조세심판원 심판청구 양도소득세

이 건 과세처분이 재조사의 범위를 위반한 세무조사에 기인하여 위법한 것인지 여부

사건번호 조심-2023-중-7260 선고일 2024.04.24

우리 원의 재조사 결정서의 주문에는 쟁점A부동산의 실소유자가 甲인지 여부를 재조사하라는 문구가 명시되어 있고, 처분청의 이 건 조사종결보고서 및 청구인의 확인서 등에도 이 건 조사대상은 명의자 甲이 년경 양도한 쟁점A부동산으로 명시되어 있음에도 불구하고, 처분청은 이 건 조사 과정에서 청구인이 乙에게 쟁점A부동산을 재차 명의신탁하였다는 사실과 청구인의 쟁점B부동산 양도에 대한 기한후신고와 관련하여 처분청이 별도의 결(경)정을 하지 않은 사실이 확인되자 그 조사대상을 청구인의 년 양도소득세 전체로 확대하여 쟁점C부동산의 양도를 확인함으로써 최종적으로 당초 재조사 대상이었던 쟁점A부동산이 아닌 쟁점BㆍC부동산에 대해서까지 조사를 실시한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있음

1. 처분개요
  • 가. a은 2013.6.7. b에게 경기도 AAA시 OOO대 420㎡의 지분 2,460분의 420과 같은 리 OOO지상의 지하 1층∼지상 4층 건물(지상 3ㆍ4층은 지분 2분의1에 한정한다)을 양도하는 한편, 2013.6.10. c에게 경기도 AAA시 BBB읍 OOO대 2,040㎡의 지분 2,460분의 420(앞선 토지 및 건물과 합하여, 이하 “쟁점A부동산”이라 한다)을 양도하였으나, 이들에 대한 양도소득세를 무신고하였다.
  • 나. 이에 처분청은 2021.4.22. a에게 쟁점A부동산의 양도에 대한 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정ㆍ고지하였는데, a은 본인은 쟁점A부동산의 명의수탁자에 불과하다고 주장하면서 이에 불복하여 2021.7.20. 우리 원에 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2021.12.28. 쟁점A부동산의 실소유자가 청구인인지 여부를 (재)조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라는 내용의 재조사 결정[조심 2021중5012ㆍ지2901(병합)]을 하였다.
  • 다. 처분청은 위와 같은 우리 원의 재조사결정에 따라 2022.3.7.∼2022.5.6. 기간 동안 a을 주조사 대상자(본인, 명의수탁자)로, 청구인과 그 배우자 d을 관련인 조사자(관련인, 명의신탁자)로 하여 a의 쟁점A부동산에 대한 2013년 귀속 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점A부동산의 실소유자는 청구인이고 청구인이 a과 b에게 차례로 이에 대한 명의신탁을 하였다가 최종적으로 2016.9.7. e에게 양도하였다고 보아, a의 2013년 6월경 쟁점A부동산의 양도를 청구인의 2016.9.7.자 쟁점A부동산의 양도로 재구성하여 당초 a에게 부과한 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 취소하는 한편, 조사 과정에서 청구인이 2013.6.7. b에게 경기도 AAA시 BBB읍 OOO대 579㎡ 및 같은 리 OOO지상의 지하 1층∼지상 4층 건물 중 지상 3ㆍ4층의 지분 2분의1(토지와 건물을 합하여, 이하 “쟁점B부동산”이라 한다)을 양도한 후 기한후신고를 하였으나 처분청이 이에 대한 결(경)정하지 않은 것이 확인되자, 해당 2013.6.7.자 양도를 쟁점A부동산과 마찬가지로 2016.9.7.자 e에 양도로 재구성함과 동시에 청구인의 다른 2016년 귀속 양도분을 모두 조사하였고, 이에 청구인이 2016.11.16. e에게 경기도 AAA시 BBB읍 OOO대 602㎡ 및 같은 리 OOO지상의 건물(토지와 건물을 합하여, 이하 “쟁점C부동산”이라 한다)을 양도하였으나 이에 대한 양도소득세를 무신고한 것이 되자 최종적으로 2022.6.27. 청구인에게 쟁점AㆍBㆍC부동산 양도 전체에 대한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다(처분청은 2022.12.22. 양도가액 오류가 확인됨에 따라 OOO원을 직권으로 감액경정하였고, 그에 따라 남은 세액은 OOO원이다).
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2022.9.26. 이의신청을 거쳐, 2023.3.6. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 처분청은 조세심판원의 재조사 결정[조심 2021중5012ㆍ지2901(병합), 2021.12.28.]에 따라 a 명의의 부동산인 쟁점A부동산의 양도에 한하여 재조사 및 경정처분을 하였어야 함에도 불구하고, 쟁점A부동산의 양도와 동일한 2016년 귀속 양도분이라는 이유로 재조사 대상이 아닌 청구인 명의의 다른 부동산인 쟁점BㆍC부동산 양도에 대한 양도소득세까지 임의로 경정하였는바, 이는 위법하다.

(2) 이 건 과세처분은 부과제척기간을 도과하여 이루어진 위법한 처분이다. (가) 이 건의 사실관계와 그에 따른 쟁점AㆍBㆍC부동산의 양도시기를 정리하면 다음과 같다.

1. 청구인과 a은 경기도 AAA시 BBB면 OOO토지를 취득한 후 그 지상에 주상복합건물을 신축하는 내용의 사업을 진행하면서 OOO소재 토지는 청구인이, OOO소재 토지와 OOO지상의 주상복합건물 지층∼2층은 a이, 해당 건물의 3∼4층은 청구인과 a이 각 1/2씩 공동 소유하는 등의 내용으로 소유권이전등기를 하였다.

2. a은 2007년경 투자금을 회수하고 사업에서 탈퇴하고자 하였고 이에 청구인과 a은 a 명의의 부동산을 청구인 명의로 이전하기로 합의하였으나, 2008년경 미국발 외환금융위기가 발생하여 이를 이행하지 못하였다. 이후 청구인 명의의 부동산에 대한 임의경매가 2011.7.21. 개시(채권자 OOO2007.7.5. 기준 채권최고액 OOO원)되었는데, 다행히도 OOO가 2013.4.26. 및 2013.6.7. ‘청구인이 아닌 제3자의 명의로 대출하고, 청구인 소유의 부동산을 제3자 명의로 이전하는 등’의 조건으로 대출(채권최고액 OOO원)을 실행해준 결과 2011.7.21.자 임의경매를 비롯한 기타 압류 및 가압류는 취소되었다. 이 과정에서 청구인은 2013.6.7. 청구인 및 a 명의의 쟁점AㆍB부동산을 b에게 명의신탁하면서 채무자를 b로, 채권자를 OOO등으로 하여 근저당권을 설정(공동담보목록 제2013-495호)하였다.

3. 그러나 청구인은 이후에도 사업이 원활하게 진행되지 않아 계속하여 자금난을 겪었고, 2013.9.9. 조카 f이 소개한 e에게 쟁점AㆍBㆍC부동산 등을 OOO원에 양도하는 계약을 체결하였는데, e은 다음과 같은 방법으로 매매대금을 지급하였으므로 쟁점AㆍB부동산의 양도시기는 2013.9.12.이고, 이에 따라 부과제척기간 기산일은 2014.6.3.이다.

