[요지] 조합원입주권은 토지 및 건물과 별개인 부동산을 취득할 수 있는 권리로, 그에 대한 비과세는 소득세법 제89조 제1항 제4호에 따라 판단되어야 하므로 그 요건을 충족하지 못하는 이상 쟁점입주권에 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 없음
[요지] 조합원입주권은 토지 및 건물과 별개인 부동산을 취득할 수 있는 권리로, 그에 대한 비과세는 소득세법 제89조 제1항 제4호에 따라 판단되어야 하므로 그 요건을 충족하지 못하는 이상 쟁점입주권에 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 없음
[참조결정] 조심2019서0465
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 장기임대주택과 2년 이상 거주한 쟁점주택을 소유한 청구인이 거주주택을 양도한 경우에 해당하므로 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다. 소득세법관련 규정에 따라 장기임대주택과 2년 이상 거주한 거주주택을 소유한 1세대가 거주주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용한다. 청구인은 쟁점주택에서 2년 이상 거주하다가 관리처분계획인가일(2017.5.2.) 이후인 2017.9.25. OOO를 임차하여 이사하였고, 2018.2.23. AAA 외 OOO인에게 쟁점입주권을 양도하였다. 쟁점주택의 건축물관리대장에 의하면 2019.12.12. 멸실등기된 것으로 확인되고, OOO에서 2023.1.16. 발급한 계약종합정보내역에 의하면 2018.8.28. 전기가 단전된 사실이 확인되며, 서울특별시 강동구청에 의하면 쟁점주택의 양수인은 2018년 재산세 과세기준일 현재 쟁점주택의 재산세를 납부하였고, 쟁점주택의 취득세 역시 납부하였던 것으로 확인되므로 청구인이 쟁점주택을 양도한 2018.2.23. 당시 쟁점주택은 실제 주택에 해당하였던 것을 알 수 있다. 따라서 쟁점입주권은 관리처분계획인가일 이후 철거일까지 사실상 주택에 해당하였고, 청구인은 쟁점입주권 양도당시 쟁점임대주택을 제외하고 다른 주택이 없었으므로 2년 이상 거주한 거주주택을 소유한 1세대가 거주주택을 양도한 경우에 해당하여 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다.
(2) 설령 청구인이 쟁점주택을 관리처분계획인가일 이후 양도하여 이를 소득세법 제88조 제7호 및 같은 법 제89조 제1항 제3호 가목 및 나목에서 규정한 비과세가 적용되는 1세대 1주택으로 볼 수 없는 경우에도, 관리처분계획인가일 현재 기존주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 2년 이상을 거주하여 기존주택의 양도로서 비과세 요건이 충족되는 경우에는 조합원입주권을 양도하여 발생되는 전체의 양도차익 중에서 기존주택의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 주택으로서의 양도차익은 분리하여 비과세하고, 관리처분계획인가일 이후 부동산을 취득할 수 있는 권리로서 보유한 기간에 발생한 양도차익만을 과세하여야 한다. 청구인은 2009.3.2. 쟁점주택을 취득하여 거주하였고, 정부에서 민간임대주택에 관한 특별법을 제정하여 주택임대사업에 대해 취득세․재산세 등 감면혜택과 거주주택을 양도할 때 해당 장기임대주택을 주택 수에서 제외해주는 혜택을 주면서 국가의 중요정책으로 장려하던 시기인 2016.6.30. 소규모 오피스텔 1호(OOO)를 취득하여 주택임대사업자로 등록하고 임대하던 중 쟁점주택이 재건축사업을 시작하여 조합원입주권으로 변환되었다. 이후 쟁점입주권을 양도할 당시 장기임대주택이 주택 수에서 제외되는 명문규정이 없어 관리처분계획인가일까지 거주주택으로 보유한 양도차익까지 모두 한꺼번에 과세되어 실질적으로 소급과세와 유사한 문제점이 발생하게 되었는바, 청구인의 재산권이 부당하게 침해되었으므로 관리처분계획인가일을 기준으로 양도차익을 분리하여 비과세 여부를 판단하는 것이 합리적이다. 관리처분계획인가일을 기준으로 한 양도차익의 구분은 OOO와 같다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구인은 2009.3.2. 쟁점주택을 취득하였고 쟁점주택은 2017.5.2. 도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분인가(OOO)에 의해 입주자로 선정된 지위인 쟁점입주권으로 전환되었으며, 청구인은 2018.2.23. 쟁점입주권을 양도하고 2018.4.30. 1세대1주택 비과세 요건을 충족한 고가주택(9억원을 초과한 고가주택)의 양도로 보아 그 양도차익 중 비과세 부분을 제외한 양도소득에 대하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
(2) 청구인은 관리처분계획일 이후 양도하였으나 쟁점입주권 양도 당시 이는 여전히 ‘주택’으로의 실질을 유지하고 있었음을 입증하기 위하여 다음과 같은 증빙을 제출하였다. 쟁점주택의 재건축 추진현황은 OOO와 같다. (가) 청구인은 2009.3.2. 쟁점주택에 전입하여 2014.2.19. OOO로 주민등록을 이전하였다가, 다시 2015.3.20. 쟁점주택으로 전입하여 2017.9.25.까지 쟁점주택에서 거주하였다. 청구인이 쟁점주택에서 거주한 기간은 총 7년 6개월로 확인된다. (나) 청구인은 2017.9.25. OOO를 임차하여 이사하였고, 2018.2.23. AAA 외 OOO인에게 쟁점입주권을 양도할 당시에는 쟁점주택에 거주하지 아니하였다. (다) 쟁점주택의 건축물관리대장 및 쟁점주택 폐쇄등기부등본 등에 의하면 쟁점주택은 2019.12.12. 철거된 것으로 확인된다. (라) 2023.1.16. OOO에서 발급한 계약종합정보 내역에 의하면 쟁점주택의 전기는 2018.8.28. 단전된 것으로 확인된다. (마) OOO 내부결제 공문에 의하면 쟁점주택의 단수는 2019.11.19. 이루어진 것으로 확인된다. (바) 쟁점주택의 양수인은 2018년 재산세 과세기준일 현재 쟁점주택의 재산세 및 취득세를 납부한 것으로 확인된다. (사) OOO에 의하면 2019.1.1.기준 쟁점주택의 공시가격 OOO원이 마지막으로 공시되어 있는 것이 확인된다.
