쟁점토지①·② 각각의 양도를 하나의 거래로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부

OOO서장이 2022.10.4. 청구인에게 한 2017년 귀속 양도소득세 OOO원(추후 OOO원 감액)의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2017.9.1. OOO 답 2,000㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다) 및 같은 동 97-5 답 331㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고, 쟁점①토지와 함께 “쟁점토지”라 한다.)를 AAA, BBB, CCC(이하 “매수인들”이라 한다)에게 OOO원 및 OOO원에 양도하기로 하는 매매계약(이하 각각 “쟁점①계약”, “쟁점②계약”이라 한다)을 체결하여 2017.11.14. 및 2018.1.5. 소유권을 이전하고, 2017.12.22. 및 2018.3.2. 조세특례제한법 제69조 에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세를 각각 신고하였다.
• 나. 처분청이 2022.7.20.부터 2022.8.8.까지 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과 쟁점①ㆍ②계약은 그 경제적 실질이 하나인 거래를 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 한도를 각각 적용받기 위하여 형식적으로 매매잔금을 각각 다른 연도(2017년, 2018년)에 지급받는 방식으로 매매계약서를 작성한 것이라 하여 금융기관 대출실행일(2017.11.14.)을 쟁점토지의 양도일로 보아 2022.10.4. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.11.8. 이의신청을 거쳐 2023.1.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1964.12.21. 쟁점토지를 취득하여 평생 농사를 지어오다가 고령으로 인해 더 이상 농업에 종사할 수 없게 되어 매수인들에게 쟁점토지를 양도한 것이고, 조세회피목적으로 쟁점토지의 양도일을 달리하여 매수인들에게 양도한 것이 아니다. 쟁점①토지와 쟁점②토지는 청구인이 취득할 당시부터 별도의 필지로 구분되어 있었고, 청구인은 언제든지 매수인 이외의 자에게 연도를 달리하여 양도할 수 있었다. 매수인들의 자금 사정이 여의치 않았음에도 쟁점①토지의 이용도를 감안 하여 취득을 원하였고, 쟁점②토지는 331㎡의 작은 토지임에도 매수인의 자금사정을 고려하여 다음 해에 잔금을 지급하는 조건으로 계약하였다. 청구인은 쟁잼①토지와 쟁점②토지는 별도의 지번으로 별도로 양도가 가능함에도 매수인들의 자금사정으로 잔금지급시기를 달리하여 양도한 것으로서 의도적으로 양도시기를 늦춘 것이 아니다. 또한, 사적자치의 원칙에서도 개인의 자유의사에 따라 계약이 적법하게 이루어지고 등기된 부동산 양도를 세법상 과세기간의 원칙을 무시하고 과세권을 행사하는 것은 실질과세의 원칙에도 위배된다. 조세특례제한법이 과도한 양도소득세의 감면을 제한할 목적으로 1년간 감면세액의 총한도 1억원과 5년간 감면세액의 총액한도를 2억원으로 설정하고 있는 점 등을 고려하면 처분청에서 2개 과세기간에 과도한 세액감면이 발생하였다는 이유로 세액감면을 배제하기 위해서는 조세법률주의상 그에 부합하는 명시적인 법적인 장치 또는 명백한 근거가 필요하다 할 것이다. 