  • 가) [계약금] e은 2013.9.9. g에게 매매목적물을 담보로 제공하여 자금을 차입한 후 계약금 OOO원을 지급하였는데, 해당 채무와 관련하여 2013.9.11. 채무자를 e으로, 채권자를 g 등으로 하여 채권최고액 OOO원의 근저당권(공동담보목록 제2013-826호)이 설정되었다.
  • 나) [중도금 및 잔금] 명의수탁자 b은 청구인이 이자를 연체하여 부채상환을 독촉받자 청구인에게 쟁점AㆍB부동산의 명의신탁을 해지해줄 것을 독촉하였고, 이에 매매계약서의 특약사항에 따라 매수인 e의 배우자 h가 2013.9.12. 쟁점AㆍB부동산에 설정된 b의 근저당권 채무를 인수하는 것(등기사항전부증명서상 인수인은 i이다)으로 쟁점부동산에 대한 중도금 및 잔금 지급을 갈음함으로써 해당 부동산에 대한 소유권이 실질적으로 e에게 이전되었다. 참고로 설령 매매대금이 전액 지급되지 않았다 하더라도 매매대금의 대부분이 지급된 후 미미한 금액만이 남아있어 사회통념상 거의 지급되었다고 볼만한 수준으로 대금지급이 이루어졌다면 대금을 청산한 것으로 보아야 한다(조심 2015중1547, 2016.1.27.).

4. 한편 e은 그 배우자 h가 2013.9.12.자로 b의 근저당권 채무를 인수하는 방식으로 잔금을 지급한 결과 쟁점AㆍB부동산을 사용ㆍ수익하였는데, 청구인과 e이 2013.9.9. 작성한 매매계약서의 특약사항에는 ‘중도금 금 OOO원은 매수인이 의료법인을 설립하여 2013.10.31.까지 지급한다’고 기재되어 있고, 경기도 AAA시장에게 접수한 건축 변경허가신청서상 접수일자는 2013.11.27.로, 처리일자는 2014.3.31.로 되어 있으며, 경기도 AAA시장의 허가 변경처리 알림 공문에 의하면 근린생활시설을 의료시설로 용도변경한다고 되어 있을 뿐 아니라, 청구인의 자녀 j이 운영한 OOO의 부가가치세 과세표준은 2014년 제1기 OOO원, 2014년 제2기 OOO원으로 매우 적으므로, 청구인의 자녀 j이 최소한 2014년부터는 OOO을 비워 두었음을 알 수 있는바, 이러한 일련의 상황은 e이 쟁점부동산을 사용ㆍ수익하였음을 방증한다. 따라서 쟁점부동산의 양도시기는 아무리 늦더라도 건축변경허가신청 처리일자인 2014.3.31.로 보아야 한다.

5. 처분청은 청구인과 e이 작성한 각서를 근거로 청구주장에 신빙성이 없다는 의견이나, 이는 e이 부동산을 사용수익만 하고 대금지급 등을 하지 않았기에 작성한 것으로, 청구인이 부동산을 사용ㆍ수익하였다면 대금의 일부를 받아 아쉬울 것이 없어 그저 세월만 보내면 되므로, 굳이 e을 상대로 각서를 받을 이유가 없다. 일반적인 계약에 있어 양도인은 계약에 대한 위약금의 수입이 있게 되고 양수인은 계약에 대한 위약금의 비용이 발생하게 되기 때문에 계약이행이 지체될 경우 문제가 되는 것은 양수인이다.

6. 결론적으로 쟁점부동산의 양도시기는 소득세법 제98조 에 따라 잔금 청산일인 2013.9.12.이고, 설령 잔금지급일을 양도시기로 볼 수 없다고 하더라도 이 건 양도는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제3호 에 따라 장기할부조건에 해당한다고도 볼 수 있으므로 최소한 사용ㆍ수익일인 2014.3.31.을 양도시기로 보아야 한다. (나) 그런데 국세기본법령 및 소득세법에 의하면, 양도소득세 부과제척기간의 기산일은 그 과세표준의 확정신고 기한일의 다음날이므로, 이 건 부과제척기간의 기산일은 양도일 또는 사용ㆍ수익일이 속하는 연도의 다음 해 양도소득세 확정신고기한[2014.6.2.(월) 또는 2015.6.1.(월)]의 다음날인 2014.6.3. 또는 2015.6.2.이다. 이에 대하여 처분청은 쟁점AㆍBㆍC부동산의 대금 청산일이 불분명하므로 양도시기를 소유권이전등기 접수일(2016.9.7.)로 보아야 한다는 의견이나, 처분청의 의견대로 대금 청산일이 불분명하다면 소유권이전등기접수일을 e이 아닌 b 명의로 소유권이전등기가 접수된 2013.6.7.로 보아야 한다. 처분청은 실질 또는 공부 중 하나의 기준을 선택하여 양도에 대하여 일관된 판단을 하여야 함에도 불구하고, 국고주의에 따라 양도거래는 실질에 따라 재편성하면서 양도시기는 공부에 따라 판단하고 있는바, 이는 타당하지 않다. (다) 마지막으로 이 건 과세처분의 부과제척기간은 양도소득세 무신고에 따른 7년이 적용되므로, 최종적으로 부과제척기간 만료일은 2021.6.2. 또는 2022.6.1.이다. 1) 국세기본법 제26조의2 제1항 은 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세에 대한 부과권의 제척기간을 5년으로 규정하면서도 국세에 관한 과세요건 사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위 사실을 이야기하는 등의 부정행위가 있는 경우 과세관청으로서는 탈루신고 여부를 발견하기가 쉽지 않아 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로, 그러한 경우에 한해 부과제척기간을 10년으로 연장하고 있다. 따라서 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 10년의 부과제척기간이 적용되는 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하지 않는다고 보아야 한다(대법원 2013.12.12. 선고 2013두7667 판결).

2. 그런데 청구인은 쟁점AㆍB부동산을 매수한 후 미등기한 상태에서 이를 제3자에게 전매하거나 b에게 명의신탁한 것이 아니라, 쟁점AㆍB부동산을 b에게 명의신탁한 후 다른 공동 매수자와 함께 부동산 전체를 제3자에게 전매하여 자신의 지분에 상당하는 전매차익을 얻었음에도 양도소득세를 무신고하였는바, 이러한 명의신탁 행위만으로는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 하였다고 볼 수 없고, 미등기 전매로서 ‘사기, 기타 부정한 행위’에 해당한다고도 할 수 없다. 나아가 청구인이 이러한 명의신탁행위 이외에 누진세율 회피, 수입의 분산, 감면 특례의 적용, 세금 납부를 하지 아니할 무자력자의 명의 사용 등과 같이 조세회피의 목적으로 명의신탁을 하였다거나 단순한 명의 위장을 넘어서 허위의 매매계약서 작성이나 대금의 허위 지급 등과 같이 적극적으로 부정한 행위를 하였다고 볼만한 증거자료도 없으므로(서울고등법원 2014.8.19. 선고 2014누40953 판결), 이 건 양도소득세의 부과처분에 관한 제척기간은 7년으로 보아야 한다. (라) 그렇다면 결국 쟁점AㆍB부동산의 양도에 대한 양도소득세의 부과제척기간 만료일인 2021.6.2. 또는 2022.6.1.을 경과하여 2022.6.27.에서야 이루어진 이 건 과세처분은 부과제척기간 이후에 이루어진 것으로서 무효이다.

