쟁점토지의 분할 양도를 하나의 거래로 보아 양도소득세 감면한도를 적용하여 과세한 처분의 당부

[사건번호] 조심2023중6998 (2023.06.19) [세 목] 양도 [결정유형] 기각 --------------------------------------------------------------------------------- [제 목] 쟁점토지의 분할 양도를 하나의 거래로 보아 양도소득세 감면한도를 적용하여 과세한 처분의 당부 [결정요지] 처분청이 쟁점토지①·②의 매매거래를 그 실질이 하나인 거래에 해당한다고 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨 [관련법령] 국세기본법 제14조 [참조결정] [따른결정] --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1994.4.7. OOO㎡를 증여로 취득한 후, 2017.9.27. 동 토지를 잡종지 OOO㎡(OOO이하 “쟁점토지①”이라 한다)와 답 OOO㎡(OOO 이하 “쟁점토지②”라 한다)로 필지를 분할하였다.
• 나. 청구인은 2017.3.2. 매수인 AAA, BBB(이하 “매수인들”이라 한다)와 쟁점토지①ㆍ②에 대한 부동산 매매계약을 체결하고, 2017.11.7. 쟁점토지①은 매매가액 OOO원에, 2018.2.28. 쟁점토지②는 매매가액 OOO원에 양도한 후, 2017년 및 2018년 귀속 양도소득세 예정신고․납부를 하면서 조세특례제한법 제69조 에 따라 각각 OOO원, OOO원의 자경농지에 대한 양도소득세 세액감면을 받았다.
• 다. 처분청은 2022.8.18.부터 2022.9.6.까지 청구인의 쟁점토지①ㆍ②양도에 대한 세무조사를 실시하여, 청구인이 당초 한 필지의 토지인 쟁점토지①ㆍ②를 잔금시기를 달리하여 양도한 것에 대해 하나의 양도거래로 보아 양도소득세 감면세액과 결정세액을 재계산하여 2022.12.6. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2023.2.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청 구인이 쟁점토지①․②를 양도할 당시 매수인들이 매수 조건으로 건물을 신축할 수 있도록 요구함에 따라 이를 위해 농지를 다른 용도로 전환하는 과정에서 농지전용부담금 등 부대비용을 줄이기 위해 건물이 들어설 면적만큼을 답(畓)에서 잡종지(雜種地)로 용도 변경한 것임에도, 처분청은 이러한 매수인들의 내부적인 사항은 고려하지 않은 채 하나의 거래로 보았다. (2) 청구인은 2017.3.2. 쟁점토지①ㆍ② 매매계약 당시부터 매수인들의 요구대로 토지 분할 작업을 시작하여 2017.9.26. 쟁점토지①은 지목이 답에서 잡종지로 변경되었고, 건물의 경우도 건축허가일 2017.5.29., 착공일 2017.5.31., 사용승인일 2017.9.25.임이 토지대장 및 건축물대장에서 확인된다. (3) 매수인들은 당초 잔금예정일인 2017.11.7. 각각의 토지 및 건물 에 근저당 설정(채권 최고액 OOO원, 대출금액 OOO원)하여 청구인에게 잔금을 지급하려 하였으나, 결국 일부 금액(OOO원)이 부족하여 부득이 쟁점토지②의 거래가 다음연도로 이월되었음을 알 수 있다. (4) 참고로 건물 신축을 요구한 매수인들의 경우 대출금액을 높이 기 위해 건물을 신축하였고, 매도인인 청구인의 경우 매수인들의 요구를 수용하여 토지 지목변경을 하고, 부득이 토지를 분할하는 것이 일반 적인 관례이다. 양도자와 취득자가 서로 모르는 관계에서 단일거래 를 인위적으로 합의하여 2개의 거래로 나눈다는 것은 그렇게 쉬운 일은 아니며, 매수인들도 건물 신축과정에 부담되는 건물 신축 비용이 예상보다 많아 부득이 잔금 지급이 늦어진 것은 처분청에 제출한 등기부상 내역과 자금흐름서에 의해서도 확인된다.