(3) 처분청은 청구인이 쟁점입주권 이외에도 쟁점임대주택(장기임대주택 2호)을 소유하고 있어 소득세법제89조에 따른 1세대 1주택 비과세의 적용대상에 해당하지 않는 것으로 보아 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.
(4) 1998.12.31. 이전에는 1세대 1주택 비과세규정을 갖춘 자가 조합원입주권을 양도하는 경우, 이를 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도’로 보아 과세하였으나, 대법원 1994.3.8. 선고 93누17324 판결 이후 소득세법 시행령(대통령령 제15969호, 1998.12.31.) 제155조 제16항을 신설하여 ‘1세대 1주택 비과세규정을 갖춘 자가 조합원입주권을 양도하는 경우로서 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우’에는 ‘1세대 1주택으로 보아 비과세 규정’을 적용하도록 개정한 바, 1998년 간추린 개정세법(재정경제부 발간)에는 그 개정이유에 대하여 OOO와 같이 기재되어 있다.
(5) 이후 상기 조합원입주권에 대한 비과세 규정(소득세법 제89조 제1항 제4호)을 적용함에 있어, ‘조합원입주권을 양도할 당시 다른 주택을 보유하고 있는 경우’에는 과세대상으로 보았으나, 대법원 2005.3.11. 선고 2004두9456 판결에 따라 대체주택을 취득한 경우에 대한 입주권 비과세규정을 신설한 바, 그 개정이유 등에 대하여 2005년 간추린 개정세법(기획재정부 발간)에는 OOO와 같이 기재되어 있다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구인은 소득세법관련 규정에 따라 장기임대주택과 2년 이상 거주한 거주주택을 소유한 1세대가 거주주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용하는바, 청구인의 경우 거주주택이 조합원입주권으로 변경된 차이만 있을 뿐이므로 쟁점입주권 양도에 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하거나, 설령 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 없다 하더라도 관리처분계획인가일 현재 기존주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 2년 이상을 거주하여 기존주택의 양도로서 비과세 요건이 충족되는 경우에는 조합원입주권을 양도하여 발생되는 전체의 양도차익 중에서 기존주택의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 주택으로서의 양도차익은 분리하여 비과세하고, 관리처분계획인가일 이후 부동산을 취득할 수 있는 권리로서 보유한 기간에 발생한 양도차익만을 과세하여야 한다고 주장한다. 그러나 조합원입주권은 소득세법제94조 제1항 제2호 가목에서 토지 및 건물과는 별개로 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’를 따로 규정하고 있고, 그에 대한 비과세 규정 역시 같은 법 제89조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 ‘주택에 대한 1세대 1주택 비과세’와 달리 같은 법 제89조 제1항 제4호에서 그 요건 등을 규정하고 있어 1세대 1주택 비과세의 적용에 있어서는 주택과 조합원입주권을 동일하게 보기 어려운 점, 장기임대주택과 2년 이상 거주한 거주주택을 소유한 1세대가 거주주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용한다는 같은 법 시행령 제155조 제20항은 ‘주택의 1세대 1주택 비과세’와 관련한 특례규정으로, 쟁점입주권의 비과세 특례규정이 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어(조심 2019서465, 2019.10.11. 합동회의 결정, 같은 뜻임) 쟁점입주권을 주택과 동일하게 볼 수 없고, 전체 양도차익 중 관리처분계획인가일 이전의 양도차익을 비과세하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 국세기본법 제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제18조[세법해석의 기준] ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
(2) 소득세법 제89조[비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[도시 및 주거환경정비법 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.
(3) 소득세법 시행령 제155조[1세대1주택의 특례] ⑳ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조 제1항에 따른 인가를 받거나 같은 법 제24조 제2항에 따른 위탁을 받아 어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.
1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날, 영유아보육법 제13조 제1항에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조 제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것
2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료 등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항의 전환 규정을 준용한다.
3. 장기어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 고유번호를 부여받고, 장기어린이집을 운영하고 있을 것 제167조3[1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위] ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.
2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.
1. 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것
2. 5년 이상 임대하는 것일 것
3. 취득 당시 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 3억원 이하일 것
4. 수도권 밖의 지역에 소재할 것
5. 1)부터 4)까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 "미분양매입임대주택"이라 한다)이 같은 시ㆍ군에서 5호 이상일 것{가목에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 나목에 따른 매입임대주택이 2호 이상인 경우에는 가목 또는 나목에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상일 것(나목에 따른 매입임대주택과 합산하는 경우에는 그 미분양매입임대주택이 같은 시ㆍ군에 있는 경우에 한정한다)}
6. 2020년 7월 11일 이후 종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 등록을 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택이 아닐 것
7. 종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따라 등록을 한 같은 법 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택을 같은 법 제5조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 주택이 아닐 것
(4) 조세특례제한법 제97조[장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면] ② 소득세법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.