조세심판원 심판청구 법인세

쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 부과제척기간 10년을 적용하여 과세한 처분의 당부 등

사건번호 조심-2023-중-3429 선고일 2023.10.10

요 지

청구법인들은 이 건 과세기간(2014년 제2기)과 동일한 기간내인 2014년 7월∼9월에 쟁점거래와 같은 거래를 수행하였고, 처분청도 이에 대하여 정상거래임을 인정하였으며, 쟁점거래를 가공으로 보아 부과된 이 건 부과처분은 공급가액에 3퍼센트를 곱한 금액을 가산세로 부과한 금액으로 부가가치세인 본세는 오히려 환급이 발생하는 것으로 나타나 청구법인들이 쟁점세금계산서를 가공으로 수취 또는 발급할 유인이 없어 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수 또는 발급한 가공의 세금계산서라고 본 것은 잘못이 있다고 판단된다

상세내용

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이 유

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1. 처분개요

가. 청구법인 AAA 주식회사 (이하 “AAA” 라 한다) 는 1976.10.5. 수전 금구류 및 위생 설비 제조 및 판매를 목적으로 설립된 법인이고, AAA 와 특수관계법인인 청구법인 BBB 주식회사 (이하 “BBB” 라 하고, AAA 와 합하여 “ 청구법인들 ” 이라 한다) 는 2005.5.31. 요업제품 판매를 목적으로 설립된 법인이다. 나. 청구법인들은 2014.5.19. ㈜ CCC(이하 “CCC” 이라 한다) 과 ‘ 타일 ’ 거래계약을 체결하고, CCC 은 중국으로부터 타일을 수입하여 BBB 에 납품하면, BBB 는 AAA 로 판매하며, AAA 는 국내 총판역할을 수행하는 CCC 에 타일을 판매하는 등, 그 거래내역은 아래 < 표 1> 과 같다. < 표 1> 청구법인들과 CCC 의 2014 년 제 2 기 세금계산서 거래내역 ㅇㅇㅇ 다. OOO 청장 (이하 “ 조사청 ” 이라 한다) 은 2021.4.21. ∼ 2021.12.15. 기간 동안 청구법인들에 대한 법인통합조사를 실시한 결과,

(1) 2014 년 12 월 AAA 가 BBB 로부터 교부받은 세금계산서 OOO 원 (이하 “ 쟁점매입세금계산서 ” 라 한다) 과 AAA 가 CCC 에게 발급한 OOO 원의 세금계산서 (이하 “ 쟁점매출세금계산서 ” 라 하고 쟁점매입세금계산서와 합하여 이하 “ 쟁점세금계산서 ” 라 한다) 를 실제 거래없이 수취 또는 발급하였다고 하여 쟁점세금계산서 관련 거래 (이하 “ 쟁점거래 ” 라 한다) 를 가공거래로 보았고,

(2) AAA 가 조세특례제한법 (이하 “ 조특법 ” 이라 한다) 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용한 연구원 중 전담 연구원이 아닌 사람에 대하여는 세액공제 적용 대상이 아니라고 판단하였으며,

(3) BBB 가 AAA 의 창업주인 고 (故)AAA 회장에게 2016 년 1 월부터 2019 년 12 월까지 자문료 명목으로 지급한 소득과 AAA 회장의 운전기사의 인건비 합계 (OOO 원) 를 손금불산입 하는 것이 타당하다는 내용 등을 처분청에 통보하였다. 라. 처분청은 이에 따라 2022.2.11. 쟁점거래를 가공거래로 보아 국세부과제척기간 10 년을 적용하여 2022.2.7. AAA 및 BBB 에게 2014 년 제 2 기 부가가치세 각 OOO 원 및 OOO 원 (가공거래 관련 가산세 부과금액) 을, AAA 에게 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 받은 연구원 일부에 대한 세액공제를 부인하여 2016 사업연도 법인세 OOO 원을, BBB 가 고 (故) AAA 에게 지급한 관련 인건비를 손금불산입하여 2016 ∼ 2019 사업연도 법인세 합계 OOO 원 (2016 년분 OOO 원, 2017 년분 OOO 원, 2018 년분 OOO 원, 2019 년분 OOO 원) 을 각 경정·고지하였다. 마. 청구법인들은 이에 불복하여 2022.5.10. 이의신청을 거쳐 2023.1.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인들 주장 (1) 쟁점거래는 청구법인들이 CCC 과의 계약에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 가공거래에 해당하지 않는다. (가) 청구법인들과 CCC 이 타일 거래를 시작하게 된 과정 및 쟁점거래의 내용은 다음과 같다.

1. BBB 는 중국으로부터 도기를 OEM 방식으로 제작하여 국내로 수입하고, 이를 BBB 의 총판 및 AAA 에 판매하며, AAA 는 BBB 에서 매입한 도기를 자신의 총판에 판매하였다.

2. AAA 는 국내에서 수전을 제작하여 AAA 의 총판 및 BBB 에 판매하고, BBB 는 AAA 에서 매입한 수전을 자신의 총판에 판매하고 있다.

3. AAA 는 2014 년 초 CCC 로부터 CCC 이 중국내 타일 생산공장을 찾았으므로 OOO 브랜드로 수입하여 국내의 CCC 거래처 및 AAA 의 총판에 판매하겠다는 제안을 받았고, 이후 2014.5.19 CCC 과 타일수입대행 및 판매위탁계약을 체결하여 거래를 개시하였으며, 계약은 CCC 이 기존 AAA 와 거래가 있었기에 AAA 와 CCC 사이에서 체결되었으나, BBB 가 중국으로부터 도기 수입을 진행하였으므로 BBB 의 품질관리팀 인원들이 중국의 생산공장으로 가서 타일의 품질을 확인하며 타일을 수입하는 형태로 진행되었다.

