쟁점사업양수도 거래의 실제 공급시기는 2022.1.10.경으로 볼 수 있고, 쟁점세금계산서의 발급일(2021.12.31.)로부터 30일 이내 도래하였으므로 매입세액의 공제가 가능하며, 쟁점규정은 30일 이내 범위내에서 공급시기 도래전 먼저 수수한 세금계산서의 매입세액을 공제한다고만 규정되어 있지 세금계산서 발행일자를 공급시기로 의제한다고는 규정하고 있지 아니하므로, 실제 공급시기가 속한 2022년 제1기 부가가치세 과세기간의 매입세액으로 공제하는 것이 타당하다고 판단된다
(1) 쟁점사업양수도는 국내 시가총액 5위 기업인 AAA과의 거래로서 거래사실이 명확히 확인되고 부가가치세법 제15조 에 따른 재화의 공급시기는 2022.1.10.경에 해당하여 세금계산서 발급일로부터 30일 이내에 도래하였으므로 부가가치세법 시행령 제75조 제8호 적용대상에 해당한다. (가) (불공제 매입세액의 예외규정) 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 에 따르면 작성연월일 등 필요적 기재사항 등이 사실과 다른 경우 원칙적으로 매입세액 불공제 대상에 해당하는 것이나, 같은 항 단서에서 필요적 기재사항 등의 불일치에도 불구하고 대통령령으로 정하는 경우 매입세액은 공제대상에 해당하는 것으로 규정하고 있다. 부가가치세법 시행령 제75조 제8호 (2019.2.13. 대통령령 제29535호로 신설된 것, 이하 “쟁점규정”이라고도 한다)에서 “재화 등의 공급시기 전에 세금계산서를 발급받은 경우”에 대하여 매입세액이 공제되는 예외 요건으로서 ① 재화의 공급시기가 그 세금계산서의 발급일부터 30일 이내에 도래하고, ② 해당 거래사실이 확인되는 경우 관할 세무서장의 경정 결정에 따라 매입세액 공제대상에 해당하는 것으로 규정하고 있다. (나) (공급시기와 불공제 처분) 부가가치세법 제15조 제1항 에 따르면 재화의 이동이 필요한 경우 재화가 인도되는 때를 공급시기로 하고 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때를 공급시기로 규정하고 있다. 쟁점사업양수도의 경우 양수한 기계장치 등 재화를 별도의 장소로 이동하지 않고 사업양수도 이후에도 제품 생산 및 영업 안정화를 목적으로 청구법인과 사업양도자인 AAA이 OEM계약을 통하여 AAA이 위탁생산을 수행하고 있다. 청구법인의 2021년 제2기 확정분 부가가치세 환급신고에 대하여 OOO세무서의 현장확인 과정에서 전체세금계산서에 따른 공급시기이자 2021년 제2기 부가가치세 과세기간 종료일인 2021.12.31.에는 쟁점사업양수도에 따른 자산을 이용한 생산활동 등을 확인할 수 없음을 이유로 ‘공급시기 전 발급받은 세금계산서’에 해당하는 것으로 판단하고 대금을 수취한 부분에 대해서만 부가가치세법 제17조 의 선발행세금계산서의 공급시기 특례를 적용하여 공제 후 잔액에 대하여 불공제처분한 것으로 이해된다. (다) (쟁점사업양수도 공급시기) 과세관청의 처분에 따라 2021.12.31. 또는 그 이전 공급시기가 도래하지 않은 것으로 볼 경우 2022.1.1. 이후 공급시기가 도래하게 될 것이므로, 다음을 고려할 때 2022.1.10.경 쟁점사업양수도에 따라 양수한 기계장치 등 재화를 청구법인의 사업목적에 따라 이용가능하게 된 것인바, ‘공급시기가 전체세금계산서 발급일(2021.12.31.)로부터 30일 이내에 도래’하는 것이 분명하다 할 것이다.
1. 청구법인 귀속 매출발생 전술한 바와 같이 쟁점사업양수도 이후에도 양수한 기계장치 등은 이동은 없이 OOO 소재 AAA 공장에 위치하고 있으나 쟁점사업양수도 계약에 따라 청구법인은 OOO 사업 관련 자산 등의 완전한 소유권을 보유하고 제조만 OEM 계약을 통하여 AAA에 위탁하고 있는 것인바, 쟁점사업양수도 이후 발생한 매출은 모두 청구법인의 귀속으로 매출이 발생하고 있으며 이는 아래 <표 1>과 같이 청구법인을 매출자로 하는 세금계산서, 거래명세서, 수출신고필증 등 2022년 1월 매출증빙자료를 통하여 확인할 수 있다. <표 1> 청구법인의 2022년 1월 매출증빙자료 OOO 청구법인은 AAA으로부터 OOO사업부를 양수한 후 해당사업과 관련한 제조 및 판매목적으로 설립된 법인으로 청구법인의 자산은 모두 쟁점사업양수도를 통해 구성되어 있고 동 자산을 통하여 청구법인 귀속 매출을 발생시키고 있는바, 청구법인의 OOO사업과 관련하여 2022.1.10.경부터 국내외 매출발생이 확인되는 점은 부가가치세법 제15조 제2호 에 따른 재화(사업양수도 자산)의 이용이 가능하게 되어 공급시기에 도달하게 되었음을 분명히 확인할 수 있다.
