[요지] 이 건의 경우 청구법인이 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하였다는 사실을 입증할 수 있는 객관적 증빙을 제출하지 못한 데 반해, 항공사진 등의 심리자료에 따르면 쟁점토지는 이 건 양도일 전에 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용된 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점유형증권처분이익을 과세대상소득으로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음
[요지] 이 건의 경우 청구법인이 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하였다는 사실을 입증할 수 있는 객관적 증빙을 제출하지 못한 데 반해, 항공사진 등의 심리자료에 따르면 쟁점토지는 이 건 양도일 전에 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용된 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점유형증권처분이익을 과세대상소득으로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 2017.12.29. 양도한 쟁점토지의 처분이익에 대한 부과처분 시 근거 법령은 법인세법(2016.12.20. 법률 제14386호로 개정된 것) 제3조 제3항 제5호의 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대한 규정임에도 처분청은 관련 법리를 오해하여 법인세법 제4조(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것) 제3항 제5호의 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입을 근거로 제시하고 있다. 법인세법 제1조(1989.12.30. 법률 제4165호로 개정된 것) 제1항제6호에 ‘수익사업용 고정자산의 처분으로 인한 수입’에 대해서 법인세를 과세하는 것으로 신설하였는바, 이 당시에는 수익사업에 사용하는 고정자산이 아닌 이상 고유목적에 사용하고 있는 고정자산의 처분에 대한 수입금액은 법인세로 과세하지 않았다. 법인세법 제1조(1990.12.31. 법률 제4282호로 개정된 것) 제6호를 살펴보면 ‘고정자산(고유목적에 직접 사용하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입’으로 과세대상을 확대한 개정이유를 보면, ① 비영리법인이 보유한 부동산 중 고유목적의 사업에 직접 사용하지 아니하는 부동산의 양도차익을 법인세 과세대상소득에 추가하는 것을 개정이유로 하고 있다. 법인세법 제1조(1993.12.31. 법률 제4664호로 개정된 것) 제6호를 보면 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입에 대하여 과세범위를 확대한 점에 대하여 법인세법 부칙 제7조(취득가액 산정에 관한 특례) 제1조 제1항 제6호의 규정을 적용함에 있어서 1990.12.31. 이전에 취득한 토지 및 건물(법률 제4020호 법인세법중 개정 법률 부칙 제14조의 규정을 적용받는 경우를 제외한다)의 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재로 상속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다고 하여 취득가액을 증액하여 현실화한다는 내용을 부칙에 규정하고 있다. 법인세법 제3조(2016.12.20. 법률 제14386호로 개정된 것) 제3항 제5호를 살펴보면, ‘고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입’이라 규정하고 있다. 처분청은 과세처분의 근거 법령을 법인세법 제4조(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것) 제3항 제5호를 적용한 것으로 이를 보면 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입으로 하되 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다고 개정되었다. 처분청이 쟁점①토지의 과세근거가 되는 법률을 법인세법제4조 제3항 제5호를 제시하는 것은 2019.1.1. 이후 양도분부터 적용할 수 있는 법률로 법조문뿐만 아니라 고정자산이 유형자산 및 무형자산으로 변경되었음에도 시행되지도 않은 법조문을 적용한 잘못이 있다.