4. CCC 은 중국내 타일 생산공장 발굴, 생산협의, 개발비 부담, 품질관리 및 수입통관업무를 수행하고, 수입한 타일을 BBB 에 납품하면, BBB 는 AAA 에 판매하되, CCC 이 AAA 의 총판으로서의 역할도 수행하게 되었다. 이러한 거래는 사업초기 CCC 이 중국으로부터의 도기수입 대행계약과 타일 총판계약을 동시에 체결하였기에 가능한 것이었으며, 청구법인들은 타일 사업 초기인 2014 년에는 CCC 을 수입의 주체로 사업을 진행하였고, 이후 수입업무를 BBB 에서 직접 진행하는 것으로 변경하였다.

5. BBB 와 CCC 은 2014 년 7 월 타일매입을 시작으로 2017 년 7 ∼ 9 월에 OOO 원 (부가가치세 포함) 을 매입하였고, 2014 년 12 월 해당 금액을 지급한 후, 2014 년 12 월 OOO 원 (2016 년 12 월 결제) 을 추가로 매입하였으며, 2015 년 3 월까지 OOO 원을 매입하였다. 2015 년 6 월 이후에는 BBB 가 직접 타일을 매입함에 따라 CCC 과 추가 거래가 발생하지 아니하였다. BBB 는 CCC 로부터 매입한 타일의 대부분을 AAA 로 판매하였고, 기존 채권채무 상계계약에 따라 대금을 정산하였다.

6. CCC 이 자신만의 상품을 별도로 판매하는 것은 청구법인들이 구축한 도기 및 수전과 타일사업에 악영향을 미치게 될 우려가 있었기에 청구법인들은 CCC 이 독자적으로 타일을 수입하여 별도로 타일을 판매하는 것을 수용할 수 없었고, 이에 따라 CCC 이 수입한 비 (非)OOO 브랜드 타일도 OOO 브랜드 타일과 마찬가지로 BBB 에서 매입하고, 이를 AAA 가 판매하면, 다시 CCC 로 판매하는 구조로 유통하게 된 것이고, 이러한 거래구조를 CCC 은 2014 년 12 월 수용하였으나, 채권을 상환하지 못하게 된 2016 년이 되어서야 채권감액을 목적으로 이를 부인하고 있는 것이다.

7. 2014 년 7 ∼ 9 월까지 BBB 가 CCC 로부터 매입한 타일은 OOO 브랜드의 타일이었고, 2014 년 12 월에 매입한 타일은 비 (非)OOO 브랜드 타일이었다. 이에 따라 검수 및 수량확인을 엄격히 수행한 2014 년 7 ∼ 9 월의 매입 타일과는 달리 2014 년 12 월에 매입한 타일은 검수 및 수량확인이 철저하지 못하였고, CCC 은 이에 따라 2014 년 12 월의 쟁점거래를 부인하고 있는 것이다. (나) 조사청이 청구법인들의 쟁점거래가 가공거래라고 판단한 근거는 다음과 같은 점에서 이유없다. 1) 조사청이 청구법인들과 CCC 과의 쟁점거래가 가공거래라는 근거로 제시한 ‘ 타일관련 채권정리안 ’ 에 따르면 AAA 는 은행차입금을 이용하여 BBB 의 채무를 변제하고, BBB 는 이를 CCC 에 대한 채무를 변제하며, CCC 은 이를 다시 AAA 의 채권을 정산하였다. AAA 는 2016 년 중 CCC 의 채권이 회수되지 않음에 따라 2016 년 12 월 청구법인들간의 채권채무를 정리하고, 2017 년 2 월 CCC 에 지급명령서를 송부하자, CCC 은 보정서 및 거래처원장을 통해 쟁점거래가 가공거래라고 주장하였다. 조사청이 가공거래의 근거로 주장하는 2016 년 채권채무는 2016 년에만 발생한 것이 아니라 2014 년 12 월에도 발생하였고, AAA 의 채권회수의 안전성을 위해 수행된 것으로, CCC 이 BBB 의 채권자이자 AAA 의 채무자이기에 BBB 가 채무만 지급할 경우 AAA 의 채권이 회수되지 않을 문제가 있어서 관련 법인들이 타일거래시 채권채무를 상계하는 정산방식을 선택한 것이며, 이는 가공거래의 근거가 되지 않는다. < 표 2> BBB 와 CCC 의 대금정산 내역 ㅇㅇㅇ < 표 3> AAA 와 CCC 의 대금정산 내역 ㅇㅇㅇ 2) 쟁점거래를 가공거래라고 하는 것은 자신의 채무를 감액하고 싶어하는 CCC 의 일방적인 주장으로, AAA 와 CCC 의 원장을 비교해보면, BBB 가 중국으로부터 직접 수입을 개시한 2015 년 4 월 이전까지 AAA 의 채권잔액과 CCC 의 채무잔액은 일치하나, 2015 년 6 월부터 양사의 채권채무잔액은 일치하지 아니하고, CCC 은 2016 년 12 월 AAA 와 BBB 의 채권채무정리 후 쟁점거래가 가공거래라고 주장하고 있는 것이다. 3) 청구법인들은 CCC 로부터 회수해야 할 채권에 대하여 채권지연회수 이자를 반영하지 아니하였다고 하여 법인세를 추징당하였으나, 이를 가공거래의 근거로 보기 어렵다. 청구법인들은 CCC 과의 각 거래처 원장이 2015 년 6 월까지 해당 채권을 포함하고 있고, 청구법인들은 해당 채권을 거래처원장에서 확인하여 왔다. 4) 청구법인들은 쟁점거래와 관련하여 CCC 로부터 받은 수출입통관 서류를 조사청에 제출하였으나, 조사청은 해당 타일이 BBB 의 창고에 입고되지 아니하였고, 수출입통관 서류와 BBB 의 장부상 수량 및 품명이 차이가 난다는 이유로 실물거래의 증거로 인정하지 않고 있다. (다) 청구법인들은 쟁점거래와 관련하여 부가가치세 및 법인세를 적법하게 납부하였고, 그 외 어떠한 이익을 얻지 못하였으며, CCC 과의 거래를 위법하게 진행할 실익이 없다. 1) 청구법인들은 2014 년 7 ∼ 9 월 거래에서 CCC 과 공급가액에 해당하는 금액을 상계하는 방식으로 정리하였고, 쟁점거래에도 같은 방식을 적용하였는바, 쟁점거래만을 가공거래라고 보기 어렵고, 청구법인들과 CCC 의 장부 모두에서 쟁점거래와 관련된 채권채무를 정리한 것은 쟁점거래가 가공거래가 아님을 보여주는 것이라고 할 것이다. 2) 청구법인들은 정상적으로 사업을 수행하고, 외부감사를 받으며, 각종 조세신고 및 납부의무를 성실하게 수행해 왔고, 이러한 청구법인들의 지급명령서와 거래처원장보다 CCC 의 그것이 더 높은 증거력을 갖고 있다고 보기 어렵다. CCC 이 쟁점거래를 가공거래라 주장하며 법원에 제출한 증빙자료은 채권을 감액받고자 하는 채무자의 일방적인 주장에 불과하다고 할 것이다. 3) 청구법인들은 CCC 이 중국에서 매입하는 타일도 청구법인들의 총판을 통한 유통구조를 이용하도록 하기 위해 상품매입으로 처리한 것이고, 이는 유통망 이용에 대한 수수료를 CCC 에게 청구한 것으로 보아야 하며, 청구법인들이 수수료 부분에 대해서만 세금계산서를 발행했어야 함에도 불구하고, 거래금액 전체에 대한 세금계산서를 발행하여 발생한 문제라고 할 것이며, 이후 CCC 의 경영상황이 악화됨에 따라 서로 채권잔액에 대한 분쟁이 생기게 된 것이다. (2) 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호에서 규정한 ‘ 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급공제받은 경우 ’ 에 해당하여 10 년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 하는바 (대법원 2014.2.27. 선고 2013 두 19516 판결 등 참조), 쟁점거래와 같이 수수료만을 순액으로 발행했어야 하나, 거래금액 전체를 공급가액으로 하여, 결과적으로 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받았다고 하더라도 결과적으로 국가의 조세수입의 감소를 가져오지 아니한 경우에는 “ 사기 기타 부정한 행위 ” 가 있었다고 보기 어려우므로 5 년의 부과제척기간을 적용하는 것이 타당하다.

