청구법인을 쟁점토지의 실질소유자로 보아 법인세 등을 부과한 처분의 당부

• 가. 청구법인은 2015.3.25. 설립되어 경기도 AAA시 OOO 소재지에서 부동산 매매 및 분양대행업 등을 영위하고 있는 업체이고, 청구인(청구법인과 합하여 이하 “청구인들”이라 한다)은 그 대표이사로 재직하고 있다.
• 나. CCC지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 농업회사법인 AAA㈜(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점법인의 명의로 경기도 BBB시 OOO 외 14필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득 및 양도한 후 법인세 신고 시 이를 누락한 것으로 보아 관련 과세자료를 처분청에 파생하는 한편, 쟁점토지 소재지를 관할하는 지방자치단체장(경기도 BBB시장 및 강원도 ▲▲▲군수 등)에게 명의신탁 혐의 자료를 통보하였다.
• 다. 처분청(AAA세무서장)은 이에 따라 쟁점토지와 관련한 수입금액 및 매입금액 등을 포함하여 2023.3.20. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO원을 경정‧고지하는 한편, 수입금액 신고누락액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 대표이사인 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.
• 라. 처분청(분당세무서장)은 청구인이 쟁점금액을 소득금액에 합산하여 종합소득세를 무신고함에 따라 2023.5.22. 청구인에게 2017년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 마. 청구인들은 이에 불복하여 2023.5.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장

(1) 쟁점법인이 청구법인을 통하여 쟁점토지를 제3자에게 판매하였음에도 처분청은 쟁점토지에 관한 소유관계를 구체적으로 조사하지 아니한 채 청구법인이 쟁점토지를 쟁점법인에게 명의신탁한 것으로 보아 이 건 처분을 하였으나, 쟁점법인은 쟁점토지의 소유자들로부터 쟁점토지를 직접 매수한 실질소유자이고 청구법인은 쟁점법인으로부터 쟁점토지의 판매를 위탁받아 판매하였을 뿐 청구법인이 쟁점법인에게 쟁점토지를 명의신탁하였다고 볼 만한 명백한 증거가 없다. 또한, 쟁점토지 중 타이완인 aaa에게 판매된 강원도 ▲▲▲군 OOO 전 966㎡ 및 같은 리 63-50 전 3,429㎡ 중 3429분의 165 지분의 경우 청구법인이 판매대행한 토지에도 해당되지 아니하고, 조사청의 통보를 받은 강원도 ▲▲▲군수도 쟁점토지에서 위 aaa의 소유토지를 제외한 부분에 대하여 과징금을 부과하였다.

(2) 조사청은 청구법인이 농지인 쟁점토지를 취득할 수 없어서 농지를 취득할 수 있는 쟁점법인에게 명의신탁을 의뢰하였다고 보았으나, 이 건 조사내용과 같이 쟁점법인이 청구법인으로부터 쟁점토지를 명의수탁받은 것이라면 임야인 경기도 BBB시 OOO 등 7필지의 명의도 청구법인으로 하였어야 하는데, 당해 토지의 경우 쟁점법인 명의로 소유권이전등기가 되어 있는바, 이는 쟁점법인이 쟁점토지의 실질소유자라는 사실을 뒷받침하는 증거라고 할 것이다. 또한, 쟁점법인은 쟁점토지 소유자들과 직접 매매계약을 체결하고 매매대금을 지급하거나 경락받아 쟁점토지의 소유권을 취득하였고 현재까지 쟁점토지에 부과되는 재산세도 납부하고 있음이 객관적으로 확인된다.

