청구법인이 본사를 수도권 밖으로 이전한 후 다시 수도권에 본사를 설치하였다고 보아 조특법 제63조의2에 따른 감면을 추징한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2006년 OOO에서 설립되어 환경오염방지시설 제조 및 설치업을 영위하는 법인으로, 2010.4.23. 본점 소재지를 OOO로 이전하고 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제63조의2의 규정에 따른 수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면(이하 “쟁점세액감면”이라 한다)을 받은 후 2017.7.5. 본점 소재지를 OOO(이하 “쟁점사무소”라 한다)으로 이전하였다.
• 나. 처분청은 조특법 제63조의2 제7항 제3호 및 같은 법 시행령 제60조의2 제12항 제3호에서 감면세액 추징사유로 규정하고 있는 ‘수도권에 본사를 설치한 경우’에 해당하는 것으로 보아 청구법인이 쟁점사무소로 이전한 날(2017.7.5.)로부터 소급하여 5년이내에 감면된 세액을 감면 배제하고 2022.6.23. 2017사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.9.14. 이의신청을 거쳐 2023.1.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 2017.7.5. 본점소재지를 OOO 소재의 쟁점사무소로 이전한 것이 조특법 제63조의2 제7항에 해당되는지 여부가 쟁점이 되는바, 같은 항 제5호 및 제6호에 해당하는지 여부를 살펴보면 다음과 같다. (2) 조특법 제63조의2 제7항 제5호에 따르면 ‘본사를 이전하는 경우로서 수도권에 대통령령으로 정하는 기준(본사를 수도권 밖으로 이전한 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 지난 후 수도권 안의 사무소에서 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원이 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원의 100분의 50 이상인 경우) 이상의 사무소를 둔 경우’에는 감면받은 세액의 추징사유에 해당한다. 청구법인은 본사를 수도권 밖으로 이전한 날로부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도(2013 사업연도)가 지난 후 2017.7.5. 본점소재지를 쟁점사무소(OOO)로 설치하였다. 청구법인은 2017년도에 OOO 소재의 쟁점사무소와 OOO 소재의 제조공장을 운영하고 있는 상황이었고, 조특법 제63조의2 제7항 제5호에 해당하는지 여부는 쟁점사무소의 연평균 근무인원이 제조공장의 연평균 근무인원의 50% 이상인지 여부를 따져보아야 한다. 청구법인의 쟁점사무소 연평균 근무인원은 18명, 제조공장 연평균 근무인원은 23명으로 수도권 안의 사무소(쟁점사무소)의 연평균 상시근무인원이 50% 미만이므로 해당 사후관리요건에 해당하지 않는다.

(3) 조특법 제63조의2 제7항 제6호에 따르면 본사를 이전한 경우로서 대통령령 (법인세법 시행령 제20조 제1항 제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말 한다. 다만, 상시 근무하지 아니하는 임원을 제외한다)으로 정하는 임원 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우 감면받은 세액의 추징사유에 해당한다. 청구법인의 등기부등본상 임원으로 이사 aaa, bbb, ccc, 감사 ddd으로 확인되고, 상근 임원은 aaa, ccc으로 나머지 bbb, ddd은 비상근 임원인데, aaa은 쟁점사무소에 ccc은 OOO소재 제조공장에 상근하고 있는바, 임원 중 쟁점사무소에 근무하는 임원비율은 50%(제조공장 임원비율 50%)이므로 조특법 제63조의2 제7항 제6호에 해당하지 않는다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 조특법 제63조의2 제7항 제5호 및 제6호에 해당하지 아니하므로 이 건 처분이 위법하다고 주장하나, 동 규정은 ‘본사를 수도권 밖으로 이전하고 난 후’에 ‘수도권 안 사무소 상시근무인원이 전체 근무인원의 50% 이상인 경우’ 또는 ‘이전본사 근무임원수가 수도권과 이전본사 임원 합계인원 차지비율의 50%에 미달하는 경우’ 감면세액을 추징하는 규정으로서, 청구법인은 수도권 밖으로 이전 하여 감면을 적용받은 후 다시 수도권으로 본사를 설치한 것이므로 위 규정의 적용 대상에 해당하지 않는다. 조특법 제63조의2 제7항에서 각 호 어느 하나에 해당하는 경우 감면받은 세액을 법인세로 납부하도록 규정하고 있고, 같은 항 제3호에서 ‘수도권에 본사 또는 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우’에 따라 감면받은 법인세를 추징하고 있는바, 청구법인은 법인세 감면을 받은 후 2017.7.5. 본점 사무소를 충주시에서 수도권인 OOO로 이전하였고, 이는 조특법 제63 조의2 제7항 제3호의 본사를 수도권으로 이전한 경우에 해당하므로 본사 설치일로부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액을 경정ㆍ고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 ‘수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면’의 추징사유에 해당하는 것으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

