쟁점①에 대해 살펴보면, 쟁점법인은 쟁점매입처들로부터 공급가액 상당의 쟁점세금계산서를 수취하고 쟁점법인 계좌에서 쟁점매입처들 계좌로 부가세 상당액을 포함한 공급대가를 전액 이체하였다가 당일 또는 2∼3일 후에 부가세 상당액을 청구인 또는 그 배우자 명의의 계좌로 반환받은 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨 쟁점②에 대해 살펴보면, 청구인이 제출한 증빙만으로는 쟁점법인의 인건비로 지출되었음이 객관적으로 입증되지 아니하는 점, 조사청은 이 건 이의신청을 진행하면서 쟁점법인이 추가로 제시한 근로자 명단 등을 검토하여 2차례에 걸쳐 청구인이 주장하는 총인건비의 약 94.23%에 해당하는 인건비를 인정한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
(1) 조사청은 쟁점세금계산서와 관련한 부가가치세 매입세액 상당액(합계 OOO원)이 포함된 전체금액을 청구인에 대한 상여로 소득처분을 하였는바, 쟁점세금계산서가 부가가치세법상 발행대상인지 여부는 차치하더라도 관련 부가가치세를 청구인에게 귀속된 것으로 보아 상여로 소득처분하는 것은 부당하므로 이를 인정상여액에서 제외함이 타당하다.
(2) 쟁점세금계산서에 의한 인력공급 거래는 실제로 존재하였고, 이와 관련한 급여의 지급도 쟁점법인에 인력을 제공한 하청업체들로 하여금 정상적으로 이루어지게 하였는바, 쟁점세금계산서와 관련하여 지급한 부외인건비를 추가로 손금으로 인정함이 타당하다. (가) 청구인은 이 건 이의신청 시 인건비에 대한 추가 자료를 제출하였고, 조사청은 2017사업연도의 추가 인건비를 검토하여 그 중 일부를 쟁점법인의 손금으로 인정하였으나, 타 업체에서 지급명세서를 중복으로 제출한 건에 대하여는 부인하였는바, 지급명세서가 중복제출된 인건비도 쟁점법인이 실제로 지급한 것이고, 지급명세서 제출이 누락되었다고 하더라도 실제로 정상적으로 지급된 인건비이므로 지급명세서 미제출 및 중복제출을 이유로 손금으로 인정되지 않은 OOO원을 추가로 손금으로 인정하여야 한다. (나) 2019사업연도 인건비 중 금융증빙이 미확인된 인건비 OOO원도 손금으로 인정되어야 한다. 해당 인건비는 현금으로 지급된 비용으로서 현금으로 지급받기를 원하는 근로자나 불법체류자인 근로자들에게 지급된 것이다. 당시 쟁점매입처들 중 DDD, EEE 및 BBB 등의 경우 많은 인원이 불법체류자였던 이유로 현금으로 지급된 경우가 빈번하였으므로 동 금액도 부외인건비로 보아 추가로 손금으로 인정함이 타당하다.
(1) 조사청이 쟁점세금계산서상 부가가치세 매입세액 등을 쟁점법인의 실질대표자인 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. 청구인은 위 부가가치세 상당액을 상여처분액에서 제외하여야 한다고 주장하나, 동 부가가치세 상당액은 사외유출되어 청구인에게 귀속되었다. 즉, 쟁점법인에 대한 금융거래내역을 확인한 결과, 폭탄업체인 쟁점매입처들로부터 2016년〜2020년 기간 동안 약 OOO원의 쟁점세금계산서를 수취하고 쟁점법인의 계좌에서 폭탄업체의 계좌로 공급대가를 이체한 후 당일 또는 2일〜3일 내에 부가가치세 상당액을 청구인과 그 배우자의 개인계좌로 돌려받은 사실이 확인된다. 따라서 청구인은 부가가치세 대부분을 체납하고 폐업한 폭탄업체에게 이 건 부가가치세 상당액이 귀속되었음을 객관적으로 입증하지 못하므로 이를 상여처분액에서 제외할 수 없다.