(3) 처분청 의견과 같이 쟁점법인이 명의수탁자에 불과하다면 쟁점토지의 매매대금은 전부 청구법인에게 귀속되어야 함에도 aaa 소유의 토지를 제외한 모든 토지의 매매대금(총 OOO원)의 93.67%에 달하는 OOO원이 쟁점법인에게 지급되었고, 청구법인이 쟁점토지 판매로 인하여 취득한 이익은 총 판매대금의 6.33%인 OOO원에 불과하다. 이와 같이 청구법인이 쟁점토지 판매대금의 대부분을 쟁점법인에게 지급한 이유는 쟁점법인이 쟁점토지의 실질소유자이고 청구법인은 수수료를 받고 쟁점토지의 판매를 대행한 회사에 불과하기 때문이다.

(4) 한편, 쟁점법인 및 그 대표이사인 bbb은 쟁점토지의 판매로 인한 이익이 쟁점법인에게 귀속되었다는 전제에서 농업경영의사 없이 거짓으로 농지취득자격증명을 발급받았다 하여 농지법 위반 혐의로 기소되었고, 제1심에서 bbb은 징역 1년에 집행유예 2년을, 쟁점법인은 벌금 OOO원의 형을 선고받았다(EEE지방법원 OOO 판결 참조). 수사과정에서 bbb은 토지 판매로 인한 이익을 쟁점법인이 취득하였다고 인정하였는데, 농지법 위반사건에 있어 위반행위로 인하여 취득한 이익은 중대한 양형사유에 해당하는바, 쟁점법인이 단순한 명의수탁자에 불과하다면 bbb이 스스로 형사처벌을 감수하면서까지 토지 판매로 인한 이익을 쟁점법인이 취득하였다고 진술할 이유는 없었을 것이다.

(5) 경기도 BBB시장은 쟁점토지 중 경기도 OOO 토지의 실질소유자를 청구법인으로 보아 명의신탁 과징금을 부과하였고, 이에 청구법인이 불복하여 제기한 행정소송에서 1심 법원은 청구법인이 위 토지의 실질소유자가 아님을 인정하였고, 경기도 BBB시장이 항소하지 아니함으로써 동 판결은 2024.2.28. 확정되었다(수원지방법원 OOO 판결 참조). 또한, 강원도 ▲▲▲군수는 쟁점토지 중 경기도 ▲▲▲군 OOO 일대 토지의 실질소유자를 청구법인으로 보아 명의신탁 과징금을 부과하였고, 이에 청구법인이 불복하여 제기한 행정소송에서 1심 법원은 위 토지의 실질소유자가 쟁점법인임을 인정하였으며(춘천지방법원 OOO 판결 참조), 강원도 ▲▲▲군수가 항소하지 아니함으로써 2024.4.26. 확정되었다. 따라서 쟁점토지의 실질소유자가 청구법인임을 전제로 한 이 건 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인들은 쟁점토지의 실질소유자가 쟁점법인이라고 주장하나, 금융증빙, 매매계약서 및 개인매수자의 거래내용확인서 등에 의하여 쟁점토지의 실질소유자가 청구법인임이 객관적으로 확인되므로 이 건 처분은 정당하다. 청구법인 등과 같은 기획부동산업체가 부동산을 취득하여 분할‧판매하는 과정에 농지가 포함되어 있는 경우 농지를 취득할 자격이 없는 청구법인은 농업회사법인인 쟁점법인의 명의로 쟁점토지를 취득한 후 청구법인 소유의 다른 토지들과 함께 판매한 것으로 조사되었는바, 이로 인하여 쟁점토지의 등기부등본상 소유자인 쟁점법인은 그 설립목적이 농업경영, 농산물 유통‧가공‧판매, 농어촌 관광휴양산업 등임에도 그 목적에 맞는 업무를 수행하지 아니하였고, 청구법인이 송금한 자금으로 쟁점토지를 취득하여 판매한 후 그 판매대금을 청구법인 명의의 계좌로 수취하는 등 쟁점토지의 매매와 관련된 업무를 실질적으로 청구법인이 관리하였음이 명백하다.

