쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 처분의 당부

가. 청구법인은 경기도 화성시 봉담읍 OOO 에서 건설업·건축공사업을 영위하고 있는 사업자로 2019.6.10. 경기도 화성시 향남읍 OOO 답 319 ㎡, 402-2 답 313 ㎡, 402-3 답 436 ㎡, 403-3 답 315 ㎡, 403-8 답 327 ㎡ (이하 “ 쟁점토지 ” 라 한다) 를 취득하였다가 단독주택부지로 조성하여 2020.10.8. 및 2020.11.17. 분양한 후, 2020 사업연도 법인세 신고시 쟁점토지에 대해 토지등 양도소득에 대한 법인세를 신고하지 아니하였다. < 표 1> 쟁점토지 취득 및 양도 내역 ㅇㅇㅇ 나. 처분청은 청구법인의 비사업용토지 양도관련 과세자료를 검토한 결과, 쟁점토지는 재산세 분리과세대상이 아닌 종합합산과세대상 토지로서 비사업용 토지에 해당한다고 보아 쟁점토지 양도에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO 원을 결정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.1.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 단독주택부지 조성목적으로 농지전용허가를 받은 쟁점토지를 매수하여 목적에 맞게 사용하였으므로 양도에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 처분은 취소되어야 한다. (가) 쟁점토지는 청구법인이 2019.4.11. 매매계약을 체결하고 2019.6.17. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제56조 제2항의 규정 따른 개발행위 (변경) 허가를 받은 토지로, 청구법인이 매입하기 이전에 이미 단독주택부지 조성목적의 개발행위허가와 농지전용허가 (협의) 를 받은 상태였고, 청구법인은 농지전용허가 목적대로 단독주택부지조성을 완료한 후 경기도 화성시장으로부터 2019.10.29. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제62조 제1항의 규정에 따른 개발행위준공검사필증을 교부받았다. (나) 청구법인 정관 제2조는 ‘ 부동산개발 및 분양업 ’ 을 규정하고 있고, 쟁점토지의 농지전용목적이 ‘ 단독주택부지 조성 ’ 이었으며, 청구법인은 전용목적대로 쟁점토지에 단독주택부지조성을 완료·분양하였던바, 당연히 건축을 위한 준비행위를 한 사실이 없을 수밖에 없고, 건축행위가 있을 수도 없는 것이다. 따라서 건축행위가 없었기 때문에 비사업용 토지로 보아야 한다는 처분청의 주장은 이유 없다. (2) 청구법인은 쟁점토지에 대한 개발행위가 제한되었거나 전용목적으로의 사용에 특별한 제한이 있어서 건축행위를 하지 않은 것이 아니라 단독주택부지 조성이라는 당초의 전용목적을 충실히 완료한 것이다. (가) 처분청은 쟁점토지가 종합합산과세대상으로 과세되었기 때문에 비사업용토지라는 의견이나, 쟁점토지의 비사업용 여부 판단은 소득세법 제104조의 3 규정이 아니라 법인세법 제55조의 2 규정을 적용하여야 하는 것인바, 소득세법 제104조의 3 제1항 제4호는 농지, 임야, 목장용지 외의 토지 중 종합합산과세대상은 비사업용토지로 규정하고 있으나, 법인세법 제55조의 2 제2항 제1호는 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 비사업용 토지에서 제외한다고 규정하고 있다. 또한 농지법 제6조 제2항 제7호 및 제34조 제1항 제1호는 다른 법률에 의하여 농지전용허가가 의제되는 인가·허가·승인 등을 받은 자가 당해 농지를 소유하는 경우에는 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다고 규정하고 있고, 법인세법 제55조의 2 제2항 제1호 가목 단서 및 법인세법 시행령 제92조의 5 제3항 제2호는 농지법 제6조 제2항 제7호의 규정에 따른 농지전용허가를 받은 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지를 비사업용 토지에서 제외하는 것으로 규정하고 있다. (나) 청구법인은 ‘ 단독주택부지 조성 ’ 목적으로 농지전용허가를 받은 쟁점토지를 취득하여 양도 당시까지 해당 목적으로만 사용하였기 때문에 비사업용토지에 해당하지 않는다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점토지는 종합합산과세대상으로 재산세가 부과되는 등 비사업용 토지에 해당한다. (가) 비사업용 토지 대상여부와 관련하여 쟁점토지는 재산세 또한 분리과세대상이 아닌 종합합산과세대상으로, 법인세법 제55조의 2 및 같은 법 시행령 제92조의 5 제3항에서 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 농지는 비사업용 토지로 보고 있고, 예외적으로 농지법에 따라 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 농지로 당해 전용목적으로 사용되는 토지는 비사업용토지에서 제외하는 것으로 규정하고 있으나, 쟁점토지는 착공 등 건축공사 행위가 없었고, 농지전용허가를 받았더라도 실제 건축행위가 없는 경우 비사업용토지로 본 다수 판례 (서울행정법원 2018 구합 5277, 2019.4.5. 등 참조) 에 따라, 실제 건축행위가 이루어지지 않은 쟁점토지는 비사업용토지로 보아야 할 것이다. (나) 비사업용토지 기간기준과 관련하여 법인세법 제55조의 2 및 같은 법 시행규칙 제46조의 2 제1항 제5호에서는 “ 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공 (착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다) 한 토지는 당해 토지의 취득일로부터 2 년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간은 비사업용 토지를 소유하는 기간에 해당하지 아니한다 ” 라고 규정하고 있는바, 청구법인은 쟁점토지를 건축물이 정착되어 있지 않은 상태로 취득 후 건물 착공 없이 양도하였으므로 비사업용 토지에 해당한다.

