3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 쟁점토지의 거래를 하나의 거래로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 적용한 처분의 당부
- 나. 관련 법률
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.
(3) 조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.
③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.
1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.
- 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
- 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
(4) 민법 제565조(해약금) ① 매매의 당사자일방이 계약당시에 금전 기타 물건을 계약금, 보증금 등의 명목으로 상대방에게 교부한 때에는 당사자간에 다른 약정이 없는 한 당사자의 일방이 이행에 착수할 때까지 교부자는 이를 포기하고 수령자는 그 배액을 상환하여 매매계약을 해제할 수 있다.
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점토지 매매계약서와 등기사항전부증명서 등에 의하면 청구인은 OOO 소재 쟁점토지(전, 3,736㎡)를 아래 <표1>과 같이 지분1․2․3으로 양도하면서 2021.2.4. OOO)로 분할하여 등기하였다. <표1> 쟁점토지 지분별 양도현황 ㅇㅇㅇ (나) 쟁점토지가 분할된 이후 쟁점토지 지분1․2의 등기사항전부증명서 을구에 의하면 아래와 같이 쟁점토지 지분1․2에 대하여 2021.2.26. 채권최고액 OOO원, 근저당권자는 OOO으로 하여 2021.2.26. 근저당권설정계약된 것으로 나타나고, 청구인의 금융거래내역에 의하면 쟁점토지 지분1․2의 잔금지급일도 2021.2.26.로 동일한 것으로 나타난다. (다) 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정결의서에 의하면 청구인은 쟁점토지 양도에 대하여 귀속연도별 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 각각 적용하여 2021.2.28. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원, 2021.3.31. 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였고, 처분청은 쟁점토지 지분1ㆍ2․3 모두 2021.2.26. 양도된 하나의 거래로 보아 8년 이상 자경농지 감면한도 OOO원을 적용하여 아래 <표2>와 같이 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세를 경정 ㆍ고지하였다. <표2> 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내역 ㅇㅇㅇ
(2) 청구인은 쟁점토지 지분거래가 각각의 거래임을 입증하기 위하여 아래와 같은 자료를 제시하였다. (가) 쟁점토지 지분1 매매계약서에 의하면 청구인은 2020.12.3. 매수인1과 쟁점토지 지분1의 매매계약을 체결하면서 매매대금을 OOO원으로 하고, 2020.12.28. 잔금 OOO원을 지불하며, 부동산 인도일을 2020.12.28.로 하고, 특약사항에 쟁점토지 지분1은 별지1 지적도 첨부 A쪽으로 계약을 체결한다고 기재되어 있고, 쟁점토지 지분2 매매계약서에 의하면 특약사항부분에 ‘8. 잔금일은 2021.2.26.로 정하였어도 10일까지 여유를 주시고 어떠한 일이 있어도 2021.3.8.까지 잔금이행하겠습니다. 약속이행을 하지 않을시에는 배상 청구할 수 있다’고 기재되어 있다.(<별지>쟁점토지 지분별 매매계약서) (나) OOO에서 발행한 청구인의 배우자 CCC의 진단서에 의하면 2016.12.22. 기관지 또는 폐의 악성 신생물에 대하여 절제술을 시행하였다고 기재되어 있고, OOO에서 발행한 CCC의 진단서에 의하면 폐암의 림프절 재발로 2018.8.29.부터 2018.10.19.까지 방사선 치료를 시행하였다고 기재되어 있다. (다) 2022.12.27.자 매수인1의 확인서에 의하면 쟁점토지 지분1․2의 매입경위에 대하여 ‘동 토지는 본인의 토지와 연접해 있는 토지로서 본인 토지이용을 위하여 오래전부터 매입하고자 하였으나 자금여력이 부족하여 우선 2020.12.3. 쟁점토지 지분1 1,868㎡에 대하여 매매계약을 체결하고 계약금 OOO원와 중도금 OOO원을 지급하였는데 본인 이외에도 매수희망자가 있다는 사실을 알고 있어 매도인의 계약해제요구를 우려하여 계약금과 중도금을 동시에 지급하였다. 쟁점토지 지분1의 잔금일에 OOO으로부터 대출이 예정대로 진행되지 않아 우선 준비된 OOO원을 먼저 지급하고 나머지 OOO원은 3개월 안에 지급하기로 하였다. 그러던 중 매수인1은 잔여지 일부를 매수인2가 매수하려한다는 소식을 접하고 매수인2가 매수하기로 한 토지 일부분이 꼭 필요하여 쟁점토지 지분1에 연접부분만이라도 살 수 있게 해달라고 청구인에게 요청하여 기 지급한 중도금을 추가 매입할 쟁점토지 지분2의 계약금으로 대체하기로 하고 미지급액은 OOO원에서 OOO원으로 하여 3개월 이내 지급하기로 하였다’고 기재하고 서명되어 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 청구인과 매수인의 사정에 따라 쟁점토지를 지분으로 나누어 순차적으로 매매계약을 체결한 것으로 과세기간을 달리하여 조세를 회피할 목적이 없었으므로 쟁점토지 지분거래를 각각의 거래로 보아 과세연도별로 양도소득세 감면한도를 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점토지 등기사항전부증명서에 의하면 쟁점토지의 지분 분할등기일은 2021.2.4.로 분할등기 이전인 2020.12.30. 쟁점토지 지분1의 소유권이전등기가 되었고, 이후 2021.2.26. 쟁점토지 지분2․3의 소유권이전등기가 된 것으로 나타나며, 쟁점토지 지분1․2는 모두 매수인1에게 양도되었는바, 쟁점토지 지분1․2는 경제적 실질이 하나임에도 과세기간만 달리한 거래로 보이는 점, 청구인의 금융거래내역에 의하면 실제 쟁점토지 지분1의 잔금은 쟁점토지 지분2의 잔금지급일에 지급되었고, 쟁점토지 지분1의 계약금과 중도금은 하나의 수표로 계약일에 지급되었으며, 쟁점토지 1․2를 한번에 양도한 경우와 지분으로 나누어 양도한 경우 사이에 매수인1의 자금사정 등에는 아무런 차이가 나타나지 않는 점, 청구인은 쟁점토지 1․2의 매매대금 중 미지급받은 잔금 OOO원을 금전소비대차로 전환하였다고 주장하면서도 금전소비대차계약서를 제출하지 아니한 점, 청구인은 쟁점토지를 두 개의 거래라고 주장하고 있을 뿐 이를 뒷받침하는 객관적이고 구체적인 증빙 등을 제시하지 못하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지 1·2의 거래를 하나의 거래로 보아 청구인에게 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 적용한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.