(2) 청구인은 부외인건비를 추가로 손금에 산입하여야 한다고 주장하나, 청구인이 주장하는 인건비는 대부분 이미 손금에 산입하여 법인세 등을 감액하였으므로, 실제 지급사실 및 근로사실이 확인되지 아니하는 인건비까지 추가로 인정하기는 어렵다. (가) 조사청은 청구인이 인건비라고 주장하는 금액 중 일부를 이미 2차례에 걸쳐 직권시정하여 손금에 산입하였다. 조사청은 쟁점법인에 대한 이의신청을 진행하는 과정에서 쟁점법인이 쟁점매입처들로부터 공급받았다고 주장하는 근로자의 인적사항, 인건비 지급내역(2016년〜2019년) 및 금융거래자료(2018년〜2019년) 등을 추가로 제출하였고, 조사청은 이를 검토하여 근로자 인적사항 미제출, 지급명세서 미제출 또는 중복제출, 금융거래내역 미확인분 등을 제외한 나머지에 대하여는 손금으로 인정하여 법인세 등을 직권으로 경정하였다. (나) 이후, 쟁점법인은 2021년 10월 근로자의 인적사항을 미제출하여 인건비로 인정받지 못한 것에 대하여 당해 근로자의 주민등록번호 및 금융거래내역 등을 추가로 제출하였고, 조사청은 이를 검토하여 당초 부인하였던 인건비 중 추가로 제출된 근로자 명단과 인적사항, 금융거래내역 등을 근거로 OOO원을 추가로 인정하였다. 이와 같이 조사청은 청구인이 부외경비라고 주장하는 인건비에 대하여 근로사실을 입증할 수 있는 증빙자료가 확인되는 경우에는 전액 부외경비로 인정하였는바, 그 결과 청구인이 부외경비로 주장하는 금액의 상당부분(2016년 99.69%, 2017년 98.55%, 2019년 87.35%)을 이미 손금으로 인정하였다. (다) 한편, 조사청은 직권시정 과정에서 지급명세서가 미제출되었다고 하더라도 금융증빙에 의하여 지급사실이 확인되는 경우에는 부외경비로 인정하였으나, 지급명세서가 제출되지 아니하여 근로업체를 특정할 수 없는 경우, 지급명세서가 중복 제출되어 근로사실에 신빙성이 없는 경우, 금융증빙이 확인되지 아니하는 경우 등 실제 근로사실을 객관적으로 확인할 수 없는 경우의 인건비는 부외경비로 인정하지 아니하였다. (라) 또한, 2017년의 경우 청구인이 지급명세서 미제출로 부인하였다고 주장하는 인건비는 조사청이 부인한 부외경비보다 커서 신뢰하기 어렵다. 당초 조사청은 ㈜CCC로부터 수취한 세금계산서 OOO원을 부인하였으나, 쟁점법인이 이보다 OOO원이 많은 OOO원을 인건비로 주장하였고, ㈜CCC가 2017년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 발행한 전체 세금계산서 중 12.3%가 쟁점법인에게 발행되어 동 업체의 계좌에서 이체된 인건비가 있다고 하더라도 당해 근로자가 실제로 쟁점법인에게 근무하였는지 여부 등을 특정할 수 없어서 지급명세서 등을 추가로 검토하여 청구인이 주장하는 OOO원 중 OOO원을 부외경비로 인정한 반면, 타업체에서 일용근로소득 지급명세서가 제출된 경우는 근무일수 등을 고려하여 쟁점법인에서 근무한 것으로 보기 어려워 부외경비로 인정하지 않았다. (마) 2019년의 경우 근로소득 지급명세서가 전혀 제출되지 아니하였을 뿐만 아니라 금융증빙도 확인되지 아니하는 등 청구주장 외에는 근거자료가 제시되지 아니한 OOO원을 부외경비로 인정할 수 없었다. 또한, 청구인이 인건비라고 주장하는 금액 중 청구인 또는 그 배우자의 개인계좌로 반환된 금액은 제외하였고, 현금인출 사실만 확인될 뿐 당해 금원의 지급 및 영수사실을 확인할 수 없는 경우도 인건비로 부인되었다. (바) 그 밖에 청구인이 제시한 현금수령증은 수령인, 성명, 생년월일, 주소, 기간, 수령액, 수령일 등 주요 내용이 인쇄된 용지에 형식적으로 날인하는 방식으로 작성된 것으로, 수령인의 실제 날인 여부를 확인할 수 없을 뿐만 아니라 모든 근로자들이 같은 날 인건비를 현금으로 수령하였고, 급여를 공휴일인 2019.6.30.(일요일), 2019.8.31.(토요일), 2019.11.30.(토요일) 등에 현금으로 수령한 것으로 작성되어 있는 등 미리 작성‧인쇄된 수령증에 형식적으로 날인하는 방식의 확인서에 불과한 위 수령증은 공휴일 여부와 상관없이 매월 말일 모든 근로자가 같은 날 동일 형태로 급여를 수령한 것으로 작성되어 있어서 그 기재사실을 그대로 신뢰하기는 어렵다.