(2) 또한, 청구법인은 쟁점법인이 청구법인에게 쟁점토지 판매업무 대행을 의뢰하고 수수료를 지급하였다고 주장하나, 쟁점법인이 지급하였다는 수수료와 관련하여 세금계산서 발급내역이 확인되지 아니할 뿐만 아니라 토지 매매대금에 대한 정산이나 회계처리 내역 등이 없는 것으로 나타나며, 개인매수자들과 계약 시 ‘실거래를 위한 계약서’와 ‘등기를 위한 계약서’를 각각 2부 작성하는 등 쟁점토지에 대한 매매가 청구법인의 주도 하에 이루어졌음이 객관적으로 확인되므로 쟁점토지의 실질소유자를 청구법인으로 보아 법인세 등을 부과한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인을 쟁점토지의 실질소유자로 보아 법인세 등을 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 법인세법 제55조의2[토지 등 양도소득에 대한 과세특례] ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 소득세법 제88조 제9호 에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.(이하 생략) 제66조[결정 및 경정] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 제67조[소득처분] 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여‧배당‧기타사외유출‧사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고

(3) 소득세법 제80조[결정과 경정] ① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

(4) 농지법 제6조[농지 소유 제한] ① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다. 제57조[벌칙] 제6조에 따른 농지 소유 제한이나 제7조에 따른 농지 소유 상한을 위반하여 농지를 소유할 목적으로 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 제8조 제1항에 따른 농지취득자격증명을 발급받은 자는 5년 이하의 징역 또는 해당 토지의 개별공시지가에 따른 토지가액(土地價額)[이하 “토지가액”이라 한다]에 해당하는 금액 이하의 벌금에 처한다.

(5) 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 제4조[실명의신탁약정의 효력] ① 명의신탁약정은 무효로 한다.

② 명의신탁약정에 따른 등기로 이루어진 부동산에 관한 물권변동은 무효로 한다. 다만, 부동산에 관한 물권을 취득하기 위한 계약에서 명의수탁자가 어느 한쪽 당사자가 되고 상대방 당사자는 명의신탁약정이 있다는 사실을 알지 못한 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 제1항 및 제2항의 무효는 제3자에게 대항하지 못한다. 제5조[과징금] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 해당 부동산 가액(價額)의 100분의 30에 해당하는 금액의 범위에서 과징금을 부과한다.

1. 제3조 제1항을 위반한 명의신탁자

2. 제3조 제2항을 위반한 채권자 및 같은 항에 따른 서면에 채무자를 거짓으로 적어 제출하게 한 실채무자(實債務者) 제7조[벌칙] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 5년 이하의 징역 또는 2억원 이하의 벌금에 처한다.

