청구법인은 쟁점비용 지출과 관련한 객관적 증빙을 제출하지 못하는 점 등에 비추어 부외원가에 대한 청구법인의 주장은 받아들이기 어려움 다만, 청구법인의 관리부장인 aaa의 횡령액 일부 금액의 경우 이 건 소득금액변동통지 및 법인세 부과처분에 중복반영된 것으로 보이는 점 등에 비추어 동 금액에 대하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하고 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있음 한편, 이 건 총공사도급금액이 증액되었다는 것에 대하여는 다툼이 없고, 총공사도급금액의 변경 전 및 변경 후 공사원가율이 동일하므로 총공사예정원가가 증가함에 따라 공사도급금액이 증액된 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 으며, -처분청은 이 건 공사와 관련하여 공사예정원가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당함
[이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 공사업무와 관련한 부외경비를 지급한 것이 계좌거래내역으로 확인되므로 처분청이 청구법인에 대한 법인세 과세표준 결정 시 2017사업연도 OOO원 및 2018사업연도 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 손금산입하여 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다. 그리고, 청구법인 현장소장 BBB과 관리부장 AAA의 배임ㆍ횡령 가운데 청구법인의 건설공사 업무와 관련하여 지급되거나 사용된 부외원가는 법인세 손금으로 산입되어야 하고, 또한 동 금액은 인정상여 소득처분액에서 제외되어야 하는바 그 금액은 아래 <표2>와 같다. <표2> AAA 및 BBB 인정상여에서 제외될 금액 ㅇㅇㅇ 청구법인은 OOO(OOO) 건설공사를 함에 있어 원청업체인 ㈜BBB과 하도급계약을 체결하고, 하도급받은 토목공사 가운데 관로설치공사, 구조물설치공사, 포장공사 등은 재하도급을 주는 방식으로, 터파기와 같은 토공사 부분은 직영으로 처리하기로 하고 현장소장 BBB, 관리부장 AAA를 발령하여 건설공사를 진행하였다. 청구법인의 본사에서 지급하는 예비비만으로는 공사현장을 원활하게 운용하고 공기를 맞추는데 여러 가지 현실적인 어려움에 봉착하여 BBB과 AAA는 자체적으로 운용현금을 만들어 보유하면서 현장에서 불가피하게 소요되는 비용으로 사용하였다. 공사현장에서 불가피하게 사용하여야 하는 비용을 마련하기 위해 BBB과 AAA는 OOO 조성공사장과 OOO 공사현장에서 가공세금계산서를 받거나 선박항공료, 식대를 부풀리는 방법으로 별도의 자금(2017∼2018사업연도분 공급대가 OOO원, 이하 “이 건 공사비”라 한다)을 조성하였으며, 이러한 자금은 조사청의 세무조사에서 그대로 확인되었고, 법원 판결문을 통해서도 나타난다. 청구법인이 2017∼2018사업연도에 이 건 공사비를 허위로 계상하여 손금산입을 한 것은 인정하나, 청구법인이 위 사업연도에 공사과정에서 실제 지출하였으나, 회사 장부에 계상하지 못한 부외원가(쟁점비용)가 발생하였다. 청구법인이 공사를 진행하는 과정에서 소모품비, 직원숙소비, 재해보상금, 현장 직접 채용한 직원 인건비, 사업관련자에 대한 접대비 등 공사현장에 필요한 자금을 현장소장 및 관리부장이 책임지고 지급하게 되었다. 조사청은 세무조사 시 현장소장인 BBB이 횡령한 금액 가운데 청구법인의 업무와 관련한 경비 OOO원을 부외경비로 인정하였으나, 동 현장의 관리부장 AAA가 횡령한 금액 중 청구법인의 업무와 관련하여 지출한 금액을 제출하지 못하여 부외경비로 인정받지 못하였다. 청구법인 관리부장인 AAA는 공사현장에서 발생한 경비를 현장소장인 BBB과 함께 관리하였고, 일용직 인건비, 식대, 직원숙소비 등과 일시적으로 발생하는 크레인, 지게차 사용료 등을 AAA 계좌로 지출하였으며, 계좌이체 시 상세내역을 모두 기록ㆍ관리하였다.