2. 청구법인의 재고자산 통제 청구법인은 쟁점사업양수도를 통하여 OOO 사업관련 자산 및 부채 등을 양수하였으므로 비록 기계장치의 실물 이동없이 OEM계약을 통하여 생산을 수행하는 경우에도 기계장치 등은 물론 이를 통하여 생산된 재고자산의 소유권 및 통제권을 보유하고 있다. 이는 청구법인이 양도법인인 AAA에 대하여 재고현황을 요청하고 재고현황을 보고받고 있음을 통하여 확인(재고자산 실사 요청 이메일, 2022.1.9.)할 수 있는 바, 사업양수도시 양수한 생산설비와 재고자산은 물론 사업양수도 이후 생산된 재고자산의 소유권 및 통제권 또한 모두 청구법인이 보유하고 있음을 통하여 보더라도 사업양수도 자산은 2022년 1월 초순경 청구법인의 통제하의 이용 가능한 때에 해당하여 공급시기에 도달한 것임을 재차 확인할 수 있다.
3. OEM비용 및 원재료 비용 지출 청구법인은 쟁점사업양수도를 통하여 OOO 사업을 양수받아 OEM 계약을 통하여 생산활동을 수행하고 있는바, 2022년 1월 OEM활동을 수행하는 AAA으로부터 임가공비 관련 매입세금계산서를 수취하고 관련된 원재료를 매입하고 있다. 만일, 청구법인이 쟁점사업양수도 관련된 자산을 이용 가능하게 된 시점이 도래하지 않았다면 사업양도자인 AAA에 대한 임가공비 매입 또는 원재료 매입활동은 거래 자체가 불필요한 것인 바, 청구법인의 2022년 1월 중 OEM 비용지출 및 원재료 매입 거래를 통하여 살펴보더라도 2022년 1월 중 청구법인은 쟁점사업양수도 관련 자산을 이용가능하게 되었다고 보는 것이 합리적이다. 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인은 2022년 1월 초순부터 쟁점사업양수도 자산을 활용한 매출발생, 재고자산의 통제 및 판매, OEM계약에 따른 위탁가공비 지출 및 원재료 매입 등 활동을 하고 있는바, 이러한 활동은 청구법인이 쟁점사업양수도 관련 양수한 자산의 소유자로서 자산에 대한 생산활용 및 판매 등을 통하여 이용 가능한 때에 도달하였음을 확인할 수 있으므로 부가가치세법 제15조 에 제1항 제2호에 따른 공급시기에 도달하였음이 입증되는 것이라 할 것이다. 이와 반대로 쟁점사업양수도 관련 자산의 이용시점이 도달하지 않았다고 볼 경우 생산설비 및 재고 등 양수한 자산의 이용이 불가능하므로 해당 자산 등을 이용한 생산 및 판매활동 등의 사실관계는 존립할 수 없을 것임을 고려할 때 청구법인의 2022년 1월 중 사업운영 관련 자료 등을 통하여 2022.1.10.경 부가가치세법상 공급시기가 도래하였음이 재차 확인된다. (라) (거래사실의 확인) 쟁점사업양수도는 청구법인이 AAA의 OOO 사업을 양수한 것으로 ① 계약서 및 대금지급 증빙을 통하여 거래가 확인 되는 점(사업양수도 대급 지급증빙), ② 시가총액 5위 대기업과의 사업양수도로 가공된 거래일 가능성이 매우 낮은 점, ③ 관련된 기사에서도 거래 사실을 확인할 수 있는 점(쟁점사업양수도 관련 기사), ④ AAA의 공시된 감사보고서에서도 해당 사업부문의 매각을 확인 할 수 있는 점(AAA 2021년 감사보고서)을 통하여 미루어 볼 때, 청구법인과 AAA 간의 쟁점사업양수도 거래사실은 충분히 입증될 수 있는 것이라 할 것이다. 