(3) 청구인이 제시한 매입가액 및 공사비를 양도소득세 필요경비로 인정하여야 한다. (가) 청구인은 2014.10.6. 2013.6.7.자 경기도 AAA시 BBB읍 OOO토지 579㎡ 양도에 대한 양도소득세 기한후신고를 하면서 아래 <표1>과 같은 내용의 취득가액 및 기타 필요경비 합계 OOO원을 반영하였는데, 처분청은 이와 같은 내용의 신고를 그대로 시인하였다(별도의 양도소득세 부과처분은 없었다). 그런데 처분청은 조세심판원의 결정에 따라 재조사를 하여 이 건 과세처분을 하면서 경기도 AAA시 BBB읍 OOO토지 579㎡의 취득가액을 환산취득가액으로 임의로 경정한 것으로 보이는바, 이는 위법하다. <표1> 양도소득세 기한후신고 당시 반영하였다는 경기도 AAA시 BBB읍 OOO토지 579㎡에 대한 취득가액 등 내역 (단위: 원) (나) 나아가 처분청은 청구인이 기한후신고 당시 반영하지 못한 경기도 AAA시 BBB읍 OOO토지 579㎡에 대한 공사비 및 농지보전부담금 합계 OOO원을 추가적으로 인정하여 아래 <표2>와 같이 총 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 경기도 AAA시 BBB읍 OOO토지 579㎡에 대한 취득가액 및 필요경비로 산입하여야 한다(청구인이 증빙내역 없이 계좌이체를 한 금액까지 합하면 실제로 추가 인정되어야 할 경비는 더 많다). <표2> 청구인이 경기도 AAA시 BBB읍 OOO토지 579㎡에 대하여 최종적으로 산정한 취득가액 등 내역 (단위: 원) (다) 또한 처분청은 a 명의의 경기도 AAA시 BBB읍 OOO 토지 420㎡의 취득가액을 OOO원으로 계산하였으나, 청구인이 2004.12.20. k 및 l로부터 경기도 AAA시 BBB읍 OOO및 같은 리 OOO소재 토지(2,760㎡, 835평)를 OOO원에 취득하였으므로, 취득가액을 OOO원(= OOO원 × 420㎡÷ 2,760㎡)으로 경정하여야 한다. (라) 처분청은 청구인의 기한후 신고내역을 확인한 결과 조사결정일 현재까지 이에 대한 결정이 이루어지지 않았다는 의견이나, 청구인이 2024.2.15. AAA세무서 재산세과 신고창구에 문의한 바 2014년 10월경 청구인의 기한후신고에 대하여 신고 시인(결정)이 있었음을 확인하였다. 처분청은 청구인의 기한후신고에 대한 결정이 이루어지지 않아 쟁점A부동산 이외 양도 분까지 취득가액을 환산취득가액으로 결정하였다는 의견이므로, 청구인의 기한후신고에 대한 결정이 있었다면 쟁점A부동산 양도분에 대한 경정을 따로 하지 않고 종전 담당자가 결정한 대로 인정하였을 것이라고 묵시적이나 스스로 인정한 것이 된다(기한후신고에 대한 경정여부와 관계없이 쟁점부동산 외 양도분에 대한 경정까지 하는 것이 적법하다면 굳이 기한후신고에 대한 결정이 없었다는 주장을 할 필요가 없기 때문이다). 처분청은 소득세법 제114조 제1항 에 따라 부과제척기간 7년 이내에 양도소득세 무신고자에 대하여 양도소득과세표준과 세액을 결정하여야 하고, 무신고 과세자료까지 생성되는 시스템 하에서 2021.5.31.까지 결정을 아니 할 수 없는데, 국세청 통합전산망(NTIS)이 도입되기 전이기는 하나 그 당시에도 2000년 이전부터 TIS가 운용되면서 기한후신고서에 대한 결정에 대한 관리시스템이 철저히 운용되고 있었기 때문에 기한후신고서의 입력이 누락될 수도 없는 구조였다(기한후신고서에 대한 관리시스템이 부재하였다면 일반 업무를 포함한 감사기능까지 전혀 할 수 없었을 것이다). 한편, 청구인과 처분청은 2014.10.6. 청구인 명의분에 대하여 기한후신고한 사실이 있음이 전산상으로 확인된다는 것에 대해서는 이견이 없는데, 기한 후 신고한 내역이 있다는 것은 그 신고서의 원본 또는 사본을 기초로 입력한 것을 방증하는바, 처분청이 기한후신고서의 원본 및 사본을 확인할 수 없는 것은 처분청의 귀책이고, 이를 이유로 청구인이 불이익을 받아서 안 된다. 청구인은 조사과정에서 기한후신고를 하였으나 보존기간 5년이 경과하여 추가 증빙자료가 어디 있는지 모르겠다고 진술하기는 하였으나, 청구인으로서는 적법하게 제출한 기한후신고서를 과세관청이 미보관하고 있을 것이라고는 상상할 수 없어 구비하지 못하고 있다가 추후 이를 신고서를 찾아 증빙자료로 제출한 것이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 조세심판원의 결정에 따른 재조사 대상은 ‘a에게 부과된 양도소득세’이고, 처분청은 이에 따라 a이 양도한 쟁점A부동산만을 조사하여 a에게 부과된 당초 과세처분을 취소하였으므로 a에 대한 양도소득세 (재)조사와 관련하여 조세심판원의 재조사결정을 위반한 사실이 없다. 또한 처분청은 명의신탁혐의로 청구인의 2016년 귀속 양도소득세를 조사대상으로 선정하였고, “양도소득세 사무처리규정”상 양도소득세 조사 시 조사대상기간의 양도소득세 부과대상 자산을 전부 조사해야 하기 때문에 처분청은 이에 따라 청구인이 동일 과세기간에 양도한 쟁점BㆍC부동산의 양도소득세도 함께 경정한 것인바, 이 건 과세처분은 정당하다.

(2) 이 건 과세처분은 부과제척기간 내에 이루어진 적법한 처분이다. (가) 이 건의 사실관계를 정리하면, 다음과 같다.

1. 청구인이 2013.9.3. e과 작성한 매매계약서(매매대금 OOO원)상 양도대상물건 중 쟁점A부동산은 그 소유권이 a에서 b(2013.6.7.)과 e(2016.9.7.)에게로 이전되었고, 나머지 쟁점C부동산은 청구인의 명의로 보유하다가 2016.11.16. e에게 양도된 후 당해 양도소득세 조사일까지 이에 대한 양도소득세는 무신고ㆍ미결정 상태였다.

2. 처분청은 조세심판원의 재조사 결정[조심 2021중5012ㆍ지2901(병합), 2021.12.28.]에 따라 a과 a이 쟁점A부동산의 실소유자라고 주장한 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하였고, a이 해당 조세심판청구과정에서 제출한 2016.3.28.자 내용증명과 2021.5.7.자 녹취록 등에 근거하여, 청구인이 쟁점A부동산을 a에게 명의신탁하였다가 재차 b에게 명의신탁한 후 청구인 및 그 배우자 d 소유의 부동산과 함께 e에게 양도한 것으로 보았으며, 청구인의 소유로 확인된 자산에 대해서는 등기사항전부증명서상 최종적으로 e에게 받은 매매가액을 기준으로 양도가액을 결정하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 부과하였다. (나) 쟁점AㆍB부동산의 양도시기는 소유권이전등기접수일인 2016.9.7.이다.

