괄양수도 거래하기로 하고 계약서를 작성하였는데, 매수시점에 쟁점부동산의 임차인인 OOO이 2022.1.17.부터 2023.1.16.까지 쟁점부동산을 임차하기로 이 사건 양도인과 계약을 한 상태였기 때문에 이를 승계하였다. 그러나, OOO은 만기 전 퇴실을 요청하여 2022.12.27. 퇴거를 완료하였다(현장확인한 2023.1.4. 현재도 공실로 유지되고 있음). 포괄양수도 계약이라 함은 계약서에 기재되었다고 하여 그 자체로 주장 가능한 것이 아니라 매도자, 매수자, 기존 임차인 간의 내역 등을 확인하여 적용하여야 할 것인바, 이에 기존 임대차계약서상 임대차기간이 미충족된 경우에는 포괄양수도 조건이 완결되지 못한 것으로 보아야 한다. 또한 기존 임차인이 계약기간 내에 퇴거 후 신규 임차인이 임차한 경우라면 기존 포괄승계가 유지된다고 볼 것이지만, 현재까지 공실로 유지되고 있으므로 포괄양수도 조건을 만족하지 못한다고 보아야 한다.
(2) 쟁점부동산 거래는 그 실질이 부가가치세법상 재화의 공급에 해당하므로 쟁점세금계산서의 매입세액은 공제되어야 한다. 청구법인은 당초 자금조달 등의 사정으로 인하여 포괄양수도 방식으로 쟁점부동산의 매매를 진행하려 하였으나, 포괄양수도 거래의 판단이 개별 거래건마다 달라지는 사례 등이 있어, 이 사건 양도인에게 최대한 협력하기 위하여 대리납부신고를 진행하기로 하였다. 그 과정에서 기한 내에 대리납부신고서의 제출이 누락되었고, 이에 조기환급이 불가능하게 되었으며, 결국 이 사건 양도인은 쟁점부동산 거래를 재화의 공급으로 보아 쟁점세금계산서의 매출세액을 신고ㆍ납부하였고, 청구법인은 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제받지 못하고 부가가치세 수정신고를 하게 되었다. 결국 부가가치세 대리납부신고가 되지 않았고, 이 사건 양도인은 쟁점부동산의 건물분 공급에 관하여 쟁점세금계산서를 발급하고 부가가치세를 전액 납부하였는바, 쟁점부동산 거래는 부가가치세법상 재화의 공급에 해당한다. 쟁점부동산 매매계약서의 특약사항으로 언급된 대리납부신고서는 세법상 위험을 해소하기 위한 안전장치이지 본 계약의 범위를 넘어서서 세법 적용의 대상이 되지 않는 것이다.
(3) 설령 쟁점부동산 거래가 포괄양수도 거래라고 하더라도 청구법인은 2022.6.7. 이 사건 양도인으로부터 쟁점세금계산서의 매출세액을 받아 2022.7.18. 처분청에 부가가치세 대리납부신고서를 제출하였으므로 부가가치세법제52조 제4항에 따른 대리납부신고가 적법하게 이루어진 것인바, 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제하여야 한다. 일반 납세자들 간의 상업용 오피스텔 거래에 있어 매출세액의 납부 및 환급의 경우 세법상의 절차를 오해하여 부가가치세를 거래금액에 포함하여 인식하는 경우가 매우 많다. 이 건 거래 역시 청구법인은 잔금시기(2022.4.5.) 이 사건 양도인에게 부가가치세를 포함한 금액을 지급하였고, 같은 날 이 사건 양도인으로부터 쟁점세금계산서를 발급받았기 때문에 쟁점부동산의 거래를 재화의 공급으로 판단하였다. 이에 청구법인은 대리납부신고서를 제출하지 않고 조기환급신고를 진행하였으나, 처분청이 쟁점부동산의 거래를 포괄양수도 거래로 보았기 때문에 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제받을 수 없었다. 이후에야 해당 내용을 확인한 결과 이 사건 양도인 측이 청구법인으로부터 부가가치세를 받아 그대로 보관하고 있었음을 알 수 있었고, 2022.6.7. 이를 돌려받았다. 청구법인은 여기에서 쟁점부동산의 거래가 세무상으로 종결된 것으로 오해하였다가 이 사건 양도인이 2022.5.19. ‘청구법인이 양수자로서 OOO원의 부가가치세를 대리납부한 것’으로 기재하여 부가가치세를 신고하였음을 확인하고 2022년 7월경 부가가치세 대리납부신고서를 제출하였으나, 처분청은 이를 기한 후 신고서로 판단하여 접수를 하지 아니하였다. 그러나 부가가치세법제52조 제4항에 따르면 ‘부가가치세를 징수하여 그 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음달 25일까지 사업장 관할 세무서장에게 납부할 수 있다’고 규정하고 있으므로 청구법인은 적법하게 부가가치세 대리납부신고를 한 것으로 보아야 한다(따라서, 쟁점부동산의 양도가 사업의 포괄양수도에 해당한다면 부가가치세 대리납부가 정상적으로 된 것이기 때문에 이 사건 양도인이 착오로 납부한 부가가치세액은 청구법인에게 환급되어야 함).
