청구법인을 「조세특례제한법」제6조 제1항 제1호 나목에 따른 청년창업중소기업으로 보아 창업중소기업 세액감면(50%)을 적용할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2020.5.19. OOO에서 목적사업을 ‘산업용기계제작판매 등’으로 하여 설립된 법인으로, 2022.11.30. 청구법인이 창업중소기업에 해당함에도 2020․2021사업연도 법인세 신고 시 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제6조 제1항 제1호에 따른 창업중소기업 세액감면(50%)을 적용하지 아니하였으므로 이를 반영하여 법인세 OOO원(2020사업연도분 OOO원 및 2021사업연도분 OOO원)을 환급하여야 한다며 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 2023.3.3. 청구법인의 설립이 ‘청구법인의 대표자 AAA의 부(父)인 BBB이 영위하는 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 확장’에 해당하여 조특법상의 창업에 해당하지 않는다며, 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.4.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 수도권과밀억제권에서 창업한 청년창업중소기업으로 법인세 50% 감면대상에 해당한다.

(1) 청구법인의 대표자 AAA는 부(父) BBB로부터 증여받은 OOO원(증여세 신고완료)을 법인설립 자본금으로 납입하고 2020.5.19. 청구법인을 설립하여 2020.6.8.부터 사업을 개시하였는바, 창업 당시 대표자 AAA는 26세이고, 법인의 최대주주(지분율 35.71%)에 해당하여 청구법인은 조특법 제6조 제1항 제1호 나목에 따라 50% 감면율을 적용받는 청년창업중소기업에 해당한다.

(2) 청구법인은 BBB 소유의 건물 2층을 임차하여 사무실과 공장으로 사용하면서 사업개시 초창기에는 보건용 마스크를 제작하여 OOO, OOO 등 인터넷 쇼핑몰에 판매를 하다가, 2020년 10월경 OOO지방식품의약품안전청에 의약외품 제조업 신고로 2020.10.29. ‘의약외품제조업신고증’을 허가 받은 후부터는 코로나 자가검사키트를 생산하여 ㈜DDD, ㈜EEE 등에 납품하였는바, 이와 같이 청구법인이 영위하는 사업의 종류가 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류상 ‘기타의약관련제품 제조업(21300)’으로 OOO의 영위업종인 기계제조업과 같은 종류의 사업에 해당하지 아니하여 청구법인은 새로운 사업을 시작한 창업중소기업에 해당한다. 또한 청구법인은 보건용 마스크 및 코로나19 감염여부를 판단하는 자가진단키트를 생산하는 업체로 설립 이후 코로나19 특수상황 때문에 매출이 급성장한 반면, OOO는 기계(분주기, 자동조립기)를 제작하는 사업체로 30여년 동안 매출 및 직원이 꾸준히 증가하고 있는 등 청구법인과 OOO의 생산과정 및 완성된 제품이 서로 다르다. 청구법인의 실질적인 사업자가 BBB이라는 처분청 의견과 관련하여, AAA가 BBB의 도움을 받고 있다는 점은 인정하나 청구법인이 BBB 소유 부동산을 임차하였고, 매출처가 일부 중복된다는 등의 막연한 내용만으로 BBB이 청구법인의 실사업자로 보는 것은 무리가 있다.

(3) 이와 같이 청구법인은 새로운 사업을 시작하여 보건마스크와 자가진단키트를 생산함으로써 코로나19 방역에 기여하였고, 생산된 제품이 해외시장으로도 수출하고 있으며, 현재 코로나19 진단키드 외에도 인플루엔자, 말라리아 등을 검사할 수 있는 진단키트 개발에 심혈을 기울이고 있는바, 정부가 ‘대외적으로 새로운 산업창업 및 기술창업을 활성화하여 국제적인 역량을 강화하고 국내적으로는 고용을 창출하여 국가발전에 기여할 수 있도록 동기를 부여하기 위하여 청년창업중소기업을 지원하려는 취지’ 등에 비추어 볼 때 청년창업중소기업에 해당하는 청구법인에 대하여 감면을 적용하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 창업의 형식을 갖추었으나, 청구법인의 대표자 AAA의 부(父) BBB이 영위하는 OOO와 유사업종(기계제작)을 영위하고 있고 그 사업장을 공유하고 있는 점, 청구법인의 주주 및 임원이 AAA(본인), BBB(부), FFF(모) 및 GGG(형제자매)으로 모두 특수관계인에 해당하는 점, 청구법인의 대표자 AAA는 청구법인의 업종에 종사한 이력이 없는 점, 청구법인의 창업 당시 주된 기계장치를 OOO로부터 구입하였고 종업원(HHH)도 OOO로부터 인계받았으며, 주요매출 또한 OOO의 기존거래처로부터 발생(87%)한 점 등에 비추어 청구법인의 실운영자는 AAA의 부(父) BBB에 해당하고 BBB이 영위하던 OOO의 사업을 확장한 것으로 보이므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인을 조세특례제한법제6조 제1항 제1호 나목에 따른 청년창업중소기업으로 보아 창업중소기업 세액감면(50%)을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 중 2021년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제6조 제1항 에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 "창업보육센터사업자"라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율

• 가. 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업(이하 "청년창업중소기업"이라 한다)의 경우: 100분의 100
• 나. 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업 및 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.