1. 제3조 제1항을 위반한 명의신탁자

2. 제3조 제2항을 위반한 채권자 및 같은 항에 따른 서면에 채무자를 거짓으로 적어 제출하게 한 실채무자

② 제3조 제1항을 위반한 명의수탁자는 3년 이하의 징역 또는 1억원 이하의 벌금에 처한다. 제12조의2[양벌규정] 법인 또는 단체의 대표자나 법인‧단체 또는 개인의 대리인‧사용인 및 그 밖의 종업원이 그 법인‧단체 또는 개인의 업무에 관하여 제7조, 제10조 제5항 또는 제12조 제3항의 위반행위를 하면 그 행위자를 벌하는 외에 그 법인‧단체 또는 개인에게도 해당 조문의 벌금형을 과한다. 다만, 법인‧단체 또는 개인이 그 위반행위를 방지하기 위하여 해당 업무에 관하여 상당한 주의와 감독을 게을리하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다. (6) 법인세법 시행령 제106조[소득처분] ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다. (7) 소득세법 시행령 제134조[추가신고] ① 종합소득 과세표준확정신고기한이 지난 후에 법인세법에 따라 법인이 법인세 과세표준을 신고하거나 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하여 익금에 산입한 금액이 배당‧상여 또는 기타소득으로 처분됨으로써 소득금액에 변동이 발생함에 따라 종합소득 과세표준확정신고 의무가 없었던 자, 세법에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니하여도 되는 자 및 과세표준확정신고를 한 자가 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우 해당 법인(제192조 제1항 단서에 따라 거주자가 통지를 받은 경우에는 그 거주자를 말한다)이 같은 항에 따른 소득금액변동통지서를 받은 날(법인세법에 따라 법인이 신고함으로써 소득금액이 변동된 경우에는 그 법인의 법인세 신고기일을 말한다)이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가신고한 때에는 법 제70조 또는 제74조의 기한까지 신고한 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청은 청구법인이 쟁점법인의 명의로 쟁점토지를 취득 및 양도한 후 법인세 신고 시 이를 누락한 것으로 보아 아래 <표1>과 같이 청구법인에게 이 건 법인세를 부과하는 한편, 쟁점금액을 대표이사인 청구인의 상여로 소득처분하여 아래 <표2>와 같이 청구인에게 이 건 종합소득세를 경정‧고지하였다. <표1> 이 건 법인세 처분내역 ㅇㅇㅇ <표2> 이 건 종합소득세 부과내역 ㅇㅇㅇ

(2) 조사청은 쟁점법인 명의로 거래된 쟁점토지를 청구법인의 명의신탁재산으로 조사하였는바, 쟁점토지와 관련된 조사청의 조사내용은 다음과 같다. (가) 쟁점토지의 취득 및 양도 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점토지의 취득 및 양도 내역 ㅇㅇㅇ (나) 조사청이 이 건 조사 시 작성한 쟁점법인에 대한 ‘조사종결보고서’의 주요 내용은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ (다) 조사청은 아래 <표4>와 같이 청구법인이 쟁점법인에게 쟁점토지 등의 취득자금을 입금한 것으로 조사하였다. <표4> 쟁점토지 등의 취득자금 원천 ㅇㅇㅇ (라) 조사청은 쟁점토지 소재지를 관할하는 경기도 BBB시장, 경기도 EEE시장 및 강원도 ▲▲▲군수에게 쟁점토지에 관한 명의신탁 혐의 자료를 통보하였고, 경기도 BBB시장 등은 이에 따라 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 제3조 위반을 이유로 청구법인에게 과징금을 부과한 것으로 확인되는데, 이때 강원도 ▲▲▲군수는 쟁점토지 중 aaa에게 매매된 강원도 ▲▲▲군 OOO 전 966㎡ 및 같은 리 63-50 전 165㎡에 대하여는 과징금 부과를 취소한 것으로 나타난다.

