조세심판원 심판청구 양도소득세

8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인한 처분의 당부

사건번호 조심-2023-중-6953 선고일 2023.11.07

쟁점토지는 주거지역 편입일로부터 3년이 지난 21.12.30. 양도된 것으로 나타나는 점, 감면배제에서 제외되는 사유에 해당하는 사정이 확인되지 않는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2021.12.30. OOO 토지(전 298㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 주식회사 AAA에게 양도가액 OOO원에 양도하고 2022.2.28.조세특례제한법제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고‧납부하였다.
  • 나. 처분청은 2022.10.5.부터 2022.10.24.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지는 주거지역 편입일로부터 3년이 지난 후에 양도되었다는 이유로 자경농지에 대한 양도소득세의 감면 규정 적용을 배제하여 2022.12.15. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정‧고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.2.14. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지의 양수인이자 사업시행자인 주식회사 AAA은 2018년 OOO 개최, OOO~OOO 간 복선전철 착공, OOO 국립공원‧OOO도립공원 일부지역 해제 등으로 인하여 택지개발촉진법주택법에 의하여 쟁점토지를 포함한 일대 토지 38,887㎡를 매입하기 위하여 2016년 경부터 청구인에게 토지 양도를 권유하였다. 청구인은 부모님께 물려받은 토지이고, 향후 건물을 지을 계획이었으므로 양도를 거부하였으나, 2021년 5월 경 사업시행자가 90%이상 토지를 수용했으니 양도하지 않으면 법원에 공탁금을 넣고 사업을 진행하겠다고 통보하였다. 청구인은 법원에 공탁금을 넣고 사업을 진행하면 감정평가금액이 청구인에게 불리하게 평가되니 매도하라고 하여 어쩔 수 없이 쟁점토지를 양도하게 되었다. 쟁점토지 인근은 택지개발사업으로 인하여 아파트 단지가 건설되었고, 매매가 잦은 투기지역 이었다. 쟁점토지 인근의 32명의 양도소득세 신고자 중 16명이나 비사업용농지로 신고된 것이 이를 뒷받침 한다.

(2) 주거지역에 편입된 지 3년 지난 농지라도 사업 또는 보상을 지연시키는 사유가 사업시행자에게 있다고 인정되는 경우는 감면대상에 해당하므로, 2018년 OOO 개최로 인해 대규모 개발사업 지역이 되었으며, 택지개발촉진법에 따른 택지개발사업 또는주택법에 따른 대지조성사업의 경우에 해당되어, 위와 같이 주거지역에 편입된 지 3년이 지난 후 어쩔 수 없이 쟁점토지를 양도하게 된 것은 사업시행자에게 사업을 지연시키는 사유가 있다고 인정되는 경우이므로 청구인에게 자경농지에 대한 감면 규정을 적용하지 않은 것은 잘못된 처분이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점토지가 주거지역에 편입된 지 3년이 지나서 양도하였다는 이유로 이 건 양도소득세를 부과한 것은 부당하다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제1호는 주거 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 감면대상이 아니라고 규정하고 있으며, 같은 호 가목 및 같은 법 시행규칙 제27조에 따르면 그럼에도 불구하고 감면규정이 적용되는 예외사유에 해당되는 경우를 명확하게 열거하고 있는 바, 그 예외 사유는 대규모개발사업(사업시행지역 안의 토지소유주가 1천명 이상이거나 최소 100만 제곱미터 이상인 개발사업)에서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 인해 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 지나거나, 사업시행자가 국가나 지방자치단체 등 공공기관인 개발사업에서 사업 또는 보상을 지연시키는 부득이한 사유의 책임이 사업시행자에게 있는 경우 등으로 한정하고 있으나, 청구인은 상기 예외 사유에 해당하지 아니한다.