(4) 마지막으로 쟁점부동산 거래에 관한 판단은 동일해야 한다. 즉, 처분청이 쟁점부동산 거래를 포괄양수도 거래라고 보아 청구법인에게 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제해줄 수 없다면, 이 사건 양도인의 관할세무서장은 이 사건 양도인이 납부한 부가가치세액을 직권으로 환급하여야 한다(청구법인은 이 사건 양도인 및 그 대리인에게 경정청구를 해줄 것을 요청하였으나, 이들은 이에 응하지 않고 있다).
(1) 청구법인은 쟁점부동산의 임차인이 계약기간을 채우지 못하고 퇴거하여 쟁점부동산이 공실이 되었으므로 쟁점부동산의 양도가 포괄양수도에 해당하지 않는다고 주장하나, 청구법인이 제출한 쟁점부동산의 매매계약서를 보면 특약사항으로 ‘쟁점부동산의 매매계약은 포괄양수도 조건이며 양수자인 청구법인은 부가가치세법에서 규정하는 대리납부신고서와 함께 부가가치세를 납부하기로 함’이라고 기재되어 있고, 계약할 당시 임대차계약의 내용의 변경 없이 그대로 계약을 승계한 점으로 보아 사업의 동일성이 소멸되었다고 볼 수 없으므로 위와 같은 이유로 포괄양수도가 아니라는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.
(2) 청구법인은 이 사건 양도인이 2022.4.5. 쟁점세금계산서를 발행하고, 2022년 7월경 쟁점세금계산서 관련 매출세액을 납부하였으므로 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 청구법인과 이 사건 양도인은 쟁점부동산에 관하여 포괄양수도 특약이 담긴 계약서를 작성하였고, 매매금액을 계약 이후 납부하였다 하여 포괄양수도 계약내용이 소멸되거나 변경되는 것이 아니므로 이 사건 양도인이 납부한 부가가치세는 경정청구로 환급받아야 하는 것이지, 청구법인이 공제받을 금액은 아니다.
(1) 부가가치세법 제4조(과세대상) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.
1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급
제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.
② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제10조(재화 공급의 특례) ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.
2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.
⑩ 제1항부터 제9항까지에서 규정된 사항 외에 재화 공급의 특례에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제31조(거래징수) 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제29조 제1항에 따른 공급가액에 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 징수하여야 한다. 제49조(확정신고와 납부) ② 사업자는 제1항에 따른 신고(이하 “확정신고”라 한다)를 할 때 다음 각 호의 금액을 확정신고 시의 납부세액에서 빼고 부가가치세 확정신고서와 함께 각 납세지 관할 세무서장(제51조의 경우에는 주된 사업장 소재지의 관할 세무서장을 말한다)에게 납부하거나 국세징수법에 따른 납부서를 작성하여 한국은행등에 납부하여야 한다.