(2) 관리부장 AAA가 청구법인의 업무와 관련하여 직접 지출한 금액은 2017사업연도 OOO원, 2018사업연도 OOO원으로 AAA 예금계좌를 통해 확인되며, 이러한 지출액은 청구법인의 손금에 해당하므로 AAA에 대한 인정상여 소득처분에서 제외되어야 한다. 청구법인 현장소장인 BBB은 각각의 건설공사 현장에서 청구법인을 대신하여 소속 직원․안전사고 관리, 거래처 관리, 사고처리, 민원해결 등 건설공사 기간 중 실질적이고 전반적인 업무를 담당하였고 원활한 업무추진을 위하여 별도의 신용카드를 발급ㆍ사용하였다. 현장소장 BBB이 청구법인의 업무와 관련하여 직접 사용한 금액은 2017사업연도 OOO원, 2018사업연도 OOO원으로 BBB의 신용카드로 사용내역이 확인되고, 동 사용액은 청구법인의 손금으로 인정되어야 하며, BBB에 대한 인정상여 소득처분에서 제외되어야 한다. 판결(OOO 판결)에 따르면 “BBB의 횡령금액 가운데 OOO원(증거서류에서 가계지원비, 병원비, 자녀교육비 명목으로 사용한 OOO원 확정)을 제외한 나머지 부분은 청구법인이 현장에서 비공식으로 지출하였어야 하는 비용을 대신 지출한 것으로 보인다. AAA도 대부분 금액을 청구법인을 위하여 지출한 것으로 보이는 점”을 양형이유로 판단하고 있어 가공매입세금계산서와 관련된 횡령금액을 법인 업무와 관련하여 지출한 사실을 인정하고 있다. 청구법인의 관리부장인 AAA의 예금계좌 거래내역, BBB의 신용카드 사용내역과 같이 업무와 관련하여 지출하였음이 명백하게 확인되므로 동 금액은 손금산입하고 이에 상당하는 금액을 인정상여에서 제외하는 것이 타당하다. 법원 판결을 살펴보면 알 수 있듯이 BBB과 AAA는 매입처로 하여금 허위 세금계산서를 발급하게 한 후 청구법인으로 하여금 매입처 예금계좌로 입금하게 하거나 AAA의 OOO계좌에 업무상 보관하고 있던 청구법인의 자금으로 매입처 은행계좌로 송금한 후, 배임ㆍ횡령 상당 금액을 쟁점계좌로 입금 받아 월례비, 주재비, 현장 직원들 회식비 등으로 사용한 것을 알 수 있다. 청구법인의 자금을 BBB과 AAA가 배임ㆍ횡령한 것이고 쟁점계좌로 입금된 배임ㆍ횡령 상당금액을 공사현장 비용으로 업무와 관련하여 지출한 것이므로 쟁점계좌의 지출액은 청구법인의 법인세 손금산입 및 인정상여 소득처분액에서 제외되어야 한다.
(3) 작업진행률 계산 시 총공사예정원가 증가분을 반영하여 공사수입금액을 계산하여야 한다. 조사청은 2017년 말 현재 공사 총도급금액은 OOO원(변경전: OOO원, 증가액 OOO원)으로 보아 당기 공사수익이 과소계상된 것으로 결정하였으나, 2017년 말 현재 변경된 도급금액을 적용할 경우 동시에 총예정원가도 OOO원(변경전: OOO원, 증가액 OOO원)으로 증가되어 작업진행률 산정 시 총예정원가를 변경하여 당기공사 수입금액을 경정하여야 한다. 총도급금액이 증가됨에 따라 이에 대응되는 총공사예정원가도 증가된 금액을 반영하여 작업진행률과 공사수익을 계산하여야 함에도 조사청은 증가된 도급금액만 반영하여 누적공사수익을 산정한 후 2017사업연도 당기 공사수익을 OOO원 누락한 것으로 결정한 오류가 있으므로 총공사예정원가 OOO원을 반영하여 2017사업연도 공사이익을 재계산하여 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.
(4) 청구법인 관리부장 AAA의 추가횡령액 OOO원은 법원의 판결 시 인용되지 않은 검찰수사 자료이고, 이는 이 건 세무조사 당시 조사청이 청구법인에게 확인이나 소명을 요구하는 절차 없이 임의로 결정하였다. 위 금액은 현장소장 BBB의 횡령액으로 기 결정되어 이중과세에 해당하므로 취소되어야 한다.