1. 청구인이 이 건 재조사 당시 제출한 각서에는 ‘e이 청구인과 2013.9.9. 매매계약을 체결하였으나 이를 이행하지 못해 2015.11.25. 매매대금을 OOO원 가량 감액하는 내용의 계약을 체결하였고, 해당 재계약마저 이행하지 못하는 경우 이를 무효로 하고 2013.9.9. 체결한 매매계약을 이행하겠다’는 내용이 기재되어 있는바, 이에 의하면 해당 각서의 작성일(2015.11.25.)까지도 쟁점AㆍB부동산에 대한 매매계약의 대금청산이 완료되지 않았음을 알 수 있다.

2. 또한, 청구인은 이 건 양도소득세 조사과정에서 ‘e으로부터 매매대금을 수령하지 못했지만 체납 등의 사유로 명의를 이전해주었다’고 진술하였으므로, e의 배우자 h가 2013.9.12. b(명의수탁자)의 근저당 채무를 인수한 결과 쟁점AㆍB부동산의 양도대금이 청산되었다는 청구주장은 신빙성이 없다. 특히 청구인은 쟁점AㆍB부동산에 대한 대금이 2013.9.12. 모두 청산되었다고 주장하나, m 주식회사의 파산관재인인 예금보험공사가 후소유자인 e 등을 피고로 하여 제기한 사해행위 취소소송에서도 e이 청구인에게 매매대금을 지급한 객관적인 증빙자료는 제시되지 않았고, 청구인 또한 국세체납으로 본인 명의 예금계좌가 압류됨에 따라 그 사용에 제한이 있어 금융거래 등 객관적인 방법으로는 쟁점AㆍBㆍC부동산의 양도대금을 수령할 수 없었다는 사실이 확인되었는바, 금융증빙자료 등을 통한 대금 청산일을 확인하여 쟁점AㆍB부동산의 양도시기를 결정하는 것은 불가능하다.

3. 청구인이 증빙자료로 제출한 건축 변경허가 신청서에 기재된 건축주는 매수인 e이 아니라 양도자인 청구인과 명의대여자인 b이고, 이후 매수인으로 건축주가 변경된 이력이 없을 뿐만 아니라 해당 건축물은 실제로 의료시설로 변경되지 않았으며, 청구인 외의 자가 쟁점AㆍB부동산 소재지에서 음식물 분쇄처리기 도소매업을 영위하기 위하여 2015.4.30. 사업자등록 신청을 하면서 첨부한 임대차계약서에는 청구인이 명의수탁한 b이 임대인으로 기재되어 있는바, 최소한 건축 변경허가 신청이 처리된 2014.3.31.을 쟁점부동산의 사용ㆍ수익일로 보아 양도시기로 인정하여야 한다는 청구주장 또한 신빙성이 없다. (다) 나아가 청구인에게 조세회피목적이 없었다는 것에 대한 명확한 근거가 제시되지 않아 청구인이 명의신탁 등을 한 것에 조세회피 목적이 없었다고 단정할 수 없으므로, 10년의 부과제척기간이 적용될 여지도 있는바, 이 경우에는 쟁점부동산의 양도시기를 2013년 9월로 보더라도 이 건 과세처분은 부과제척기간을 도과하지 않은 적법한 처분이 된다. 조세회피의 목적이 없었다는 점에 관한 입증책임은 이를 주장하는 명의자에게 있고, 조세회피의 목적이 없었다는 점에 대해서는 조세회피의 목적이 아닌 다른 목적이 있었음을 증명하는 등의 방법으로 입증할 수 있다고 할 것이나, 증명책임을 부담하는 명의자로서는 명의신탁에 있어 조세회피 목적이 없었다고 인정될 정도로 조세회피와 상관없는 뚜렷한 목적이 있었고 명의신탁 당시에나 장래에 있어 회피될 조세가 없었다는 점을 객관적이고 납득할 만한 증거자료에 의하여 통상인이라면 의심을 가지지 않을 정도의 입증을 하여야 한다(대법원 2013.11.28. 선고 2012두546 판결). 그런데 청구인의 경우 명의신탁에 대한 뚜렷한 목적을 발견할 수 없고 조세회피가 없었다고 할 객관적이고 납득할만한 증거자료가 확인되지 않으므로, 이 건 양도의 경우 10년의 부과제척기간이 적용대상에 해당한다고도 볼 수 있는 것이다.

(3) 아래 <표3>에 따른 매입가액 및 공사비는 다음과 같은 이유로 필요경비로 인정할 수 없다. 특히 청구인이 추가적으로 제출한 자료들은 처분청이 세무조사 당시 충분한 기간 및 기회를 제공하였음에도 제출하지 않은 것들로 그 신빙성을 담보할 수 없을 뿐만 아니라, 쟁점AㆍBㆍC부동산 이외의 부동산과 관련한 비용이 있는지 및 구체적으로 쟁점AㆍBㆍC부동산 중 어떤 것과 관련한 것인지에 대해서 전혀 확인되지 않으므로 이를 인정하여 필요경비로 반영할 수는 없다. <표3> 쟁점이 되는 필요경비내역 (단위: 원) (가) 청구인은 2013.6.7. 쟁점AㆍB부동산을 a에서 b에게로 재차 명의신탁하면서, 그 형식이 매매로 인한 소유권이전등기였던 점을 감안하여 2014.10.6. 본인 명의로 되어 있던 쟁점B부동산에 한해 기한후신고를 한 것으로 나타나는데, 처분청은 이 건 조사 및 과세처분일까지 이에 대한 결정이 이루어지지 않은 사실을 확인하였다. 처분청은 그 신고서의 원본과 사본[2014.10.6.은 국세청 통합전산망(NTIS)이 도입되기 이전이다]을 확인할 수 없었고, 청구인과 세무대리인(이 건 불복청구 대리인과 동일함) 또한 ‘조사 당시 신고 대리업무를 이행한 세무대리인을 확인할 수 없고 기존에 신고한 양도소득세 신고서도 확보할 수 없다’고 진술한 바 있다. 이에 처분청 조사담당자는 2022.3.19.∼2022.4.3. 기간 동안 조사를 중지하면서까지 청구인에게 쟁점AㆍBㆍC부동산에 대한 필요경비 등을 확인할 수 있는 자료를 제출할 것을 독려하였으나, 청구인은 조사종결시까지 자료를 제시하지 못하다가 심판청구과정에서야 자료를 제출하였다. (나) 한편, 경기도 AAA시 BBB읍 OOO소재 토지의 전소유자인 n는 기준시가 OOO원으로 신고하였으므로, 이와 다른 매입가액(OOO원)은 인정할 수 없다. (다) o 주식회사, p 및 q와 수수한 세금계산서 등 매출신고내역은 확인되지 않고, 대금지급내역 또한 확인되지 않아 어떤 부동산에 대한 공사내역인지 알 수 없으므로, 이들에 지출하였다는 비용은 필요경비로 인정될 수 없다. (라) r 입금표에는 공급받는 자가 “㈜s”으로 기재되어 있어 공사발주자가 청구인이 아니고, 이를 최초로 작성한 2004.10.13.과 2005.10.5. 작성된 이후 추가 기재한 것으로 추정되는 ‘r 영업담당자이며 BBB읍 OOO에 투입한 것을 확인함(010-3343-****, t)’이라는 내용이 기재되어 있어 그 영업 담당자가 어느 시점에 해당 지번을 추가 기재하게 되었는지 확인할 수 없는바, 기재내역을 신뢰할 수 없다. 나아가 세금계산서 등 매출신고내역도 확인되지 않으므로, 어떤 부동산에 대한 공사내역인지 알 수 없다. (마) 기타 자료(u, v, w)와 예금거래내역(q, u, v) 또한 구체적인 거래증빙이 확인되지 않으므로, 필요경비로 인정할 수 없다. (바) 특히 청구인은 2002∼2005년 기간 동안 이 건 부동산뿐만 아니라 경기도 AAA시 내 OOO및 OOO 등 다수의 토지를 취득하여 보유하고 있었으므로, 견적서ㆍ자재납품내역서ㆍ거래명세서상 청구대상자가 청구인이라는 것만으로는 해당 비용이 어느 물건에 해당하는 것인지를 확인하기 어렵고, 설령 해당 비용이 이 건 부동산들에 한정되는 공사비용이라 하더라도 청구인이 주장하는 OOO토지에만 한정되는 비용으로 판단하기도 어렵다.