1. 제59조 제2항에 따라 조기 환급을 받을 환급세액 중 환급되지 아니한 세액
2. 제48조 제3항 본문에 따라 징수되는 금액 제52조(대리납부) ④ 제10조 제9항 제2호 본문에 따른 사업의 양도(이에 해당하는지 여부가 분명하지 아니한 경우를 포함한다)에 따라 그 사업을 양수받는 자는 그 대가를 지급하는 때에 같은 호 본문 및 제31조에도 불구하고 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 그 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 25일까지 제49조 제2항을 준용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 관할 세무서장에게 납부할 수 있다. (2) 부가가치세법 시행령 제23조(재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도) 법 제10조 제9항 제2호 본문에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 사업장별(상법에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제2항 또는 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.
3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것 제95조(대리납부) ⑤ 법 제52조 제4항에 따라 사업을 양수받는 자가 그 대가를 받은 자로부터 징수한 부가가치세는 다음 각 호의 사항을 적은 부가가치세 대리납부신고서와 함께 사업장 관할 세무서장에게 납부하거나 국세징수법에 따른 납부서를 작성하여 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.
2. 사업의 양수에 따른 대가를 받은 자의 인적사항
3. 사업의 양수에 따른 대가의 가액과 부가가치세액
(1) 쟁점부동산의 매매계약서, 쟁점세금계산서, 쟁점부동산의 양도와 관련한 청구법인 및 이 사건 양도인의 부가가치세 신고내용 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2022.2.23.부터 부동산(부동산매매업)업을 영위하고 있는 일반과세사업자이고, 이 사건 양도인은 2017.8.17.부터 2022.4.30.까지 쟁점부동산을 사업장소재지로 하여 부동산업(비주거용건물임대업)을 영위하였던 일반과세사업자이다. (나) 청구법인은 2022.3.4. 이 사건 양도인과 사이에 쟁점부동산에 관한 매매계약을 체결(아래 <표> 참조)하고, 2022.4.5. 소유권이전등기를 경료받았는데, 위 매매계약서에는 ‘포괄양수도 조건으로 계약하고, 양수자인 청구법인이 대리납부신고서와 함께 부가가치세를 납부하기로 하며, 이 사건 양도인은 세금계산서를 발행한다’는 내용이 기재되어 있다. <표> 쟁점부동산 매매계약의 주요 내용 (다) 이 사건 양도인은 2022.4.5. 청구법인을 공급받는 자로 하여 공급가액 OOO원의 쟁점세금계산서(종이)를 발급하였고, 청구법인은 이 사건 양도인에게 쟁점부동산의 매매대금 및 부가가치세 상당액 전액을 지급한 것으로 나타난다. (라) 이 사건 양도인은 2022.5.19. 2022년 제1기 부가가치세 신고(2022.4.30. 폐업)를 하였는데, 위 신고서에는 ‘사업양수자가 대리납부한 세액’이 OOO원이라고 기재되어 있다. 한편, 청구법인은 같은 날 쟁점세금계산서(고정자산매입분)의 매입세액을 공제하여 2022년 제1기 부가가치세 OOO원의 조기환급신고를 하였으나, 부가가치세법제52조 제4항에 따른 신고 및 대리납부를 하지 아니하였다. (마) 청구법인은 2022.6.14. 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하는 것(청구법인 주장에 따르면, 처분청은 ‘쟁점부동산의 양도가 사업의 포괄양수도에 해당하기 때문에 청구법인의 2022.5.19.자 조기환급신고를 수리할 수 없다’고 하였다고 한다)으로 하여 2022년 제1기 부가가치세 조기환급 수정신고를 하였다(청구법인은 2022.6.7. 