가.

쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 처분의 당부 나.

: < 별지 > 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2017.2.22. 설립되어 건설업 / 건축공사업을 영위하는 법인으로 정관 제2조에는 부동산 개발 및 분양업 등이 사업목적으로 기재되어 있는바, 2020 사업연도 법인세 신고시 쟁점토지의 양도를 사업용 토지의 분양으로 하여 토지의 분양매출 OOO 원을 면세 수입금액으로 신고하였으나, 처분청은 청구법인이 토지등 양도소득에 대한 법인세를 무신고하자 양도가액을 OOO 원, 취득가액을 OOO 원으로 하여 양도차익 OOO 원에 대한 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO 원을 경정·고지하였다. (2) 쟁점토지 매매계약서의 특약사항을 보면, ‘ 현재 전용허가가 난 상태에서 하는 계약으로 매수자가 수허가자 변경을 원할 시 이에 수반되는 비용은 매수자 부담으로 한다 ’ 고 기재되어 있는바, 청구법인은 경기도 화성시장으로부터 개발행위 허가와 농지전용허가를 받고 성토 및 경계측량만 한 상태 (농지전용비도 모두 납부함) 에서 매매계약을 하였고, 쟁점토지의 전용목적은 단독주택 부지조성이라는 사실이 부동산 매매 계약서, 토지매매시 특약사항, 권리 양도 양수 계약서 (매도자가 기부담한 농지 전용비 및 토목설계비 관련) 로 나타나며, 청구법인이 실제 쟁점토지를 매수하여 기반조성 공사 등을 거쳐 단독주택부지로 개발하여 분양한 사실에는 처분청도 이견이 없다. (3) 쟁점토지는 청구법인의 소유기간이 약 1 년 4 개월 (취득일: 2019.6.10., 양도일: 2020.10.8. 또는 2020.11.17.) 로 소유기간이 2 년 미만인 토지에 해당하므로 법인세법 시행령 제92조의 3 제3조 나목에 따라 토지 소유기간의 100 분의 40 에 상당하는 기간인 6 개월을 초과하는 기간 동안 비사업용으로 보유할 경우 비사업용 토지에 해당하는 것인바, 청구법인은 부동산 개발 및 분양을 위해 쟁점토지를 취득 및 보유하면서 기반공사 등을 하였으므로 보유기간 전부를 사업용 토지로 보유하였다는 주장이다. (4) 청구법인은 쟁점토지 취득 후 전원주택부지 조성과 관련하여 2019 년 4 월부터 2019 년 5 월까지 아래 < 표 2> 와 같이 총 3 건의 도급공사를 하였음이 청구법인이 제출한 표준도급공사 계약서, 입출거래내역서, 전자세금계산서로 확인되고, 2019.10.29. 화성시장으로부터 경기도 화성시 향남읍 OOO 지상의 토지 528 ㎡에 대한 단독주택 진출입로 부지조성 사업 (허가일자: 2019.8.30.) 개발행위준공 검사필증을 교부 받았으나, 건축허가 및 착공신고를 한 사실은 확인되지 않고, 쟁점토지 지상에 건축물이 실제 착공되지 않았다는 사실에는 청구법인도 이견이 없다. < 표 2> 쟁점토지와 관련된 청구법인의 전원주택부지공사 내역 ㅇㅇㅇ (5) 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 쟁점토지의 2020 년 토지분 재산세 정기과세내역에서는 쟁점토지의 공부상 지목은 ‘ 답 ’ 이나 현황지목은 ‘ 대지 ’ 로 나타나고, 재산세와 종합부동산세가 종합합산토지로 과 세된 것으로 확인되며, 쟁점토지의 양도일 전후인 2020.4.2. 자 및 2021.5.9. 자 항공사진에서는 쟁점토지 지상에 건축물이 정착되어 있지 않은 상태로 청구법인이 이를 취득한 후 건물 착공 없이 양도한 것으로 나타난다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 부동산개발업 등을 영위하면서 쟁점토지를 사업목적에 사용하여 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하나, 법인세법 시행령제92조의 4 는 같은 법 제55조의 2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다고 규정하고 있는바, 쟁점토지는 청구법인이 보유하고 있던 기간 동안 종합합산과세대상 토지로 분류되어 재산세가 부과되는 등 사실상 현황이 나대지로 나타나는 점, 법인세법 제55조의 2 제2항은 제1항 제3호의 비사업용토지를 각 호에 어느 하나에 해당하는 토지로 정하고 있고, 제4호에서 농지, 임야 및 목장용지 외 토지는 토지 등의 양도소득에 대한 과세 특례가 적용되는 비사업용토지로 규정하되, 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것에 대하여 예외를 인정하고 있으나, 쟁점토지는 같은 호 단서 각 목 및 같은 법 시행령 제92조의 8 제1항 각 호에서 정한 비사업용 토지 제외사유에도 해당하지 않는 점, 법인의 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 중과하는 취지는 법인의 비사업용토지에 대한 과세를 강화하기 위한 것으로서 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기적 이익을 환수하려는데 있는 것인바, 열거된 예외사항에 해당하지 아니하는 한 사업목적 자체에 투기 가능성을 내포하고 있는 부동산매매업에 업무관련성을 인정하는 것은 그 입법취지에 어긋나는 것으로 보이는 점 (조심 2022 서 5966, 2022.9.20., 같은 뜻임), 청구법인이 실시하였다고 주장하는 쟁점토지 부지공사, 상수도 공사, 가스설비 공사 등 만으로는 쟁점토지 지상에 건물신축을 위한 실질적인 공사의 실행행위로서 건축물을 착공하였다고 인정하기 부족한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 법인세를 부과한 이 건 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의 2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. < 별지 >