(2) 법인세법 제42조는 신규 취득한 자산에 대한 것이 아니라, 법인이 보유하고 있던 자산과 부채의 장부가액을 기업회계기준에 의하여 증액으로 평가한 가액으로 경리하고 있는 경우 취득가액으로 인정할 수 없어 평가차익을 제외하여 평가 전의 가액으로 하도록 하는 규정이다. 수익사업이 있는 비영리법인의 평가차익은 법인세법 제3조(2016.12.20. 법률 제14386호로 개정된 것) 제3항에 따르면 비영리내국법인의 각 사업연도의 과세소득에 고정자산의 평가차익을 열거하고 있지 않아 과세소득에 포함되지 않는다. 법인세법 제3조 제3항 제5호에 따르면 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득 중 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것만을 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 규정하고 있다. 비영리법인의 과세소득에 대하여 법인세법제3조 제1항에 따르면, 각 사업연도의 소득 및 토지 등 양도소득으로 범위를 한정하고, 같은 조 제3항에서 각 사업연도의 소득 중에서도 각 호의 수익사업에서 생기는 소득으로 한정한다고 규정하여, 소득 발생 원천을 가리지 않고 모든 소득에 대하여 법인세 납세의무를 지는 영리법인과는 달리 비영리법인의 경우 특정 열거된 소득에 한하여 납세의무를 가진다. 법인세법 제3조 제3항에 따르면, 비영리법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없다 할 것이다(OOO 판결). 국세청은 학교법인이 수익사업회계에 속하는 금전 외의 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우 그 자산의 가액은 시가로 평가하는 것이고, 자산의 평가이익(장부가액과 시가와의 차액)은 전입일이 속하는 사업연도의 수익사업의 익금에 해당한다(기획재정부 법인세제과-364, 2012.5.16.)는 해석을 근거로 수익사업용 자산을 비영리사업회계에 전입하는 경우 익금산입으로 세무조정을 하여야 한다는 의견이다. 처분청은 위의 예규를 근거로 평가차익으로 법인세를 과세하였으나 상기와 같이 수익사업이 있는 비영리법인의 경우 과세소득을 열거주의를 채택하고 있는데 평가차익은 과세소득으로 열거하고 있지 않아 과세소득에 해당하지도 않고 대법원도 과세대상에 해당하지 않는 것으로 판시하였다(OOO 판결). 따라서, 영리법인의 경우에는 법인세법 시행령 제11조 제2호에 따르면, 자산의 양도금액 및 제4호에 자산의 평가차익을 포함하는 것으로 규정하고 있으나, 법인세법 제3조 제3항에 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 제5호 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입으로만 규정하고 있지, 영리법인처럼 자산의 평가차익을 수익의 범위에 포함하고 있지 않아 평가이익을 익금산입하여야 한다는 것은 법리의 오해이다.
(3) 수익사업이 있는 비영리법인의 기타사업에서 수익사업에 고정자산 전출시 법인세법 시행령 제76조 제3항에 시가로 경리하도록 규정하고 있어 세무상 장부가액에 해당한다. 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입하는 경우 자산의 취득 후 기업회계상 평가차익이 발생하였더라도 이를 ‘자산의 장부가액’에 반영할 수 없다 할 것이다(OOO 판결). 법인세법 시행령 제3조 제2항을 ‘비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.’고 통칙 및 해석으로 운영해오던 것을 법령으로 전입 시 시가를 취득가액으로 하여 고정자산 처분수입을 계산하는 것으로 명확하게 개정하였다. 수익사업이 있는 비영리법인의 구분경리는 과세 대상이 되는 수익사업을 통한 소득을 정확히 측정하기 위한 취지인 것(OOO 판결)인바, 법인세법 제113조 제1항은 비영리법인이 수익사업을 하는 경우 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 속하지 않는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록해야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제8항 및 같은 법 시행령 제156조 제1항의 위임에 따라 구분경리의 방법을 정하고 있는 같은 법 시행규칙 제76조 제3항에서 비영리법인이 기타사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입 시 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리하고 자산 가액은 시가에 의하도록 규정하고 있다. 자산의 장부가액에 대하여 대법원은 “회계상의 장부가액이 아니라 세무회계에 따라 수정된 장부상 평가가액을 의미하는 것으로서 자산의 취득가액에 자본적 지출·자산평가증 등을 가산하고 감가상각·평가손실 등을 차감한 당해 자산의 장부상 대차잔액을 가리는 것으로 이해된다.”라고 판시하였다(OOO 판결). 따라서, 양도한 자산의 양도 당시의 장부가액은 양도 당시의 세무상 장부가액을 의미한다.