1. 이 건 부동산은 모두 연접한 상태이고, 청구인은 건물 신축 및 증축공사 또한 자가로 진행하였다고 진술한 바 있는데, 제시한 거래명세표 등을 살펴보면 해당 비용들은 단순히 토사운반 등 토지지반을 구성하는 데에만 사용된 것이 아니라 철근ㆍ시멘트 등의 구입분도 포함하고 있어 쟁점건물 이외의 건물 신축비용까지 포함되어 있는 것으로 판단되는바, 환산가액으로 결정한 내역을 취소하고 실지거래가액으로 이 건 과세처분을 경정하는 경우 취득가액이 현재보다 더 감액될 우려가 있어 오히려 청구인에게 불리할 수 있다.

2. o 주식회사의 거래명세서에는 “현화택지지구내”라는 문구가 기재되어 있어 해당 비용이 청구인이 주장하는 OOO소재 토지에만 한정되는 비용으로 판단하기 어렵고, 설령 이를 비용으로 인정하더라도 청구인의 배우자 d과 아들 c이 보유하였던 OOO지상의 건물 또한 연접한 지번이므로 해당 건물 등과 안분하여야 할 것으로 보인다. (사) 청구인이 쟁점AㆍBㆍC부동산들을 취득할 당시의 매매계약서를 보면, 일부 토지는 실가로 기결정하였고, 일부 토지는 전소유자 n가 청구인에게 양도한 후 실지거래가액이 아닌 기준시가로 신고하여 청구인의 양도소득세 결정 시 환산취득가액으로 결정한 것으로 나타나므로, 제시한 매매계약서에 해당하는 가액을 지급한 객관적인 증빙(금융거래내역)을 제시하거나, 매매계약서 원본을 제시하여 문서감정을 의뢰하여 실제 표기된 날에 작성한 문서로 확인이 되는 경우에 한하여 필요경비를 실지거래가액으로 경정할 수 있다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 쟁점A부동산 이외에 쟁점BㆍC부동산을 포함하여 이루어진 이 건 과세처분이 재조사의 범위를 위반한 세무조사에 기인하여 위법한 것인지 여부

② 2022.6.27. 이루어진 이 건 과세처분 중 쟁점AㆍB부동산 양도의 경우 부과제척기간을 도과하여 이루어진 위법한 처분인지 여부

③ 쟁점금액을 필요경비로 인정하고 쟁점A부동산 중 토지의 취득가액을 재산정하여야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령 등: <별지1> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 이 건 과세처분의 주요 경과는 다음과 같다.

1. a은 2021.7.20. 본인은 쟁점A부동산에 대한 명의대여자로 실소유자는 청구인과 그 배우자 d이라고 주장하면서, 자신에게 부과된 쟁점A부동산의 양도에 대한 2013년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분에 대한 심판청구를 제기하였다.

2. 이에 우리 원은 국세기본법 제14조 의 실질과세원칙상 명의신탁자산의 양도 시에는 명의신탁자가 납세의무자라 할 것(대법원 1997.10.10. 선고 96누6387 판결, 같은 뜻임)인데, 처분청은 a이 쟁점A부동산의 등기부등본상 소유자이므로 a이 양도소득세의 납세의무자라는 의견이나, a은 본인이 청구인에게 발송한 내용증명, 청구인과의 통화 녹취록 및 부동산 관련인들이 a은 쟁점AㆍB부동산 중 각 건물의 임차인이라는 취지로 작성한 확인서 등을 제출하였고, 쟁점A부동산의 등기사항전부증명서에 의하면 청구인과 d이 이를 담보로 제공하여 대출을 받은 것으로 나타나며, 처분청은 aㆍ청구인 및 d에 대하여 직ㆍ간접적인 확인조사를 한 사실이 없으므로, a과 청구인 및 d의 금융계좌 거래내역 등에 대한 확인조사 및 쟁점A부동산의 임차인 등에 대한 조사 등을 통하여 쟁점A부동산의 실소유자를 확정하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 보아, 2021.12.28. “처분청 및 경기도 AAA시장(BBB출장소장)이 2021.4.22. 및 2021.4.23. a에게 한 2013년 귀속 양도소득세 OOO원 및 2013년 귀속 개인지방소득세 OOO원의 부과처분은 경기도 AAA시 BBB읍 OOO 소재 토지의 지분 2,460분의 420과 경기도 AAA시 BBB읍 OOO 소재 지상의 건물의 실소유자가 a인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다”는 재조사 결정[조심 2021중5012ㆍ지2901(병합)]하였다.

3. 처분청은 위 2)항의 기재와 같은 우리 원의 재조사 결정에 따라 2022.3.7.∼2022.5.6. 기간(2022.3.19.∼2022.4.3., 16일간 조사중지) 동안 세무조사를 실시한 결과, 쟁점A부동산의 실소유자를 청구인으로 보아 청구인에게 쟁점A부동산에 대한 2013년 귀속 양도소득세를 부과하고자 하였으나, 청구인이 조사기간 중인 2022.5.4. 아래와 같이 작성한 확인서 등을 근거로 청구인이 a 명의로 대출을 더 받고자 하였으나 a이 이를 거부하자 대출이 가능한 b에게 부동산들을 재차 명의신탁하였고 그에 따른 취득세와 각종 비용인 약 OOO원을 청구인이 납부한 사실 등을 추가로 확인하여 청구인이 쟁점A부동산을 실제 양도한 시기가 2013년이 아닌 2016년이라고 보았다.