나아가, AAA은 사업양도자로서 청구법인으로부터 거래 징수한 부가가치세 매출세액을 국가에 전액 납부하였고, 청구법인은 공급시기 착오로 쟁점매입세액이 불공제되었으나, 세금계산서 수수주체가 불분명하거나 가공거래 등을 통하여 부가가치세를 탈루하거나 과다환급받는 경우에 해당하지 않음은 물론 공시자료 및 기사 등을 통하여 투명하게 알려진 사업양수도 거래로서 세금계산서 거래질서를 해칠 어떠한 이유도 상상하기 어려운 것인 바, 부가가치세법 시행령 제75조 제8호 를 적용하여 쟁점매입세액을 공제하는 경우에도 국고 일실 및 세금계산서 거래질서에 미치는 악영향은 존재하지 않을 것으로 사료된다. (2) 부가가치세법 시행령 제75조 제8호 의 신설 및 개정취지와 관련된 유권해석의 입장을 고려할 때 쟁점매입세액은 실제 공급시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제되어야 한다. (가) (법령 신설취지) 과거 공급시기 이전 수취한 세금계산서의 경우 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제 대상에 해당하는 것으로 판단하여 왔으나, 2019년 2월 부가가치세법 시행령 개정시 “매입세액공제 요건 완화를 통한 납세자 권익 보호”를 개정 취지로 하여, 공급시기 이전 세금계산산서를 발급받는 경우에도 실제 공급시기가 30일 이내 도래하고 거래사실을 확인하여 경정할 수 있도록 부가가치세법 시행령 제75조 제8호 가 신설되었으며, 이는 2019.2.12. 이후 공급받는 분부터 적용되어 왔다. 한편, 2022년 2월 부가가치세법 시행령을 재차 개정하여 세금계산서 발급일로부터 공급시기가 도래하기까지 기한을 기존 30일 이내에서 6개월 이내로 확대하였으며 국세청 개정세법 해설에 따르면 동 개정의 개정취지 또한 “납세자 권익보호 강화”로 기술하고 있다. 결국, 공급시기 전에 세금계산서를 발급받은 경우에도 시행령의 신설 및 단기간 내 재차 개정을 통하여 매입세액공제 허용 범위를 확대하고자 하는 기획재정부의 입장으로 보이는 점, 납세자 권익 보호를 위하여 매입세액공제를 허용하고 있는 개정취지 등을 고려할 때, 법령에 따른 기한 내에 공급시기가 도래하고 해당 거래사실이 명확히 확인되는 쟁점매입세액의 경우 과세관청의 경정 결정을 통한 매입세액 공제대상에 해당하는 것으로 사료된다. (나) (유권해석) 부가가치세법 시행령 제75조 제7호 에서는 공급시기 이후 발급받은 세금계산서(후발행)를 규정있고, 제8호에서는 공급시기 이전 발급받은 세금계산서(선발행)를 규정하고 있으며, 제7호 나목 규정은 제8호 규정과 매우 유사하다. 한편, 부가가치세법 시행령제75조 제7호 나목에 대한 기획재정부의 유권해석에서 해당 요건을 충족한 경우 “실제 공급시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것”으로 해석하고 있는 점을 통해 미루어 볼 때, 이와 세금계산서 발행 기간 외 동일한 규정을 두고 있는 제8호의 경우에도 “실제 공급시기가 속하는 과세기간의 매출세액”에서 요건이 확인된 매입세액을 공제받을 수 있는 것으로 해석하는 것 또한 무리가 없음은 물론 이와 다른 공급시기의 공제대상으로 해석할 합리적인 이유를 생각하기 매우 어렵다. 따라서, 쟁점매입세액의 경우 과세관청의 현장확인을 통하여 2021.12.31. 이전 공급시기가 도래하지 않은 것으로 판단되었고 2022.1.10.경 청구법인의 승계받은 자산의 이용을 통한 매출 및 재고 관리 등이 이루어지고 있는 점과 사업양수도 거래사실이 명확히 확인되는 점을 고려할 때, 쟁점매입세액은 2022년 제1기 과세기간의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것으로 보는 것이 기획재정부의 유권해석 입장에 부합하는 것으로 사료된다.