(2) 쟁점토지의 사업시행자는 아파트 건립을 위해 쟁점토지를 매입하였으며, 시행자가 매입한 토지의 총면적은 약 35,000㎡, 총 42필지에 청구인 외 31명의 토지소유자가 있는 것으로 국세청 전산자료를 통하여 확인된다. 또한 청구인을 제외한 31명의 토지소유자들은 양도소득세 신고 시 자경감면으로 신고하지 아니하였고, 이 중 15명은 기본세율로, 나머지 16명은 비사업용 토지 세율을 적용하여 신고하였다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 8년이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

  • 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 “대규모개발사업”이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
  • 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우
  • 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다) (3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조(농지의 범위등) ③ 영 제66조 제4항 제1호 가목 및 제67조 제8항 제1호 가목에서 “기획재정부령으로 정하는 규모”란 100만제곱미터로 한다. 다만, 택지개발촉진법에 따른 택지개발사업 또는 주택법에 따른 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다.

④ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제8항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 공공기관”이란 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 지정된 공공기관과 지방공기업법에 따라 설립된 지방직영기업ㆍ지방공사ㆍ지방공단을 말한다.

⑤ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제8항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유”란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다. (4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “도시ㆍ군계획”이란 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시 또는 군(광역시의 관할 구역에 있는 군은 제외한다. 이하 같다)의 관할 구역에 대하여 수립하는 공간구조와 발전방향에 대한 계획으로서 도시ㆍ군기본계획과 도시ㆍ군관리계획으로 구분한다.

3. “도시ㆍ군기본계획”이란 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시 또는 군의 관할 구역에 대하여 기본적인 공간구조와 장기발전방향을 제시하는 종합계획으로서 도시ㆍ군관리계획 수립의 지침이 되는 계획을 말한다.

4. “도시ㆍ군관리계획”이란 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시 또는 군의 개발ㆍ정비 및 보전을 위하여 수립하는 토지 이용, 교통, 환경, 경관, 안전, 산업, 정보통신, 보건, 복지, 안보, 문화 등에 관한 다음 각 목의 계획을 말한다.

  • 가. 용도지역ㆍ용도지구의 지정 또는 변경에 관한 계획
  • 나. 개발제한구역, 도시자연공원구역, 시가화조정구역(市街化調整區域), 수산자원보호구역의 지정 또는 변경에 관한 계획
  • 다. 기반시설의 설치ㆍ정비 또는 개량에 관한 계획
  • 라. 도시개발사업이나 정비사업에 관한 계획
  • 마. 지구단위계획구역의 지정 또는 변경에 관한 계획과 지구단위계획

5. “지구단위계획”이란 도시ㆍ군계획 수립 대상지역의 일부에 대하여 토지 이용을 합리화하고 그 기능을 증진시키며 미관을 개선하고 양호한 환경을 확보하며, 그 지역을 체계적ㆍ계획적으로 관리하기 위하여 수립하는 도시ㆍ군관리계획을 말한다.