2. 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다)

⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우
• 나. 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 경우

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우 (2) 조세특례제한법 시행령 제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 법 제6조 제1항 제1호가목에서 “대통령령으로 정하는 청년창업중소기업”이란 대표자[ 소득세법 제43조 제1항 에 따른 공동사업장의 경우에는 같은 조 제2항에 따른 손익분배비율이 가장 큰 사업자(손익분배비율이 가장 큰 사업자가 둘 이상인 경우에는 그 모두를 말한다. 이하 이 조에서 같다)를 말한다. 이하 이 조에서 같다]가 다음 각 호의 구분에 따른 요건을 충족하는 기업(이하 이 조에서 “청년창업중소기업”이라 한다)을 말한다.

1. 개인사업자로 창업하는 경우: 창업 당시 15세 이상 34세 이하인 사람.(단서 생략)

2. 법인으로 창업하는 경우: 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 사람

• 가. 제1호의 요건을 갖출 것
• 나. 법인세법 시행령 제43조 제7항 에 따른 지배주주등으로서 해당 법인의 최대주주 또는 최대출자자일 것

③ 법 제6조 제1항 제1호 나목을 적용할 때 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업의 대표자가 감면기간 중 제1항 제2호 나목의 요건을 충족하지 못하게 되거나 개인사업자로서 손익분배비율이 가장 큰 사업자가 아니게 된 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간 동안 법 제6조 제1항에 따른 감면을 적용하지 아니한다.

⑲ 법 제6조 제10항 제1호 가목에서 “토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산”이란 토지와 법인세법 시행령 제24조 의 규정에 의한 감가상각자산을 말한다.

⑳ 법 제6조 제10항 제1호 가목에서 “대통령령으로 정하는 비율”이란 100분의 30을 말한다.

㉑ 법 제6조 제10항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 경우”란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우를 말한다.

1. 기업과 사업을 개시하는 해당 기업의 임직원 간에 사업 분리에 관한 계약을 체결할 것

2. 사업을 개시하는 임직원이 새로 설립되는 기업의 대표자로서 법인세법 시행령 제43조 제7항 에 따른 지배주주등에 해당하는 해당 법인의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)일 것

㉓ 법 제6조 제10항을 적용할 때 같은 종류의 사업의 분류는 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 표준분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 따른 세분류를 따른다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사업자등록증, 등기사항전부증명서 및 주주명부에서 확인된 청구법인과 OOO의 기본 사실관계는 다음과 같다. (가) BBB(OOO)은 1993.6.1. 수도권과밀억제권역인 OOO에서 주업종을 제조/기계제작업으로 하여, 청구법인은 2020.5.19. OOO와 같은 사업장에서 주업종을 제조/산업용기계제작업으로 하여 각 사업자등록을 하였는바, 청구법인과 OOO의 사업체 비교내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인과 OOO 사업체 비교내역 (나) 심리일 현재 청구법인의 주주 및 임원 현황은 아래 <표2>와 같은바, 청구법인은 설립시부터 심리일 현재까지 주주변동은 없는 것으로 나타난다. <표2> 주주 및 임원현황

(2) 처분청이 청구법인은 BBB이 영위하는 OOO의 사업확장에 해당한다며 제출한 자료에서 확인된 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인의 계좌거래내역 등에 의하면, 청구법인의 설립자본금 OOO원은 임원인 AAA(대표이사) 외 3인[사내이사 GGG(형제자매), BBB(부), FFF(모)]이 출자한 것으로, 그 중 OOO원은 AAA가 BBB로부터 증여받아 납입한 것으로 확인된다. (나) 국세청통합전산망에 의하면, 청구법인의 대표이사 AAA는 개업일 이전에 해당업종 종사 또는 사업이력이 없는 것으로 확인된다. (다) 청구법인의 근로소득지급명세서에 의하면, 청구법인 창업 당시 OOO로부터 종업원 HHH을 인계받은 것으로 확인된다. (라) 청구법인의 세금계산서, 물품공급계약서 및 기계장치원장에 의하면, 청구법인은 창업 당시 OOO로부터 기계장치(파우치 포장/조립기)를 OOO원에 구입하였는데, 그 구입비용 OOO원은 전체 구입비용(OOO원)의 74.7%를 차지하는 것으로 나타난다. (마) 청구법인의 2020사업연도 매출내역(아래 <표3>) 및 세금계산서에 의하면, 청구법인은 OOO의 기존거래처에 파우치포장기 등 기계를 제작하여 공급하였고, 그 매출액 비율이 전체 매출액의 87%가 넘는 것으로 나타난다. <표3> 2020사업연도 매출내역