9. “수도권”이란 수도권정비계획법 제2조 제1호 에 따른 수도권을 말한다. 제63조의2(수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2017년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2020년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2017년 12월 31일까지 보유하고 2017년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

④ 제2항 제2호를 적용할 때 법인세 감면기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 해당 과세연도부터 제2항에 따라 법인세를 감면받을 수 없다.

2. 대통령령으로 정하는 임원(이하 이 조에서 "임원"이라 한다) 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우

⑦ 제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.

1. 공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우

3. 수도권에 본사 또는 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우

5. 본사를 이전한 경우로서 수도권에 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우

6. 본사를 이전한 경우로서 제4항 제2호에 해당하는 경우 (2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정된 것) 제60조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면)

⑪ 법 제63조의2 제7항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 기준 이상"이란 본사를 수도권 밖으로 이전한 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 지난 후 수도권 안의 사무소에서 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원이 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원의 100분의 50 이상인 경우를 말한다.

⑫ 법 제63조의2 제7항의 규정에 의하여 납부하여야 하는 세액은 다음 각호의 구분에 의하여 계산한다.

3. 법 제63조의2 제7항 제3호에 해당하는 경우: 본사설치일 또는 공장설치일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액. 이 경우 이전한 공장이 2 이상이고 동 공장에서 서로 다른 제품을 생산하는 경우에는 수도권안의 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장의 이전으로 인하여 감면받은 분에 한한다.

4. 법 제63조의2 제7항 제5호에 해당하는 경우: 제11항에서 규정하는 기준 이상의 사무소를 둔 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액

5. 법 제63조의2 제7항 제6호에 해당하는 경우: 동호에 규정된 비율에 미달하게 되는 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액

(3) 수도권정비계획법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “수도권”이란 서울특별시와 대통령령으로 정하는 그 주변 지역을 말한다. (4) 수도권정비계획법 시행령 제2조(수도권에 포함되는 서울특별시 주변 지역의 범위) 수도권정비계획법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 그 주변 지역”이란 인천광역시와 경기도를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 국세청 전산자료에서 확인된 청구법인의 사업장소재지 변동 이력은 다음과 같다. <표1> 청구법인 사업장소재지 변동이력(일부) ◯◯◯ (나) 청구법인은 쟁점사무소 연평균 근무인원이 청구법인 연평균 근무인원의 50% 미만이라는 청구주장과 관련하여 <표2>의 청구법인 2017년 근무인원현황을 제출하였다. <표2> 청구법인 사무소별 근무인원 현황 ◯◯◯ (다) 청구법인은 임원 중 쟁점사무소에 근무하는 임원비율은 50%라고 주장하며 <그림>의 법인등기사항전부증명서를 제출하였다. <그림> 청구법인 등기사항전부증명서 ◯◯◯

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2017.7.5. 본점소재지를 OOO 소재의 쟁점사무소로 이전한 것은 조특법 제63조의2 제7항 제5호 및 제6호에 해당되지 않으므로 이 건 처분은 위법하다고 주장하나, 위 규정의 적용 여부와 관계없이 조특법 제63조의2 제7항 제3호는 지방이전법인이 ‘수도권에 본사를 설치한 경우’를 감면배제 요건으로 규정하고 있고, 청구법인은 2017.7.5. 본사를 수도권에 속하는 쟁점사무소로 이전하였음이 법인 등기사항전부증명서 등에 의하여 확인되므로, 청구법인의 경우 조특법 제63조의2 제7항 제3호에 따라 쟁점세액감면의 배제대상에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.