(3) AAA 의 연구소장 BBB 및 연구전담원 CCC 에 대한 인건비는 AAA 의 연구인력개발 세액공제대상에 해당한다. (가) 조사청은 연구소장 BBB 이 AAA 의 연구소 외에 생산본부에서 금형, 도기파트를 겸직하고 있고, 2016.3.31. 부터 2019.1.23. 동안 계열법인인 ㈜ DDD 의 사내이사를 겸직하고 있어 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니한다는 의견이나, AAA 의 조직도에 따르면 금형도기개발팀은 생산본부가 아닌 연구소의 개발 2 팀 아래 있으며 생산본부 직할이 아니고, 사내이사 등기는 형식적인 임명일 뿐이다. (나) AAA 는 2013.8.12. ㈜ DDD 의 지분 80% 를 취득한 후 경영부진 등의 이유로 기존 임원을 모두 퇴사시키고, 2016.3.31. AAA 의 관리본부장 DDD, BBB, 비서실장 EEE, 회계팀장 FFF 을 사내이사로 등기하였다. 이러한 임원교체는 기업인수합병에서 빈번하게 발생하는 일로 출자한 타법인의 임원으로 등기된다하여 개인이 추가적으로 급여를 받는 것도 아니고, 추가적인 업무를 수행하지도 않기에 이를 겸직으로 판단할 수 없다. 이러한 이유로 법원에서는 다른 회사의 일을 하였으나, 자신의 업무에 지장을 초래하지 아니한 경우 그 인원의 인건비는 연구인력개발비 세액공제 대상이라고 판시한 바 있다 (OOO 행정법원 2014.5.2. 선고 2013 구합 59682 판결). 이러한 형식적인 겸직으로 연구과제를 총괄하는 연구소장의 인건비를 연구개발비 세액공제대상에 해당하지 않는다고 보는 것은 부당하다. (다) 조사청은 CCC 의 과거 언론사 인터뷰 기사를 근거로 “CCC 은 도기담당 부장이기에 연구전담요원으로 볼 수 없다 ” 고 하였으나 2012 년의 인터뷰 기사를 근거로 2016 년 전담연구인력이 수행하고 있는 업무에 대한 확인없이 연구개발비를 부인하는 것은 부당하다.

