[요지] 쟁점부동산을 양도일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 않았다고 보고 쟁점토지를 비사업용토지로 보고, 납부지연가산세를 적용하여 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없음다만, 청구법인에게 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 ‘정당한 사유가 있다’고 인정되는 점 등에 비추어 청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 판단되므로 가산세를 제외하는 것으로 하여 그 세액을 감면함이 타당
[요지] 쟁점부동산을 양도일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 않았다고 보고 쟁점토지를 비사업용토지로 보고, 납부지연가산세를 적용하여 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없음다만, 청구법인에게 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 ‘정당한 사유가 있다’고 인정되는 점 등에 비추어 청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 판단되므로 가산세를 제외하는 것으로 하여 그 세액을 감면함이 타당
[주 문] 춘천세무서장이 2022.10.24. 청구법인에게 한 2017～2021사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분과 2022.12.5. 청구법인에게 한 2017～2021사업연도 법인세 합계 OOO원의 부과처분은 신고불성실가산세를 부과하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) (쟁점①) 청구법인은 쟁점부동산을 고유목적사업으로 수백 년 동안 사용했음에도 불구하고 법인세의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. (가) 청구법인은 문묘를 유지하고 교육 기타 교화사업, 유도의 진흥과 문화의 발전을 도모하는 것을 목적으로 하고 있는 비영리재단법인으로서, 쟁점부동산은 사유재산이 아니고, 조선시대 임금이 하사한 청구법인의 재산임이 정관 등에 나타나고 있으며, 청구법인 산하에 춘천향교, 강릉향교, 삼척향교, 횡성향교, 인제향교, 원주향교, 평창향교, 정선향교, 양구향교, 홍천향교, 영월향교는 문화재로 지정되어 있다. (나) 청구법인은 청구법인 명의의 예금과 관련하여서도 청구법인을 유지하고 관리하기 위한 비용 이외에는 지출한 사실이 없다. (다) 쟁점부동산은 조선시대 임금으로부터 하사받아 고유목적에만 사용하였고, 임금이 하사할 때 향교 건물이나 경내지 외에도 전이나 답도 하사한 것은 거기에서 나는 곡식 등으로 향교를 운영할 수 있도록 한 취지이다. 따라서 쟁점부동산을 양도일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우에는 쟁점부동산은 과세대상소득에 해당하지 아니하며, 청구법인이 적어도 쟁점부동산을 3년만 고유목적에 사용한 경우에 해당한다면 쟁점수익에 대하여 과세를 할 수 없는 것이다. (라) 법인세법 집행기준(구 법인세법 집행기준 3-2-5)에 따르면 “법인격 없는 단체가 법인으로 승인 받기 전에 취득한 부동산을 처분하는 경우 법인으로 보는 단체로 승인 받기 전부터 사실상 고유목적사업에 직접 사용한 때에는 고유목적사업에 사용한 날부터 기산한다.”고 규정하고 있다.
(2) (쟁점②) 청구법인은 쟁점토지를 고유목적사업으로 수백 년 동안 사용했음에도 불구하고 비사업용 토지로 보아 법인세의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 청구법인이 쟁점토지를 고유목적에 사용하였는지 여부는 조선시대 임금으로부터 하사받은 때부터 판단하여야 하고, 쟁점토지는 도로 수용, 교육사업, 문묘 보수 등으로 지방자치단체에 수용되거나 매각되었고, 양도일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적 사업에 직접 사용하였으므로, 법인세 납부의무가 없다고 할 것이며, 이에 따라 쟁점토지의 양도에 대해서는 환급해 주어야 한다.
(3) (쟁점③) 청구법인이 쟁점부동산을 고유목적사업으로 수백 년 사용하였음에도 불구하고 과소신고가산세 및 납부지연가산세를 부과한 처분은 부당하다.