(3) 청구법인은 처분청 답변에 대하여 아래와 같이 항변한다. < 매입세액 공제시기 관련 > (가) (처분청 답변) 부가가치세법 시행령 제75조 제8호 가 적용되는 경우에도 매입세액을 공급받기 위해서는 ① 재화의 실제 공급시기가 속하는 과세기간(2022년 제1기)이 아닌 세금계산서 발행시기(2021년 제2기)의 매입세액으로 공제받거나, ② 실제 공급시기가 속하는 과세기간(2022년 제1기)에 세금계산서를 다시 발급받아야 한다. (나) (청구법인 항변)
1. 첫째, 처분청이 근거로 드는 유권해석은 문언의 논리 해석상 쟁점규정을 제한하는 규정으로 해석되지 않음은 물론 모두 쟁점규정 신설 전 유권해석으로 쟁점규정에 따른 매입세액공제를 제한하는 취지로 확대 해석될 수도 없다. 처분청은 부가가치세법 제17조 에 따른 선발행 특례 요건을 충족하지 않아 매입세액이 불공제된 사례에서 정당한 공급시기에 다시 세금계산서를 수취한 경우 해당 세금계산서의 매입세액은 공제가능한 것으로 해석한 사례(재정경제부 소비세제과-36, 2006.1.11., 법규과-27, 2010.1.13.)를 경청청구 거부 근거로 주장하고 있으나, 동 해석은 쟁점규정 신설 이전 해석으로 쟁점규정에 대한 해석으로 볼 여지가 없을 뿐만 아니라, 신설된 쟁점규정에 따라 공급시기 이전 수취한 세금계산서의 공제여부와 별론으로 공급시기에 재차 수취한 세금계산서는 매입세액공제 대상에 해당하는 것이라는 해석이다. 따라서, 동 해석은 쟁점규정 신설 후 현재에도 공급시기에 세금계산서를 재차 수수한 경우 공급시기에 맞추어 수취한 세금계산서에 해당하므로 매입세액 공제는 부가가치세법의 원리상 가능한 것이나, 처분청이 근거한 유권해석의 문언해석으로도 쟁점규정에 따른 매입세액공제를 제한하고 있는 것으로 해석되지 않음은 물론 쟁점규정의 신설 전 해석으로 신설되지 않은 장래의 법령을 제한하고자 하는 취지로 해석될 수 없음이 분명한 것으로 보이는 바, 아래 <표 2>와 같이 ‘세금계산서를 재차 수취한 경우 해당 매입세액은 공제대상’이라는 일반론적 해석을 ‘세금계산서를 재차 수취하지 않은 경우 쟁점규정에 따른 매입세액 공제 불가능’이라는 해석으로 변형하여 쟁점규정의 공제요건에 부가하는 것은 조세법률주의 원칙상 허용되지 않는 해석이다. <표 2> 처분청 주장의 모순점 OOO
2. 둘째, 쟁점규정의 법령구조·연혁 및 기획재정부 유권해석에 따르면 세금계산서를 재차 수취하지 않은 경우에도 매입세액 공제는 가능한 것이 분명하다. 2019년 2월 부가가치세법 시행령 개정시 아래 <표 3>과 같이 ‘매입세액공제 요건 완화를 통한 납세자 권익 보호’를 개정취지로 하여 부가가치세법 시행령 제75조 제7호 및 제8호(쟁점규정)가 동시에 신설된 이후 최근 ‘납세자 권익보호 강화’를 취지로 하여 매입세액공제를 허용하는 세금계산서 발급일과 실제 공급시기의 차이가 또한 함께 확대되어 왔다. <표 3> 부가가치세법 시행령개정취지 OOO 쟁점규정인 부가가치세법 시행령 제75조 제8호 는 동조 제7호 나목에 대응되는 규정으로 허용되는 공급시기와 세금계산서 발행일의 차이만 다를 뿐 시행령 신설 및 개정일자는 물론 공제요건 모두 동일하다. 한편, 부가가치세법 시행령 제75조 제7호 는 쟁점규정과 달리 ‘세금계산서를 함께 제출하는 경우’를 별도로 규정하고 있고 이 경우에는 공제 요건을 완화하여 납세지 관할 세무서장등의 해당 거래사실 확인이 없는 경우에도 경정청구 및 수정신고만으로도 공제대상에 해당하는 것으로 규정하고 있다. 또한, 기획재정부 유권해석(기획재정부 부가가치세제과-455, 2021.10.18.)에서 이를 보다 구체적으로 명확히하여 아래 <표 4>와 같이 세금계산서 수수 여부에 따른 매입세액 공제요건을 구분하고 있다. <표 4> 기획재정부 유권해석 분석 OOO 결국, 쟁점규정과 동시에 신설 및 개정된 규정에서 공급시기에 부합하는 세금계산서 수수 여부를 구분하여 공제요건을 달리 규정하고 있음을 통하여 미루어 볼 때, 만일 시행령의 입법자인 기획재정부가 쟁점규정의 공제 요건을 처분청의 주장과 같이 ‘공급시기를 작성연원일로 하는 세금계산서 발급’을 의도하였다면 제7호와 같이 시행령에 명시적으로 규정하였거나 유권해석을 하였을 것이나, 쟁점규정에서 동조 제7호 가목과 달리 세금계산서 수수를 구분하여 요건으로 규정하고 있지 않음은 물론 기획재정부 해석에서도 실제 공급시기에 부합하는 세금계산서를 수수한 경우와 구분하여 ‘착오한 공급시기를 작성연월일로 하는 세금계산서를 수수한 경우’에도 매입세액을 공제하는 것으로 해석한 점을 통해 비추어 볼 때 쟁점규정에 따른 매입세액 공제는 실제 공급시기에 대한 재차 세금계산서 수수없이도 공제 가능한 것이 명백한 것으로 사료된다.