(1) 법인세법 제55조의 2(토지등 양도소득에 대한 과세특례)

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물 (건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2 에서 “ 토지 등 ” 이라 한다) 을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100 분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100 분의 40) 을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “ 비사업용 토지 ” 란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

(이하 이 조에서 “ 농지 ” 라 한다) 으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.

, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 가. 지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 나. 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지 다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

1 호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 법인세법 시행령 제92조의 3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의 2 제2항 각호 외의 부분에서 “ 대통령령으로 정하는 기간 ” 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

3 년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2 년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다. 가. 토지의 소유기간에서 2 년을 차감한 기간을 초과하는 기간 나. 토지의 소유기간의 100 분의 40 에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제92조의 4(토지지목의 판정) 법 제55조의 2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. 제92조의 5(농지의 범위 등)

① 법 제55조의 2 제2항 제1호에서 “ 농지 ” 라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소 (池沼)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제55조의 2 제2항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어 주업은 다음 각 호의 기준에 따라 판정한다. (각 호 생략)

③ 법 제55조의 2 제2항 제1호 가목 단서에서 “ 대통령령으로 정하는 농지 ” 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.

2. 농지법 제6조 제2항 제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 같은 법 제6조제2항제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지 제92조의 11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등)

① 법 제55조의 2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의 2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지 (이하 이 조에서 “ 비사업용 토지 ” 라 한다) 에 해당하는지 여부를 판정한다.

, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 (3) 법인세법 시행규칙 제46조의 2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등)

① 영 제92조의 11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의 2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업 (한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다) 을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공 (착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다) 한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2 년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간 (천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다) (4) 지방세법 제106조 (과세대상의 구분 등)

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태 (空地狀態) 나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지 다. 철거·멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지 가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지 (5) 지방세법 시행령 제102조 (분리과세대상 토지의 범위)

① 법 제106조 제1항 제3호 가목에서 " 대통령령으로 정하는 토지 " 란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

·답·과수원 가. 전·답·과수원 (이하 이 조에서 " 농지 " 라 한다) 으로서 과세기준일 현재 실제 영농에 사용되고 있는 개인이 소유하는 농지. 다만, 특별시·광역시 (군 지역은 제외한다)·특별자치시·특별자치도 및 시지역 (읍·면 지역은 제외한다) 의 도시지역의 농지는 개발제한구역과 녹지지역 (국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조 제1호에 따른 도시지역 중 같은 법 제36조제1항제1호 각 목의 구분에 따른 세부 용도지역이 지정되지 않은 지역을 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 에 있는 것으로 한정한다. 나. 농지법 제2조 제3호에 따른 농업법인이 소유하는 농지로서 과세기준일 현재 실제 영농에 사용되고 있는 농지. 다만, 특별시·광역시 (군 지역은 제외한다)·특별자치시·특별자치도 및 시지역 (읍·면 지역은 제외한다) 의 도시지역의 농지는 개발제한구역과 녹지지역에 있는 것으로 한정한다. (6) 농지법 제6조 (농지 소유 제한)

① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농지를 소유할 수 있다. 다만, 소유 농지는 농업경영에 이용되도록 하여야 한다 (제2호 및 제3호는 제외한다)

34 조 제1항에 따른 농지전용허가 [ 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제 (擬制) 되는 인가·허가·승인 등을 포함한다 ] 를 받거나 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고를 한 자가 그 농지를 소유하는 경우

34 조 제2항에 따른 농지전용협의를 마친 농지를 소유하는 경우