이 사건 양도인으로부터 쟁점부동산의 건물분 부가가치세 상당액에 해당하는 금액을 은행계좌로 이체받았는데, 이에 대하여 청구법인은 이 사건 양도인에게 착오로 부가가치세를 지급하였던 사실을 뒤늦게 확인하고 돌려받은 것이라고 주장한다). (바) 청구법인은 2022.7.18. 쟁점부동산 매매와 관련하여 건물분 부가가치세에 대한 대리납부신고서를 제출하였으나, 기간 도과 등을 이유로 수리되지 않은 것으로 나타난다. (사) 한편, 이 사건 양도인은 2022.7.22. ‘사업양수자가 대리납부한 세액’을 OOO원으로 하여 2022년 제1기 부가가치세를 수정신고하고 부가가치세 OOO원을 납부하였다(청구법인은 2022.7.22. 이 사건 양도인에게 쟁점부동산의 건물분 부가가치세 상당액을 은행이체 지급하였는데, 청구법인 주장에 따르면 이 사건 양도인이 쟁점부동산 건물분에 대한 부가가치세를 납부해야 하는 상황이 됨에 따라 이를 지급한 것이라고 한다). (아) 청구법인은 쟁점부동산이 2022.12.27.부터 공실상태였다고 주장하는데, 청구법인의 2022.6.8.자 부가가치세 조기환급 수정신고서를 보면, 부동산임대공급가액명세서상 임차인이 OOO로 되어 있고, 청구법인의 2023년 제1기 부가가가치세 신고서에 첨부된 부동산임대공급가액명세서를 보면, 청구법인은 2023.1.1.부터 2023.6.30.까지 ㈜b(214-88-*)에게 쟁점부동산을 임대하였던 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점부동산의 양도가 ‘재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도’에 해당하지 않으므로 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업장별로 사업용 재산을 비롯한 물적·인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말하는 것인바(대법원 1999.5.14. 선고 97누12082 판결 등 참조), 청구법인과 이 사건 양도인은 모두 부동산업을 주업으로 영위하면서 쟁점부동산을 이른바 사업의 포괄양수도 형식으로 거래(구체적으로 청구법인이 쟁점부동산의 건물분 부가가치세액을 대리납부하기로 약정하였다)하기로 하였고, 청구법인이 이 사건 양도인의 임차인을 그대로 승계한 것으로 나타나며, 청구법인은 기존 임차인이 쟁점부동산에서 퇴거한 후 이를 다른 임차인에게 임대하면서 계속하여 부동산업을 영위하고 있는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 양도는 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 ‘재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도’에 해당한다고 볼 수 있으므로(이 사건 양도인이 관할세무서장에게 쟁점부동산의 양도와 관련하여 건물분 부가가치세 명목으로 납부한 OOO원을 환급하여야 하는지 여부는 별론으로 하더라도), 쟁점부동산의 공급이 재화의 공급에 해당한다는 청구법인의 주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. (나) 또한, 청구법인은 쟁점부동산의 양도가 사업의 양도에 해당한다고 하더라도 적법하게 부가가치세 대리납부신고가 되었으므로 결과적으로 이 사건 양도인이 납부하게 된 쟁점부동산의 건물분 부가가치세액을 청구법인에게 환급하여야 한다는 취지로 주장하나, 부가가치세법제52조 제4항은 ‘사업의 양도에 따라 그 사업을 양수받는 자는 그 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 그 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 25일까지 사업장 관할 세무서장에게 납부할 수 있다’고 규정하고 있는바, 청구법인은 2022.4.5. 이 사건 양도인에게 쟁점부동산의 대가를 지급한 것으로 나타나므로 위 규정상 2022.5.25.까지 쟁점부동산에 대한 건물분 부가가치세를 신고 및 대리납부하여야 함에도 2022.7.18.에서야 대리납부신고서를 제출하였으므로 쟁점부동산의 건물분 부가가치세를 적법하게 대리납부하였다는 위와 같은 청구법인의 주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
붙임과 같습니다.