(4) BBB 가 2016 ∼ 2019 사업연도 기간 동안 경영자문업무를 수행한 AAA 의 창업자이자 전 대표이사 (AAA 회장) 에게 지급한 관련 비용은 손금산입 대상이다. (가) AAA 는 1950-60 년대 OOO 와 OOO 에서 기자로 활약하면서 OOO 신문사 편집국 수석부장을 지냈고, 1970 년 OOO 이라는 회사를 세워 사업을 시작하였다. 1976 년 친구였던 도기공장 대표가 사망하면서 그에게 공장을 맡아 달라고 부탁하여 OOO 에 도기공장을 세우고, 지분을 투자했던 OOO 을 인수하면서 EEE 주식회사로 회사명을 바꾸고 대표로 취임하여 회사를 성장시켰다. 1999 년 대표직을 아들인 GGG 에게 물려주고, 2016 ∼ 2019 년 고문으로 회사의 경영전반 및 도기 관련 사업에 대한 자문을 수행하였으며 2022.6.11. 사망하였다. (나) AAA 는 회사창업자로 회사 경영을 장기간 수행해왔고, 비록 병으로 일선 경영에서는 물러났다 하더라도 도기사업에 대한 경험을 통해 중요한 의사결정시 회사 경영에 실질적인 자문업무를 성실히 수행하였다. GGG 당시 회장은 매주 수 차례 부친인 AAA 를 방문하여 회사의 현황 및 경영상 이슈들을 논의하였으나, 방문기록 등이 없다고 하여 경영자문을 부정하는 것은 부당하다고 할 것이며, 관련 자문계약금액 및 비용은 사회 통념상 과도하거나 부당하지 아니하다. (다) 조사청은 AAA 가 OOO 요업으로부터 대표이사 해임안 소집요구 직전에 자진사임하였고, 이는 중증환자로 정상적인 직무수행이 불가능한 상태여서 OOO 요업이 해임을 요구한 것이라는 의견이나, 이는 사실과 다르다. AAA 는 요업제품을 OOO 으로 중국에서 수입하여 판매하기로 하였으나, 2004 년 일본 OO 도기와의 합작계약이 종료됨에 따라 BBB 를 설립하고 자체기술을 이용하여 요업제품을 생산하였고, 이로 인해 OOO 요업과 마찰이 생겼으며, 이러한 경영상의 판단을 한 AAA 회장을 압박하기 위하여 OOO 요업은 대표이사 해임을 위한 주주총회 소집요구를 하자, AAA 회장은 불필요한 다툼을 피하기 위해 AAA 의 대표이사에서 사임하고 BBB 와 자문계약을 맺고 경영자문을 수행하게 된 것이다. 법원은 “ 그 자신의 귀책사유나 개인 사정없이 오로지 지배주주의 요구에 따라 재직기간 만료 이전에 사직서를 제출하였는데, 비록 형식상 주주총회를 열어 해임을 결의한 것은 아니라 해도 이는 임기만료 전의 이사를 사실상 일방적으로 해임한 것이나 다름없고 지배주주가 외국계 자본으로 바뀐 직후 경영상 필요에 따라 경영진을 전면 교체할 때 배상금 성격의 급부를 하여 종전 경영진의 퇴진에 따른 잡음이나 분란의 소지를 없앤 것은 경영·관리 조직의 안정 및 향후의 원만한 사업운영을 위하여 적절하고 유용한 조치로 볼 수 있으므로, 원고가 이사회에서 이에 대한 손해배상에 갈음하여 잔여 임기의 보수상당액 등을 지급하는 것으로 결의하고 집행한 것은 원고의 사업과 관련하여 일반적으로 인정되는 통상적인 비용을 지출한 것으로 보아 이를 손금에 산입하는 것이 타당하다 ” 고 판결 (OOO 고등법원 2013.5.22. 선고 2012 누 3141 판결) 한 바 있으므로 BBB 가 AAA 에게 지급한 자문료 및 관련 비용은 업무무관비용이 아니라고 할 것이다. (라) 조사청은 조사기간 중인 2021.8.30. AAA 에게 출석요구 하였으나 불응하였다는 의견이나, 병중에 있는 93 세 환자에게 출석요구서를 보내는 것은 너무나 가혹하다고 할 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인들과 CCC 과의 쟁점거래는 실물거래 없이 세금계산서를 발행 및 수취한 가공거래이다. (가) AAA 와 CCC 은 2014.5.19. 에 1 차 타일 판매를 위해 ‘ 타일 수입 대행 및 판매위탁계약 ’ 을 체결하고, 2014 년 9 월까지 타일거래를 하였으며, 2014.12.1. 2015 년 1 월 이후 타일 수입 및 판매를 위한 2 차 타일판매 계약 ’ 을 하였으나, 쟁점거래와 관련해서는 별도의 계약을 한 사실이 없다. AAA 와 CCC 이 2014.5.19. 및 2015.12.1. 에 작성한 ‘ 타일 수입대행 및 판매위탁계약 ’ 을 살펴보면 CCC 은 수입 예정인 타일의 사양, 디자인, 규격을 사전에 AAA 의 승인을 받아야 하고, 수입원가와 판매가, 수입수량에 대해서도 AAA 와 사전에 협의하기로 되어 있다. 그러나 ‘ 쟁점거래 ’ 에 대해서는 별도의 계약을 한 사실이 없고, CCC 이 2014 년 9 월∼ 2014 년 12 월 기간 동안 중국에서 수입한 타일에 대해서 수입할 타일의 모델, 규격, 수량 등을 AAA 가 승인한 사실이 없으며, 수입원가와 판매가격 등에 대해서도 사전에 협의한 사실이 없는 것으로 나타난다. (나) AAA 와 CCC 의 ‘ 타일수입대행 및 판매위탁 계약 ’ 에 따르면, 수입된 제품의 검수가 완료된 정상 제품에 대하여 검사합격시점에 소유권을 CCC 에서 AAA 로 이전되는 것으로 되어 있으나, AAA 는 쟁점거래와 관련하여 CCC 이 수입한 타일의 실제 물량을 확인하거나 수입된 타일의 정상 여부를 확인하는 검수를 한 사실이 없다. AAA 는 CCC 이 중국에서 수입한 타일의 실물을 확인하거나 타일을 점유한 사실도 없어 쟁점거래는 거래당사자 사이에 재화에 관한 권리와 의무 책임 등이 실질적으로 이전된 사실 없이 명목상 또는 형식상의 거래를 한 것일 뿐이며, CCC 이 중국에서 독자적으로 수입한 타일을 국내에 판매한 거래 과정에서 AAA 는 아무런 역할없이 CCC, BBB 와 거짓세금계산서를 거래한 것으로 판단된다. (다) AAA 가 제출한 자료에 따르면, CCC 로부터 2014.7.18. ∼ 2014.12.30. 기간 동안 AAA 의 고유 품번으로 사용하는 모델의 타일을 거래하였고, 2014 년 12 월 쟁점거래는 총 5 가지 종류 (RTC63008, RTC63007, RTC24003, RTP66004, RTP66003) 의 타일을 거래한 것으로 확인된다. 