(1) (쟁점①) 청구법인은 쟁점부동산을 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적사업을 위하여 사용하지 않았으므로, 청구 주장은 부당하다. (가) 청구법인은 쟁점부동산이 조선시대 임금으로부터 하사 받아 고유목적사업에 사용하다가 양도한 것이고, 향교 건물이나 경내지 외에 전이나 답까지 하사한 것은 그곳에서 나는 곡식 등으로 향교를 운영할 수 있도록 한 취지라고 주장하고 있으나, 청구법인은 경정청구 시 보완서류로 제출한 ‘양도 전 토지 이용현황’에 주택, 도로, 휴경, 경작, 임대, 미사용 등으로 기재되어 있을 뿐, 쟁점부동산이 고유목적사업에 직접 사용되었음을 입증할 만한 자료를 제출하지 않았다. 또한 고유목적사업에 직접 사용되는 토지란 향교의 대지로 사용하는 토지 및 그 고유목적사업을 수행할 목적으로 설치된 시설물의 부지 등으로 사용하는 토지를 말하므로(대전고등법원 2016.12.7. 선고 OOO 판결 참조), 청구법인의 주장은 역시 이유가 없다고 할 것이다. (나) 또한 비영리법인이 당해 부동산을 ‘사업에 사용한다’라고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용 용도가 비영리법인의 사업 자체에 직접 사용되는 것을 말하고, ‘사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업 목적과 취득 목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하는바(대법원 2005.12.23. 선고 OOO판결 참조), 청구법인의 사업에 직접 사용되는 토지라 함은 향교의 대지로 사용하는 토지 및 그 고유목적사업을 수행할 목적으로 설치된 시설물의 부지 등으로 사용하는 토지를 말한다고 할 것이어서(대전고등법원 2016.12.7. 선고OOO판결 참조), 쟁점부동산의 경우 유교의식, 유교종사자의 수행 및 생활과 피교육생에 대한 교육을 위하여 필요한 토지인 경내지에 해당한다고 볼 수 없다. (다) 그리고 경내지가 되기 위해서는 해당 종교단체의 경계 안의 토지 및 그 주변의 토지로서 당해 종교단체의 의식, 종교종사자의 수행 및 생활과 신도의 교화를 위하여 필요한 토지를 의미하는 것인바, 쟁점부동산의 지목은 도로, 대, 전, 답, 임야 등의 형태로서, 청구법인 산하 각 향교와 지리적, 공간적(쟁점부동산 중 홍천군 화촌면 풍천리 지역은 춘천향고, 영월군 주천면 지역은 원주향교, 동해시 지역은 삼척향교 소관)으로 밀접한 관련성이 없어, 경내지에 해당하지 않는다고 할 것이다.
(2) (쟁점②) 고유목적사업에 사용 여부는 고정자산 처분일 현재를 기준으로 판단하여야 하며, 오랜 기간 동안 고유목적사업에 사용한 고정자산이라도 해당 고정자산 처분 시점에 휴경, 주택 부수토지, 임대, 경작, 유휴지로 사용되었으므로, 쟁점토지는 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적사업에 사용되지 않았다. 따라서 처분일 현재 주택 부수토지, 수용 등 과세제외 토지를 제외한 쟁점토지는 본래 용도로 사용하지 않은 비사업용토지로 보아 경정청구를 거부한 처분은 정당하다 할 것이다.
(3) (쟁점③) 청구법인 쟁점부동산을 고유목적사업으로 수백 년 사용하였음에도 불구하고 가산세 부과처분은 부당하다고 주장하나, 쟁점부동산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없으므로, 과세소득에 대하여 과소신고한 법인세 및 토지 등 양도소득에 대한 법인세와 관련하여 추가납부할세액에 과소신고가산세와 납부지연가산세를 더하여 부과한 처분은 정당하다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점부동산을 양도일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부
② 쟁점토지가 비사업용토지에 해당하는지 여부
③ 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 강원도 내에 소재하는 분묘를 유지하고 교육 기타 교화사업 경영, 유도의 진흥과 문화의 발전을 도모함을 목적으로 설립된 비영리재단법인인바, 청구법인의 정관 중 사업 부분과 사업자등록증의 내역은 아래 ＜표3＞․＜표4＞와 같다. ＜표3＞ 청구법인 정관 일부 발췌(2019.12.11. 개정, 한자 한글로 변환) 재단법인 강원도향교재단 정관 제1장 총칙 제3조(목적) 이 법인은 도내 소재의 문묘를 유지하며 유교 기타 교화사업의 경영, 유도의 진흥과 문화의 발전을 도모함을 목적으로 한다. 제4조(사업) 이 법인은 제3조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 수행한다.
