쟁점토지가 공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 해당하는지 여부

• 가. 청구인은 2019.12.4. 매매를 원인으로 하여 OOO 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였고, 2022.3.31. 주택건설사업자인 AAA에게 매매가액 OOO원에 양도하였으며, 2022.4.15. 비사업용 토지에 대한 양도소득세율(52%)을 적용하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원를 신고․납부하였다.
• 나. 청구인은 2023.2.24. 쟁점토지가 조세특례제한법제97조의9(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)에 따른 공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하므로 기 납부한 양도소득세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 쟁점토지 양도일 현재 공공매입임대주택 매입약정이 체결되지 아니하여 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2023.3.28. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.4.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점감면규정의 입법취지는 주택공급의 부족으로 인한 주택가격의 급격한 상승을 억제하기 위하여 원활한 주택공급을 촉진하는 것인바, 현실적으로 주택건설사업자가 매입약정을 체결하기 위해서는 토지를 매입하여야 공공주택사업자와 매입 약정을 위한 협의를 진행할 수 있는 점, 청구인은 주택건설사업자가 공공주택사업자와 2022.3.25. 매입약정을 협의 중임을 확인하고 쟁점토지를 양도한 점, 쟁점감면규정은 2021.3.16.∼2022.12.31. 주택건설사업자에게 양도하는 토지를 감면대상으로 규정하고 있는데 청구인은 2022.3.31. 쟁점토지를 양도한 점 등에 비추어 쟁점감면규정의 적용 대상이라고 봄이 타당하므로 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점감면규정에 따른 과세특례는 공공주택사업자와 주택건설사업자 간 토지에 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 경우로서 해당 토지를 소유한 거주자가 이를 주택건설사업자에게 2024.12.31.까지 양도한 경우에 적용되는 것이고, 세액감면 적용을 받으려는 사람은 해당 토지의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고를 할 때 토지를 양수하는 자가 공공주택 특별법 제2조 제1호 의3에 따른 공공매입임대주택을 건설할 자로서 같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자임을 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다고 규정하고 있으며, 조세감면 규정은 조세정책상 특례를 정하는 규정이므로 엄격하게 해석하여야 할 것인바, 청구인은 2022.3.31. AAA에게 쟁점토지를 양도하였고, AAA는 이후 공공주택사업자인 OOO와 2022.7.27. 공공임대주택 매입 약정을 체결한 것으로 확인되므로, 쟁점토지의 양도거래는 쟁점감면규정에 따른 과세특례 적용 대상이 아니므로 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지가 공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제97조의9【공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례】① 거주자가 공공주택 특별법 제2조 제1호 의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "공공매입임대주택"이라 한다)을 건설할 자[같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에서 "공공주택사업자"라 한다)와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자로 한정한다. 이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다]에게 2024년 12월 31일까지 주택 건설을 위한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항에 따라 세액감면을 적용받으려는 사람은 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 세액감면 신청을 하여야 한다.

③ 주택건설사업자가 토지를 양도받은 날부터 3년 이내에 해당 토지에 공공매입임대주택으로 사용할 주택을 건설하여 공공주택사업자에게 양도하지 아니하는 경우 주택건설사업자는 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

④ 제1항에 따라 감면받은 세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 제63조 제3항을 준용하여 이자상당가산액을 납부하여야 한다.

⑤ 제1항에 따른 감면 대상 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제97조의9【공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례】① 법 제97조의9 제1항을 적용받으려는 자가 토지와 건물 등을 함께 양도하는 경우 토지와 건물 등의 양도가액 또는 취득가액의 구분이 불분명할 때에는 소득세법 시행령 제166조 제6항 을 준용하여 안분계산한다.

② 법 제97조의9 제2항에 따라 세액감면 적용을 받으려는 사람은 해당 토지의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서에 토지를 양수하는 자가 공공주택 특별법 제2조 제1호 의3에 따른 공공매입임대주택을 건설할 자로서 같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자임을 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다. (3) 공공주택 특별법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "공공주택"이란 제4조 제1항 각 호에 규정된 자 또는 제4조제2항에 따른 공공주택사업자가 국가 또는 지방자치단체의 재정이나 주택도시기금법에 따른 주택도시기금(이하 "주택도시기금"이라 한다)을 지원받아 이 법 또는 다른 법률에 따라 건설, 매입 또는 임차하여 공급하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

• 가. 임대 또는 임대한 후 분양전환을 할 목적으로 공급하는 주택법제2조 제1호에 따른 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택(이하 "공공임대주택"이라 한다)
• 나. 분양을 목적으로 공급하는 주택으로서 주택법 제2조 제5호 에 따른 국민주택규모 이하의 주택(이하 "공공분양주택"이라 한다) 1의3. "공공매입임대주택"이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하지 아니하고 매매 등으로 취득하여 공급하는 공공임대주택을 말한다. 제4조【공공주택사업자】 ① 국토교통부장관은 다음 각 호의 자 중에서 공공주택사업자를 지정한다.

2. 한국토지주택공사법에 따른 한국토지주택공사

3. 지방공기업법 제49조 에 따라 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사

4. 공공기관의 운영에 관한 법률 제5조 에 따른 공공기관 중 대통령령으로 정하는 기관

5. 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자가 총지분의 100분의 50을 초과하여 출자ㆍ설립한 법인

6. 주택도시기금 또는 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자가 총지분의 전부(도심 공공주택 복합사업의 경우에는 100분의 50을 초과한 경우를 포함한다)를 출자(공동으로 출자한 경우를 포함한다)하여 부동산투자회사법에 따라 설립한 부동산투자회사

② 국토교통부장관은 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자와 주택법 제4조 에 따른 주택건설사업자를 공동 공공주택사업자로 지정할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 증빙서류의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 쟁점토지에 대한 등기사항전부증명서에 의하면 청구인은 2019.12.4. 매매를 원인으로 쟁점토지를 취득하였고, 2022.3.31. AAA에게 OOO원에 쟁점토지를 양도한 것으로 확인된다. (나) 청구인이 제출한 OOO의 매입약정 감정평가 대상주택 예비 선정심의 결과 안내에 의하면, AAA가 신청한 쟁점토지 외 1필지의 매입약정 사업 신청은 보류 결정되었고, 보류조치사항 반영 및 재심의 상정 관련 협의 진행상황에 따라 해당 주택의 재심의 상정이 이뤄지지 않을 수 있다고 기재되어 있다.(사업심의일: 2022.3.25.) (다) 청구인이 제출한 OOO이 발급한 쟁점토지의 매입약정증명서에 따르면, 쟁점토지에 대한 매입결정일은 2022.7.27.로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지가 공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례 적용 대상에 해당한다고 주장하나, 쟁점감면규정이 적용되는 ‘공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지’는 거주자가 공공주택 특별법 제2조 제1호 의3에 따른 공공매입임대주택을 건설할 자(같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자로 한정한다)에게 양도한 토지로 규정하고 있고, 조세감면 규정은 조세정책상 특례를 정하는 규정이므로 엄격하게 해석하여야 하는 점, 청구인은 2022.3.31. AAA에게 쟁점토지를 양도하였고, 이후 2022.7.27. AAA는 OOO와 공공매입임대주택 매입약정을 체결한 것으로 확인되므로, 쟁점토지는 쟁점감면규정에서 규정한 공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려우므로 처분청이 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.