그러나, 조사청이 OOO 세관으로부터 확보한 CCC 의 2014 년 타일 수입자료에 따르면 CCC 은 2014.7.1. ∼ 2014.9.2. 기간 동안 AAA 의 고유 모델명 (RTC, RTP) 의 타일을 수입하였으나, 2014.9.2. 이후에는 AAA 의 고유 모델명 타일을 수입한 내역이 전혀 없는 것으로 확인된다. (라) AAA 는 2014 년 12 월 CCC 로부터 공급받은 타일이 AAA 의 브랜드 타일이 아니라 CCC 이 독자적으로 수입한 비 (非) 브랜드 타일이라고 주장하나, 이는 쟁점거래에 대하여 당초 진술을 번복한 것이며, CCC 은 2014 년 7 월∼ 12 월 ㈜ FFF 외 17 개 사업자로부터 총 OOO 원의 타일을 매입하고 매입세금계산서를 수취한 사실이 확인되는 등 AAA 의 타일이 아닌 비 (非) 브랜드 타일을 구입하여 판매한 사실이 있으므로 CCC 이 AAA 의 브랜드가 아닌 상품을 별도로 판매하게 할 수 없어 쟁점거래를 하였다는 주장도 사실과 다르다. (마) 청구법인은 쟁점거래 관련 대금을 매출채권 및 매입채무로 인식한 사실이 없다. AAA 는 ‘ 월별 유통점별 매출현황 ’ 에서 2014 년 9 월까지 거래한 타일은 매출로 인식하였으나, 2014.12.31. 기준으로 쟁점거래에 대한 타일매출은 전혀 인식하고 있지 않은 것으로 나타난다. 청구법인들은 ‘ 쟁점거래 ’ 의 거래대금을 ‘AAA → BBB → CCC → AAA’ 로 자금을 이체하는 채권‧채무 정산방안을 선택하였고, 청구법인들과 CCC 은 각각 ‘ 쟁점거래 ’ 의 금액을 2016 년 12 월까지 매입채무‧매출채권을 지급 및 회수하였다고 주장하나, AAA 가 2016.6.30. 작성한 “ 일만 채권현황 ” 에는 2014 년 AAA 가 CCC 에 교부한 세금계산서 총 금액 OOO 원 중 ‘ 쟁점거래 ’ 금액인 OOO 원 (공급대가) 은 청구법인이 CCC 로부터 회수해야 할 채권으로 인식하고 있지 않은 것으로 확인된다. AAA 가 2015.12.30. 작성한 CCC 에 대한 매출 및 수금 현황에도 2014 년 9 월까지의 타일 거래금액은 매출 및 수금액으로 인식하고 있으나, ‘ 쟁점거래 ’ 의 금액은 매출액이나 미수금으로 인식하고 있지 않고, AAA 와 CCC 이 ‘ 쟁점거래 ’ 의 거래대금을 정리한 2016.12.30. 이전에 CCC 에 발송한 문서 ‘ 물품대금 결제 촉구의 건 ’ 에는 ‘ 쟁점거래 ’ 의 금액을 미수채권으로 인식하고 있지 않으며, 연체이자를 계산하고 있지 않았다. (바) AAA 는 CCC 의 통장을 미리 보유한 상태에서 2016 년 12 월 ‘ 쟁점거래 ’ 의 채권‧채무를 정리하기 위한 금융거래를 하였다. CCC 이 AAA 와의 지급명령 소송과 관련해 ‘ 쟁점거래 ’ 를 가공거래라고 주장하며 법원에 제출한 증빙자료에 의하면 AAA 는 ‘ 쟁점거래 ’ 와 관련된 가공 매입채무·매출채권을 정리하기 위해 CCC 의 통장까지 확보하여 ‘ 쟁점거래 ’ 를 실제 거래로 위장하기 위해 금융거래를 하였다. 즉, AAA 는 2016.12.30. 까지 미수채권으로 계상해 온 쟁점거래에 대해 CCC 로부터 회수해야 할 채권으로 인식해온 사실이 없고, 채권에 대한 이자 역시 인식한 사실이 없으며, AAA 가 CCC 로부터 쟁점거래에 대하여 지급받은 금액은 세금계산서 거래금액인 OOO 원이 아니라 CCC 이 BBB 로부터 최초로 입금받은 OOO 원에 불과하여 청구법인들과 CCC 이 가공채권·채무를 정리하기 위해 계좌거래를 한 것에 불과하므로 처분청이 쟁점거래를 가공거래로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다. (2) 실물거래 없는 가공세금계산서와 사실과 다른 세금계산서를 교부·수취한 행위는 ‘ 사기 기타 부정한 행위 ’ 로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에 해당하므로 10 년의 국세부과제척기간을 적용하여야 한다. 청구법인들은 쟁점거래를 통해 부가가치세 및 법인세를 탈루하였고, CCC 의 금융통장 및 공인인증서를 직접 사용하여 ‘ 쟁점거래 ’ 에 대한 금융거래를 한 사실이 있는 등 CCC 이 조세를 포탈하는데 적극적으로 방조하였으며, 이러한 행위는 사기 기타 부정한 방법으로 조세를 포탈한 행위가 명백하다 할 것이다. (3) 조특법 제10조에 따른 연구‧인력개발비에 대한 세액공제는 연구인건비에 대한 법인의 손금인정 외에 추가적인 세액공제 효과가 있어 관련 법령에서 규정하고 있는 명확한 요건을 충족하는 경우에만 적용되어야 한다. (가) 연구소 전담 업무를 수행하지 않은 연구원의 인건비는 세액공제 대상에 해당하지 않는다. 연구소장 BBB 은 연구소 외에 AAA 의 생산본부 (금형, 도기파트) 및 계열법인 ㈜ DDD 의 사내이사를 겸직하고 있어 연구‧인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하지 않고, 도기의 경우 AAA 의 생산 제품이 아니며, 특수관계법인인 BBB 생산 품목이므로, 금형·도기파트 업무를 겸직하고 있는 연구소장 BBB 은 AAA 업무 외에 다른 법인의 업무를 겸직하고 있다고 할 것이다. (나) 한국산업기술진흥협회에서 발간한 “ 기업부설연구소 / 연구개발전담부서 신고에 관한 업무편람 ” 에서 정의한 연구소장은 다른 회사의 임직원 (계열사포함) 으로 근무하는 인원은 연구소의 전임 연구소장으로 임명이 불가한데, AAA 의 연구소장 BBB 은 2016.3.31. 부터 2019.1.23. 기간 동안 계열법인 ㈜ DDD 의 사내이사로 등기된 사실이 확인된다. (다) 조사청이 확보한 2016 년∼ 2019 년 AAA 의 연구소 조직도에 의하면, CCC 은 생산부서인 금형, 도기파트 소속 직원으로 확인되고, OOOOO 경제 기사를 통해 CCC 은 2012 년에도 AAA 의 도기 담당 부장으로 근무한 사실이 확인되므로 연구 전담 요원에 해당하지 않는다. 따라서 AAA 의 연구소장 BBB 및 연구원 CCC 은 개별 연구과제를 전담하고 있는 전담 연구원으로 볼 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.