3. 셋째, 쟁점규정 신설 이후에도 실제 공급시기에 따른 세금계산서를 재차 수수하여야 한다면 쟁점규정 신설 전후 공제요건의 차이가 전무한 것인바, ‘매입세액 공제 요건 완화를 통한 납세자 권익 보호’의 개정취지를 몰각한 해석이다. 공급시기 이전 발행한 세금계산서의 경우 원칙적으로 재화 또는 용역의 공급이 없는 세금계산서에 해당하는 것으로 과세관청의 결정 등을 통하여 해당 세금계산서의 필요적 기재사항인 공급시기의 착오를 알게되었을 때는 부가가치세법 시행령 제70조 에 따른 수정세금계산서 발급사유에 해당하지 않아 착오의 세금계산서를 수정하여 취소가 불가능하고, 설령 수정세금계산서를 발행할 수 있다 하더라도 선발행세금계산서 발행 매출자의 매출세액을 환급받는건 매우 어렵다. 따라서, 공급시기 이전 발행한 세금계산서에 대하여 과거 유권해석과 같이 실제 공급시기에 재차 세금계산서를 수수하는 경우는 매우 예외적으로 매출자가 매출세액의 이중 부담에도 불구하고 실제 공급시기에 세금계산서를 다시 발행하는 경우 외에는 상정할 수 없으며, 이는 거래 당사자 일방의 추가부담을 매입자가 공제받는 것에 불과하여 현실적인 사례는 매우 드문 경우이다. 이러한 어려움을 고려하여, 2019년 2월 ‘매입세액공제 요건 완화를 통한 납세자 권익 보호’를 취지로 쟁점규정이 신설되었으며 이를 통하여 1개월 내 거래사실이 확인된 사전 발행 세금계산서에 대해서도 현실적으로 매우 어려운 재차 세금계산서 발급 없이도 매입세액 공제가 가능하도록 하고자 입법된 것으로 사료된다. 이와 반대로 처분청 주장과 같이 쟁점규정 신설 이후에도 세금계산서를 재차 수취하여야 하는 것으로 해석한다면, 아래 <표 5>와 같이 쟁점규정 신설 이후 ‘매입세액공제 요건 완화’ 효과는 전무한 것으로 해석할 수 밖에 없음은 물론, 나아가 과거부터 현재까지 처분청 제시 유권해석과 같이 세금계산서를 재차 수취한 경우 해당 매입세액은 공제 대상에 해당하므로, 세금계산서를 재차 수취하여야만 쟁점규 정의 적용이 가능한 것으로 해석할 경우 시행령 신설 및 공제 요건의 확대에도 불구하고 쟁점규정은 납세자 권익보호 취지와 달리 납세자에게 미치는 어떠한 영향도 찾을 수 없는 것으로 해석될 수 밖에 없다. <표 5> 쟁점규정 신설에 따른 매입세액 공제 효과 OOO
4. 한편, 처분청은 쟁점규정에 해당하는 경우에도 매입세액 공제시기는 재화의 실제 공급시기가 속하는 과세기간(2022년 제1기)이 아닌 세금계산서 발행시기(2021년 제2기)라는 답변도 하고 있으나, 부가가치세법제38조 제2항에 규정된 바와 같이 “매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제”하는 것이므로 이 원칙에 따라야 하고 기획재정부 유권해석 또한 이를 확인하고 있다.
5. 더욱이, 쟁점규정에 따라 매입세액을 공제받은 경우 부가가치세법 시행령제108조 제5항에 따라 공급가액의 0.5퍼센트에 해당하는 매입처별 세금계산서합계표 불성실 가산세를 부과하도록 쟁점규정의 신설과 동시에 가산세 규정이 신설된 점을 고려할 때, 매입처별 세금계산서합계표 불성실 가산세는 매입세금계산서와 공제대상 매입처별세금계산서가 일치하지 않을 때 부과되는 것인 바, ① 세금계산서를 재차 수취하지 않아 매입처별 합계표 불성실이 발생하고, ② 세금계산서 수취시기가 아닌 실제 공급시기에 매입세액을 공제하여 매입처별 합계표 불성실이 발생함을 예정하여 가산세 규정을 신설한 것이다. 이와 반대로 처분청 주장과 같이 세금계산서를 재차 수취하거나 세금계산서를 수취한 과세기간에 매입세액을 공제한다면, 매입세금계산서와 매입처별 세금계산서 합계표는 항상 일치하게 되어 부가가치세법 시행령제108조 제5항에 따른 가산세 부과대상은 존재하지 않는 것인바 이는 동 가산세 규정을 형해화하는 것으로 합리적인 해석이라 할 수 없다. < 쟁점재화의 실제 공급시기 관련 > (가) (처분청 답변) 세금계산서 발행일 이후 1개월 내 잔금을 지급하지 못하고 이후 재고 정산한바 쟁점규정에 따른 요건을 충족하지 못함 (나) (청구법인 항변)