(1) 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 과세소득의 확정에 기초가 되는 손금도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하여야 하나, 손금은 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 손금의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서 입증이 곤란한 경우가 있으므로 납세의무자로 하여금 입증하게 하는 것이 합리적인 경우 납세자에게 입증책임을 두고 있다. 또한, 부외원가에 대하여 납세의무자가 손금산입할 비용 중 일부를 스스로 누락하여 과소신고하였다는 특별한 사정에 관하여는 납세의무자인 원고로 하여금 입증케 함이 입증의 난이와 형평 면에서도 타당하다 할 것이다(OOO 판결). 이 건 부외원가(쟁점비용)는 청구법인의 예금계좌가 아닌 현장직원의 계좌이고 거래내용(적요)에 OO경비, 식사대 등으로 기재되어 있는바, 이러한 내용만으로 해당 출금액이 실제 해당 건설현장의 공사비용으로 지출되었는지 여부와 귀속자를 알 수 없다. 정상적인 적격 증빙을 갖추고 있는 경우에도 해당 비용의 성격을 파악하여 접대성 경비에 해당하는 경우 한도 내에서만 비용을 인정하고 있으며, 증빙의 내용이 업무와 관련이 없는 경우 증빙 유무와 무관하게 비용을 인정하지 않는 것으로 규정하고 있다. 성실하게 신고하는 납세자가 적격 증빙을 갖추어도 비용 인정을 받는 것은 까다로운 요건을 충족하여야 하는바, 적격 증빙 없이 현장관리 직원의 개인계좌 출금내역만으로 비용을 인정하는 것은 납세자 간의 형평에도 어긋난다. 현장직원의 출금내역이 법인을 위하여 지출한 것이 아니라 개인의 자금지출이나 운용에 따른 거래일 가능성이 존재하고 공사업자들에게 지급하였는지 여부도 확인되지 아니하므로 이러한 청구주장은 받아들이기 어렵다. 거래상황에 대하여 예금계좌 출금내역만으로 공사경비로 지출한 것으로 인정하기 부족하고, 그 외 별도의 증빙을 제출하지 아니한 경우 부외경비를 인정할 수 없는 것이다(OOO). 청구법인은 부외원가에 증빙으로 AAA의 예금계좌 외에 제출한 증빙이 없으므로 부외원가를 인정할 수 없다. 청구법인이 제출한 입출금 거래내역을 살펴보면, 가공거래의 흔적이 뚜렷하여 더욱 부외원가를 인정하기 어렵다 할 것이다.
(2) AAA의 예금계좌(OOO)를 보면 2017.10.11. 예금계좌에서 OOO원이 부외원가로 출금된 것으로 주장하고 있는바, 그러한 금원을 살펴보면, 같은 날 위의 계좌에 OOO원씩 2회에 걸쳐 CCC으로부터 입금된 내역이 나타난다. CCC은 가공거래업체인 OOO의 대표자로서 2017.10.10. AAA는 자신의 다른 OOO계좌(OOO)를 이용하여 CCC의 OOO계좌에 OOO원씩 2회에 걸쳐 OOO원을 입금하고 다음날 자신의 위 계좌로 OOO원씩 2회에 걸쳐 총 OOO원을 되돌려 받은 것으로 확인된다. 위 예금계좌의 지출액 OOO원은 CCC과의 가공거래로 마련한 것으로 보아야 하고 청구법인의 지출로 보기 어렵다. 또한, 2017.10.11. 16시 54분 OOO원을 지출한 후 15분 뒤인 17시 09분에 다시 OOO원을 CD이체로 되돌려 받았다. 해당 거래의 상대계좌는 OOO계좌이고, 예금주는 DDD로서 가공매입처 CCC(주)의 대표자이다. 대체로 계좌의 사용 방식이 이러하고, 현금으로 되돌려 받는 경우도 배제할 수 없음을 감안한다면 청구법인이 AAA의 계좌를 통하여 지출하였다는 부외원가는 인정하기 어렵다. 