(4) BBB 의 경영에 참여한 사실이 없는 AAA 의 인건비 및 그의 운전기사 인건비는 법인의 업무와 관련없는 것으로 전액 손금 부인 대상이라고 할 것이다. (가) BBB 는 특수관계법인인 AAA 의 2 대 주주 OOO 요업이 AAA 대표이사 해임 안건으로 2015 년 9 월 주주총회 소집을 요구하자 2015.12.31. 대표이사를 자진 사임하게 된 AAA 전 회장에게 금원을 제공하고자 용역의 제공 또는 경영에 참여한 사실이 전혀 없음에도 자문료 및 근로소득 명목으로 인건비를 지급하였다. (나) AAA 는 AAA 가 AAA 로부터 급여를 받을 수 없게 되자 BBB 에서 금원을 제공하기 위하여 “ 법무법인 JJJ” 을 통해 지급 경위 등이 외부로 유출될 가능성이 적은 자문 계약을 통한 사업소득 지급 방안을 검토하였다. BBB 는 AAA 가 뇌졸중으로 쓰러져 경영에서 물러나긴 했으나 실제로는 자문업무를 수행하였고, 아들인 GGG 회장이 여러 번 부친의 집을 방문하여 회사업무를 논의하였다고 주장하나, 관련된 어떠한 객관적인 증빙자료도 제출하지 못하고 있다. (다) AAA 의 2 대 주주인 OOO 요업이 AAA 전 회장이 고령에 뇌졸중으로 일상생활이 불가능한 중증 환자여서 정상적인 직무수행이 불가능한 상태임을 사유로 대표이사 해임을 요구하자 AAA 는 자진 사임하였고, 사임 직후 관계사인 BBB 에서 사주 일가에게 지급한 해당 인건비와 운전기사 인건비는 법인의 업무와 관련 없는 업무무관비용에 해당하여 손금산입이 부인되어야 한다.