1. 첫째, 쟁점규정에 따른 매입세액 공제요건은 ① 1개월 이내 공급시기의 도래와 ② 거래사실이 확인될 것을 규정하고 있는바, 공급시기 판단과 무관한 잔금 지급여부 등을 이유로 요건이 충족되지 않은 것으로 볼 수 없다. 처분청 잔금 지급 및 재고정산이 세금계산서 발행일로부터 1개월 이후에 해당함을 이유로 쟁점규정 요건을 불충족한 것으로 판단하고 있으나, 쟁점규정의 1개월 이내 판단 기준은 잔금 청산 또는 재고 정산 등이 아닌 ‘공급시기 도래’를 기준으로 하는 것이 법문상 분명하다. 이 때, 공급시기는 부가가치세법 제15조 에 따라 재화의 인도 또는 이용가능하게 되는 때에 해당하는 것인바, 아래 <표 6>을 통하여 청구법인이 쟁점사업양수도를 통하여 인수한 재화를 이용하게 된 때는 1월 중에 해당하는 것임이 넉넉히 입증될 수 있다. <표 6> 실공급시기 관련 증빙 OOO 나아가, 처분청은 잔급지급이 1개월 이후에 해당하여 쟁점규정 요건 불충족을 주장하고 있으나 대금지급 요건은 부가가치세법 제17조 에 따른 선발행계산서 공급시기 특례에 규정되어 있는 것인바 이를 오인한 주장으로 쟁점규정의 공급시기 판단과는 무관하며, 일반적으로 M&A과정에서 거래 종결이후 운전자본 및 재고자산의 변동, 인수 후 발견 또는 누락된 자산 부채에 따른 거래가액 조정 등을 이유로 매매 잔금 청산은 1개월∼6개월 가량 소요되는 것이 일반적인 바, 청구법인의 잔금 청산은 사업양수도에 따른 소유권이전과 재화의 이용가능한 때 등의 공급시기와 무관하게 일반적인 잔금정산 과정에 해당하는 것이라 할 것이다.
2. 둘째, 쟁점사업양수도의 거래사실은 명확히 입증되는 것인바, 쟁점규정에 따른 매입세액공제 대상에 해당한다. 쟁점거래는 시가총액 5위 대기업인 AAA과 거래로서 거래당사자 양사의 감사보고서 및 관련 기사 등에서도 거래사실을 충분히 확인할 수 있다. 한편, 공급시기 이전 발행한 세금계산서에 대하여 매입세액불공제 등 다소 엄격한 규정을 적용하고 대금 수취 등 요건 충족시에만 특례로 인정하는 취지를 미루어 살펴보면 거래사실이 없는 경우 부가가치세법에 따른 세금계산서 거래질서 훼손과 매출세액의 납세력 없이 공제받는 경우를 방지하기 위한 것으로 보이나, 비록 청구법인은 쟁점세금계산서 교부시기이자 2021년 제2기 과세기간 종료일인 2021년 12월 31일에는 재화가 이용가능하지 않았으나 곧 이어 2022년 1월 중 양수한 자산을 통하여 매출 등 사업활동을 영위하여 공급시기가 도래함은 물론 거래사실이 확인되며, 사업양도자인 AAA이 매출세액을 전액 납부함으로서 그 어떤 부가가치세 탈루도 없었던 것인바, 쟁점규정에 따른 요건을 모두 충족함은 물론 입법취지에도 부합하므로 매입세액공제대상에 해당한다.
(1) 청구법인은 쟁점재화의 실제 공급시기를 2022.1.10.로 주장하면서 2022년 제1기의 매입세액으로 공제받고자 경정청구하였으나, OOO세무서장의 환급현장확인 결과보고서에 의하면, ‘현장확인일(2022년 3월) 현재까지 업무양도협의서의 양수도 조건인 종업원 인수내역이 확인되지 않는다’고 기술하고 있어 공급시기를 확인할 수 없으며, 청구법인은 AAA과 쟁점사업양수도와 관련해 2021.12.31. 발급받은 전체세금계산서에 대해 공급시기 이전에 수취한 선발행세금계산서로서 OOO원의 대금지급이 이루어지지 않은 사실에 대해 이의가 없음이 청구법인의 경정청구서에 의해 확인된다. 또한, 미지급된 양수도대금 OOO원을 쟁점세금계산서 수취 후 30일 이내인 2022.1.30.까지 지급하지 못하였고, 2022.2.9. 재고 정산한 것으로 나타나므로 부가가치세법 시행령 제75조 제8항 에 의한 선발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례 요건을 충족하지 못하고 있다.