(1) 쟁점토지의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용 여부에 대하여 살펴본다. 청구법인은 법인으로 보는 단체로서 2017년 12월 29일 OOO 외 7필지를 OOO원에 양도하고 2018년 3월 법인세 정기신고시 자산처분이익 OOO원을 법인세법 제4조 3항 5호 단서조항에 따른 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분이익에 해당하는 것으로 법인세 과세에서 제외하여 신고하였다. 처분청은 과세자료 검토 중 고유목적사업에 직접 사용한 근거를 제출하도록 해명안내를 하였고, 청구법인은 해당 종중의 족보, 쟁점토지 중 OOO 필지의 2013년 인터넷지도 항공사진과 이장 이후의 묘지 최근사진을 제출하였다. 이에 처분청은 묘지이장의 사실관계를 증명할 수 있는 개장신고증명서와 이장비용 지출증빙 및 477지번 이외의 전, 답 토지에 대하여 종중의 운영에 직접 사용한 입증자료 등을 추가로 요청하였으나, 청구법인은 제출한다는 약속을 수차례 번복하였고 1년이 되도록 소명자료를 추가로 제출하지 못하였다. 처분청의 판단 근거를 요약하자면 ① 항공사진에서 2015년 이후 쟁점토지에 분묘가 존치하지 않음이 매우 명백하고, ② OOO 협조공문회신(OOO)에 의해 OOO에 2013년 이후 분묘의 개장신고 및 허가내역이 존재하지 않으며, ③ 묘지 AAA이 소명과정에서 당초 2014년에서 2013년도로 주장이 바뀌는 등 일관성이 없다. 또한, 청구법인은 ④ 묘지개장 및 이전비용 등에 관한 실제 지출증빙을 제출하지 못하였고, ⑤ 청구법인이 제출한 2013년 항공사진에 분묘의 존재여부가 불명확하며, ⑥ 법인으로 보는 단체 승인 이래로 계속 다른 지역에 이미 선산의 기능을 하는 임야가 존재한다(OOO, 19,811㎡). 처분청은 ⑦ 청구법인이 최초로 2005.5.23. 법인등록 시에 OOO 선산 인근에 주사무소 소재지를 두었고 이후 쟁점토지 매각 후 2018.6.26. 현재의 세적으로 전입한 점 등을 종합하면, 2017.12.29. 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 판단할 근거가 없으므로 이 건 법인세 부과처분은 정당하다. ＜표1＞ 청구법인의 법인세 신고내역 ㅇㅇㅇ ＜표2＞ 쟁점토지 구성내역 ㅇㅇㅇ ＜표3＞ 청구법인(종중) 세적변경 내역 ㅇㅇㅇ
(2) 법인세법 제41조 제1항 제1호는 내국법인이 타인으로부터 매입하여 취득한 자산의 취득가액은 매입한 자산의 매입가액에 부대비용을 더한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 법인세법 제42조 제1항 본문은 내국법인이 보유하는 자산의 장부가액을 증액 또는 감액한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 하도록 규정하고 있다. 법인세법 시행령 제19조 제2호는 ‘양도한 자산의 양도당시의 장부가액’을 손비로 규정하고 있는바, 이러한 규정들을 종합하면, 법인세법 시행령 제19조 제2호에서 정한 ‘양도한 자산의 양도 당시의 장부가액’이란 취득 당시 매입가액 등을 기초로 하되, 기업회계에 따른 장부가액이 아니라 세무회계에 따른 장부가액을 의미한다 할 것이다(대법원 2013.5.23. 선고 2010두28601 판결). 자산의 취득 후 기업회계 상 평가차익이 발생하였더라도 이를 ‘자산의 장부가액’에 반영할 수 없다. 이러한 법리는 비영리사업회계에 속하는 자산이 수익사업회계에 전입된 때 비영리사업과 수익사업의 구분경리에 관한 법인세법 시행규칙 제76조 제4항에 의하여 기업회계에 따른 장부가액이 당초 매입가액에 평가차익이 추가된 시가로 계상되었더라도 마찬가지이다. 법인세법 시행규칙 제76조는 비영리법인이 수익사업을 하는 경우 자산과 부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 비영리사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하기 위한 구분경리에 관한 것일 뿐이어서 법인의 ‘고정자산의 처분으로 인하여 생긴 수입’을 산정할 때 영향을 미칠 수 없다. 과거 비영리사업에 사용한 기간 동안의 평가차익 부분을 양도 시점에서의 손금으로 반영하여 공제할 수 없으므로 쟁점토지의 양도 시 손비로 인정되는 양도한 자산의 양도당시의 장부가액은 이 쟁점토지가 비영리사업회계에서 수익사업회계로 전입될 당시의 시가이므로 양도차익이 없다는 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.
3. 심리 및 판단
(1) 국세기본법 제13조[법인으로 보는 단체 등] ② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 소득세법에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. 제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
(2) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것) 제4조[과세소득의 범위] ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.
1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 통계법 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 소득세법 제16조 제1항에 따른 이자소득
3. 소득세법 제17조 제1항에 따른 배당소득
4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입
5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (중략)
④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제42조[자산․부채의 평가] ① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도와 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 평가 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 보험업법이나 그 밖의 법률에 따른 유형자산 및 무형자산 등의 평가(장부가액을 증액한 경우만 해당한다)
2. 재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가
② 제1항 제2호에 따른 자산과 부채는 그 자산 및 부채별로 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가하여야 한다. 제113조[구분경리] ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
(3) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제3조[과세소득의 범위] ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 소득세법 제16조 제1항에 따른 이자소득
3. 소득세법 제17조 제1항에 따른 배당소득
4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
(4) 법인세법 시행령 제3조[수익사업의 범위] ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(국가균형발전 특별법 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. 제19조[손금의 범위] 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.