3. 심리 및 판단

가.

쟁점

① 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 부과제척기간 10 년을 적용하여 과세한 처분의 당부

② 청구법인이 전담인력이 아닌 연구원에게 지급한 인건비가 연구인력개발비 세액공제대상인지 여부

③ 청구법인이 특수관계법인의 명예회장에게 지급한 자문료 및 관련 비용을 손금불산입하여 과세한 처분의 당부 나.

관련 법령

: < 별지 > 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인들이 제출한 심리자료를 보면 다음의 사실관계가 나타난다. (가) AAA 는 1976.10.5. “EEE 주식회사 ” 라는 이름으로 수전근구류 및 위생설비 기구류의 제조 및 판매를 영위할 목적으로 설립되었고, 1990 년 8 월 GGG 주식회사로, 2004 년 3 월 HHH 주식회사로 법인명을 변경하였으며, 2008.12.30. 현재 법인명으로 변경하였다. BBB 는 2005.5.31. 요업제품의 판매를 목적으로 설립된 법인으로 BBB 에 대한 과세 당시 주주현황은 아래 < 표 4> 와 같다. < 표 4> BBB 의 주주현황 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인들의 2011 ∼ 2016 사업연도의 매출내역은 아래 < 표 5> 와 같다. < 표 5> 청구법인들의 매출액 내역 ㅇㅇㅇ (2) 쟁점거래의 가공거래 여부와 관련된 증빙 자료는 다음과 같다. (가) AAA 와 CCC 이 2014.12.1. 체결한 ‘ 타일수입대행 및 판매위탁계약서 ’ 의 주요 내용은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ (나) 청구법인들은 2016 년 CCC 과의 채권채무관계를 아래 < 표 6> 과 같이 정리하고, 이에 대하여 CCC 이 유동성 부족으로 각 사별 채권채무 정산이 어려우므로 먼저 AAA 의 자금으로 채권채무를 정산하는 방법을 택하였다고 주장한다. < 표 6> 청구법인들과 CCC 의 채권, 채무 현황 ㅇㅇㅇ (다) 조사청은 AAA 가 정리한 채권현황에서 아래 < 표 7> 과 같은 쟁점거래 관련 금액인 OOO 원 (공급대가) 을 AAA 가 CCC 로부터 회수해야할 채권으로 인식하고 있지 않다는 의견이다. < 표 7> CCC 에 대한 채권 현황 ㅇㅇㅇ (라) AAA 가 CCC 과의 미수채권에 대하여 발송한 ‘ 물품대금 결제 촉구의 건 ’(2016.5.13., 2016.10.19., 2016.11.11.) 에는 쟁점거래 관련 금액을 미수채권으로 인식하고 있지 않고, 연체이자 등을 계산하고 있지 않은 것으로 나타나고, 청구법인들이 제출한 거래처원장에는 해당 채권을 포함하고 있는 것으로 나타난다. (마) AAA 는 CCC 의 물품대금 및 이자 비용 등에 대하여 OOO 지방법원 OOO 법원에 지급명령을 신청하였고 (2017.2.21.), 이에 대하여 CCC 은 원고 (AAA) 가 주장하는 금액 OOO 원을 인정할 수 없으며, 쟁점거래는 가공매출이므로 차액 부분 등이 누락되었다고 주장하며 거래처 원장등을 제출하였다. 이 후 AAA 와 CCC 은 2017.3.22. 현재 CCC 의 채무액이 OOO 원임을 확인하고 이를 변제하기로 합의 (2017.6.7.) 하였다. (바) CCC 이 AAA 에게 발송한 다음과 같은 ‘ 타일, 도기 OEM 납품 과정에 관한 건 ’ 재목의 문건에 따르면 CCC 은 2014 년 약 OOO 원의 타일을 중국에서 수입하여 2014 년 7 ∼ 9 월까지 공급한 것으로 나타난다. ㅇㅇㅇ (사) AAA 의 2014 년 당시 영업본부장이었던 HHH 이사의 문답서 (2021.7.14.) 를 살펴보면, 쟁점거래가 실제 타일을 거래한 것이고, 쟁점거래의 증빙자료로 거래한 타일의 품번, 규격, 수량, 단가를 확인할 수 있는 ‘2014 년 입고 구분 타일입고 ’ 를 제출하였으며, 해당 증빙자료를 근거로 아래 < 표 8> 과 같이 총 5 개 종류의 타일에 대하여 쟁점세금계산서를 거래하였다고 진술한 것으로 나타난다. < 표 8> 쟁점거래에 대한 타일 거래내역 ㅇㅇㅇ (아) 조사청이 OOO 세관으로부터 확보한 CCC 의 2014 년 타일 수입자료는 아래 < 표 9> 와 같고, 2014.9.2. 이후에는 OOO 브랜드의 고유모델명 타일을 수입한 내역이 없는 것으로 나타난다. < 표 9> CCC 수입통관 내역 (2014 년 7 월∼ 2014 년 12 월) ㅇㅇㅇ

(3) AAA 가 주장하는 연구․인력개발 세액공제 관련 내용은 다음과 같다. (가) AAA 는 2016 ∼ 2019 사업연도 연구개발부서 인건비에 대해 연구‧인력개발비 세액공제대상으로 보았으나, 처분청은 아래 < 표 10> 과 같이 연구‧인력개발 활동에 전담하지 아니한 연구원 인건비 해당액 OOO 원에 대하여 세액공제 (25%) 를 부인하였다. < 표 10> AAA 의 연구․인력개발 세액공제대상 및 부인세액 ㅇㅇㅇ (나) AAA 가 불복을 청구한 2016 ∼ 2019 사업연도 연구원 인건비는 < 표 11> 과 같다. < 표 11> AAA 의 세액공제 불복 내역 ㅇㅇㅇ (다) AAA 는 BBB 은 연구소의 소장이었고, CCC 이 근무한 금형도기개발팀은 연구소 소속이라고 주장하며 조직도를 제출하였다. (라) 조사청이 제출한 신문기사 (OOO 2012.4.9.) 에 따르면, “III AAA 도기담당부장은 매수높이를 늘렸기 때문에 쏟아져 내려오는 물의 압력이 세며 물을 적게 써도 세척이 잘된다고 설명했다 ” 고 기재되어 있으며, 조사청은 이를 근거로 III 은 생산부서인 도기담당부서에 속하며, 도기는 AAA 의 생산품목이 아닌 BBB 의 생산 품목이므로 III 은 BBB 의 전담 연구원으로 볼 수 없다는 의견이다. (마) 조사청은 BBB, CCC 외에도 BBB 에서 생산․판매하는 도기개발업무를 담당하는 도기개발파트 직원들에 대한 인건비를 연구인력개발 세액공제 부인대상으로 보아 세액을 경정한 것으로 나타난다.