4. 나아가 처분청은 위 3)항 기재와 같은 조사 과정에서 청구인이 쟁점B부동산에 대하여 기한후신고를 하였으나 처분청이 이에 대한 결(경)정을 하지 않은 사실이 확인되자, 합산과세를 위한 과세표준 구간 산정을 위하여 청구인의 2016년 귀속 다른 양도거래를 조사한 결과 쟁점BㆍC부동산의 양도를 확인하였고, 이에 2022.6.27. 청구인에게 재조사결정 대상이었던 쟁점A부동산 이외에도 쟁점BㆍC부동산을 모두 합하여 일괄적으로 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하는 이 건 과세처분을 하였는데, 처분청이 작성한 조사종결보고서의 주요내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 처분청의 양도소득세 조사종결 보고서 주요내용

5. 한편, 처분청은 위 3)ㆍ4)항 기재와 같은 이 건 조사과정에서 2022.3.21.자로 청구인에 대한 “세무조사 (중지ㆍ연장) 신청 결과 통지”라는 제목의 공문(재산세과-7035)을 시행하였는데, 해당 공문에는 ‘귀하(청구인)가 2022.3.17. 세무조사를 정상적으로 진행하기 어려운 기타사유가 발생하였다는 이유로 신청한 ‘세무조사 (중지ㆍ연장)’에 대한 처리 결과, 2022..3.19.∼2022.4.3. 기간 동안 세무조사가 중지되어 조사기간이 당초 2022.3.7.∼2022.4.20.에서 2022.3.7.∼2022.5.6.로 변경되었다‘는 내용이 기재되어 있다.

6. 청구인은 이 건 과세처분에 불복하여 2022.9.26. 이의신청을 제기하였는데, 처분청은 그 후 양도가액 산정에 오류가 있음을 확인하여 직권으로 OOO원을 감액경정하였다. 청구인에 대한 최종적인 2016년 귀속 양도소득세 부과내역은 아래 <표5>와 같고, 구체적인 양도가액 및 취득가액의 경정내역은 <별지2>와 같다. <표5> 이 건 과세처분 내역 (단위: 원, %) (나) 청구인의 쟁점BㆍC부동산에 대한 양도소득세 신고와 관련한 내용을 정리하면 다음과 같다.

1. 청구인은 쟁점B부동산의 2013.6.7.자 양도(명의상 양수자: b)에 대해서는 기한후신고를 하였으나, 쟁점C부동산의 2016.11.16.자 양도(명의상 양수자: e)에 대해서는 무신고한 것으로 나타난다.

2. 청구인은 처분청의 2014.10.6.자 접수 도장이 날인되어 있는 양도소득세 기한후신고서를 제출하였는데, 해당 신고서의 주요내용은 아래 <표6>과 같고, 해당 신고서에 의하면 양도물건 중 쟁점B부동산이 포함된 것으로 나타나는데, 이에 대한 취득가액 및 필요경비계산 상세 명세서는 아래 <표7>과 같다. <표6> 청구인의 2014.10.6.자 양도소득세 기한후신고서 주요내용 (단위 ; ㎡, 백만원) <표7> 취득가액 및 필요경비계산 상세 명세서 주요내용 (단위: 원)

3. 처분청은 청구인이 2014.10.6. 하루 동안 3차례에 걸쳐 제출한 양도소득세 기한후신고서 3개와 이에 대한 결의서 3개를 각 제출하였는데, 그 주요내용을 정리하면 아래 <표8>과 같다. 이에 의하면 위 2)항 기재에서의 신고서는 세 번째 신고서로 유추되는데, 처분청은 이에 대하여 ‘고액의 양도자료이므로, 취득가액 및 필요경비가 적정한지에 대한 조사가 필요하므로, 조사로 전환한다’고 판단한 것으로 나타나는데, 이후 처분청이 이에 대해 별도로 조사를 하였다거나 청구인의 신고내용을 그대로 시인하여 기한후신고에 대한 결(경)정을 하였다는 사정은 달리 확인되지 않는다. <표8> 청구인이 2014.10.6. 제출한 기한후신고서 관련 내용 (단위: 원) (다) 쟁점②와 관련한 주요내용은 다음과 같다.

1. 청구인은 아래 <표9>와 같은 내용의 부동산매매계약서 5매를 제출하였다. <표9> 청구인이 제출한 부동산매매계약서 5매의 주요내용 (단위: 원)

2. 청구인은 최소한 e의 사용ㆍ수익일인 2014.3.31.을 쟁점AㆍB부동산의 양도시기로 보아야 한다고 주장하면서 다음과 같은 증빙자료를 제출하였다.

  • 가) 청구인은 경기도 AAA시장이 시행한 “건축허가(증축및용도변경)처리 알림[b 등 2인]”이라는 제목의 공문 본문을 제출하였는데, 해당 공문에는 ‘귀하께서 우리시 BBB읍 OOO외 4필지 상에 건축허가 신청을 하신 건에 대하여 건축법 제11조 에 따라 건축허가가 처리되었음을 알린다’는 내용이 기재되어 있고 붙임자료로 “건축ㆍ대수선ㆍ용도변경허가[b등2인]”이라는 제목이 기재되어 있는데, 청구인은 이와 관련하여 아래 <표10>과 같은 내용의 “건축ㆍ대수선ㆍ용도 변경허가신청서”를 함께 제출하였다. <표10> 제출된 건축ㆍ대수선ㆍ용도 변경허가신청서의 주요내용
  • 나) 청구인은 경기도 AAA시 BBB읍 OOO소재 토지에 대한 도로점용허가증(점용기간: 2014.5.9.∼2023.12.31.)을 제출하였는데, 해당 허가증상 허가대상자는 e으로, 점용목적은 “건축(병원)부지 진ㆍ출입로”로 기재되어 있다.
  • 다) 청구인은 AAA세무서장이 2023.2.24. 발급한 부가가치세과세표준증명을 제출하였는데, 해당 증명서의 주요내용은 아래 <표11>과 같다. <표11> 제출된 부가가치세과세표준증명의 주요내용 (단위: 원)
  • 라) e은 2015.11.25. 청구인에게 아래와 같은 내용의 각서를 작성하여주었고, 이에 대한 첨부서류는 각각 아래 <표13>과 같다. <표12> e의 각서의 첨부서류인 매매계약서 주요내용 (단위: 원)
  • 마) 이 건 이의신청결정서에 의하면, 재결청인 중부지방국세청장은 위 라)항 기재의 3개 매매계약서와 등기사항전부증명서 등에 따라 쟁점AㆍBㆍC부동산과 쟁점외부동산의 양도가액을 아래 <표13>과 같이 파악한 것으로 나타난다. <표13> 증빙자료별 부동산의 각 양도가액 (단위: 원)
  • 바) 수원지방법원 AAA지원 2018.2.8. 선고 2016가합10591 판결의 판결문에 의하면, 파산자 m 주식회사의 파산관재인 예금보험공사(원고)가 e 외 4명을 피고로 하여 사해행위취소소송을 제기한 것으로 나타나는데, 판결문의 주요내용은 아래와 같다.
  • 사) x은 2015.4.30. OOO라는 상호로 쟁점AㆍB부동산 중 건물 3층을 사업장소재지로 하고 개업일을 2015.5.3.로 하는 내용의 사업자등록 신청을 하였는데, 해당 신청서에는 사업장을 빌려준 사람(임대인)이 b로 기재되어 있고 임대차 계약기간은 2015.4.28.∼2017.4.27.로 기재되어 있다. 한편 해당 신청서의 첨부서류인 부동산 임대차계약서에도 임대기간을 2015.4.28.∼2017.4.27.로 하여 임대인 b이 임차인 x에게 쟁점AㆍB부동산 중 건물 3층 197.34㎡를 보증금 OOO원, 매월 28일 OOO원에 임대하는 내용이 기재되어 있다. (라) 청구인은 쟁점③과 관련하여 아래 <표14>와 같이 기한후신고 당시 반영한 합계 OOO원을 상회하는 OOO원을 필요경비로 산입하여야 한다고 주장하면서 제출한 자료의 주요내용은 다음과 같다. <표14> 필요경비 산정 내역

1. 청구인은 2003.9.25. n로부터 경기도 AAA시 BBB읍 OOO대 579㎡를 OOO원에 매수하는 내용으로 작성한 부동산 매매계약서를 제출하였다.