아울러 청구법인의 계좌도 아닌 현장관리직원의 계좌로 인부용역비를 지출하였다는 청구주장은 거의 같은 시간대에 CD이체로 일부를 되돌려 받는 등 진정성이 없어 보이고, 기타 사용 내역도 식사대 등으로 기재되어 있으므로 이를 청구법인의 비용으로 볼 근거가 없고 청구법인이 제출한 OOO계좌 기록사항만으로 이를 부외원가로 인정하기는 어렵다. 법인세법령상 비용으로 인정받기 위해서는 세금계산서, 현금영수증 등의 증빙이 필요하고, 이러한 증빙이 있는 경우 거래처와 지출의 성격을 구분하여 법인의 업무 목적으로 사용된 경우 비용으로 인정되고 접대상 비용의 경우 법정한도까지만 비용으로 인정되며, 업무와 무관하게 사용된 부분이 있을 경우 비용으로 인정받지 못한다. BBB 지출건과 관련하여 청구법인이 제출한 부외원가 증빙은 BBB의 개인의 신용카드 이용내역으로서 법인 신용카드가 아닌 현장관리소장인 BBB의 개인 신용카드 이용내역이고, 그 사용내역도 식대, 주유비, 노래연습장, 스크린골프 등으로 법인의 비용과는 무관한 것을 보면 청구주장은 받아들이기 어렵다. 그리고, 범죄의 양형을 판단하기 위한 형사재판의 판단내용은 세법의 비용 인식기준과 다를 수 있다. 청구법인은 판결문에서 가공매입을 통하여 돌려받은 금액 가운데 OOO원을 제외한 나머지는 법인을 위하여 지출하였다는 내용을 들어 부외원가라 주장한다. 형사재판에 있어서는 무죄추정의 원칙에 따라 범죄행위에 대한 증거자료가 명확하지 않으면 피의자에게 유리한 판결을 하게 된다. 해당 판결문을 살펴보아도 현장직원이 법인을 위하여 지출하였다는 부분에 대한 객관적인 자료는 찾아볼 수 없고 다만 청구법인을 위하여 사용하였을 것이라는 추정형식의 문구만 기재되어 있다. 그러나, 법인세법령에 따른 손금의 인정은 추정만으로는 불가하고 객관적인 증빙이 필요하고, 특히 부외원가에 대한 입증책임은 납세자에게 있다 할 것이나 청구법인은 이를 입증하지 못하였다.
(3) 청구법인이 신고한 2017사업연도 OOO계산명세서 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 2017사업연도 OOO계산명세서 내역 ㅇㅇㅇ 청구법인에 대한 세무조사 과정에서 2017.12.19. 건설공사 하도급계약서상 총도급금액이 OOO원에서 OOO원으로 변경된 사실이 확인되었고 청구법인도 도급금액의 변경에 대해서는 인정하고 있다. 증가한 도급금액에 따른 공사수익은 아래 <표4>와 같이 변동되게 된다. <표4> 증가한 도급금액에 따른 공사수익(2017사업연도) ㅇㅇㅇ 도급금액이 증가함에 따라 같은 진행율 하에서 누적공사수입금액이 OOO원에서 OOO원으로 상승하였다. 따라서, 조사청은 2017사업연도 공사수입금액의 차이금액 OOO원을 익금산입하였으며, 다음해인 2018사업연도에는 반대로 같은 금액을 손금산입하였다. 청구법인은 내부적으로 예상한 총공사예정원가(공사원가 실행예산서)가 있고, 청구법인 법인세 신고 시 진행률을 잘못 계산한 것일 뿐 공사수익은 적정하게 신고하였다고 주장한다. 도급금액은 거래상대방이 존재하는 계약서에 따라 확인되는 금액이고, 진행률은 회사가 법인세 신고시 제출한 기성고계산명세서에 따른 비율인데 반해 청구법인이 제시하는 공사원가 실행 예산서는 청구법인 내부적으로만 존재하며 외부에서 확인 가능한 객관적인 증빙으로 보기 어려운 것인바, 도급금액 증가에 따라 증가한 수입금액을 익금에 산입한 당초의 처분은 정당하다.