1. 도내 문묘의 유지, 2. 교육사업 및 보육사업 경영의 보조
3. 사회교화사업의 시설 및 경영 4. 유도 진흥상 필요한 도서의 발행
5. 강연회 및 학술 강습회 등의 개최
6. 기타 이 법인의 목적을 달성함에 필요로 하는 사업 ＜표4＞ 청구법인의 사업자등록증 (나) 청구법인은 청구법인을 유지ㆍ관리하기 위한 비용 외에 일체 지출한 내용이 없다는 취지로 청구법인 명의의 예금계좌 사본을 아래 ＜표5＞와 같이 제출하였다. ＜표5＞ 청구법인의 계좌 사본 (다) 청구법인은 청구법인이 신고한 양도 부동산 내역을 ＜별지2＞와 같이 제출하였다. (라) 처분청은 당초 처분의 경위를 설명하기 위하여 중부지방국세청장의 공익법인 의무이행 점검 관련 문서와 수정신고 관련 문서를 ＜표6＞과 같이 제출하였다. ＜표6＞ 처분청의 처분 경위 설명 관련 공문 등 발췌 (마) 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 경정청구 처리 결과 통지서로 회신하였고, 쟁점부동산에 대한 경정청구 및 결정 세부내역을 아래 ＜표7＞과 같이 제출하였다. ＜표7＞ 청구법인의 경정청구에 대한 처분청의 결정 세부 내역
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하는바(대법원 2005.12.23. 선고 OOO 판결 등 참조), 청구법인은 쟁점부동산을 고유목적사업으로 수백 년 동안 사용했음에도 불구하고 법인세의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장하나, 고정자산을 고유목적에 3년 이상 계속하여 사용하였는지 여부는 양도일을 기준으로 하여 그 이전 3년 이상을 계속하여 고유목적에 사용하는 자산인지 여부로 해석함이 문리해석상 타당하다고 할 것이고, 과거 3년 이상을 계속하여 고유목적에 사용하여 왔다 하더라도 그 후 오랜 기간 고유사업 목적에 사용하지 아니한 경우까지 비과세를 적용하는 것으로 보기 어려운 점, 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 사실을 확인할 수 있는 입증자료를 제시하지 못하고 있고, 청구법인이 쟁점부동산을 현실적으로 청구법인의 목적사업에 직접 사용하지 않은 이상 고유목적 사업에 사용된 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점부동산을 양도일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 않았다고 보아 청구법인이 제기한 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 고유목적사업으로 수백 년 동안 사용했음에도 불구하고 법인세의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장하나, 처분일 현재 주택 부수토지, 수용 등 과세제외 토지를 제외한 쟁점토지는 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 농지 및 공익상 필요한 임야, 임업을 주업으로 하는 법인 소유 임야 및 업무와 직접 관련 있는 임야에 해당하지 않아, 본래 용도로 사용하지 않은 비사업용토지로 볼 수 있는 점에 비추어 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 청구법인이 제기한 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 국세기본법제48조 제1항 제2호에서는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 여기서의 ‘정당한 사유’란 일반적으로 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리하고 할 만한 사정이 있을 때, 즉 책임을 물을 만한 기대가능성이 없는 경우를 말한다고 할 것이나, 구체적으로는 가산세 제도의 취지를 중심으로 제반사정을 고려한 개별적인 판단이 필요하다고 할 것이다. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없으므로, 과세소득에 대하여 과소신고한 법인세 및 토지 등 양도소득에 대한 법인세와 관련하여 추가납부할세액에 과소신고가산세와 납부지연가산세를 더하여 부과한 처분은 정당하다는 의견이나, 청구법인은 비영리 재단법인으로 청구법인 산하 춘천향교 등은 문화재로 지정되어 있고, 쟁점부동산을 조선시대부터 수백 년 동안 고유목적사업에 사용해왔던 점, 쟁점부동산은 처분이 엄격히 제한되어 있고, 쟁점부동산의 대부분이 공용 목적으로 군부대 등에 수용되어 청구법인으로서는 법인세가 부과되지 않는 것으로 이해할 여지가 상당하므로, 쟁점법인에게 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 ‘정당한 사유가 있다’고 인정되는 점에 비추어 청구법인에게 가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 다만 납부지연가산세의 경우 납세의무자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 이행하도록 하는 취지 외에 법정납부기한과 납부일간의 기간에 대한 이자에 상당하는 금액임과 동시에 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있으므로 납부지연가산세를 부과한 처분에는 잘못이 없다고 보이므로, 처분청의 당초 처분에서 신고불성실가산세를 제외하여 그 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다(조심 2022인1498, 2022.3.29. 외 다수 같은 뜻임).
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 관련 법령
(1) 법인세법 제4조(과세소득의 범위) ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.
1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등통계법제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 제55조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 토지 등 이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 농지 라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
(2) 법인세법 시행령 제3조(수익사업의 범위) ① 법 제4조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.
7. 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체를 포함한다)가 공급하는 용역중 부가가치세법 제26조 제1항 제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업
② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(국가균형발전 특별법 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.
(3) 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
(4) 부가가치세법 시행령 제45조(종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.
3. 문화재보호법에 따른 지정문화재(지방문화재를 포함하며, 무형문화재는 제외한다)를 소유하거나 관리하고 있는 종교단체(주무관청에 등록된 종교단체로 한정한다)의 경내지(境內地) 및 경내지 안의 건물과 공작물의 임대용역
(5) 향교재산법 제3조(재단법인의 설립 등) ① 관할 구역에 있는향교재산의 관리와 운영을 위하여 특별시・광역시・도 및 특별자치도(이하 시・도 라 한다)마다 재단법인을 설립한다. 제5조(향교재단의 목적) 제3조 제1항에 따른 재단법인(이하 향교재단 이라 한다)의 목적은 다음 각 호와 같다. 1.관할 시・도에 있는 각 문묘의 유지 2.교육이나 그 밖의 교화사업의 실시 3.유교의 진흥 4.문화발전에 대한 기여
(6) 국세기본법 제22조의3(경정 등의 효력) ① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다. 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 ＜별지2＞ 청구법인이 신고한 쟁점사업연도의 쟁점부동산 양도 내역