(2) 청구법인은 부가가치세법 시행령 제75조 제7호 에서 공급시기 이후 발급받은 세금계산서(후발행) 및 같은 법 시행령 제8호에서 공급시기 이전 발급받은 세금계산서(선발행)를 함께 규정하고 있다며 이를 준용(기획재정부 부가가치세제과-455, 2021.10.18.)하여 쟁점재화의 거래사실이 확인되는 2022년 제1기, 즉 실제 공급시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제해달라고 주장하고 있으나, 부가가치세법 시행령 제75조 제7항 은 후발행세금계산서에 대한 특례규정으로 같은 법 시행령 제75조 제8항에 이를 준용할 수 없으며, 만약 공급시기를 청구법인 주장대로 2022년 제1기로 본다고 하더라도 부가가치세법 시행령 제75조 제8항 이 2019.2.12. 신설된 후 공급시기가 세금계산서 발급일로부터 30일 이내에서 2022.2.15. 6개월로 납세자 권익보호 취지로 기간이 변경된 것이므로 실제 공급시기에 공제해 주는 것이 아니라 당초 발행한 선발행세금계산서를 인정하여 발행한 시기를 공급시기로 보아 매입세액을 공제하여 납세자 권익을 보호해 주는 것이라 판단되므로 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.
(3) 부가가치세법상 매입세액 공제의 가장 큰 전제는 세금계산서에 의한 매출 및 매입 거래를 증명하고 매출세액은 납부, 매입세액은 공제하는 것이라고 할 수 있으나, 쟁점거래에 대해 2021년 제2기 과세기간에 세금계산서가 수취된 사실은 있으나 청구법인이 실제 공급시기라고 주장하는 2022년 제1기에는 세금계산서 수취내역이 없어 이를 매입세액에서 공제해 줄 근거가 없고, 선발행세금계산서에 대해 사실과 다른 세금계산서로 관할 세무서장으로부터 경정처분을 받은 경우 계약에 따른 정당한 공급시기에 다시 세금계산서를 발급받아 매입세액을 공제받았어야 함이 타당하다(재소비-36, 2006.1.11.).
① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때
2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때 제17조(재화 및 용역의 공급시기의 특례) ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 “재화 또는 용역의 공급시기”라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
③ 제2항에도 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일이 지난 후 대가를 받더라도 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
1. 거래 당사자 간의 계약서ㆍ약정서 등에 대금 청구시기(세금계산서 발급일을 말한다)와 지급시기를 따로 적고, 대금 청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내인 경우
2. 세금계산서 발급일이 속하는 과세기간(공급받는 자가 제59조제2항에 따라 조기환급을 받은 경우에는 세금계산서 발급일부터 30일 이내)에 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하고 세금계산서에 적힌 대금을 지급받은 것이 확인되는 경우
④ 사업자가 할부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급한 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조(가산세) ⑦ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 사업자가 수령한 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 거래사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 제39조 제1항 제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액의 0.5퍼센트 (2) 부가가치세법 시행령 제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) (2019.2.12. 대통령령 제29535호로 일부개정된 것) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
7. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 6개월 이내이고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
8. 재화 또는 용역의 공급시기 전에 세금계산서를 발급받았더라도 재화 또는 용역의 공급시기가 그 세금계산서의 발급일부터 30일 이내에 도래하고 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장등이 결정 또는 경정하는 경우 제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) (2022.2.15. 대통령령 제32419호로 일부개정된 것) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
7. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
8. 재화 또는 용역의 공급시기 전에 세금계산서를 발급받았더라도 재화 또는 용역의 공급시기가 그 세금계산서의 발급일부터 6개월 이내에 도래하고 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장등이 결정 또는 경정하는 경우 제108조(가산세) ⑤ 법 제60조 제7항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 제75조 제3호ㆍ제7호 또는 제8호에 해당하는 경우를 말한다.
(1) 청구법인이 제출한 쟁점사업양수도 계약서 및 처분청 환급현장확인결과보고서 등 심리자료에는 아래와 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 OOO에 소재한 BBB가 100% 출자하여 2021.11.16. 설립한 내국법인이다. (나) 청구법인(지배회사인 CCC가 계약을 주도하였고, 청구법인은 사업양수자로 지정됨, 이하 지배회사는 “모회사”라 한다)과 AAA은 2021.8.10. BUSINESS T RANSFER AGREEMENT(업무양도협의서 또는 사업양수도계약서)를 체결하였고, 2021.11.5. MANUFACTURING AND SALE AGREEMENT(임가공계약), 2021.12.22. AGREEMENT ON CLOSING(종결합의서)을 각 체결하였으며, 그 주요내용은 아래와 같다.