(4) AAA의 추가횡령액(OOO원)은 검찰수사과정에서 확인되었으나 범죄일람표에 누락된 부분이 청구법인에 대한 세무조사 과정에서 추가로 확인되어 경정한 것이다. 이는 2019.1.16. BBB이 OOO에 출석하여 해당 금액이 AAA 부장의 요청으로 만들어 준 금액임을 진술하였다. AAA 추가횡령액의 전말을 살펴보면, 2017.6.30. 가공매입처 진보중기로부터 OOO원의 세금계산서를 수취하고, 2017.8.22. OOO원을, 2017.8.23. OOO원을 돌려받았고, 2017.7.25. 가공매입처 OOO로부터 OOO원을 세금계산서를 수취하고 2017.9.14. OOO원을 되돌려 받았다. 그러므로, BBB은 가공매입처로부터 세금계산서를 수취하여 청구법인으로 하여금 대금을 지급하게 하고, 부가가치세를 제외한 금액을 AAA의 계좌로 돌려받은 것이므로 이는 추가횡령액에 해당한다.
① 쟁점비용은 청구법인의 부외원가이고, AAA 및 BBB에 대한 인정상여 소득처분액(쟁점비용)이 청구법인의 사업과 관련한 지출이므로 소득금액변동통지금액에서 감액되어야 하는지 여부
② 2017사업연도 공사이익이 과다하게 산정되었다는 청구주장 당부
③ 청구법인의 관리부장 AAA가 OOO원을 추가로 횡령하였는지 여부
(1) 법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다 제67조【소득처분】다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.
1. 제60조에 따른 신고
2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정
3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 (2) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것
(1) 청구법인이 (유)AAA 외 19개 업체로부터 공급대가 OOO원의 사실과 다른 세금계산서를 수취하고 가공매입을 한 것에 대하여는 다툼이 없다.
(2) 청구법인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 청구법인에 대한 이 건 법인통합조사 관련 조사종결보고서(2022년 9월)의 주요 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (나) BBB에 대한 피의자신문조서의 주요 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (다) 청구법인이 제출한 판결(OOO 선고 업무상횡령ㆍ배임)의 주요 내용은 아래와 같다.
1. 판결 선고내역 ㅇㅇㅇ
2. 범죄사실 관련 ㅇㅇㅇ
3. 범죄사실 중 피고인 BBB의 업무상 배임 ㅇㅇㅇ
4. 범죄사실 중 피고인 BBB, 피고인 AAA의 업무상 횡령 ㅇㅇㅇ
5. 양형의 이유 관련 ㅇㅇㅇ (라) 청구법인이 제출한 AAA의 예금계좌(OOO OOO 예금주 AAA)의 주요 내역은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (마) 청구법인이 제출한 ‘OOO 조성공사’에 대한 변경계약현황을 보면 최종 도급공사 계약금액 OOO원(변경전 도급공사 계약금액: OOO원)으로 OOO원 증액되었고, 변경전 도급금액 관련 예정원가는 OOO원으로 나타난다. (바) 청구법인이 제출한 공사현장에서 소요되는 주요 비용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 공사현장 소요되는 주요 비용 ㅇㅇㅇ (사) 청구법인이 제출한 쟁점계좌 출금내역을 살펴보면, 청구법인이 별도로 표시한 출금내역의 대부분은 노무비(인부용역비), 식사대, 잡자재, 숙소보증금, 차량 유류대 등이고, BBB의 카드사용내역(2017∼2018년 사용액 합계: OOO원)을 살펴보면, 지출은 식사대, 주유비, 마트비용, 회식비 등으로 구성되어 있다. (아) 조사청(처분청)이 제시한 심리자료에 따르면 BBB 및 이재에 대한 인정상여 처분액은 아래 <표6>과 같다. <표6> BBB 및 AAA에 대한 인정상여 처분액 ㅇㅇㅇ (자) 청구법인이 제출한 공사도급금액 변경 관련 공사원가 실행예산서 및 회사업무용 지출현황표를 보면, 도급금액 OOO원, 실행금액 OOO원, (원가) 80.43%이고, 위 지출현황표의 결재란에는 담당, 과장, 이사, 사장의 직인이 날인된 것으로 나타난다. (차) 법원판결문(OOO 횡령ㆍ배임 등) 관련 범죄일람표1에 따르면 피고인 AAA, BBB은 OOO 등 회사로부터 2017.6.15.부터 2018.10.12.까지 대부분 현금으로 OOO원을 수취하고, 범죄일람표2ㆍ3를 살펴보면 EEE, FFF, GGG, DDD, HHH 등으로부터 2016.1.5.부터 2018.10.13.까지 쟁점계좌를 통해 합계 OOO원을 수령하였으며, 진보중기 거래처 관련 III이 2017.8.18. 등에 AAA의 OOO계좌로 OOO원, OOO 관련 III이 2017.9.4. 위의 계좌로 OOO원을 각각 입금한 것으로 기재되어 있다.