2. 양도한 자산의 양도 당시의 장부가액
(5) 법인세법 시행규칙 제76조[비영리법인의 구분경리] ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.
(1) 청구법인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면 청구법인은 OOO 종중으로 2005.5.23. ‘고유번호증’ 및 ‘부동산 임대사업자’로 법인사업자등록증을 교부받은 것으로 나타난다. (나) 이 건 이의신청결정서에 따르면 처분청 담당자가 쟁점토지에 대해 현지출장을 실시하여 확인한 결과 쟁점토지에는 묘지 등이 존재하지 않았고, 오랫동안 거주하였다는 인근 주민에게 탐문 시 예전에는 묘지가 한개 있었으나 10여 년 전에 이장한 후에는 묘지가 없는 것으로 진술하였다. (다) 처분청은 2022.6.15. OOO장에게 쟁점토지 중 OOO 토지에 대해 2013년부터 2017년까지 분묘개장신고 및 허가내역을 요청한 것으로 나타난다(처분청에 따르면 관련 OOO장의 회신내역은 존재하지 않음). (라) 처분청이 제시한 쟁점토지 가운데 OOO 토지의 경우 2015년 및 2016년 현재 봉분이 존재하지 않는 것으로 나타난다. (마) 처분청이 제출한 세액결의서를 보면 쟁점토지 가운데 OOO 외 7필지 토지는 고유목적사업에 사용한 내용이 확인되지 아니하므로 이 건 법인세(2017사업연도) OOO원을 결정한 것으로 되어 있다. (바) 처분청이 제출한 청구법인의 법인세 신고내역을 보면 2017사업연도는 수입금액 및 매출액은 없고, 유형자산처분이익OOO원, 산출세액은 OOO원이고, 2020사업연도는 수입금액 및 매출액 OOO원(임대료 수입), 유형자산처분이익 OOO원으로 나타난다. (사) 청구법인이 제출한 사업자등록증을 보면(2005.5.23. 발급) 청구법인은 2005.5.10. OOO에서 설립되었고, 그 업종은 부동산 임대업으로 기재되어 있다. (아) 청구법인이 제출한 부동산매매계약서에 따르면, 청구법인은 2017.12.29. 주식회사 AAA에게 OOO임야 6,221㎡, 같은 리 468-3 임야 906㎡, 같은 리 467-2 임야 1,527㎡을 OOO원에 양도하기로 하는 매매계약을 체결하였다(잔금일자: 2017.12.29.).
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 쟁점유형자산처분이익을 과세대상소득으로 보아 법인세를 부과한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 법인세법 제4조 제3항 제5호의 단서규정 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따르면 유형자산 및 무형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정하는 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대해서는 과세소득에서 제외하도록 규정하고 있지만 이 건의 경우 청구법인이 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하였다는 객관적 증빙을 제출하지 못한 데 반해, 처분청이 제출한 항공사진 등의 심리자료에 따르면 쟁점토지는 이 건 양도일 전에 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용된 것으로 보기 어려운 점, 법인세법 시행규칙 제76조 제3항에 따르면 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 전입한 후 처분하는 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리하고 이 경우 자산가액은 시가에 의하도록 규정하고 있으나, 쟁점토지는 청구법인으로부터 제3자에게 양도된 것이므로 청구주장과 같이 기타사업에서 수익사업으로 전입되면서 평가이익이 발생하였다고 할지라도 청구법인은 납세의무자로서 쟁점토지의 양도대가에서 세무상 취득가액(평가이익 반영 전 가액)을 차감한 차액을 쟁점토지의 처분소득으로 하여 해당 소득에 대하여 최종적인 납세의무를 부담하는 것이 타당해 보이는 점, 비영리법인이 자산에 대한 평가이익을 자본조정 등의 항목으로 계상하여 당기의 손익에 반영하지 않더라도 향후 제3자에게 처분할 때에 이를 익금으로 산입할 수 있다 할 것인 점(대법원 2016.8.18. 선고 2016두31173 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 쟁점유가증권처분이익을 과세대상소득으로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.