1. 사업양수도계약서, 종결합의서 관련
2. 임가공계약
① 청구법인이 제시하는 매출내역: 국세청 전산내역상 청구법인은 2022년 1월중 OOO 관련 물품 등 총 공급가액 OOO원의 매출이 발생하였고, 임가공비 등 총 공급가액 OOO원의 매입이 발생한 것으로 나타나며, 주요 매출내역은 아래 <표 7>과 같다. <표 7> 2022년 1월 중 주요 매출내역 OOO
② OOO세무서장이 2022년 3월경 작성한 ‘환급현장확인 결과보고서(이하 “현장보고서”라 한다)’상 청구법인은 임가공계약과 관련하여 2022년 1월 수출신고필증 12건이 발생하였다는 내용이 나타난다.
3. 인수자산 실사 OOO세무서장의 현장보고서에 의하면, 모회사와 AAA은 2022.1.6.∼2022.1.7. 인수자산에 대한 실사를 실시하였으며, 실사당시 참석직원 3명(DDD, EEE, FFF)은 모두 모회사 소속으로 생산라인 운영에 대한 교육을 받기 위해 입국한 교육생에 불과하며, 실사에 참가한 청구법인의 직원 및 책임자는 없었고, 위 3명은 실사 결과에 대해 모회사 임원에게 보고한 것으로 진술하였다는 내용이 나타난다. (2) 부가가치세법 시행령 제75조 제8호 (2019.2.13. 대통령령 제29535호로 신설된 것) 관련 개정세법 해설내용은 아래와 같다. OOO
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점세금계산서 관련 쟁점거래의 실제 공급시기가 언제인지 살피건대, 처분청은 쟁점세금계산서 관련 쟁점재화의 실제 공급시기가 2022년 3월 현재에도 도래하지 아니하였다는 의견이나, 쟁점사업양수도 이후 AAA OOO공장내에 소재한 전체시설의 재고자산 실사가 2022.1.9. 완료된 것으로 나타나고, AAA과 체결한 임가공계약이 2021.12.31. 효력이 발생되어 2022년 1월 중 임가공계약 관련 매입과 매출이 발생하고 있는 것으로 나타나는 점, 2022년 1월 중 임가공계약과 관련한 수출신고필증 12건이 발생하였다는 점은 처분청 현장보고서상에도 기재되어 있는 점, 처분청은 2022년 3월 현재까지 고용승계가 이루어지지 아니하였다는 의견이나 쟁점사업양수도계약서상 고용승계는 이직을 희망하는 직원을 승계할 의무가 있다는 내용으로 나타나고 실제 이직 희망자가 없어 고용이 승계되지 아니한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점사업양수도(쟁점거래 포함) 거래의 실제 공급시기는 2022.1.10.경으로 볼 수 있다고 판단된다. 다음으로 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 공제할 수 있는지에 대하여 살피건대, 쟁점규정은 30일 이내 범위내에서 공급시기 도래전 먼저 수수한 세금계산서의 매입세액을 공제한다고만 규정되어 있지 세금계산서 발행일자를 공급시기로 의제한다고는 규정하고 있지 아니하므로 쟁점재화의 공급시기가 2021.12.31.(세금계산서 발급일)로 의제되지는 아니한다고 보이고 그렇다면 쟁점세금계산서는 여전히 공급시기가 도래하기 전에 잘못 발급된 사실과 다른 세금계산서인 점은 변함이 없다고 보아야 하는 점, 부가가치세법 제38조 는 매입세액은 “공급시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제”한다고 규정되어 있는 점, 이 건의 경우 실제 공급시기 전에 세금계산서를 수취하였으나 그 실제 공급시기가 30인 이내 도래하여 쟁점규정상의 매입세액 공제요건을 충족하고 있으며 이 경우 실제 공급시기에 다시 세금계산서를 수취하여야 한다고는 규정되어 있지 아니한 점, 쟁점규정은 2022.2.15. 다시 개정되어 공급시기 전에 잘못 발행된 세금계산서에 대하여 6개월 이내 실제 공급시기가 도래하는 경우에도 매입세액을 공제하는바 처분청 의견에 따른다면 이 경우 실제 공급시기가 아닌 6개월 전 먼저 잘못 발행된 세금계산서 발행시기에 매입세액을 공제하는 것으로 해석하게 되어 부가가치세법 제38조 (공급시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 매입세액을 공제)의 원칙에서 더 멀어지게 되는 점, 쟁점규정은 해당 요건을 충족하는 경우 잘못 발행된 세금계산서에 의하여 당연히 매입세액이 공제되는 것이 아니라 “세무서장등이 결정 또는 경정”을 통하여 매입세액을 공제하는 형식으로 규정되어 있는 점 등에 비추어 공급시기 전에 잘못 발행된 쟁점세금계산서상 매입세액은 그 실제 공급시기가 30일 이내 도래하였으므로 실제 공급시기가 속한 2022년 제1기 부가가치세 과세기간의 매입세액으로 공제하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2, 같은 법 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
OOO세무서장이 2023.2.15. 청구법인에게 한 부가가치세 경정청구거부처분은 이를 취소한다.