(4) BBB 가 AAA 의 창업주인 AAA 에게 자문료 명목으로 지급한 소득과 이에 대한 손금산입 내역은 다음과 같다. (가) BBB 는 아래 < 표 11> 과 같이 AAA 에게 2016 년 1 월부터 2017 년 4 월까지 자문료 명목으로 사업소득을, 2017 년 5 월부터 2019 년 12 월까지 근로소득을 지급하였고, AAA 의 운전기사에 대한 인건비를 부담한 것으로 나타난다. < 표 11> BBB 가 AAA 등에게 지급한 인건비 내역 ㅇㅇㅇ (나) OOO 요업이 AAA 에 보낸 “ 임시주주총회 소집요구 건 ”(2015.9.23.) 에 따르면, “ 이사 AAA 는 2000 년도 경에 뇌졸중으로 쓰러져 현재는 와상상태로 있으면서 간병인 없이는 일상생활이 불가능한 중증환자로서 이사로서의 정상적인 직무수행이 불가능한 상태에 있는 것으로 알고 있습니다. 따라서 대표이사로서의 직무를 수행하는 것이 불가능하므로 이사 해임의 사유에 해당된다 할 것입니다 ” 라고 기재되어 있다. (다) 법무법인 JJJ 이 작성한 “ 대표이사 이사 보수 지급건 보고 ”(2016.1.12.) 에 따르면, “BBB 에서 AAA 회장에게 금원을 제공하고자 한다면 AAA 회장과 자문계약을 체결하여 그에 대한 대가로 지급하는 것이 4 대 보험 등에 가입되지 않아 AAA 회장에 대한 금전 지급경위 등이 외부로 유출될 가능성이 가장 적다할 것이므로 자문계약을 체결하는 것이 적절할 것으로 사료됩니다 ” 라고 기재되어 있다. (라) BBB 와 AAA 가 체결한 근로계약서에 따르면, AAA 는 2017 년 5 월부터 월 급여 OOO 원, 총 연봉 3 억 OOO 원에 BBB 와 근로계약을 체결하였고, 자문 용역의 범위는 회사전반의 경영 자문, 도기관련 일체의 자문으로 되어 있다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 1) 처분청은 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 수수 또는 발급된 가공세금계산서라는 의견이나, 청구법인들은 이 건 과세기간 (2014 년 제 2 기) 과 동일한 기간내인 2014 년 7 월∼ 9 월에 쟁점거래와 같은 거래를 수행하였고, 처분청도 이에 대하여 정상거래임을 인정하였으며, 쟁점거래를 가공으로 보아 부과된 이 건 부과처분은 공급가액에 3 퍼센트를 곱한 금액을 가산세로 부과한 금액으로 부가가치세인 본세는 오히려 환급이 발생하는 것으로 나타나 청구법인들이 쟁점세금계산서를 가공으로 수취 또는 발급할 유인이 없어 보이는 점, 오히려 청구주장과 같이 7 ∼ 9 월까지 BBB 가 CCC 로부터 매입한 타일은 OOO 브랜드의 타일이었고, 2014 년 12 월에 매입한 타일은 비 (非)OOO 브랜드 타일로서, CCC 이 중국에서 매입하는 타일도 청구법인들의 총판을 통한 유통구조를 이용하도록 하기 위하여 매입처리 한 것이며, 검수 등에 미비가 있어 수입통관내역 등이 차이가 있는 것이라는 청구주장이 신빙성 있어 보이고, 청구법인들이 제출한 거래처원장과 세금계산서에는 CCC 로부터 회수하여할 채권이 반영되어 기록되어 있으므로 채권에 대한 지연이자를 반영하지 않았다고 하여 쟁점거래를 가공거래로 단정하기는 어렵다고 판단된다. 따라처 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수 또는 발급한 가공의 세금계산서라고 본 것은 잘못이 있다고 판단된다. 2) 처분청은 청구법인들이 쟁점세금계산서를 수취 또는 발급한 것은 적극적인 부정행위에 해당하므로 10 년의 부과제척기간을 적용한 처분이 정당하다는 의견이나, 위의 검토와 같이 쟁점세금계산서가 가공거래에 따른 세금계산서가 아니라고 할 것이므로 청구법인들에게 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호 및 제1호의 2 및 조세범 처벌법 제3조 제6항에 따른 ‘ 부정행위 ’ 가 있었다고 보기 어려우므로 처분청이 청구법인들이 적극적인 부정행위를 한 것으로 보아 10 년의 부과제척기간을 적용하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, AAA 는 전담인력 연구개발인원이 아니라고 하더라도 실질적으로 연구개발 업무를 한 연구원에 대한 인건비는 조특법 제10조에 따른 연구․인력개발비 세액공제대상이라고 주장하나, 조특법상의 감면조항은 엄격하게 해석하여야 할 것이므로 연구개발과 관련하여 세액공제가 적용되는 연구원 인건비는 연구업무만을 전담하는 연구원에 한정하여 적용되어야 한다고 볼 수 있는 점, BBB 은 ㈜ DDD 사내이사를 겸직하고 있어 AAA 의 연구전담 인력으로 보기 어렵고, 청구법인은 BBB 이 ㈜ DDD 의 형식상의 사내이사일 뿐이라고 주장하나, 이를 입증할 객관적인 자료는 제출하지 않고 있는 점, CCC 은 BBB 의 업무라고 할 수 있는 도기 관련 업무를 한 것으로 나타나므로 AAA 의 연구전담 인력으로 보기 어렵고, AAA 는 CCC 이 법인의 연구개발을 위한 업무를 실질적으로 담당하였음을 입증하는 내역 등을 제출하지 않은 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, BBB 는 특수관계법인의 전회장인 AAA 에게 지급한 자문료 등을 손금산입하여야 한다고 주장하나, BBB 의 경영에 AAA 전회장이 실질적으로 경영상 자문을 하였다는 객관적인 증빙자료를 확인할 수 없는 점, 법무법인 JJJ 이 작성한 보고서 (2016.1.12.) 에 따르면, “BBB 에서 AAA 회장에게 금원을 제공하고자 한다면 4 대 보험 등에 가입되지 않아 금전 지급경위 등이 외부로 유출될 가능성이 가장 적은 자문계약을 체결하는 것이 합리적 ” 이라고 기재된 것으로 보아, BBB 는 이에 따라 AAA 와 형식적인 자문 계약을 맺고 사주에게 금원을 지급한 것으로 보이는 점, OOO 요업이 AAA 에 보낸 “ 임시주주총회 소집요구 건 ”(2015.9.23.) 에 따르면, “ 이사 AAA 는 2000 년도 경에 뇌졸중으로 쓰러져 현재는 와상상태로 있으면서 간병인 없이는 일상생활이 불가능한 중증환자로서 이사로서의 정상적인 직무수행이 불가능한 상태 ” 라고 기재되어 있어 AAA 전회장이 경영상의 자문을 통해 회사의 업무에 기여하였다고 보기는 어려워 보이므로 자문료 명목으로 지출된 금액은 업무무관경비로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 BBB 가 전회장 AAA 에게 지급한 인건비 등을 손금불산입하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의 2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. < 별지 >