(3) 청구인들이 쟁점토지의 실질소유자는 쟁점법인이라고 주장하며 제시한 증빙자료 등은 다음과 같다. (가) 청구인들은 쟁점법인이 전소유자들로부터 쟁점토지를 포함한 전체토지를 직접 취득하였다고 주장하며 등기사항전부증명서, 부동산매매계약서, 경매보증금 영수증 및 물건상세정보 등을 제시하였는데, 쟁점토지 등의 취득내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 쟁점법인의 쟁점토지 등 취득내역 ㅇㅇㅇ (나) 청구인들은 쟁점토지 양수자들로부터 총 매매대금 OOO원을 지급받아 그 중 OOO원을 쟁점법인에게 지급하였다고 주장하며 금융증빙을 제시하였는데, 그 내역은 아래 <표6>과 같다. <표6> 쟁점토지 매매대금 수취 및 지급내역 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인은 경기도 BBB시장 등이 한 과징금 부과처분에 불복하여 행정심판을 거쳐 행정소송을 제기하였는데, 각 소송의 결과는 아래 <표7>과 같다. <표7> 과징금 소송의 결과 ㅇㅇㅇ (라) 그 밖에 청구인들이 제시한 쟁점법인 및 그 대표자 bbb에 대한 농지법 위반 사건에 대한 1심 법원 판결서(EEE지방법원 OOO 판결) 및 피의자신문조서에 의하면, 쟁점법인 등은 농지 소유 제한을 위반하고 농지를 소유할 목적으로 거짓으로 농지취득자격증명을 발급받았다 하여 쟁점법인은 벌금 OOO원을, bbb은 징역 1년에 집행유예 2년을 각각 선고받은 것으로 나타나며, bbb에 대한 피의자신문조서의 주요 내용은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 조사청의 쟁점법인에 대한 조사내용 등을 근거로 쟁점토지의 실질소유자를 청구법인으로 보아 이 건 법인세 등을 부과하였으나, 국세기본법 제14조 제1항 이 규정하고 있는 실질귀속자 과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것으로, 명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 위 규정의 적용을 회피할 목적에서 비롯된 경우에는, 당해 과세대상은 실질적으로 이를 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 할 것이고, 그 경우에 해당하는지는 당해 과세대상의 취득 경위와 목적, 취득자금의 출처, 그 관리와 처분과정, 귀속명의자의 능력과 그에 대한 지배관계 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결 등 참조)인바, 이 건의 경우 부동산등기는 그것이 형식적으로 존재하는 것 자체로부터 적법한 등기원인에 의하여 마쳐진 것으로 추정되고, 타인에게 명의를 신탁하여 등기하였다고 주장하는 사람은 그 명의신탁 사실에 대하여 증명할 책임을 지므로, 쟁점토지가 쟁점법인 앞으로 소유권이전등기가 마쳐진 이상 명의신탁을 주장하는 처분청에게 이를 증명할 책임이 있는데, 청구법인이 쟁점토지를 쟁점법인에게 명의신탁하였다고 볼 직접적‧구체적인 증빙자료의 제시는 부족해 보이고, 쟁점법인이 쟁점토지를 매수하여 소유권이전등기를 경료할 당시 계약당사자로서 직접 매매계약을 체결하거나 경락받아 소유권을 취득한 후 쟁점토지 보유 및 양도에 따른 세금도 모두 부담한 이상 쟁점토지의 취득으로 인한 법률적‧경제적 위험을 직접 부담한 것이라고 봄이 타당한 점, 청구법인은 경기도 BBB시장 및 강원도 ▲▲▲군수가 한 과징금 부과처분에 불복하여 행정심판을 거쳐 행정소송(춘천지방법원 OOO 및 수원지방법원 OOO)을 제기하였는데, 법원이 경기도 BBB시장 등이 명의신탁 대상으로 본 토지들의 실질소유자를 쟁점법인으로 인정한 것으로 확인되는 점, 검찰이 쟁점법인 및 그 대표자 bbb을 농지법 위반 혐의로 기소한 사건의 1심 재판을 진행하면서 작성한 bbb의 피의자심문조서에 의하면, bbb이 매수한 농지를 모두 관리하거나 판매할 수 없기 때문에 부동산위탁판매업체를 통하여 매도하였다고 진술한 점 등에 비추어 쟁점토지의 실질소유자를 청구법인으로 단정하기는 어렵다고 할 것이다. 다만, 처분청은 청구법인이 쟁점법인에게 쟁점토지 등의 취득자금을 입금하였다며 금융증빙을 제시한 반면, 청구인들은 쟁점토지 양수자들로부터 쟁점토지 매매대금을 지급받아 위탁판매수수료를 제외한 나머지를 쟁점법인에게 송금하였다고 주장하며 금융증빙을 제시하고 있을 뿐만 아니라 청구법인이 위탁판매하였다고 주장하는 토지가 쟁점토지 외에도 다수 있는 것으로 보여서 청구법인과 쟁점법인 간의 자금거래를 쟁점토지와 관련된 것으로 특정하기 어려운 면이 있다고 할 것이다. 따라서 금융조사 등을 통하여 실제로 청구법인이 쟁점토지를 위탁판매하였는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.