15. “용도지역”이란 토지의 이용 및 건축물의 용도, 건폐율(건축법 제55조 의 건폐율을 말한다. 이하 같다), 용적률(건축법 제56조 의 용적률을 말한다. 이하 같다), 높이 등을 제한함으로써 토지를 경제적ㆍ효율적으로 이용하고 공공복리의 증진을 도모하기 위하여 서로 중복되지 아니하게 도시ㆍ군관리계획으로 결정하는 지역을 말한다. 제30조(도시ㆍ군관리계획의 결정) ⑥ 국토교통부장관이나 시ㆍ도지사는 도시ㆍ군관리계획을 결정하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 결정을 고시하고, 국토교통부장관이나 도지사는 관계 서류를 관계 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수에게 송부하여 일반이 열람할 수 있도록 하여야 하며, 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사는 관계 서류를 일반이 열람할 수 있도록 하여야 한다. 제31조(도시ㆍ군관리계획 결정의 효력) ① 도시ㆍ군관리계획 결정의 효력은 제32조 제4항에 따라 지형도면을 고시한 날부터 발생한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인이 자경 농지의 양도소득세 감면 규정에 따른 재촌 및 자경 요건을 충족한 점에 대해서는 처분청과 청구인 간 다툼이 없다. (나) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 쟁점토지를 2008.11.11. 상속을 원인으로 취득하여 2021.12.30. 주식회사 AAA에게 양도한 것으로 나타난다. (다) 처분청은 OOO시장에게 쟁점토지의 주거지역 편입일자 확인요청을 하였는바, OOO시장은 2017.8.23.국토의 계획 및 이용에 관한 법률제30조, 같은 법 시행령 제25조에 의해 고시된 <2020 OOO 도시관리계획(재정비) 결정(변경) 및 지형도면 승인 고시>에 따라, 쟁점토지의 주거지역 편입일을 2017.8.23.로 회신한 것으로 나타난다. (라) 2021.12.29. 고시된 <OOO 도시관리계획 결정 및 지형도면 고시> 및 2022.7.27. 고시된 <주택건설사업계획 승인 고시>의 발췌 내용은 아래와 같은바, 이에 따르면 쟁점토지가 소재한 OOO 일대 38,887㎡는 2021.12.29. 공동주택 건설사업을 위한 지구단위계획구역으로 지정되면서 제1종일반주거지역에서 제2종 일반주거지역으로 변경되었고, 2022.7.27. 해당 지역 37,519㎡에 대하여 주택건설사업계획이 승인된 것으로 나타난다. <OOO 고시 제2021-359, 지구단위계획 구역 지정> OOO <OOO 고시 제2022-192호, 주택건설사업계획 승인 고시> OOO (마) 쟁점토지 일대에 대하여 위 지구단위계획 수립 및 주택건설사업승인 고시 외 택지개발촉진법에 따른 택지개발사업 또는 주택법에 따른 대지조성사업의 승인에 관한 사항은 나타나지 않는다. (바) 청구인은 쟁점토지 일대가 면적 100만㎡이상인 대규모개발사업 대상 지역이라고 주장하며 관련 도면을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지가 주거지역 편입일로부터 3년이 지난 후에 양도되었다는 이유로 8년 자경에 따른 양도소득세의 감면규정을 적용하지 않은 처분은 부당하다고 주장하나,조세특례제한법제69조, 같은 법 시행령 제66조 및 같은 법 시행규칙 제27조에 따르면, 8년 이상 자경농지에 대해서는 양도소득세를 면제하지만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역 등에 편입된 후 3년을 경과하여 양도하는 경우에는 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 양도소득세를 감면하도록 정하였고, 다만 사업시행 지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 100제곱미터(택지개발촉진법에 따른 택지개발사업 또는 주택법에 따른 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터) 이상인 개발사업지역 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우에는 제외한다고 규정하고 있는바, 쟁점토지의 관할 지방자치단체장인 OOO시장은 쟁점토지의 주거지역 편입일자가 2017.8.23. 이라고 회신하였고 이와 같은 사항은 OOO시장의 도시관리계획 결정 및 지형도면 승인 고시를 통해서도 확인할 수 있는 점, 쟁점토지는 주거지역 편입일로부터 3년이 지난 2021.12.30. 양도된 것으로 나타나는 점, 쟁점토지 일대에서 진행된 주택건설사업의 개발면적은 37,519㎡로 확인되는바, 감면배제규정의 제외요건에 해당하지 않는 점, 그 밖에 쟁점토지 일대에서 사업시행면적이 100만제곱미터 이상인 대규모개발사업 또는 사업시행면적이 10만제곱미터 이상인 택지개발촉진법에 따른 택지개발사업 또는 사업시행면적이 10만제곱미터 이상인주택법에 따른 대지조성사업이 시행되었다는 사정은 확인되지 않는 점 등에 비추어 처분청이 8년 자경에 따른 양도소득세 감면 규정을 적용하지 않고 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)