(5) 처분청은 양도소득세 조사를 통해 당초부터 청구인이 토지 분할을 요구하였다는 AAA의 확인서를 제시하였으나, AAA는 토지계약 당시 나오지 않았다. 따라서 사실 여부를 떠나 실제 건물을 신축하는 과정에서 매수인들의 자금 사정이 어려워 부득이하게 잔금이 늦게 지급된 것이 사실인바, 소득세법 제98조 에 따라 대금을 청산한 날이 양도일이므로 대금청산일도 서로 다르고, 소유권 이전등기일도 서로 다른 2개의 거래를 매수인이 동일인이며, 또 공동소유자 2사람의 확인서도 아니고, 계약 당시 나오지 않은 매수인(AAA)의 확인서를 근거로 하여 단일거래로 묶어 과세함은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점토지①․②의 매매계약서 작성일은 2017.3.2.이나, 등기부상 쟁점토지①․② 분할일은 2017.9.27.로서 매매계약서 작성 이후 쟁점토지를 분할한 것으로 확인되고, 쟁점토지①․②의 매매계약서는 같은 날에 작성되었으며, 계약금 각 OOO원 및 OOO원도 같은 날(2017.3.2.)에 입금되었고, 쟁점토지①․②의 매수자는 BBB․AAA(쟁점토지①․② 각 지분 1/2 소유)로서 동일한 공동매수자로 확인된다. (2) 청구인은 건물 신축 및 쟁점토지에 대한 매수자들의 자금 사정으로 쟁점토지①과 쟁점토지②로 분할하여 양도하였다고 주장하나, 매수자 AAA는 쟁점토지 전체를 계약하려고 하였지만 청구인의 요 청으로 인하여 쟁점토지①ㆍ②를 분할 매수하였다는 확인서를 제출한 사실이 있는바, 당초부터 쟁점토지를 일괄 거래할 목적이나 의사가 있었던 것으로 볼 수 있다. (3) 쟁점토지①ㆍ②의 매매계약서에는 계약금ㆍ중도금ㆍ잔금일이 기재되어 있으나, 실제 매매대금 지급내역을 보면, 쟁점토지①의 중도금은 지급내역이 없고, 쟁점토지②의 중도금 지급내역만 확인되는 것으로 보아 보통의 매매계약서 계약금 1회ㆍ중도금 1회ㆍ잔금 1회에서 잔금일만 달리하여 작성한 것으로 볼 수 있고, 매수인들의 매매대금 지급시 쟁점토지①ㆍ② 근저당권자인 OOO의 근저당권 설정일이 2017.11.7.로서 동일하게 나타나므로 쟁점토지①ㆍ② 매매는 경제적 실질이 하나인 거래로 볼 수 있으므로 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 토지를 분할하여 각각 양도한 거래를 하나의 거래로 보아 양도소득세 감면한도를 적용하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또 는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

• 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

(3) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (4) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 부동산 등기사항 전부증명서 등을 보면, 쟁점토지①․②의 매매과정은 아래 <표1>과 같이 확인된다. <표1> 쟁점토지①ㆍ② 소유권 변동내용 (2) 처분청이 제출한 쟁점토지①․② 매매계약서상 주요내용은 아래 <표2>와 같으며, 매매대금 수수내용은 아래 <표3>과 같이 확인된다. <표2> 쟁점토지①ㆍ② 부동산 매매계약 내용 (단위: 천원) <표3> 쟁점토지①․② 거래대금 수수내용 (단위: 천원) (3) 청구인 계좌거래내용 중 쟁점토지①․②의 매매대금(OOO원)을 초과하여 입금(OOO원)된 사항에 관하여 처분청이 제출한 답변서 내용을 보면, “청구인이 2017.11.7. AAA로부터 입금받은 OOO원 중 OOO원은 건물대금으로서 매수인들이 청구인에게 일방적으로 입금한 것이고, 입금받은 즉시 매수인들이 지정하는 사람들에게 반환하였다고 주장”한 것으로 기재된 사실이 확인된다. (4) 처분청은 양도소득세 조사과정에서 매수인들에게 쟁점토지 분할거래 경위에 대해 사실 확인 요청을 하였고, 매수인(AAA)은 매도인(청구인)의 제안으로 토지를 분할하여 매수한 것으로 회신한 것으로 나타난다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 청구인은 쟁점토지①․② 거래가 각각 독립된 거래로서 필지를 분할하여 양도할 부득이한 사정이 있었고, 매수인의 자금 사정 등으로 등기가 지연되어 두 거래의 귀속연도가 달리진 것으로서 이를 하나의 거래로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 국세기본법 제14조 제3항 은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다”고 규정하고 있는바, 쟁점토지①․②의 매매계약서를 보면, 계약금․중도금․잔금일자가 기재되어 있으나, 실제 매매대금 수수내용과 일치하지 아니하여 하나의 거래가 아닌 각각 독립된 매매계약이라고 보기 어려운 점, 쟁점토지①․②의 매매계약서가 같은 날 작성되었고, 계약금도 같은 날 입금되었으며, 청구인은 매수인들의 자금사정이 어려웠다는 주장만 할 뿐 이에 대한 객관적인 증빙은 제출하지 아니하였고, 매수인들은 토지 매입 후 금융대출 등을 통해 이 건 매매대금 중 상당 부분을 지급하였으므로 분할 매매와 자금 사정과의 관련성이 있는 것으로 보기 어려운 점, 매수인들을 채무자로 한 쟁점토지

① ․②의 근저당권 설정일자가 2017.11.7.로 동일하게 되어 있어 쟁점토지①․②의 거래가 하나의 거래로 이루어진 것으로 보이는 점, 매수인(AAA)은 청구인이 소유권이전등기를 2회로 나누어 거래하자는 제안을 하였다는 내용의 확인서를 제출한 사실이 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지①․②의 매매거래를 그 실질이 하나인 거래에 해당한다고 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.