(3) 청구법인은 청년창업중소기업에 해당한다며, OOO지방식품의약품안전청장이 2020.10.29. 발급한 청구법인의 ‘의약외품 제조업 신고증’, 한국경영인증원이 2020.10.29. 발급한 청구법인의 ‘의료기기 품질경영시스템 인증서’(인증범위: 체외진단용 의료기기의 조립 및 포장), 청구법인과 BBB 간에 체결한 사업장 임대차계약서(공장건물 198㎡, 보증금 OOO원, 차임 OOO원), AAA가 결재한 청구법인의 내부감사보고서, AAA가 수료한 의료기기 품질책임자 교육 수료증 등과 청구법인의 외관 및 생산품(마스크와 진단키트) 사진 등을 제출하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 조특법 제6조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제5조 제1항에서 대표자가 창업 당시 사업자가 15세 이상 34세 이하이고, 법인세법 시행령 제43조 제7항 에 따른 지배주주등으로서 해당 법인의 최대주주 또는 최대출자자의 요건을 모두 충족하는 기업을 청년창업중소기업으로 규정하면서 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업에 대해서는 해당 사업에서 발생한 법인세에 100분의 50을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 조특법 제6조 제10항에서 제1항 등의 감면규정을 적용할 때, 사업의 양수 등을 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우, 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우 등에는 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 여기서 조특법상 창업중소기업에 대한 세액감면 요건인 ‘창업’이란 실질적으로 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것(대법원 2008.10.23. 선고 2008두14142 판결, 같은 뜻임)을 의미하므로 창업 해당 여부는 단지 법인 설립 등과 같은 외형만을 가지고 볼 것이 아니라 당해 중소기업의 설립 경위, 관련 법인과 신설 중소기업의 구체적인 거래 현황 및 실태 등을 종합적으로 고려하여 궁극적으로 신규 사업 창출의 효과가 있는지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다. (나) 먼저, 대표자가 청년창업요건을 충족하는지와 관련하여, 등기사항전부증명서 등에 청구법인의 대표자가 AAA로 등재되어 있으나, AAA의 청구법인에 대한 납입자본금 OOO원이 OOO를 운영하는 부(父) BBB로부터 증여받은 점, 청구법인의 주주 및 임원이 BBB을 포함해 모두 특수관계인(부모 및 형제자매)에 해당하는 점, 청구법인의 주된 영위업종이 BBB이 운영하는 OOO의 영위업종과 동일하고 AAA가 해당 업종에 종사한 이력이 확인되지 않는 점 등에 비추어 청구법인의 실질대표자는 처분청 의견과 같이 AAA가 아닌 BBB로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 그렇다면 실질 대표자인 BBB은 1963년생이고 청구법인의 지배주주에도 해당하지 않아 청년창업중소기업 요건을 충족하지 못하므로 과밀억제권역에서 설립된 청구법인은 조특법 제6조 제1항 제1호 나목에 따른 감면대상에 해당하지 않는다 할 것이다. (다) 설령, 청구법인의 대표자를 AAA로 본다 하더라도, 청구법인이 OOO와 동일한 사업장(임차)에서 동일한 업종(기계제작업)으로 하여 설립된 점, 창업 당시 OOO로부터의 기계장치 구입비율이 74.7%에 해당하고 종업원(1명)도 OOO로부터 승계받은 점, 2020년 매출현황상 주요매출이 ‘파우치포장기, 조립기 및 레이저마킹기’ 등 OOO와 동일 업종인 기계제작판매에서 발생하였으며 그 대상거래처도 OOO의 거래처였던 점 등에 비추어 청구법인의 설립은 조특법 제6조 제10항 제1호의 ‘종전의 사업에 사용되던 자산을 매입(사업용자산 비율 50% 이상)하여 같은 종류의 사업을 하는 경우’ 또는 제4호의 ‘사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우’에 해당하여 법인세 등이 감면되는 창업으로 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 청구법인의 설립이 조특법상의 창업에 해당하지 않는다며, 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.