3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인한 처분의 당부
- 나. 관련 법령
(1) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 일부개정되기 전의 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.
③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 일부개정되기 전의 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
- 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
- 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우
- 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)
2. 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.
1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준
2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준
3. 광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준
⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것
2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.
⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다. 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.
(1) 청구인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1975.5.9. 쟁점토지를 매매로 취득(지분 382분의 20은 1994.5.9. 취득)하였다가 2017.1.11. 쟁점토지를 OOO원에 양도하였다. (나) 쟁점토지의 지적도 및 국토지리정보원의 항공촬영 사진 등에 의하면 2016.5.5. 현재 쟁점토지는 ① 가운데 4기의 묘가 있는 쟁점토지A 부분, ② 상단의 잡초 등이 자라나 있는 쟁점토지B 부분, ③ 하단의 농작물을 경작한 것처럼 보이는 부분으로 나누어져 있다. (다) 청구인은 1975.5.9. 쟁점토지를 매매로 취득(지분 382분의 20은 1994.5.9. 취득)한 이후 밭작물을 재배하여 오다가 1995년경 쟁점토지A 부분에 묘지를 조성하였고, 쟁점토지B 부분을 포함한 나머지 쟁점토지에서 2006년까지 계속하여 농작물을 경작하였다고 주장하며 쟁점토지에서 농작물을 경작하였음을 입증하기 위하여 아래와 같은 증빙자료 등을 제출하였다.
1. 청구인은 신체장애 및 중질병으로 2007년 이후 쟁점토지를 자경할 수 없었음을 입증하기 위해 장애인증명서, 소견서 등을 제출하였고, 이에 따르면 청구인이 2000.8.7. 청각(청력) 3급 및 지체(하지기능) 장애로 장애인 등록된 사실, 청구인이 2020.3.31. 뇌경색증이 발병하였고, ‘편마비, 뇌경색증, 구음장애, 알츠하이머병에서의 치매, 요로 폐색을 동반한 전립선증식증, 기타 상세불명의 원발성 고혈압’으로 인하여 좌측 위약, 보행장애가 지속되는 상태로 지속적인 약물치료가 필요한 상태인 사실 등이 확인된다.
2. 청구인은 쟁점토지 양도일 이전인 2016.10.20. 쟁점토지에 소재한 묘지에 대한 (파묘)개장신고를 하고 2016.12.14. 해당 묘지를 개장 및 화장한 사실이 나타나는 개장신고증명서(2016.10.20.자) 및 화장증명서(2022.6.29.자)를 제출하였다.
3. 청구인은 2017.2.3. 양도소득세 과세표준 신고를 할 당시 쟁점토지는 ‘청구인이 쟁점토지(498㎡)에서 8년 이상 직접 경작한 농지’라고 보증하는 인우보증서[이0구(1956년생), 유0현(1956년생), 김0택(1953년생) 등이 연서로 서명날인하여 2017년 1월에 작성]를 제출하였다.
4. 청구인은 쟁점토지A 부분을 2016.12.14. 원래의 지목인 전으로 환원하였다고 기재되어 있는 확인서[BBB(1956년생), CCC(1956년생)이 연서로 서명날인하여 2022년 7월에 작성]를 제출하였다. (라) 쟁점토지는 2016.12.10. 매매를 원인으로 하여 2017.1.11. DDD에게 소유권이전등기되었고, 2017.12.6. 지목이 “대”로 변경되었으며, 그 지상에 4층 근린생활시설 및 단독주택 건물이 신축(2017.2.4. 착공, 2017.11.30. 사용승인)되어 2017.12.5. 소유권 보존등기되었다. (마) 처분청은 쟁점토지 중 하단부분 148.7㎡를 제외한 나머지 부분 349.3㎡(쟁점토지A 및 쟁점토지B 해당면적)이 양도일 현재 농지가 아니라고 보아 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면의 적용을 배제하여 2022.9.7. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지 중 양도 당시 경작사실이 인정되는 하단부분 148.7㎡를 제외한 나머지 부분(쟁점토지A 및 쟁점토지B)이 양도 당시 농지에 해당하지 아니하므로 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용할 수 없다는 의견이나, 쟁점토지A 부분을 살펴보면, 청구인이 1975.5.9. 쟁점토지를 매매로 취득한 후 1995년경 해당부분에 묘지를 조성하여 2016.12.14.경 그 묘지를 파묘 및 화장할 때까지 묘지로 사용한 것으로 보이고, 2016.12.14.경 쟁점토지A 부분을 파묘 및 화장한 사실이 확인될 뿐 복토 등을 통해 해당 부분에 농지를 조성한 사실은 확인되지 않는 점, 양수인 또한 쟁점토지 취득 이후 곧바로 그 토지 지상에 근린생활시설 및 주택 건물 신축을 진행한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 쟁점토지A 부분이 양도 당시 농지라거나 일시적 휴경상태의 농지라 보기 어렵다고 판단된다. 다만, 쟁점토지B 부분을 살펴보면, 국토지리정보원 등이 제공한 항공사진 등에 의하면 해당 부분에 2014년 11월까지 나무가 식재되어 있다가 이후 벌목되어 쟁점토지 양도일까지 잡초 등만 존재한 것으로 나타나기는 하나, 장애인증명서 등에 의하면 청구인이 2000.8.7. 청각(청력) 3급 및 지체(하지기능) 장애로 장애인 등록되어 최소한 그 즈음 이후에는 지체장애 등 건강악화로 인하여 쟁점토지 전부에 대한 경작이 어려웠을 것으로 보이고 그 와중에도 나무를 식재하는 등 쟁점토지를 경작하기 위해 노력하다가 이후 뇌경색증, 치매 등으로 인해 결국 쟁점토지를 직접 경작하지 못하게 된 것으로 보이는 점, 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 시행령제58조에 따르면 “잡종지”는 갈대밭, 실외에 물건을 쌓아두는 곳, 변전소 등 부지, 자동차와 관련된 독립적인 시설물을 갖춘 부지, 공항시설 및 항만시설 부지, 도축장 등 및 그 밖에 다른 지목에 속하지 않는 토지를 말하는 것으로 규정되어 있는데, 쟁점토지B 부분은 청구인이 경작에 이용하다가 방치한 사실만 확인될 뿐 해당 부분을 임대하거나 다른 용도로 사용하여 사실상 농지 이외의 용도로 전용된 정황은 보이지 아니하는 점, 청구인이 1975.5.9. 쟁점토지를 매매로 취득한 후 쟁점토지 중 일부를 8년 이상 직접 경작한 사실을 처분청도 인정한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점토지B 부분은 양도 당시 청구인의 건강상태로 인하여 일시적으로 휴경상태에 있는 농지에 해당하는 것으로 볼 수 있다. 따라서 처분청이 쟁점토지A 부분에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 적용하지 아니한 것은 잘못이 없으나, 쟁점토지B 부분 까지 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 적용하지 아니하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.