2. 청구인은 o㈜가 발급한 합계 OOO원과 합계 OOO원의 거래명세표(서) 2매(총 합계 OOO원이다)를 제출하였는데, 해당 명세표(서)에는 “현황택지내”라는 현장명이 기재되어 있으나 구체적으로 어떤 부동산과 관련한 거래인지는 기재되어 있지 않다.

3. 청구인은 yㆍ중기가 2005.7.31. 기초보강공사와 관련하여 z에게 작성하여 준 합계 OOO원의 견적서를 제출하였는데, ① 해당 공사가 어떤 부동산과 관련된 것인지에 대해서는 확인할 수 없고, ② 컴퓨터파일로 작성된 공사대금의 합계는 OOO원이나 청구인은 해당 견적서에 수기로 작성된 공사금액 총액 OOO원을 기준으로 비용처리를 해달라고 주장하고 있다.

4. 청구인은 q가 2005.12.20. 청구인에게 작성하여 준 청구금액 OOO원의 자재납품내역서를 제출하였는데, 해당 자재가 어떤 부동산과 관련한 것인지에 대해서는 확인되지 않고 해당 금액은 기한후신고서상 금액과 같다. 한편 청구인은 추가적으로 q에게 지급한 비용과 관련된 것이라고 설명하면서 아래 <표15>와 같은 내용의 예금거래내역을 제출하였는데, 총 합계금액은 OOO원으로 청구인이 주장하는 비용과 동일하나, ① 앞선 기한후신고 당시 반영한 비용 OOO원과의 관계 및 ② 금액을 이체받은 A와 B이 q와 어떤 관계인지에 대해서는 확인되는 바가 없다. <표15> 청구인 명의의 예금거래내역

5. 청구인은 a이 2014.7.8. OOO으로부터 경기도 AAA시 BBB읍 OOO등 2필지 999㎡에 대하여 받은 농지보전부담금 OOO원의 납입확인서를 제출하였다.

6. 청구인은 아래 <표16>과 같이 본인 명의의 예금계좌 4개에서 r㈜에게 총 합계 OOO원을 지급하였다는 내용의 예금거래내역서 4매를 제출하였으나, 해당 지출이 어떤 거래와 관련한 것인지는 확인되지 않는다. 한편, 청구인은 r 영업담당자 t가 작성한 합계 OOO원의 입금표 2매를 제출하였는데, 해당 입금표에는 ㈜s에게 경기도 AAA시 BBB읍 OOO에 투입된 레미콘 대금을 수취하였음을 확인한다는 내용이 수기로 기재되어 있다. 참고로 예금거래내역과 입금표 상 금액을 모두 합하면 OOO원이 된다. <표16> 청구인의 r에 대한 계좌이체 내역

7. 청구인은 u C이 청구인에게 작성하여 준 거래명세표 4매를 제출하였는데 해당 물품(철근)의 거래가 어떠한 부동산과 관련한 거래인지는 확인되지 않고, 2매는 거래금액 합계 OOO원이 확인되나, 나머지 2매는 수량 외에 별도 거래금액이 기재되어 있지 않다(수량으로 추정한 금액은 합계 OOO원이다). 한편 청구인은 아래 <표17>과 같이 본인 명의의 예금계좌에서 C에게 입금한 거래내역을 제출하였는데, 그 합계 금액은 청구인이 비용으로 처리되어야 한다고 주장하는 OOO원과 같다. <표17> 청구인의 C에 대한 자금이체내역

8. 청구인은 v D가 청구인이 아닌 d에게 경기도 AAA시 BBB읍 OOO의 토목공사와 관련하여 작성하여 준 합계 OOO원의 입금표 2매와 함께 청구인 명의의 예금계좌에서 C에게 자금을 이체한 거래내역서를 제출하였는데, 아래 <표18>과 같은 해당 거래내역서상 합계 금액 OOO원은 청구인이 비용으로 처리되어야 한다고 주장하는 금액과 일치한다. <표18> 청구인의 D에 대한 자금이체내역

9. 청구인은 아래 <표19>와 같이 본인 명의의 예금계좌에서 w에게 자금을 이체한 예금거래내역서를 제출하였고, 해당 이체 합계금액 OOO원은 청구인이 비용산입으로 주장하는 금액과 일치하나, 청구인이 w에게 해당 금액을 입금한 이유는 달리 확인되지 않는다. <표19> 청구인의 w에 대한 자금이체내역