(3) 처분청 담당자는 2023.8.29. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 처분청은 청구법인 직원 AAA의 횡령액(OOO원)을 중복계산하여 과세하였다는 취지로 진술하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 납세의무자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고 누락한 매출액 등의 수입이 발견되면 과세관청으로서는 그 누락된 수입을 익금에 산입할 수 있고, 만약 납세의무자가 과세표준 등 신고에 있어 위와 같이 익금에 산입할 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 그에 대응하는 손금에 산입할 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같은 비용을 신고누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자가 입증을 하여야 할 것(OOO 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인은 쟁점비용은 사실과 다른 세금계산서의 수취를 통해 매입처들에게 지급되었다가 이후 청구법인의 직원인 AAA 등의 예금계좌로 입금되어 식사비 등의 명목으로 다시 거래처들에게 지급되는 등 청구법인의 실제 사업목적으로 지출되었다고 주장하나, 청구법인은 이러한 지출과 관련한 객관적 증빙(계약서, 약정서, 세금계산서, 현금영수증 등)을 제출하지 못하는 점, 쟁점비용이 당초 청구법인의 자금으로서 거래처에 지급되었다가 다시 AAA 계좌 등에 입금된 후 출금(지출)된 것으로 보이는바, AAA 개인의 예금계좌 거래내역 및 BBB 개인의 카드사용내역만으로 쟁점비용이 청구법인의 실제 사업목적으로 지출하였는지 확인되지 않는 점, 청구법인은 AAA 및 BBB에 대한 인정상여 소득처분액(쟁점비용)이 실제로 청구법인의 사업목적으로 사용된 것임을 입증할만한 구체적인 증빙을 제출하지 못한 점 등에 비추어 위의 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 이 건 공사(OOO) 진행률 산정과 관련하여 청구법인이 제출한 공사예정원가를 인정할 수 없다는 의견이나, 이 건 총공사도급금액이 증액되었다는 것에 대하여는 다툼이 없고, 총공사도급금액의 변경 전 및 변경후 공사원가율(80.43%)이 동일하므로 총공사예정원가가 증가함에 따라 공사도급금액이 증액된 것으로 볼 수 있으며, 청구법인이 제출한 공사도급금액 변경 관련 공사원가 실행예산서 및 회사업무용 지출현황표를 보면, 공사도급금액은 OOO원, 실행금액 OOO원으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 처분청은 이 건 공사와 관련하여 2017사업연도 당시 총공사예정원가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 관리부장인 AAA의 횡령액 OOO원을 이 건 인정상여 및 법인세 부과처분 과정에서 미반영된 것으로 보아 위의 횡령액을 추가반영하여 청구법인에게 이 건 소득금액변동통지를 하고 법인세를 부과하였으나, OOO 판결문(OOO 판결)상 범죄일람표에서 위의 횡령금액(OOO원)이 기재되어 있어 이 건 소득금액변동통지 및 법인세 부과처분에 중복반영된 것으로 보이는 점, 이러한 내용은 청구법인과 처분청 간의 다툼이 없는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 처분청이 위의 횡령금액을 추가로 반영하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하고 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1. OOO서장이 2022.10.14., 2022.10.17., 2022.10.20. 청구법인에게 한 법인세 합계 OOO원(2017사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원)(2018사연연도는 환급세액 OOO) 및 부가가치세 합계 OOO원(2017년 제1기분 OOO원, 2017년 제2기분 OOO원, 2018년 제1기분 OOO원, 2018년 제2기분 OOO원)의 부과처분과 합계 OOO원(2017년분 OOO원, 2018년분 OOO원, 2020년분 OOO원)의 소득금액변동통지는 2017사업연도 OOO 공사현장과 관련된 총공사예정원가를 재조사하고, 청구법인의 관리부장 AAA의 횡령액 중 OOO원(중복계산분)을 감액하여 그에 따라 과세표준 및 세액과 소득금액변동통지금액을 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 기각한다.