과세관청에서는 쟁점②토지의 양도시기가 쟁점①토지의 양도시기와 같은 2017.11.4.로 보아 과세하였으나, 쟁점②토지의 잔금청산일이 2018.1.5.로 전체 양도가액의 약 13%의 금액이 청산되지 않았음에도 2017.11.14.을 양도일로 판단함은 조세의 부과는 법률에 의하여만 가능하며 소득세법 제98조 에서도 취득시기 및 양도시기는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 명확하게 되어 있으므로 이는 조세법률주의에 위배된다고 판단된다. 특히 쟁점②토지의 잔금청산일이 2018.1.5.임이 계약서, 통장입금일, 등기사항전부증명서상 소유권이전일 등 모두 같음을 보더라도 소득세법상 양도일을 2018.1.5.로 봄이 타당하다. 국세청 유권해석(부동산 2015-339, 2015.7.14.)에서는 1필지의 농지를 지분으로 분할하여 연도를 달리하는 것조차 각각의 과세기간에 따라 양도소득세 감면의 종합한도를 적용하는 것으로 회신하였다. 국세청에서 발간하는 세금절약가이드에서도 2건 이상의 부동산을 양도하는 경우에도 그 양도시기를 조절하면 세금 부담을 줄일 수 있다고 홍보하고 있다. 처분청은 쟁점토지의 양도를 모두 2017년 귀속분으로 보아 이 건 양도소득세를 부과하였으나, 청구인은 2017년 귀속 양도소득세를 2017.12.31. 모두 신고하였으므로 2018년 귀속 양도소득세는 산출세액이 감면한도(1억원)에 미달하여 납부세액 없이 신고하였음에도 2018년 귀속분을 2017년 귀속분으로 경정함은 잘못된 처분이다. 그러므로, 처분청이 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 부과처분은 취소․환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점토지의 매수인들의 자금 사정에 의해 잔금과 소유권 이전을 각각 연도별로 구분했음에도 처분청이 자의적으로 하나의 양도거래로 보아 합산하여 과세한 것은 부당하다고 주장한다. 그러나, 쟁점토지의 양도와 관련하여 계약체결 경위, 양도물건의 연접 상태 등을 보면 계약은 총 2건이나 거래상대방이 동일인이고, 매매 계약서 작성일 및 계약일이 동일하며, 1차 잔금일(2017.11.14)에 대출 실행하고 2차 잔금일(2018.1.5)에 추가근저당을 설정하면서 채권최고액 변동없이 진행된 점으로 보아 쟁점토지의 매매계약 체결 및 잔금일까지 전체 거래과정에서 물건별 잔금일을 달리할 사유가 확인되지 않는다. 따라서, 쟁점토지의 양도와 관련하여 물건별 잔금일을 분리하여 체결한 계약은 양도소득세 감면한도액(연간 1억원) 초과를 회피하기 위한 형식적인 계약에 해당한다. 국세기본법 제14조 제3항 은 ‘둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.’라고 규정하고 있는바, 쟁점토지 매매대금의 약 90% 지급 및 금융기관 대출실행일인 2017.11.14.을 쟁점토지의 전체 양도일로 하여 양도소득세 경정한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점토지(쟁점①·②토지)의 양도를 하나의 거래로 보아 감면한도(1억원)를 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