10. 청구인은 2004.10.29. kㆍl로부터 경기도 AAA시 BBB읍 OOO답 2,460㎡와 같은 리 OOO전 602㎡를 OOO원에 매수(명도일: 2004.10.15., 잔금지급일: OOO원, 2004.12.20.)하는 내용의 부동산 매매계약서를 제출하였다. (마) 국세기본법이 2016.12.20. 법률 제14382호로 개정됨에 따라 제65조 제5항이 신설되어 ‘심사청구에 대하여 같은 조 제1항 제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다’는 내용이 규정되었는데, 기획재정부가 발간한 “2016년 간추린 개정세법”에하면 이러한 규정의 신설(개정)취지는 “납세자 권익보호 강화 및 권리구제 신속화”인 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 보건대, 처분청은 우리 원의 재조사결정[조심 2021중5012ㆍ지2901(병합), 2021.12.28.]에 따라 조사를 한 결과 쟁점A부동산의 실소유자를 청구인으로 보아 a에 대한 당초 2013년 귀속 양도소득세 부과처분을 취소하였고, 명의신탁혐의로 청구인의 2016년 귀속 양도소득세를 조사대상으로 선정하여 쟁점AㆍBㆍC부동산의 양도에 대한 이 건 과세처분을 하였으므로, 이 건 과세처분에 재조사 범위 위반 등의 절차상 하자가 없다는 의견이다. 그러나, 국세기본법 (2021.12.21. 법률 제18586호로 일부개정되기 전의 것으로, 이하 같다) 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하면, 우리 원은 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우, 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있는데, 이 때 납세자의 권익을 보호하기 위하여 같은 법 제65조 제5항은 처분청으로 하여금 재조사 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하도록 규정하고 있는 점, 그런데 우리 원의 재조사 결정서의 주문에는 쟁점A부동산의 실소유자가 a인지 여부를 재조사하라는 문구가 명시되어 있고, 처분청의 이 건 조사종결보고서 및 청구인의 2022.5.4.자 확인서 등에도 이 건 조사대상은 명의자 a이 2013년경 양도한 쟁점A부동산으로 명시되어 있음에도 불구하고, 처분청은 이 건 조사 과정에서 청구인이 b에게 쟁점A부동산을 재차 명의신탁하였다는 사실과 청구인의 쟁점B부동산 양도에 대한 기한후신고와 관련하여 처분청이 별도의 결(경)정을 하지 않은 사실이 확인되자 그 조사대상을 청구인의 2016년 양도소득세 전체로 확대하여 쟁점C부동산의 양도를 확인함으로써 최종적으로 당초 재조사 대상이었던 쟁점A부동산이 아닌 쟁점BㆍC부동산에 대해서까지 조사를 실시한 것으로 볼 수 있는 점, 처분청이 제출한 결의서에는 쟁점B부동산의 양도를 포함하였다고 추정되는 청구인의 2014.10.6.자 기한후신고에 대한 결(경)정을 위해서는 별도의 조사가 필요하다는 내용이 기재되어 있고, 청구인의 2016년경 쟁점C부동산의 양도의 경우 aㆍb에 대한 부동산 명의신탁과 관련되었다는 사정이 나타나지 않아 쟁점A부동산의 양도 조사만으로는 그 사실의 존재를 알기 어렵다고 볼 수밖에 없는바, 그렇다면 이 건 조사과정에서 쟁점BㆍC부동산 양도에 대한 추가적인 조사가 이루어지지 않았다고 볼 수도 없는 점, 처분청은 명의신탁혐의로 청구인의 2016년 귀속 양도소득세를 조사대상으로 선정한 것이라고 설명하나, 달리 청구인의 2016년 귀속 양도소득세를 별도 조사대상으로 선정하였다거나 청구인에게 쟁점A부동산 이외의 부동산 양도에 대한 조사를 개시하였다는 내용의 고지를 한 사실은 확인되지 않는 점, 한편, 국세기본법 제81조의11 은 납세자의 사업과 관련하여서는 원칙적으로 세법에 따라 신고ㆍ납부의부가 있는 세목을 통합하여 조사하도록 하면서도(제1항), 우리 원의 재조사 결정 등에 따라 사실관계의 확인이 필요한 경우에는 부분조사를 실시할 수 있도록 규정(제3항)하고 있고, 같은 법 제81조의4 제2항 제4호 및 제6호는 재조사 결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정하여 조사를 하거나 그러한 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우에는 재조사를 할 수 있도록 규정하여 중복세무조사 금지의 원칙이 적용되지 않도록 규정하고 있는바, 이에 의하면 우리 원의 재조사 결정에 따른 조사 과정에서 쟁점A부동산의 실제 양도시기를 2016년으로 봄에 따라 청구인의 2016년 양도분 전체로 조사대상을 확대하여 통합조사를 실시하였어야 한다는 처분청의 의견은 인정되기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 절차상 하자를 치유하여 국세의 부과제척기간 내에 쟁점AㆍBㆍC부동산의 양도에 대한 양도소득세 부과처분을 할 수 있는지 여부 또는 OOO이 2014.7.8. a에게 지급받은 경기도 AAA시 BBB읍 OOO토지 579㎡에 대한 농지보전부담금 OOO원을 필요경비로 인정할 수 있는지 여부 등은 별론으로 하더라도, 우리 원의 당초 재조사 결정서 주문에 명시된 쟁점A부동산 이외에 쟁점BㆍC부동산을 포함하여 일괄적으로 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②ㆍ③는 쟁점①이 인용됨에 따라 별도로 심리할 실익이 없으므로, 이를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 관련 법령 등

(1) 국세기본법[2013.1.1. 법률 제11604호로 일부개정된 것과 2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정된 것(동일)] 제14조 [실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제16조 [근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. 제18조 [세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. 제26조의2 [국세의 부과제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

(2) 국세기본법(2020.12.29. 법률 제17758호로 타법개정된 것과 2021.12.21. 법률 제18586호로 일부개정되기 전의 것) 제26조의2 [국세의 부과제척기간] ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 제6항 제1호의 결정 또는 판결에 의하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 당초의 부과처분을 취소하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 이내에 다음 각 호의 구분에 따른 자에게 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 명의대여 사실이 확인된 경우: 실제로 사업을 경영한 자

⑨ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. 제65조 [결정] ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

⑤ 제1항 제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다. 이 경우 처분청은 제81조의7 및 제81조의8에 따라 조사를 연기하거나 조사기간을 연장하거나 조사를 중지할 수 있다.

⑥ 제1항 제3호 단서 및 제5항에서 규정한 사항 외에 재조사 결정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제81조 [심사청구에 관한 규정의 준용] 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다. 제81조의4 [세무조사권 남용 금지] ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우 제81조의11 [통합조사의 원칙] ① 세무조사는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고ㆍ납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 특정한 세목만을 조사할 수 있다.

1. 세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모 또는 세금탈루 혐의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우

3. 그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호의 사항에 대한 확인을 위하여 필요한 부분에 한정한 조사(이하 “부분조사”라 한다)를 실시할 수 있다.

2. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항 및 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 사실관계의 확인 등이 필요한 경우

5. 명의위장, 차명계좌의 이용을 통하여 세금을 탈루한 혐의에 대한 확인이 필요한 경우

④ 제3항 제3호부터 제6호까지에 해당하는 사유로 인한 부분조사는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 2회를 초과하여 실시할 수 없다. (3) 국세기본법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31452호로 일부개정된 것) 제52조의3 [재조사 결과에 따른 처분의 통지] 처분청은 법 제65조 제5항(법 제66조 제6항, 제81조 및 제81조의15 제6항에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 재조사 결과에 따라 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정을 하거나 필요한 처분을 하였을 때에는 그 처분결과를 지체 없이 서면으로 심사청구인(법 제66조 제6항, 제81조 및 제81조의15 제6항에서 준용하는 경우에는 이의신청인, 심판청구인 또는 과세전적부심사 청구인을 말한다)에게 통지하여야 한다.

(4) 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 일부개정된 것과) * 2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것과 아래 조문은 동일 제97조 [양도소득의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액
  • 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
  • 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

  • 가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
  • 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
  • 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

  • 가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
  • 나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액 제98조 [양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (5) 소득세법 시행령(2013.6.11. 대통령령 제24574호로 일부개정된 것) 제162조 [양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날 제163조 [양도자산의 필요경비] ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의2. 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것 (6) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정된 것) 제163조 [양도자산의 필요경비] ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관한 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의2. 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것 (7) 소득세법 시행규칙(2013.2.23. 기획재정부령 제323호로 일부개정된 것) 제78조 [장기할부조건의 범위] ③ 영 제162조 제1항 제3호에서 “기획재정부령이 정하는 장기할부 조건”이라 함은 법 제94조 제1항 각호에 규정된 자산의 양도로 인하여 해당 자산의 대금을 월부ㆍ연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 계약금을 제외한 해당 자산의 양도대금을 2회이상으로 분할하여 수입할 것

2. 양도하는 자산의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것 제79조 [양도자산의 필요경비 계산등] ① 영 제163조 제3항 제4호에서 “기획재정부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

1. 하천법댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액

5. 사방사업에 소요된 비용

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용 <별지2> 처분청의 이 건 양도소득세 직권경정 검토조서 주요내용

OO평택세무서장이 2022.6.27. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원(양도가액 정정으로 2022.12.22. OOO원이 직권으로 감액경정됨에 따라, 남은 세액은 OOO원임)의 부과처분은 이를 취소한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)