① 쟁점세금계산서상 부가가치세 매입세액 상당액을 대표자 상여처분액에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
② 부외인건비를 추가로 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 부가가치세법 제11조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(2) 법인세법 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여・배당・기타 사외유출・사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (3) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주 등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
(1) 조사청은 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점법인에게 관련 부가가치세 및 법인세를 경정‧고지하는 한편, 쟁점세금계산서상 매입금액 중 인건비 지급사실이 확인되는 금액을 제외한 나머지를 아래 <표1>과 같이 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 3차례에 걸쳐 소득금액변동통지를 하였고, 처분청은 이에 따라 상여처분액을 종합소득금액에 합산하여 아래 <표2>와 같이 청구인에게 이 건 종합소득세를 경정‧고지하였다. <표1> 인정상여액 처분내역 ㅇㅇㅇ <표2> 이 건 종합소득세 부과내역 ㅇㅇㅇ
(2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 국세청의 국세통합시스템에 의하면 쟁점법인에 대한 사업자등록 기본사항은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점법인에 대한 기본사항 ㅇㅇㅇ (나) 조사청은 쟁점법인의 이의신청을 진행하면서 쟁점법인이 제출한 ‘월별 인건비 지급내역’, 근로소득지급명세서 및 금융자료 등을 검토하여 쟁점매입처들 파견근로자들에게 지급한 2016∼2019년 부외인건비 합계 OOO원을 추가로 손금으로 인정하여 아래 <표4>와 같이 2016∼2019사업연도 법인세 고지액 OOO원 중 OOO원을 감액하였다. <표4> 법인세 감액내역 ㅇㅇㅇ (다) 조사청이 1차 직권경정 시 손금으로 인정한 부외인건비 내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 조사청의 인건비 추가인정 내역 ㅇㅇㅇ (라) 또한, 조사청은 2차 직권경정 시 당초 근로자 인적사항 미제출로 부인하였던 인건비에 대하여 쟁점법인이 추가로 제출한 근로자 명단 및 인적사항, 금융증빙 등을 근거로 2019사업연도 손금부인액 OOO원 중 OOO원을 추가로 손금에 산입하였다. (마) 청구인은 이 건 심판청구 시 아래 <표6>‧<표7>과 같이 쟁점매입처들 중 ㈜BBB의 현금출금내역 및 파견근로자들의 수령증을 각각 제시하였다. <표6> 현금출금내역 ㅇㅇㅇ <표7> 수령증(일부 발췌) ㅇㅇㅇ (바) 그 밖에 조사청의 조사종결보고서에 의하면, 쟁점법인은 2016〜2020년 과세기간 동안 쟁점매입처들로부터 공급가액 합계 약 OOO원 상당의 쟁점세금계산서를 수취하고 쟁점법인 계좌에서 쟁점매입처들 계좌로 공급대가를 이체한 후 당일 또는 2〜3일 내에 부가가치세 상당액을 청구인 또는 그 배우자 명의의 계좌로 반환받은 것으로 나타나고, 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점세금계산서상 부가가치세 매입세액 상당액을 대표자 상여처분액에서 제외하여야 한다고 주장하나, 조사청의 이 건 조사종결보고서에 의하면, 쟁점법인은 2016〜2020년 과세기간 동안 쟁점매입처들로부터 공급가액 합계 약 OOO원의 상당의 쟁점세금계산서를 수취하고 쟁점법인 계좌에서 쟁점매입처들 계좌로 부가가치세 상당액을 포함한 공급대가를 전액 이체하였다가 당일 또는 2〜3일 후에 부가가치세 상당액을 청구인 또는 그 배우자 명의의 계좌로 반환받은 것으로 나타나는 점, 위 부가가치세 상당액이 청구인 또는 그 배우자가 아닌 제3자 등에게 귀속되었다고 볼 수 있는 입증이 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 부외인건비를 추가로 손금으로 인정하여야 한다고 주장하나, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있다고 할 것인바(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 등 참조), 청구인은 이 건 심판청구 시 제시한 ㈜BBB의 현금출금내역 및 파견근로자들의 수령증만으로는 당해 금액이 쟁점법인의 인건비로 지출되었음이 객관적으로 입증되지 아니하는 점, 조사청은 이 건 이의신청을 진행하면서 쟁점법인이 추가로 제시한 근로자 명단 및 인적사항, 근로소득 지급명세서, 금융증빙 등을 검토하여 2차례에 걸쳐 청구인이 주장하는 총인건비 OOO원의 약 94.23%에 해당하는 OOO원을 인건비로 추인하여 법인세 및 관련 상여처분액을 직권으로 감액한 것으로 확인되는 점, 그 밖에 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 사실에 대하여는 다툼이 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
심판청구를 기각한다.