② 쟁점토지(쟁점①·②토지)의 양도시기를 2017년으로 볼 수 있는지 여부

• 나. 관련 법령 등 (1) 국세기본법 제14조【실질과세】③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(중략)

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】

① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

• 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 나. 5개 과세기간의 제70조, 제77조(100분의 10 및 100분의 15의 감면율을 적용받는 경우로 한정한다) 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 다. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

(3) 소득세법 제98조【양도 또는 취득 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (4) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득 시기】① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작한 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구인이 제출한 증빙과 처분청의 심리자료는 아래와 같다. (가) 이 건 양도소득세 조사종결보고서의 주요 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (나) 여신거래약정서에 따르면 매수인들 중 CCC은 2017.11.3. OOO으로부터 기업일반시설자금 명목으로 OOO원을 차입하는 것으로 약정한 것으로 나타난다. (다) 근저당권설정계약서를 살펴보면 매수인들은 2017.11.14. OOO과 OOO 토지(쟁점①토지)를 담보로 제공(채권최고액 OOO원)하는 근저당권설정계약을, 2018.1.5. OOO 토지(쟁점②토지)를 추가적인 담보로 제공(채권최고액 OOO원)하는 추가근저당권설정계약을 각각 체결한 것으로 나타난다. (라) 매수인들의 확인서(2022.8.8. 작성)에 따르면 쟁점토지를 매수하여 매매금액이 크고 잔금일이 빠른 관계로 청구인(매도인)과 협의하여 쟁점②토지의 잔금(OOO원)을 자금 사정상 2개월 뒤에 지급하였다는 취지로 기재되어 있다. (마) 쟁점토지의 부동산 등기사항전부증명서에 따르면 매수인들은 2017.9.1. 매매를 원인으로 2017.11.14. 쟁점①토지를, 2017.9.1. 매매를 원인으로 2018.1.5. 쟁점②토지를 각각 OOO원 및 OOO원에 취득한 것으로 되어 있다. (바) 처분청의 세액결의서에 따르면, 처분청은 2023년 1월 부정과소신고가산세(OOO원)를 일반과소신고가산세(OOO원)로 경정정하여 양도소득세 OOO원을 감액하였다. (사) 청구인이 국세청이 발간한 세금절약가이드라며 제시한 내용을 살펴보면 아래와 같다. 1주택을 양도하고 동일연도말 다른 1주택을 양도하여 1년 내에 2주택을 양도하는 경우 합산하여 신고납부하여야 하므로, 누진세율 체계에서는 고율의 누진세율과 1회(250만원)의 기본공제만을 적용받게 된다. 반면에 1주택을 양도하고 다른 1주택을 다음연도에 이월하여 양도하면 보다 낮은 누진세율 적용과 2회(500만원)의 기본공제를 적용받게 되어 세금부담을 줄일 수 있다. (아) 쟁점토지의 개별공시지가는 아래 <표>와 같다. <표> 쟁점토지의 개별공시지가 ㅇㅇㅇ (자) 쟁점토지의 부동산 매매계약서를 살펴보면, 청구인들은 매수인들에게 쟁점①토지(2,000㎡)를 OOO원, 쟁점②토지(331㎡)를 OOO원에 각각 양도하기로 하는 매매계약을 2017.9.1. 체결하였다(각 잔금일: 2017.11.14. 및 2018.1.5.).

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 국세기본법제14조 제3항은 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 규정한 것인바(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결, 같은 뜻임), 청구인은 쟁점토지(쟁점①·②토지)의 양도를 하나의 거래로 보아 감면한도(1억원)를 적용하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 처분청이 제시한 심리자료에 따르면 매수인들이 쟁점토지를 매입하면서 OOO으로부터 OOO원을 차입하였고, 2017.11.14. 청구인에게 쟁점토지 매매대금 가운데 90% 정도를 지급하였는데, 쟁점①토지와 쟁점②토지의 잔금일 차이는 약 2개월에 불과한 점, 쟁점①토지 및 쟁점②토지는 인접한 토지로서 각각 공시가격은 앞서 <표>와 같이 약 3배 가까이 차이가 나는데 반해, 쟁점토지의 매매계약서상 두 토지의 면적(㎡) 당 거래가액은 거의 유사한 것으로 나타나는 점, 쟁점①토지 및 쟁점②토지 각각의 매매계약일 및 매수인들이 모두 동일하고 2017.11.14. 대출(대출금 OOO원)이 실행되었으며, 2018.1.5. 추가근저당설정을 하였다고 할지라도 이는 그 채권최고액에 변동이 없이 담보만 추가로 설정한 점 등에 비추어 위의 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지(쟁점①·②토지)의 양도시기를 2017년으로 보아 이 건 양도소득세를 부과하였으나, 소득세법 제98조 에 따르면 자산의 양도차익을 계산할 때 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 규정하고 있는 점, 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점토지(쟁점①․쟁점②토지)의 양도는 사실상 하나의 양도거래라 할 수 있고 이 건 심리자료에 따르면 쟁점토지에 대한 매매대금의 청산이 2017년에 모두 이루어졌다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 2017년으로 하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제80조의2, 같은 법 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.